توانایی تکنولوژی ریزآرایه در ایجاد امکان ثبت، کنترل و تحلیل هم زمان هزاران ژن، محققین بسیاری را علاقمند به یافتن الگوریتمی بر اساس داده های ریزآرایه به منظور کشف رده های سرطان و ژن های نشانگر رده ها کرده است. یکی از روش های معمول و پر کاربرد در تحلیل داده های ریزآرایه، خوشه بندی است. یک خوشه بندی مناسب از نمونه ها بر اساس داده های بیان ژن، با ایجاد گروه هایی با سطوح بیان ژنی مشترک می تواند منجر...

فناوری ریزآرایه یک ابزار تحلیلی کوچک است که به کمک آن می توان بیان ده ها هزار ژن را، به طور همزمان مورد کاوش قرار داد. سوال عمده مورد بحث در ریزآرایه ها، چگونگی انتخاب مارکرهای ژنی می باشد، تشخیص مارکرهای ژنی می تواند تشخیص زودتر، درمان و پیش بینی دقیق تر نتیجه بیماری ومتعاقب آن استفاده از درمان های مناسب وکاهش هزینه ها را در پی داشته باشد.با استفاده از نظریه های آماری برای پردازش داده های ریزآ...

سالیان متمادی است که بشر می کوشد به راز بیماری ها پی برده و علت وجودی آن ها را دریابد .امکان بهره گیری از علم و فن آوری سایر علوم، دانشمندان عرصه بیولوژی را بر آن داشت که تحقیقات خود را متوجه کوچک ترین واحد زنده یک ارگانیسم، یعنی سلول نمایند. sechenaدر سال 1996 روشی را ارائه نمود که بر مبنای آن محققین قادر شدند به طور هم زمان ژن های موجود در دو بافت سالم و سرطانی را مطالعه نمایند. این تکنولوژی ...

یک ریزآرایه ماتریکسی از ردیف های حاوی توالی نمونه هاست که روی یک سطح ثابت شده اند. این روش بر اساس قواعد جفت شدن بازها محیطی را برای جفت شدن نمونه های شناخته شده (پروب ها) با نمونه های ناشناخته (الگوها) فراهم می آورد. برخلاف روش های قدیمی تر که عمدتاً بر پایه بررسی یک ژن در هر آزمون عمل می کنند، ریزآرایه ها وسعت عمل بسیار گسترده ای دارند، به طوری که می توان کل ژنوم را روی یک تراشه ژنی بررسی کرد....

در یوکاریوت‌ها DNA ژنومی در ترکیب با پروتئین‌های هیستونی کروماتین را ایجاد می‌کند. چپرون‌های هیستونی از طریق تغییر دسترسی به DNA بر میزان رونویسی ژن‌ها تأثیر می‌گذارند. بر خلاف مخمر و جانوران، در مورد چپرون‌های هیستونی گیاهی اطلاعات کمی وجود دارد. در این رابطه، خانواده nucleosome assembly protein (NAP) در تمام یوکاریوت‌ها حفاظت شده بوده و جزء جدایی ناپذیر در پایداری، حفظ و پویایی کرماتین یوکاری...

امروزه حجم عظیمی از مطالعات پزشکی در جهت شناسایی و درمان بیماری هایی است که از طریق ژن منتقل می شود. برای بررسی و نگهداری اطلاعات ژنتیکی، فناوری های مفیدی به وجود آمده است که یکی از ‎‎‎آن ها‏، فناوری ریزآرایه می باشد. تجزیه و تحلیل اطلاعات به دست آمده از ریزآرایه ها به کمک روش های داده کاوی انجام می شود. یکی از این روش ها خوشه بندی است که می تواند در یافتن گروه های واقعی و نهفته در داده ها موثر...

میکروآرنا‎ها (miRNA) یک رده از RNA‎های تنظیم‎کننده کوچک درونی و غیرکدکننده پروتئینی که متشکل از حدود 18-22 نوکلئوتید بوده و تنظیم بیان ژن را در سطح رونویسی و پس از رونویسی ژن بر عهده دارند و طبق تحقیقات انجام شده نقش‎های اساسی در فرایندهای نموی، زمان گلدهی و پاسخ به تنشهای زیستی و غیرزیستی ایفا می‎کنند. تاکنون روش‎های متفاوتی برای شناسایی miRNA‎ها، معرفی شده است که عبارتند از: روش نورترن بلات، ...

در یوکاریوت‌ها DNA ژنومی در ترکیب با پروتئین‌های هیستونی کروماتین را ایجاد می‌کند. چپرون‌های هیستونی از طریق تغییر دسترسی به DNA بر میزان رونویسی ژن‌ها تأثیر می‌گذارند. بر خلاف مخمر و جانوران، در مورد چپرون‌های هیستونی گیاهی اطلاعات کمی وجود دارد. در این رابطه، خانواده nucleosome assembly protein (NAP) در تمام یوکاریوت‌ها حفاظت شده بوده و جزء جدایی ناپذیر در پایداری، حفظ و پویایی کرماتین یوکاری...

وجود داده های گمشده در داده های ریزآرایه، سبب کاهش دقت رسم شبکه های تنظیمی ژن، ایجاد اشتباه در خوشه بندی و تقسیم بندی تخصصی ژن ها و سایر تحلیل ها می شود. بنابراین تخمین داده-های گمشده مرحله مهمی در پیش پردازش داده های ریزآرایه، محسوب می شود. عملکرد الگوریتم-های تخمین در مجموعه داده های مختلف و با درصدهای متفاوت گمشدگی، متغیر است. همواره انتخاب مناسب ترین الگوریتم به منظور دستیابی به بیشترین دقت...

داده های ریزآرایه در تشخیص و طبقه بندی انواع بافت های سرطانی نقش بسزایی دارند. در پژوهش های سرطان همیشه تعداد نسبتا کم نمونه ها در ریزآرایه باعث ایجاد مشکلاتی در طراحی طبقه بندها شده است. بنابراین داده های ریزآرایه قبل از طبقه بندی از طریق تکنیک های انتخاب ژن پیش پردازش و ژن های فاقد اطلاعات آن ها دور ریخته می شود. اساسا یک روش انتخاب ژن مناسب می تواند بطور موثر کارایی دسته بندی بیماری ها (سرطا...