تعیین نواحی موثر ایمنی زا در فاکتورهای تهاجمی lloو actaدر listeria monocytogenes

listeria monocytogenes یک پاتوژن غذایی گرم مثبت، درون سلولی اختیاری و سریع الرشد فرصت طلب است که در بیماران مستعد از نظر ایمنی لیستریوزیس ایجاد می کند. میزان مرگ و میر لیستریوزیس بیش از 20% است. همچنین مننژیت، انسفالیت و مننگوانسفالیت و نیز سقط جنین در زنان باردار از عوارض عفونت با این باکتری است. acta و لیستریولیزین o (llo) دو فاکتور ویرولانس مهم این باکتری هستند. acta یکی از پروتئین های سطحی باکتری و llo یک همولیزین ایجاد کننده ی منفذ است که به خانواده ی سموم وابسته به کلسترول تعلق دارد. هر دو فاکتور ویرولانس در انتشار پاتوژن از سلولی به سلول دیگر دارای نقش حیاتی هستند. با توجه به این که بیشتر مطالعات صورت گرفته در مورد این باکتری با استفاده از مدل های موشی صورت گرفته و تعمیم نتایج آن به انسان کاملاً صحیح نیست، لذا در این مطالعه از نرم افزارهای بیوانفورماتیکی برای مطالعه ی این دو فاکتور ویرولانس، به منظور تعیین نواحی موثر در ایمنی زایی، استفاده شده است. acta از جنبه ی اپیتوپ های سلول b و llo از لحاظ اپیتوپ های سلول t مورد بررسی قرار گرفتند. ساختار دوم و سوم این پروتئین نیز مورد بررسی قرار گرفت ناحیه ای حفاظت شده و عملکردی در acta معرفی شد که قادر است سلول های b را برای تولید آنتی بادی علیه این ناحیه برانگیزد. این ناحیه شامل بخش پایانه ی n و نیز بخش مرکزی توالی پروتئین مورد نظر است. وجود واحدهای تکراری، باردار بودن، آبدوستی، انعطاف پذیری، در دسترس بودن از نظر سطحی و ساختارهای دوم بتای موجود در این ناحیه از دلایل انتخاب آن به عنوان ناحیه ی قابل قبول برای تحریک سلول های b و تولید آنتی بادی علیه آن است. در مورد llo نیز اپیتوپ های سلول t پیش بینی شده و بر اساس آن ها دو سازه ی پروتئینی، یکی برای انسان و دیگری برای موش، طراحی شدند. ژن مربوط به این سازه ها نیز طراحی و از نظر کدون های مورد استفاده و نیز بسیاری از پارامترهای موثر در کارایی بیان، بهینه سازی شدند. تغییرات پس از ترجمه ای احتمالی که ممکن است سازه ها در سلول میزبان متحمل شوند نیز پیش بینی شد. پایداری mrna رونویسی شونده از روی این دو ژن نیز بررسی شد و نشان داده شد که ژن بهینه سازی شده mrna مناسب تری برای ترجمه دارد. همچنین جایگاه قرارگیری پروتئین ترجمه شده نیز در سلول یوکاریوتی پیش بینی شد (مسیر ترشحی). قرار گرفتن در مسیر ترشحی کارایی نامزدهای واکسن را از نظر تحریک سیستم ایمنی افزایش می دهد. در نهایت این دو سازه به عنوان یک نامزد واکسن dnaیی معرفی و راهکارهایی برای بهبود و کارایی بیشتر آن عرضه گردید. این راهکارها شامل افزودن سیگنال های مناسب نظیر سیگنال یوبی کوئیتین، قلاب gpi، موتیف شبه pest به ابتدای توالی، گزینش صحیح وکتور مناسب و نیز نحوه ی کارامد ایمنی زایی و عرضه ی این واکسن به میزبان است.