تعیین توالی و آنالیز فیلوژنتیک کپسید سروتیپ 1 ویروس نفریت عفونی پرندگان ایران

ویروس نفریت عفونی سبب ایجاد بیماری تحت بالینی با واگیری بالا در جوجه های جوان می شود که به کلیه ها آسیب می رساند. مطالعه حاضر، در جهت تعیین توالی و آنالیز فیلوژنتیکی ژنوم کپسید سروتیپ یک ویروس نفریت عفونی می باشد. نمونه گیری مربوط به دو گله جوجه گوشتی بود. جوجه های مورد مطالعه دارای علائم اسهال، کاهش رشد، عدم یکنواختی در سطح گله، بی حالی و افسردگی بودند. برخی از نمونه ها از جوجه هایی اخذ گردید که هیچ گونه علائم بالینی خاصی را نشان نمی دادند. نمونه گیری از مدفوع صورت گرفت و پس از هموژن با استفاده از rnx، rna استخراج گردید. سپس با استفاده ازپرایمر های اختصاصی ازrna استخراجی،cdna تهیه گردید و pcr انجام شد و الکتروفورز به عمل آمد. جهت انجام تعیین توالی، محصول pcr ارسال گردید. کروماتوگرام خام توالی ها جهت ویرایش و تعیین توالی پروتئینی با استفاده از نرم افزارclc main workbench 5 دریافت گردید. علی رغم تلاش زیاد نتوانستیم کل ژنوم کپسید anv1 را توالی یابی کنیم. این شکست نشان دهنده تنوع بالا در ژنوم کپسید این ویروس همانند سایر آستروویروس ها می باشد. صحت این مطلب در پژوهش ما با شناسایی سه گروه مختلف anv2 در گله شماره یک و یک گروه مطعلق به anv2 در گله شماره دو به اثبات رسید.مطالعه حاضر اولین گزارش anv2 در خاورمیانه است. برای اثبات این استنتاج نسبتا منطقی توالی یابی محصولات pcr انجام شد. قدم بعدی جداسازی ویروس و تکثیر و تعیین توالی آن با استفاده از پرایمر های رندوم و تطبیق توالی های در کنار یکدیگر است.