چون انتقال پروتون بین شاخه های جانبی اسید آمینه در محاسبات تیتراسیون پروتئین ومحاسبات pka نقش دارند، لذا دانستن مکانیسم انتقال پروتون بین شاخه های جانبی اسیدهای آمینه از اهمیت خاصی برخوردار است. در این تحقیق با استفاده از روشهای محاسباتی(روشb3lyp وتابع پایه ?????????) مکانیسم انتقال پروتون وتشخیص حالت واسطه بین اسید آمینه های لیزین وگلوتامیک اسید مورد بررسی قرار گرفت و ویژگیهای ساختاری که شامل طول وزوایای پیوند مولکولهای مذکور می باشد به دست آمد. همچنین با استفاده از محاسبات ترمودینامیکی ،ثابت های سرعت در فاز گاز و محلول و همچنین مقدارpka به دست آمد.