نام پژوهشگر: جواد مولی

بررسی تاثیر کورکومین قرار گرفته در دندروزوم بر لاین های توموری و سلول های بنیادی از طریق مطالعه پروفایل بیان ژن های oct4, htert, survivin و bax قبل و بعد ازتاثیر دارو
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1388
  عباس پادگانه   مجید صادقی زاده

کموتراپی، امروزه از رایج ترین استراتژی های درمانی سرطان می باشد. با این حال، عود مجدد و تاثیرات ثانویه شدید در این شیوه درمانی، نیاز به طراحی، تولید و کشف داروهای موثر تر با خطرات جانبی کمتر را مشهود می سازد. کورکومین با نام علمی diferuloylmethane، پلی فنلی زردرنگ و جزء فعال اصلی گیاه زردچوبه یا curcuma longa می باشد. این ماده از طریق مهار چندین مسیر سیگنالینگ سلولی قادر به جلوگیری از تکثیر، تهاجم، متاستاز ، رگ زایی و القای آپوپتوز می باشد. با این حال، حلالیت بسیار ضعیف کورکومین در محیط آبی، امکان استفاده گسترده از این ترکیب ارزشمند را محدود نموده است. دندروزوم ها نسل جدیدی از ناقلین با ویژگی هایی از قبیل حلالیت در آب، خنثی بودن بار الکتریکی، زیست سازگاری، شاخه دار بودن، داشتن ابعاد نانو و عدم توکسیسیته سلولی، از قابلیت بالایی جهت انتقال ژن به سلول های انسانی برخوردار می باشند و در تحقیقات پیشین این گروه جهت ترنسفکشن و ایمنی زایی مورد استفاده قرار گرفته اند. در پژوهش حاضر، برای نخستین بار، قابلیت دندروزوم ها در افزایش رسانش یک ترکیب دارویی مورد بررسی قرار گرفته است. بدین منظور، تاثیر تیمار فورمولاسیون دندروزومی کورکومین در مقایسه با کورکومین آزاد بر سلول های ags با منشا توموری آدنوکارسینومای معده مورد بررسی قرار گرفت. از تکنیک فلوسایتومتری جهت بررسی تاثیر تیمار دارو بر چرخه سلولی و القای آپوپتوز استفاده گردید. همچنین جهت بررسی تاثیر دارو بر بیان ژنهای oct-4، htert، survivin و bax از تکنیک rt-pcr نیمه کمی استفاده شد. بر اساس نتایج بدست آمده، فورمولاسیون کورکومین با دندروزوم، حلالیت آبی این ماده ی شدیدا هیدروفوب را به میزان قابل توجهی افزایش می دهد. تیمار سلول ها با کورکومین آزاد پس از 6 ساعت، سبب القاء توقف چرخه سلولی در فاز g2/m گردید، در حالیکه این تاثیر در مورد فورمولاسیون دندروزومی دارو، 4 ساعت پس از زمان تیمار مشاهده شد. تصویر برداری میکروسکوپ فلورسنت نیز ورود سریع تر و بیشتر دارو در اثر تیمار فورمولاسیون دندروزومی را تایید نمود. همچنین، القای آپوپتوز در سلول ها، در پایان 18 ساعت زمان تیمار، در مورد فورمولاسیون دندروزومی کورکومین 48 درصد و در مورد کورکومین آزاد 20 درصد مشاهده شد که کارایی دندروزوم ها در افزایش ورود و تاثیر کورکومین را پیشنهاد می نماید. همچنین، کاهش نسبی بیان ژن های oct-4 variants b & a، htert و survivin که از ژن های دخیل در قدرت بالای تکثیر و بقای حیات سلول های سرطانی می باشند، و همچنین افزایش سطح بیان ژن پروآپوپتوتیک bax ، حاکی از تاثیر مهاری کورکومین بر بقا و ورود تدریجی سلول ها به مسیر آپوپتوز می باشد.

شناسایی بیوانفورماتیک و تجربی پروتئینهای پریونی احتمالی جدید غنی از سرین در مخمر ساکارومیسس سرویزیه
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1388
  مهشید رحمت   حمیدرضا کلهر

هدف- پریونها پروتئینهای عفونی و مسئول بروز برخی از بیماریهای نورودژنراتیو می باشند که به این بیماریها "آنسفالوپاتیهای اسفنجی شکل قابل انتقال " اطلاق می گردد. این پروتئینها قادرند توده های آمیلوئیدی تشکیل دهند که ویژگی بارز آنها محتوای غنی از صفحات بتا می باشد. امروزه به دلیل سهولت دستکاریهای ژنتیکی و بیوشیمیایی، از مخمرها به عنوان مدلی جهت مطالعه پریونها استفاده می گردد. در این پایان نامه، از مخمر ساکارومیسس سرویزیه به عنوان مدلی جهت مطالعه شکل گیری پریونهای احتمالی جدید غنی از سرین استفاده شده است. به این منظور ابتدا پروتئوم مخمر ساکارومیسس سرویزیه به طور کامل تهیه شد و به کمک شش برنامه نوشته شده در matlab مورد بررسی قرار گرفت، سپس لیست بدست آمده برای بررسی تشکیل تجمعات پروتئینی توسط نرم افزارهای tango و waltz نیز مورد مطالعه قرار گرفت و در نهایت دو پروتئین srp40 و ypl229w جهت بررسی آزمایشگاهی انتخاب گردید. این دو ژن به کمک pcr تکثیر شده و در مرحله انتقال به مخمر ساکارومیسس می باشند. هم چنین جهت تهیه نمونه کنترل مثبت، قطعه ژنی sup35nm با pcr تکثیر شد و با کمک آنزیم های محدودالاثر در وکتور نوترکیب مخمری -که قبلا gfp را در آن کلون کرده بودیم- قرار گرفت و به سلول های مخمری منتقل گردید و در مرحله بعد از آن سریال رقت تهیه شد.. به نظر می رسد افزایش بیان نمونه کنترل مثبت در سویه مخمری جهش یافته [psi-] تا حدودی روی رشد و بقای این سلول ها در مقایسه با سویه وحشی اثر می گذارد، از سوی دیگر با افزایش دما از 30 درجه به 37 درجه این اثر تا حدودی تشدید می گردد.

بررسی هم بیانی ژن occ-1 با ژن مجاور آن در سرطان کولورکتال
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1391
  هادی نجفی   بهرام محمد سلطانی

با توسعه ابزارهای شناسایی ژنوم، بسیاری از فاکتورهای مرتبط با بیماریهای شایع ژنتیکی شناسایی شدند. پس از آن زمینه های تحقیقاتی زیادی در راستای مطالعه ژنوم و ارتباط آن با بیماریهای ژنتیکی و همچنین مکانیسم های ملکولی بوجود آورنده آنها شروع به کار کردند. بعدها با جمع آوری توالی کل ژنوم برخی موجوداتی مانند c-elegance و با استفاده از آنها بعنوان مدل مطالعاتی ژنوم انسان نقش کلی بسیاری از ژنهای مشابه انسانی در ایجاد بیماری تخمین زده شد

تاثیر بیش بیان کلاستر mir-302 بر مارکرهای تهاجم و رگ زایی در رده های سلولی سرطان کولون و پوست
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک وزیست فناوری - پژوهشکده بیوتکنولوژی 1392
  حمید معادی   آرش جاوری

متاستاز یک پدیده ی مهم در بیولوژی سرطان بوده که همواره توجه دانشمندان را به خود معطوف نموده است، چرا که این پدیده نقش عمده ای را در مرگ و میر بیماران سرطانی ایفا می نماید. مطالعات نشان داده اند که ژن های متفاوتی در این پدیده دخالت دارند و در این میان، نقش برخی از این ژن ها کلیدی است. برخی از مطالعات عملکردی نشان داده اند که خاصیت تهاجمی تعدادی از رده های سلولی سرطانی ترانسفکت شده با کلاستر mir-302 تا حد قابل ملاحظه ای مهار می شود. به منظور بررسی اثرات بیش بیان اعضای خانواده mir-302 بر تعدادی از مارکرهای تهاجم و رگ زایی در رده های توموری ملانوما (a-375) و کولورکتال (ht-29)، سلول ها با وکتور pegfpc1-mir-302 و وکتور mock به عنوان کنترل ترانسفکت شدند. پس از گذشت 30 روز از ترانسفکشن سلول ها، بیان ژن های cdh1، snail، hif1-β، hif1-α، vegfa، dll4، mmp2 و timp1 با روش های rt-pcr و quantitative real-time pcr مورد بررسی قرار گرفت. نتایج بدست آمده حاکی از افزایش بیان ژن cdh1 و کاهش بیان ژن های snail، hif1-β و vegfa در هر دو رده ی سلولی بود، حال آنکه کاهش بیان ژن های mmp2، hif1-α و dll4 تنها در رده ی سلولی a-375 مشاهده گردید. افزایش بیان ژن های mmp2 و dll4 در سلول های ترانسفکت شده با mir-302 در رده ی سلولی ht-29 یکی از نتایج بحث برانگیز در این مطالعه بود. به طور کلی نتایج حاصل از این مطالعه نشان داد که این کلاستر به عنوان یک تنظیم کننده عمده عمل نموده و می تواند بسیاری از ژن های درگیر در مراحل مختلف متاستاز و رگ زایی را مهار نماید.برخی از مطالعات عملکردی نشان داده اند که خاصیت تهاجمی تعدادی از رده های سلولی سرطانی ترانسفکت شده با کلاستر mir-302 تا حد قابل ملاحظه ای مهار می شود.

اثر یک جلسه تمرین مقاومتی بر سطوح پروتئین nt-4/5 در عضله خم کننده بلند شست (fhl) و نعلی موش های نر ویستار
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم انسانی 1390
  ریحانه محمدخانی   رضا قراخانلو

نوروتروفین های مشتق از عضله در سازگاری عضلات اسکلتی به ورزش نقش دارند، اما اثرات تمرین مقاومتی بر آنها بررسی نشده است. nt-4/5 یکی از اعضای خانواده نوروتروفین ها می باشد که ناشناخته تر از دیگر اعضا باقی مانده است. هدف از مطالعه حاضر تعیین تاثیر یک جلسه تمرین مقامتی بر سطوح پروتئین nt-4/5 عضلات تند انقباض fhlو کند انقباض نعلی در دو نقطه زمانی 24 و 48 ساعت بعد از تمرین در رت های نر نژاد ویستار می باشد. تعداد 24 رت نر نژاد ویستار در سن 5 هفتگی با میانگین وزنی 230 گرم انتخاب و به طور تصادفی به 2 گروه کنترل (8 موش صحرایی) و یک جلسه تمرین( 16موش صحرایی) تقسیم شدند. در جلسه تمرین، حیوانات 3 ست و در هر ست 5 بار از نردبان با 30% وزن بدن بالا رفتند و بین تکرارها 1 دقیقه و بین هر ست 2 دقیقه استراحت داشتند. بعد از جلسه تمرینی رت های گروه تمرین در دو نوبت 24 و 48 ساعت بعد از تمرین قربانی شدند. سطوح پروتئین nt-4/5 با استفاده از کیت الایزا اندازه گیری شد. یافته های تحقیق افزایش معناداری را در سطوح پروتئین nt-4/5 عضله نعلی در نقطه زمانی 24 و 48 ساعت بعد از تمرین نشان داد و مشخص کرد که یک جلسه تمرین مقاومتی تاثیری بر سطوح پروتئین nt-4/5 عضله fhl ندارد. همچنین در این مطالعه مقادیر پایه nt-4/5 در عضله تند انقباض نسبت به کند انقباض بیشتر بود. نتایج تحقیق حاضر نشان داد که یک جلسه تمرین مقاومتی می تواند مدل مناسبی برای تحریک پاسخ نروتروفین های مشتق از عضله مخصوصاً در کند انقباض باشد.

بررسی بیان mir-132،mir-212 و mir-22 در نمونه های توموری و غیر توموری پستان
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زیستی 1392
  زهرا دماوندی   جواد مولی

microrna ¬ ها یک کلاس عمده از ملکول ¬های rna کوچک، درون زاد هستند که بیان ژن ها را به صورت پس از رونویسی تنظیم می کنند. اهمیت mirna ها در سرطان های انسانی متعددی از جمله سرطان پستان مشخص شده است. سرطان پستان فراوان ترین سرطان در زنان است و مشابه سایر سرطان ها یک بیماری ژنتیکی ناشی از تجمع پیشرونده¬ی نقایص ژنتیکی می باشد. حذف کروموزومی اتفاقی شایع در سلول های سرطانی پستان است و وقوع آن ها حضور ژن های سرکوب گر تومور را پیشنهاد می کند. حذف در منطقه 17p13.3 در 49% از سرطان های پستان گزارش شده است. mir212/132و mir22 در 17p13.3 قرار دارند و برای تکوین طبیعی غده پستان ضروری اند. بنابراین بیان غیرطبیعی آن ها می تواند با سرطان پستان مرتبط باشد. هدف این مطالعه ارزیابی تغییرات بیان mir212/132 و mir22 به عنوان یک نشانگر اختصاصی سرطان پستان است. در این مطالعه نمونه های پارافینه ی سرطان پستان از نوع کارسینومای مجاری تهاجمی، با استفاده از روش زایلن- اتانول پارافین زدایی شدند و سپس rna¬ ی تام سلول توسط trizol استخراج شد. پرایمرهای اختصاصی طراحی شدند و cdna به صورت دقیق توسط پرایمرهای سین سنتز شده اند. بیان mir212/132 و mir22 توسط real-time pcr سنجیده شد. نتیجه: براساس نتایج به دست آمده، خانواده mir212/132 در نمونه های توموری پستان نسبت به نمونه های غیرتوموری، کاهش بیان و mir22 افزایش بیان نشان دادند. همچنین هر سه mir در غدد لنفاوی متاستازی نسبت به نرمال افزایش بیان معنی داری داشتند(p<0.05). بیان متغیر mir212/132 و mir22 در نمونه های توموری پستان می تواند حضور جمعیت سلولی توموری را مدعی شود. اگر چه معرفی این microrna ها به عنوان یک فاکتور تمایز دهنده¬ی حالت توموری به بررسی های بیشتری نیاز دارد.

شناسایی پروموتر ژن sox2ot و بررسی بیان آن در نمونه های توموری مغز و رده های سلولی متفاوت توموری مغز
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زیستی 1392
  یوسف فوعانی   جواد مولی

در سالهای اخیر توجه زیادی به نقش رونوشت های غیر کد کننده بلند در تنظیم پر توانایی سلول های بنیادی و تکوین و رشد سیستم عصبی شده است.rna غیر کد کننده بلند sox2ot دارای دو واریانت sox2ot-s1 وsox2ot-s2می باشد و در درون اینترون 3 این ژن، ژن sox2 که در حفظ پرتوانی سلول های بنیادی و تکوین سیستم عصبی نقش کلیدی دارد، قرار گرفت است. از آنجا که نقش این واریانت ها و ژن sox2به طورهمزمان در تومورزایی در سیستم عصبی مشخص نشده است. در این مطالعه بیان همزمان این ژن ها در سه نوع از تومورهای مغزی گلیوما، آدنوما و منینژیوما و چهار دودمان مغزی (a172، u87-mg، 1321n1،daoy) را توسط تکنیک realtime pcr مورد بررسی قرار دادیم. همچنین با استفاده از پیش گویی های اولیه که از آنالیزهای بیوانفورماتیکی بدست آمد، ناحیه پروموتوری ژن sox2ot را شناسایی کردیم. نتایج به دست آمده نشان داد که واریانت sox2ot-s2در تمامی نمونه ها از واریانتsox2ot-s1 بیان بالاتری دارد و این اختلاف بیان معنی دار است (p=0.0324). بیان ژن sox2و هر دو واریانت sox2ot در تومورهای گلیوما نسبت به منینژیوما بالاتر بود و اختلاف بیان میان این گروه های معنی دار است(p<0.05) و با توجه به نتایج منحنی roc به نظر می رسد ژنsox2، مارکر بهتری برای تفکیک این دو نوع تومور از هم می باشد. همچنین در نمونه های توموری آدنوما sox2 بیان نسبتا بالایی دارد، ام واریانت هایsox2ot بیان خیلی پایینی دارند. نتایج منحنی roc برای تفکیک تومورهای آدنوما و گلیوما نشان داد که واریانت sox2ot-s2 مارکر بهتری برای تفکیک این دو گروه تومورها از هم می باشد. واریانت های sox2ot تنها در دودمان ی سلولیu87-mg بیان دارد در حالیکه در سه دودمان دیگر بیان ندارند و یا بسیار پایینی دارند. sox2 در دودمان 1321n1 بیان ندارد اما در سه دودمان سلولیu87-mg،a172،daoyبیان دارد. نتایج کلونیگ توالی پیش بینی شده ، با نرم افزارgenomatix، پروموتوری نشان داد که ناحیه ما بین نوکلئوتیدهای -530 و +357 دارای خاصیت تنظیمی می باشد. یافته های بدست آمده در این تحقیق بیانگر آن است که بیان متفاوت واریانت های sox2ot و ژن sox2 در انواع مختلف تومورهای مغزی احتمالا با تومورزایی سلول های عصبی در ارتباط است و بدین ترتیب محتمل است که با مطالعات بیشتر بتوان از واریانت های sox2ot و ژن sox2 به عنوان بیومارکرهایی برای تفکیک و تشخیص انواع تومورهای مغزی استفاده کرد.

بررسی اثر میدان مغناطیسی بر جریان کلسیم سلولی و مقایسه آن با مرگ سلولی در یاخته های بنیادی مغز استخوان موش صحرایی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زیستی 1392
  امیر ثابت   پرویز عبدالمالکی

میدان های مغناطیسی می توانند اثرهای گوناگونی بر جانداران از سطح یاخته تا پیکره گیاهان، جانوران و آدمی بگذارند. در بررسی های همه گیرشناسی، اثر این میدان ها در بالارفتن میزان بروز برخی از سرطان ها همچون سرطان خون به خوبی نشان داده شده است. در آزمایش های گوناگون دانشمندان کوشیده اند تا به سازوکار این اثرهای زیستی پی ببرند؛ اما داده های به دست آمده بسیار ناهماهنگ و گستره انجام این بررسی ها چه از دیدگاه فیزیکی (بزرگی میدان، بسامد، زمان میدان دهی و ... ) و چه از دیدگاه زیستی (گونه یاخته، میزان تمایز و ... ) پراکنده است. گرچه این پژوهش ها در یاخته های کشت شده در بیرون از بدن جاندار به انجام رسیده است، می توانند شاهدی بر فرآیندهای طبیعی یاخته در بدن نیز باشند. در این پژوهش، هدف دستیابی به نتایجی است که بر پایه آن ها بتوان به درک بهتری از ساز و کار تأثیر میدان بر جانداران در سطح سلولی دست یافت. برای بررسی اثرات میدان های مغناطیسی بر بقای سلول، یاخته های بنیادی مغز استخوان، در بود و نبود نیم گری از پرتو ایکس و کلسیم محیطی، در معرض میدان مغناطیسی ایستای 15 میلی تسلایی قرار گرفتند. هنگامی که سلول ها تنها با میدان مغناطیسی ایستا تیمار شدند، تفاوت معنی داری در نتایج دیده نشد. اما پس از تابش حاد با پرتو یونیزان، میدان درصد بقای سلولی به طور معنی داری افزایش داد و مانع از آپوپتوزیس القایی حاصل از پرتو ایکس، در بخشی از یاخته ها شد. واکاوی داده های کلسیم درون یاخته ها نیز بر نشان دهنده نقش کلسیم در بازدارندگی از آپوپتوزیس به عنوان یک سازوکار احتمالی است. از سوی دیگر طول فاز جی? و میتوز نیز همزمان افزایشی را نشان می دهد که می تواند فرصتی را برای ترمیم آسیب های پرتوی وارد شده به یاخته ها فراهم کند. از این رو تیمار با میدان مغناطیسی ایستا، آپوپتوزیس را سرکوب کرده و بقای سلول را در یاخته های مغز استخوان موش صحرایی ارتقا می بخشد. از این رو، میدان های مغناطیسی ممکن است با افزایش خطر گسترش تومور و جلوگیری از آپوپتوزیس، به عنوان یک عامل کمکی در جهش زایی و سرطان زایی عمل کنند.

بررسی مقایسه ای بیان mir-491 و mir-588 در نمونه های توموری و غیرتوموری ریه
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم زیستی 1392
  پریسا نایلی   جواد مولی

مقدمه و هدف: سرطان ریه اولین عامل مرگ و میر ناشی از سرطان در جهان است، از این رو تحقیقات زیادی با هدف شناخت مسیرهای درگیر در بیماری در حال انجام است. microrna ها، rna های غیر کدکننده¬ای هستند که در تنظیم بیان ژن نقش دارند. بر هم خوردن تنظیم بیان microrna ها با سرطان¬های مختلفی در ارتباط است. mir-491 در ناحیه¬ی ژنومی 9p21.3 قرار گرفته است. mir-491 از طریق هدف قرار دادن bcl-xl بر مسیر مرگ سلولی اثر دارد. این microrna بر مسیر p53 نیز تاثیر دارد. mir-588 در ناحیه¬ی q22.32 بر روی کروموزوم 6 قرار گرفته است. این ناحیه از کروموزوم به وفور در نمونه¬های سرطان ریه حذف شده است. نقش بیولوژیکی این microrna شناخته نشده است. هدف این پژوهش بررسی تغییرات بیانی این دو microrna در سرطان ریه است. مواد و روش ها: نواحی توموری و حاشیه¬ی تومور در بلوک¬های پارافینه تعیین و برش¬هایی از این بلوک¬ها تهیه شد. برای نمونه¬های تهیه شده استخراج rna، سنتز cdna و real-time pcr انجام شد. نتایج توسط نرم افزارlinregpcr پردازش و بیان microrna ها توسط نرم افزار rest 2009 آنالیز شد. نتایج: آنالیز داده¬ها نشان می¬دهد که بیان mir-491 در نمونه¬های توموری نسبت به غیرتوموری 68/2 برابر افزایش یافته است(p value = 0.04) . بیان mir-588 در نمونه¬های توموری و غیرتوموری تفاوت معناداری نشان نمی¬دهد. بحث و نتیجه¬گیری: بیان mir-491 در سرطان ریه نیز مشابه برخی سرطان¬های دیگر تغییر معناداری نشان می¬دهد، اما برخلاف گزارش¬های ارائه شده برای رده¬های سلولی پانکراس، سرطان روده¬ی بزرگ و سرطان سلول¬های سنگفرشی دهان بیان آن در بافت توموری ریه افزایش یافته است. با توجه به نقش پیش برنده¬ی آپوپتوز و ضدتکثیری mir-491 در سلول این microrna می¬تواند در تومورزایی نقش داشته باشد. با توجه به ناشناخته بودن نقش بیولوژیکی mir-588، مطالعات بیشتری برای درک نقش این microrna در سلول مورد نیاز است.

بررسی اثر مهار واریانت oct4b1 بر پروفایل بیانی ژنهای کنترل کننده مسیرهای سلولی مرگ برنامه ریزی شده و استرس در رده های سلولی u87mg (تومور بدخیم مغز)، 5637 (تومور مثانه) و ags (آدنوکارسینومای معده)
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم 1393
  محمد رضا میرزایی   جواد مولی

oct4 یکی از ژنهای مهم و کلیدی در سلولهای بنیادی است و کد کننده یک فاکتور رونویسی است که نقش کنترل بیان ژنهای مرتبط با بنیادی بودن (stemness) را به عهده دارد. با فرایند پیرایش افتراقیalternative splicing) ) حداقل سه واریانت مختلف با عملکرد متفاوت از این ژن سنتز میگردد. عمده ترین نقش این ژن کنترل پرتوانی (pluripotency) و خود باز آفرینی (self-renewal) در سلولهای بنیادی است، بطوریکه بیان این ژن نشان دهنده بنیادی بودن و کاهش یا توقف بیان آن نشانه شروع تمایز سلولی و تبدیل سلول بنیادی به یک سلول سوماتیک است. با ارائه نظریه سلول بنیادی سرطان (cancer stem cell) که بر اساس آن منشاء سرطان را سلولهای بنیادی موجود در بافت (adult stem cell) میدانند، یافتن مکانیسم های سلولی و ملکولی که سلول بنیادی را به سمت ایجاد سلول بنیادی سرطان هدایت میکند، میتواند در یافتن راههای تشخیص، درمان و پیشگیری از سرطان بسیار راهگشا باشد. مطالعات اخیر نشان داده است که واریانت oct4b1 در رده های سلول سرطانی بیان میشود و قدرت سرکوبگری مرگ برنامه ریزی شده (antiapoptotic) دارد، بنابراین این احتمال قوت گرفت که این واریانت با ممانعت از خود کشی سلول? به روند تومور زایی کمک میکند. اما با وجود اهمیت موضوع مکانیسم این عمل و ژنهای متاثر از این واریانت در مسیر مرگ برنامه ریزی شده مشخص نشده اند. از طرفی در مطالعه ای که اخیرا انجام شده است مشخص شده است بیان این واریانت (oct4b1) تحت تاثیر پروتئین های دخیل در استرس سلولی نیز قرار می گیرد? بطوریکه بیان این واریانت در پاسخ به استرس سلولی (شوک حرارتی ) افزایش میابد? اما پروفایل بیانی ژنهای کنترل کننده استرس و دخیل در این فرایند تعیین نشده است. با عنایت به اهمیت موضوع و ارتباطی که مرگ برنامه ریزی شده و استرس در شروع و پیشرفت سرطان دارند و نقشی که oct4b1 در بروز ژنهای این دو مسیر سلولی دارد، در این مطالعه، هدف تعیین پروفایل بیانی ژنهای کنترل کننده مرگ برنامه ریزی شده و استرس بدنبال سرکوب واریانت oct4b1، در رده های سلول سرطانی u-87mg (تومور بدخیم مغز)، 5637 (تومورمثانه) و ags (آدنوکارسینومای معده) میباشد .بدنبال کشت سلولهای مورد مطالعه، ابتدا با استفاده از پروب و پرایمرهای اختصاصی، بیان واریانت های مختلف oct-4 (oct-4a,oct-4b and oct-4b1) با روش real-time pcr مورد آنالیز قرارخواهد گرفت? سپس، با استفاده ازتکنولوژی sirna بیان واریانت oct-4b1 سرکوب می گردد? پس از اطمینان از سرکوب oct4b1? پروفایل بیانی ژنهای مورد نظر در دو مسیر سلولی مرگ برنامه ریزی شده و استرس تعیین میشود. با مقایسه پروفایل بدست آمده در دو گروه سلولی شاهد وکنترل، پروفایل بیانی ژنهای متاثر از مهارواریانت oct-4b1، مربوط به مسیرهای سلولی مورد مطالعه تعیین و گزارش خواهند شد.

مقایسه تغییرات پروفایل جامع بیانی micrornaها در نمونه های توموری و غیرتوموری scc مری بیماران استان گلستان
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک وزیست فناوری 1393
  محمد شفیعی   جواد مولی

سرطان مری ششمین عامل مرگ و میرهای ناشی از سرطان در دنیا می باشد. استان گلستان در شمال شرقی ایران یکی از قطب¬های جهانی با شیوع بالای سرطان مری از نوع کارسینومای سلول سنگفرشی (escc) محسوب می¬شود. مکانیسم¬های مولکولی دخیل در این بیماری هنوز بطور دقیق شناخته نشده است. اخیرا نقش mirnaها در پاتوژنز سرطانها نشان داده شده است. در این تحقیق، پروفایل بیانی بیش از هفتصد mirna در نمونه¬های بافتی پارافینه کارسینومای سلول سنگفرشی و نرمال حاشیه آن در 10 بیمار استان گلستان بررسی شد. استخراج rna و سنتز cdna از ناحیه توموری و سالم انجام گردید و پروفایل بیانیmirnaها به روش pcr array با استفاده ازmercury lnatm universal rt microrna pcr (exiqon) و با کمک دستگاهroche lightcycler® 480 انجام شد. نتایج معنی¬داری در افزایش بیان عمده در mir-519d، mir-512-5p، mir-372، mir-519a، mir-520c، mir-371، mir-524-3p، mir-517c، mir-373، mir-518a-3p، mir-518f، mir-518b، 516a-5p، mir-517a، mir-518c و mir-371-3p و کاهش بیان عمده در mir-338-3p ، mir-20b*، mir-211 و mir-658، mir-375، mir-203، mir-216b، mir-133a، mir-145، mir-133b، mir-139 و mir-143 نشان داده شد. آنالیزهای بیوانفورماتیک برای تعیین mrna هدف mirnaها بر اساس عملکرد مولکولی، فرایندهای زیستی و مسیرهای واکنشی با نرم¬افزار بیوانفورماتیکی cytoscape بیانگر تاثیرات احتمالی آنها در مسیرهای رشد و پیشرفت سرطان مانند مسیرهای مستقیم و غیر¬مستقیم p53، مسیرهای انکوژنی مهم مانند c-myc و مسیرهای تنظیمی آپاپتوز و یا تکثیر سلولی بود. همچنین مطالعات عملکردی mir-211، mir-338-3p و mir-375 نیز نشان داد بیش¬بیان آنها موجب کاهش بیان sox2ot، تغییر در سیکل سلولی و تجمع سلول¬ها در فاز sub-g1 در سلولهای nt-2 می¬شود. نتایج پروفایل بیانیmirnaها در این مطالعه با سایر مطالعات در مواردی همخوانی داشته و در مواردی نیز تفاوت¬هایی مشاهده می¬شود. عمده این تفاوت¬ها در افزایش بیان let-7d، mir-340 و mir-10 در بیماران چینی و نیزmir-16 ، mir-34c، mir-132، mir-137وmir-138 در بیماران ژاپنی می¬باشد. اطلاعات بدست آمده از نتایج این تحقیق برای اولین بار پروفایل بیانی mirnaها را در بیماران escc ایرانی نشان می¬دهد و می¬تواند در مطالعات آتی بیومارکرها و نیز در راستای کنترل escc مورد استفاده قرار گیرد.

بررسی اثرات سلنیوم بر پارامترهای اسپرم و بیان ژن catsper در بیضه موش مسن
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1386
  شبنم محمدی   منصوره موحدین

چکیده ندارد.

بررسی بیان ژن nucleostemin در بافت های توموری مغز
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1386
  مهشید ملکوتیان   جواد مولی

چکیده ندارد.

میزان شایستگی بیان ژن survivin و واریانت های پیرایشی آن به عنوان یک تومور مارکر اختصاصی در پیش آگهی سرطان مثانه
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1386
  نازیلا نورایی   جواد مولی

چکیده ندارد.

بررسی بیان bmi-1 و هدف های پایین دست آن،p16ink4a و p14arf،در سرطان مثانه
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1386
  افسانه ملک زاده شفارودی   جواد مولی

چکیده ندارد.

جداسازی، القای تمایز عصبی و بررسی پروفایل بیانی ncam و l1 و n-cadherin و ninj1 وninj2 در سلول های بنیادین عصبی مغز موش
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1386
  محمدرضا گل بار   جواد مولی

چکیده ندارد.

مطالعه بیان ژن های تنظیم کننده self-renewal سلول بنیادی در سرطان مثانه و بررسی اثرات مداخله در بیان با استفاده از تکنیک rnai
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1387
  پروانه نیک پور   جواد مولی

چکیده ندارد.

جداسازی، کشت و القاء تمایز عصبی سلول های بنیادین مزانشیمی ورید بند ناف انسان و بررسی بیان ژن های خودبازسازی nanog sox-2، oct-4 و nucleostemin در طی فرآیند تمایز
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1387
  عباس جعفری کرمانی   جواد مولی

چکیده ندارد.

بررسی الگوی بیان ژنهای bcl-2, p53, bax و survivin پس از پیوند سلول های بنیادی اسپرماتوگونیال در بیضه موش مدل کریپتور کیدیسم یک طرفه
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1388
  فروزان آبسالان   منصوره موحدین

افزایش درجه حرارت بیضه به دنبال نهان¬بیضه¬ای منجر به اختلال در اسپرماتوژنز و ناباروری می¬گردد. در تحقیق حاضر ضمن ارزیابی اثرات طولانی مدت حرارت در مدل نهان¬بیضه¬ای یک طرفه و دو طرفه بر پارامتر¬های اسپرم و ساختمان بیضه موش، بیان ژنهای دخیل در ایجاد مرگ سلولی برنامه ریزی شده در مدل نهان بیضه¬ای و راه¬های درمان کاهش سلول¬های ژرم در لوله¬¬های منی¬زا بعد از قرار گرفتن در معرض حرارت بررسی گردید. به منظور ایجاد مدل نهان بیضه¬ای یک طرفه و دو طرفه در موش نا بالغ (سن زیر دو ماه) پس از بیهوشی با ایجاد برش کوچکی در پوست ناحیه فوقانی شکم توده چربی بالای بیضه به پریتونیوم دوخته شد. 2، 4، 6و 8 هفته بعد از جراحی بیضه¬ها برداشته شده ارزیابی ساختار بیضه و پارامترهای اسپرم در اپیدیدیم آنها صورت گرفت. ارزیابی بیان mrna و پروتئین ژنهای آپوپتوتیک bcl-2 ,p53 , survivin وbax در زمان¬های مختلف پس از حرارت دیدن بیضه¬های کریپتورکید با روش¬های rt-pcr نیمه کمی و ایمونوهیستوشیمی اجرا گردید. در مرحله بعد سلولهای اسپرماتوگونی و سرتولی از بیضه موش مدل نهان بیضه¬ای دو¬طرفه با استفاده از مراحل هضم آنزیمی، pnaو dsa لکتین جدا سازی شدند. ماهیت سلول ها علاوه بر ریخت¬شناسی از طریق نشانگرهای اختصاصی oct-4 در سلول های اسپرماتوگونی کلونی¬ها و ویمنتین در سلول سرتولی تأیید شد. تعلیق سلولی حاوی سلولهای بنیادی اسپرماتوگونی به صورت هم کشت با سلول سرتولی به مدت سه هفته کشت داده شد. ارزیابی کلونی(اندازه گیری قطر و تعداد کلونی) در پایان هر هفته و با میکروسکوپ نوری انجام گرفت. در انتها دو روش درمانی مورد بررسی قرار گرفت. در گروه پیوندی سلول های اسپرماتوگونی حاصل از کشت با brdu نشاندار شد و با غلظت 105 به لوله های منی¬زای بیضه چپ موش مدل نهان بیضه¬ای 3 ماه پس از جراحی بالا بردن پیوند شده، سپس بیضه به کیسه بیضه برگردانده شد. در گروه دیگر بیضه موش مدل 2 ماه پس از جراحی بالا بردن به کیسه بیضه برگردانده شد. 8 هفته بعد از درمان بیضه¬ها از نظر ساختاری، فراساختاری، بیان ژنها و پروتئین¬های آپوپتوتیک مورد بررسی قرار گرفتند. تجزیه و تحلیل آماری به کمک آزمون آنالیز واریانس یک طرفه و آزمون تکمیلی tukey انجام شد. مطالعات ما نشان داد که در تمام گروه¬های آزمایشی اسپرماتوژنز متوقف شده، وزن بیضه¬ها و قطر لوله¬های منی¬زاکاهش یافته و تغییرات مذکور به صورت معنی¬داری در بیضه¬های گروه دو طرفه در مقایسه با گروه یک طرفه و کنترل کاهش نشان داد. اسپرماتوسیت¬ها و اسپرماتید¬ها مهم¬ترین گروه های سلول های ژرم بودند که در تمام گروه ها دچار آپوپتوزیس شدند. اطلاعات rt-pcr نیمه کمی موید تغییر بیان ژن¬های bax p53, و bcl-2 در بیضه نهان شده به صورت وابسته به زمان بود. بیان survivin 225 و 140 در گروه دو طرفه در مقایسه با گروه یک طرفه و کنترل کاهش یافته، در حالی که بیان survivin 332 در گروه¬های آزمایشی پایین بود. تغییرات مذکور در گروه¬های دو طرفه در مقایسه با یک طرفه مشهود¬تر بود. بررسی¬های ایمونو¬هیستوشیمی مویدافزایش شدت بیان پروتئین¬های p53 و bax در سلول¬های باقیمانده در بیضه کریپتورکید و کاهش بیان پروتئین¬های bcl-2 و survivin به خصوص در گروه دو طرفه بود. پیوند سلول¬های بنیادی به لوله¬های منی¬زای موش¬های گیرنده دارای تخریب شدید لوله¬ای بعد از ایجاد نهان بیضه¬ای در مقایسه با گروه برگردانده شده به کیسه بیضه موفقیت آمیز بود. پس از پیوند کلونی زایی سلول¬ها در لوله¬ها مشاهده شده، تعداد اسپرماتوگونیا و اسپرماتوسیت¬ها به حد طبیعی برگشته اما اسپرماتوژنز در مراحل پیشرفته¬تر اندکی بهبود یافت. در کل افزایش دما منجر به کاهش تمام پارامترهای بررسی شده به جز تعداد سلول های اسپرماتوگونیال گردید به این دلیل مدل مذکور برای غنی سازی سلول¬های بنیادی اسپرماتوگونیال مناسب می باشد. مشاهدات حاصل از روش¬های rt-pcr نیمه¬کمی و ایمونو¬هیستوشیمی نشان¬دهنده دخالت مسیر¬های مختلف مولکولی در آپوپتوزیس ایجاد شده در مدل نهان¬بیضه¬ای بود. برگشت نسبی فرآیند اسپرماتوژنز در سطح اسپرماتوزوا پس از پیوند ممکن است ناشی از اختلال در خون رسانی و آسیب عصبی و همچنین به خاطر عدم باز سازی طبیعی کیسه سروزی اطراف بیضه به علت ایجاد چسبندگی به دنبال جراحی باشد.

بررسی بیان ژنهای باز برنامه نویسی klf4 , sox2, oct4 و nanog در سرطان مثانه
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده علوم پایه 1388
  جمشید اسدزاده تبریزی   جواد مولی

تکثیر بی رویه و خارج از کنترل سلولها در یک موجود پر سلولی، اصلی ترین ویژگی سرطان می باشد. سلولهایی که به این مرحله می رسند خصوصیات جالبی از خود نشان می دهند ازجمله مشابهت بسیار بالای آنها به سلولهای بنیادی مثلاً از لحاظ بیان پروفایل ژنی و نیز نامیرایی و قابلیت انجام تقسیمات نامحدود. در یک تومور شکل گرفته، تعداد محدودی از سلولهای توموری این خصوصیات را نشان می دهند. این سلولها بنا بر مشابهت ذکر شده، بن یاخته های سرطانی نامیده می شوند. طبق فرضیه بن یاخته های سرطانی، همین تعداد سلولهای اندک مسئول گسترش و ایجاد بدخیمی بوده، و بنابر این اهداف ایده آلی در تشخیص و درمان سرطانها می باشند. بنا بر این مشابهت، یکی از سوالهای مطرح اینست که آیا ژنهای مهم موثر در حفظ نامیرایی و قدرت تقسیم پذیری نامحدود در سلولهای بنیادی، در بن یاخته های سرطانی نیز بیان می شوند؟ و اگر چنین است رفتار آنها در درجات و مراحل مختلف ایجاد تومور به چه شکلی است؟ آیا می توان از آنها به عنوان مارکرهایی جهت تشخیص زود هنگام و نیز درمان استفاده نمود؟ در تائید اینکه این ژنها می توانند به عنوان مهمترین ژنهای آغازگر در نظر گرفته شوند، گروهی از محققین توانستند نشان دهند که بیان نابجای تعدادی از این ژنها در سلولهای کاملاً تمایز یافته، می تواند به این سلولها خصوصیاتی شبیه خصوصیات سلولهای بنیادی بدهد و آنها را قادر به انجام تقسیمات نامحدود سازد. در این تحقیق، طبق این نتایج و نیز نظریه بن یاخته های سرطانی، بیان این ژنهای مهم توسط تکنیک قدرتمند real-time pcr در تومورهای سرطانی در مقایسه با بافت سالم بررسی شد. ژنهای مورد بررسی عبارتند از: oct4 (a, b, b1 variants)، sox2، klf4، nanog، lin28 و nucleostemin. به علاوه در این تحقیق میزان بیان این ژنها بین درجات مختلف توموری مقایسه گردید. نتایج این تحقیق حاکی از آنند که ژنهای oct4-a، oct4-b، oct4-b1 و nucleostemin در تومورها نسبت به بافتهای سرطانی افزایش بیان نشان می دهند. به علاوه، مقایسه بیان در درجات مختلف توموری نشان داد که ژن oct4-b1 در درجات بالای توموری افزایش بیان بیشتری نسبت به درجات پائین توموری از خود نشان می دهد. همچنین ژن sox2 که در حالت کلی افزایش بیانی ازخود نشان نمی دهد، در درجات بالا بشدت بیانش افزایش می یابد. ژن nucleostemin نیز در تومورها افزایش بیان معنی داری از خود نشان می دهد که این افزایش بیان در درجات مختلف توموری تغییر خاصی نمی کند.

بررسی جایگاه درون سلولی آنزیم ‏‎sk1-1/s1p‎‏ در لاین سلولی ‏‎cos-7‎‏ ترانسفکت شده با وکتور ‏‎pires-hski-v5‎‏
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس 1381
  آناهیتا حمیدی   جواد مولی

آنزیم ‏‎site-1-protease/subtilisin-kexin isozyme-1)sip/ski-1‎‏) پروتئازی است که بر خلاف ‏‎precursor convertase)pc‎‏ )های پستانداران ، سوبسترای خود را پس از آمینواسید های هیدروفوب درتوالی ‏‎x‎‏- ‏‎arg/lys)-x-(hydrophobic)-(l,t)‎‏)برش می دهد. به نظر می رسد که آنزیم در ‏‎er‎‏، دستگاه گلژی و یا وزیکول های ترشحی وجود دارد، ولی احتمالا در دستگاه گلژی فعالیت خود را انجام می دهد. مشخص نمودن جایگاه درون سلولی آنزیم ‏‎sip/ski-1‎‏ در لاین سلولی ‏‎cos-7‎‏ هدف اصلی این تحقیق بوده است. پس از تکثیر ژن مورد نظر به روش ماکسی پرپ، سلولهای ‏‎cos-7‎‏با رکتور پلاسمیدی (حاوی ‏‎dna‎‏‏‎c‎‏ی کدکننده ‏‎sip/ski-1-v5‎‏ ) ترانسفکت شد و از آنجایی که ‏‎cdna‎‏ی پروتئین ‏‎egfp‎‏ در وکتور به عنوان گزارشگر حضور داشت، به روش فلورسانس میکروسکوپی و نیز روش فلوسیتومتری سطح بیان و درصد سلولهای ترانسفکت شده مشخص شد. وجود سیگنال مثبت در تصاویر میکروسکوپ فلورسنت انجام دادن موفقیت آمیز ترانسفکشن را تایید کرد. برای اثبات بیان شدن ‏‎sip/ski-1‎‏ ، واکنش ‏‎rt-pcr‎‏ انجام شد. سپس ایمنوهیستوشیمی بر روی تک سلولی ترانسفکت شده با استفاده از آنتی بادی بر علیه وصله ‏‎v5-tag‎‏ که به قسمت ‏‎c-terminal‎‏ ژن اضافه شده است انجام شد. نتایج حاصل از ایمنوهیستوشیمی نشان داد که آنزیم در ساختارهایی شبیه ‏‎er‎‏ و دستگاه گلژی قرار دارد اما توزیع رنگ آمیزی در اطراف هسته بیشتر از قسمتهای دیگر است. مشاهده سلولهای سبز رنگ با میکروسکوپ فلورسنت، نشان داد که استفاده از روش لیپوفکشن برای انتقال ژن به سلولهای کشت داده شده پستانداران موفق بوده است. الگوی رنگ آمیزی در ایمنوهیستوشیمی ضمن اینکه فرضیات قبلی را در مورد محل استقرار درون سلولی آنزیم تایید می کند، پیشنهاد می کند که آنزیم در ‏‎er‎‏ و دستگاه گلژی قرار دارد و فعالیت می کند.