سابقه و هدف: تحلیل خانواده ژنی داده های ریزآرایه، مسیرهای بیولوژیکی یا خانواده های ژنی که بین فنوتیپ های مورد نظر بیان متفاوتی دارند، را شناسایی می کند. بر خلاف تحلیل مبتنی بر ژن های منفرد، تحلیل خانواده های ژنی دانش بیولوژیکی موجود روی ژن ها را برای بررسی تفاوت بیان ژنی بین فنوتیپ ها به کار می گیرد. در این مطالعه به مقایسه دو روش تحلیل خانواده های ژنی پرداخته می شود. مواد و روش ها: از دو روش ط...

ظهور ترکیبات دارویی نوین همگام با مطالعه سازوکار و جایگاه عمل آنها در راستای تیمار و پیشگیری از بیماری ها، نقش ارزنده ای در علم پزشکی طی سالیان متمادی برعهده داشته است. بااین حال روش های متداول جهت کشف و شناسایی ترکیبات دارویی جدید موفقیت چندانی در پی نداشته اند. لذا جایگزین نمودن فنآوری های نوین با روش های مرسوم که عموما پر هزینه و کم بازده بوده و منجر به واکنش های دارویی پر خطر در بیماران می ...

انتخاب ویژگی یکی از فرایندهای پیش پردازش داده‌ها در مباحث مربوط به یادگیری ماشین و داده‌کاوی محسوب می‌شود که در برخی زمینه‌ها نظیر کار با داده‌های ریزآرایه در بیوانفورماتیک که با مشکل ابعاد بالای داده‌ها در مقابل تعداد کم نمونه‌ها مواجه است، از اهمیت ویژه‌ای برخوردار است. انتخاب ویژگی‌های (ژن‌های) موثر در تشخیص بیماری از داده‌های ریزآرایه نقش مهمی در تشخیص زودهنگام بیماری و راه‌های مواجهه با آن...

در گذشته مطالعات متعددی برای پیدا کردن mrna های با بیان متفاوت بین نمونه های نرمال و سرطانی صورت گرفته بود اما تحقیقات گسترده در سالهای اخیر نقش mirna ها را در رشد، مرگ برنامه ریزی شده، تمایز و تکثیر سلولی مشخص کرده و عملکرد مستقیم mirna در سرطان را نیز تأیید می نماید. ساختار mirna ها و نحوه عملکرد آنها نشان می دهد که بسیاری از mirna ها در نمونه های سرطانی به صورت غیرطبیعی بیان می شوند. بنابرای...

چکیده به کارگیری تجزیه ماتریس در کاهش ابعاد داده نوع گراف: مورد کاوی داده ریز آرایه به کوشش: فهیمه گودرزی یکی از شاخه های مهم بیو انفوماتیک فناوری ریز آرایه dna است که امکان بررسی عبارت هزاران ژن را به طور هم زمان و در حداقل زمان ممکن می سازد که در سال های اخیر موجب تولید حجم انبوهی از داده های عبارت ژن شده است. تحلیل آماری این داده ها شامل نرمال سازی، خوشه بندی، طبقه بندی و ... غیر...

امروزه فناوری ریزآرایه، برای تولید حجم عظیمی از داده های بیان ژن به کار می رود. این داده ها باید به صورت آماری پردازش و تحلیل شوند؛ به ویژه برای تشخیص آن ژن هایی که در تشخیص و پیش بینی یک بیماری خاص مفیدند. در این پروژه امکان به کارگیری ابزارهای نظریه بازی، مانند ارزش شیپلی و بانژاف را برای تجزیه و تحلیل داده های بیان ژن موردبررسی قرار می دهیم‎.‎ به وسیله یک روش تفکیک کننده، یک بازی همکارانه م...

ساکارومایسس سرویزیه یکی از مهم ترین مدل ارگانیسم های موجود در بیوتکنولوژی می باشد. این ارگانیسم دردستکاری های ژنتیکی و تولید محصولات بیوتکنولوژیک نقش مهمی دارد. درک مکانیسم ها و فرآیند هایموجود در این ارگانیسم می تواند پنجره ای به سوی افزایش مقاومت ساکارومایسس و تولید محصولاتبیوتکنولوژِی بگشاید. هدف این مطالعه یافتن ژن های مرکزی در پاسخ به استرس های اکسیداتیو و محدودیتآمینواسید می باشد که می توا...

برنج یکی از ارزشمندترین محصولات کشاورزی است. یکی از تأثیرگذارترین عوامل محدود کننده این محصول استراتژیک تنش خشکی می‌باشد. نظر به چند ژنی بودن تحمل به خشکی، هدف پژوهش حاضر بازسازی شبکه ژنی درگیر و شناسایی ژن‌های کلیدی مربوطه در برنج با استفاده از تجزیه و تحلیل داده‌های ریزآرایه بوده است. به همین منظور با استفاده از نرم‌افزار تحت وب Genevestigator تمامی ژن‌های دارای تغییر بیان بالاتر و مساوی 5/2 ...

Background: Microarray DNA technology has paved the way for investigators to expressed thousands of genes in a short time. Analysis of this big amount of raw data includes normalization, clustering and classification. The present study surveys the application of clustering technique in microarray DNA analysis. Materials and methods: We analyzed data of Van’t Veer et al study dealing with BRCA1...

پردازش رشته های ژنتیکی برای مقاصد انتخاب و طبقه بندی ژن ها از اهداف اساسی علم بیوانفورماتیک، به عنوان پیوندی بین علوم کامپیوتر و علوم ژنتیکی است. فرایند انتخاب رشته های ژنتیکی به معنای کشف مواردی از بروز یک ژن خاص و مرتبط، ولی با شکل های متفاوت است؛ که ممکن است در مقاطع زمانی مختلف در بافت های متفاوت ظاهر شده باشند، درحالی که طبقه بندی به دسته بندی ژن های مرتبط با هم در جریان نمونه های مختلف می...