Background: Microarray technology is a powerful tool to study and analyze the behavior of thousands of genes simultaneously. Images of microarray have an important role in the detection and treatment of diseases. The aim of this study is to provide an automatic method for the extraction and analysis of microarray images to detect cancerous diseases. Methods: The proposed system consists of t...

ایزوپرینوئیدها و مشتقات آن ها بزرگترین گروه از ترکیبات طبیعی در گیاهان هستند که از واحدهای پنج کربنه ایزوپرینیل فسفات ساخته می‌شوند. این واحدهای پنچ کربنه در گیاهان از طریق دو مسیر بیوسنتزی مجزا شامل مسیر موالونات (MVA) در سیتوپلاسم و مسیر متیل اریتریتول فسفات (MEP) در پلاستید، تولید می شوند. به منظور انجام متا-آنالیز ژن‌های دو مسیر MVA و MEP از داده‌های بیانی آزمایشات ریزآرایه در بافت های مختل...

چاره‌گانی  ح. 1394. کاربرد فن‌آوری ریزآرایه‌ها در نماتدشناسی گیاهی. دانش بیماری‌شناسی گیاهی 5(1):89-76. در طی یک واکنش سازگار، نماتدهای مولد غده ریشه (Meloidogyne spp.) با تحریک تولید سلول‌های غول‌آسای چند هسته‌ای منجر به ایجاد تمایز در ریشه گیاه میزبان می‌گردند. رشد و تکثیر بیش‌از اندازه سلول‌های اطراف سلول‌های غول منجر به تولید غده روی ریشه گیاه میزبان می‌شود. مطالعات مختلف نشان داده که تغییر...

ایزوپرینوئیدها و مشتقات آن ها بزرگترین گروه از ترکیبات طبیعی در گیاهان هستند که از واحدهای پنج کربنه ایزوپرینیل فسفات ساخته می‌شوند. این واحدهای پنچ کربنه در گیاهان از طریق دو مسیر بیوسنتزی مجزا شامل مسیر موالونات (MVA) در سیتوپلاسم و مسیر متیل اریتریتول فسفات (MEP) در پلاستید، تولید می شوند. به منظور انجام متا-آنالیز ژن‌های دو مسیر MVA و MEP از داده‌های بیانی آزمایشات ریزآرایه در بافت های مختل...

یکی از مراحل رایج در تحقیقات و آزمایش های پزشکی استفاده از روش های مدرن تصویربرداری است. در برخی از این روش ها مانند فرایند rnai که اخیراً مورد توجه محققان قرارگرفته است, تعداد تصاویری که در یک آزمایش تولید می شود بسیار زیاد است. در برخی دیگر مانند استفاده از ریزآرایه ها علاوه بر تعداد زیاد تصاویر تولید شده, ابعاد تصویری که در هر آزمایش تولید می شود نیز بزرگ است .در گروهی دیگر مانند ماموگرافی, ب...

یکی از اهداف اصلی علم نوظهور بیوانفورماتیک، درک فرایند تنظیم ژن در موجودات مختلف است که در چند سال اخیر مساله مهندسی معکوس در مدلسازی و شناسایی شبکه های تنظیم کننده ژنی با استفاده از داده های بیان ژن محور بسیاری از پژوهش ها قرار گرفته است. از آن جا که فرآیند تنظیم ژن ها در سطح سلولی یک روند دینامیک و پویا است، بر این اساس شبکه های عصبی به دلیل قابلیت آموزش و تنظیم بر اساس داده های آموزشی و سیست...

خانواده ی ژنی wrky رمزکننده گروه بزرگی از عوامل رونویسی هستند که در تنظیم ژن های پاسخ­دهنده به تنش های زیستی و غیرزیستی به خصوص در تنش خشکی دخیل می­باشند؛ برای شناسایی اعضاء این خانواده ژنی در گندم، جستجوی چندگانه در پایگاه های اطلاعاتی مرتبط و tblastn براساس توالی­های حفظ شده ی این خانواده در برنج در داده­های nr، est، htgs انجام شد. توالی­هایی مثل est و cdna (فاقد پروتئین) توسط نرم­افزارهای dn...

سابقه و هدف: سرطان سینه شایعترین نوع سرطان و عمده ترین دلیل مرگ ناشی از سرطان در زنان سراسر دنیا است. تعیین عوامل مؤثر در این بیماری یکی از دغدغه های جامعه پزشکی امروز است. عوامل ژنتیکی یکی از مؤثرترین عوامل در بروز سرطان سینه هستند. برخی گزارشات پزشکی به طور انتزاعی به نقش برخی از ژن ها در این بیماری اشاره کرده اند. در این پژوهش با توجه به عدم وجود اطلاعات کافی و معتبر برای مدل سازی ریاضی دربا...

پروتئین‌های خانواده آنتی‌پورتر یون کلسیم/کاتیون (CaCA) نقش حیاتی در هموستازی یون کلسیم دارند که یک رویداد مهم در طول نمو و پاسخ دفاعی گیاه است. در مطالعه حاضر با استفاده از داده‌های بانک‌های اطلاعاتی مرتبط، 14 ژن CaCAs در ژنوم ذرت شناسایی و براساس سازماندهی ساختاری و ارتباط تکاملی آن‌ها با پروتئین‌های شناسایی‌شده به سه گروه CAX، CCX و MHX طبقه‌بندی شدند. بیشتر پروتئین‌های ZmCaCA دارای دو دمین N...

پروتئین‌های خانواده آنتی‌پورتر یون کلسیم/کاتیون (CaCA) نقش حیاتی در هموستازی یون کلسیم دارند که یک رویداد مهم در طول نمو و پاسخ دفاعی گیاه است. در مطالعه حاضر با استفاده از داده‌های بانک‌های اطلاعاتی مرتبط، 14 ژن CaCAs در ژنوم ذرت شناسایی و براساس سازماندهی ساختاری و ارتباط تکاملی آن‌ها با پروتئین‌های شناسایی‌شده به سه گروه CAX، CCX و MHX طبقه‌بندی شدند. بیشتر پروتئین‌های ZmCaCA دارای دو دمین N...