کاتالیز آنزیمی در یک ساختار ثابت انجام نمی شود و واکنش شیمیایی در مجموعه ای از حالت های ساختاری به هم پیوسته از مولکول آنزیم رخ می دهد. دینامیک درونی آنزیم برای تبدیل این ساختارها و در نتیجه عملکرد زیستی آنزیم لازم و ضروری می باشد. با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی، اطلاعات ارزشمندی از حرکت ها و ساختارهای لحظه ای مولکول آنزیم بدست می آید که برای درک ارتباط بین ساختار و عملکرد آنزیم کاربرد...

در این پایان نامه دو رشته پلی الکترولیت نیمه انعطاف پذیر و اتصالگرهایش با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی مطالعه شده است. این اتصالگرها می توانند پروتئینهای اتصالگر، یونهای مخالف چند ظرفیتی یا پیوند هیدروژنی باشند. محاسبه برهمکنش موثر بین اتصالگرها نشان میدهد:1-افت و خیز گرمایی و آنتروپی نقش مهمی در برهمکنش موثر بین اتصالگرهادارد. فقط در دماهای خیلی پایین است که رقابت بین برهمکنشهای الکترو...

در این پایان¬نامه جریان و انتقال حرارت سیال غیرنیوتنی در کانال دوبعدی با تخلخل جزئی به روش شبکه¬ی بولتزمن مورد مطالعه قرار داده شده است. سیال غیرنیوتنی از قانون توانی پیروی می¬کند و محیط متخلخل در مقیاس حفره مدلسازی شده است. اثرات حضور محیط متخلخل و استفاده از سیال غیرنیوتنی در الگوی جریان و میزان انتقال حرارت از کانال مورد بررسی قرار گرفته است، در همین راستا تغییرات و اثربخشی متغیرهای مختلفی ه...

پلیمرهای اپوکسی به دلیل برخورداری از خواص مکانیکی مطلوب و پایداری قابل ملاحظه در شرایط محیطی مختلف، جایگاه ویژه ای را در فعالیت های صنعتی و تحقیقاتی به خود اختصاص داده اند. در این تحقیق، از روش دینامیک مولکولی برای مطالعه ساختار پلیمرهای اپوکسی دارای اتصالات عرضی و پیش بینی رفتار تبدیل شیشه ای آن ها استفاده شده است. ابتدا، با استفاده از یک روش ارائه شده برای ایجاد اتصالات عرضی بین زنجیره های رز...

در این پژوهش با ترکیب روش های دینامیک مولکولی و مایکرومکانیک، مدلی جدید برای مدلسازی سفتی نانوکامپوزیت گرافن/اپوکسی با توزیع تصادفی ارایه گردید. ابتدا سفتی نانوکامپوزیت شامل یک تک لایه گرافن محصور در محیط اپوکسی توسط روش دینامیک مولکولی مدلسازی شد. به دلیل محدودیت نرم افزار دینامیک مولکولی، قابلیت مدلسازی نانوکامپوزیت با ابعاد واقعی صفحه گرافن وجود ندارد. بدین منظور چندین ساختار مختلف المان حجم...

اکتین فراوان ترین پروتئین درون یاخته ای و یکی از سه جز اصلی چارچوب یاخته است که در مقابل بارهای کششی از یاخته محافظت می کند. بدین منظور، با توجه به دقت و اعتبار روش های مبتنی بر رفتار اتمی مانند دینامیک مولکولی، در این مقاله با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی به بررسی رفتار مکانیکی پروتئین اکتین پرداخته شده است. اکتین در داخل یاخته به دو صورت تکپار atp و adp وجود دارد. در همین راستا در این...

بر اساس نتایج آزمایشات بارگذاری بر روی نانوتیوبهای کربنی و کامپوزیتهای آن، شکل پذیری و جذب انرژی قابل توجهی در ورای حد الاستیک در این نانوسازه ها دیده شده است. با توجه به محدودیتهای محاسباتی روشهای تحلیلی (نظیر دینامیک مولکولی و مکانیک کوانتومی) برای شبیه سازی این رفتار، در این مقاله از روش مدلسازی مکانیک محیط پیوسته در قالب روش اجزای محدود استفاده شده است. به این صورت که ابتدا چگونگی بروز رفتا...

در این مقاله ، فرآیند صنعتی بالک برای تولید پیوسته پلی استایرن مقاوم در برابر ضربه (hips) شامل هفت راکتور همزده سری بصورت پایا و دینامیکی مدل و شبیه سازی شده است. نتایج مدل پایا با داده های واقعی بدست آمده از واحدهای صنعتی تطبیق داده شده است. نتایج شبیه سازی به اندازه کافی با داده های صنعتی تطبیق دارد.با شبیه سازی دینامیکی تغییرات زمانی میزان تبدیل ، توزیع وزن مولکولی پلیمرهای حاصل، غلظت استایر...

چکیده زمینه و هدف: فعالیت استیل کولین و آنزیم استیل کولین ترانسفراز در بیماری آلزایمر بررسی و مشخص شده است. از این جهت، نقص آنها می‌تواند باعث کاهش حافظه و یادگیری شود. میدان‌های نیرو، بر ساختار کولین استیل ترانسفراز تأثیر دارند. برای درک اثرات فضایی، برخی مطالعات کامپیوتری انجام شده است. مواد و روش‌ها: روش‌های شبیه سازی مونت کارلو ،دینامیک مولکولی و دینامیک لانگوین به‌وسیله‌ی میدان‌های نیروی...

در این پایان نامه اثر دما روی پروتیین پلاستوسیانین توسط شبیه سازی دینامیک مولکولی مورد مطالعه قرار گرفت. در مورد دماهای مورد مطالعه تنها تغییرات معنی دار مربوط به منحنی rmsd و rg در دمای 453k مشاهده شد. در این دما, met 92 پایداری کمتری نسبت به سایر باقیمانده ها دارد.نواحی با انعطاف پذیری زیاد مربوط به باقیمانده های 40-56 می باشد. سه حالت شامل حالت طبیعی , واسطه و حالت غیر طبیعی شده و همچنین 2 ح...