در سالهای اخیر توزیع اعتبارات در موسسات اقتصادی و اجتماعی بیشتر به صورت سنتی و یا در بعضی موارد با استفاده از شاخص ها بوده است. گرچه روش های سنتی در شرایطی که اطلاعات و آمار محدود باشد و روش چانه زنی راه حل باشد، سهل و آسان هستند اما در جامعه پیچیده و متحول امروزی کارایی لازم را ندارند. یکی از این موسسات اجتماعی دانشگاه ها هستند، آنها برای توزیع منابع مالی خود در بخش های مختلف نیازمند برنامه ریزی و مدلی مناسب جهت بودجه ریزی در سطح دانشگاه هستند تا بتوانند به اهداف خود برسند. لذا در این تحقیق سعی شده است، مدلی در سطح دانشگاه ارائه شود تا گامی در راستای حل این معضل برداشته شود. مدل ارائه شده از سه بخش تشکیل شده است. در بخش اول ضریب کارایی به روش تحلیل پوششی داده ها به دست می آید. در بخش دوم ضریب اثر بخشی، با استفاده از یک مدل برنامه ریزی خطی چند هدفه عدد صحیح مختلط برای رسیدن به آرمان های چند گانه و متعارض دانشگاه محاسبه خواهد شد و سپس در بخش سوم با استفاده از ضریب نیاز فعلی بودجه دانشکده ها، کارایی و اثر بخشی، ضریب بودجه هر دانشکده حاصل می شود. در پایان، کارایی مدل پیشنهادی با استفاده از داده¬های دانشگاه یزد بررسی و نتایج عددی تحلیل و گزارش می¬شود. نتایج حاصل از مدل و تحلیل حساسیت آن نشان می دهد که مدل ارائه شده، نتایج متناسبی با آنچه در واقعیت اتفاق می افتد، دارد.