سیب زمینی با نام علمی solanum tuberosum گیاهی دولپه ، یکساله و علفی از خانواده سولاناسه است. این گیاه مهمترین منبع گیاهی دولپه ای در تغذیه انسان است که با سطح کشتی معادل 1/19 میلیون هکتار و با تولید سالیانه بیش از 328 میلیون تن پس از گندم ،ذرت و برنج، چهارمین محصول عمده دنیا به حساب می آید. سیب زمینی به صورت غیر جنسی وبا استفاده از غده ها که بخشی از اندامهای رویشی هستند تکثیرمی شود. بوته های سیب زمینی در طول فصل رشد مورد حمله تعدادی ویروس قرار می گیرد و عمدتا غده های آلوده به ویروس تولید می کنند که به راحتی از نسلی به نسل دیگر و از مزرعه ای به مزرعه دیگرتوسط ناقل های فیزیکی و بیولوژیکی منتقل می شوند سیب زمینی رقم استانبولی که همان رقمratte می باشد، یکی از ارقام پرطرفداربومی در ایران با بازاریابی خوب می باشد، ولی به دلیل آلودگی های شدید گیاهی از جمله آلودگی ویروسی و در نتیجه کاهش شدید عملکرد در واحد سطح، دیگر در سطح وسیع و تجاری کشت نمی شود و فقط در چند استان محدود برای مصارف محلی کشت می شود.از مهمترین ویروسهای سیب زمینی می توان به ویروس پیچدگی برگ(plrv) ، ویروس y(pvy) ویروس x(pvx) و ... اشاره کرد که علائم آنها شامل موزائیک برگ ، لوله ای شدن و پیچیدگی برگها و افتادن برگهای پائینی و ضعف عمومی گیاه می باشد. استفاده از بذر سالم و عاری از ویروس و همچنین ارقام مقاوم به ویروس، از آسانترین و مقرون به صرفه ترین راههای کنترل ویروسهای سیب زمینی تلقی می گردد. روشهای حذف ویروس عمدتا شامل روشهای کشت مریستم (meristem culture) ، حرارت درمانی (thermotherapy) شیمی درمانی (chemothrapy) و یا تلفیقی از آنها می باشد. این تحقیق با اهداف بررسی اثرهای تنظیم کننده های رشد، روی کشت درون شیشه ای سیب زمینی رقم استانبولی ، بهینه سازی محیط کشت و همچنین بررسی اثر روش شیمی درمانی و روش کشت مریستم توام با حرارت درمانی در تولید گیاهان عاری از ویروس سیب زمینی رقم استانبولی انجام شد. آزمایش بهینه سازی محیط کشت، با حضور دو تنظیم کننده رشد iaa در سطوح صفر، 5/0، 5/2 و 5 میلیگرم در لیتر و bapدر سطوح صفر، 5/1، 3 و 5/4 میلیگرم در لیتر در محیط پایه ms به صورت آزمایش فاکتوریل در قالب طرح کاملا تصادفی صورت گرفت، بیشترین طول شاخساره در تیمار iaa و bap به ترتیب در غلظتهای 5 و صفر میلی گرم در لیتر وکمترین طول شاخساره در تیمار iaa و bap به ترتیب در غلظتهای 5/0 و صفر میلی گرم در لیتر مشاهده شد. بیشترین تعداد ساقه چه در تیمار iaa و bap به ترتیب در 5/0 و 3 میلی گرم در لیتر و کمترین تعداد ساقه چه در تیمار bapصفر و iaa در همه غلظتها مشاهده شد. روش شیمی درمانی با غلظتهای 10، 20، 30 و 40 میلی گرم در لیتر از رایبووایرین در حذف ویروسهای plrvو pvy در سیب زمینی رقم استانبولی موفق نبود. در روش کشت مریستم توام با حرارت درمانی گیاهان آلوده به مدت 5 هفته در دمای 37-35 درجه سلسیوس قرار گرفتند و سپس از آنها مریستمهائی با اندازه حدود 2/0 میلیمتر برداشت و در محیط مخصوص مریستم کشت شد که منجربه حذف ویروسهای plrv ،pvy و pvxدر سیب زمینی رقم استانبولی شد و هسته اولیه بذری سالم از رقم استانبولی ایجاد شد. کلمات کلیدی: سیب زمینی رقم استانبولی، تنظیم کننده های رشد، شیمی درمانی، کشت مریستم، حرارت درمانی

چکیده گروه فایتوپلاسمایی aster yellows (candidatus phytoplasma asteris) عامل بیماریهای مهمی در میزبان های مختلف گیاهی مانند سبزیجات، گیاهان زراعی، گلهای زینتی و درختان بوده و خسارت فراوانی را به این محصولات در سراسر جهان وارد می کند. تاکنون زیر گروه های مختلفی برای این گروه فایتوپلاسمایی معرفی شده است که مبنای تفاوت آنها اختلاف در توالی نوکلئوتیدی بعضی از ژنها در این زیر گروه ها می باشد. طی سال های اخیر، ca. phytoplasma asteris به عنوان عامل بیماری فایتوپلاسمایی برخی گیاهان از بعضی استان های ایران مانند استانهای واقع در منطقه مرکزی گزارش شده است. هدف اصلی این پژوهش، تشخیص تفاوت های ژنتیکی جدایه های ca. phytoplasma asteris ردیابی شده در این ناحیه و تعیین زیر گروههای آن در نظر گرفته شد. به این منظور در سال 1387 نمونه های متنوعی از گیاهان مبتلا به بیماریهای فایتوپلاسمایی از استانهای اصفهان، چهارمحال و بختیاری، یزد و مرکزی جمع آوری گردید. علایم مشاهده شده در این گیاهان به صورت زردی، ارغوانی شدن برگ، فیلودی، جاروی جادوگر، تولید ساقه گل دهنده و تغییر شکل در اندام های مختلف گیاه بود. از رگبرگ ها و دمبرگ های این نمونه با استفاده از روش موری و تامسون استخراج dna انجام گرفت. برای ردیابی فایتوپلاسما از واکنش pcr دور اول با جفت آغازگر عمومی فایتوپلاسما p1/p7 استفاده شد و در ادامه کار تکنیک nested-pcr برای تکثیر قسمت داخلی ناحیه s rrna 23-16 با استفاده از جفت آغازگر r16f2n/r16r2 به کار رفت. با مشاهده قطعات dna تکثیر شده توسط واکنش های pcr روی ژل آگاروز tbe 2/1% الکتروفورز، معلوم گردیدکه فقط تعداد محدودی از نمونه ها در pcr دور اول تکثیر قابل مشاهده در ژل دارند، ولی استفاده از جفت آغازگر r16f2n/r16r2 در nested-pcr بعد از pcr دور اول با جفت آغازگر p1/p7 ،در اکثر نمونه ها منجر به تولید یک قطعه ~bp 1240 شد. در هیچ کدام از نمونه های سالم در واکنش های pcr و nested-pcr باندی تکثیر نشد. تجزیه و تحلیل برش آنزیمی قطعات dna تکثیر یافته از ناحیه داخلی ژن s rrna23-16 ( جفت آغازگر r16f2n/r16r2 ) با استفاده از آنزیم hhai(cfoi) نشان داد که اکثر نمونه ها مبتلا به گروه فایتوپلاسمایی ca. phytoplasma solani می باشند و برخی دیگر نیز به دو گروه فایتوپلاسمایی ca. phytoplasma trifolii و ca. phytoplasma phoenicium تعلق دارند. در بین نمونه های مزبور، 21 نمونه متعلق به ca. phytoplasma asteris تشخیص داده شدند که این تعداد از میزبان های متفاوت زینتی، زراعی، سبزی و علفهای هرز و از استانهای مختلف جمع آوری شده بودند. در هیچ یک از نمونه های جمع آوری شده از استان چهارمحال و بختیاری این گروه فایتوپلاسمایی ردیابی نشد. برای تعیین زیر گروه های احتمالی ca. phytoplasma asteris، از آنالیز pcr-rflp ناحیه ژن rp تکثیر یافته با جفت آغازگر rp(i)f1a/rp(i)r1a و به کارگیری سه آنزیم alui، msei، tsp509i استفاده گردید. براساس مقایسه الگوی برش آنزیمی نمونه ها، جدایه ها به دو گروه تقسیم شدندکه تعدادی از آن ها به عنوان نماینده هایی از هر گروه تعیین توالی نوکلئوتیدی گردیدند. مقایسه توالی های نوکلئوتیدی این جدایه ها با توالی جدایه های موجود در بانک ژن نشان داد که اکثر جدایه های مورد بررسی در این تحقیق متعلق به زیر گروه (rp-b) هستند و فقط پنج نمونه در زیر گروه rp-l قرار گرفتند که در پیاز، دان سیاه و هویج ردیابی شده بودند . شناسایی هر دوزیرگروه b و l در مناطق مرکزی و از میزبان های مختلف می تواند بیانگر این مطلب باشد که در بین زیر گروه ها محدودیت میزبانی وجود ندارد. با توجه به گزارش فایتوپلاسمای دیگر همراه با ca. phytoplasma asteris از مناطق مرکزی ایران، احتمالاً ناقل مشترکی در گسترش این فایتوپلاسماها نقش دارد. کلمات کلیدی: فایتوپلاسما، pcr-rflp، جدایه، aster yellows

چکیده بیماری پوسیدگی سفید ریشه یکی از مهمترین بیماریهای درختان میوه در دنیا و ایران می باشد که توسط قارچ rosellenia necatrix ایجاد می شود. علیرغم وقوع این بیماری در بیش از 170 گونه گیاهی، خسارت وارده از آن به صورت پژمردگی و مرگ درختان میوه هسته دار و دانه دار از اهمیت خاصی برخوردار است. به دلیل پایداری طولانی مدت قارچ عامل بیماری در خاک، مقاومت به خشکی، تحمل به دامنه های مختلف ph، دامنه میزبانی بالا ، نفوذ به اعماق خاک و مقاومت نسبت به قارچکش های مختلف، کنترل بیماری پوسیدگی سفید ریشه بسیار پیچیده و مشکل می باشد. بنابراین بهترین شیوه مدیریت بیماری، پیش گیری ازوقوع آن با استفاده از نهال های سالم و کشت گیاهان در زمین های عاری از عامل بیماری است. برای رسیدن به چنین هدفی، ضروری است امکان آلودگی خاک نهالستان ها و باغ ها به قارچ r. necatrix بررسی شود تا از گسترش بیماری جلوگیری گردد. دستیابی به یک روش ساده و حساس به منظور ردیابی بیمارگر در خاک و ریشه نهال ها ضروری است که هدف اصلی این پژوهش بود. در این پژوهش 18 جدایه r. necatrix از ریشه درختان میوه آلباو و سیب جداسازی و خالص سازی گردید و با استفاده از آغازگر های اختصاصی گونه در واکنش pcr، مورد تایید نهایی قرار گرفت. به منظور بررسی تنوع ژنتیکی بین جدایه ها از تکنیک pcr-rflp استفاده گردید. نتایج هضم آنزیمی قطعه 500 جفت بازی تکثیر شده از ناحیه its جدایه ها با سه آنزیم برشی mboi، mspi و hinfi مشخص نمود که جدایه ها یکنواختی ژنتیکی دارند. به منظور تعیین مناسب ترین روش جهت ردیابی قارچ عامل بیماری از ریشه و خاک از روش های کشت مستقیم خاک و ریشه آلوده در محیط کشت، nested pcr، و به دام انداختن ( trapping) بیمارگر با شاخه های گیاهان میزبان استفاده شد. از بین روشهای مورد استفاده، روش کشت مستقیم از خاک به دلیل عدم حساسیت لازم برای ردیابی بیمارگر،مناسب تشخیص داده نشد، ولی سایر روشها قادر به ردیابی بیمارگر بودند، که در بین آنها روش nested pcr بهتر ارزیابی گردید. بررسی رابطه بین میزان اولیه مایه تلقیح و مدت زمان لازم جهت ردیابی عامل بیماری و بروز علائم نشان داد که با افزایش جمعیت مایه تلقیح، مدت زمان لازم جهت ردیابی و بروز علائم بیماری کاهش می یابد. به منظور تایید صحت ردیابی قارچ مورد نظر از خاک، توالی ناحیه its جدایه مورد آزمایش همسانه سازی و تعیین توالی نوکلئوتیدی شد. نتایج همردیف سازی توالی مورد نظر با توالی r. necatrix ثبت شده موجود در genbank نشان داد که جدایه اصفهان حداکثر شباهت (99/98%) را با جدایه شناخته شده r. necatrix دارد. این موضوع دلیلی بر صحت ردیابی بیمارگر از خاک به روش pcr بود. در تعیین میزان حساسیت ردیابی با تکنیک nested pcr مشخص شد که با این روش می توان عامل بیماری رادر غلظت fg/µl1 ردیابی نمود که از حساسیت بیشتری نسبت به روش pcr مستقیم با توانایی ردیابی pg/µl10 از عامل بیماری برخوردار است. به این ترتیب، روش nested pcr به دلیل دقت ،حساسیت و سرعت عمل زیاد، روش مناسب تری نسبت به سایر روش ها برای ردیابی قارچ r. necatrix در خاک تشخیص داده شد. واژهای کلیدی: ردیابی، پوسیدگی سفید ریشه، rosellenia necatrixو nested pcr

سیب درختی یکی از مهمترین میوه های مناطق سردسیری و معتدله می باشد که میوه تازه و فراورده آن بزرگترین تجارت جهانی را در بین میوه های باغی دارا می باشد. ویروس لکه سبزرد برگ سیب apple chlorotic leaf spot virus (aclsv) عضو تیپ جنس trichovirus، یکی ازمهمترین ویروس های بیماری زا روی سیب در سراسر جهان بوده و خسارات فراوانی به این محصول وارد می - کند. ویروس علائمی از قبیل لکه های کلروتیک، بد شکلی و پیچیدگی برگ و میوه در سیب ایجاد می کند. در این تحقیق به منظور ردیابی و تعیین برخی خصوصیات مولکولی ویروس لکه سبزرد برگ سیب در مناطق سیب کاری استان های آذربایجان غربی و اصفهان در سال های 1388 و 1389 از برگ و شکوفه های درختان سیب دارای علائم ویروسی در مناطقی از این دو استان نمونه برداری انجام شد. از شکوفه ها و برگ های دارای علایم آر. ان.ای دو رشته ای استخراج و به عنوان الگو در آزمون pcr rt- استفاده شد. آزمون rt-pcr با استفاده از آغازگرهای اختصاصی aclsv (a52/a53 ، aclsv-r/aclsv-f ، aclsv-cpf/aclsv-cpr) انجام شد. تکثیر قطعات مورد انتظار به ترتیب با اندازه های bp 358، bp677 و bp566 آلودگی تعدادی از نمونه ها به ویروس را تایید کرد. برای تکثیر ژن پروتئین پوششی (cp) ویروس از جفت آغازگر aclsvcpf/aclsv-r استفاده شد و قطعه bp792 در نمونه های مورد بررسی تکثیر شد. مایه زنی یکی از نمونه های آلوده به chenopodium quinoa و chenopodium amaranticolor باعث تولید لکه های کلروتیک و نکروتیک در آن ها شد. آلودگی این گیاهان به aclsv با آزمون rt-pcr با جفت آغازگر aclsv-r/aclsv-cpf مورد تایید قرار گرفت. جهت بررسی تفاوت ها و شباهت های احتمالی بین جدایه ها از روش pcr-rflp استفاده شد. بدین منظور تعداد 12 نمونه با توجه به رقم میزبان و منطقه جغرافیایی که قبلا قطعه bp792 را تکثیر کرده بودند برای آنالیزهای pcr- rflp قطعه ی تکثیر شده با استفاده از آنزیم های محدودگر msei و taqi مورد هضم آنزیمی قرار گرفتند. بررسی 12 جدایه ویروس توسط آنزیم های مزبورحاکی از وجود تنوع در بین جدایه های مختلف بود. پس از آنالیز pcr-rflp ، به منظور تعیین دقیق شباهت ها و تفاوت های موجود بین جدایه های ویروس لکه سبزرد برگ سیب و تعیین قرابت ژنتیکی آنها، با توجه به الگوی برشی جدایه ها تعداد هفت جدایه جهت همسانه سازی و توالی یابی انتخاب شدند. مقایسه توالی نوکلئوتیدی جدایه های ایرانی aclsv با توالی های موجود در بانک ژن به کمک ابزار جستجوی blast ، تشابه بالای آنها را با توالی های گزارش شده از سایر نقاط جهان نشان داد. مقایسه توالی آمینواسیدی ژن پروتئین پوششی جدایه هایaclsv ایرانی با توالی متناظر تعدادی از جدایه های aclsv موجود در بانک ژن، بیشترین درصد تشابه را با جدایهgc10h از ژاپن به میزان 9/96 درصد و کمترین تشابه را با جدایه tatao از امریکا به میزان 6/73 درصد نشان داد. این نتایج با رسم درخت تبارزایی بر اساس توالی آمینواسیدی ژن پروتئین پوششی تایید شد. این نتایج نشان دهنده ارتباط بیشتر جدایه ایرانی با جدایه هایی از ژاپن می باشد.

بیماری پوسیدگی آرمیلاریایی ریشه و طوقه، از بیماری های مهم گیاهان چوبی است که انتشار جهانی دارد و خسارت قابل توجهی را به دامنه وسیعی از درختان باغی، جنگلی و فضای سبز وارد می سازد. علایم هوایی بیماری شامل رنگ پریدگی، خشکیدگی و ریزش برگ ها و زوال تدریجی گیاه و نشانه های عامل بیماری شامل تشکیل میسلیوم سفید رنگ بادبزنی زیر پوست درخت، ریزومورف های سیاه رنگ و کلاهک های دسته جمعی در محل طوقه گیاه می باشد. قارچ عامل بیماری، متعلق به شاخه بازیدیومیکوتا و جنس armillaria می باشد که در میان گونه های مختلف آن، a. mellea از دیرباز به دلیل بیماری زایی روی درختان، شناخته شده است. با توجه به اهمیت بیماری، ردیابی بیمارگر از خاک باغ ها، نهالستان ها و فضای سبز شهری می تواند در پایه ریزی یک طرح مدیریتی جهت پیشگیری و کاهش خسارت بیماری نقش مهمی داشته باشد. تاکنون روش های متعددی برای ردیابی قارچ های خاک زاد استفاده شده است که شامل استفاده از محیط کشت نیمه انتخابی، تله گذاری، روش های سرولوژیکی و روش های مولکولی می باشند. این تحقیق، به منظور دستیابی به یک روش ردیابی اختصاصی، حساس و سریع بیمارگر از خاک و ریشه، انجام گرفت. سیزده جدایه متعلق به جنس armillaria از طریق کشت کلاهک های قارچ رشد یافته در اطراف طوقه درختان آلوده به دست آمد و با تکثیر توسط جفت آغازگر عمومی its1 / its4 در واکنش اولیه و جفت آغازگر اختصاصی ar1 / ar2 در واکنش ثانویه طی آزمون nested pcr تایید گردید. جهت تشخیص گونه a. mellea از آغازگرهای اختصاصی گونه با نام های its4 / amel3 استفاده و نه جدایه متعلق به a. mellea شناسایی شد. در مرحله بعد، مایه تلقیح بیمارگر برای جدایه های 295c و a2 که به عنوان a. mellea شناسایی شده بودند، تهیه و به میزان سه درصد به خاک، تلقیح گردید و سپس ردیابی بیمارگر با استفاده از سه روش محیط کشت، تله گذاری وnested pcr به طور همزمان، انجام گرفت. محیط کشت نیمه انتخابی، توانایی ردیابی بیمارگر را در درازمدت نداشت. در روش تله گذاری از قلمه های ریشه دار شده شمعدانی استفاده شد که جهت ردیابی بیمارگر از خاک به مدت طولانی نیاز داشت. در روش nested pcr ردیابی بیمارگر به صورت متناوب و به مدت شش ماه برای جدایه 295c و سه ماه برای جدایه a2 با موفقیت انجام گرفت. به منظور ارزیابی دقت روش ردیابی مورد استفاده، محصول nested pcr به طور مستقیم توالی یابی شد. نتایج توالی یابی، شباهت 99% جدایه اصفهان را با جدایه a. mellea ثبت شده در genbank نشان داد. سپس امکان ردیابی بیمارگر در نمونه های چوب و خاک جمع آوری شده از تعدادی باغ و نهالستان، با استفاده از روش محیط کشت و nested pcr بررسی شد که تنها روش nested pcr در ردیابی بیمارگر کارآمد تشخیص داده شد. همچنین حساسیت این روش در ردیابی رقت های مختلف dna از خاک، نشان داد که روش مزبور توانایی ردیابی dna بیمارگر را تا غلظت یک pg/?l دارد. بر اساس نتایج به دست آمده، روش nested pcr به دلیل حساسیت، اختصاصی بودن و سرعت بالا به عنوان مناسب ترین روش جهت ردیابی a. mellea از نمونه های خاک و ریشه، تشخیص داده شد.

بیماری گال طوقه یکی از بیماری مهم اقتصادی رز در گلخانه های استان اصفهان بشمار می آید. ایجاد گال روی ساقه و یا ریشه از علایم مهم این بیماری محسوب می شود. گال های جوان نرم ، سفید یا کرم رنگ هستند که به مرور زمان به رنگ قهوه ای درآمده و سخت و چوبی می شوند. توسعه گال، منجر به ضعف عمومی، کم رشدی، تنش آب و کاهش توان گیاه می شود. باکتری عامل بیماری،agrobacterium tumefaciens،از خانواده rhizobiaceae بوده و بیوارهای 1و2 آن خسارت زیادی به رز وارد می کنند. این باکتری قادر است به مدت طولانی در خاک باقی بماند و پس از ورود به گیاه از طریق زخم، در مدت زمان کمی باعث تشکیل گال -شود. هم چنین عامل بیماری به صورت سیستمیک درگیاه باقی مانده و از طریق تکثیر رویشی گیاهان رز انتشار می یابد. گیاهان آلوده تا زمان مساعد شدن شرایط در گلخانه بدون علایم باقی می مانند، بنابراین ردیابی منبع آلودگی و تشخیص دقیق عامل بیماری برای شناسایی منشاء آلودگی و از بین بردن آن لازم است. به این منظور، تشخیص بیوار های اگروباکتریوم مولد گال رز در اصفهان و تعیین حضور پاتوژن مولد گال در خاک و شیره گیاهی، هدف اصلی پژوهش حاضر تعیین شد. طی سال های 88-89 بیش از 40 گیاه رز با علایم بیماری گال طوقه از 10 گلخانه در اصفهان جمع آوری شد. برای جداسازی اگروباکتریوم از سطح گال های جمع آوری شده و بررسی وجود اگروباکتریوم در شیره گیاهی و خاک از روش های کشت مستقیم یا توام با غنی سازی روی محیط های غذایی و نیز آزمون واکنش زنجیره ای پلیمراز (pcr) استفاده گردید. با توجه به ویژگی های ظاهری کلنی باکتری های رشد کرده بر روی محیط ty آگار محتوی آنتی بیوتیک کانامایسین(50 میلی گرم در میلی لیتر) 27 جدایه به عنوانagrobacterium sp. شناخته شدند. بر اساس قابلیت القای تومور در گیاهان شمعدانی و گوجه فرنگی و دیسک های ریشه هویج و خواص بیوشیمیایی جدایه ها، سویه های مزبور به عنوان1 biovar tumefaciens a. شناخته شدند. در واکنش pcr با جفت آغازگر vcf/vcr، قطعه 730 جفت بازی از ناحیه اپرون virc، در 24 جدایه بیماریزا تکثیر شد، اما این جفت آغازگر موفق به شناسایی سه جدایه دیگر نشد .الگوی حاصل از pcr-rflp ناحیه virc،ارتباط بسیار نزدیک جدایه ها را نشان داد. تجزیه و تحلیل توالی قطعه حاصل از vcf/vcr جدایهt9 ، به عنوان نماینده جدایه ها، مشخص نمود که جدایه های a.tumefaciens ایجاد کننده گال طوقه در اصفهان شباهت زیادی با a.tumefaciens strain c58 biovar 1 وگونه های اگروباکتریوم موجود در بانک ژن دارند. هم چنین واکنش pcr با استفاده از جفت آغازگرهای vir 14/ 44vir، tms2a/tms2b، vird2(a-c)و(a-e) vird2 تایید نمود که تمام جدا یه ها متعلق به tumefaciens a هستند. نتایج pcr مثبت برای جفت آغازگر rbf - rbr با تکثیر یک قطعه bp 206 و نتیجه منفی برای جفت آغازگر ocsf - ocsr نشان داد که جدایه های tumefaciens.a بدست آمده در این تحقیق دارای اپین از نوع نوپالین می باشند. تلاش های مکرر برای ردیابی اگروباکتریوم در شیره نباتی بوته های آلوده و یا خاک با استفاده از محیط کشت و روش pcr با موفقیت نسبی همراه بود. به نظر می رسد که استفاده از محیط کشت آگار دار ty حاوی آنتی بیوتیک کانامایسین به همراه استفاده از روش pcr با استفاده از جفت آغازگرهای vird2(a-c) یا(a-e) vird2 و tms2a/tms2bمی تواند روش مناسبی برای تشخیص اگروباکتریوم از گیاهان رز یا خاک ریزوسفر آنها باشد. واژه های کلیدی: بیماری گال طوقه، رز، آنتی بیوتیک، ردیابی، واکنش زنجیره ای پلیمراز

چکیده:‏ نیتروژن یکی از مهمترین عناصر مورد نیاز گیاه است که با افزودن کودهای شیمیایی و آلی به خاک و تثبیت بیولوژیک تامین ‏می گردد. در تثبیت بیولوژیکی نیتروژن در گیاهان لگومینوز، باکتریهای ریزوبیومی خاکزی همزیست با این گیاهان دخالت دارند ‏که به میزان قابل توجهی نیاز نیتروژنی میزبان خود را تامین می نمایند و باعث حاصلخیزی خاک نیز می شوند. بهره برداری ‏اقتصادی از همزیستی ریزوبیوم- لگوم مستلزم تلقیح گیاه میزبان با جدایه?های برتر ریزوبیومی است که توانایی گره سازی و تثبیت ‏نیتروژن قابل توجهی داشته باشند، اما ناسازگاری اکولوژیک سویه های ریزوبیوم مورد استفاده و قدرت رقابت کم این ریزوبیوم-‏های کارامد با ریزوبیوم های بومی موجود در ریزوسفر از جمله موانعی است که بهره برداری مناسب از ریزوبیوم های تجاری را ‏محدود می سازد. بنابراین، انتخاب ریزوبیومهای موثر از نظر تثبیت نیتروژن و کار آمد از نظر رقابت با سایر ریزوبیومهای غیر موثر ‏در خاک برای گره سازی در ریشه گیاه میزبان جهت کاربرد آنها در اقلیم های مختلف ضروری است. تاکنون تعدادی ژن در ‏بعضی ریزوبیوم ها شناسایی شده است که در افزایش توان پایداری و رقابتی آنها برای گره سازی موثر است که از آن جمله می-‏توان به ژن های ‏nfe‏ ، ‏puta، ‏acds‏ و ژن های مرتبط با تولید ملانین اشاره نمود. در این پژوهش جهت دستیابی به اطلاعاتی در ‏مورد توانایی پایداری و رقابتی جدایه های ریزوبیومی بومی ایران ، حضور ژن های مذکور در میان جدایه های ریزوبیومی همزیست ‏با یونجه ارزیابی شد و توانایی تولید ملانین در جدایه های ریزوبیومی همزیست با گیاهان یونجه، شبدر، لوبیا، اسپرس، خللر و نخود ‏بررسی گردید. در بین 106 جدایه ریزوبیومی یونجه، 55 نمونه ریزوبیومی لوبیا و 31 جدایه ریزوبیومی همزیست با شبدر، به ترتیب ‏‏%55، %27 و%10 از جدایه ها واجد ژن تولید ملانین بودند. هیچیک از جدایه های ریزوبیومی همزیست با گیاهان اسپرس(46عدد)، ‏خللر(28 عدد) و نخود(14 عدد) قادر به تولید ملانین نشدند. ژن های ‏puta‏ و ‏acds‏ به ترتیب در میان %93 و %73 از جدایه های ‏ریزوبیومی همزیست با یونجه ردیابی شدند و ژن های ‏nfe‏ در %6 از جدایه های همزیست با یونجه حضور داشت. ‏‎ ‎ژن های ‏nfe‏ به ‏طور مستقیم بر روی رقابت برای گره سازی تاثیر دارند و تنها در جدایه های سینوریزوبیومی با قدرت رقابت زیاد برای گره سازی ‏در ریشه یونجه شناسایی شده اند. قدرت رقابت جدایه های سینوریزوبیومی واجد ژن های ‏nfe، ( جدایه های ‏a11-8‎‏ و ‏c81-4‎‏ ) با ‏‏10 جدایه فاقد ژن های ‏nfe، طی تیمارهای مختلف در آزمایشات متفاوت با گیاه یونجه مقایسه شدند. نتایج بدست آمده بیانگر ‏قدرت رقابت بالای جدایه های ‏nfe‏ مثبت بود، بطوریکه در تلقیح توأمان جدایه های واجد و فاقد ‏nfe‏ در شرایط گلخانه ای در ‏یونجه ، بین 86 تا 100 درصد از گره های تشکیل شده حاوی جدایه های واجد ژن های ‏nfe‏ بودند. در تیمار های حاوی دو جدایه ‏nfe‏ مثبت ‏a11-8‎‏ و ‏c81-4‎‏ وزن خشک اندام هوایی به میزان 79 درصد نسبت به تیمار حاوی جدایه های ‏nfe‏ منفی ‏b53-1‎‏ و ‏c72-4‎‏ و به میزان 72 درصد نسبت به تیمار شاهد منفی (بدون تلقیح باکتری) افزایش یافت. نتایج قدرت رقابت جدایه ‏a11-8‎‏ در ‏دو نمونه خاک مزرعه یونجه لورک - نجف آباد اصفهان و مخلوطی از 10 نمونه خاک جمع آوری شده از مناطق غربی ایران نیز ‏حاکی از برتری گره سازی جدایه ‏nfe‏ مثبت در رقابت با جمعیت ریزوبیومی موجود در هر دو نمونه خاک بود، بطوریکه این ‏جدایه ها 65 تا 84 درصد از گره های مورد بررسی در یونجه را اشغال کرده بودند. در تلقیح جدایهa11-8 ‎‏ به نمونه خاک لورک، ‏وزن خشک اندام هوایی به میزان 92 درصد و میزان کلروفیل‎(a+b) ‎‏ برگ های گیاه یونجه به مقدار 94 درصد نسبت به شاهد ‏افزایش داشت. در نمونه خاک دوم هر چند جدایه ‏nfe‏ مثبت در رقابت با ریزوبیوم های بومی خاک 84 درصد از گره ها را اشغال ‏نمود ولی تفاوت معنی داری در وزن خشک اندام هوایی و میزان کلروفیل گیاه ‏‎ ‎یونجه در مقایسه با تیمار شاهد مشاهده نشد. با در ‏نظر گرفتن نتایج بدست آمده از آزمایشات مختلف می توان گفت سویه های واجد ژن های ‏nfe‏ در رقابت برای گره سازی در ‏ریشه یونجه نقش بسزایی دارند، هر چند که افزایش عملکرد محصول میزبان، همبستگی مشخصی با حضور ژن های مذکور در ‏جدایه های ریزوبیومی نشان نداد. جدایه های واجد ژن های ‏nfe‏ شناسایی شده در این تحقیق، در تقابل با جدایه های فاقد این ژن ها ‏و جمعیت ریزوبیومی موجود در خاک های مورد بررسی، قدرت رقابت گره سازی بالایی داشتند و به این دلیل کاندیدای مناسبی ‏جهت تهیه کود بیولوژیک بومی ایران می باشند.‏ ‎ ‎واژگان کلیدی: ریزوبیوم، لگوم، رقابت، ملانین، ‏‎ nfe‏ ،puta‏ ،acds‏ . ‏

زعفران به عنوان گرانترین ادویه جهان از کلاله‎های خشک گیاه crocus sativus به دست می‎آید و به طور عمده به عنوان رنگ و طعم دهنده در صنایع غذایی و به علت داشتن ترکیبات فعال در پزشکی کاربرد دارد. در این مطالعه تنوع ژنتیکی میان 28 ژنوتیپ زعفران که از مناطق مختلف ایران جمع آوری شده بود، با استفاده از نشانگر srap ارزیابی شد. 19 ترکیب آغازگری در مجموع 147 قطعه چندشکل با میانگین 74/7 قطعه و میانگین pic برابر 15/0 برای هر ترکیب آغازگری تکثیر نمودند. تجزیه خوشه ای با استفاده از الگوریتم اتصال همسایه (nj)، ژنوتیپ ها را به چهار گروه تقسیم نمود که اغلب ژنوتیپ ها در یک گروه عمده قرار گرفتند. تجزیه به مولفه های اصلی (pca) نیز نشان داد که استفاده از روش تجزیه خوشه ای به منظور بررسی روابط ژنتیکی ژنوتیپ های مورد مطالعه مناسب تر است. ارتباط نزدیک آشکار شده در میان ژنوتیپ‎های این مطالعه می‎تواند به دلیل تکثیر رویشی، انتخاب بهترین‎ ژنوتیپ‎ها به وسیله انسان و وجود دامنه ژنتیکی کم ژنوتیپ های زعفران باشد. نتایج به دست آمده مشخص نمود که نشانگر srap توانایی لازم برای تفکیک ژنوتیپ های زعفران را ندارد. به منظور طراحی آغازگرهای اختصاصی برای تکثیر زعفران از نشانگر rapd استفاده گردید. 25 آغازگر تست شد که شش آغازگر نوارهایی با اندازه‎های متفاوت و تکثیر مناسب ایجاد نمودند که جهت توالی یابی و طراحی آغازگرهای اختصاصی همسانه سازی شدند. پس از بهینه سازی شرایط pcr برای آغازگرهای طراحی شده، آغازگرها تحت شرایط مخلوط بودن dna زعفران با گلرنگ و ذرت نیز مورد آزمایش قرار گرفتند. نتایج حاصل از این آزمایش تکثیر اختصاصی dna زعفران را تائید نمود. با استفاده از توالی‎های its نیز جفت آغازگر اختصاصی برای گلرنگ طراحی گردید و مورد آزمایش قرار داده شد که نتایج به دست آمده تکثیر اختصاصی گلرنگ را تحت شرایط مخلوط بودن زعفران و گلرنگ نشان داد. از آنجایی که نتایج حاصل از pcr به صورت کیفی بیان می شود (وجود یا عدم وجود نوار)، برای کمی سازی نتایج آزمایش از واکنش real time pcr استفاده گردید. واکنش real time pcr با استفاده از آغازگرهای اختصاصی طراحی شده برای زعفران با استفاده از توالی‎ قطعات dna زعفران تکثیر شده با آغازگرهای rapd و با استفاده از کیت سایبرگرین انجام شد. به دلیل ناشناخته بودن منشا قطعات تکثیر شده با آغازگرهای rapd و حساسیت بالای واکنش real time pcrبه تکثیر غیر اختصاصی در مقادیر کم و همچنین احتمال تکثیر غیر اختصاصی محدود در روش سایبرگرین، واکنش real time pcrنتایج مورد اطمینان را نشان نداد. بنابراین استفاده از آغازگرهای طراحی شده از نواحی کد شونده ژنوم زعفران جهت تکثیر اختصاصی در واکنش real time pcr و کمیت سنجی زعفران در انواع مخلوط آن با نمونه های تقلبی، پیشنهاد می شود.

چکیده سیب زمینی یکی از مهم ترین محصولات زراعی در جهان می باشد. ویروس های متعددی این گیاه را تحت تاثیر قرار می دهند و باعث خسارت اقتصادی قابل توجهی می شوند. ویروس پیچیدگی برگ سیب زمینی potato leafroll virus (plrv) عضو تیپ جنس polerovirus و خانواده luteoviridae و ویروس ای سیب زمینی potato virus a (pva) عضو تیپ جنس potyvirus از خانواده potyviridae شایع ترین ویروس های سیب زمینی می باشند که توسط شته به ترتیب به طریق پایا و ناپایا منتقل می شوند. با توجه به اینکه در سال های اخیر ویروس های plrv و pva به صورت خطری جدی در سطح مناطق مختلف سیب زمینی کاری ایران، از جمله اصفهان مطرح می باشند و از آنجا که اطلاعات کافی در مورد خصوصیات مولکولی این ویروس ها موجود نمی باشد، به منظور ردیابی و تعیین برخی خصوصیات مولکولی ویروس ها در تابستان سال های 1390 و1391 از مزارع سیب زمینی استان های اصفهان و چهار محال و بختیاری نمونه های دارای علایم دو ویروس plrv و pva جمع آوری و به آزمایشگاه منتقل شدند. آلودگی تعدادی از نمونه های دارای علایم pva شامل موزاییک خفیف و ریز برگی در 32 نمونه برگ و 35 غده با استفاده از آزمون elisa das- بررسی شد. از نمونه های بررسی شده با آزمون الیزا، پنج نمونه برگ وسه نمونه غده، آلودگی مثبت به ویروس pva نشان دادند. از این نمونه ها به همراه تعدادی دیگر از نمونه های دارای علایم pva، rna کل استخراج شد و در آزمون rt-pcr با جفت آغازگرهای pvaf/pvar وprimer3-f/primer4-r بررسی شدند. تنها دو نمونه قطعه های مورد انتظار bp255 و bp1100 را تکثیر کردند. قطعات dna تکثیر شده، همسانه سازی و تعیین توالی شدند. نتیجه حاصل از جستجوی blast متعلق بودن قطعه های تکثیر شده به pva را تایید نکرد. به دلیل وجود ارتباط سرولوژیکی بین گونه های مختلف اعضای جنس پوتی ویروس، امکان ردیابی ویروسی دیگری به جای pva و یا حداقل ویروسی مرتبط با آن در آزمون الیزا محتمل به نظر می رسد. نمونه های دارای علایم ویروسplrv شامل زردی و پیچیدگی برگ ها و بوته های به ظاهر سالم به همراه جوانه غده ها با جفت آغازگر plrv0-f/plrv0-r که اندازه تمام طول orf0 ویروس را تکثیر می کنند، بصورت مستقیم تحت واکنش rt-pcr قرار گرفتند. تکثیر قطعه مورد انتظار bp820 در تعدادی از نمونه های برگ و غده، آلودگی ویروس plrv را تایید نمود. به منظور انجام مقایسات مولکولی قطعات تکثیر شده هفت جدایه شامل جدایه هایی از فریدن، داران، درچه، نودرآمد، جوهرستان، مبارکه و بن(شهرکرد) توالی یابی شدند. نتایج حاصل از جستجوی بلاست شباهت بالای آن ها را با توالی جدایه های plrvموجود در بانک ژن نشان داد. همردیف سازی توالی آمینواسیدی orf0 جدایه های ایرانی plrv با جدایه های موجود در بانک ژن نشان دهنده میزان تشابه بالا بین آن ها از 7/91% تا 100% بود. بطوریکه تمامی جدایه های ایرانی به جزجدایه بن (شهرکرد) و فریدن بالاترین میزان همولوژی (100%-1/99%) را با جدایه هایی از جمهوری چک با شماره دسترسی eu717546 و مصر با شماره دسترسی ay138970 نشان دادند. جدایه بن بالاترین میزان همولوژی(100%) را با جدایه ای از اسپانیا با شماره دسترسی af453389 نشان داد و جدایه فریدن بیشترین شباهت (7/98%) را با جدایه ای از آلمان با شماره دسترسی jq366189 داشت. همچنین همه جدایه های ایرانی به جز جدایه فریدن کمترین تشابه (1/96%-9/96%) را با جدایه ای از ایران با شماره دسترسی jf914941 نشان دادند و جدایه فریدن کمترین تشابه(7/91%) را با جدایه ای از کوبا با شماره دسترسی af453393 نشان داد. رسم درخت تبارزایی جدایه های ایرانی و جدایه های موجود در بانک ژن نشان داد که همه جدایه های ایرانی به جز جدایه فریدن در یک گروه قرار گرفتند و هیچگونه تفکیکی بر اساس منطقه جغرافیایی صورت نگرفت.

فایتوپلاسماها به عنوان یکی از مهمترین عوامل ایجاد کننده بیماری در روی درختان میوه در سراسر جهان گسترش زیادی داشته و خسارات فراوانی به این محصولات وارد می کنند. طی سال های اخیر در مناطقی از استان اصفهان علایم جاروک، تغییر شکل برگ و میوه ها، رشد گوشوارک ها و ضعف و کم رشدی در درختان سیب و لوله شدن برگ، قرمز شدن برگ ها و زوال و کم رشدی درختان گلابی مشاهده شد که با علایم بیماری های فایتوپلاسمایی شباهت داشت. به منظور شناسایی و گروه بندی فایتوپلاسماهای آلوده کننده درختان سیب وگلابی استان اصفهان، استخراج dna از رگبرگ و دمبرگ نمونه های جمع آوری شده از درختان مشکوک صورت گرفت و برای ردیابی فایتوپلاسما از واکنش pcr با جفت آغازگر های عمومی ناحیه 16s rrna فایتوپلاسمایی استفاده شد. در واکنش pcr دور اول برای ردیابی فایتوپلاسما در این نمونه ها، جفت آغازگر های p1/p7 و p1a/p7a استفاده شدند. با استفاده از آغازگر p1/p7 در تعداد محدودی از نمونه ها قطعه bp 1784 تکثیر شد و بقیه نمونه ها باندی تولید نکردند، ولی استفاده از آغازگر p1a/p7a منجر به تکثیر قطعه bp 1759 در تعداد بیشتری از نمونه ها شد. در ادامه کار، برای تکثیر نواحی مشخصی از قسمت داخلی ناحیه 16s-23s rrna تکنیک nested-pcr با استفاده از دو جفت آغازگر r16f2n/r16r2 و r16f1(x)/r16r1(x) به کار گرفته شد. استفاده از جفت آغازگر r16f2n/r16r2 در nested-pcr بعد از pcr اول با جفت آغازگرهای p1/p7 و p1a/p7a منجر به تکثیر قطعه bp 1239 در تعداد زیادی از نمونه های جمع آوری شده در اواخر تابستان و اوایل پاییز شد، ولی تکثیر قطعه مورد نظر فایتوپلاسمایی در نمونه های بهاره و اوایل تابستان موفقیت آمیز نبود. ترکیب جفت آغازگر p1a/p7a به عنوان جفت آغازگر pcr دور اول و r16f2n/r16r2 در دور دوم بهترین روش ردیابی فایتوپلاسماهای سیب و گلابی ارزیابی گردید. با توجه به اهمیت گروه شاخه انبوهی سیب در بروز بیماری های فایتوپلاسمایی سیب و گلابی از جفت آغازگر r16f1(x)/r16r1(x) اختصاصی این گروه در واکنش nested-pcr استفاده شد که قطعه bp 1100 در هیچکدام از نمونه های سیب آلوده به فایتوپلاسما مشاهده نگردید در حالی که این قطعه در نمونه های گلابی آلوده تکثیر شد. با توجه به عدم حضور فایتوپلاسماهای گروه شاخه انبوهی سیب، در سیب و به منظور شناسایی جدایه های عامل بیماری در سیب و گلابی جمع آوری شده، از آزمون pcr-rflp جدایه ها استفاده شد. به این منظور یک قطعه bp 1239 از ناحیه داخلی ژن 16s rrna فایتوپلاسمایی جدایه ها با استفاده از آغازگر r16f2n/r16r2 در واکنش nested-pcr تکثیر شد و سپس این قطعه توسط آنزیم های برشی rsai ,haeiii ,hpaii, taqi و hhai(cfoi) مورد هضم آنزیمی قرار گرفت. نتایج نشان داد که جدایه های فایتوپلاسمایی متنوعی در ایجاد بیماری فایتوپلاسمایی سیب و گلابی نقش دارند. بر اساس این آزمون، جدایه های سیب در دو گروه و جدایه های گلابی در چند گروه طبقه بندی شدند که تعدادی از آنها به عنوان نماینده برای تعیین توالی نوکلئوتیدی انتخاب گردیدند. مقایسه توالی های نوکلئوتیدی این جدایه ها با توالی های موجود در بانک ژن نشان داد که توالی جدایه های مورد مطالعه، 99%-100% با توالی فایتوپلاسمایی ثبت شده در بانک ژن جهانی (ncbi) مشابهت دارند. بررسی توالی های بدست آمده مشخص نمود که جدایه های فایتوپلاسمایی در سیب متعلق به دو گونه candidatus. phytoplasma. asteris و ca. p. aurantifolia می باشند. گونه ca. p. mali که در اروپا به عنوان مهمترین عامل فایتوپلاسمایی سیب شناخته شده است، در باغات سیب استان ردیابی نشد. از طرف دیگر، گونه ca. p. pyri عامل اصلی بیماری زوال گلابی در باغات گلابی استان شناخته شد، هرچند تعدادی جدایه ca. p. asteris و یک جدایه گونه ca. p. prunorum عامل ایجاد بیماری زردی هسته دارها به عنوان فایتوپلاسماهای همراه گلابی در این تحقیق شناسایی شدند. با توجه به حضور گونه ca. p. pyri در باغات گلابی می توان آن را به عنوان شایع ترین عامل فایتوپلاسمای گلابی معرفی کرد که در دنیا نیز مهمترین عامل بیماری زوال گلابی گزارش شده است. بر اساس توالی یابی ژن پروتئین ریبوزومی (rp) با استفاده از آغازگر rp (i)f1a/rp (i)r1a جدایه ها ی aster yellows سیب وگلابی در زیر گروه rp-b قرار گرفتند. نتایج این تحقیق نشان داد، امکان همراهی فایتوپلاسماها از گروه های فایتوپلاسمایی مختلف در درختان سیب و گلابی وجود دارد که احتمالاً تغذیه یک ناقل مشترک در روی گیاهان یکساله و درختان سیب و گلابی سبب انتشار این عوامل بیماری زا می گردد. واژگان کلیدی: سیب، گلابی، فایتوپلاسما، گروه شاخه انبوهی سیب، آنالیز pcr-rflp ، تعیین توالی نوکلئوتیدی

چکیده سیب درختی (malus domestica borkh) متعلق به خانواده rosaceae از میوه های مهم و اقتصادی مناطق معتدله و سردسیری ایران است. ویروس ساقه شیاری سیب apple stem grooving virus (asgv) عضو تیپ جنس capillovirus و ویروس ساقه آبله ای سیب apple stem pitting virus (aspv) عضو تیپ جنس foveavirus متعلق به خانوادهbetaflexiviridae ، از مهمترین ویروس های بیماری زای سیب محسوب می شوند. آلودگی این دو ویروس درسیب عمدتا بدون علامت است. در این پژوهش به منظور ردیابی و تعیین برخی خصوصیات مولکولی دو ویروس ساقه شیاری و ساقه آبله ای سیب، طی سال های 1390 و 1391 از برگ و شکوفه درختان دارای علایم و فاقد علایم ویروسی از باغات سیب استان های اصفهان، آذربایجان غربی و البرز نمونه برداری انجام شد. از برگ و شکوفه های جمع آوری شده، rna دو رشته ای استخراج و به عنوان الگو در آزمون rt-pcr استفاده شد. آلودگی نمونه ها به ویروس های asgv و aspv در آزمون rt-pcr با تکثیر قطعات bp 273 و bp 404 به ترتیب با استفاده از جفت آغازگر های اختصاصی asgv-f/asgv-r ، asgv-pf/asgv-pr و قطعات bp 264 و bp 370 با استفاده از جفت آغازگر های اختصاصی asp-c/asp-r و aspv-f/aspv-r تایید شد. از 180 نمونه بررسی شده 128 نمونه آلودگی به ویروس ساقه شیاری سیب و از 175 نمونه بررسی شده 45 نمونه آلودگی به ویروس ساقه آبله ای سیب را نشان دادند که نشان دهنده شیوع بالای این دو ویروس در باغات سیب ایران می باشد. آلودگی همزمان به دو ویروس asgv و aspv در تعدادی از نمونه ها مشاهده گردید. به منظور تکثیر توالی کامل ژن پروتیین پوششی هر دو ویروس، طراحی جفت آغازگر های asgv-f1/ asgv-r1 وaspv-f1/ aspv-r1 بر اساس توالی های موجود در بانک ژن انجام شد. قطعات مورد انتظار bp713 و bp1434 با استفاده از آغازگرهای طراحی شده در نمونه های آلوده به asgv و aspv تکثیر شدند. قطعات تکثیر شده جهت انجام مقایسه های مولکولی تعیین توالی شدند. مقایسه توالی ها با ابزار جستجوی blast شباهت بالای آن ها را با توالی های asgv و aspv موجود در genbank نشان داد. همردیف سازی توالی نوکلئوتیدی ژن پروتیین پوششی جدایه ایرانی asgv (جدایه ای از سمیرم) با جدایه های موجود در بانک ژن نشان دهنده بیشترین همولوژی (1/99%) با جدایه ای از کره جنوبی (jn792477) و کمترین میزان همولوژی ( 5/98%)با جدایه ای از هند (fj952160) بود. در درخت تبارزایی که با استفاده از توالی نوکلئوتیدی ژن پروتیین پوششی asgv رسم شد ارتباط بیشتر جدایه ایرانی ویروس ساقه شیاری سیب با جدایه ای از کره جنوبی تایید شد. همردیف سازی توالی قسمتی از ژن پروتیین پوششی (bp370) جدایه ایرانی aspv (جدایه ای از سمیرم) با جدایه های موجود در بانک ژن نشان دهنده بیشترین همولوژی (6/86%) با جدایه ای از ژاپن (ab045371) و کمترین میزان همولوژی( 8/82%) با جدایه ای از جمهوری چک (aj968944) بود. بر اساس اطلاعات موجود این اولین گزارش از ویروس های ساقه شیاری و ساقه آبله ای سیب در ایران می باشد. با توجه به گسترش ویروس های ساقه آبله ای و ساقه شیاری سیب در باغات سیب ایران، اتخاذ روش های مناسب مبارزه ضروری به نظر می رسد. کلمات کلیدی : رد یابی، ویروس ساقه آبله ای سیب، ویروس ساقه شیاری سیب، rt-pcr، آلودگی مخلوط، مقایسات مولکولی

بیماری فایتوپلاسمایی جاروک لیموترش به عنوان یکی از بیماری های مهمی که از کشورهای حاشیه خلیج فارس گزارش شده، در ایران نیزگسترش زیادی یافته است. ردیابی عامل بیماری جاروک لیمو ترش aurantifolia) (candidatus phytoplasma در درختان میوه، گیاهان زراعی، سبزی، زینتی و علف های هرز استان اصفهان در سالهای اخیر نشان دهنده دامنه میزبانی و انتشار قابل توجه این عامل بیماری در منطقه می باشد. با وجود انتشار قابل توجه این فایتوپاسما در ایران، هنوز معلوم نیست جدایه های مختلف ca. phytoplasma aurantifolia از میزبان های متنوع و شرایط جغرافیایی متفاوت چه تفاوت ها و شباهت هایی باهم دارند و این شباهت ها و اختلافات ژنتیکی تا چه حد در گسترش میزبانی و جغرافیایی این فایتوپلاسما تاثیر دارد. برای درک بهتر از تنوعca. phytoplasma aurantifolia، تعداد قابل توجهی از نمونه های گیاهی دارای علایم فایتوپلاسمایی از میزبان های مختلف این فایتوپلاسما شامل لیموترش، یونجه، سیب، بادام، هلو، شبدر، سیب زمینی و گوجه فرنگی در بازه زمانی اواخر شهریورماه تا اوایل آبان ماه1390، جمع آوری شد. پس از استخراجdna ، از واکنش nested-pcr با استفاده از جفت آغازگرp1/p7 و p1a/p7a در دور اول و جفت آغازگر r16f2n/r16r2 در دور دوم، برای ردیابی فایتوپلاسما در این نمونه ها استفاده گردید. به منظور تمایز گروه های فایتوپلاسمایی همراه با این نمونه ها، از تکنیک pcr-rflp استفاده شد. بدین منظور مقایسه الگوی برش آنزیمی قطعات تکثیر شده با واکنش nested-pcrو بکارگیری آنزیم های taqi، hinfi و hapii انجام گرفت. نتایج حاصل از pcr-rflp نشان داد که به غیر از فایتوپلاسماهای گروه aster yellows، فایتوپلاسماهای گروه peanut witches,–broom در ایجاد بیماری های فایتوپلاسمایی نمونه های مورد بررسی ، نقش مهمی دارند. نتایج حاصل از توالی یابی dna فایتوپلاسمایی و بررسی درخت فیلوژنتیکی جدایه های مربوط به گروه peanut witches,–broom نشان داد که جدایه های مورد نظر در دو گروه اصلی، از یکدیگر مجزا می شوند که جدایه های mm1، rs3، ah1، an1، app1 وapp8 (زیرگروه ia) بعنوان ca. phytoplasma aurantifolia طبقه بندی شدند. اعضای زیر گروه b با جدایه های یونجه (af2) و بادام ایرانی (pa14) هم گروه بودند که همه آنها شباهت زیادی به جدایه های cactus witches,–broom ، faba bean phyllodyو phytoplasma witches,–broom soybean داشتند که قبلا به عنوان زیر گروه c، گروه peanut witches,–broom طبقه بندی شده اند. در این تحقیق، جدایه های یونجه e2 (اردستان) و e3 (کرمان) به طور مشخصی از نمونه های دیگر جدا شدند و در گروه مجزای ii، قرار گرفتند، هرچند تعیین زیرگروه آنها ممکن نشد. از بررسی توالی های بدست آمده جدایه های لیموترش، بادام، سیب، هلو و یونجه در این تحقیق، تنوع قابل قبولی بین جدایه های گروه peanut witches,–broom مورد بررسی وجود داشت که این تنوع ارتباط معنی داری با نوع میزبان و منطقه جغرافیایی نداشت. این نتایج نشان داد که اگرچه روش pcr-rflp، برای گروه بندی فایتوپلاسماها توصیه شده است، ولی برای تشخیص دقیق عوامل فایتوپلاسمایی قابل اعتماد نیست. لذا برای تعیین گروه های فایتوپلاسمایی ضروری است که توالی ژن های حفاظت شده آنها با توالی فایتوپلاسماهای شناخته شده مقایسه گردد و استفاده انحصاری از آزمون pcr-rflp توصیه نمی شود. با نتایج پژوهش حاضر، حضور ca. phytoplasma aurantifolia و زیر گروه c گروه peanut witches,–broom در نمونه های ایران محرز گردید، اما تعیین زیرگروه برای تعدادی از جدایه ها با روش گروه بندی متداول، ممکن نشد و احتیاج به بررسی های بیشتر دارد. به کارگیری روش های دقیق گروه بندی مانند طراحی جفت آغازگرهای اختصاصی از توالی ژن های ریبوزبومی کمتر حفاظت شده جهت تعیین زیر گروه جدایه های مورد اختلاف گروه peanut witches,–broom، مورد توجه قرار خواهد گرفت.

هدف از این پژوهش دستیابی به یک روش دقیق و حساس با کوتاه ترین زمان ممکن برای ردیابی بیمارگر از خاک و اندام های آلوده گیاهی است. در این پژوهش از خاک و ریشه درختان زیتون و زردآلو آلوده به بیمارگر، 16 جدایه v. dahliae جداسازی و خالص سازی شد. با استفاده از آغازگرهای اختصاصی در چرخه nested-pcr شناسایی مورفولوژیکی جدایه ها تایید گردید. برای تعیین مناسب ترین روش ردیابی بیمارگر از خاک و ریشه از سه روش محیط کشت نیمه انتخابی، گیاه تله و روش مولکولی nested-pcr استفاده گردید. روش گیاه تله به دلیل زمان بر بودن و عدم حساسیت و دقت لازم جهت ردیابی بیمارگر مناسب تشخیص داده نشد. استفاده از محیط کشت به روش ظرف وارکوپ در مدت زمان طولانی قادر به ردیابی بیمارگر از خاک بود، اما تکنیک nested-pcr به دلیل حساسیت و دقت بالا جهت ردیابی بیمارگر درکوتاه ترین زمان ممکن به روش بهتر ارزیابی گردید. بررسی میزان مایه تلقیح اولیه و مدت زمان لازم برای ردیابی بیمارگر نشان داد که دمای خاک در ردیابی بیمارگر نقش دارد. در خاک های لومی دارای دو درصد ماده آلی فاقد میزبان با افزایش مایه تلقیح اولیه مدت زمان لازم برای ردیابی بیمارگر کاهش یافت و با نوسانات دمای خاک جهت رشد قارچ در مدت زمان طولانی ردیابی بیمارگر امکان پذیر شد. همچنین در تعیین حساسیت چرخه nested-pcrبرای ردیابیdna بیمارگر مشخص شد که با وجود عوامل بازدارنده در خاک، غلظتdna موجود در خاک آلوده در رقت بیشتر از gm/ gn2/1 قابل ردیابی است. به منظور تایید صحت ردیابی عامل پژمردگی با جدایه v. dahliae از خاک و ریشه، محصول nested-pcr تعیین توالی نوکلئوتیدی گردید. نتایج همردیف سازی دوتایی توالی شناخته شده با توالی v. dahliae موجود در بانک ژن 98 درصد شباهت نشان داد که نشانه صحت ردیابی بیمارگر از خاک به روش nested-pcr بود. با توجه به نتایج بدست آمده، چنین بنظر می رسد که استفاده از روش nested-pcr برای ردیابی v. dahliae از خاک، روش کارآمدی می باشد.

آنتوسیانین ها رنگدانه های واکوئلی محلول در آب هستند، که برحسب ph ممکن است قرمز، آبی یا ارغوانی به نظر برسند. آنتوسیانین ها از مهمترین عوامل پیشگیری کننده از بیماری هایی نظیر سرطان، قلبی و دیابت می باشند، بطوریکه حدود30 درصد خطر ابتلا به بیماری های قلبی عروقی و سرطان را کاهش می دهند. اخیرا در برخی از نقاط دنیا از ژن های کد کننده رنگدانه آنتوسیانین به سیب زمینی بهره برداری کرده اند، که با توجه به فواید آن می تواند انقلابی در سلامت جامعه ایجاد کند. در پی فعال شدن این ژن ها در سیب زمینی رنگ آن به قرمز و یا ارغوانی تغییر یافته و مزه و خواص دارویی آن به مراتب افزایش یافته است. از این رو با بررسی واریته هایی که در داخل ایران کشت می شوند می توان زمینه را برای غنی سازی این واریته ها از آنتوسیانین فراهم کرد. از این محصولات می توان در کارخانجات چیپس سازی جهت افزایش تنوع محصولات و یا مصارف عمومی بهره برد. برهمین اساس سطح بیان ژن و وجود یا عدم وجود ژن های آنتوسیانین در چهار رقم سانته، بانبا، بورن (ارقام غیر رنگی و فاقد آنتوسیانین) و pmj (غده ارغوانی رنگ و دارای آنتوسیانین بعنوان شاهد) ارزیابی شد، که طی آن میزان بیان الل غالب ژن d که جهت سنتز رنگدانه های آنتوسیانین ارغوانی و قرمز رنگ ضروری است، در ارقام غیر رنگی سانته، بانبا و بورن نسبت به رقم شاهد رنگی کاهش معنی داری را در پی داشته است. سطح بیان ژن p در رقم سانته نسب به شاهد حدود 24/1 برابر کاهش نشان داد. ولی در ارقام بانبا و بورن هیچ گونه بیانی در این ژن مشاهده نشد. یعنی این فرضیه مطرح می شود که این ژن در این دو رقم طی روند تکاملی با موتاسیون مواجه شده است. در رقم سانته، بورن و بانبا در ژن r کاهش سطح بیان معنی داری مشاهده شد. سطح بیان این ژن در رقم سانته 82/1 برابر، در رقم بورن 8/1 برابر و در رقم بانبا کاهش شدید 6/33 برابر سطح بیان ژن نسبت به رقم pmj مشاهده شد.

چکیده گونه های مختلف جنس پسته (pistacia) متعلق به خانواده anacardiaceae با وی‍ژگی دگرگشنی و سابقه کشت طولانی در ایران از تنوع ژنتیکی زیادی برخوردارند. همچنین، تعدد نام پسته های تجاری ایران به دلیل متفاوت بودن محل کشت و تکثیر آنها، شناسایی دقیق ژنوتیپ های پسته را با مشکل مواجه نموده است. با توجه به موقعیت ممتاز ایران در تولید و صادرات پسته و تمایل باغداران به کشت این محصول به خاطر ظرفیت سازگاری آن با شرایط نامساعد محیطی، توجه به تعیین خویشاوندی ژنتیکی گونه ها و ژنوتیپ های پسته برای حفظ تنوع ژنتیکی و شناسایی و انتخاب ژنوتیپ های مطلوب در جهت اصلاح پسته را ضروری ساخته است. در این پژوهش به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی درون جمعیت گونه های مختلف پسته موجود در ایران شامل بنه (pistacia atlantica subsp. mutica)? خنجوک (p. khinjuk) و ژنوتیپ های وحشی (سرخس) و اهلی p. vera و ارزیابی نقش احتمالی آنها در روند تکاملی پسته از نشانگرهای ریزماهواره ای استفاده شد. در مرحله اول با تهیه یک کتابخانه ژنومی غنی شده برای توالی تکراری (aag)8 به روش غنی سازی با ذرات مغناطیسی، جایگاه های ریزماهواره ای از پسته تجارتی اوحدی (p. vera) و گونه وحشی خنجوک شناسایی و همسانه سازی شد. همسانه های واجد توالی ریزماهواره ای با تکنیک colony pcr انتخاب شدند و پس از توالی یابی 47 همسانه،25 همسانه واجد توالی ریزماهواره ای (%4/71) شناسایی گردیدند که بر اساس ویژگی توالی، 17 جفت آغازگر از آنها طراحی شد. پس از اطمینان از کارایی جفت آغازگرهای طراحی شده و بهینه سازی شرایط تکثیر در واکنش زنجیره ای پلیمراز (pcr)? آغازگرهای مزبور به همراه 10 جفت آغازگر معرفی شده توسط پژوهشگران دیگر در ارزیابی تنوع درون جمعیتی و روابط بین جمعیتی سه ژنوتیپ سرخس، بنه، خنجوک و تعدادی ژنوتیپ اهلی از گونه p. vera مورد استفاده قرار گرفتند. گروه بندی ژنوتیپ ها بر اساس داده های مولکولی، چهار جمعیت از پسته های بنه? خنجوک? سرخس و ژنوتیپ های تجاری گونه p. vera را در چهار گروه مجزا قرار داد. ژنوتیپ های تجاری گونه پسته علیرغم تشکیل گروهی مجزا از ژنوتیپ وحشی سرخس، رابطه نزدیکی با این ژنوتیپ ها نشان دادند که تأثیرگذاری سرخس در روند تکاملی آن ها را تأیید نمود. قرابت ژنتیکی پسته خنجوک با ژنوتیپ های خنجری دامغان و قزوینی زودرس در دندروگرام به دست آمده نیز این فرضیه را تقویت نمود که احتمالاً سرخس در یک تکامل دو جهته در پیدایش خنجوک به عنوان پسته وحشی و خنجری دامغان و قزوینی زودرس به عنوان پسته های اهلی نقش اصلی داشته است و تغییرات ژنتیکی بعدی در این ژنوتیپ های تجاری منجر به ظهور ارقام تجاری دیگری از پسته شده است. برای تعیین موقعیت ارقام پسته ایرانی در مقایسه با ارقام خارجی و تعیین منشأ تکامل پسته از نشانگرهای issr و ssr استفاده شد. در این بررسی ژنوتیپ های اهلی و وحشی پسته در گروه هایی مجزا قرار گرفتند. در گروه پسته های اهلی، ژنوتیپ های سوریه ای، ترکیه ای و آمریکایی در بین ژنوتیپ های تجاری پسته ایرانی جای گرفتند که به نوعی ارتباط نزدیک ژنوتیپ های خارجی با ارقام ایرانی را تأیید کرد. با توجه به نظریه قبلی مبنی بر گسترش کشت پسته از ایران به طرف کشورهای مدیترانه ای و سپس سایر مناطق دنیا، مجاورت ارقام خارجی با ارقام ایرانی در دندروگرام ترسیم شده در پژوهش حاضر و تأیید تأثیرگذاری پسته سرخس در تکامل پسته، شاید بتوان فرض نمود که ایران مرکز اصلی تنوع پسته بوده است و نقش پسته سرخس در این روند تکاملی اهمیت زیادی دارد. نتایج حاصل نشان داد که آغازگرهای ریز ماهواره ای مورد استفاده در این تحقیق کارایی لازم برای تفکیک جمعیت های مورد بررسی پسته برای استفاده در تجزیه و تحلیل فیلوژنتیکی ژنوتیپ های پسته را دارند.

انار یکی از مهمترین میوه های مناطق نیمه گرمسیری است و ایران علاوه بر مرکز پیدایش و رویشگاه طبیعی انار، به عنوان مرکز تنوع آن نیز شناخته شده است. با توجه به اهمیت اقتصادی انار و شناخته شدن ایران به عنوان یکی از بزرگترین تولیدکنندگان این محصول توجه به تحقیقات بیشتر برای شناخت انارهای بومی و دسته بندی آنها ضروری به نظر می رسد. به دلیل کارآمد بودن نشانگرهای ریزماهواره ای در میان نشانگرهای ژنتیکی برای تعیین تنوع ژنتیکی جمعیت های گیاهی، ریزماهواره ها برای گروه بندی ژنوتیپ های انار مناسب تشخیص داده شدند. به منظور طراحی آغازگرهای ریزماهواره ای در انار، از روش غنی سازی با استفاده از ذرات مغناطیسی بهینه شده توسط هامیلتون و همکاران (1999) استفاده شد. با استفاده از این روش دو کتابخانه غنی شده برای تکرارهای ریزماهواره ای 15(ag) و10(atg) در انار تهیه گردید. از تکنیک colony pcr به منظور انتخاب همسانه های مناسب جهت توالی یابی استفاده شد. از میان 43 همسانه که به خوبی توالی یابی شده بودند 32 همسانه دارای توالی های ریزماهواره ای (4/74%) شناسایی شدند که 25 جفت آغازگر ریزماهواره ای از آنها طراحی گردید (1/78%). کارایی جفت آغازگرهای طراحی شده در 20 ژنوتیپ انار ایران شامل 11 ژنوتیپ اهلی (4 ژنوتیپ صادراتی)، هفت ژنوتیپ وحشی و دو ژنوتیپ زینتی مورد بررسی قرار گرفت. تمام جفت آغازگرها، مکان های ریزماهواره ای را در ژنوتیپ های مورد نظر تکثیر کردند. از میان جفت آغازگرهای طراحی شده، 12جفت آغازگر تک شکل بوده و 11 جفت آغازگر در بین ژنوتیپ ها چند شکلی نشان دادند، دو جفت آغازگر دو مکان ژنی را تکثیر کردند در نهایت 11 جفت آغازگر چندشکل 13 مکان ژنی چندشکل را در ژنوتیپ های انار موردنظر تکثیر کردند.. همچنین دو جفت آغازگر نیز علی رغم تکثیر در تمامی نمونه ها باند اضافی زیادی ایجاد کردند به طوری که تشخیص باندهای اصلی مشکل بود و لذا از ادامه آزمایشات حذف شدند. تجزیه و تحلیل داده ها با استفاده از نرم افزارهای power marker ver3.25 و mega3 انجام شد و درخت فیلوژنی مورد توافق رسم گردید. با توجه به نتایج بدست آمده از این تجزیه و تحلیل ها، میانگین تعداد آلل های جفت آغازگرهای چندشکل در این مطالعه 38/3 و میانگین pic بدست آمده 433/0 بود. پنج ژنوتیپ مورد بررسی در این دندروگرام هر یک بطور جداگانه در یک گروه قرار گرفتند و 15 ژنوتیپ دیگر نیز در سه گروه مختلف دسته بندی شدند. در گروه بندی بدست آمده، ژنوتیپ های انار با توجه به موقعیت جغرافیایی شان در کنار هم قرار گرفتند. همچنین ژنوتیپ های اهلی و وحشی از یکدیگر جدا شده و در گروه های مجزایی قرار گرفتند. نتایج نشان داد که روش غنی سازی با استفاده از ذرات مغناطیسی در طراحی آغازگرهای ریزماهواره ای در انار بهتر از سایر روش های بکار برده شده قبلی بوده و به عنوان روشی مفید توصیه می گردد.

آتشک گلابی (fire blight) یکی از بیماری های بسیار مهّم درختان میوه دانه دار محسوب می شود که توسط باکتری erwinia amylovora روی میزبان های مختلف خانواده گلسرخیان ایجاد می شود. علائم بیماری آتشک درختان میوه دانه-دار معمولاً اوایل بهار در گل ها ظاهر می شود. گل ها علائم آب سوختگی (water soaking) نشان داده و بعد از تغییر رنگ به قهوه ای، پژمرده شده و ریزش می کنند. علائم بیماری سپس روی برگ ها به صورت لکه های سیاه در طول رگبرگ اصلی و رگبرگ جانبی دیده می شود. چنانچه روی شاخه های آلوده میوه ای تشکیل شود، در ابتدای رشد، میوه چروکیده شده و در نهایت سیاه می شود که در مواردی با ترشح باکتری (ooze) همراه است. طی سال های گذشته شیوع بیماری آتشک در درختان میوه دانه دار در مناطق مختلف کشور، خسارت قابل توجهی را به باغداران تحمیل کرده است. اخیراً نیز، مشاهده اولیّه درختان سیب مبتلا به آتشک در ناحیه شاهین شهر و میمه و سپس وقوع این بیماری در درختان گلابی، سیب و به منطقه نطنز، معلوم نمود که استان اصفهان نیز از خسارت بیماری مصون نیست و آتشک درختان میوه دانه دار در حال گسترش در باغات این منطقه می باشد. طی این پژوهش، بر اساس مشخصات مرفولوژیکی، بیماری زایی، بیوشیمیایی و ژنتیکی، عامل بیماری آتشک درختان میوه دانه دار e. amylovora شناسایی شد. بررسی های انجام شده مشخص نمود که جدایه های مورد مطالعه به لحاظ خصوصیات بیماری زایی و بیوشیمیایی مشابه یکدیگر بوده و خصوصیات آنها با مشخصات جدایه های e. amylovora گزارش شده در منابع علمی مطابقت دارد. در بررسی های ملکولی، طی واکنش pcrبا استفاده از جفت آغازگراختصاصی b/eaa یک قطعه bp 187 در کلیه جدایه ها تکثیر شد. جفت آغازگر pea29a/b نیز قادر به تکثیر یک باند dna kb 9/0 در جدایه ها بود که توالی نوکلئوتیدی آن 99% با جدایه های گزارش شده e. amylovora از سایر مناطق دنیا شباهت داشت. بررسی تنوع ژنتیکی جدایه ها به روش rep-pcrبا استفاده از آغازگرهای box و eric نشان داد که جدایه های عامل بیماری آتشک در استان اصفهان با جدایه های سایر مناطق کشور اختلاف قابل توجهی ندارد. به دلیل اینکه در کنترل بیماری آتشک از آنتی بیوتیک های استرپتومایسین و تتراسیکلین و یا ترکیبات مسی استفاده می شود، تعیین حساسیت و یا مقاومت جدایه های عامل بیماری آتشک درختان میوه دانه دار در این پژوهش مورد توجه قرارگرفت. نتایج بدست آمده نشان داد که هیچکدام از جدایه ها مقاومتی به سولفات مس و آنتی بیوتیک های استرپتو مایسین و تتراسیکلین ندارند. با استفاده از جفت آغازگرهای اختصاصی در pcr نیز، ژن های کروموزومی و پلاسمیدی مربوط به مقاو مت در برابر استرپتومایسین در جدایه ها ردیابی نشد که موید حساس بودن جدایه ها در مقابل این آنتی بیوتیک می باشد. در این پژوهش، استفاده از روش های سرلوژیکی، ملکولی و تلفیق آن ها برای ردیابی جمعیت پایین باکتری e. amylovora مورد بررسی قرارگرفت. به این منظور، ابتدا آنتی سرم اختصاصی جدایه a تهیه شد و پس از اطمینان از اختصاصی بودن آن در واکنش با جدایه های e. amylovora در آزمون نشت دو طرفه در آگار، گاماگلوبین اختصاصی آن تهیه گردید. با آزمون الایزای غیرمستقیم معلوم شد که این گاماگلوبین با جدایه های e. amylovora واکنش اختصاصی ایجاد می کند و هیچ گونه اثر متقابلی با باکتری های ساپروفیت یا باکتری های بیمارگر از جنس های دیگر ندارد. استفاده از این گاماگلوبین در آزمون های bio pcr و ic-pcr نشان داد که هر دو روش قادرند جمعیت پایینی از با کتری (در حدود 1-10 واحد تشکیل دهنده پرگنه در میلی لیتر) را ردیابی نمایند که این میزان به روش الایزا در حدود 104 واحد تشکیل دهنده پرگنه در میلی لیتر برآورد شد. با روش bio pcrجمعیت بسیار کم e. amylovora در اختلاط با جمعیت قابل توجهی از باکتری های ساپروفیت در شرایط آزمایشگاهی ردیابی گردید. به روش مزبور، ردیابی e. amylovora در سطح برگ های سیب، 16 روز پس از پاشش باکتری روی برگ، موفقیت آمیز بود. به این ترتیب، روش bio pcrبه عنوان یک روش ساده، قابل اعتماد و حساس برای ردیابی سلول های زنده و فعال e. amylovora معرفی می شود.

به منظور بررسی روابط ژنتیکی جمعیت جدایه های rhizobium leguminosarum bv. trifolii همزیست با گونه های مختلف شبدر در خاک مناطق جغرافیایی مختلف، نمونه های خاک از هفت منطقه کشور شامل استان های لرستان، اصفهان، خراسان، همدان، کرمانشاه، کردستان و آذربایجان غربی. جمع آوری گردید و بذور سه گونه شبدر مصری، شبدر ایرانی و شبدر قرمز در خاک مناطق مذکور کاشته شد. به این ترتیب 21 گلدان با ترکیبات مختلف خاک-گونه گیاهی به منظور بررسی رابطه متقابل نژاد ریزوبیوم-گونه شبدر و منطقه جغرافیایی آماده گردید و در گلخانه نگهداری شد. پس از رشد گیاهان و تشکیل گره در ریشه ها، جدای های ریزوبیوم همزیست از این گره ها جداسازی و خالص شد که شامل 420 جدایه برای کل تیمارهای شبدر-منطقه بود. تنوع ژنتیکی جدایه های ریزوبیومی همزیست سه گونه شبدر در خاک هفت منطقه مذکور و رابطه متقابل خاک منطقه، گونه شبدر میزبان و ریزوبیوم همزیست با استفاده از روش انگشت نگاری rep-pcr با استفاده از آغازگر boxair در طی سه مرحله بررسی گردید. در مرحله اول، تنوع ژنتیکی جدایه های بدست آمده از خاک هر منطقه، در مرحله بعدی اختلاف الگوی dna جدایه های مربوط به سه گونه مختلف شبدر در یک خاک مشخص مطالعه شد و در نهایت نیز ایزوله های جدا شده از گونه های مختلف، در مقایسه دو به دوی خاک ها مورد بررسی قرار گرفتند. تعداد و فراوانی جدایه های مورد بررسی، در هر یک از این مراحل به کمک دو شاخص فراوانی نژادی strain richness و غالبیت نژادی strain dominance تعیین گردید. از میان 21 تیمار مختلف مورد بررسی، تیمار خاک نطنز -شبدر ایرانی با شاخص فراوانی برابر با 62/0 بیشترین تنوع را نشان داد. همچنین نمونه خاک مربوط به استان کرمانشاه با فراوانی نژادی 33/0 دارای فراوان ترین تیپ نژادی و خاک لرستان با فراوانی نژادی 12/0 دارای کمترین فراوانی در میان هفت خاک مورد بررسی شناخته شد. مقدار فراوانی نژادی برای سه گونه شبدر قرمز، شبدر ایرانی و شبدر مصری نیز به ترتیب برابر با 3/.، 28/0 و 23/0 به دست آمد. در این تحقیق از میان 152 ایزوله مورد بررسی، 23 نژاد مختلف در ارتباط با سه گونه شبدر در خاک های تحت مطالعه شناسایی شد. در میان نژادهای شناسایی شده، نژاد شماره 9 با شاخص فراوانی 16/0 دارای بالاترین غالبیت نژادی بود. با استفاده از داده های حاصل از انگشت نگاری مبتنی بر box-pcr، فواصل ژنتیکی نژادهای شناسایی شده با استفاده از ضریب تشابه جاکارد و روش upgma در نرم افزار ntsys 2.0 بررسی شد. اگر چه مقایسه الگوهای انگشت نگاری تنوع بالایی را میان جدایه های مورد بررسی نشان داد، اما مقایسه ضرایب تشابه به دست آمده و دندو گرام مربوط، رابطه خاصی را میان نژاد باکتری، نوع گونه شبدر و خاک منطقه نشان نداد. به منظور تعیین روابط فیلوژنی شناسایی شده در این تحقیق از تکنیک pcr-rflp بر روی ژن reca استفاده گردید. نتایج بدست آمده تفاوتی را میان نژادهای مورد مطالعه نشان نداد. آزمون های تولید ملانین و مقاومت به شوری به منظور بررسی قدرت رقابت نژادهای شناسایی شده نشان داد که هیچ یک از جدایه ها دارای توانایی تولید ملانین نبوده و نسبت به درجات بالای شوری مقاوم نمی باشند. همچنین 23 نژاد شناسایی شده در این تحقیق به منظور ردیابی ژن های تجزیه کننده ریزوبین (moc) استفاده از آغازگرهای mocdef/mocder بررسی گردیدند. نتایج این آزمون نیز نشان داد که هیچ یک از جدایه های مورد بررسی در این پژوهش ژن های تولید و تجزیه ریزوبین را ندارند و دارای قدرت رقابتی قابل توجهی نسبت به سایر جدایه ها نمی باشند.

گیاه به (cydonia oblonga mill.) به عنوان یک گونه منفرد از این جنس، یکی از چندین نوع میوه دانه داراست. اگرچه منشأ اصلی آن ناشناخته است ولی ایران، آسیای میانه، آناتولی و یونان مناطق احتمالی منشأ این میوه ذکر شده اند. این گیاه متعلق به زیر خانواده maloideae و خانواده rosaceae می باشد. برای اولین بار در این پژوهش روابط ژنتیکی ژنوتیپ های به در یکی از مناطق احتمالی منشأ این گیاه مطالعه شد. در سال 2007 میلادی ترکیه به عنوان بزرگترین تولید کننده به در جهان شناخته شد. طبق آخرین گزارش وزارت جهاد کشاورزی سطح زیر کشت به در 26 استان کشور 57/5804 هکتار و میزان تولید آن در ایران 98/39312 تن بر آورد گردید. استان اصفهان به عنوان بزرگترین تولید کننده به در ایران شناخته شده است. بعد از استان اصفهان، استان های فارس، کرمان و خراسان رضوی بزرگترین تولید کنندگان این محصول به حساب می آیند. ایران با دارا بودن اقلیم های متفاوت از زمان های دور محل کشت و کار این گیاه بوده است، ولی اطلاعات دقیقی از روابط ژنتیکی ژنوتیپ های به در ایران و ارقام خارجی در سطح جهان وجود ندارد. در این تحقیق از 20 ژنوتیپ به، مربوط به استان اصفهان و استان خراسان رضوی و سه ژنوتیپ پایه ای خارجی کویینس a، b و c استفاده شد. به منظور تعیین روابط ژنتیکی از دوتکنیک مبتنی بر ریزماهواره ها شامل ssr (simple sequence repeat) و issr (inter simple sequence repeat) استفاده گردید. به دلیل اینکه تا کنون آغازگرهای ssr اختصاصی این گیاه طراحی نشده است، بنابراین از 28 جفت آغازگرهای ssr اختصاصی سیب استفاده شد که هشت جفت آغازگر ssr توانستند با تکثیر بین جنسی چند شکلی مناسبی را نشان دهند. این تعداد آغازگر در 10 مکان ژنی به طور متوسط 8/2 آلل را تولید کردند. دندروگرام به دست آمده بر اساس اطلاعات حاصل از نشانگر ssr با استفاده از ضریب نی (1983) و روش upgma با نرم افزار power marker نشان داد که ژنوتیپ های مورد استفاده به دو دسته ژنوتیپ های استان اصفهان و استان خراسان رضوی تقسیم شدند و ژنوتیپ های پایه ای خارجی مورد استفاده در دسته ژنوتیپ های استان خراسان رضوی قرار گرفتند و نسبت به این ژنوتیپ ها قرابت ژنتیکی را نشان دادند. کویینس a به همراه نیشابور- دیزباد با فاصله ژنتیکی صفر دریک گروه قرار گرفتند. همچنین کویینس b با وجود تفاوت اندک رابطه نزدیکی را با کویینس a نشان داد و به همراه ژنوتیپ تربت جام در یک گروه دسته بندی شدند. کویینس c نیز به طور مستقل در دسته ژنوتیپ های استان خراسان رضوی دسته بندی شد. در گروه ژنوتیپ های استان خراسان رضوی به نظر می رسد که دو ژنوتیپ نیشابور- برج و نیشابور- خرو احتمالاً منشأ دو دسته از ژنوتیپ های استان خراسان رضوی می باشند. در دسته ژنوتیپ های استان اصفهان، ژنوتیپ های سمیرم ونک (2) و فلاورجان نیز احتمالاً منشأ ژنوتیپ های این گروه می باشند. براساس نتایج ssr ژنوتیپ های استان اصفهان زمینه ژنتیکی متنوع تری را نسبت به ژنوتیپ های استان خراسان رضوی نشان دادند. همچنین از 24 آغازگر issr به کاررفته، در مجموع 253 باند مشاهده شد که 174 باند به میزان 8/68 درصد چندشکلی ایجاد کردند. متوسط باندهای چند شکل برای هر آغازگر 25/7 باند حاصل شد. دندروگرام حاصل از آغازگرهای issr با استفاده از ضریب تشابه جاکارد و روش upgma با نرم افزار ntsys v.pc-2.02e رسم شد و ژنوتیپ های مورد استفاده به دو دسته و یک ژنوتیپ مستقل (چناران) تقسیم شدند و هیچ ارتباطی بین منشأ جغرافیایی ژنوتیپ ها در این تقسیم بندی همچون دندروگرام ssr دیده نشد. همچنین از مقایسه نتایج ssr و issr مشخص شد که با وجود چند شکلی بیشتر توسط نشانگر issr، این نشانگر نتوانست روابط ژنتیکی ژنوتیپ های پایه ای خارجی مورد استفاده را با برخی ژنوتیپ های ایرانی به، به خوبی نشان دهد.

به منظور دسته بندی جدایه های ایرانی عامل بیماری سوختگی معمولی لوبیا xanthomonas axonopodis pv. phaseoli(xap) وx. axonopodis pv. phaseoli var. fuscans(xapf) از نظر مشخصات بیماری زایی و فوق حساسیت توتون و نیز ارزیابی تنوع ژنتیکی جدایه های ایرانی برای تعیین رابطه احتمالی میان خصوصیات بیولوژیکی و ژنتیکی آنها، از بوته های مبتلا به سوختگی معمولی انواع لوبیا در استان های لرستان، مرکزی، اصفهان، چهارمحال وبختیاری و زنجان که مناطق عمده لوبیاکاری کشور می باشند، نمونه برداری شد. پس از جداسازی و خالص سازی پرگنه های باکتری روی محیط کشت na، با توجه به خصوصیات مورفولوژیکی، بیوشیمیایی، سرلوژیکی و بیماری زایی روی بوته های لوبیا، 20 جدایه از استان های مرکزی، لرستان و اصفهان باکتری xap شناسایی شدند. آزمون واکنش زنجیره ای پلی مراز (pcr) جدایه ها با جفت آغازگر اختصاصی x4c/x4e و تکثیر باند bp730 برای آنها، تشخیص وابستگی جدایه ها به xap را تأیید نمود. برای تعیین بیووار این جدایه ها از جفت آغازگر xf1/xf2 استفاده گردید که بر اساس توالی یابی یک منطقه اختصاصی از ژنوم xapf طراحی شده است و یک قطعه bp450 را برای جدایه xapf تکثیر می کند. با توجه به عدم تکثیر باند موردنظر در این جدایه ها در مقایسه با تکثیر باند 450 جفت بازی در جدایه شاهد xapf، تعلق جدایه ها به xap تأیید نهایی گردید. برای تعیین تنوع ژنتیکی درون جمعیتی جدایه های xap جمع آوری شده، از نشانگرهای box-pcr و eric-pcr (روش rep-pcr) که سطح وسیعی از ژنوم باکتری ها را پوشش می دهند استفاده شد. باجفت آغازگر box و eric به ترتیب 79/15% و 19% باند چند شکل در میان جدایه های xap مشاهده شد که ترکیب نتایج حاصل از به کارگیری این نشانگرها، 5/17% چند شکلی را در میان جدایه های xap مشخص کرد، در حالیکه میزان شباهت جدایه xapf با جدایه های xap بر اساس ترکیب نتایج دو نشانگر مزبور در دامنه ای از 38/. تا 46/. برآورد شد. با استفاده از روش rep-pcr مشخص شد که جدایه های xap در حد قابل توجهی با xapf اختلاف ژنتیکی دارند ولی تنوع ژنتیکی موجود در میان جدایه های xap جمع آوری شده از مناطق مختلف ایران محدود است. با توجه به اینکه امکان وجود تنوع ژنتیکی در جمعیت های xap مورد بحث محققین مختلف می باشد و هنوز ابهاماتی در مورد وجود یا عدم وجود تنوع در میان جدایه های عامل بیماری سوختگی معمولی لوبیا وجود دارد، برای تأیید نتایج حاصل از rep-pcr، از آزمون pcr-rflp استفاده شد. در این آزمون قطعه bp730 از dna جدایه های متنوعی از xap که با استفاده از جفت آغازگر x4c /x4e تکثیر یافته با آنزیم های محدودگر i rsa، taq i، hae iii و sau 96i برش یافت. نتایج حاصل از pcr-rflp نیز به لحاظ ژنتیکی تنوعی را در میان جدایه های xap مشخص نکرد. با توجه به نتایج این پژوهش به نظر می رسد جدایه های xap ایرانی از نظر ژنتیکی تنوع قابل توجهی ندارند. برای ارزیابی تفاوت جدایه ها در قدرت بیماری زایی و ایجاد واکنش فوق حساسیت در توتون، جدایه های عامل بیماری در دو تکرار روی بوته های لوبیا چیتی رقم cfo16 و در پارانشیم تحتانی برگ توتون (nicotinia tabacum cv. samsun) مایه زنی شدند. بر اساس نتایج بدست آمده جدایه-های xap از نظر قدرت بیماری زایی و واکنش فوق حساسیت در گروه های متفاوتی قرار گرفتند. تجزیه و تحلیل نتایج بدست آمده نشان داد که این تفاوت در بیماری زایی جدایه ها با تنوع ژنتیکی محدود آنها رابطه معنی داری ندارد. چون قدرت بیماری زایی جدایه ها می تواند در شدت بیماری سوختگی معمولی لوبیا اهمیت داشته باشد و نمی توان تفاوت جدایه های مورد مطالعه را از نظر بیماری زایی نادیده گرفت. لازم است بدون توجه به محدودیت تنوع ژنتیکی جدایه های xap واکنش بیماری زایی این جدایه ها در کولتیوارهای مختلف مورد کشت در کشور ارزیابی شود.

فایتوپلاسماها یکی از عوامل مهم بیماری های گیاهان بوده و سالانه خسارات فراوانی به محصولات کشاورزی در سراسر جهان وارد می کنند. در سال های اخیر، علایم مشابه با بیماری های فایتوپلاسمایی در جوانه غده های بذری و بوته های سیب زمینی مناطقی از استان های اصفهان، تهران، کرمانشاه، همدان، آذربایجان شرقی و چهارمحال و بختیاری مشاهده شد. بوته های سیب زمینی آلوده علایم ریزبرگی، پیچیدگی برگ، زردی و ارغوانی شدن حاشیه برگچه ها، تشکیل غده های هوایی و پلاسیدگی غده ها را دارا بودند که با علایم بیماری فایتوپلاسمای سر ارغوانی سیب زمینی شباهت داشت. علایم بیماری در غده ها شامل ایجاد جوانه هایی نازک و مویی شکل و تولید غده های ثانویه به جای جوانه بودند غده ها پس از کشت گلخانه ای، علایم بیماری سر ارغوانی را نشان دادند و در یک نمونه علایم بیماری جاروی جادوگر شامل پرپشت شدن بوته و تغییر شکل برگ ها مشاهده شد. برای تشخیص فایتوپلاسمایی بودن در این نمونه ها، ابتدا از جوانه غده ها و رگبرگ بوته های آلوده استخراج dna صورت گرفت و سپس از واکنش های زنجیره ای pcr و nested-pcr برای تکثیر فایتوپلاسمایی استفاده شد. در ردیابی فایتوپلاسما در این نمونه ها طی pcr دور اول توسط جفت آغازگرهای p1/p7 و p1/tint، در دو نمونه قطعه 1784 نوکلیوتیدی تکثیر شد و بقیه نمونه ها باندی تولید نکردند، ولی استفاده از جفت آغازگرr16f2n/r2 در nested-pcr بعد از pcr اول با جفت آغازگرهای p1/p7 و p1/tint منجر به تکثیر یک قطعهbp 1239 در تعداد زیادی از این نمونه ها شد. همچنین جفت آغازگر fu5/ru3 نیز یک قطعه bp876 از dna حاصل از pcr دور اول با p1/p7 و p1/tint تکثیر نمود. ردیابی توالی فایتوپلاسمایی از سیب زمینی های دارای علایم بیماری های جاروی جادوگر و سر ارغوانی سیب زمینی و عدم تکثیر قطعات dna فایتوپلاسمایی در گیاه سالم نشان داد که عوامل فایتوپلاسمایی در ایجاد این بیماری ها در مزارع سیب زمینی مورد بررسی نقش دارند. برای شناسایی جدایه های بیمارگر سیب زمینی جمع آوری شده، از آزمون pcr-rflp استفاده شد. به این منظور یک قطعه bp1239 نوکلیوتیدی از ناحیه داخلی ژن 16sr rna فایتوپلاسمایی به کمک جفت آغازگر p1/p7 در pcr دور اول و r16f2n/r16r2 در دور دوم تکثیر شد و سپس این قطعه توسط آنزیم های محدودگر alui، ecori، cfoi، hindiii، kpni، msei، rsai و taqi برش داده شدند. نتایج pcr-rflp نشان داد که جدایه های مختلفی در ایجاد بیماری فایتوپلاسمایی سر ارغوانی سیب زمینی نقش دارند. بر اساس این آزمون, چهار الگوی باندی مختلف از فایتوپلاسماهای سیب زمینی به دست آمد که تعدادی از آنها به عنوان نماینده برای تعیین توالی نوکلیوتیدی انتخاب گردیدند. مقایسه توالی های نوکلیوتیدی این جدایه ها با توالی های موجود در بانک ژن نشان داد که توالی جدایه های مورد مطالعه به میزان 98-99% با توالی فایتوپلاسماهای ثبت شده در بانک ژن جهانی(ncbi) مشابهت دارند. بررسی توالی های به دست آمده مشخص نمود که علایم جاروی جادوگر سیب زمینی در گلخانه توسط گونه candidatus phytoplasma trifolii ایجاد گردیده است و گونه های ca. phytoplasma trifolii، ca. phytoplasma astrisو ca. phytoplasma solani عوامل فایتوپلاسمایی بروز بیماری سر ارغوانی سیب زمینی در مزارع ایران می باشند. دو گونه ca. phytoplasma trifolii و ca. phytoplasma astris که در دنیا به عنوان مهمترین عوامل فایتوپلاسمایی سیب زمینی شناخته شده اند، پراکندگی محدودی در مزارع ایران داشتند. به نظر می رسد، با توجه به خسارت و پراکنش وسیع جغرافیایی ca. phytoplasma solani در مزارع سیب زمینی، بتوان آن را به عنوان مهمترین عامل فایتوپلاسمایی سیب زمینی کاری های ایران معرفی کرد که تاکنون خسارت جدی از این گونه فایتوپلاسمایی در مناطق سیب زمینی کاری دنیا گزارش نشده است. نتایج مطالعات نشان داد، هر سه جدایه ca. phytoplasma trifolii، ca. phytoplasma astris و ca. phytoplasma solani قادرند از طریق غده های بذری انتقال یابند بنابراین استفاده از بذور گواهی شده در کاهش آلودگی موثر است.

سیب زمینی با نام علمی solanum tuberosum l. از خانواده solanaceae یکی از مهم ترین محصولات زراعی در تغذیه انسان است که پس از گندم، برنج، ذرت و جو در مرتبه پنجم جهانی قرار دارد. بیماری پوسیدگی خشک فوزاریومی سیب زمینی از جمله بیماری مهم انباری سیب زمینی محسوب می شود که به طور فراگیر در دنیا ، ایران و اصفهان خسارت زیادی به این محصول وارد می کند. به این منظور، ضمن بررسی میزان فراوانی وقوع بیماری پوسیدگی فوزاریومی در انبارها و مغازه های فروش سیب زمینی، تعداد مناسبی نمونه مبتلا به پوسیدگی خشک جمع آوری وکشت گردید. به این ترتیب، 61 جدایه قارچی از غده های آلوده جمع آوری شده از اصفهان بدست آمد که همه آنها متعلق به جنس فوزاریوم بودند. بر اساس مشخصات مورفولوژیکی، 30 جدایه fusarium solani، 18 جدایه f. oxysporum، 8 جدایه f. chlamydosporum، 3 جدایه f. semitectum و 2 جدایه با آلودگی مخلوط f. solani و f. oxysporum تشخیص داده شدند. در بین چهار گونه فوزاریوم شناسایی شده، f. solani گونه غالب منطقه اصفهان بود. به منظور تایید مولکولی گونه های جداسازی شده، از جفت آغازگرهای ویژه در واکنش pcr استفاده شد. استفاده از جفت آغازگرهای اختصاصی s3f/s3r و clox1-f/clox2-r و تشکیل باندهای 491 و 534 نوکلئوتیدی، به ترتیب برای f. solani و f. oxysporum، وجود این دو گونه را از جنبه مولکولی تایید کرد. تکثیر منطقه its گونه های قارچی f. chlamydosporum و f. semitectum توسط جفت آغازگر عمومی its5/its4 و بررسی توالی آنها نشان داد که توالی این گونه های مورد بررسی با توالی گونه های مشابه موجود در بانک ژن همخوانی قابل توجهی دارد. حضور آلودگی توامان گونه های f. solani و f. oxysporum در بعضی غده های آلوده، با استفاده از روش dublex-pcr اثبات گردید. آزمون بیماری زایی نشان داد که شباهت زیادی بین علایم بیماری ایجاد شده توسط گونه های مختلف فوزاریومی وجود دارد. گونه های قارچی f. solani، f. oxysporum و f. semitectum قادر بودند هر دو نوع پوسیدگی نرم و خشک را در غده سیب زمینی ایجاد کنند، ولی علایم بیماری در گونه f. chlamydosporum، فقط به صورت پوسیدگی خشک قابل مشاهده بود. ارقام سیب زمینی واکنش های متفاوتی نسبت به گونه های فوزاریوم در دماهای مختلف نشان دادند و دمای نگهداری رابطه مستقیم با شدت بیماری زایی داشت. گونه f. solani در مقایسه با سایر گونه ها از قدرت آلوده کنندگی بیشتری برخوردار بود و گونه f. chlamydosporum کمترین تهاجم را در بین گونه های فوزاریومی داشت. مارفونا حساس ترین و اگریا متحمل ترین رقم در برابر آلودگی به گونه های فوزاریومی عامل بیماری پوسیدگی خشک سیب زمینی ارزیابی شد. آزمون حساسیت به قارچکش نشان داد که کاربندازیم موثرترین قارچکش در کنترل گونه های f.oxysporum و f. solani و بنومیل موثرترین قارچکش در کنترل گونه های قارچی f. chlamydosporum و f. semitectum می باشد. در این پژوهش، ارتباط مستقیم وقوع بیماری پوسیدگی خشک فوزاریومی سیب زمینی با دمای انبار، نوع گونه قارچی و نوع رقم سیب زمینی مشخص شد و اهمیت وجود زخم بر سطح غده در ایجاد آلودگی معلوم گردید. با توجه به نتایج آزمایشات، به نظر می رسد استفاده از رقم متحمل اگریا، انبار غده ها در دمای پایین و تیمار غده ها با مخلوط قارچکشهای بنومیل و کاربندازیم قبل از انبار، در کاهش بیماری پوسیدگی خشک سیب زمینی در انبار موثر باشد.

بیماری پژمردگی باکتریای سیب زمینی ناشی از حمله باکتریralstonia solanacearum، یکی از مهـمترین و گسترده ترین بیماری های گیاهی در دنیاست. بر اساس گزارشات مختلف، مشخص شـــده است که هردو بیووار a2 و t2 از نژاد3 این باکتری در مناطق سیب زمینی کاری ایران پراکنده اند. با توجه به گســـتردگی فراوان بیــووار a2 در تمام مناطق سیب زمینی کاری کشور و حضور انحصاری بیووارt 2 در مناطق گرمسیر استان خوزستان ضروری است که رفتارهای اکولوژیکی، بیولوژیکی و بیماریزایی این دو بیووار با یکدیگر مقایسه گردد تا با اطلاعات به دست آمده بتوان برای کنترل شیوع این بیماری در مناطق مختلف برنامه ریزی نمود. بدین منظور 15 جدایه ایرانی متعلق به بیووار 2 نژاد 3 باکتری r.solanacearum شامل هشت جدایه بیووارa2، جمع آوری شده از مناطق مختلف سیب زمینی کاری استان اصفهان، و هفت جدایه متعلق به بیووارt2 از استان خوزستان، طی آزمون های ریخت شناسی، مولکولی، بیوشیمیایی و بیماری زایی تحت شرایط مختلف دمایی، مورد بررسی قرارگرفتند. جدایه های بیووارa2 با تشکیل پرگنه های به حالت لعابی ســفید با مرکز صورتی و حاشـــیه گرد نامنــظم روی محیط کشت tzc و تولید رنگ دانه ملانین از جدایه های بیووار t2 با پرگنه های گرد قرمز رنگ، با لعاب کمتر، حاشیه نازک سفید، اندازه کوجک و عدم توانایی تولید رنگ دانه ملانین، تفکیک شدند. با استفاده از آزمون های بیوشیــمیایی و فیزیولوژیک، تعلق تمامی جدایه های مورد بررسـی به بیوتیپ 2 باکتری r.solanacearum به اثبات رسید، هرچند جــدایه های بیووارt2، دارای توانایی مصرف تریپتوفان و قند ریبوز بوده ولی جدایه های بیووارa2 فاقد این توانایی بودند. طی انجام واکنش های rcr به کمک آغازگرهای اختصاصی ps759f/760r وrs1f/r قطعات dna مورد نظر در تمام جدایه ها تکثیر شد. الگوهای حاصل از هضم قطعه 718 نوکلئوتیدی تکثیر شـده با آغازگر rs1f/r توسط آنزیم های برشی alui، rsai وtaqi دارای قطعاتی با اندازه های مشــابه در تمام جدایه ها بود و تـــمایزی میان جدایه های بیووارهای a2 وt2 مشــاهده نشد. در انگشت نگاری ژنتیکی جدایه ها با دو آغازگر box-ir وeric-pcr ، جدایه های بیووارهـــای a2 وt2 در دو گروه مجزا از یـــکدیگر تفکیک شدند که با نتایج بدسـت آمده از خصوصیات ریخت شناسی و بیوشیمیایی آن ها مطابقت داشــت. در واکنش فوق حساســیت، با تلقیح سوسپانسیون باکتریایی در برگ های توتون، جدایــه های بیووارt2 در 24 و 48 ســاعت پس از تلقیــح علائم نکروز را بروز دادند، در حــالی که جدایه های بیــووار a2 طی 24 ساعت تنها علائم رنگ پریدگی در محل تزریق و پس از 48 ساعت علائم نکروز را نشان دادند. در بررسی رفتارهای بیماری زایی، پس از تلقیح دو جدایه از بیووارهای a2 وt2 در زاویه برگ سوم بالایی ساقه شش رقم سیب زمینی(راموس، لابیدا، مارفونا، آگریا، آریندا و سانته)، گوجه فرنگی، بادمجان، شمعدانی و اطلسی ، گیاهان تلقیح شده در قالب طرح کامل تصادفی تحت دو شـرایط دمایی مختلف خنک (?c31-25) و گرم (?c45-39) قرار گرفتــند. تفاوت های بیماری زایی دو بیووار با در نظرگرفتن زمان ظهور علائم پژمردگی، شـدت آلودگی و تراکم باکتری در آوند های چوبی گیاهان طی چهار هفته مقایسه شد. بیووارهای a2 وt2 از نظر بیماری زایی تفاوت معنی داری داشتند، به طوری که شدت بیماری زایی بیووار t2 در هر دو شرایط دمایی کمتر از بیووارa2بود. همچنین همبستگی مثبتی بین میزان تراکم باکتری در آوند چوبی و شدت پژمردگی به دست آمد. بر اساس نتایج آزمون بیماری زایی، ارقام سیب زمینی از نظر میزان حساسیت به بیووارهای a2 وt2 تفاوت معنی داری نشان دادند. بر این اساس، رقم سانته دارای تحمل قابل قبولی به بیووارها در هر دو شرایط دمایی بود، در حالی که ارقام لابیدا و راموس بسیارحساس تشخیص داده شدند. .همچنین مارفونا به عنوان رقم نسبتاً متحمل و آگریا و آریندا به عنوان ارقام تقریبا" حساس شناخته شدند. بررسی میزان ماندگاری بیووارهایa2 وt2 در خاک با تلقیح سوسپانسیون باکتری جدایه های هر بیووار به خاک تحت شرایط آزمایشگاهی انجام شد و ردیابی جدایه ها به طور همزمان، با استفاده از روشpcr و محیط کشت، صورت گرفت. در این آزمایشات مشخص شد که هر دو بیووار قادرند تا 186 روز درخاک باقی بمانند که این ماندگاری زیاد می تواند تهدیدی برای کشت سال بعد باشد.

گلابی از جنس pyrus، عضوی از زیرخانواده pomoideae و خانواده rosaceae است که بعد از سیب و انگور مهمترین میوه منطقه معتدله به شمار می آید. ایران با نزدیکی به مراکز تنوع گلابی و نیز دارا بودن بیش از ده گونه از جنس pyrus به عنوان یکی از مهم ترین منابع ژنتیکی گلابی در دنیا شناخته شده است. از طرف دیگر، کشور ایران با سطح کشتی معادل 17000 هکتار و با عملکرد 114706 کیلو گرم در هکتار یکی از مراکز تولید گلابی محسوب می شود. در این میان رقم معروف به سبری از گلابی های زمستانه، به سبب دارا بودن کیفیت و انبارمانی بالا، مورد توجه باغداران استان اصفهان می باشد. علی رغم این موقعیت ممتاز جغرافیایی برای گلابی در ایران، هنوز اطلاعات دقیقی از روابط بین ژنوتیپ های مختلف گلابی در ایران وجود ندارد و مشخص نیست ارقام بومی ایرانی چه نسبت ژنتیکی با ارقام تجارتی وارداتی دارند. در این تحقیق به منظور گروه بندی ژنوتیپ های گلابی و تعیین موقعیت ژنتیکی گلابی سبری در بین ارقام خارجی و ایرانی از دو تکنیک مبتنی بر ریزماهواره ssr (simple sequence repeat) و issr (inter simple sequence repeat) استفاده شد. نوزده جفت آغازگر ssr با توجه به الگوی تکثیر از میان 28 جفت آغازگر ssr سیب انتخاب گردید که در کل 120 آلل ریزماهواره تولید کردند. دندروگرام ژنوتیپ های گلابی براساس اطلاعات حاصل از نشانگر ssr با استفاده از ضریب تشابه نی (1983) و روش upgma با نرم افزار power marker نشان داد که ارقام گلابی استفاده شده در این تحقیق به چهار دسته تقسیم می شوند که رقم سبری در گروه گلابی های خوج قرار گرفت. همچنین پانزده آغازگر issr به کار رفته، 213 باند چندشکلی (سطح چندشکلی 6/81 درصد) تولید نمودند. بر اساس دندروگرام ژنوتیپ های گلابی مورد استفاده در این تحقیق با الگوهای باندی issr با استفاده از ضریب تشابه دایس و روش upgma با نرم افزار ntsys v. pc-2.02e، گلابی های مورد بررسی در سه دسته مجزا قرار گرفتند. مقایسه نتایج حاصل از نشانگرهای ssr و issr هم خوانی مناسبی نشان داد و دسته بندی کلی ارقام حفظ شده بود. چندشکلی حاصل از issr (متوسط 21/14 باند چندشکل در هر آغازگر) بالاتر از چندشکلی حاصل از ssr (متوسط 61/6 باند چندشکل در هر جفت آغازگر) می باشد، لیکن با وجود بالاتر بودن میزان چندشکلی حاصل از issr، دندروگرام issr از دقت کمتری برخوردار بود. در هر دو روش بررسی که ارقام براساس خاستگاه جغرافیایی طبقه بندی گردید، ارقام متعلق به p. communis و p. pyrifolia کاملاً از هم جدا شدند که رقم سبری در دسته ارقام p. communis قرار گرفت. چنین یافته ای نشان می دهد که به احتمال زیاد رقم سبری متعلق به گونه p. communis باشد. ارقام ایرانی تجارتی دم کج، شاه میوه و سبری همراه با خوج ها در یک دسته قرار گرفتند که به نظر می رسد از خوج ها منشأ گرفته باشند در حالی که سه رقم محمدعلی، دره گزی و سردرودی نزدیکی بیشتری به ارقام اروپایی نشان دادند و احتمالاً منشأ متفاوتی از خوج ها داشته و با ارقام اروپایی اجداد مشترکی دارند. نتایج این بررسی مشخص نمود که دو نشانگر issr و به خصوص ssr می توانند به عنوان نشانگرهای کارآمد برای انگشت نگاری ارقام گلابی مورد استفاده قرار گیرند.

سیب زمینی با نام علمی (solanum tuberosum l.)، از نظر اهمیت غذایی و اقتصادی بعد از محصولاتی چون گندم، برنج، ذرت و جو در رتبه پنجم قرار دارد. بیماری های ویروسی از مهم ترین عوامل خسارت زای سیب زمینی در جهان و ایران محسوب می شوند. ویروس های آلوده کننده سیب زمینی از جمله ویروس وای سیب زمینی، پیچیدگی برگ سیب زمینی ، اس سیب زمینی و موزاییک یونجه در مناطق مهم سیب زمینی کاری دنیا، خسارات شدید اقتصادی را وارد می کنند. استان اصفهان و چهار محال و بختیاری از مناطق عمده کشت سیب زمینی در ایران به شمار می روند و ویروس های مزبور در این مزارع شیوع گسترده ای دارند. هر چند تاکنون روش های مختلفی برای تشخیص عوامل ویروسی سیب زمینی ارائه شده است، ولی امروزه روش واکنش زنجیره ای پلی مراز (pcr) به عنوان روشی حساس، سریع و آسان کارایی بسیار بالایی در تشخیص این ویروس ها دارد. ویژگی منحصر به فرد این روش در تشخیص همزمان چند ویروس(multiplex rt-pcr) باعث کاهش هزینه ها و زمان آزمایش می گردد. با توجه به بالا بودن میزان آلودگی مزارع سیب زمینی به ویروس در ایران و نیاز کشور به تولید غده های بذری سالم و عاری از ویروس ها، طراحی و بهینه سازی multiplex rt-pcr جهت ردیابی همزمان ویروس های مهم سیب زمینی از نیازهای ضروری آزمایشگاه های تحقیقاتی و کلینیک-های تشخیص بیمار ی های گیاهی می باشد. به این منظور، در این تحقیق ردیابی همزمان pvy، pvs، plrv و amv از غده های سیب زمینی مزارع اصفهان و چهارمحال و بختیاری به روش multiplex rt-pcr مورد توجه قرار گرفت. نمونه برداری از مناطق سیب زمینی کاری استان اصفهان )چادگان، داران، دامنه، فریدن و فریدون شهر( و در استان چهارمحال و بختیاری )بروجن و فرادنبه( از بوته های سیب زمینی واجد علایم ویروسی موزاییک، پیچیدگی برگ ، راست ایستادن بوته و لکه های زرد روشن(calico) انجام گرفت. همچنین از نمونه های موجود در گلخانه دانشگاه صنعتی اصفهان نیز استفاده شد. استخراجtotal rna هر یک از نمونه ها به طور جداگانه از برگ گیاهان دارای علایم ویروسی طبق روش کانونتاپیپت و همکاران انجام شد. ساخت cdna و انجام واکنش pcr به کمک آغازگرهای هر ویروس به صورت جداگانه، ترکیب دوتایی و مخلوط هر چهار ویروس انجام شد. بهینه سازی واکنش multiplex rt-pcr با اعمال تغییرات در غلطت آغازگرها، کلرید منیزیم و دمای اتصال آغازگر ها انجام شد. ردیابی همزمان pvy، pvs، plrv و amv همراه با 18s rrna به عنوان کنترل داخلی ابتدا با استفاده از روش duplex rt-pcr به صورت دو به دو سپس با استفاده از روش multiplex rt-pcr به صورت چهارتایی با استفاده از جفت آغازگرهای (pvycpcecorii/pvycpvbamhi، plrv-fkhr/plrv-fkhf، pvs-r/pvs-f و amv-r/amv-f) و آغازگر 18s rrna-r/18s rrna-f به عنوان کنترل داخلی به طور همزمان انجام شد. نتایج نشان داد که جفت آغازگر pvycpcecorii/pvycpvbamhiباند bp801، جفت آغازگر pvs-r/pvs-f باند bp684، جفت آغازگر amv-r/amv-fباند bp415، جفت آغازگر plrv-fkhr/plrv-fkhf باندbp 336 و جفت آغازگر 18s rrna-r/18s rrna-f باند bp 255 را به عنوان کنترل داخلی تکثیر کردند. همچنین با بهینه سازی و انجام تغییرات در مقدار غلظت کلرید منیزیم، آغازگرها، زمان گسترش و دمای اتصال آغازگرها، چهار ویروس pvy، pvs، plrv و amv به همراه 18s rrna با موفقیت ردیابی شدند. به این ترتیب معلوم شد که می توان از روش بهینه سازی شده multiplex rt-pcr به عنوان روشی حساس، دقیق، سریع و قابل اعتماد در ردیابی همزمان ویروس های مهم سیب زمینی استفاده نمود

تریپس پیاز (thrips tabaci) یکی از اصلی ترین آفات مزارع پیاز، سیر و سایر سبزیجات است. کنترل اصلی این آفت به طور عمده متکی به سمپاشی های مکرر است که منجر به بروز مقاومت سریع می شود. سموم متفاوتی از گروه های مختلف شیمیایی توسط کشاورزان در برابر این آفت به کار می رود. در این پژوهش مقاومت تریپس پیاز نسبت به چهار سم مختلف در 10 منطقه پیازکاری اصفهان شامل هرند، شهر ابریشم، برکان، درچه، قهدریجان، حیدرآباد، دانشگاه، جار، زازران و زیار مورد بررسی قرار گرفت. مکانیزم های اصلی مقاومت و احتمال وجود مقاومت تقاطعی نیز ردیابی گردید. حشره کش های مورد بررسی شامل پروفنفوس و کلرپیریفوس اتیل (ارگانوفسفات ها)، ایمیداکلوپراید (نئونیکوتینوئیدها) و دلتامترین (پایرتروئیدها) بودند. از آنجا که جمعیت هرند هرگز در معرض سمپاشی قرار نگرفته بود، این جمعیت به عنوان سویه مرجع حساس در نظر گرفته شد. میزان lc50 در این سویه مرجع برابر ppm63/0 برای پروفنفوس، ppm49/13 برای کلرپیریفوس اتیل، ppm04/3 برای ایمیداکلوپراید و ppm007/0 برای دلتامترین محاسبه گردید. بر اساس این نتایج در تمامی جمعیت ها در مقایسه با جمعیت هرند، دامنه ای از مقاومت مشاهده شد. بالاترین میزان lc50 در برابر سم پروفنفوس در جمعیت زیار (49/19=lc50) مشاهده شد. مقاومت کمی در برابر کلرپیریفوس اتیل مشاهده گردید و بالاترین نسبت مقاومت (resistance ratio) در برابر این سم برابر 67/5 در جمعیت برکان بود. جمعیت قهدریجان بالاترین مقاومت را در برابر سم ایمیداکلوپرید نشان داد و نسبت مقاومت 56/12 برابری برای این جمعیت ثبت گردید. بیشترین نسبت مقاومت در بین جمعیت های مورد بررسی در برابر سم دلتامترین بود به طوری که نسبت مقاومت در جمعیت های دانشگاه برابر 55/209 بود. به منظور بررسی نقش آنزیمهای تجزیه کننده در ایجاد مقاومت، تاثیر دو سینرژیست pbo (پایپرونیل بوتوکساید) و dem (دی اتیل مالئات) به صورت پیش تیمار بر میزان مقاومت جمعیت ها بررسی شد. بیشترین تاثیر سینرژیست pbo به عنوان مهارکننده مونواکسیژنازهای p450 در کاهش مقاومت در برابر دو سم پروفنفوس و کلرپیریفوس اتیل دیده شد. بالاترین نسبت سینرژیستی (synergistic ratio) در برابر پروفنفوس و کلرپیریفوس اتیل به ترتیب در جمعیت های قهدریجان (33/13=sr) و برکان (68/12=sr) مشاهده گردید. به نظر می رسد که مونواکسیژنازهای p450 نقش مهمی در مقاومت تریپس به حشره کش های ارگانوفسفره دارد. در سمیت ایمیداکلوپرید، پیش تیمار با دو سینرژیست مذکور، نسبت سینرژیستی حدود 1 به دست آمد. بالاترین نسبت سینرژیستی pbo و dem در سمیت حشره کش ایمیداکلوپرید به ترتیب در جمعیت های قهدریجان (87/1=sr) و شهر ابریشم (10/1=sr) مشاهده شد که تفاوت معنی داری با نسبت سینرژیستی جمعیت هرند در برابر pbo و dem نداشت. این نتایج نشان می دهد که مکانیزم های آنزیمی مورد بررسی نقش موثری در ایجاد مقاومت در برابر حشره کش های نئونیکوتینوئید ندارند. نتایج به دست آمده از پیش تیمار این دو سینرژیست در برابر دلتامترین نیز نشان داد که در سموم گروه پایرتروئید نیز مکانیزم های آنزیمی نمی تواند به عنوان عامل اصلی ایجاد مقاومت در جمعیت های مورد آزمایش به حساب آید. وقوع جهش های منطقه هدف در جمعیت های t. tabaci با استفاده از روش های مولکولی ردیابی شدند. به همین منظور dna جمعیت هرند به عنوان مرجع حساس و جمعیت های قهدریجان و زازران به عنوان جمعیت های مقاوم استخراج و ناحیه iis3-iis5 مربوط به کانال سدیم توسط جفت آغازگرهای اختصاصی تکثیر گردید. بر اساس نتایج توالی یابی مشخص شد که تغییر ترئونین با ایزولوسین را درموقعیت 929 در جمعیت های قهدریجان و زازران مقاوم به دلتامترین ردیابی شد. به منظور تعیین طیف مقاومت تقاطعی، حساسیت به حشره کش های دیازینون و دی کلرووس (ارگانوفسفات ها)، پرمترین و سایپرمترین (پایرتروئید)، استامی پراید (نئونیکوتینوئیدها)، اسپینوزاد (اسپینوزین ها) و آزادیراختین (آورمکتین ها) در چهار جمعیت با بالاترین سطح مقاومت مورد بررسی قرار گرفتند. نتایج نشان داد که جمعیت های مقاوم شده به دو سم پروفنفوس و کلرپیریفوس اتیل نسبت به دو سم دیگر آزمایش شده از حشره کش های فسفره مقاومت نشان دادند. جمعیت هایی که مقاومت بالایی به دلتامترین داشتند به پرمترین و سایپرمترین هم به خوبی مقاومت نشان دادند. جمعیت قهدریجان با بالاترین میزان مقاومت در برابر ایمیداکلوپرید، نسبت به سم استامی پراید نیز بالاترین نسبت مقاومت (36/2=rr) را نشان داد. هیچ کدام از جمعیت ها در برابر دو حشره کش اسپینوزاد و آزادیراختین که تاکنون در ایران در برابر t. tabaci استفاده نشده است مقاومت قابل توجهی نشان ندادند.

متالوتیونین ها (mt) گروهی از پروتئین های غنی از آمینواسیدهای سیستئین و با وزن مولکولی کم (5 تا 10 کیلودالتون) هستندکه می توانند از طریق گروه تیول آمینواسیدهای سیستئن به فلزات متصل شوند. بیشتر مطالعات بر روی متالوتیونین ها در گیاهان به بررسی بیان این ژن ها در بافت های مختلف محدود شده است و تحقیقات اندکی تاکنون بر روی نقش و ساختار متالوتیونین ها صورت گرفته است. تحقیق حاضر با هدف حذف انتهای آمینی از ایزوفرم osmti-1b متعلق به تیپ p1 متالوتیونین برنج و تولید فرم موتاسیون یافته c-osmti-1b و بررسی نقش آن در ایجاد تحمل به تنش فلزات کادمیوم، نیکل، روی و مس، در مقایسه با فرم طبیعی آن (osmti-1b) انجام شد. به منظور تولید قطعه ژنیc-osmti-1b از ژن osmti-1b، پرایمراختصاصی طراحی، و ژن مورد نظر توسط pcr تکثیر و در ناقل بیانی pet41a همسانه سازی گردید. پس از تائید صحت همسانه سازی با استفاده از توالی یابی، دستواره تولید شده به میزبان بیانی e. coli سویه ی rosetta (de3) منتقل شد. با القاء بیان پروتئین توسط iptg، میزان قابل توجهی از پروتئین gst-c-osmti-1b تولید شد. تحمل سویه های بیان کننده ی پروتئین-های gst-osmti-1b، gst-n-osmti-1b و gst-c-osmti-1b به فلزات سنگین کادمیوم و نیکل، و فلزات ضروری روی و مس، از طریق ترسیم منحنی رشد باکتری ها در حضور نمک های cdcl2.h2o ، nicl2.6h2o، znso4.7h2o و cuso4 تعیین شد. همچنین اندازه گیری میزان کاهش فلز کادمیوم از محیط کشت با استفاده از دستگاه طیف سنجی جذب اتمی (aas) بررسی شد. با خالص سازی پروتئین نوترکیب، امکان بررسی تمایل و ظرفیت اتصال آن به فلزات کادمیوم، نیکل، روی و مس، در مقایسه با فرم gst-osmti-1b و gst-n-osmti-1b فراهم گردید. به این منظور از روش های مختلف شامل بررسی تغییر در الگوی جذب نور و همچنین واکنش با معرف اِلمن استفاده گردید. نتایج حاصل از بررسی منحنی رشد سویه ی موتاسیون یافته به فلزات نشان داد که، بیان پروتئین gst-c-osmti-1b موجب افزایش تحمل سلول های باکتری به فلزات کادمیوم، نیکل، روی و مس می شود. اندازه گیری میزان فلز کاهش یافته از محیط کشت توسط طیف سنجی جذب اتمی نشان داد سویه ی موتاسیون یافته قادر است ppm 4/63 از فلز کادمیوم را در محیط کشت جذب کند، که این میزان برای سویه بیان کننده پروتئین کامل gst-osmti-1b و gst-n-osmti-1b، به ترتیب ppm 4/93 و 2/44 بود. مقایسه مقدار فلز جذب شده در این سویه-ها نشان داد که میزان جذب فلز در سویه بیان کننده پروتئین gst-c-osmti-1b، تقریباً برابر با سویه بیان کننده پروتئین gst-osmti-1b می باشد. این امر می تواند به دلیل ایجاد ساختار فشرده تر حاصل از حذف انتهای آمینی باشد. برای بررسی واکنش المن با پروتئین هایی که به صورت مستقیم در معرض فلز قرار گرفته بودند، ابتدا فرم عاری از فلز (آپو پروتئین) آنها با استفاده از روش اسیدی کردن تولید، و سپس در معرض غلظت اشباع از یون های کادمیوم، نیکل و روی قرار گرفتند. نتایج نشان داد که سرعت اولیه واکنش معرف المن با پروتئین در فرم بدون فلز بیشتر از پروتئین های حاوی کادمیوم، نیکل و روی بود، که این موضوع بیانگر جذب این فلزات توسط پروتئین می باشد. همچنین بررسی تغییر در الگوی جذب نور پروتئین موتاسیون یافته نتایج جذب کادمیوم، نیکل، روی و مس را توسط این پروتئین تائید کرد. به طور کلی نتایج بدست آمده، فعالیت پروتئین موتاسیون یافته را در جذب فلز حتی بدون انتهایی آمینی تأیید می کند؛ که این موضوع بیانگر قابلیت اتصال انتهای کربوکسی غنی از سیستئین osmti-1b، به طور مستقل از انتهای آمینی به فلز می باشد.

ریزوبیوم ها از جمله مهم ترین باکتری های خاک زی اند که با ایجاد یک رابطه همزیستی کاملاً اختصاصی با گیاهان خانواده لگومینوز، به تثبیت نیتروژن مولکولی می پردازند. برقراری رابطه همزیستی ریزوبیوم- لگوم مستلزم تبادل یکسری از سیگنال های بیوشیمیایی از دو طرف رابطه همزیستی می باشد که به شناسایی آنها توسط یکدیگر منجر می شود. از آنجایی که خصوصیات ژنتیکی ریزوبیوم های همزیست و میزان سازگاری آن ها با گیاهان لگوم میزبان مهم ترین عامل تعیین کننده رقابت نژادهای مختلف برای گره زایی می باشد، اطلاع از تنوع میان جمعیت نژادهای موجود در خاک های مختلف، میزان فراوانی نژادها و شناسایی نژادهای سازگار با گونه-های مختلف میزبان، اهمیت بالایی دارد. اسپرس به دلیل ویژگی های مطلوب نظیر ارزش غذایی بالا، عدم ایجاد نفخ در دام، حفظ حاصلخیزی خاک، مقاومت به خشکی، شوری، سرما و آفاتی نظیر سرخرطومی در مناطقی که امکان کشت یونجه و شبدر وجود ندارد، کشت می شود. مطالعات اندک انجام گرفته نشان داد که ریزوبیوم های همزیست با اسپرس از ناهمگونی بالایی برخوردارند. علاوه بر این، تاکنون نیز تحقیقات چندانی در مورد رابطه بین سویه های ریزوبیومی همزیست اسپرس با گونه میزبان و منطقه جغرافیایی صورت نگرفته است. با توجه به این که منطقه غرب استان اصفهان (فریدن و فریدون شهر) و مناطق مجاور آن در استان لرستان (ازنا و الیگودرز) از جمله مناطق مهم کشت اسپرس محسوب می شوند، به این لحاظ ضروری است گونه های ریزوبیومی همزیست با اسپرس در این نواحی مشخص شوند و رابطه این ریزوبیوم ها با گونه های مختلف اسپرس تعیین گردد. بدین منظور، در این پژوهش طبقه بندی جدایه های همزیست با گونه های متفاوت اسپرس (شش گونه و از یکی از گونه ها پنج توده) بر اساس روش های مورفولوژیکی و pcr-rflp ناحیه ژنی 16s-rdna صورت گرفت که بر این اساس جدایه های همزیست با اسپرس در چهار گروه اصلی قرار گرفتند. سپس جهت افزایش دقت در گروه بندی و تعیین تنوع ژنتیکی، نماینده هایی از گروه های حاصله، انتخاب و با کمک انگشت نگاری rep-pcr با آغازگر box-a?r و سپس eric بررسی شدند و نتایج آن گروه بندی روش های قبلی را تأیید نمود. نتایج توالی یابی ناحیه ژنی 16s-rdnaجدایه های منتخب نشان داد که اکثر جدایه های همزیست با گونه های اسپرس مورد بررسی در هر دو خاک اصفهان و لرستان، از دو گونه rhizobium gallicum و sinorhizobium meliloti هستند که این دو گونه ریزوبیومی در بین گونه های اسپرس کشت شده در هر دو خاک اصفهان و لرستان وجود داشتند و غالبیت گونه r. gallicum مشهود بود. حضور s. meliloti در همزیستی با اسپرس تاکنون گزارش نشده است. در این پژوهش جدایه هایی از agrobacterium tumefaciens نیز در گره های اسپرس مشاهده شد. ردیابی ژن های موثر در همزیستی (nifh و nodc)، نشان دهنده حضور ژن گره سازی nodc در تمامی این جدایه ها بود ولی ژن تثبیت نیتروژن nifh در جدایه های a. tumefaciens مشاهده نشد. توانایی گره سازی مجدد و رقابت بین دو جدایه از گونه های r. gallicum و s. meliloti مورد بررسی قرار گرفت که توانایی گره سازی مجدد در هر دو جدایه مورد تأیید قرار گرفت و برتری جدایه r. gallicum در همزیستی با گیاه اسپرس مشاهده شد. بررسی توان تولید ملانین جدایه های ریزوبیومی در بین تمامی 236 جدایه ریزوبیومی جداسازی شده از گونه های متفاوت، بیانگر این بود که هیچ یک از جدایه های ریزوبیومی مورد مطالعه، قادر به تولید ملانین نیستند. شناسایی r. gallicum به عنوان گونه همزیست با گیاه اسپرس با توجه به تحقیقات انجام شده، کاملاً مورد انتظار بود و برتری آن در رقابت مستقیم با s. meliloti می تواند به دلیل اختصاصی تر بودن این همزیستی باشد. به نظر می رسد اثر مهارکنندگی a. tumefaciens بر جدایه های گونه r. gallicum که نسبت به s. meliloti خیلی بیشتر است، باعث کاهش درصد غالبیت r. gallicum در همزیستی با اسپرس در شرایط طبیعی شده است.

لوبیا به دلیل داشتن مقادیر بالای پروتیئن و انرژی، بعد از غلات و سیب زمینی از مهمترین محصولات کشاورزی به حساب می آید. بیماری های باکتریایی نظیر سوختگی معمولی لوبیاxanthomonas axonopodis pv. phaseoli))،سوختگی هاله دار لوبیا (pseudomonas savastonoi pv. phaseolicola) و پژمردگی باکتریایی لوبیا (curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccufmaciens) از عوامل محدود کننده تولید این محصول در بسیاری از مناطق کشت لوبیا در دنیا می باشند. در سالهای اخیر، بیماریهای لکه برگی و پژمردگی در مزارع لوبیای استان های لرستان و مرکزی، خسارات زیادی را به این محصول وارد کرده است که به ظن باکتریایی بودن، تشخیص عوامل ایجاد کننده این بیماری ها ضروری بود. جهت تعیین عوامل بیمارگر باکتریایی احتمالی در این مزارع، از گیاهان لوبیای واجد علایم لکه برگی و پژمردگی درمزارع مختلف استانهای مزبور نمونه برداری شد. از کشت نمونه های مزبور در محیط های کشت عمومی و اختصاصی57 جدایه باکتریایی به دست آمد. جدایه های مزبور با توجه به خصوصیات مورفولوژیکی، سرولوژیکی و مولکولی در سه گروه قرار متفاوت گرفتند. جدایه های باکتریایی گروه i گرم منفی بوده وکلنی های زرد شفاف مایل به لیمویی داشتند که بر اساس خصوصیات بیماری زایی، فیزیولوژیکی و بیوشیمیایی xanthomonas axonopodis pv. phaseoli(xap)تشخیص داده شدند. این جدایه ها با جفت آغازگر اختصاصی x4c-f/x4e-rدر واکنش pcrیک باندbp730 مربوط به xap را تکثیر نمودند. به دلیل ناتوانی در تولید رنگدانه ملانین در محیط کشت و نیز عدم تکثیر باند bp450 با جفت آغازگر اختصاصی xf1/xf2، هیچ کدام از این جدایه ها xanthomonas fuscans subsp. fuscans، تشخیص داده نشدند. جدایه های باکتریایی گروه ii گرم مثبت بوده و روی محیط آگار غذایی (na) کلنی های زرد مایل به کرم و یا صورتی داشتند. با انجام آزمون- های بیماری زایی و بیوشیمیایی جدایه های گروهii، تعلق این جدایه ها به باکتری(cff) curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccufmaciens عامل پژمردگی باکتریایی لوبیا معلوم گردید. همچنین، این جدایه ها در واکنش pcr با جفت آغازگر اختصاصیcff-for2/cff-rev4، یک باند bp306 تکثیر نمودند. توالی یابی نوکلئوتیدی این باند و همردیف سازی آن با توالی های موجود در بانک ژن، شباهت 97 درصدی توالی این جدایه ها با جدایه های cff موجود بانک ژن را مشخص کرد.جدایه های cff به دست آمده در این بررسی روی محیط nbyکلنی های زرد و صورتی کاروتنوئیدی داشتند. جدایه های باکتریایی موجود در گروه iii به واسطه گرم منفی بودن و تولید ماده فلئورسنت در محیط king’s b از بقیه مجزا شدند. پس از انجام آزمون های مختلف، بیشترین شباهت بیوشیمیایی برای یکی از جدایه ها با باکتری p.viridiflava به دست آمد و سایر جدایه ها نیز که توانایی بیماری زایی در غلاف و بوته لوبیا را نداشتند از دور آزمایشات حذف شدند. پس از تکثیر قسمتی از ناحیه 16s rdnaاین جدایه با جفت آغازگر ps-for/ps-rev و توالی یابی قطعه آن معلوم شد که این جدایه ها به لحاظ ترادف نوکلئوتیدی نیز با جدایه p.viridiflava مشابهت کامل دارد. پس از تایید وجود دو باکتری xapوcff به عنوان عوامل اصلی لکه برگی و پژمردگی در مزارع لوبیای استان های لرستان و مرکزی، به منظور به دست آوردن یک روش سریع، حساس و کم هزینه برای ردیابی همزمان دو باکتری در بذرهای آلوده، از روش multiplex pcr، با به کارگیری جفت آغازگرهای اختصاصی باکتری های xap(xf1/xf2) و cff-for2/cff-rev4) cff)، استفاده شد که به ترتیب منجر به تکثیر باندهای bp306 و bp730 گردید. به این ترتیب معلوم شد که multiplex pcr می تواند یک روش کارآمد، سریع و کم هزینه برای ردیابی همزمان باکتری های cffو xap در بذر لوبیای آلوده باشد.

گیاهان تراریخته یکی از دستاوردهای مهم بیوتکنولوژی نوین در زمینه کشاورزی هستندکه در سال های اخیر بخشی از بازارهای غذایی دنیا را تسخیر نموده اند و به طور مداوم بر سطح زیر کشت این گیاهان و همچنین تعداد کشاورزانی که به کشت این محصولات می پردازند، افزوده می شود. با این وجود، هنوز استفاده از این نوع محصولات کشاورزی فراگیر نشده و عرضه محصولات تراریخته در برخی کشورها ممنوع می باشد. بنابراین، به دلیل جهانی شدن تجارت محصولات تراریخته، مقررات این نوع کشورها ایجاب می کند که محصولات وارداتی از نظر تراریختگی ژنتیکی بازرسی شوند. چنین بررسی هایی نیازمند به کارگیری روش های مناسب جهت تعیین حضور ژن های تراریخته در تولیدات کشاورزی می باشد. طبق قانون بین المللی ایمنی زیستی، واردات گیاهان تراریخته بدون مجوز کمیته ایمنی زیستی به داخل کشور ممنوع است، ولی چون بعضی از محصولات وارداتی به کشور از مبادی گمرکی وارد نشده وکنترل نمی شوند؛ لذا باید تراریخته بودن یا نبودن آنها، بخصوص فرآورده های موجود در بازار مصرف را مورد ارزیابی قرار داد. در این پژوهش تلاش شد تا محصولات تراریخته احتمالی موجود در بازار ایران، بر اساس روش های مرسوم مبتنی بر واکنش زنجیره ای پلیمراز(pcr) بررسی شوند. در مطالعه حاضر، نمونه هایی از محصولات کشاورزی شامل گوجه فرنگی، برنج، سویا، ذرت، کلزا و پنبه از منابع مختلف مانند فروشگاه ها، گلخانه ها، کارخانجات خوراک دام و طیور و دامپروری های بزرگ در سطح استان اصفهان جمع آوری شد تا به ظن تراریخته بودن، حضور ژن های ادغام شده خارجی در آنها ارزیابی شود. ابتدا با استفاده از آغازگرهای عمومیp35s f/r وnos-1/nos-3 که به ترتیب برای شناسایی پروموتور camv35sو خاتمه دهنده nos مورد استفاده قرار می گیرند، ماهیت تراریختگی این محصولات بررسی شد. در این پژوهش، نمونه های گوجه فرنگی، سویا، کلزا، پنبه و ذرت قطعات نوکلئوتیدی bp195، مربوط به قسمتی از توالی پروموتور p35s و bp 180مربوط به قسمتی از خاتمه دهنده nos را تکثیر نمودند. همولوژی %100توالی نوکلئوتیدی این قطعات در مقایسه با نمونه های موجود در بانک ژنی تأیید نمودکه محصولات مورد بررسی به لحاظ ژنتیکی دست ورزی شده اند. در این آزمایشات هیچکدام از نمونه های برنج وارداتی قطعات مورد نظر را تکثیر ننمودند. برای شناسایی نوع ژن اضافه شده به این محصولات ترا ریخته، از آغازگرهای اختصاصی استفاده گردید. به منظور شناسایی گیاهان گوجه فرنگی تراریخته، جفت آغازگرpg f/r ، اختصاصی برای تکثیر آنتی سنس ژن پلی گالاکتوروناز، به کار رفت. تمام نمونه هایی که باند مربوط به پروموتورp35s یا خاتمه دهنده nosیا هر دو را داشتند، باندbp 384 مربوط به قسمتی از آنتی سنس ژن pg را تکثیر نمودند که پس از توالی یابی و همردیف سازی، شباهت %100 این قطعه با بخشی از توالی ثبت شده ژن مزبور در بانک ژن محرز شد. با تکثیر یک باند 498 نوکلئوتیدی در نمونه های پنبه، کلزا و سویا ، طی استفاده از جفت آغازگر cp4-epsps f/r ، وجود ژن 5- انول پیروویل شیکیمات-3- فسفات سنتاز در آنها مورد تأیید قرار گرفت. توالی نوکلئوتیدی این قطعه با توالی قسمتی از ژن مزبور همولوگی 99% داشت. در شناسایی گیاهان ذرت تراریخته، از جفت آغازگرcry1a(b)f/r که برای تکثیر قسمتی از ژن اندوتوکسین cry طراحی شده است، استفاده گردید و تمام نمونه های ذرت مورد بررسی، باندbp322 مورد نظر را تولید نمودند. توالی نوکلئوتیدی این قطعه ژنی نیز، با بخشی از ژن اندوتوکسین cry شباهت %100 داشت. نتایج حاصل، تراریخته بودن نمونه های سویا، کلزا، پنبه و ذرت مورد بررسی را تایید نمود. در پژوهش حاضر، نمونه های برنج جمع آوری شده با هیچکدام از جفت آغاز گرهای مورد استفاده باندی تولید نکردند و به این ترتیب تراریخته بودن نمونه های برنج وارداتی تأیید نشد. نتایج این تحقیق نشان داد که محصولات تراریخته در بازار ایران وجود دارند، بدون آنکه مصرف کنندگان از ماهیت تغییر یافته آنها اطلاع داشته باشند.

بدلیل شباهت علایم ظاهری بیماری های میوه سبز و استابورن مرکبات و عدم تشخیص نوع آلودگی درختان مبتلا به این بیماری ها به روش مشاهده ای، در این تحقیق سعی گردید میزان وقوع احتمالی هر کدام از عوامل بیمارگر مذکور و نیز عوامل فایتوپلاسمایی، در درختان پرتقال کرمان تعیین شود. برای ردیابی عامل بیماری میوه سبز مرکبات از جفت آغازگر oi1/oi2c در واکنش pcr استفاده گردید. همردیف سازی توالی نوکلئوتیدی یکی از این جدایه ها با توالی های بانک ژن، موید شباهت 99 درصدی این جدایه با جدایه-های ca. liberibacter asiaticus بود. بمنظور ردیابی عامل بیماری ریزبرگی در نمونه های پرتقال، از جفت آغازگرهای spiralinf/r ، p58 6f/4r و p89f/r در واکنش pcr استفاده گردید. مشخص گردید که توالی های مزبور شباهتی به عوامل اسپیروپلاسمایی ندارند و بدین ترتیب هیچ عامل اسپیروپلاسمایی در درختان پرتقال مورد بررسی ردیابی نشد. بمنظور ردیابی عوامل فایتوپلاسمایی احتمالی در نمونه های پرتقال، از جفت آغازگرهای عمومی p1/p7، p1a/p7a و r16f2n/r16r2 استفاده گردید. مقایسه توالی نوکلئوتیدی تعدادی از جدایه ها منجر به شناسایی stolbur group و clover proliferation group بعنوان فایتوپلاسماهای همراه با درختان پرتقال شد.

لکه سیاه سیب [venturia inaequalis (cke.) wint.]، یکی از مهم ترین بیماری های سیب است. جهت کنترل این بیماری، توسعه ارقام مقاوم سیب ضرورت دارد. علی رغم وجود ژنوتیپ های اهلی و وحشی متنوع سیب در ایران، احتمال حضور ژن های مقاومت بررسی نشده است. از طرف دیگر، به کارگیری ارقام مقاوم، مستلزم مطالعه ساختار ژنتیکی جمعیت های بیمارگر است. در این پژوهش، نمونه های برگ و میوه مبتلا به لکه سیاه سیب از مناطق عمده تحت کشت سیب کشور جمع آوری شدند. تشخیص مولکولی جدایه های قارچی، با استفاده از جفت آغازگرهای its5/ its4 انجام شد و سپس از 12 جفت آغازگر ریزماهواره برای ارزیابی ساختار ژنتیکی بین و درون جمعیت های قارچی استفاده شد. بر اساس نتایج حاصل، مقادیر بالای متوسط تعداد آلل ها در هر مکان ژنی، میانگین تنوع ژنی و شاخص pic نشان دهنده چندشکلی بالا و کارایی مناسب آغازگر ssr بود. جمعیت های قارچی بر اساس گسترش در مناطق جغرافیایی مختلف به چهار گروه طبقه بندی شدند و پراکنش نسبتا یکنواختی از جمعیت های قارچ مشاهده گردید. تنوع ژنتیکی داخل هر یک از جمعیت ها، به مراتب زیادتر و جدایه ها با درصد تنوع بالا در 19 گروه قرار گرفتند. مقدار شاخص f_st جمعیت ها نیز بیانگر تمایز زیاد در زیرجمعیت های قارچی بود. توجه به نتایج حاصل، می توان گفت که احتمالا موطن قارچ در ایران کمربند شمالی کشور است. جهت بررسی امکان حضور ژن های مقاومت به قارچ v. inaequalis در 28 رقم اهلی و ژنوتیپ وحشی سیب، از آغازگرهای اختصاصی و scar در واکنش pcr استفاده گردید. نتایج حاصل، حضور ژن های مقاومت به لکه سیاه شامل rvi2، rvi6، rvi8 و rvi11 را در تعدادی از ژنوتیپ های مورد بررسی تایید نمود. ژنوتیپ های وحشی، تعداد ژن مقاومت بیشتری را به همراه داشتند. تعدادی از ارقام به عنوان ارقام متحمل و تعدادی به عنوان ارقام حساس ارزیابی شدند.

فایتوپلاسماها به عنوان عوامل مهم کاهش کمی و کیفی سیب زمینی، می توانند خسارت های قابل توجهی به این محصول وارد سازند.. ب. با وجودیکه عوامل فایتوپلاسمایی ایجاد کننده سرارغوانی سیب زمینی و جاروی جادوگر سیب زمینی هر کدام به تنهایی می توانند خسارت زیادی به میزبان خود وارد کنند، اما همراهی چند فایتوپلاسمای مختلف در تشدید علایم و خسارت بیماری نیز محتمل است.با توجه به نتایج توالی یابی، حضور دو فایتوپلاسمای ca. p. solani و ca. p. trifolii و عدم حضور ca. p. asteris در نمونه های مورد بررسی ثابت شد. برای ردیابی آلودگی همزمان عوامل فایتوپلاسمایی در بین نمونه ها، آغازگرهای اختصاصی برای سه گونه مزبور فایتوپلاسمایی براساس نواحی ژنی 16-23s rrna و secy طراحی شد. برای ردیابی توام سه گونه فایتوپلاسمایی مزبور، از ترکیب جفت آغازگری com-f/m2solr/trf-r3/ast-r2 در واکنش multiplex-pcr استفاده گردید.

چکیده ندارد.

استفاده بهینه از هر محصولی نیازمند درک منطقی از وضعیت تنوع ژنتیکی آن محصول در طبیعت است. چنین اطلاعاتی منجر به توجه بیشتر کشاورزان، اصلاح کنندگان و دیگر دست اندرکاران حفظ منابع گیاهی به مسئله تنوع زیستی شده و از فرسایش ژنتیکی گیاهان جلوگیری می نماید. ایران دارای غنی ترین ذخایر ژنیتکی پسته در جهان می باشد و به این سبب تنوع و تعداد ارقام پسته ایران در جهان بی نظیر است. اولین گام در زمینه اصلاح پسته دست یابی به منابع ژنتیکی آن و بررسی تنوع ژنتیکی موجود می باشد ولی تاکنون اطلاعات موجود در پسته از طریق بررسی های مورفولوژیکی که متاثر از محیط هستند، و ایزوزایمی که نمی تواند نماینده کامل ژنوم باشد بدست آمده است . لذا به نظر می رسد استفاده از نشانگرهای ‏‎dna‎‏ که چند شکلی را در سطح ‏‎dna‎‏ آشکار می کنند می تواند به عنوان روشهای مکمل داده های موفولوژیکی روابط ژنتیکی ارقام پسته ایران را به طور کاراتر تعیین کند. به همین دلیل تنوع ژنتیکی برخی از ارقام بادامی پسته که اهمیت تجاری دارند با استفاده از نشانگر ‏‎rapd‎‏ مورد مقایسه قرار گرفته اند. به طور کلی می توان نتیجه گرفت که استفاده از نشانگر مولکولی ‏‎rapd‎‏ برای تشریح و حفاظت ژرم پلاسم پسته ارزشمند است.

برای مشخص نمودن ایزوله های مقاوم به خشکی ریزوبیومهای همزیست عدس 12 نمونه خاک زراعی و غیر زراعی از استانهای گلستان ، چهار محال بختیاری و اصفهان جمع آوری شد. بطور خلاصه اهداف این تحقیق عبارتند از :1) نمونه برداری از جمعیتهای ریزوبیومی همزیست با عدس از خاکهای استانهای گلستان و اصفهان و چهار محال و بختیاری که کاشت عدس در آنها رایج است. 2) انتخاب ریزوبیومهای موثر که همزیستی مناسبی با توده های بومی عدس در این مناطق دارند . 3) تعیین مناسبترین سوشهای ریزوبیومی عدس از نظر تحمل به شوری و خشکی در آزمایشگاه و گخانه .

انگور یکی از مهمترین میوه هایی است که بصورت تازه، آب میوه و یا کشمش درایران مصرف می شود و به دلیل ارزش غذایی و تجارتی آن در مناطق مختلف کشور کشت می گردد. کشت طولانی مدت انگور در نواحی متفاوت باعث شده است که تنوع ژنتیکی زیادی در بین ژنوتیپ های محلی این محصول بوجود آید. با این وجود اطلاعات کافی در مورد این تغییرات ژنتیکی در بین منابع ژرم پلاسم انگور وجود ندارد.لذا در این تحقیق روشهای ملکولی ‏‎ssr,rapd‎‏ برای ارزیابی تنوع ژنتیکی 18 رقم انگور ایران مورد استفاده قرار گرفته است.