بیماری باکتریایی نواری غلات یا bacterial leaf streak(bls) که بیماری bacterial leaf strip نیز نامیده میشود، از سال ها پیش در شرایط متفاوت آب و هوایی بعنوان یکی از مهمترین بیماری های باکتریایی گندم و جو در کشورهای مختلف جهان محسوب می گردید و همواره مورد توجه بوده است (60 و 28). بررسی ها نشان داده است که این بیماری در گستره نسبتاً وسیعی از شرایط آب و هوایی خسارت زا است. عامل بیماری باکتریxanthomonas translucens نام دارد. هنگامیکه بیماری بر روی گلوم دیده شود black chaff نامیده میشود. این بیماری، بذرزاد بوده و بذر آلوده مهمترین منبع اینوکلوم این بیماری محسوب میشود، بنابراین برای گسترش جرم پلاسم، آلودگی بذر امری ضروری میباشد. باکتری عامل بیماری ابتدا برروی جو و سپس از گندم، چاودار، چمن ها و بالاخره از میزبان تریتیکاله شناسایی شد(136 و 135). در سال های 86 و87 نمونه های دارای علائم بیماری نواری باکتریایی از میزبان های گندم، جو، لولیوم و فالاریس از استان های کرمان، کرمانشاه و فارس جمع آوری شدند. در محیط آگار غذایی 67 جدایه باکتری شامل 32 جدایه از میزبان های گندم، لولیوم و فالاریس و 35 جدایه از میزبان های جو حاصل شدند. تمامی جدایه ها میله ای شکل، گرم منفی، با کلنی های لعاب دار زردرنگ ، اکسیداز منفی و کاتالاز مثبت بودند و از سیستئسن گاز h2s تولید کردند. این جدایه ها قادر به استفاده از فروکتوز، آرابیتول، گلوکز، ترهالوز، سیترات، سلوبیوز و زایلوز بودند، اما قادر به مصرف مانوز، مانیتول، ملیبیوز، سالیسین، زایلیتول، رامنوز، مالتوز، آرابینوز و دی تارتارات نبودند. بر اساس ویژگی های فنوتیپی و آزمون بیماریزایی، 32 جدایه باکتری x. translucens pv.cerealis و 35 جدایه باکتری x.translucens pv.hordei شناسایی شدند. نتایج حاصل از sds-page تفاوتهای قابل توجهی را از نظر تنوع پروتئینی جدایه ها نشان ندادند. با استفاده از همانند سازی توالی های تکرار شونده با آغازگرهای eric, box در جدایه ها و دندروگرام ترسیم شده، وجود برخی تشابه ها و تفاوت ها مشهود است. نتایج حاصل از آغازگرهای eric ,box در 11 جدایه از استان های کرمان، کرمانشاه و فارس و 3 جدایه استاندارد ایرانی ارسالی از بلژیک، نشان دهنده نتایج قابل تأملی است که نیازمند وجود بررسی های بیشتر در سطوح گسترده تر است. بررسی نتایج حاصل از آغازگر eric نشان دهنده وجود 5 گروه متفاوت ژنومی در سطح تشابه 84% است. بطوریکه گروه مربوط به جدایه های 906 جو کرمان، 922 گندم کرمان، 41 ارزوئیه کرمان، 22 گندم کرمانشاه، 1 گندم درودزن فارس، 53 گندم ارزوئیه کرمان، 9 گندم بیضاء فارس و 48 فالاریس ارزوئیه کرمان با گروه مربوط به تنها جدایه استاندارد 923 دارای سطح تشابه نزدیک به 93% هستند. در حالیکه گروه مربوط به جدایه 30 جو کرمانشاه با گروه جدایه های 36 جو ارزوئیه کرمان، 62 جو جیرفت و 58 جو ارزوئیه کرمان و جدایه 27 جو سروستان فارس در سطح تشابه نزدیک به 92% قرار دارند. جدایه های 36، 62، 58 با جدایه 27 سطح تشابه نزدیک به 93% را دارند. نتایج مربوط به آغازگر box بیانگر سطح تشابه 91% جدایه های استاندارد 906 و 922 و 923 با جدایه های جمع آوری شده از استانهای کرمان، کرمانشاه و فارس است. در نتایج حاصل از این آغازگر 4 گروه متفاوت ژنومی مشهود می باشند. گروه مربوط به جدایه های 922، 923، 9، 1و 22 با گروه مربوط به جدایه های58، 62، 27، 36 و 30 در سطح تشابه نزدیک به 95% قرار دارند، در حالیکه گروه مربوط به جدایه های 53 و 48 با جدایه استاندارد 906 سطح تشابه کمتری را نسبت به دو گروه قبل نشان میدهند.

بیماری جاروک لیمو ترش candidatus “phytoplasma aurantifolia” که به عنوان میکروارگانیسم همراه آن تلقی می شود، از عوامل خسارتزای جدی و خطرناک لیمو ترش و دیگر مرکبات حساس در مناطق جنوبی ایران و کشور های حاشیه خلیج فارس می باشد. در این بررسی به منظور کنترل بیماری جاروک لیمو ترش، اثر متقابل ویروس تریستزای مرکبات و فایتوپلاسمای همراه جاروک در لیمو ترش مورد ارزیابی قرار گرفته تا اثرات سینرژیستی یا احیانا آنتاگونیستی آن ها مشخص شود. در این بررسی 50 نهال یک ساله بذری لیمو ترش با استفاده از 3 پیوندک به هر یک از دو استرین m1s و f ویروس تریستزا آلوده شدند. سه ماه پس از آلوده سازی، با مشاهده علائم ظاهری رگ روشنی (vein clearing) و انجام آزمون های سرولوژیکی و مولکولی جهت تایید حضور ویروس در این گیاهان، آلوده سازی آن ها به جاروک لیمو ترش انجام گرفت. برای آلوده سازی دوم، 15 نهال آلوده به هر استرین ویروس تریستزا و همچنین 15 نهال سالم بذری به عنوان شاهد، توسط سه پیوندک به فایتوپلاسمای همراه جاروک لیمو ترش آلوده شدند. حدود 2 ماه پس از آلوده سازی، به منظور تعیین میزان عامل همراه جاروک لیمو ترش در نهال های آلوده به تریستزا-جارویی و نسبت به میزان موجود در نهال های فقط آلوده به جارویی، از real-time pcr با استفاده از آغازگر های ژن پروتئین غشائی آنتی ژنیک فایتوپلاسمای همراه جاروک لیمو ترش، استفاده شد. آنالیز داده ها توسط مقدار عددی چرخه آستانه (ct) و بر اساس طرح کاملا تصادفی صورت گرفت و مشخص شد که تفاوت معنی داری در سطح 1%، بین تیمارهای مختلف آلوده به فایتوپلاسمای همراه جاروک لیمو ترش در real-time pcr وجود دارد. مقایسه میانگین ها با آزمون lsd (least significant difference test) نشان داد که تفاوت معنی داری در سطح 1%، بین مقدار فایتوپلاسما، در نهال های فقط آلوده به جاروک لیمو ترش با مقدار آن روی نهال های آلوده به تریستزا-جاروک لیمو ترش وجود دارد و این امر نشان دهنده این است که دو استرین ویروس تریستزای به کار گرفته شده تاکنون به طور نسبی قادر به جلوگیری از افزایش جمعیت فایتوپلاسمای همراه جاروک لیمو ترش بوده اند.

کلزا یکی از گیاهان مهم روغنی می باشد که تنها بعد از سویا و نخل روغنی جایگاه سوم را در تولید جهانی به خود اختصاص داده است. این گیاه عضو خانواده براسیکا می باشد. یکی از مهمترین عوامل محدود کننده تولید دانه های روغنی از جمله کلزا مجموعه ای از آفات هستند که به این گیاه خسارت وارد می کنند. آفات حشره ای گیاهان روغنی کلزا، منحصراً مختص خانواده شب بو هستند که از جمله این آفات، آفات پروانه ای می باشند. آفات پروانه ای اختصاصی خانواده شب بوئیان از جمله plutella xylostella و pieris brassicae جز مهمترین آفات سبزیجات می باشند و همواره کلزا را مورد حمله خود قرار می دهند. یکی از عوامل مهم در حفظ و افزایش عملکرد گیاهان زراعی، کنترل آفات و کاهش خسارت ناشی از آن است. انتقال ژن های مقاومت به حشرات از جمله ژن های bt یک راهبرد جدید و مکمل اصلاح کلزا برای مبارزه با آفات این محصول به حساب می آید. در این تحقیق، جهت تراریخت نمودن گیاه کلزا، از هیپوکوتیل به عنوان ریزنمونه در تراریختی رقم slm046 کلزا به واسطه agrobacterium tumefaciens استفاده شد. ژن cry1ab تحت کنترل پیشبر pepc و پایانبر 35s به گیاه کلزا انتقال داده شد. گیاهان تراریخته احتمالی در محیط گزینش حاوی غلظت های مختلف فسفینوتریسین غربال شدند. آنالیز pcr با آغازگرهای اختصاصی ژن cry1ab، حضور ژن انتقال یافته در گیاهان را نشان دادند. همچنین آنالیز pcr با آغازگرهای اختصاصی ژن bar نیز حضور این ژن را در گیاهان تراریخت تا?یید کردند. بیان این ژن و تولید پروتئین cry1ab نیز با استفاده از آزمون جریان جانبی مورد تایید قرار گرفت.

در سال های 1389-1387 نمونه برداری از برگ، شاخه و میوه های دارای لکه های قهوه ای رنگ در باغات پسته ی برخی مناطق استان کرمان صورت گرفت. از نمونه های آلوده ی برگ و سرشاخه،باکتری همراه با بیماری طبق روش های مرسوم در باکتری شناسی، جدا و خالص سازی شد.جدایه های باکتری همراه با بیماری گرم منفی، دارای کلنی محدب، برجسته ولعاب دار و زرد رنگ بودند جدایه ها هوازی،متحرک،اکسیداز منفی و غیر فلورسانت بوده و نتایج آزمون های تولید آرژنین دی هیدرولایز، اوره آز، احیای نیترات، تولید اندول و استوئین منفی بوده ولی آنها توانایی هیدرولیز کازئین، ژلاتین،اسکولین، نشاسته و توئین 80 داشتند. رشد در حضور 1/0 درصدttc متوقف گردیده و جدایه ها تولید رنگدانه زانتومونادین کردند.بیماری زایی جدایه ها با مایه زنی بر روی نهال پسته به اثبات رسید.هم چنین جدایه ها مورد بررسی فیزیولوژیکی، بیوشیمیایی و الکتروفوز پروتئین های محلول سلولی(sds-psge) قرارگرفتند. به منظور ارزیابی دامنه ی تنوع ژنتیکی جدایه ها، dna ژنومی آنها استخراج و در واکنش زنجیره ای پلیمراز با روش rep-pcr و با آغازگرهای eric1r،eric2، boxair، rep1r، rep2 به کار برده شد. ونتایج حاصل از آنالیز نوارهای دی.ان.ای به دست آمده نشانگر وجود تنوع در جدایه های پسته می باشد. به منظور تعیین ارتباط فیلوژنتیکی و کمک به تشخیص دقیق تر گونه یا گونه های جدایه ها از تکثیر و تعیین توالی ژن های gyrb و rpod و بررسی با استفاده از ابزار های بیوانفورماتیک انجام شد. نتایج بیانگر وجود دو گروه در جدایه هایبدست آمده از درختان پسته است.بر اساس ویژگی های ژنوتیپی جدایه ها متعلق به دو گونه ی xanthomonas arboricolaوxanthomonas. sp. تشخیص داده شدند.

تاک یا انگور (vinifera vitis) گونه ای از خانواده انگورسانان (vitaceae) است. در این خانواده ?? جنس و بیش از ??? گونه وجود دارد که مهم ترین جنس این خانواده جنس انگور(vitis) است. میوه انگور به نوع دانه دار و بی دانه تقسیم می شود. هر یک از این دو نوع در رنگ های سرخ ، سیاه ، زرد و سبز دیده می شوند. این میوه در مناطقی که حداکثر دمای ان بیش از ?? درجه سلسیوس و حداقل آن کمتر از ?? درجه زیر صفر نباشد بهتر رشد می کند (2). انگور یکی از مهمترین میوه هایی است که از زمانهای بسیار قدیم مورد استفاده بشر قرار گرفته است و دارای ویتامینهای a , b ، c و مقداری منیزیم ،کلسیم، آهن ، فسفر پتاسیم و آلبومین می باشد. به دلیل خواص ضد عفونی کنندگی انگور به عنوان یکی از میوه های ضد سرطان شناحته می شود(30). 1-1- سطح کشت، میزان تولید و عملکرد انگور کشور سطح کشت: سطح زیر کشت تاکستانهای کشور در سال 1387 با احتساب درختان پراکنده انگور حدود 302 هزارهکتار بوده که 1/92 درصد آن درختان بارور مو می باشند. استان فارس با سهم 8/20 درصد از سطح بارور تاکستانهای کشور در جایگاه نخست قرار دارد. استانهای خراسان رضوی، قزوین، آذربایجان غربی، زنجان، همدان و آذربایجان شرقی به ترتیب با 2/12، 2/11، 4/7 ، 7 ، 1/6 و 9/5 درصد در سطح بارورتاکستان های کشور در رتبه های بعدی قرار گرفته اند. در مجموع 5/70 درصد سطح بارور انگور کشور در این هفت استان می باشد (3). میزان تولید: تولید انگورکشور حدود 7/1 میلیون تن بوده که 9/91 درصد آن از کشت آبی حاصل می شود. استان قزوین با قرار گرفتن در رتبه سوم از نظر سطح بارور با تولید 5/14 درصد محصول انگور کشور، در جایگاه نخست تولید محصول قرار دارد و استان آذربایجان شرقی علیرغم قرار گرفتن در رتبه هفتم از نظرسطح تاکستان های بارور، با تولید 3/13 درصد در جایگاه دوم تولید محصول انگور قرار می گیرد. استان های فارس، زنجان و همدان به ترتیب با 12، 7/9 و 5/8 درصد از تولید انگور کشور در مقام سوم تا پنجم قرار دارند. پنج استان مذکور جمعاً بیش از نیمی ( 9/57 درصد) از انگور کشور را تولید نموده اند (3). متوسط میزان تولید انگور آبی کشور 7960 کیلوگرم در هکتار می باشد ، کهگیلویه و بویراحمد بالاترین عملکرد در هکتار (30636 کیلوگرم) و استان خراسان شمالی کمترین عملکرد (2/3329 کیلوگرم) را دارا می باشد. متوسط عملکرد انگور دیم کشور 2/1832 کیلوگرم در هکتار اعلام گردیده که بیشترین و کمترین عملکردآن به ترتیب با 5/12195 و 7/346 کیلوگرم در هکتار به استانهای گیلان و خراسان رضوی تعلق دارد

در یک بررسی جامع در سالهای 1389-1388طی شش ماه از عمق 10 تا 15 سانتی متری خاک های زراعی استان های مازندران و گلستان نمونه برداری به عمل آمد. سپس با روش طعمه گذاری از خاک 70 جدایه از رایزوکتونیا بدست آمد که همه ی آن ها چند هسته ای بودند. جدایه های رایزوکتونیا به دست آمده بر حسب خصوصیات ریخت شناسی، رفتار آناستوموز و بیماریزایی دسته بندی شدند. از بین جدایه های حاصل 57 جدایه به rhizoctonia zeae تعلق داشته و قادر به ایجاد آناستوموز با جدایه استاندار 34/384cbs بودند. در این میان 12 جدایه به waitea circinata var. circinata و یک جدایه به wag-o (rhizoctonia oryzae) نسبت داده شد. گونه r. oryzae به عنوان آرایه ی جدیدی برای فلور قارچی ایران معرفی گردید. همچنین این نخستین گزارش از سوختگی غلاف گندم و پوسیدگی ریشه تربچه، خیار، کدو و چغندر توسط جدایه های r. zeae جمع آوری شده از خاک، در دو استان نامبرده می باشد. تنوع ژنتیکی جدایه های نماینده با استفاده از its، s18 و s28 ناحیه dna ریبوزومی مطالعه شد. در بررسی مولکولی، جدایه ها در pcr تکثیر موفق داشتند ارزیابی محصول تکثیر شده با استفاده از آغازگر its5 و its4 در ژل اکریل آمید %8 منجر به متمایزشدن جدایه ها به پنج گروه دو، سه، چهار، پنج و شش باندی گردید. محصول تکثیر شده چهار جفت پرایمر ناحیه فاصله ساز داخلی، زیر واحد کوچک ریبوزومی و زیر واحد بزرگ ریبوزومی در ژل آگارز 5/1 درصد الکتروفورز و با اتیدیوم بروماید رنگ آمیزی شد. برای تعیین تشابه جدایه ها از روش maximum parsimony tree و نرم افزار mega 5 برای آنالیز خوشه ای، محصول pcr توالی یابی شده استفاده شد. تنوع بین جدایه های r. zeae با پرایمرهای ناحیه s18 و s28، dna ریبوزومی امکان پذیر نمی باشد. آنالیز خوشه ای نتایج به دست آمده از its5 و its4 در سطح تشابه 88 درصد به چهار گروه تقسیم شدند و نتایج نشانگر وجود تنوع ژنتیکی درون جدایه های r. zeae عامل سوختگی غلاف ذرت در استان های مازندران وگلستان بود.

علائم بیماری پوست صمغی (gummy bark) مرکبات در درختان پرتقال (citrus sinensis بصورت کوچک شدن میوه ها، آبله شدن (stem pitting) چوب و بروز لکه های صمغی کوچک در پوست میباشد که در نواحی محدودی از مرکبات کاریهای مازندران دیده شده است. عامل اصلی بیماری پوست صمغی به طور قطعی شناخته نشده است اما بررسیهای به عمل آمده حضور گونه هائی از ویروئیدهای مرکبات را در این بیماری محرز نموده است. مشاهدات انجام شده در سال 1384 در شهرستان ساری در چند درخت پرتقال خونی (c. sinensis, moro blood) مسن روی پایه نارنج علائم ضعف، کوتولگی خفیف و کوچکتر بودن میوه ها مشهود بود. با جدا کردن پوست تنه در محل پیوند، آبله شدن شدید چوب همراه با تجمع صمغ در ته فرورفتگی ها و نیز وجود لکه های صمغی در پوست آن محل و تا چندین سانتی متر بالاتر در تنه پرتقال قابل مشاهده بود. سرشاخه درختان دارای پوست صمغی جمع آوری و نوار هائی از پوست شاخه ها بر روی نهال های سالم پرتقال روی پایه ترویر سیترنج (troyer citrange, poncirus trifoliate×c. (sinensis و نارنج یک ساله در شرایط گلخانه پیوند شدند. تجمع صمغ درمحل پوست پرتقال روی پایه ترویر سیترنج سه تا پنج سال پس از پیوندزنی مشاهده گردید. استخراج rna از دو نمونه آلوده شده پرتقال بیماری به همراه یک نمونه شاهد حاوی ویروئیدهای مرکبات (علوی و همکاران، 1385) با استفاده از ترایزول (trizol) انجام گرفت. نتایج حاصل از واکنش زنجیره ای پلیمراز با نسخه برداری معکوس (rt-pcr) با حضور نمونه شاهد با استفاده از آغازگرهای ویروئید های مرکبات و ویروس تریستزا نشانگر حضور ویروئید کوتولگی رازک، خمیدگی برگ مرکبات، ویروئید های گروه iii و iv، cvd-os، cvd-i-lss و اگزوکورتیس مرکبات در نهال های آلوده شده بود.

با توجه به این که استفاده بیش از حد از مواد شیمیایی در کشاورزی جهت کنترل بیماری ها سبب آلودگی محیط زیست شده و همچنین پاتوژن ها به سرعت به این مواد شیمیایی مقاومت حاصل می کنند، پیدا کردن روشی جایگزین جهت مقابله با بیماریها امری ضروری به نظر می رسد. ژن های مقاومت گیاهان (r gene)، منابع ژنتیکی با ارزشی هستند که میتوان از آن ها در این راستا استفاده کرد. این تحقیق با هدف آنالیز مولکولی چند رقم برنج تجاری شمال کشور در تعامل با قارچ rhizoctonia solani عامل سوختگی غلاف انجام شد. برای این منظور ارقام طارم و بینام به عنوان ژنوتیپ های مقاوم و رقم خزر به عنوان ژنوتیپ حساس انتخاب شد. طول لکه های حاصل از تلقیح پاتوژن در ارقام مقاوم به طور تقریبی دو برابر رقم حساس بوده و ضمنا آزمون مقایسه ای t student test تفاوت معنی داری بین رقم حساس و ارقام مقاوم در سطح احتمال 5% نشان داد. جهت تعیین پروفایل ژنهای دخیل در مقاومت از برگ های گیاهچه های دو هفته ای در ساعات مختلف پس از تلقیح (0،12،24،48،72,100،) نمونه برداری شده و total rna از آن ها استخراج شد. سپس از روی نمونه های rna رشته مکمل dna (cdna) سنتز شد که از آن به عنوان نمونه در واکنش های pcr استفاده شد. پروفایل ژن های مورد بررسی توسط تکنیک real time q-pcr انجام شد. نتایج حاصل از این تحقیق نشان داد بیان ژن های chitinase، pr-5، proxidase، pr-10، defensis، thionin،nh1 ، pal و lipoxigenase در ارقام مقاوم طارم و بینام نسبت به رقم حساس خزر پس از مایه زنی به شدت افزایش یافت. آزمون مقایسه ای t student test تفاوت معنی داری در سطح احتمال 5% بین ارقام مقاوم و رقم حساس نشان داد. یافته های حاصل از این بررسی حاکی از نقش فعال ژن های فوق در مکانیسم های مقاومت گیاه برنج در تعامل با r. solani می باشد.

در بهار سال 1390 از برگ های پامچال وحشی(primula vulgaris) دارای علائم لکه برگی از چند منطقه جنگلی استان مازندران نمونه برداری شد. ازکشت نمونه های پامچال دارای علائم لکه برگی ،جدایه هایی با کلنی های محدب زرد رنگ ولعابدار روی محیط آگار غذایی حاوی سوکروز(nas) به دست آمد. واکنش فوق حساسیت پس از تزریق سوسپانسیون باکتری به برگهای شمعدانی ((pelargonium x hortorum بعد از 48 ساعت و بیماری زایی روی برگهای پامچال پس از 7 تا 14 روز به اثبات رسید. همه جدایه ها گرم و اکسیداز منفی ، هوازی اجباری، اوره آز منفی، کاتالاز مثبت و قادر به تولید h2s از سیستئین بودند. نقوش الکتروفورزی پروتئینهای سلولی جدایه ها تفاوت کمی با هم داشت. به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی جدایه ها، dna‎ ژنومی آنها استخراج و با بکارگیری آغازگرهای gyrb، reca و rpod قطعاتی از این سه ژن در واکنش زنجیره ای پلیمراز (pcr) تکثیر و محصول به دست آمده با آنزیم های محدودگر هضم گردید. محصول های هضم آنزیمی با الکتروفورز در ژل پلی اکریل آمید و رنگ آمیزی با نیترات نقره مقایسه شد. از ضریب تشابه جاکارد برای تعیین تشابه جدایه ها و از روش upgamaو نرم افزار ntsys برای آنالیز خوشه ای استفاده شد. به منظور تعیین ارتباط فیلوژنتیکی و کمک به تشخیص دقیق گونه، قطعه هایی از ژن های gyrb ، reca ، rpod ، dnak و fyua با pcr تکثیر و تعیین توالی گردیدند. توالی نوکلئوتیدی به دست آمده، پس از همردیف سازی چندگانه (multiple sequence alignment) با برنامه mega4 با سایر توالی های مربوط به این ناحیه در گونه های مختلف xanthomonas موجود در genbank (ncbi) مقایسه شدند. جدایه ها در سطح تشابه 99-98% به گونه xanthomonas hortorum به ویژه پاتوار x.hortorum pv.hederae شباهت داشته و احتمالا جدایه های عامل لکه برگی پامچال به پاتوار گزارش نشده ای از این گونه تعلق دارند.

سیب زمینی یک محصول مهم جهانی است و در ایران نیز در دهه گذشته وسعت کشت آن افزایش یافته است. پکتوباکتریوم ها یا اروینیاهای عامل پوسیدگی نرم گروه مهمی از باکتری های بیماریزای گیاهی هستند که شدیدا? سبب خسارت و محدود نمودن تولید این محصول می شوند. شناخت دقیق جدایه ها و گونه های بیماریزای سیب زمینی در هر منطقه در مدیریت کنترل بیماری امری مهم است. بدین منظور طی سال زراعی 1391-1390 از مزارع سیب زمینی واقع در نواحی اصلی تولید استان گلستان شامل شهرهای جلین، علی آباد، سرخنکلاته، گالیکش، گنبد و آزادشهر بازدید صورت گرفت و بافت های دارای علایم پوسیدگی نرم و ساق سیاه جمع آوری شدند. سوسپانسیون های بافت های آلوده در آب مقطر استریل تهیه و سپس بوسیله لوپ روی محیط emb مخطط گردیدند. کلنی های نمایانگر سایه سبز متالیک جداسازی شدند و به منظور خالص سازی مجددا? روی پلیت های حاوی emb کشت گردیدند. جدایه های بیمارگر بر اساس توانایی ایجاد پوسیدگی در قطعات سیب زمینی، انتخاب شدند. براساس نتایج آزمون های مورفولوژیک، بیوشیمیایی و فیزیولوژیک، باکتری عامل ایجاد کننده ساق سیاه و پوسیدگی نرم احتمالا زیرگونه pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum می باشد. تنوع ژنتیکی جدایه ها با روش های rep-pcr و is50-pcr ارزیابی گردید. سطح تشابه اثر انگشت ژنتیکی جدایه ها پس از الکتروفورز محصولات pcr در ژل آگارز 2/1 درصد و رنگ آمیزی با اتیدیوم بروماید، تعیین شد. ماتریکس تشابه با استفاده از ضریب تشابه جاکارد ایجاد شد و دندروگرام با استفاده از روش upgma ترسیم گردید. جدایه ها، 7 گروه را در سطح تشابه 67 درصد در box-pcr، 6 گروه را در سطح تشابه 48 درصد در eric1-pcr، 7 گروه را در سطح تشابه 44 درصد با eric2-pcr و 7 شاخه را در سطح تشابه 63 درصد در is50-pcr تشکیل دادند. نتایج فوق نشانگر وجود تنوع ژنتیکی قابل توجهی میان جمعیت های pcc روی سیب-زمینی در استان گلستان می باشند.

بادام از قدیمی ترین درختان میوه هسته دار می باشدکه یکی از بیشترین تولیدات خشکبار جهان را به خود اختصاص داده است. شانکر باکتریایی که بوسیله پاتووار های pseudomonas syringae ایجاد می شود یکی از مشکلات جدی باغ های درختان میوه هسته دار می باشد. در این تحقیق طی سال های 1391-1390 نمونه برداری از باغات بادام و در کنار آن درختان میوه هسته دار واقع در مناطق مختلف استان خراسان رضوی صورت گرفت. علائم بیماری در درختان آلوده به صورت زخم های نکروتیک برگ، ترشح صمغ روی جوانه ها، سرشاخه ها وتنه مشاهده گردیدند. جهت جداسازی عوامل بیماریزای باکتریایی، نمونه ها از بافت های آلوده، در داخل آب مقطر خرد شده و سپس یک لوپ از عصاره به دست آمده روی محیط کشت nas کشت داده شد و پرگنه های نوع غالب انتخاب و خالص سازی گردید. عامل بیماری براساس آزمون های گروه lopat و gatta، (pss)pseudomonas syringae pv. syringae و تعدادی به عنوان فرم های بینابین pss وp. mors-pronorum(psm) شناسایی شد. در کل 23 جدایه به دست آمده مورد بررسی های فنوتیپی ( فیزیولوژیکی و بیوشیمیایی) قرار گرفتند. جدایه ها براساس خصوصیات فنوتیپی اختلافات جزئی نشان دادند. dna ژنومی جدایه ها استخراج و در واکنش زنجیره ای پلیمراز(pcr) با پرایمرهای اختصاصی d21 و d22 به کار برده شدند. به منظور ارزیابی دامنه تنوع ژنتیکی جدایه ها، از روش های rep-pcr، is50-pcr و آغازگرهای eric1r، eric2،boxa1، is50 استفاده شد. محصول تکثیر شده در ژل آگارز 2/1 درصد الکتروفورز و با اتیدیوم برماید رنگ آمیزی شد. از ضریب تشابه جاکارد (jaccard) برای تعیین تشابه جدایه ها و از روش upgma و نرم افزار ntysys-pc نسخه02/2 برای آنالیز خوشه ای استفاده شد. در آنالیز خوشه ای داده ها مشخص گردید که جدایه ها با آغازگر boxa1r در سطح تشابه 75 درصد شامل 7 گروه، با آغازگر eric1 در سطح تشابه 65 درصد شامل 7گروه و با آغازگر eric2 در سطح تشابه 56 درصد شامل 8 گروه و درpcr-is50 در سطح تشابه 52 درصد متشکل از 11گروه بودند. نتایج به دست آمده، تنوع ژنتیکی را در بین جدایه-های عامل بیماری شانکر درختان بادام و هسته دار در استان خراسان رضوی نشان می دهد.

لاست مرکبات (citrus blast) یکی از بیماری های باکتریایی است که بیشتر در مناطق مرکبات خیز جهان با آب و هوای خنک و مرطوب بروز می کند. در مناطق مختلف دنیا و همچنین غرب مازندران عامل بیماری، باکتری pseudomonas syringae pv. syringae (pss) بوده ولی در شرق مازندران pseudomonas viridiflava (pv) به عنوان عامل بیماری می باشد. به منظور بررسی تنوع گونه ای عامل بیماری، 118 جدایه از درختان مرکبات دارای علایم بیماری بلاست در مناطق شرقی استان مازندران و 13 جدایه از علف های هرز باغ های مرکبات شهرستان های بابلسر و ساری در سال های 1388 و 1389 جدا گردید. تنوع جدایه ها با مقایسه ویژگی های فنوتیپی و ژن های خانه نگهدار rpod، gyrb و reca با یکدیگر و با جدایه های مرجع pss و pv ارزیابی گردید. جدایه ها به دو گروه فنوتیپی تقسیم شدند که گروه اول با 79 جدایه در گروه pv و گروه دوم با 39 جدایه در گروه pss قرار گرفتند. در واکنش زنجیره ای پلیمراز، جدایه ها با استفاده از آغارگرهای gyr b , rpo d و rec a به ترتیب قطعات 800، 1200 و 200 جفت نوکلئوتیدی را تکثیر کردند. پس از توالی یابی و رسم درخت فیلوژنتیکی، ژن rpo d توانایی بیشتری در انتساب جدایه 101 مرکبات به جدایه استاندارد pv داشته و در درجه بعدی ژن gyrb با درصد تشابه بالاتری نسبت به ژن rec a این ارتباط را نشان داده است. با اسپری و ردیابی چند جدایه نماینده pss و pv نشاندار شده با پلاسمید pbsl118 حاوی tn-5 ، روی علف های هرز، فالاریس به عنوان مهم ترین میزبان تابستان گذران باکتری های عامل بلاست معرفی شد.

بیماری لکه قهوه ای ناشی از قارچ bipolaris oryzae یکی از مهم ترین بیماری های بذرزاد برنج ((oryza sativa است که در کلیه مراحل رشد گیاه از خزانه تا مزرعه، محصول را مورد حمله قرار داده و خسارت وارد می کند. با توجه به این که در سال های اخیر استفاده وسیع از مواد شیمیایی در کشاورزی به منظور کنترل بیماری های گیاهی خطرات زیست محیطی زیادی را در پی داشته است یافتن روشی جایگزین جهت مقابله با بیماری ها از جمله این بیماری امری ضروری به نظر می رسد. امروزه پیشرفت های گسترده در علم بیولوژی مولکولی درک بشر را از تعاملات میان گیاه - بیمارگر، ژن های دخیل در مقاومت و مسیرهای علامت دهی منتهی به مقاومت بهبود بخشیده است. این یافته ها می تواند راهکار ژنتیکی مناسب و کارامدی را به منظور افزایش مقاومت گیاهان به بیمارگرها ارائه نماید. در این میان ژن های مقاومت بیشترین توجه را به خود جلب کرده اند که می توان از آن ها در راستای تولید گیاهان تراریخت مقاوم به عوامل تنش زا استفاده کرد. این پژوهش با هدف آنالیز مولکولی دو رقم برنج شمال کشور در تعامل با قارچbipolaris oryae عامل لکه قهوه ای برنج انجام شده است. در این راستا رقم خزر به عنوان ژنوتیپ مقاوم و رقم طارم به عنوان ژنوتیپ حساس انتحاب شدند. در این بررسی الگوی بیان ژن های pr1b،(chitinase) pr3، pr10،defensin ،thionin ،phenylalanineammonia-lyase (ospal) ،proxidase (pox)، npr1 و oxide synthase (aos) allene از جمله مهم ترین ژن های دخیل در مقاومت به بیمارگرها در گیاهان مختلف، مطالعه شدند. گیاهچه های برنج سه هفته ای با سوسپانسیون اسپور قارچ b. oryzae تیمار و نمونه برداری در ساعات مختلف پس از آلودگی (0، 12، 24، 48، 72، 96) انجام شد. rna کل از نمونه های برگی استخراج و پس از ساخت dna مکمل (cdna)، بیان ژن ها با استفاده از روش quantitative real time pcr (qpcr) مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج بدست آمده از این تحقیق نشان داد که نرخ بیان تمامی ژن های مورد بررسی در رقم مقاوم خزر نسبت به رقم حساس طارم پس از مایه زنی به شدت افزایش یافت. در آزمون مقایسه ای t- student testنیز تفاوت معنی داری در بیان هر یک از این ژن ها بین رقم مقاوم و رقم حساس مشاهده شد. نتایج حاکی از نقش فعال ژن های فوق در مقاومت گیاه برنج در تعامل با قارچ b. oryzae است.

هر ساله پهنه وسیعی از حاصلخیزترین مناطق تولیدی کشور ما و قسمت عمده محصولات اقتصادی مهم کشور، در معرض تنش سرما قرار می گیرند. باکتری های دارای ژن فعال هسته یخ به عنوان یکی از مهمترین عوامل بیولوژیکی تشکیل هسته یخ در گیاهان، نقش عمده ای در تسریع سرمازدگی در دماهای بالاتر زیر صفر درجه دارند، لذا درطی فصول پاییز و زمستان سال های 89 تا 91 به منظور شناسایی باکتری های دارای ژن هسته یخ نمونه های گیاه پروانش دارای علائم سرمازدگی از شهرستان های بابل، بابلسر، ساری، قائمشهر و آمل استان مازندران جمع آوری گردید. از کشت نمونه های دارای علائم سرمازدگی، جدایه هایی با کلنی های محدب، زرد رنگ و لعاب دار روی محیط آگار غذایی حاوی سوکروز بدست آمد. به کمک واکنش های فیزیولوژیکی و بیوشیمیایی، باکتری های جدا شده، شناسایی گردیدند. عمده جدایه های بدست آمده متعلق به جنس xanthomonas بودند. جدایه های بدست آمده از پروانش و جدایه های xanthomonas موجود در کلکسیون آزمایشگاه که از پسته، سلوی، پامچال، توسکا و ازمک جداسازی شده و از نظر فعالیت هسته یخی بررسی نشده بودند، مورد ارزیابی فنوتیپی هسته یخ با آزمون انجماد قطره ای قرار گرفتند. جدایه های جدا شده از پروانش بیشترین فعالیت فنوتیپی هسته یخ را از خود نشان دادند، لذا به منظور ردیابی ژن هسته یخ (ina) به کمک آغازگر طراحی شده، واکنش زنجیره ای پلی مراز انجام گرفت. تعدادی از جدایه ها که از نظر فنوتیپی فعال بودند بخش ژنومی مورد نظر را تکثیر کردند. این جدایه های فعال هسته یخ به کمک اتیل متان سولفونات(ems) و tn5 تحت فرآیند موتاسیون زایی قرار گرفتند. سپس جدایه های جهش یافته فاقد هسته یخ به کمک آزمون انجماد قطره ای گزینش گردیده و به منظور ردیابی ژن هسته یخ به همراه والد مادری به عنوان شاهد وارد چرخه pcr شدند. جدایه هایی که با غیر فعال شدن ژن ina فنوتیپ جهش یافته را نشان دادند، روی گیاه لوبیا مورد ارزیابی قرار گرفتند و جدایه های جهش یافته گزینش نهایی شدند.

سرخشکیدگی باکتریایی پسته بیماری سرخشکیدگی باکتریایی پسته در ایران در سال 1381 برای اولین بار گزارش و عامل آن گونه ای از xanthomonas معرفی گردید. علائم به صورت لکه های آبسوخته و نکروزه روی برگ و بلایت سرشاخه روی گیاهچه های پسته دیده شد. بر اساس خصوصیات مورفولوژیکی، بیوشیمیایی، فیزیولوژیکی و بیماری زایی باکتری جدا شده xanthomonas sp. تشخیص داده شد (طریقی و رحیمیان، 1381). روش های متعددی برای شناسایی گونه های xanthomonas و پاتوارهای آن به کار برده می شود. لووز و همکاران از اثر انگشت ژنتیکی درrep_pcr با به کارگیری آغازگرهای eric،box و rep برای شناسایی و تمایز پاتوارهای متعددی از گونه های xanthomonas وpseudomonas، حتی بسیاری از زیرگونه های این دو جنس که قبلا با هیچ روشی به درستی تفکیک نشده بود استفاده کردند. نتایج بررسی آنها نشان داد که انگشت نگاری ژنتیکی با rep_pcr به خوبی ساختار ژنومی جدایه های این دو گونه را آشکار کرده و یک روش سریع و ساده برای تشخیص و طبقه بندی xanthomonas وpseudomonas و برخی دیگر از باکتری های بیماری زای گیاهی می باشد. rep-pcr همچنین شناسایی پاتوارهایی که تشخیص آنها بر اساس روش های فنوتیپی و فیلوژنتیکی به آسانی امکان پذیر نبوده است را مقدور ساخت (louws et al., 1994 ). یکی دیگر از روش های کارامد برای بررسی روابط فیلوژنتیکی درون و بیرون گونه ای moltilocus sequence typing (mlst) می باشد. این روش به طور موثری برای تمایز گونه ها و پاتوارهای جدید به کار رفته ودر اکثر موارد بسیار کارامد بوده است (marcelleti et al., 2010). پژوهش حاضر به منظور تعیین موقعیت تاکسونومیکی جدایه های زانتوموناس عامل بیماری لکه برگی و شانکرشاخه های پسته در استان کرمان با استفاده از روش های مولکولی صورت گرفته است.

قارچ های ناقص، گروهی بحث برانگیز در میان قارچ ها هستندکه معیار های رده بندی آنها در طول سالیان، دستخوش تغییرات فراوان بوده است. در این تحقیق که به منظور بررسی روابط فیلوژنتیکی برخی قارچ های ناقص انجام شده است، نمونه هایی از بافت های گیاهی و خاک های چندین استان کشور جمع آوری و با معیارهای ذکر شده توسط الیس (1971) شناسایی گردید. از بین 81 جدایه به دست آمده، 48 جدایه فرم های غیر جنسی cochliobolus را تشکیل می دادند. 10 جدایه متعلق به گونه های مختلف alternaria، 10 جدایه به ulocladium، 4 جدایه به exserohilum و دو جدایه متعلق به embellisia بودند که همگی آنها آنامورف های اعضای خانواده pleosporaceaeمی باشند. از سایر خانواده ها، 6 جدایه متعلق به cladosporium، دو جدایه به fusarium و یک جدایه از هر یک از جنس های bionectria, tritirachium, trichoderma و paecilomyces بود. dnaنمایندگانی از این قارچ ها با آغازگرهای its، tef، rpb1 و rpb2 تکثیر و تعیین توالی شدند. سپس، با کمک نرم افزارهای کروماس ، بیوادیت و مگا ، مورد ارزیابی قرار گرفتند. دندروگرام با دو روش اتصال همسایه و ماکزیمم پارسیمونی رسم شد. دندروگرام رسم شده بر پایه تمام آغازگرها، نتایج تقریباً یکسانی را ارائه دادند. نتایج به دست آمده با تحقیقات انجام شده قبلی و نیز مورفولوژی این قارچ ها موافق بود. ژن های کدکننده پروتئین (tef, rpb1, rpb2)، به خصوص rpb2 نتایج خوبی را هم در سطح جنس و گونه و هم در سطوح بالاتر نشان دادند. اما، به نظر می رسد itsبرای بررسی روابط فیلوژنتیکی بالاتر از سطح خانواده مناسب نمی باشد.

برخی از باکتری های بیماری زای قسمت های هوایی گیاهان، قابلیت عمل کردن به عنوان هسته یخ در دماهای 5/1 تا 9 درجه زیر صفر (5/1- تا 9-) را داشته و هر ساله خسارت های زیادی را در اثر یخ زدگی، به مزارع و باغات اکثر کشورهای دنیا وارد می سازند. تحقیق اخیر به منظور شناسایی ژن مسئول بیوسنتز پروتئین عامل یخ زدگی (ژن ice) در جدایه هایی از باکتری غالب در مرکبات و تعداد دیگری از میزبان ها در فصول خنک سال در مازندران و غیر فعال کردن ژن با روش های جهش زایی صورت گرفته است. از جدایه های باکتری به عنوان شبه pseudomonas viridiflava جدا شده از مرکبات استان مازندران موجود در آزمایشگاه باکتری شناسی گروه گیاه پزشکی دانشگاه علوم کشاورزی ومنابع طبیعی ساری، در این تحقیق استفاده شد. برای بررسی فعالیت هسته یخ این جدایه های از آزمون انجماد قطره ای استفاده شد. به منظور ردیابی ژن هسته یخ (ice nucleation active (ina)) در جدایه های فعال از نظر فنوتیپ هسته یخ، از آزمون واکنش زنجیره ای پلی مراز با چهار جفت پرایمر استفاده گردید. به دلیل عدم وجود توالی ژن مولد هسته یخ p. viridiflava در ncbi برای طراحی پرایمر، فرض شدکه ژن ina در p. viridiflava مشابه با ژن هسته یخ در p. syringae و p. fluorescence باشد. بنابراین دو نوع پرایمر inak و inaw از روی توالی ژن هسته یخp. syringae و p. fluorescence به ترتیب طراحی گردید و نوع سوم، به نام پرایمر inat از روی تطابق دو توالی ژن هسته یخ در p. syringae و p. fluorescence طراحی شد. طراحی پرایمر چهارم (inac) برای ژن هسته یخ جدایه های این باکتری، بر اساس توالی نواحی حفظ شده در چندین گونه از باکتری های مولد هسته یخ صورت گرفت. سه نوع پرایمر اول در واکنش زنجیره ای پلی مراز مورد استفاده قرار گرفتند و در برخی از جدایه ها تولید باند نمودند که نشانگر شباهت ژن هسته یخ در این جدایه ها با ژن هسته یخ در p. syringae و p. fluorescence بود. ولی در پرایمر نوع چهارم تعداد بیشتری از جدایه های باکتری دارای باند مورد نظر بودند. پس از انجام pcr با بکارگیری جفت پرایمر inac و مشاهده باند مورد انتظار یکی از جدایه های باکتری (جدایه 510)، توالی یابی گردید. blast توالی ina باکتری مورد نظر در ncbi انجام گرفت و تشابه آن با ژن ina در سایر باکتری ها بررسی شد. یکی از روش های بکار رفته برای ایجاد جهش در ژن ina در دو جدایه از باکتری (101 و 510)، استفاده از ترانسپوزون tn5 دارای ژن مقاومت به کانامایسین کلون شده در پلاسمید pbsl118 بود. انتقال پلاسمید به سلول های باکتری به کمک الکتروپوریشن با اختلاف پتانسیل v 1700 و فاصله بین دو الکترود 1 میلی متر انجام شد. تیمار دو جدایه ina + با ماده ی جهش زای ems، با دو غلظت 20 و 25 میکرولیتر در میلی لیتر نیز برای ایجاد جهش استفاده گردید. ردیابی ژن ina در جهش یافته ها، با واکنش زنجیره ای پلی مراز با جفت پرایمر inac صورت گرفت. برای ارزیابی جهش یافته ها و تأثیر آن ها روی گیاه، سوسپانسیون کدری (جذب بیش از 5/0 واحد در 600 نانومتر) از هر جهش یافته روی گیاهچه های 6 تا 8 برگی پرتقال محلی پاشیده شد و گیاهچه ها به مدت 7 تا 10 ساعت در دمای حدوداً 9- تا 10- درجه سلسیوس نگهداری و سپس به گلخانه بازگردانده شدند. پنج کلونی از جهش یافته ها نتوانستند روی گیاهچه ها علائم سرمازدگی را ایجاد کنند. ولی یکی از کلونی های جهش یافته علائم خفیف سرمازدگی را توانست القاء نماید. سایر جهش یافته ها علائمی مشابه و یا همسان با جدایه مادری را نشان دادند.

بیماری لکه برگی توسکا ییلاقی (alnus subcordata) با عامل باکتریایی xanthomonas، برای اولین بار توسط رحیمیان در برخی از نواحی جنگلی استان مازندران گزارش گردید. علائم بیماری به صورت لکه های نکروزه ی زاویه ای شکل به رنگ قهوه ای تا سیاه در بین رگبرگ ها با هاله ای زرد رنگ مشاهده می گردد، که در نهایت موجب ریزش برگ و کاهش پتانسیل فتوسنتزی می گردد. با توجه به اهمیت اکولوژیکی و اقتصادی توسکا، این تحقیق به منظور بررسی خصوصیات فنوتیپی و مولکولی جدایه های جمع آوری شده از مناطق جنگلی استان مازندران و گلستان طی سال های 1388 و 1389 اجرا گردید. 50 جدایه به دست آمده از مناطق، از نظر خصوصیات فنوتیپی و نقوش الکتروفورزی پروتئین های سلولی (sds-page) با جدایه های مرجع مورد مقایسه قرار داده شدند. برای تعیین ارتباط ژنتیکی جدایه ها، ابتدا dna ژنومی استخراج و سپس قطعات ژنومی با استفاده از واکنش زنجیره ای پلیمراز eric-pcr، box-pcr و rep-pcr تکثیر گردید. تعیین تشابه جدایه ها از طریق ضریب تشابه جاکارد و تجزیه خوشه ای با روش upgama و نرم افزار ntsys انجام شد. در بسیاری از موارد نتایج آزمون های فیزیولوژیکی و بیوشیمیایی جدایه ها، با مشخصات گونهx. arboricola ، مطابقت داشت. در بررسی نقوش الکتروفورزی پروتئین های سلولی، جدایه های مازندران و گلستان تشابه بیشتری با عامل لکه برگی گردو x. arboricola pv. juglandis و هلو x. arboricola pv. pruni نشان دادند و از تشابه کمتری با عامل لکه برگی فندق x. arboricola pv. corylina برخوردار بودند. براساس روش rep-pcr جدایه های گلستان بیشترین تشابه را با عامل لکه برگی گردو و فندق، و بر اساس روش box-pcr جدایه های مازندران بالاترین قرابت را با لکه برگی فندق نشان دادند.براساس تجزیه خوشه ای داده های rep-pcr، جدایه های مازندران و گلستان دارای 62 درصد تشابه با x. arboricola. pv. corylina، 47 درصد با x. arboricola pv. pruni و 41 درصد با x. arboricola pv. juglandis نشان دادند.

بیماری شانکر هسته داران از خسارت زا ترین بیماری های درختان میوه هسته دار می باشد. به منظور بررسی و شناسایی عوامل مولد این بیماری در سال های 1389 و 1390 از باغ های درختان میوه هسته دار در استان های خراسان رضوی و شمالی بازدید به عمل آمد. علائمی مشابه با علائم بیماری شانکر باکتریایی درختان میوه هسته دار ناشی از باکتری pseudomonas syringae pv. syringae روی روی هلو (prunus persica)، شلیل (prunus persicae var. nusipersica)، آلو(p. domestica l.)، بادام (p. amygdalus l.) و زردآلو (p. armeniaca l.) مشاهده گردید. پس از شستشو و ضد عفونی سطحی بافت های آلوده، سوسپانسیونی از آن ها در آب مقطر استریل تهیه و یک قطره از آن روی محیط آگار غذایی حاوی سوکروز (nas) کشت داده شد. پرگنه های غالب به دست آمده کرم تا صورتی رنگ، خمیر مانند، براق، محدب و با حاشیه صاف بودند. هیچ یک از جدایه ها قادر به ایجاد رنگ فلورسانت روی محیط king-b نبوده ولی برخی از آن ها در شمعدانی (pelargonium × hortorum) بعد از 5-4 و در توتون (nicotiana tabacum) پس از 11 روز شروع به تولید نکروز مشابه با واکنش فوق حساسیت کردند. لکه های نکروزه و آب سوخته ایجاد شده روی توتون دارای هاله زرد رنگ بوده و بافت نکروزه به همراه هاله پیرامونی به تدریج ولی به کندی گسترش پیدا کرد. هم چنین از نماینده های جدایه ها (h3,h4,b1,h25,h26,h40,h41,al1) سوسپانسیون تهیه و به زیر پوست سرشاخه های جوان هلو وگلابی به وسیله سرنگ (در شرایط باغ و گلخانه) تزریق گردید. در نهال گلابی واکنش بیماری زایی بسیارشدید بود، به طوری که 10-9 روز پس از مایه زنی، واکنش پژمردگی و در ادامه سوختگی برگ ها و سرشاخه شروع شد و به تدریج کل شاخه خشکید. علائم بیماری در سرشاخه های هلو نیز پس از 15- 12 روز به صورت زخم های تیره رنگ فرو رفته که گاهی به سمت پایین و بالای محل تزریق نیز گسترش پیدا می کرد، قابل مشاهده بود. بررسی های اولیه در راستای شناسایی نماینده این جدایه ها با توالی یابی ناحیه its و مقایسه آن ها با توالی های موجود در پایگاه ncbi صورت گرفت که منتهی به یافتن بیشترین شباهت جدایه ها با دو گونهadeliensis cryptococcus و cryptococcus magnus گردید. نتایج توالی یابی ناحیه s26 و ژن rpb2 به همراه آنالیز اسید های چرب، الگوی پروتئین های سلولی و ویژگی های فنوتیپی، تغذیه-ای و بیوشیمیایی نیز تا حد زیادی نزدیکی تعلق جدایه ها را به این دو گونه اثبات کرد. این دو گونه با ضریب اطمینان بالایی به عنوان عوامل جدید بیماری شانکر مخمری درختان میوه هسته دار شناسایی گردیدند.

بیماری نوار قهوه ای گیاهچه برنج (brown stripe of rice) اولین بار توسط رحیمیان از خزانه های برنج (oryza sativa l.) استان مازندران گزارش، و عامل آن acidovorax avenae subsp. avenae (aaa) شناسائی شده است. به منظور بررسی خصوصیات فنوتیپی و ژنوتیپی عامل نوار قهوه ای برنج، نمونه برداری، طی فصول زراعی 91-1390 از خزانه های استان مازندران انجام شد. برگهای دارای علائم نوار قهوه ای روی محیط nas کشت شدند و 90 جدایه بر اساس آزمونهای بیوشیمیائی و فیزیولوژیکی به عنوان aaa شناسائی شدند. تکثیر قطعاتی از ژن های isr و trpb توسط جدایه های نماینده و مقایسه آنها با توالی های موجود در ncbi نتایج آزمونهای بیوشیمیائی و فیزیولوژیکی در تشخیص عامل نوار قهوه ای گیاهچه های برنج، به عنوان aaa را تایید کرد. جدایه ها بر اساس ویژگیهای فنوتیپی مورد بررسی، تنوعی نداشتند و الگوی نقوش پروتئینی جدایه ها نیز اختلافات جزئی نشان داد. به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی جدایه ها، واکنشهای زنجیره ای پلیمراز با روشهای rep-pcr box-, eric (rep-pcr) انجام شد. گروه بندی جدایه ها با مقایسه نقوش قطعات dna و نمره دهی بر پایه وجود یا عدم وجود قطعات همسان و با استفاده از ضریب تشابه جاکارد صورت گرفت. دندروگرام با روش مقایسه جفت ها از طریق میانگین های بی وزن (upgma) و با استفاده از نرم افزار ntsys 2.02 ترسیم گردید. مقایسه نقوش قطعات dna تکثیر شده در rep-pcr نشان داد که، در سطح تشابه 20% ، جدایه ها با آغازگرهای box ، rep و eric به ترتیب به 7 ، 5 و 2 گروه دسته بندی شدند. پیش از این اطلاعاتی در زمینه وجود چنین سطح بالایی از تنوع ژنتیکی در جمعیت های این عامل باکتریائی در ایران در دست نبوده و این اولین گزارش از وجود جمعیت های بسیار متنوع aaa در خزانه های برنج در مازندران است.

بیماری شانکر باکتریایی یکی از مهمترین بیماری¬های درختان میوه هسته¬دار می¬باشد که سبب ایجاد زخم¬های فرورفته تیره رنگ همراه با تراوش صمغ بر روی شاخه¬ها می شود. از عوامل مهم این بیماری xanthomonas arboricola pv. pruni و pseudomonas syringae pv. syringae هستند. به منظور شناسایی میکروارگانیسم¬های دخیل در شانکر درختان میوه هسته¬دار در برخی از استان های مرکزی ایران، نمونه برداری از باغات آلوده به شانکر در بهار سال 1391 از استان های اصفهان، چهار محال و بختیاری، قم و یزد انجام گردید. ساقه¬های آلوده با آب شسته شد. پس از طی مراحل استریل سازی، قطعات دارای علایم پوست ساقه در آب مقطر استریل در ظرف پتری با تیغ خرد گردید. پس از 30-20 دقیقه نگه¬داری در دمای اتاق، چند لوپ از سوسپانسیون به دست آمده در سطح محیط آگار غذایی حاوی دو درصد سوکروز (nas) مخطط شد. پس از 3-2 روز نگه داری ظروف پتری کشت شده در دمای °c 28-26 تک کلونی¬های کرم متمایل به سفید تا صورتی مخمر مانند رشد کردند. سوسپانسیونی از هفت جدایه نماینده به زیر پوست ساقه¬های جوان هلو تزریق گردید و پس از حدود 10-7 روز علایم بیماری ظاهر شد. جدایه های مایه زنی شده به ساقه ها دوباره از شانکرهای ایجاد شده جدا گردید. بررسی های میکروسکوپی و آزمون های فنوتیپی برای شناسایی جدایه ها انجام شد. از الکتروفورز پروتئین های سلولی و روش های سرولوژیکی برای متمایز کردن جدایه ها استفاده شد. شناسایی مولکولی با استفاده از واکنش زنجیره ای پلی مراز صورت گرفت. با استفاده از آغازگر its قطعه مورد نظر تکثیر و توالی یابی شد. توالی های به دست آمده با استفاده از نرم افزار بلاست در ژن بانک (ncbi) با توالی¬های موجود در این پایگاه مقایسه و میزان شباهت تعیین گردید. از ژن 26s و بخشی از ژن های tef، rpb1 و rpb2 نیز برای تأیید شناسایی استفاده شد. تنوع ژنتیکی جدایه¬ها با استفاده از rep-pcr با به کارگیری آغازگرهای eric، box و rep بررسی شد. در بررسی میکروسکوپی جدایه¬ها سلول¬هایی کروی شکل که برخی در حال جوانه زدن بودند مشاهده شد. با مقایسه توالی قطعه its در ژن بانک جدایه¬های مورد نظر بیشترین شباهت را به گونه¬های cryptococcus adeliensis، c. magnus و uzbekistanensis c. نشان دادند. توالی ژن های 26s، rpb1 و rpb2 نیز این شباهت¬ها را تایید کرد. در بررسی سرولوژیکی نیز جدایه¬های شناسایی شده بر اساس توالی، شباهت بالایی با جدایه¬های مرجع همان گونه داشتند. در انگشت نگاری با rep-pcr تنوع بالایی در بین جدایه¬های هر گروه مشاهده شد.

فایتوپلاسماها گروهی از پروکاریوتهای فاقد دیواره سلولی و از رده مولیکوت هستند که تاکنون کشت آنها در محیطهای میکروبیولوژیک امکانپذیر نبوده است. فایتوپلاسماها شبه مایکوپلاسماهای همراه با بیماریهای زردی و محدود به آوند آبکشی میباشند که نخستین بار در سال 1967 در سلولهای آوند آبکشی گیاهان مبتلا به زردی و کوتولگی، که تا آن زمان به عنوان بیماریهای ویروسی محسوب می¬شدند، با میکروسکوپ الکترونی مشاهده شدند. اندازه ژنوم آنها کوچک و از 530 تا 1350 کیلو جفتباز متغیر بوده و حاوی درصد پایینی گوانین به اضافه سایتوزین هستند. آنها عوامل همراه با بیماری¬های شدیدی در دامنه وسیعی از گونه¬های گیاهی به ویژه در درختان میوه هستند و توسط حشرات ناقل که عمدتاً زنجرکها هستند، بین گیاهان منتقل می شوند. هلو، شلیل و آلو به طور گسترده در اکثر استان¬های ایران کشت می شوند. پیچیدگی برگ هلو و شلیل یک بیماری همراه با فایتوپلاسماست که موجب خسارت شدیدی در درختان هلو و شلیل در دنیا و همچنین در ایران میشود. در سالهای 1391و ¬139 در اکثر باغهای هلو، شلیل و آلو از استانهای مازندران، گلستان و آذربایجانغربی علائمی مشابه علائم فایتوپلاسمایی مشاهد گردید. درختان آلوده دارای علائم کاهش اندازه برگ و لوله شدن برگها به سمت بالا و ضخیم شدن رگبرگهای میانی و کناری، ارغوانی شدن حاشیه برگها، ریزش میوههای کوچک و نارس، زردی، کاهش اندازه برگ، ضعف و کاهش رشد بودند. طی نمونه برداری در برخی از مزارع و باغها به بوتههای تلخه بیانی (sophora alopecuroides) برخورد شد که علائم زردی، ریزبرگی و یا فیلودی را نشان می¬دادند. دی ان ای کل از 5/. گرم از بافت رگبرگها با بکارگیری ctab استخراج گردید. سپس با آغازگرهای طراحی شده برای تکثیر ناحیه 16sr rna، 16s-23sr rna و بخشی از ناحیه 23sr rna مثل p1/p7 و p1/tint و جفت آغازگر pa2f/pa2r برای تکثیر ناحیه 16sr rna و بخشی از 16s-23sr rna برای تکثیر این نواحی در pcr استفاده گردید. pcr آشیانه¬ای با آغازگرهای عمومی مانند r16f2n/r16r2 و اختصاصی درختان میوه مانند fu5/ru3 و npa2f/npa2r انجام گرفت و قطعات مورد انتظار با اندازه¬های تقریبی به ترتیب 1200، 850 و 480 جفت باز در درختان دارای علائم تکثیر شد در شرایط مشابه از نمونه¬های فاقد علائم باندی تکثیر نگردید. نماینده¬هایی از جدایه¬ها توسط جفت آغازگر secafor2/secarev3 به دنبال secafor1/secarev3 در pcr نیمه آشیانهای تکثیر گردید و محصول pcr های آشیانه ای تعیین توالی گردید. نتایج تعیین توالی حضور سه زیرگروه فایتوپلاسمایی 16srix-c (گروه جاروک نخود کبوتر)، 16srx-f (گروه بدشکلی سیب) و 16srxii-a (گروه استالبور) در جدایههای مورد بررسی را نشان داد. درخت فیلوژنتیکی براساس توالی های بدست آمده با سه روش اتصال همسایهها، ماکزیمم لایکلی هود و ماکزیمم پارسیمونی با نرم افزار mega 5 ترسیم شد. rflp مجازی با نرم افزارهای iphyclassifier و pdraw32 براساس توالی¬های شناسایی شده با نوکلئازهای برشی alui، bamhi، bfai، bstui (thai)، drai، ecori، haeiii، hhai، hinfi، hpai، hpaii، kpni، sau3ai(mboi)، msei، rsai، sspi و taqi انجام شد. درصد شباهت توالی¬ها و آنالیز فیلوژنتیکی برای تعیین دقیق گروه و زیرگروههای فایتوپلاسمایی و ارزیابی تنوع ژنتیکی جدایه های بررسی شده مورد استفاده قرار گرفت. ضرایب تشابه جدایهها محاسبه و دندروگرام گروهبندی جدایهها با استفاده از ضرایب تشابه آنها براساس rflp ترسیم گردید. بر این اساس جدایه¬های مورد مطالعه در هفت دسته طبقه بندی شدند. این اولین گزارش از همراهی زیرگروه فایتوپلاسمایی 16srix-c با پیچیدگی زرد برگ درختان هلو و شلیل و همراهی candidatus phytoplasma prunorum با کوتولگی زرد برگ آلو در ایران است.

پکتین ساختار هتروپلی ساکاریدی موجود در دیواره سلولی گیاهان است که دارای نقش های متنوعی در فیزیولوژی ، رشد ، چسبندگی و جدا شدن سلول ها دارد. آنزیم ها پروتئین هایی در نقش کاتالیزور هستند که توسط منابع میکروبی مانند قارچ ها ، باکتری ها ، نماتدها و غیره تولید شده که در مراحل آلوده سازی میزبان گیاهی ترشح آنزیم ها ضروری می باشد. پکتینازها نیز جزئی از آنزیم های خارج سلولی اولیه توسط پاتوژن های گیاهی اند، چون پکتین، پلی ساکاریدی در دسترس برای آنها می باشد. در این تحقیق فعالیت پکتینازی ده جدایه قارچی شامل جنس های fusarium spp. ، rhizoctonia spp. ، alternaria spp. ، sclerotium spp. مورد بررسی قرار گرفت. برای این منظور از محیط کشت اختصاصی پکتین برای تولید آنزیم پکتیناز استفاده شد ، سه روز پس از تلقیح قارچ ها در محیط کشت ، به مدت سی روز به کمک معرف ها میزان قندهای تولید شده حاصل از تجزیه پکتین و پروتئین های ترشحی مورد سنجش قرار گرفت و نتایج حاصل با نرم افزار sas تجزیه و تحلیل گردید. نتایج نشان داد که از بین تمامی جدایه ها بیشترین میزان تولید قند مربوط به جدایه های sclerotium rolfsii ، alternaria alternate ، fusarium proliferatum ، fusarium graminearum و بیشترین میزان تولید پروتئین های ترشحی مربوط به جدایه های fusarium solani ، rhizoctonia solani ag-3 ، rhizoctonia solani ag-4 می باشد. در ادامه مطالعات ، آنزیم های پکتیناز مترشحه توسط جدایه های برتر در محیط ، با استفاده غلظت هشتاد درصد نمک سولفات آمونیوم و دیالیز کردن تغلیظ شدند. همچنین با استفاده از خصوصیات الکتروفورتیک وزن مولکولی پکتینازهای تولید شده در جدایه fusarium solani ، 34 و 42 کیلودالتون ، rhizoctonia solani ag-3 ، 45 و 64 کیلودالتون ، rhizoctonia solani ag-4 ، 66 و 113 کیلودالتون مشاهده شد. کلمات کلیدی: پکتین ، پکتیناز ، قندهای تولید شده ، پروتئین های ترشحی ، خصوصیات الکتروفورتیک.

خوشه صمغی از جمله بیماری های گندم در مناطق متعددی از ایران می باشد. گونه یrathayibacter iranicus (قبلاً به نام corynebacterium iranicum scharif.) ابتدا توسط شریف در سال 1340 از مزارع گندم آلوده به بیماری خوشه صمغی در مراغه جدا، شناسایی و نامگذاری گردید. تا کنون این گونه فقط در ایران به عنوان عامل بیماری گزارش شده است، هر چند در گزارشی از ترکیه جدایه هایی از r.iranicus از چند محموله بذر گندم جدا شده است ولی علائم خوشه صمغی در آن جا مشاهده نشد و بیماری زایی جدایه ها نیز بررسی نشد. در سال های اخیر این بیماری از استان ایلام بر روی جو نیز گزارش شده است. به منظور ارزیابی تنوع احتمالی جدایه های این گونه و نیز قطعی تر نمودن موقعیت تاکسونومیکی جدایه های عامل بیماری در جو نمونه های جمع آوری شده از گندم و جو مناطق مختلف کشور روی محیط کشت نوترینت آگار سوکروز حاوی عصاره مخمر (yeast extract nutrient agar sucrose, ynas) کشت داده شدند. تک کلون های زرد لعاب دار و کند رشد انتخاب و خالص شدند. بر اساس نتایج آزمون های بیوشیمیایی و نقوش الکتروفورزی پروتئین های محلول سلولی(sds-page) پانزده جدایه به عنوان نماینده برای بررسی های فنوتیپی انتخاب شدند. برای تعیین میزان تنوع و ارتباط ژنتیکی جدایه ها، dna ژنومی نماینده ها همراه با چهار جدایه مرجع استخراج و در واکنش زنجیره ای پلیمراز با استفاده از آغازگرهای m13 و 5(gtg) تکثیر شد. محصول حاصل از واکنش در ژل آگارز 5/1 درصد الکتروفورز و ژل با اتیدیوم بروماید رنگ آمیزی شد. از ضریب تشابه جاکارد (jaccard) برای تعیین تشابه جدایه ها و از روش upgma و نرم افزار ntsys-pc برای آنالیز خوشه ای استفاده شد. قطعه ژن های خانه داری 16s rdna، reca و gyrb و ناحیه its تعدادی از جدایه ها تکثیر و توالی یابی شد. نتایج تعدادی از آزمون های افتراقی با منابع قبلی مطابقت نداشت. گونه های جدا شده از جو در تعدادی از خصوصیات بیوشیمیایی به r. iranicus و در تعدادی به r. tritici شباهت داشتند. نتایج حاصل از بررسی تنوع ژنتیکی به وسیله ی ریز ماهواره های 5(gtg) و m13 تنوع را در بین جدایه ها نشان داد. مقایسه ی ترکیبی نقوش حاصل از این آغازگرها شباهت بالایی بین جدایه ها و جدایه ی مرجع r.iranicus نشان داد. جدایه های جو در شاخه ای مجزا ولی نزدیک به گروه جدایه ی مرجع r.iranicus و در فاصله ای دورتر از دو گونه ی r.tritici و r.rathayi قرار گرفتند. همچنین جدایه مرجع r. toxicus به همراه گونه های دیگر rathayibacter در گروهی کاملاً جدا قرار گرفت. مقایسه توالی های به دست آمده، با توالی های موجود در ژن بانک (genbank) ncbi نشانگر بیشترین شباهت جدایه ها به r.iranicus بود که این شباهت در جدایه های گندم نسبت به جدایه ی جو بیشتر بود.

ویروییدها کوچکترین عوامل بیماریزای گیاهی هستند که تا به حال شناسایی شده¬اند. هم¬اکنون پنج گونه ویرویید آلوده¬کننده مرکبات شناسایی و آرایه¬بندی شده¬اند ولی تعداد دیگری وجود دارند که هنوز گروه¬بندی نشده¬اند (flores et al., 2000; flores et al., 2004). در بین ویروییدهای مرکبات، ویروییدهای گروه?مرکبات که نماینده آن¬ها کوتولگی رازک ویرویید (hop stunt viroid, hsvd) می¬باشد، عامل مولد بیماری کاککسیا (cachexia) مرکبات گزارش شده است¬ (reanwarakorn & semancik, 1999). بیماری کاککسیا در سال 1950 توسط چایلدز نام¬گذاری شد (childs, 1950) و تا سال 1999 عامل بیماری به عنوان ویرویید کاککسیا معرفی شده بود ولی در همان سال ران¬واراکون و سمانچیک گزارش نمودند که عامل بیماری توسط ویرویید کوتولگی رازک ایجاد می¬شود. ویرویید کوتولگی رازک در بین تمامی ویروییدهای شناخته شده بیشترین دامنه میزبانی را دارد و علایم متفاوتی را در گیاهان مختلف ایجاد می¬کند. علایم بیماری کاککسیا در مرکبات شامل ترشح صمغ، زردی برگ¬ها، ساقه آبله¬ای، کوتولگی و ناسازگاری در محل پایه و پیوندک می¬باشد. بررسی واکنش ارقام پس از انتقال بیماری با پیوند به گیاهان محک نظیر نارنگی parson ,s special ، orlando tangelo از اولین روش¬هایی بودند که در تشخیص بیماری کاککسیا به¬کار رفته است -(roistacher, 1991). از آنجایی که این روش حداقل به 12 ماه زمان برای بروز علایم نیاز دارد محققین به دنبال یافتن روش¬های سریعتر تشخیص بوده¬اند. با ابداع روش واکنش زنجیره¬ای پلیمراز با نسخه¬برداری معکوس(rt-pcr)، تشخیص و ردیابی ویروییدها آسانتر گردیده به طوری¬که امروز این روش به صورت روزمره برای ردیابی ویروییدها به کار می¬رود ¬(hadidi et al., 2003). مرکبات از محصولات باغی مهم و استراتژیک در کشاورزی ایران به شمار می¬آید. در بین استان-های مرکبات¬خیز ایران، استان مازندران بیشترین سطح زیرکشت مرکبات (حدود 100هزار هکتار) و تولید و تنوع ارقام را به خود اختصاصی داده است. تنوع ارقام وارداتی از یکسو و تکثیر پیوندی نهال¬ها از سوی دیگر موجب بروز و انتشار بیماری¬های متعددی در این منطقه شده است. در ایران علایم بیماری کاککسیا اولین¬بار توسط حبشی و ابراهیمی در درختان مرکبات سواحل دریای خزر مشاهده شد (bove, 1995). از آنجایی که شروع گسترش ویروس تریستزا سبب روی¬آوردن باغداران به استفاده از پایه¬های مقاوم به تریستزا ولی حساس به ویروییدهای مرکبات، نظیر سیترنج و سیتروملو در مازندران گردیده است، شناسایی عامل بیماری کاککسیای مرکبات و تعیین پراکندگی بیماری در مرکبات استان مازندران اهمیت بیشتری یافته است. هدف از بررسی حاضر شناسایی مولکولی عامل بیماری کاککسیا و پراکنش بیماری و تعیین میزان و درصد آلودگی ارقام مختلف پرتقال به ویرویید در شهرستان¬های مختلف استان مازندران می¬باشد. در این پژوهش از باغات مرکبات شهرستان¬های مختلف استان نمونه¬ جمع¬آوری شده و از نظر وجود ویرویید کوتولگی رازک مورد بررسی قرار گرفت. برای این منظور استخراج آر،ان،ای (rna) از شاخه¬های جوان نمونه¬ها انجام شد و بعد آن آزمون واکنش زنجیرهای پلی¬مراز با نسخه¬برداری معکوس (rt-pcr) با استفاده از آغازگرهای اختصاصی hsvd و روش الکتروفورز پی¬در¬پی ژل پلی-آکریل¬آمید تحت شرایط واسرشتی و رنگ¬آمیزی با نیترات نقره، وجود ویرویید کوتولگی رازک در نمونه¬های مذکور اثبات شد ترادف های تعیین شده با کمک نرم افزار blast با توالی ویروئید hsvd بانک ژن (ncbi) مقایسه و میزان همسانی (identity) تعیین گردید.

قارچ ها به عنوان یکی از مهمترین عوامل بیماریزای گیاهی، منبع اصلی از متابولیت های ثانویه بیواکتیو هستند، و از اهمیت قابل توجهی در فعل و انفعالات زیست محیطی برخوردار می باشند از جمله متابولیت ها می توان آنتی بیوتیک ها، توکسین ها و آنزیم ها را نام برد. در این پژوهش شناسایی متابولیت های ثانویه تولید شده در 21 گونه قارچی با کمک gc – ms انجام گردید. نتایج حاصل از بررسی قابلیت ضد باکتریایی، ضد قارچی، ضد ویروسی و فیتوتوکسیکی ترکیبات حاصل از آنالیز gc-ms را نشان داد. با بررسی کروماتوگرام های حاصل، مایکوتوکسین های مهم oxalic acid، gibberellic acid،propionic acid ، butyric acid، pyridine، quinoline، purine، quinone و furan شناسایی شدند. همچنین آنتی بیوتیک های مهم gamma-lactone با ویژگی های فیتوتوکسیکی و ضد میکروبی در alternaria alternata، bipolaris spicifera، fusarium solani، fusarium sporotrichoides، phomopsis malvacearum و phomopsis perseae و tropolone با فعالیت گسترده ی ضد قارچی در bipolaris spicifera، fusarium sporotrichoides و phomopsis perseae نیز شناسایی شدند. علاوه بر آن coumarin-6-ol، indol acetic acid، pyrazine، phenol، s-trazine، formamidine، butylated hydroxy toluene (bht)، phthalic acid، laevigatin، anthracene، carvone و farnesol از جمله ترکیبات مهم تولید شده در اکثر گونه های مورد بررسی بودند.

پنی سیلین از جمله مهم ترین آنتی بیوتیکی است که تا به حال شناسایی شده است. در این بررسی مجموعه مطالعات کیفی، کمی و مولکولی روی 17 گونه پنی سیلیوم انجام گرفت. بررسی ها در سه بخش تست های آنتی باکتریال، تولید، استخراج و اندازه گیری پنی سیلین و بررسی های مولکولی شامل ردیابی و مطالعه بیان ژن های مرتبط با سنتز صورت گرفت. در آزمون های آنتی باکتریال باکتریهای گرم منفی و مثبت متعدد در تقابل با پنی سیلیوم های مورد بررسی قرار گرفتند. دربررسی وجود پنی سیلین g، ابتدا قارچ ها در محیط pdb کشت و 8 روز بعد از رشد کامل قارچها، مراحل استخراج آنتی بیوتیک انجام و آنالیز توسط hplc انجام شد. در این پژوهش مشخص شد بسیاری از گونه ها قادر به آنتی بیوتیک پنی سیلین g با مقادیر متفاوت می باشند. بیشترین میزان پنی سیلین تولیدی متعلق به گونه p. janthinellum بود. در بررسی های کمی و کیفی به منظور ارزیابی تولید پنی سیلین جی میزان پنی سیلین تولیدی جدایه ها اندازه گیری و غالب گونه ها در روز هفتم حداکثر تولید را داشتند که از بین آنها p. chrysogenum ptcc 5033 بالاترین مقادیر تولید کرد. در بررسی های مولکولی، به منظور ردیابی ژن های دخیل در سنتز پنی سیلین استخراج dna از جدایه ها انجام و واکنش زنجیره پلی مراز در شرایط استاندارد بررسی شد. نتایج نشان دهنده وجود ژن های دخیل در سنتز پنی سیلین در بسیاری از گونه ها بود. در مطالعه بیان ژن ها نرخ بیان ژن های pcbc و pcbab بررسی شد. جهت تعیین پروفایل ژن های فوق ابتدا از نمونه های کشت داده شده در محیط کشت مایع حاوی عصاره مخمر، ساکارز و آب مقطر در روزهای مختلف پس از کشت (5،7،11)، total rna استخراج و cdna تهیه شد. بیان نسبی ژن های مورد بررسی توسط تکنیک real time q-pcr انجام شد. نتایج این بررسی نشان داد در ایزوله های مورد بررسی بیشترین میزان بیان دو ژن در روز هفتم بود، هم چنین میزان بیان نسبی ژن ها در گونه های متفاوت نیز مختلف می باشد که در روز پنجم در ژن pcbab ایزوله p. chrysogenum ptcc 5033 و در ژن pcbc ایزولهp. chrysogenum ptcc 5037 بیشترین بیان را داشته اند. در روز هفتم در ژن pcbab ایزوله p. chrysogenum ptcc 5031 و ژن pcbc ایزوله p. chrysogenum ptcc 5033 بیشترین بیان و در روز یازدهم در ژن pcbab ایزولهp. chrysogenum ptcc 5071 و ژن pcbc ایزوله p. chrysogenum ptcc 5037 بیشترین بیان را داشته اند.

با توجه به اهمیت بیماری بلاست مرکبات و خسارتی که وارد می کند داشتن اطلاعات دقیق درباره چرخه زندگی و همچنین دامنه میزبانی عوامل مولد بیماری که جدیه هایی از pseudomonas viridiflava و pseuodomonas syringae pv.syringae هستند اهمیت دارد.به منظور بررسی تنوع گونه ای و دامنه میزبانی عوامل بیماری حدود 40 جدایه باکتری از گیاهان اسفناج ، ختمی و مرکبات در سال های 1389 و1390 جداسازی شدند.تنوع جدایه ها با مقایسه ویژگی های فنوتیپی،اثر انگشت آنها درrep-pcr با استفاده از آغازگرهای eric و box و توالی ژن خانه داری rpod با یکدیگر و با جدایه های مرجع pss و pv ارزیابی گردید. نتایج بررسی نشان داد که همه یا بیشترجدایه های همراه بلاست مرکبات و لکه برگی ختمی تشابه حدود 87 درصد ( با روش box-pcr ) و تشابه حدود 82 درصد ( با روش eric-pcr ) با جدایه های pss و جدایه های اسفناج تشابه حدود 62 درصد با جدایه استاندارد pv در روش box-pcr دارند.در واکنش زنجیره ای پلیمراز،dna ازیک نمونه از هر میزبان استخراج شده وبا pcr و به کارگیری آغازگرrpod یک قطعه 850 جفت بازی تکثیر شد. در مقایسه توالی ها با توالی های ناحیه مشابه موجود در genebank (ncbi) جدایه های ختمی و مرکبات دارای 99 درصد شباهت با جدایه های pss وجدایه اسفناج دارای 99درصد شباهت با جدایه pseudomonas viridiflava strain cfbp 1590 و واجد 100 درصد شباهت با جدایه p. viridiflava strain pv 273 موجود در genbank بودند.نتیجه این بررسی نشان دهنده تفاوت جدایه های عامل بلاست مرکبات و لکه برگی ختمی خواب آلود با جدایه های عامل لکه برگی و بلایت اسفناج بود.به علاوه تنوع قابل توجهی بین جدایه های pss جدا شده از میزبان های ختمی و مرکبات و تنوع کمتری بین جدایه های عامل بلایت اسفناج مشهود بود.

چکیده rathtayibacter spp. عامل بیماری خوشه صمغی روی گیاهان مختلف خانواده گندمیان می باشد. از مهم ترین میزبان های این باکتری، که در پاره ای از نقاط خسارت قابل توجهی را تحمل می کنند ، گندم (triticum aestivum) و جو (hordeum vulgare) اند. در سال های 1382-1381 نمونه برداری از مزارع گندم و جو واقع در مناطق مختلف استان های آذربایجان شرقی، فارس، ایلام، اصفهان و خوزستان صورت گرفت. علائم بیماری به صورت نوارهای زرد یا سفید رنگ در طول رگبرگ ها، تراوشات زرد رنگ روی خوشه و چین خوردگی خوشه ها، ریشک ها و محور آن ها مشاهده گردید. جهت جداسازی باکتری های عامل، چند بذر به همراه پوشش بذری دارای علائم در مقداری آب مقطر استریل داخل تشتک های استریل خرد شده و مقداری از عصاره به دست آمده روی محیط آگار غذایی حاوی عصاره مخمر کشت داده شد.پس از 6-4 روز نگه داری پتری ها در دمای c? 28، تک پرگنه های در حال رشد انتخاب و خالص-سازی گردیدند. سی و دو جدایه به دست آمده مورد بررسی های فنوتیپی و نقوش الکتروفورزی پروتئین های سلولی (sds-page) قرار گرفتند. جدایه ها بر اساس خصوصیات فنوتیپی و الگوی پروتئین های سلولی در سه گروه قرار گرفتند. جدایه های گندم به دست آمده از استان خوزستان با جدایه مرجع tritici r. در یک گروه و بقیه آنها به همراه جدایه مرجع r. iranicus در گروه دیگر قرار گرفتند. جدایه های جو گروه مستقلی را تشکیل دادند و با هیچ کدام از جدایه های مرجع هم گروه نشدند. برای تعیین ارتباط ژنتیکی جدایه ها، dna ژنومی استخراج و در واکنش زنجیره ای پلیمراز با روش های eric-pcr، rep-pcr و box-pcr به کار برده شد. محصول تکثیرشده در ژل آگارز الکتروفورز و با اتیدیوم بروماید رنگ آمیزی شد. از ضریب تشابه جاکارد (jaccard) برای تعیین تشابه جدایه ها و از روش upgma و نرم افزار ntsys-pc برای آنالیز خوشه ای استفاده شد. در آنالیز خوشه ای eric-pcr جدایه ها در سطح تشابه70 درصد به 5 گروه، با rep-pcr و box-pcr به 6 گروه و با ترکیب همه آغازگرها به 7 گروه تقسیم شدند. باکتری جدا شده از جو گونه ای متعلق به جنس rathtayibacter. است که از نظر ویژگی های فنوتیپی و ارتباط نسبی ژنتیکی به r. iranicus نزدیک تر بود. کلمات کلیدی: خوشه صمغی، گندم، جو، tritici r.، r. iranicus، rep-pcr

بیماری های گیاهی یکی از محدودیت های بزرگ در تولید محصولات کشاورزی به شمار می روند. نوار قهوه ای باکتریایی برنج با عامل acidovorax avenae subsp. avenae از جمله بیماری های برنج است که در خزانه روی برگ و غلاف گیاهچه ها نوارهای آبسوخته و قهوه ای ایجاد می کند. با توجه به این که در سال های اخیر استفاده وسیع از مواد شیمیایی در کشاورزی به منظور کنترل بیماری های گیاهی خطرات زیست محیطی زیادی را در پی داشته است، پیدا نمودن روشی جایگزین جهت مقابله با این بیماری و سایر بیماری های مهم دیگر امری ضروری به نظر می رسد. امروزه پیشرفت های گسترده در علم بیولوژی مولکولی فهم بشر را از تعاملات میان گیاه - بیمارگر، ژن های دخیل در مقاومت و مسیرهای سیگنال دهی منتهی به مقاومت بهبود بخشیده است. گیاهان همواره برای مقابله با آفات و بیمارگرها مکانیسم های دفاعی مختلفی کسب کرده اند. در این میان ژن های مقاومت گیاه برنج (r genes)، از جمله پروتئین های در ارتباط با بیماری زایی نقش مهمی در تعامل برنج با عوامل بیماری زا دارند.

چکیده ندارد.

شانکر پوستی گردوی ایرانی (juglans regia l.) توسط brenneria nigrifluens (wilson et al., 1957) hauben et al., 1998 ایجاد شده و یکی از شایع ترین بیماری های گردو محسوب می شود. این بیماری در باغ های تولید الوار و میوه با ضعیف نمودن درختان سبب ایجاد خسارت می شود. بیماری پوست تنه و شاخه های اصلی را تحت تأثیر قرار می دهد. در مجموع تعداد 71 جدایه باکتری از 114 نمونه ی دارای علائم شانکر جمع آوری شده از مناطق مختلف کشور شامل استان های مازندران، گلستان، کرمان، کرمانشاه و کردستان جداسازی شده و براساس ویژگی های بیوشیمایی، فیزیولوژیکی و الگوی پروتئینی سلولی متعلق به جنسbrenneria تشخیص داده شد. به علاوه 10 جدایه از استان فارس و یک جدایه از استان کهگیلویه و بویراحمد (اهدایی دکتر تقوی، دانشگاه شیراز) و یک جدایه از استان کردستان (اهدایی دکتر حریقی، دانشگاه کردستان) برای مقایسه با استرین های جمع آوری شده از مناطق مختلف کشور دریافت شد. به منظور تعیین دقیق گونه ی جدایه ها از آغازگرهای اختصاصی b. nigrifluens استفاده شد که در نتیجه در 24 جدایه از استرین های مورد بررسی قطعه ی dna مورد انتظار به طول حدود 255 جفت باز تکثیر شد. در آزمون بیماری زایی، پس از گذشت شش تا هشت هفته از زمان مایه زنی نهال های گردو، لکه های آبسوخته و شانکر پیش رونده ای روی سرشاخه های مایه زنی شده ظاهر شد. به علاوه بیمارگر مجدداً از بافت های مایه زنی شده جدا گردید. برای بررسی تنوع ژنتیکی باکتری عامل بیماری چهار آغازگر rep-pcr، هشت آغازگر rapd و یک آغازگر is50 بر اساس تولید چندشکلی و تکرارپذیری انتخاب شد. همچنین یک جدایه ی pectobacterium carotovora pv. carotovora به عنوان کنترل مورد استفاده قرار گرفت. از مجموع چهار آغازگر استفاده شده در نشانگر rep-pcr، 75 جایگاه ژنی با چندشکلی 16/71 درصد، از مجموع هشت آغازگر استفاده شده در نشانگر rapd، 146 جایگاه ژنی با چند شکلی 29/73 درصد و آغازگر is50 نیز 32 جایگاه ژنی را تکثیر نموده و چندشکلی 75/93 درصدی را نشان دادند. تجزیه و تحلیل داده ها با استفاده از نرم افزار mvsp، براساس الگوریتم upgma (unweighted pair group with arithmatic average) و ضریب تشابه جارکارد (jaccard’s coefficients) انجام گرفت. تجزیه و تحلیل خوشه ای داده های حاصل از کاربرد نشانگرهای rep-pcr، rapd و is50 در سطح تشابه 80 درصد جدایه ها را در شش گروه دسته بندی کرد. این نشانگرها توانستند استرین های مورد مطالعه را برحسب ناحیه ی جغرافیایی تفکیک کنند. بر این اساس استرین های استان های فارس و کهگیلویه و بویراحمد در یک گروه، استرین های استان مازندران در یک گروه، استرین های استان های کرمان و گلستان هر کدام در دو گروه مجزا قرار گرفتند. همچنین بیشترین فاصله ی ژنتیکی بین استرین های کهگیلویه و بویراحمد و کرمان مشاهده شد. در نشانگر rep-pcr آغازگر eric-2i، در نشانگر rapd آغازگر opa-12 و همچنین آغازگر is50 بهتر از آغازگرهای دیگر توانستند فاصله ی ژنتیکی جدایه ها را مشخص کنند. این پژوهش اولین بررسی تنوع ژنتیکی استرین های b. nigrifluens در سطح dna می باشد.