این پژوهش قصد دارد اطلاعات جدیدی درباره رفتار مکانیکی مولکول دو رشته¬ای دی¬اِن¬اِی ارائه دهد. به این منظور، مجموعه¬ای از شبیه¬سازی¬های دینامیک مولکولی توسعه یافته با جزئیات اتمی بر روی دی¬ان¬ای دوازده- پاره¬ای انجام می¬شود. محاسبات دینامیک مولکولی با استفاده از روش حلال بُرن تعمیم یافته- مساحت سطح قابل دسترس و دینامیک لانگوینی صورت می¬گیرد. منحنی¬های تنش- کرنش دی¬ان¬ای که تحت زاویه¬ها و سرعت¬های م...

سابقه و هدف: نانوسلولز باکتریایی به علت ساختارهای میکروسکوپی مناسب، قابلیت‌های بسیاری در مصارف خاص (مانند مصارف پزشکی و بهداشتی) دارد. این ماده در برخی از خواص مانند خلوص زیاد، بلورینگى و درجه پلیمریزاسیون با سلولز‌ گیاهی تفاوت دارد. در مطالعه حاضر، تولید نانوسلولز باکتریایی با استفاده از باکتری استوباکتر زایلینیوم و ارزیابی مشخصات آن انجام شده است. مواد و روشها: برای تهیه نانوسلولز باکت...

در میان پروتئین ها، پروتئین سرم آلبومین انسانی بیشتر از همه مورد مطالعه قرارگرفته و کاربردهای گسترده ای در بیوشیمی دارد. آلبومین سرم انسانی (hsa) فراوان ترین پروتئین موجود در پلاسما و حمل کننده ی بسیاری از داروها برای اهداف دارویی مختلف است. همچنین آلبومین حمل ونقل کننده هورمون ها، اسیدهای چرب و ترکیبات دیگر است، و فشار اسمزی را حفظ می کند. به دلیل خواصی که آلبومین در پیوند شدن با لیگاندها دارد...

درا ین مطالعه، رفتار شکست نانوکامپوزیت های پایها پوکسی تقویت شده با نانولوله های کربنی دودیواره به روش دینام کی مولکولی بررسی شده است. برای آماده سازی مدل پلیمری، ساختار اتمی دقیق اپوکسی استفاده شده در مطالعات آزمایشگاهی و برای انجام شبیه سازی از پتانسیل های tersoff  و amber در توصیف رفتار نانولوله کربن و اپوکسی استفاده شد. از میان روش های موجود برای شبیه سازی فرایند ایجاد پیوند عرضی، روشی بهک ...

هدف از این تحقیق بررسی فرآیند انجماد آلیاژ ag-x%auبا روش شبیه سازی دینامیک مولکولی است. این شبیه سازی در هنگرد npt انجام شده است. برای محاسبه انرژی برهم کنشی و نیروی وارد بر ذرات طلا و نقره از پتانسیل ساتن- چن کوانتومی و برای حل معادلات دیفرانسیل جفت شده بین ذرات از روش سرعت ورله استفاده کرده ایم. با این تکنیک کمیت هایی مانند دمای انجماد، انرژی بستگی و گرمای نهان انجماد برای فلزات طلا، نقره و آ...

یکی از روش های مفید بررسی جداسازی یون های آلاینده ی آب روش شبیه سازی دینامیک مولکولی می باشد. در این پایان نامه شبیه سازی دینامیک مولکولی جداسازی یون های کلر و سدیم از آب با استفاده از نانو صفحات بور نیترید در دو شرایط جداگانه بررسی شده است، که این شرایط عبارتند از: 1- بدون اعمال هیچ نیرویی بر یون ها 2- اعمال نیرو به صورت میدان الکتریکی تمامی شبیه سازی های انجام گرفته توسط نرم افزار namd صور...

در این رساله، فعالیت داروها بر اساس ساختار پروتئین هدف و برهمکنش داروها با آن و سپس محاسبه توصیف کننده های دارو و ساخت یک مدل ریاضی بین فعالیت دارو و توصیف کننده ها (qsar) پیش بینی شد. در این رابطه ساختار سه بعدی پروتئین مورد نیاز بود. در مواردی که ساختار کریستالی پروتئین موجود نبود جهت پیش بینی ساختار سه بعدی آن از روش مدل سازی همسانی(homology modeling) استفاده شد. شبیه سازی دینامیک مولکولی سا...

در این پایان نامه به مطالعه تجربی و تئوری بررسی برهمکنش داروی ونکومایسین با dna پرداخته شد. ونکومایسین یک آنتی بیوتیک گلیکوپپتیدی است که با اثر بر روی ساخت دیواره سلولی، برای درمان عفونت های باکتریایی گرم مثبت استفاده می شود. تغییرات طیف حاصل از روش های اسپکتروسکوپی جذب و فلوئورسانس، نمایانگر برهمکنش ونکومایسین با dna می باشد. ثابت اتصال پیوندی(kb) با استفاده از تکنیک جذب 5^10*0.161 و ثابت تقوی...

در این کار هدف اندازه گیری ویسکوزیته پلی آمید66 در تماس با دو سطح (از یک سمت گرافین و از سمت دیگر خلاء) از طریق شبیه سازی دینامیک مولکولی دانه بندی درشت است. ما از روش شبیه سازی دینامیک مولکولی غیر تعادلی معکوس برای محاسبه ی ویسکوزیته استفاده می کنیم. این روش برای محاسبه ویسکوزیته مایعات ویسکوز مناسب است . در اینجا بطور خلاصه عناصر اصلی در روش با تاکید بر اینکه مایع محدود شده در فضای نانومتری ا...

در این پایان نامه روش مکانیک محیط های پیوسته با استفاده از المان حجمی نماینده سه بعدی برای توصیف خواص مکانیکی کامپوزیت های تقویت شده با نانوتیوب های کربنی به کار برده می شود و مدول و ضریب پوآسون معادل این مواد تخمین زده می شود. جهت تعیین خواص مکانیکی معادل کامپوزیت های تقویت شده با نانوتیوب های کربنی از المان حجمی نماینده مربعی استفاده می شود. در این المان حجمی نماینده مربعی چندین نانوتیوب کربن...