ماهی سیم (abramis brama orientalis) اهمیت ویژه¬ای از لحاظ اکولوژیک، بیولوژیک و اقتصادی دارد که متاسفانه بدلیل صید بی¬رویه، آلودگی¬ها، تخریب زیستگاه¬ها و مناطق تخم¬ریزی، نسلشان در دریای خزردرحال نابودی است.شناخت تنوع ژنتیکی این گونه ارزشمند اهمیتی حیاتی جهت مدیریت و برنامه¬های حفاظتی آن دارد.در این مطالعه از هفت جایگاه ریزماهواره جهت بررسی تنوع ژنتیکی نمونه¬های وحشی ماهی سیم (از سه ایستگاه چابکسر، چمخاله و بندرانزلی) و مقایسه آن با نمونه¬های پرورشی استفاده شد. تعداد 20 قطعه ماهی از هر یک از مناطق مورد نظر تهیه شد. براساس نتایج بدست آمده میزان032/0 fst،بدست آمد که نشان دهنده تمایز پایین ژنتیکی بین مناطق مورد بررسی می¬باشد. تفاوت معنی¬داری از نظر تعداد الل و هتروزیگوسیتی بین جمعیت های وحشی و پرورشی مشاهده نشد.17تست از 28 تست مورد بررسی، انحراف از تعادل را نشان دادند. دلیل این انحراف را می¬توان به کاهش هتروزیگوسیتی ناشی از آمیزش میان افراد خویشاوند و همچنین کاهش تعداد مولدین موثر نسبت داد. بیشترین فاصله ژنتیکی بین نمونه¬های مناطق چابکسر و پرورشی(39/0) و کمترین فاصله ژنتیکی مربوط به نمونه های مناطق چابکسر و چمخاله (23/0) می باشد.