آنالیز شبکه برهم کنش پروتئین - پروتئین سلول های فیبروبلاست انسانی تیمار شده با الکل اتانول
مونا زمانیان عضدی، mona zamanian azodi faculty of paramedical sciences, shahid beheshti university of medical sciences, tehran, iranدانشکده پیراپزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی، تهران، ایران مصطفی رضایی طاویرانی، mostafa rezaei tavirani proteomics research center, shahid beheshti university of medical sciences, tehran, iranمرکز تحقیقات پروتئومیکس، دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی، تهران، ایران مریم پیوندی، maryam peyvandi proteomics research center, shahid beheshti university of medical sciences, tehran, iranمرکز تحقیقات پروتئومیکس، دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی، تهران، ایران اکرم صفایی، akram safaei faculty of paramedical sciences, shahid beheshti university of medical sciences, tehran, iranدانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی ایران، ایران، تهران مجید رضایی طاویرانی، majid rezaei-tavirani faculty of medicine, iran university of medical sciences, tehran, iranدانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی ایران، ایران، تهران محمد محبوبی، mohammad mahboubi abadan school of medical sciences, abadan, iranدانشکده علوم پزشکی آبادان، آبادان، ایران فرشاد اخوتیان
چکیده
سابقه و هدف: مطالعات انجام شده نشان می دهد که اتانول بیان پروتئین ها متعددی را در سلول های فیبروبلاست تغییر می دهد. تعدادی از این پروتئین ها از فاکتورهای مهم در سرطان زایی هستند. بنابراین، آنالیز نقش عمل کردی و برهم کنش این دسته از پروتئین ها به منظور شناسایی مکانیسم های عمل کردی و سرطان زایی الکل دارای اهمیت است. مواد و روش ها: در این تحقیق با استفاده از نرم افزار cytoscape و الگوریتم های وابسته، شبکه برهم کنش پروتئینی، شش پروتئین شناسایی شده در پروتئوم سلول های فیبروبلاست (hfff2) تیمار شده با الکل اتانول که تغییرات کاهشی محسوسی داشته اند آنالیز شد. یافته ها: با توجه به بررسی های به دست آمده شبکه برهم کنش پروتئینی به دست آمده شامل 756 گره و 1166 اتصال است. نتایج نشان می دهند که heterogeneous nuclear ribonucleoprotein a1 با 528=degree و 74/0=betweenness centrality پروتئینی کلیدی محسوب می شود و الکل سبب اختلال در بیان آن می شود. هم چنین بر اساس مطالعه کمپلکس های پروتئینی، این پروتئین حضور بارزی در کمپلکس های مختلف دارد. از سوی دیگر نتایج آنالیز نرم افزار david نشان می دهد که این پروتئین ها در تنظیم بخش عظیمی از فرایندهای درون سلولی مداخله می نماید. نتیجه گیری: شش پروتئین هایی که میزان بیان آن ها تحت تاثیر الکل تغییر یافته است علاوه بر آن که می توانند خطر ابتلا به سرطان افزایش دهند، فرایندهای درون سلولی متنوعی را نیز مختل می کنند که heterogeneous nuclear ribonucleoprotein a1 در این میان مهم ترین پروتئین است
سابقه و هدف: مطالعات انجام شده نشان می‌دهد که اتانول بیان پروتئین‌ها متعددی را در سلول‌های فیبروبلاست تغییر می‌دهد. تعدادی از این پروتئین‌ها از فاکتورهای مهم در سرطان‌زایی هستند. بنابراین، آنالیز نقش عملکردی و برهم‌کنش این دسته از پروتئین‌ها به منظور شناسایی مکانیسم‌های عملکردی
مقالهکومشناهید صفری علی قیارلو، nahid safari-alighiarloo proteomics research center, faculty of paramedical sciences, shahid beheshti university of medical sciences, tehran, iranمرکز تحقیقات پروتئومیکس، دانشکده پیراپزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی، تهران ، ایران محمد تقی زاده، mohammad taghizadeh bioinformatics dept., institute of biochemistry and biophysics, tehran university, tehran, iranگروه بیوانفورماتیک، مرکز بیوشیمی و بیوفیزیک (ibb)، دانشگاه تهران، تهران، ایران محمد طباطبائی، mohammad tabatabaei medical informatics department, faculty of paramedical sciences, shahid beheshti university of medical sciences, tehran, iran.گروه انفورماتیک پزشکی، دانشکده پیراپزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی، تهران، ایران سوده شهسواری
سابقه و هدف: بیماری دیابت نوع 1 در نتیجه تخریب خودایمنی سلول های بتا تولید کننده انسولین در پانکراس ایجاد می شود. برای گسترش درمان بیماری، شناسایی نشانگرهای درمانی کارآمد مورد نیاز است. روش های سیستم بیولوژی سبب فهم بهتری از عوامل عملکردی در بیماری می گردند. هدف این مطالعه، جستجو
سابقه و هدف: بیماری دیابت نوع 1 در نتیجه تخریب خودایمنی سلول‌های بتا تولید‌کننده انسولین در پانکراس ایجاد می‌شود. برای گسترش درمان بیماری، شناسایی نشانگرهای درمانی کارآمد مورد نیاز است. روش‌های سیستم بیولوژی سبب فهم بهتری از عوامل عملکردی در بیماری می‌گردند. هدف این مطالعه، جستجو
پایان‌نامه۲۰۱۱وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه صنعتی اصفهان - دانشکده برق و کامپیوترمهسا ایمانی
شبکه های زیست شناسی، که عموماً شبکه هاِیی پیچیده و وسیع هستند، حاوی اطلاعات مهمی می باشند. امروزه نظر به پیشرفتِ قابل ملاحظه آنها ، عملیاتی بر روی این گونه شبکه ها برای استخراجِ اطلاعاتی که هر کدام از آنها دربردارند اِعمال می شود. از میان مهم ترین آنها پیدا کردن موتیف های شبکه اس
پایان‌نامه۲۰۱۴وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اراک - دانشکده فنیمسعود عزیزی
پروتئین‌ها هرگز به صورت منفرد عمل نمیکنند، بلکه از طریق برهم‌کنش با دیگر پروتئین‌ها، عملکردهایشان را اجرا میکنند. بررسی این برهمکنشها، پایهای برای کشف مکانیسم‌های مولکولی، فرآیندها و مفاهیم زیستی مربوط به عملکردهای پروتئین‌ها میباشد. روش‌های آزمایشگاهی مقیاس بزرگ همانند ma