شناسایی و بررسی تنوع ژنتیکی ویروس لکه‌حلقوی بافت مرده هسته‌دارها (Prunus necrotic ring spot virus) در درختان میوه هستهدار و دانه‌دار استان کردستان
نویسندگان
چکیده مقاله:
شمار 149 نمونۀ برگی از درختان میوۀ هستهدار و دانه‌دار استان کردستان هنگام بهار و تابستان سال‌های 1394 و 1396 به‌منظور شناسایی مولکولی و بررسی گوناگونی ژنتیکی عامل لکه حلقوی بافت مردۀ درختان هستهدار جمع‌آوری شدند و با آغازگرهای اختصاصی ژن پروتئین پوششی PNRSV-F3/PNRSV-R3 آزمون RT-PCR شدند. نتیجهها RT-PCR نشان دادند که 8/20 درصد از نمونه‌ها آلوده به PNRSV بودند. سیزده جدایه بر پایۀ نوع میزبان و منطقۀ جغرافیایی گزینش و پس از تکثیر و پیوست بخشی از ژن پروتئین پوششی آن‌ها به پلاسمید pTG-19 و همسانه‌سازی در باکتری E. coli تعیین توالی شدند. توالی‌های به‌دست‌آمده در سطح نوکلئوتیدی به‌طور میانگین 002/0 ± 9/98 درصد با یکدیگر و 006/0 ± 4/94 درصد با دیگر جدایه‌های موجود در بانک ژن همانندی نوکلئوتیدی نشان دادند. در واکاوی تبارزایی بر پایۀ ترادف نوکلئوتیدی جدایه‌های PNRSV در سه گروه تبارزایی PV96، PV32 و PE5 قرار گرفتند که سیزده جدایۀ این پژوهش به همراه بیشتر جدایه‌های ایرانی در گروه تبارزایی PV96 قرار گرفتند. بیشترین همانندی نوکلئوتیدی میان جدایه‌های هلو از کامیاران (KH10)، زردآلو از سنندج (SZ93) و هلو از دهگلان (D7) با جدایۀ شلیل از ایران (KX353935) با 98 درصد و کمترین همانندی نوکلئوتیدی میان جدایۀ زردآلو از سنندج (SZ26) با جدایۀ آلو از لهستان (DQ983499) با 6/83 درصد همانندی دیده شد. نسبت‌های کم جانشینی مترادف به غیر مترادف (dN/dS) در ژن پروتئین پوششی این ویروس روشنگر این نکته است که گزینش منفی نقش بزرگی را در فرگشت این ژن بازی کرده است و بررسی نوترکیبی با نرم‌افزار RDP v.4.63 نیز نشان داد که در جدایه‌های موردبررسی در این پژوهش نوترکیبی در این بخش از ژنوم رخ نداده است.
منابع مشابه
ردیابی و تعیین خصوصیات مولکولی ویروس لکه حلقوی بافت مرده هسته دارها prunus necrotic ringspot virus در استان های اصفهان و چهارمحال و بختیاری
درختان میوه هسته دار تحت تاثیر تعداد زیادی از ویروس ها قرار می گیرند که باعث خسارات اقتصادی قابل توجهی می شوند. ویروس لکه حلقوی بافت مرده هسته دارهاprunus necrotic ringspot virus (pnrsv) یکی از شایع-ترین ویروس های هسته دارها می باشد که از جنس ilarvirus و خانوادهbromoviridae بوده و انتشار جهانی دارد. این ویروس در مناطق معتدله جهان روی درختان میوه هسته دار شامل گیلاس، آلبالو، بادام، هلو، زردآلو، ...
15 صفحه اولشناسایی و پراکنش ویروس لکه حلقوی بافت مرده هسته‌داران در استان گلستان
در سال‌های اخیر علایم بیماری‌های ویروسی روی درختان میوه هستهدار در استان گلستان به‌صورت حاد، در سطح وسیعی از باغات مشاهده شد. به‌منظور بررسی ویروس‌های مهم هسته‌داران، نمونه‌برداری طی فصل زراعی 85-1384 از مناطق مهم کشت، صورت گرفت. نمونه‌برداری از درختان گیلاس، هلو، آلو، زردآلو و شلیل مشکوک به آلودگی که دارای علایم موزاییک، کلروز، لکه حلقوی، لکه غربالی، پیچیدگی، رنگ پریدگی حاشیه و ریز بودن برگ...
متن کاملتبارزایی، تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیت ویروس زردی بافت مرده باقلا براساس ترادف نوکلئوتیدی قطعه ژنومی M
ویروس زردی بافت مرده باقلا (Faba bean necrotic yellows virus, FBNYV) از جنس Nanovirus، عامل ایجاد خسارت شدید حبوبات در کشورهای شمال آفریقا، جنوب آسیا و اروپا بهشمار میرود. پس از تعیین ترادف نوکلئوتیدی کامل قطعه ژنومی M تعداد 17 جدایه میزبانی و جغرافیایی این ویروس از ایران، تحلیلهای مختلف مولکولی این ویروس براساس این قطعه ژنومی مربوط به تمام جدایه‌های در دسترس ویروس مورد برر...
متن کاملبررسی وجود و پراکنش ویروس کوتولگی گوجه در باغات درختان میوه هسته دار استان فارس
ویروس کوتولگی گوجه (Prune dwarf virus= PDV) متعلق به جنس Ilarvirus و خانواده Bromoviridaeمیباشد. این ویروس یکی از مهمترین عوامل بیماریزای درختان میوه هستهدار در جهان است. به منظور تعیین پراکنش و ردیابی ویروس کوتولگی گوجه در باغهای درختان هستهدار استان فارس تعداد 679 نمونه طی دو سال زراعی 1392 و 1393 از نمونههای برگی با علائم پیچیدگی، بدشکلی، پارگی برگ و موزائیک از درختان هلو، آلو، زردآلو...
متن کاملشناسایی و تنوع ژنتیکی جدایه‌هایPseudomonas syringae pv. syringae عامل شانکر باکتریایی درختان میوه هستهدار در چند استان شمالی و مرکزی ایران
بیماری شانکر باکتریایی هسته¬داران با عامل (Pss) Pseudomonas syringae pv. syringae یکی از بیماری‌های شایع درختان میوه هسته¬دار در استان¬های شمالی و مرکزی ایران می¬باشد. به منظور شناسایی جدایه‌های عامل بیماری، طی سال¬های 1390-1389، 105 جدایه به دست آمده از باغهای درختان میوه هسته¬دار واقع در مناطق مختلف استان¬های اردبیل، آذربایجان شرقی، گیلان، مازندران، خراسان رضوی، تهران و قزوین از نظر فنوتی...
متن کاملDegenerate Four Wave Mixing in Photonic Crystal Fibers
In this study, Four Wave Mixing (FWM) characteristics in photonic crystal fibers are investigated. The effect of channel spacing, phase mismatching, and fiber length on FWM efficiency have been studied. The variation of idler frequency which obtained by this technique with pumping and signal wavelengths has been discussed. The effect of fiber dispersion has been taken into account; we obtain th...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
عنوان ژورنال
دوره 50 شماره 1
صفحات 15- 26
تاریخ انتشار 2019-05-22
با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.
کلمات کلیدی
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023