پروتئین مارک2 به ابرخانواده پروتئین‏ کینازها تعلق دارد. این پروتئین نقش بسیار مهمی در تنظیم فعالیت‏های حیاتی سلول همچون ایجاد قطبیت، تنظیم اتصالات سلولی، تنظیم اسکلت سلولی و تمایز سلول ایفا می‏کند.کارکرد نامناسب این پروتئین در حالت‏های پاتولوژیکی چون بیماری آلزایمر، آتیسم، برخی سرطان‏ها و توسعه بیماری‏زایی توسط هلیکوباکتر پیلوری، گزارش شده‏است. درک جزئیات ساختاری این پروتئین و بویژه جزئیات حرکت...

در این پایان نامه در آغاز به شناسایی عنصر کربن و کاربردهای فراوان آن را در طبیعت و صنعت می پردازیم. سپس بررسی نظریه ی گرمایی از دید مدل های کلاسیک ونیمه کلاسیک خواهیم پرداخت. با به کار بردن پتانسیل برنر نوع دوم(ریبو) در بررسی رسانش گرمایی نانولوله های کربنی با توزیع جرم نامتقارن با کمک شبیه سازی دینامیک مولکولی با شرایط مرزی ثابت یک جهت برتر برای شارش گرما از جرم کم به جرم زیاد یافته ایم. در ...

در این پایان نامه به بررسی خواص مکانیکی از قبیل مدول یانگ، مدول برشی و ضریب پواسون و رفتار مکانیکی مانند کمانش و ارتعاشات جانبی و پیچشی نانولوله های کربنی و گرافین ها به روش شبیه سازی دینامیک مولکولی پرداخته شده است. برای این منظور، جهت محاسبه انرژی پیوندی بین اتمهای کربن از تابع پتانسیل ترسف-برنر استفاده شده است. این شبیه سازی ها در دسته جواب کانونی که از ترموستات نوز-هوور برای ثابت نگه داشتن ...

پروتئین p53، یک مهار‏کننده‏ی تومور کلیدی در سلول است که به هنگام آسیب به dna فعال می‏شود و مهمترین عملکرد خود که توقف چرخه‏ی سلولی و آپاپتوز است را انجام می‏دهد. پروتئین p53 در بیش از 50% سرطان‏ها جهش می‏یابد و 99% این جهش‏ها در دمین اتصالی به dna رخ می‏دهد. موقعیت اکثر این جهش‏ها (بیش از 90%) در لوپ‏‏های سطحی پروتئین (لوپ‏های l3 و l2) و موتیف lsh (loop sheet helix) جای گرفته است. لوپ‏های سطحی ...

مطالعه ی خصوصیات اجتماعات پپتیدی و فرایند خود اجتماعی پپتیدها از نظر پزشکی، بیوتکنولوژی، مهندسی مواد و نانوتکنولوژی دارای اهمیت بسیار می باشد. از نظر پزشکی و سلامت، درک فرایند اجتماع پپتیدها و پروتئین ها می تواند در شناخت و درمان بیماری هایی چون آلزایمر و پارکینسون بسیار مفید باشد. روش های مختلف نظری و تجربی برای انجام این مطالعات وجود دارد. پپتیدهای کوتاه مکمل یونی eak16 با دارا بودن ترکیبی از...

تشکیل هیدرات یکی از چالش های موجود در صنعت نفت و گاز می باشد. روش های مختلفی ‏برای جلوگیری از تشکیل هیدرات وجود دارد که یکی از این روش ها، استفاده از موادی به نام ‏ممانعت کننده ها می-باشد. ممانعت کننده ها از دو جنبه می توانند بر تشکیل هیدرات تاثیر ‏گذار باشند. در این پایان نامه سعی شده است، اثرات ترمودینامیکی بازدارنده ها از ‏گروه های مختلف شامل[bmim][bf4] ، [emim][bf4]،[omim][bf4] ،[emim][etso...

این پایان¬نامه شامل دو قسمت است. درقسمت اول برهمکنش بین والاسیکلوویرهیدروکلرید با آلبومین سرم انسانی بررسی می¬گردد. به کمک طیف سنجی های جذبی در ناحیه مرئی-فرابنفش و فلوئورسانس مرسوم و به همراه شبیه سازی¬های دینامیک مولکولی و اتصال و همچنین معادلات وانت هوف و استرن-ولمر طبیعت برهمکنش بین والاسیکلوویرهیدروکلرید و آلبومین را آشکار می سازند. عامل ترمودینامیکی پیش برنده این برهمکنش از نوع آنتروپی بو...

درک سازوکار رفتار نانوکامپوزیت های پایه پلیمری، نیازمند بررسی در سطح مولکولی است. این نوع بررسی با استفاده از فنون تجربی، چالش برانگیز است. شبی هسازی دینامیک مولکولی به عنوان یکی از معمول ترین روش های محاسباتی، م یتواند نقش مهمی در کمک به توجیه و تفسیر نتایج تجربی بازی کند. در کار حاضر، برخی از خواص شیمی فیزیکی نانوکامپوزیت های پایه پلیمری حاوی نانولوله های کربنی، بورونیتریدی و استخلاف دار، پلی...

در سال های اخیر پایدار کردن ساختارهای G-quadruplex به عنوان یک هدف در درمان سرطان توجه زیادی را به خود جلب کرده است. مشتقات کوئینازولون (QD) از دسته لیگاندهایی هستند که جهت پایدار کردن این ساختارها طراحی و سنتز شده اند. درک ماهیت برهمکنش بین این لیگاندها و ساختار G-quadruplex از اهمیت بسیار بالایی برخوردار است. جهت بررسی دقیق تر اینکه چگونه این برهمکنش ها با تغییر ساختار لیگاند تحت تأثیر قرار م...

در این کار با انجام شبیه سازی دینامیک مولکولی برخی از خواص سدیم مذاب مورد مطالعه قرار گرفته است. تابع انرژی پتانسیل مورد نیاز در این شبیه سازی یک تابع پتانسیل لنارد- جونز است. تغییر بزرگی بخش جاذبه و دافعه ی تابع پتانسیل، نشان داد که تابع پتانسیل لنارد- جونز(4-5) به خوبی می تواند خواص سدیم مایع و بخار را تولید کند. از شبیه سازی دینامیک مولکولی برای محاسبه ی خواص ساختاری و دینامیکی سدیم در بازه ...