طراحی بیوانفورماتیکی و آنالیز ایمونوژن کایمر علیه اتصال و سمیت باکتری ویبریوکلرا

زمینه و هدف: بیماری‌های اسهالی ناشی از باکتری‌های روده‌ای عامل مهم مرگ‌ومیر در کشورهای در حال توسعه به‌ویژه در کودکان زیر پنج سال است. واکسن‌ها می‌توانند راه‌حل مهمی برای پیشگیری از این بیماری‌ باشند. فاکتور کلونیزاسیون پیلی (TcpA)، پروتئین غشای خارجی W و توکسین‌کلرا مهم‌ترین عوامل بیماری‌زایی ویبریوکلرا هستند و ویژگی‌های ایمونوژنیک دارند. در این مطالعه، ایمونوژنی نوترکیب سه‌گانه متشکل از TcpA, CTXB OMPW, طراحی شد. پروتئین کایمر که دربردارنده اپی‌توپ‌های B-cell و توالی با خاصیت ادجوانتی است، می‌تواند به‌طور بالقوه احتمال بروز پاسخ‌های ایمنی مؤثر را افزایش دهد. مواد و روش‌ کار: برای افزایش احتمال بیان پروتئین OTC، کدون‌های ژنی و انواع پارامترهای مؤثر در بیان بهینه شد و تجزیه‌وتحلیل ترمودینامیکی ساختار mRNA با هدف بررسی پایداری انجام گرفت. همچنین ساختار سوم پروتئین پیش‌بینی شد، کیفیت ساختارها ارزیابی، و اپی‌توپ‌های خطی و فضایی نیز تعیین شد. یافته‌ها: پروتئین با ترتیب توالی OTC بیشترین شاخص آنتی‌ژنی را نشان داد. شاخص سازگاری کدون سازه کایمری به ۰/۸۹ افزایش یافت. ساختار سوم پیش‌بینی‌شده براساس سرور RaptorX کیفیت مناسبی را نشان داد. آنالیز ترمودینامیکی ساختار mRNA نشان داد ساختار پیش‌بینی‌شده پایدار است. اپی‌توپ‌های فضایی و خطی در هر سه دومین پروتئین کایمر دیده شد. نتیجه‌گیری: نتایج نشان داد پروتئین حاصل از این ساختار طراحی‌شده می‌تواند در برابر عملکرد اتصال و توکسین باکتری ویبریوکلرا مانند یک ایمونوژن عمل کند.