امروزه سیستم های کامپیوتری و نرم افزارهای مربوطه بطور وسیعی در رشته های گوناگون مورد استفاده قرار می گیرند. طیف وسیعی از شرکت ها و اشخاص در زمینه ی طراحی و تولید نرم افزارها و سیستم های کامپیوتری به فعالیت مشغول هستند. در حال حاضر به دلیل عدم آگاهی اکثر تولیدکنندگان نرم افزار از قدرت تکنیک های مهندسی معکوس، تولیدات و حقوق مالکیت آن ها بر نرم افزار و داده های ارزشمند، مورد تعرض قرار می گیرد که این امر لطمه های جبران ناپذیری را به آن ها وارد می کند. برای جلوگیری از تهدیدات، تحقیقات گسترده ای برای توسعه ی تکنیک های محافظت از نرم افزار صورت گرفته است. با توجه به اینکه این تحقیقات در این حوزه به دلیل حساسیت، محرمانه بوده و در اختیار همگان قرار نمی گیرند، لذا دانش فنی در این زمینه بسیار محدود می باشد. در این پایان نامه، ابتدا ساختار pe فایل های اجرایی در ویندوزهای ?? و ?? بیتی مورد بررسی قرار گرفته است. سپس نحوه ی خارج کردن کد مورد نظر از یک برنامه بررسی و انجام شده است. در ادامه نحوه ی تزریق کد استخراج شده به یک برنامه ی منبع تشریح و انجام شده. در نهایت از تکنیک های ذکر شده برای محافظت و رمزنگاری ایستا و پویای فایل های اجرایی با ساختار pe استفاده شده است.