شناسایی مولکولی و گروه بندی جدایه های دو ویروسapple stem grooving virus و apple stem pitting virus در استان اصفهان
پایان نامه
- وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه صنعتی اصفهان - دانشکده کشاورزی
- نویسنده مژده یزدانی
- استاد راهنما مسعود بهار امیر مساح
- تعداد صفحات: ۱۵ صفحه ی اول
- سال انتشار 1391
چکیده
چکیده سیب درختی (malus domestica borkh) متعلق به خانواده rosaceae از میوه های مهم و اقتصادی مناطق معتدله و سردسیری ایران است. ویروس ساقه شیاری سیب apple stem grooving virus (asgv) عضو تیپ جنس capillovirus و ویروس ساقه آبله ای سیب apple stem pitting virus (aspv) عضو تیپ جنس foveavirus متعلق به خانوادهbetaflexiviridae ، از مهمترین ویروس های بیماری زای سیب محسوب می شوند. آلودگی این دو ویروس درسیب عمدتا بدون علامت است. در این پژوهش به منظور ردیابی و تعیین برخی خصوصیات مولکولی دو ویروس ساقه شیاری و ساقه آبله ای سیب، طی سال های 1390 و 1391 از برگ و شکوفه درختان دارای علایم و فاقد علایم ویروسی از باغات سیب استان های اصفهان، آذربایجان غربی و البرز نمونه برداری انجام شد. از برگ و شکوفه های جمع آوری شده، rna دو رشته ای استخراج و به عنوان الگو در آزمون rt-pcr استفاده شد. آلودگی نمونه ها به ویروس های asgv و aspv در آزمون rt-pcr با تکثیر قطعات bp 273 و bp 404 به ترتیب با استفاده از جفت آغازگر های اختصاصی asgv-f/asgv-r ، asgv-pf/asgv-pr و قطعات bp 264 و bp 370 با استفاده از جفت آغازگر های اختصاصی asp-c/asp-r و aspv-f/aspv-r تایید شد. از 180 نمونه بررسی شده 128 نمونه آلودگی به ویروس ساقه شیاری سیب و از 175 نمونه بررسی شده 45 نمونه آلودگی به ویروس ساقه آبله ای سیب را نشان دادند که نشان دهنده شیوع بالای این دو ویروس در باغات سیب ایران می باشد. آلودگی همزمان به دو ویروس asgv و aspv در تعدادی از نمونه ها مشاهده گردید. به منظور تکثیر توالی کامل ژن پروتیین پوششی هر دو ویروس، طراحی جفت آغازگر های asgv-f1/ asgv-r1 وaspv-f1/ aspv-r1 بر اساس توالی های موجود در بانک ژن انجام شد. قطعات مورد انتظار bp713 و bp1434 با استفاده از آغازگرهای طراحی شده در نمونه های آلوده به asgv و aspv تکثیر شدند. قطعات تکثیر شده جهت انجام مقایسه های مولکولی تعیین توالی شدند. مقایسه توالی ها با ابزار جستجوی blast شباهت بالای آن ها را با توالی های asgv و aspv موجود در genbank نشان داد. همردیف سازی توالی نوکلئوتیدی ژن پروتیین پوششی جدایه ایرانی asgv (جدایه ای از سمیرم) با جدایه های موجود در بانک ژن نشان دهنده بیشترین همولوژی (1/99%) با جدایه ای از کره جنوبی (jn792477) و کمترین میزان همولوژی ( 5/98%)با جدایه ای از هند (fj952160) بود. در درخت تبارزایی که با استفاده از توالی نوکلئوتیدی ژن پروتیین پوششی asgv رسم شد ارتباط بیشتر جدایه ایرانی ویروس ساقه شیاری سیب با جدایه ای از کره جنوبی تایید شد. همردیف سازی توالی قسمتی از ژن پروتیین پوششی (bp370) جدایه ایرانی aspv (جدایه ای از سمیرم) با جدایه های موجود در بانک ژن نشان دهنده بیشترین همولوژی (6/86%) با جدایه ای از ژاپن (ab045371) و کمترین میزان همولوژی( 8/82%) با جدایه ای از جمهوری چک (aj968944) بود. بر اساس اطلاعات موجود این اولین گزارش از ویروس های ساقه شیاری و ساقه آبله ای سیب در ایران می باشد. با توجه به گسترش ویروس های ساقه آبله ای و ساقه شیاری سیب در باغات سیب ایران، اتخاذ روش های مناسب مبارزه ضروری به نظر می رسد. کلمات کلیدی : رد یابی، ویروس ساقه آبله ای سیب، ویروس ساقه شیاری سیب، rt-pcr، آلودگی مخلوط، مقایسات مولکولی
منابع مشابه
Genetic Diversity of a Natural Population of Apple stem pitting virus Isolated from Apple in Korea
Apple stem pitting virus (ASPV), of the Foveavirus genus in the family Betaflexiviridae, is one of the most common viruses of apple and pear trees. To examine variability of the coat protein (CP) gene from ASPV, eight isolates originating from 251 apple trees, which were collected from 22 apple orchards located in intensive apple growing areas of the North Gyeongsang and North Jeolla Provinces ...
متن کاملPhylogenetic analysis and recombination events in full genome sequences of apple stem grooving virus.
Apple stem grooving virus (ASGV) is one of the most important viral pathogens infecting pome and stone fruit trees worldwide. In this study, with the complete nucleotide sequence of isolate ASGV-T47, which we generated, molecular variation and recombination in ASGV full genomic sequences worldwide were analyzed. ASGV-T47 shared 79.7-97.6% nucleotide identity with the other isolates worldwide an...
متن کاملAn Isolate of Apple stem grooving virus Associated with Cleopatra Mandarin Fruit Intumescence
A citrus tatter leaf isolate (CTLV-Cl) of Apple stem grooving virus (ASGV) has been found to be associated with a fruit rind intumescence in Cleopatra mandarin (Citrus reshni) in Limeira (SP). The CTLV-Cl was mechanically transmitted to the main experimental herbaceous hosts of CTLV. Chenopodium quinoa and C. amaranticolor reacted with local lesions and systemic symptoms while other test plants...
متن کاملSequence diversity and potential recombination events in the coat protein gene of Apple stem pitting virus.
The variability of the Apple stem pitting virus (ASPV) coat protein (CP) gene was investigated. The CP gene of ten virus isolates from apple and pear trees was sequenced. Comparison of all sequenced virus isolates revealed high diversity of the CP gene (70.7-93.5% at the nucleotide level and 77.8-98.7% at the amino acid level). Additionally, one or two deletions in the N-terminal part of the co...
متن کاملInfection of Apple by Apple Stem Grooving Virus Leads to Extensive Alterations in Gene Expression Patterns but No Disease Symptoms
To understand the molecular basis of viral diseases, transcriptome profiling has been widely used to correlate host gene expression change patterns with disease symptoms during viral infection in many plant hosts. We used infection of apple by Apple stem grooving virus (ASGV), which produces no disease symptoms, to assess the significance of host gene expression changes in disease development. ...
متن کاملoccurrence, distribution, and molecular characterization of apple stem pitting virus in iran
apple stem pitting virus (aspv) is one of the most common viruses of apple and pear trees. during 2012 to 2013, a total of 1053 symptomatic and asymptomatic leaf samples were collected from orchards in nine provinces of iran. aspv infection was detected by das-elisa and pcr in 54 samples (5.12%) from seven provinces. based on the geographical origin, 22 representative isolates were selected for...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
نوع سند: پایان نامه
وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه صنعتی اصفهان - دانشکده کشاورزی
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023