نام پژوهشگر: نازنین محمودی

بررسی اثر توزیع اثر qtl بر صحت ارزیابی ژنومی با روش bayesian
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید باهنر کرمان - دانشکده کشاورزی 1392
  نازنین محمودی   محمود هنرور

در این مطالعه ژنومی متشکل از 10 کروموزوم هر یک به طول 200 سانتی¬مورگان شبیه¬سازی شد. نشانگرها بر روی ژنوم با فواصل 2/0 سانتی¬مورگان طراحی شدند و جایگاه‏های ژنی مؤثر بر صفات بر روی ژنوم با توزیع تصادفی و تعداد متغیر شبیه¬سازی شدند و تنها اثرات افزایشی ژنها در نظر گرفته ¬شد. در ابتدا جمعیت پایه¬ای از حیوانات با اندازه مؤثر 100 (50 نر و 50 ماده) شبیه¬سازی شد و این ساختار جمعیتی برای 50 نسل با آمیزش تصادفی ادامه یافت تا عدم تعادل پیوستگی بین نشانگرها و qtl ایجاد شود. پس از این اندازه جمعیت به 1000 فرد در نسل 51 (نسل مرجع) گسترش یافت. در نسل مرجع از اطلاعات ژنومیک و فنوتیپی اثرات نشانگری محاسبه گردید. در نسل 52 تا 57 (نسل هدف) ارزش اصلاحی ژنومی محاسبه شد. هدف از این تحقیق بررسی اثر سه توزیع کای‏اسکور، بتا و گاما به طور جداگانه بر صحت ارزیابی ژنتیکی و صحت انتخاب بود. در همه توزیع¬ها، با گذشت نسل¬ها از زمان برآورد اثرات نشانگری صحت برآورد ارزش های اصلاحی کاهش یافت. نتایج نشان داد که هر چه از جمعیت مرجع دور می¬شویم با افزایش نسل¬ها از نسل 51 به 57 صحت برآورد ارزش¬های اصلاحی ژنومی کاهش می¬یابد. همچنین وراثت پذیری بالا (2/0) نسبت به وراثت پذیری پایین (05/0) در تعداد qtl مشابه در نسل¬های 51 تا 57 از صحت بیشتری برخوردار می¬باشد. در مقایسه توزیع ها در وراثت پذیری پایین با تعداد 20، 50 و 100qtl، بترتیب توزیع گاما 4 (shape=0.4 , scale=1.66)، توزیع گاما 1 (shape=1.48 , scale=11.2) و توزیع بتا 2 (shape1=3.11 , shape2=1.16)و در وراثت پذیری بالا با تعداد 50 و 100 qtl توزیع گاما 5 (shape=0.4 , scale=1) در هر دو روشlasso و ridge برتری داشتند. با چهار تعداد ژن عمده اثر (10،20، 50و100) تعداد 50 و توزیع اثرات گاما باعث افزایش صحت برآوردها می¬شوند.