بررسی بیوانفورماتیک عملکرد ۱۲۴-mir بر روی فاکتورهای نسخه برداری دخیل در فرایند تمایز نورونی

مهدیه موندنی زاده، mahdieh mondanizadeh department of molecular medicine and genetics, molecular medicine research center, hamedan university of medical sciences, hamedan, iranدانشجوی phd پزشکی ملکولی، گروه پزشکی مولکولی و ژنتیک پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی همدان، همدان، ایران قاسم مسیبی، ghasem mosayebi department of microbiology and immunology, arak university of medical sciences, arak, iranاستاد، گروه میکروب شناسی و ایمنی شناسی، دانشگاه علوم پزشکی اراک، اراک، ایرانسازمان اصلی تایید شده: دانشگاه علوم پزشکی همدان (hamadan university of medical sciences) احسان عارفیان، ehsan arefian . department of biology and microbiology, tehran university, tehran, iranاستادیار، گروه زیست شناسی و میکروبیولوژی، دانشگاه تهران، تهران، ایرانسازمان اصلی تایید شده: دانشگاه علوم پزشکی اراک (arak university of medical sciences) مسعود سعیدی جم، massoud saidijam department of molecular medicine and genetics, molecular medicine research center, hamedan university of medical sciences, hamedan, iranایران، همدان، دانشگاه علوم پزشکی همدان، گروه پزشکی مولکولی و ژنتیک پزشکی و مرکز تحقیقات پزشکی مولکولیسازمان اصلی تایید شده: دانشگاه تهران (tehran university) بهزاد خوانساری نژاد، behzad khansarinejad molecular and medical research center, arak university of medical sciences, arak, iranاستادیار، مرکز تحقیقات مولکولی، دانشگاه علوم پزشکی اراک، اراک، ایرانسازمان اصلی تایید شده: دانشگاه علوم پزشکی همدان (hamadan university of medical sciences)

چکیده

زمینه و هدف: اگرچه ملکول 124-mir به عنوان یک القاکننده نوروژنز شناخته شده است، با این حال بررسی های انجام شده بر روی اهداف آن بسیار اندک است و مکانیسم های عملکرد آن در تمایز به سمت سلول های عصبی و نگهداری سلول های عصبی در حالت تمایز یافته ناشناخته می باشد. روش میکرواری به عنوان روش استاندارد برای مطالعه کلی ژن های تحت کنترل mirnaها مطرح است. با این حال هزینه بسیار زیاد این روش استفاده از آن را در اغلب مراکز علمی با محدودیت مواجه است. از سوی دیگر پیشرفت الگوریتم های بیوانفورماتیکی و سیستم های مدل سازی کامپیوتری منجر به توسعه نرم افزارهای بیوانفورماتیکی شده اند که توانایی پیش بینی اهداف mrna برای mi-rnaها را دارند. از این رو هدف این پژوهش تئوری بررسی بیوانفورماتیک اثر 124-mir بر روی فاکتور های نسخه برداری دخیل در فرآیند تکثیر سلولی و تمایز به سمت سلول های نورونی، با استفاده از نرم افزارهای مختلف و اختصاصی می باشد. مواد و روش ها: با استفاده از الگوریتم های مختلف موجود در پایگاه های تارگت اسکن، دایانا و میرواک، فاکتورهای نسخه برداری که هدف بالقوه عملکرد 124-mir بودند، مشخص شدند. سپس از ژن های کاندید شده براساس متغیرهایی هم‎چون قدرت اتصال ناحیه هسته 124-mir و تعداد تکرار ناحیه هدف در قسمت ´3-utr فاکتور رونویسی یک جدول امتیاز تهیه شد. در نهایت فاکتور رونویسی دارای بالاترین امتیاز به عنوان کاندید بررسی های عملی انتخاب گشت. یافته ها: نتایج بررسی های بیوانفورماتیکی نشان داد که ملکول های lamc1، itgb1، ptbp1، sox9، sp1 و efnb1 با بیش‎ترین احتمال ممکن است در مسیر نورون زایی تحت اثر 124-mir قرار گیرند. نتیجه گیری: به نظر می رسد که فاکتور نسخه برداری sp1 تحت کنترل 124-mir می باشد و نقش مهمی در فرآیند نوروژنز ایفا می کند. از این رو این پروتئین می تواند به عنوان کاندید جدید مناسبی جهت بررسی های تجربی در نظر گرفته شود.