کاربرد فاضلاب تصفیه شده از دیرباز و در جوامع مختلف به دلیل مشکلات کم آبی رایج بوده و از آن در امور کشاورزی، صنعتی، آبیاری فضای سبز و ... استفاده شده است اما به دلیل وجود آلاینده های مختلف در فاضلاب و عدم تصفیه کامل و صحیح آن، این امر همواره با مشکلات و مخاطراتی همراه بوده است. لذا برای تعیین میزان خطرات و اثرات ایجاد شده و نیز ارائه راهکارهای مناسب برای حذف و کاهش مشکلات ایجاد شده، می بایست خطرات و اثرات ناشی از استفاده از فاضلاب در کشاورزی را شناسایی و مورد بررسی قرار داد. برای ارزیابی ریسک های محیط زیستی روش های مختلفی وجود دارد که در تحقیق حاضر از روش شاخص گذاری مستقیم و شبکه احتمالاتی بیزی استفاده شده است. در روش شاخص گذاری مستقیم میزان ریسک از حاصلضرب شاخص مخاطرات در شاخص اثرات به دست می آید و با ایجاد شبکه احتمالاتی بیزی و استفاده از نرم افزار hugin میزان ریسک استفاده از فاضلاب در کشاورزی بر دو اثر پذیرنده انسان و گیاه تعیین می گردد. نتایج حاصل این بررسی با استفاده از روش شاخص گذاری نشان می دهد که آلاینده کادمیم بیشترین میزان ریسک را بر روی اثر پذیرنده انسان ایجاد می کند و در رده های بعدی، دترجنت و نیترات قرار دارند. نتیجه دیگر حاصل از این تحقیق نشان می دهد، میزان ریسک ایجاد شده بر انسان بیشتر از میزان ریسک ایجاد شده بر گیاه خواهد بود. هم چنین نتایج استفاده از شبکه احتمالاتی بیزی نیز نتایج روش شاخص گذاری مستقیم را تائید کرده و میزان ریسک ناشی از خطرات موجود بر اثر پذیرندگان انسان و گیاه را به ترتیب 46% و 38% نشان می دهد که حاکی از بیشتر بودن ریسک بر اثر پذیرنده انسان است. راهکار پیشنهادی جهت کاهش میزان ریسک ایجاد شده، تیجاد تصفیه خانه های کوچک می-باشد که با انجام این کار می توان شاهد نتایج مثبت و کاهش خطرات ایجاد شده بود.