کاتالیز آنزیمی در یک ساختار ثابت انجام نمی شود و واکنش شیمیایی در مجموعه ای از حالت های ساختاری به هم پیوسته از مولکول آنزیم رخ می دهد. دینامیک درونی آنزیم برای تبدیل این ساختارها و در نتیجه عملکرد زیستی آنزیم لازم و ضروری می باشد. با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی، اطلاعات ارزشمندی از حرکت ها و ساختارهای لحظه ای مولکول آنزیم بدست می آید که برای درک ارتباط بین ساختار و عملکرد آنزیم کاربرد دارد. به هدف بررسی ویژگی های دینامیک سه گانه کاتالیتیک برای سه آنزیم تریپسین ، کیموتریپسین و پرولیل اولیگوپپتیداز (برای هر آنزیم در دو حالت واجد و فاقد سوبسترا ) شبیه سازی به مدت 10 نانوثانیه انجام شد. از نظر تکاملی دو آنزیم اول واگرا و با آنزیم سوم رابطه همگرای مکانیستیک دارند. با استفاده از تحلیل آماری کو واریانس بر روی فاصله های کلیدی در جایگاه فعال آنزیم ، شباهت های مشخص و معنی داری بین سه آنزیم در حالت های واجد و فاقد سوبسترا و در هر کدام از آنزیم ها تفاوت دینامیکی در دو حالت فاقد و واجد سوبسترا دیده می شود. از روی نتایج حاصل الگوی ابتدایی از چگونکی تغییر فاصله ها بدست آمده است که به نظر می رسد برای مقایسه دینامیک عملکردی آنزیم هایی با مکانیسم مشابه کارایی داشته باشد.

زانتان یک پلی ساکارید طبیعی است و از مهم ترین بیوپلیمرهای صنعتی به شمار می آید. این پلیمر از طریق فرمانتاسیون محیط مغذی توسط باکتری های جنس xanthomonas تولید می شود. صمغ زانتان به علت خصوصیات رئولوژیک ویژه خود به صورت گسترده در صنایع گوناگون اعم از دارویی، بهداشتی آرایشی و غذایی مورد استفاده قرار می گیرد. ترکیبات بیولوژیکی حاصل از متابولیت های باکتری های گرم منفی شامل مقدار قابل توجهی لیپوپلی ساکارید هستند و لازم است برای کاربرد آن ها به خصوص در مصارف دارویی از ترکیب جدا و حذف گردد. در این مطالعه زانتان با استفاده از سویه ای ازx. campestris نگهداری شده در آزمایشگاه ملی میکروبیولوژی دانشگاه الزهرا(س) تولید گردید. کارایی تولید به مقدار g/l 2/0?46/11 حاصل گردید و ویسکوزیته مایع تخمیر cp 4?1369 ثبت شد. تیمار آنزیمی به همراه رسوب دهی با الکل، روش دو فازی مایع با استفاده از تریتون x114 و استفاده از پلیمر پلی استیرن دی وینیل بنزن (pdb) روش های تخلیص به کار برده شده در این تحقیق برای حذف مواد سیتوتوکسیک از زانتان بود. به منظور ارزیابی اثرات سیتوتوکسیک نمونه های زانتان بر تکثیر سلول های hepg2 تست mtt ((3-(4,5-dimethylthiazol-2-yl)-2,5-diphenyltetrazolium bromide انجام شد و مقدار تولید نیتریک اکساید در سلول ماکروفاژ موش مورد سنجش واقع شد. به علاوه میزان اندوتوکسین (lps) در نمونه ها با استفاده از کیت تست lal مورد بررسی قرار گرفت. بررسی های سیتوتوکسیک و تست lal نشان دادند تخلیص زانتان با استفاده از روش تیمار آنزیمی سبب حذف ناخالصی ها و اندوتوکسین شده است. علاوه بر این، نتایج نشان داد که روش استفاده از تریتون x114 برای حذف اندوتوکسین موثر می باشد به طوری که نتیجه سنجش اندوتوکسین برای این تیمار، در تمام غلظت های محلول زانتان کمتر از eu/ml 125/0 شد. کاربرد پلیمر pdb اثر قابل توجهی در حذف بقایای تریتون نداشت در حالیکه با استفاده از رسوب دهی با الکل تریتون از محلول زانتان حذف شد و اثر کشندگی تریتون در غلظت 1/0% محلول زانتان بر سلول های hepg2 برطرف گردید. مقدار نیتریک اکساید در غلظت های 001/0 و 0001/0% زانتان تخلیص شده با پلیمر pdb به مقدار طبیعی نزدیک بود. لذا، اگرچه این پلیمر pdb به تنهایی مقدار اندوتوکسین در محلول های زانتان را تا اندازه ای کاهش داد، اما اثر سوء بر تکثیر سلول hepg2 حتی در غلظت پایین محلول زانتان داشت.

گوانین-کوادراپلکس ها dna های چهاررشته ای هستند که در توالی های غنی از گوانین از طریق تشکیل جفت-بازهای نامتعارف هاگستینی در حضور القاگرهای محیطی ویژه ای نظیر یون های فلزی ایجاد می شوند. با وجود آن که سالهای اندکی از معرفی این گوانین-کوادراپلکس ها dna های چهاررشته ای هستند که در توالی های غنی از گوانین از طریق تشکیل جفت-بازهای نامتعارف هاگستینی در حضور القاگرهای محیطی ویژه ای نظیر یون های فلزی ایجاد می شوند. حساسیت و اختصاصیت بالا نسبت به تشکیل ساختار در یونهای فلزی مختلف سبب شده است که از آنها در ساخت زیست حگسرهای سنجش آلودگی های فلزی استفاده شود. از سوی دیگر، حسگرهای فیبر نوری دسته ای از حسگرهای نوری بوده که با دارا بودن ویژگی های مطلوب از انتخاب-های مطرح در ساخت انواع مبدل برای زیست حسگرها هستند. در این بررسی از توالی 26 نوکلئوتیدی غنی از گوانین شناخته شده ای با نام as1411 در ساخت زیست حسگر سنجش سرب استفاده شده است. as1411 در حضور مقادیر اندک یون سرب از فرم تک رشته به چهار رشته تبدیل شده و در حسگر ساخته شده از طریق پایش این تغییر ساختار، سنجش سرب بدون نیاز به مولکول های برچسب (lable free) انجام می پذیرد.