پایداری سیستم های تولید به دلیل استفاده بی رویه از نهاده های شیمیایی خارجی نسبت بالا انرژی های ورودی به خروجی در معرض خطر است. هدف از این تحقیق تدوین شاخصی مرکب برای کمی کردن میزان پایداری بوم شناختی نظام های تولید خربزه و هندوانه در منطقه سیستان است. اطلاعات مربوط به نظام های تولید شامل سنجه های اجتماعی-اقتصادی، زراعی و دامی، کود و مواد شیمیایی، مدیریت بقایای گیاهی، آب و آبیاری، شخم و مکانیزاسیون، مدیریت علفهای هرز و تنوع گونه ای با استفاده از پرسش نامه مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. نتایج نشان داد که میانگین امتیاز شاخص پایداری در این نظام ها برای بوم نظام خربزه78/37 و برای بوم نظام هندوانه 1/42 از 100 امتیاز می باشد، که نشان می دهد سیستم های تولید خربزه در منطقه سیستان جزء سیستم های نسبتا ناپایدار و سیستم های تولید هندوانه جز سیستم های نسبتا پایدار هستند. بیشترین امتیاز کسب شده (از مجموع 100 امتیاز) مربوط به سنجه های تولید و عملکرد برای بوم نظام خربزه و سنجه های تنوع زیستی و اقلیم برای بوم نظام هندوانه بود. نتایج این مطالعه همچنین نشان داد همبستگی بالای بین مقدار تولید، درآمد و کارایی انرژی با شاخص پایداری وجود داشت.