نام پژوهشگر: محمد رضا باسامی

بررسی اثر برخی اسانس های گیاهی و باکتریهای مولد اسید لاکتیک بر باکتریهای پاتوژن مواد غذایی و بیان ژن نایسین a در lactococcus lactis درسیستم کشت توأم
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه اصفهان - دانشکده علوم 1388
  فاطمه عروجعلیان   روحاکسری کرمانشاهی

رواج استفاده از آنت یبیوتیک ها در تولیدات دامی، باعث گسترش باکتر یهای مقاوم به آنت یبیوتیک در این محصولات شده و استفاده از این محصولات موجب ورود این مواد به زنجیره غذایی انسان گردیده است. بنابراین هنوز نیاز به روشهای جدید توأم با روشهای موجود برای کاهش و یا حذف میکروبهای بیماریزا با منشا غذایی شدیدا احساس میشود.به این منظور استفاده از پروبیوتیک، پر هبیوتیک، اسید های آلی و فرآورده های گیاهی و به ویژه اسانسهای گیاهی مورد توجه قرار گرفته اند. ، l. monocytogenes ، b. cereus ، s. aureus در این تحقیق به منظور کنترل باکتریهای پاتوژن مواد غذایی مانند سه آزمایش جداگانه طراحی و اجرا گردید. در بخش اول تأثیر اسانس زنیان، زیره s. enteritidis و e. coli o157h7 سیاه، زیره سبز و بومادران به عنوان ترکیبات طبیعی علیه باکتریهای مورد نظر آزمایش شد. اسانس های بدست آمده با آنالیز و اجزاء آنها (gc/ms) و گاز کروماتوگراف متصل به طیف نگار جرمی (gc) استفاده از دستگاه گاز کروماتوگرف تعیین گردید. سپس با استفاده از تکنیک میکرودایلوشن (ریز رقت) و با استفاده از دستگاه خواننده الایزا خاصیت ضد بررسی و همچنین (mbc) و حداقل غلظت کشندگی (mic) باکتریایی اسان سها با تعیین حداقل غلظت بازدارندگی modified checkboard اسانس زیره سیاه و زیره سبز با استفاده از روش (ficindex) شاخص بازدارندگی افتراقی l.plantarum, l.lactis(nis+) تعیین شد. در بخش دوم از باکتریهای مولد اسید لاکتیک شامل به عنوان عوامل بیولوژیک در کنترل پاتوژ نهای مذکور استفاده شد و تأثیردما و اثرات l. casei و l.acidophilus, مورد آزمایش قرار l.plantarum atcc استفاده از آنزیمهای پروتئاز بر خواص ضد باکتریایی سوپرناتانت 8014 l.plantarum, ) گرفت. در بخش سوم تأثیرکشت توأم لاکتوکوکوس لاکتیس با باکتریهای مولد اسید لاکتیک بر تولید نایسین با رو شهای l. monocytogenes و b. cereus و باکتریهای پاتوژن شامل (l.lactis(nis-) میکروبیولوژیکی بررسی شد. همچنین بیان ژن نایسین در کشت توأم بصورت کمی و با استفاده از تکنیک مورد بررسی قرار گرفت. نتایج آزمایشات بخش اول نشان داد که از نظر اجزای اسانس بین گونه های real-time pcr مورد بررسی اختلاف قابل توجهی وجود داشته و بالطبع اثرات ضد باکتریایی آنها نیز متفاوت است. اسانس زنیان بطور موثرتری رشد تمام باکتریهای مورد آزمایش را کنترل نمود در حالیکه بقیه اسانس ها به میزان کمتری موثر بودند. محاسبه اسانس زیره سیاه و زیره سبز وجود فعالیت سینرژیستی علیه باکتریهای گرم مثبت و فعالیت افزایشی علیه (ficindex) باکتریهای گرم منفی را اثبات نمود. نتایج آزمایشات بخش دوم حاکی از وجود اثرات ضد میکروبی سوپرناتانت حاصل از سوپرناتانت در لاکتوباسیلوس اسیدوفیلوس و لاکتوباسیلوس کازئی منجر به خنثی ph باکتریهای اسید لاکتیک بود. اصلاح نمودن این اثرات بازدارندگی شد. این اثر در لاکتوکوکوس لاکتیس تولید کننده نایسین و لاکتوباسیلوس پلانتاروم حفظ شد. 37 این اثرات ℃25 و 30 حفظ شد در حالیکه در دمای ℃37 اثرات ضد باکتریایی لاکتوباسیلوس پلانتاروم در دمای بازدارندگی مشاهده نگردید. کاربرد آنزیمهای پروتئاز نشان دادند که این اثرات ضد باکتریایی به دلیل تولید یک ماده پروتئینی( احتمالا باکتریوسین) است. نتایج بخش سوم حاکی از افزایش قطر هاله عدم رشد و نیز کاهش کدورت ناشی از رشد در باکتری های پاتوژن لیستریا مونوسایتوجنز و باسیلوس سرئوس در مواجهه با سوپرناتانت استریل شده حاصل از با باکتریهای اندیکاتور که در بالا اشاره شد به ترتیب با متد چاهک پلیت و میکروتیترپلیت l.lactis(nis+) کشت توأم بوده است. نتایج مطالعات بیان ژنnisa در سیستم های کشت منفرد و توام که برای اولین بار انجام شد حاکی از افزایش معنی دار سطوح بیان ژن نایسین لاکتوکوکوس لاکتیس (nis+)در هنگام کشت توام با باکتری های باکتریهای مولد اسید لاکتیک (l.plantarum, l.lactis(nis-))و باکتریهای پاتوژن شامل b. cereusو l.monocytogenesبود.

اثرات فیزیولوژیکی سطوح مختلف ویتامین های c و3 d برعملکرد، رشد و ایمنی در جوجه های گوشتی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده کشاورزی 1389
  سعیده اسدزاده هروی   جواد آرشامی

اثرات مکمل های ویتامینی (0, 200, 400 mg/kg ) c و 3d (200, 1800, 3400 iu/kg ) بر عملکرد، سرعت رشد و ایمنی در جوجه های گوشتی مورد مطالعه قرار گرفت. در مزرعه تحقیقاتی پرورش طیور دانشگاه فردوسی مشهد، تعداد 288 قطعه جوجه گوشتی نر نژاد راس به مدت 6 هفته با طرح فاکتوریل 3×3 مورد آزمایش قرار گرفتند. جوجه ها از روز اول تغذیه به 36 گروه 8 تایی تقسیم شدند. گزارشات هفته ای عملکرد جوجه ها حاکی از آن است که میزان اضافه وزن فقط در دو هفته اول بطور معنی داری توسط مکمل ویتامین c در سطح 200 mg/kg افزایش یافته است ولی در سایر هفته ها این افزایش معنی دار نمی باشد. همچنین سطوح دوم و سوم مکمل ویتامین3d به مقدار 1800 , 3400 iu/kg بطور معنی داری موجب اضافه وزن جوجه ها در مقایسه با سطح 200 iu/kg گردیدند به طوری که سطح سوم بیشترین افزایش را در طی هفته های مختلف نشان میدهد (p<0.05). نتایج به دست آمده نشان می دهند که میزان مصرف خوراک تحت تاثیر ویتامین c در طی 2 هفته اول افزایش معنی داری در سطح mg/kg 200 در مقایسه با سطح mg/kg 400 دارند، در حالی که در هفته آخر آزمایش بیشترین میزان مربوط به سطح شاهد می باشد (p<0.05). همچنین اثرات سطوح مختلف ویتامین d3 به طور معنی داری (3400>1800>200 iu/kg) باعث افزایش میزان مصرف خوراک در مقایسه با کمترین سطح در طی هفته های مختلف گردید (p<0.05). میزان ضریب تبدیل غذایی توسط سطوح مختلف مکمل ویتامین c تفاوت معنی داری در طی هفته های مختلف نشان ندادند. در حالی که ضریب تبدیل غذایی توسط سطوح مختلف ویتامین d3 کاهش معنی داری (3400>1800>200 iu/kg) پیدا نمود به طوری که سطح بالای این ویتامین کمترین میزان را نشان می دهد (p<0.05). بیشترین افزایش وزن کشتار، لاشه، ران، سینه و درشت نی مربوط به مکمل ویتامین c در سطح mg/kg 200 می باشد. همچنین بیشترین افزایش معنی دار برای اعضای مذکور و سنگدان توسط سطوح 3400>1800 iu/kg در مقایسه با سطح 200 iu/kg از ویتامین d مشاهده گردید (p<0.05). میزان فسفر توسط بالاترین سطح ویتامین 400 mg/kg) c) و ویتامین30d (3400 iu/kg) به طور معنی داری در استخوان افزایش یافت (p<0.05). در حالی که میزان کلسیم چنین تغییری را نشان نداد. همچنین میزان چربی ران در جوجه های دریافت کننده ی ویتامین c با افزایش آن کاهش یافت، در حالی که میزان پروتیین آن افزایش نشان داد. مکمل ویتامین3d سبب کاهش میزان چربی و پروتیین ران جوجه ها همراه با افزایش سطح را نشان می دهد. ویتامین3d سبب افزایش تیتر آنتی بادی برای برونشیت در دو سطح 3400>1800 iu/kg به طور معنی داری در مقایسه با سطح اول گردید (p<0.05). به طور کلی می توان از این مطالعه چنین نتیجه گیری نمود که سطح 200 mg/kg ویتامین c و دو سطح 3400 , 1800 iu/kg ویتامین3d می تواند عملکرد، رشد و ایمنی را در جوجه های گوشتی به طور چشمگیری ارتقا دهند.

شناسایی و تعیین هویت فلور لاکتیکی پنیرهای حاصل از شیرخام با استفاده از روشهای مبتنی بر محیط کشت و روشهای مولکولی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده کشاورزی 1390
  محمد رضا عدالتیان دوم   سید علی مرتضوی

فلور لاکتیکی دو پنیر سنتی ایرانی (لیقوان و کوزه) حاصل از شیر خام و فاقد استارتر ، بوسیله دو روش مبتنی بر کشت و مستقل از کشت مورد بررسی قرار گرفت. سه بهر از پنیر لیقوان و یک بهر از پنیر کوزه جهت ارزیابی ساختار و دینامیک میکروبی در مراحل مختلف تولید و رسیدگی ، در معرض آنالیز مستقل از کشت pcr- dgge و توالی یابی باند های غالب قرار گرفتند. علاوه بر آن، کشت در محیط های انتخابی (m17, mrs و kaa ) برای باکتریهای اسید لاکتیک ، جداسازی کلونی های تک ( به تعداد n=130 ) ، انجام آزمون api ، شناسایی مولکولی بوسیله pcr- ardra و توالی یابی و تمایز دهندگی در سطح سویه (نژاد) بوسیله rep- pcr نیز صورت گرفت. آنالیز dgge نشان داد که آمپلیکونهای غالب در تمام چهار بهر پنیر- ها ، متعلق به گونه های lactococcus lactis و streptococcus parauberis بود. علاوه بر آن، دو باکتری escherichia coli و lac. garvieae در هر دو پنیر لیقوان و کوزه بطور مکرر شناسایی شدند، در حالیکه باکتری گونه streptococcus thermophilus در برخی نمونه ها مشاهده شد. enterococcus faecium و ent.faecalis در میان ایزوله های تمام بهر های پنیر، به عنوان باکتری های غالب مشخص شدند. این دو گونه باکتری، تنوع ژنتیکی بالایی را نیز نشان دادند. وجود تناقض میان نتایج روش مبتنی بر کشت و روش dgge ، می تواند دلالت بر این امر داشته باشد که جمعیت های غالب در این محیط های کشت، در یک حالت غیر قابل بازیافت حضور داشته اند.این پدیده، این عقیده را قوت می بخشد که داده های حاصل از تکنیک های مبتنی بر کشت و مستقل از کشت ، مکمل یکدیگر بوده و درنهایت توصیف کاملتر و جامع تری از اکوسیستم های پنیر را فراهم می سازد. داده ها و اطلاعات بدست آمده از تحقیق پیش رو، می تواند کمکی در جهت گزینش و انتخاب استارترهای تجاری برای تولید پنیر های لیقوان و کوزه در مقیاس صنعتی با استفاده از شیر پاستوریزه باشد. همچنین، آنالیز میکروبی ، اجازه انتخاب سویه های مناسب از جمله str. thermophilus برای طراحی استارترهای ویژه برای تولید پنیر سنتی وسایر فراورده های لبنی را امکان پذیر می سازد.

غربالگری، جداسازی و شناسایی باکتری ها و ویروس های شاخص آلودگی مدفوعی از سبزیجات آماده مصرف در شهر مشهد
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد 1390
  معصومه بحرینی   محمد رضا باسامی

هدف از انجام این پژوهش، بررسی میزان آلودگی باکتریایی و ویروسی سبزیجات خام و بسته بندی شده در شهر مشهد بود. متعاقب آن سطوح فراوانی باکتریها و ویروسهای بیماریزا و نیز فلور طبیعی این محصولات در این ناحیه مطالعه شد و روشهای ممکن برای حذف این آلودگی ها بررسی شدند. حضور باکتری های بیماریزای اشرشیا کلی، سالمونلا و استافیلوکوکوس اورئوس در این محصولات مورد ارزیابی قرار گرفت. درصد فراوانی ،o157:h اشرشیا کلی 7 سالمونلا و استافیلوکوکوس اورئوس بر روی سبزیجات ، o157:h باکتری های بیماریزای اشرشیا کلی، اشرشیا کلی 7 ،%23/ 12 % و 100 % و بر روی نمونه های بسته بندی عبارت بود از 75 /7 ،%6 ،%12/ خام به ترتیب عبارت بود از 7 %7/8 و 100 % . نتایج مشخص کرد که سبزیجات بسته بندی آلوده تر از سبزیجات خام هستند، به دلیل اینکه ،%9/4 سبزیجات بسته بندی در طی مراحل تولید مثل مراحل خرد کردن، خشک کردن و یا بسته بندی آلوده می شوند. میزان آلودگی ثانویه در مراحل تولید یک واحد بسته بندی بررسی گردید و نقاط بحرانی مراحل کار تعیین شدند، به طوریکه میزان آلودگی های ثانویه در مراحل کار زیاد بودند. جهت تشخیص ویروس ها در سبزیجات ابتدا نحوه استخراج و تغلیظ به عنوان ویروس مدل بررسی شد. در این مطالعه از واکسن ویروس ms آنها از سطح سبزیجات با استفاده از کلی فاژ 2 و آزمایش های بعدی استفاده شد. در نهایت نمونه های rna پولیو و نمونه فاضلاب جهت بهینه سازی روش استخراج بررسی گردیدند. نتایج نشان داد که از مجموع a سبزیجات بسته بندی شده از نظر حضور ویروس های پولیو و هپاتیت 42 % نمونه ها به ویروس پولیو آلوده بودند در حالی که در هیچیک آلودگی به ویروس هپاتیت / نمونه های بررسی شده 9 بعنوان جانشین شاخص های متداول برای تعیین حضور ویروس های ms مشاهده نشد. همچنین حضور کلی فاژ 2 a و حضور ویروس پولیو در نمونه غذایی ارتباط وجود دارد. ms روده ای بررسی گردید. نتایج نشان داد که بین کلی فاژ 2 در این تحقیق همچنین تاثیر آب اکسیژنه پایدار شده و آب ازنه به عنوان یک ماده ضدعفونی کننده و یک جایگزین مناسب برای هیپوکلریت سدیم بر روی سبزیجات بررسی شد و نتایج نشان داد که دارای اثر مشابه و در بعضی موارد بهتر از هیپوکلریت سدیم هستند. با توجه به اینکه هر دو ترکیب برای استفاده در مواد غذایی ایمن می باشند و هیچ محصول جانبی مضری تولید نمی کنند، به کارگیری آنها نسبت به هیپو کلریت سدیم ارجحیت دارد و جایگزین مناسبی بعنوان مدل ویروسی نیز بررسی و مشاهده شد که آب ms می توانند باشند. اثر مواد ضدعفونی کننده بر روی کلی فاژ 2 اکسیژنه پایدار شده و آب ازنه می توانند بیش از 90 % کلی فاژهای تلقیح شده بر روی سطح سبزی را غیر فعال کنند.

شناسایی ملکولی آدنوویروس های پرندگان در موارد مشکوک به ibh/hps و سندرم های تنفسی به روش pcr در گله های ماکیان گوشتی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده دامپزشکی 1390
  الناز ناطقی   محمد رضا باسامی

آدنوویروس ها، عوامل عفونی رایج در طیور و پرندگان وحشی در سراسر جهان هستند. عفونت های آدنوویروسی با دامنه وسیعی از علائم بالینی شامل ibh، hps، پنومونی و تراکئیت، اروزیون های سنگدان، التهاب پیش معده و پانکراتیت در جوجه ها می باشند. اهمیت حضور عفونت های آدنوویروسی نه تنها به دلیل خسارات اقتصادی مرتبط با مرگ و میر(30-10%) و کاهش راندمان است، بلکه ناشی از تاثیرات ویروس در تعامل با دیگر ویروس ها نیز هست. همچنین برخی سویه های آدنوویروس منجر به کاهش شدید لنفوسیت ها در بورس، تیموس و و طحال می شود که این خود کاهش ایمنی را در بر خواهد داشت. در کشورهای مختلف در مورد حضور آدنوویروس ها و سروتیپ ها و سویه های موجود، اپیدمیولوژی، پاتوژنیسیته، میزان خسارات وارده تحقیقات بسیاری به عمل آمده است. در بررسی منابع هیچ گزارشی از وضعیت آدنوویروس ها در ایران در دسترس نمی باشد. هدف این پژوهش که برای اولین بار در کشور انجام گردید، شناسایی ملکولی آدنوویروس ها درگله های ماکیان گوشتی مشکوک به ibh/hps و سندرم های تنفسی بود. در این راستا 60 نمونه کلینیکی از فارم های مختلف با علائم درگیری کبدی و ریوی مورد بررسی قرار گرفت، شامل 20 نمونه از کبد و 20 نمونه از ریه. با توجه به احتمال شناسایی این ویروس در پرندگان فاقد علائم بیماری از 20 نمونه پرنده سالم نیز نمونه گیری شد، که مجموعا 6 نمونه مثبت در آزمایش pcr بر روی ناحیه متغیر loop1 از ژن هگزون ، که در بین دو ناحیه محافظت شده pedestal قرار دارد، مثبت شدند که شامل 5 نمونه ی از کبدهای مشکوک به بیماری در کالبدگشایی و ضایعات پاتولوژیک و 1 نمونه از ریه بود. توالی نوکلئوتیدی و اسیدهای آمینه یکی از جدایه های مثبت با توالی سویه های رفرانس در بانک جهانی ژن مورد مقایسه قرار گرفت و تعیین هویت آدنوویروس در گله های ایران 100% تاییدگشت

بررسی میزان آلودگی پنیرهای صنعتی وسنتی عرضه شده در شهر مشهد به باکتری لیستریامونوسایتوژنز بااستفاده از روش multiplex-pcr
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده دامپزشکی 1390
  هدا حسن زاده   محمد رضا باسامی

هدف از این مطالعه ارزیابی میزان شیوع و مقاومت آنتی بیوتیکی نمونه های پنیر به باکتری لیستریا مونوسایتوژنز با استفاده از روش کشت در محیط انتخابی و تایید تشخیص به روش multiplex-pcr می باشد. دراین بررسی تعداد 110 نمونه پنیر سنتی و صنعتی در مشهد به طور کاملاً تصادفی اخذ گردید. نمونه ها پس از یکنواخت کردن و غنی سازی اولیه، در محیط کشت leb که حاوی سیکلوهگزامید، اسیدنالیدیکسیک وآکریفلاوین می باشد، کشت گردیدند، سپس نمونه ها درمحیط انتخابی آکسفوردآگارکه حاوی آنتی بیوتیکهای انتخابی است، کشت داده شدند. دراین مرحله، پرگنه های سیاه رنگ با هاله سیاه در اطراف کلونی ها به عنوان موارد مثبت احتمالی در نظرگرفته شدند. سپس آزمایشات تکمیلی شامل تستهای اکسیداز، کاتالاز، تست حرکت، تست camp، و رنگ آمیزی گرم انجام گردید. سپس تمام جدایه ها با استفاده از روش مولکولی multiplex-pcr و با کمک آغازگرهای اختصاصی prs و prf جهت تشخیص جنس و گونه مورد تایید قرار گرفتند. دراین مطالعه میزان آلودگی پنیرهای سنتی و صنعتی عرضه شده در شهر مشهد به جنس لیستریا 18/8% و به گونه ی مونوسایتوژنر 45/5% ارزیابی شد. در این بررسی حساسیت یا مقاومت آنتی بیوتیکی سویه ها با استفاده از روش انتشار دیسک توسط 14 آنتی بیوتیک مختلف ارزیابی گردید. بر اساس نتایج به دست آمده بیشترین میزان مقاومت نسبت به اکساسیلین (100%) مشاهده شد. هیچ کدام از جدایه ها نسبت به اریترومایسین، کلرامفنیکل، تری متوپریم سولفامتوکسازول، جنتامایسین، سیپروفلوکساسین و نورفلوکساسین مقاومت نشان ندادند.

فرمولاسیون مقدماتی و بررسی اثرات بالقوه ضد باکتری یک داروی جدید با منشأ گیاهی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده دامپزشکی 1391
  محمد رضا رضایی گلستانی   امیر افخمی گلی

با توجه به اهمیت و گستردگی صنعت مرغداری و بیماری های تهدید کننده ی این صنعت و در کنار آن هزینه ها و عوارض مصرف آنتی بیوتیک ها، لزوم استفاده از داروهای ضد میکروبی قدرتمند با منشاء گیاهی روز به روز بیشتر احساس می شود. اسانس های گیاهی یکی از منابع بالقوه ی واجد ترکیبات ضد باکتریایی می باشند و برای این منظور بسیار مفید و موثر هستند. در مطالعه ی حاضر با استفاده از دو روش انتشار از دیسک و میکرودیلوشن، در ابتدا خواص ضد باکتریایی و میزان mic و mbc اسانس های چند گیاه دارویی از جمله آویشن شیرازی، اکالیپتوس، پیاز، سیر، مریم گلی، میخک، نعناع و نعناع فلفلی بررسی شد و پس از آن با توجه به نتایج بدست آمده در مرحله ی قبل و همچنین ساختار مولکولی و خصوصیات فیزیکو شیمیایی مواد موثره موجود در این گیاهان، 2 فرمولاسیون های جدید طراحی شد و خواص ضد میکروبی این ترکیبات با ترکیب تجاری مشابه مورد مقایسه قرار گرفت. نتیجه ی این مطالعه، خواص ضد باکتریایی قوی تر فرمولاسیون های طراحی شده در مقایسه با ترکیب تجاری مشابه و اسانسهای اولیه را نشان می داد. نقطه ی مشترک این مطالعه و همه ی مطالعاتی که در این زمینه انجام شده است، این است که ترکیب اسانسهای برخی از گیاهان با هم می تواند اثرات ضد باکتریایی آنها را ارتقا بدهد و در واقع این مسئله نشان دهنده ی وجود رابطه ی سینرژیستی بین آنها است.

طراحی و ابداع روشی برای تائید ساب کلونینگ مولکولی با استفاده از تکنیک "تکثیر حاصل از جابه جا سازی متعدد"
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده دامپزشکی 1391
  سعید صابرالشعرا   محمد رضا باسامی

چکیده طراحی و ابداع روشی برای تائید ساب کلونینگ مولکولی با استفاده از تکنیک "تکثیر حاصل از جابه جا سازی متعدد" (multiple displacement amplification) به کوشش سعید صابرالشعرا ساب کلونینگ مولکولی ژن، یکی از مهمترین و پرکابردترین مراحل انجام آزمایش های مولکولی می باشد. در مراحل انجام ساب کلونینگ، علاوه بر واکنش کلونینگ، تشخیص و تایید انجام موفقیت آمیز ساب کلونینگ نیز دارای اهمیت فراروانی است. روش های معمول برای تایید ساب کلونینگ شامل جمله برش وکتور و بررسی سایز قطعات، تکثیر وکتور با انجام واکنش زنجیره ای پلی مراز به طور مستقیم روی کلنی های باکتریایی حاوی پلاسمید یا بر روی پلاسمید استخراج شده، و تعیین توالی پلاسمید به منظور یافتن توالی قطعه ساب کلون شده استفاده می شود. هر کدام از این تکنیک ها دارای مشکلات و معایبی هستند. برای مثال برای برش های آنزیمی لازم است وکتور خالص شده و سپس طی صرف زمان خاصی برش داده شود. این روش در همه موارد نیز به یک پاسخ قطعی منجر نمی شود. برای واکنش زنجیره ای پلی مراز نیز بهتر است پلاسمید خالص سازی شود چرا که این واکنش به پروتئین ها و ترکیبات سلولی حساس بوده و در هنگم استفاده مستقیم از کلنی در جریان واکنش می تواند به راحتی مهار شود. در این طرح بر آن شدیم تا با استفاده از تکنیک "تکثیر حاصل از جابه جا سازی متعدد (multiple displacement amplification; mda)" بتوانیم به راحتی و بدون صرف هزینه های مالی و زمانی زیاد و با دقت فراوان، انجام موفقیت آمیز واکنش ساب کلونینگ را تایید کنیم. بدین منظور از چند جفت پرایمر اختصاصی نستد (nested) تنها بر روی یک رشته و آنزیم فای پلی مراز 29 (f 29 dna polymerase) روی محصول و کلنی های حاصل از لایگیشن (ligation) استفاده شد. ابتدا ساب کلونینگ به طریق کلاسیک خود انجام گردید. در یک حالت محلول حاصل از لایگیشن وارد واکنش شد و در حالت دیگر به داخل باکتری فرستاده شد. به این نمونه های حاوی محصول لایگیشن یا کلنی های به دست آمده پرایمر های اختصاصی به تعداد حداقل 4 عدد بر روی یک رشته با فاصله تقریبا 100 باز از یکدیگر، آنزیم فای پلی مراز 29 ، نوکلئوتیدهای چهارگانه، و بافر اضافه گردید. پرایمرها دارای تغییر (اتصالات تیوفسفات) در دو باز انتهایی خود بودند (5_-npnpnpnpsnpsn-3_) که باعث می شود در برابر اگزونوکلئازها مقاومت نشان دهند. نتایج بدست آمده در هر دو مورد آزمایش شده و نمونه هایی که به عنوان کنترل منفی درنظر گرفته شده بود، درستی طراحی روش را نشان می داد، بطوری که نمونه هایی که دارای ژن کلون شده بودند، پس از انجام واکنش با آنزیم فای پلی مراز، باند dna مشخصی را روی ژل الکتروفورز نشان می دادند. کلمات کلیدی : ساب کلونینگ مولکولی، تکثیر حاصل از جابه جا سازی متعدد، فای 29 پلی مراز

بررسی پاتولوژیک سرکوب سیستم ایمنی در سندرم های تنفسی در طیور
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده دامپزشکی 1392
  ندا زبرجدیان   احمد رضا موثقی

در نیم قرن گذشته صنعت جهانی طیور پیشرفت قابل توجهی داشته است که این پیشرفت ها در نتیجه فعالیت های عمده در زمینه مدیریت طیور، گسترش دانش تغذیه و توسعه صنعت خوراک، استفاده از دانش ژنتیک در برنامه های پرورشی و تشخیص و کنترل بیماری های طیور بوده است. امروزه ضعف سیستم ایمنی در جوجه های گوشتی که به علت سرعت بالای رشد انتخاب شده اند، با کمتر بودن وزن ارگان های لنفاوی از جمله بورس فابریسیوس، طحال و تیموس نمود پیدا کرده است، از طرفی حضور عوامل استرس زای محیطی و نیز عوامل بیماری زای سرکوب گر ایمنی باعث مختل شدن سیستم ایمنی شده که به دنبال آن عوامل عفونی از قبیل ویروس های برونشیت عفونی، انفلوانزای پرندگان، بیماری نیوکاسل و نیز باکتری هایی چون مایکوپلاسما، اشرشیاکولی و غیره موجبات سندرم های تنفسی پیچیده ای را فراهم می سازند. مطالعه حاضر با هدف بررسی هیستوپاتولوژیک وضعیت سرکوب ایمنی در ارگان های لنفاوی چون بورس فابریسیوس، تیموس، طحال و لوزه های سکومی در هنگام بروز سندرم های تنفسی انجام شده است. جهت انجام این پژوهش، نمونه گیری از لاشه ی جوجه های گوشتی 25 تا 30 روزه مربوط به 20 گله مبتلا به سندرم های تنفسی و 5 گله عاری از سندرم تنفسی به عنوان گروه کنترل (4 نمونه لاشه از هر گله) صورت گرفت. پس از اخذ تاریخچه گله و درجه بندی وضعیت بیوسکیوریتی و مدیریت گله و نیز درجه بندی ضایعات کالبدگشایی، بافت بورس فابریسیوس و طحال جدا گردید و توسط بورسامتر اندازه گیری شد. سپس از اندام های تنفسی نظیر نای و همچنین بافت های لنفاوی شامل بورس فابریسیوس، تیموس، طحال و لوزه های سکومی نمونه های بافتی تهیه گردید. ارزیابی هیستوپاتولوژیک بافت ها بر اساس درجه بندی ضایعات احتمالی در هر کدام از آن ها به تفکیک انجام شد. نتایج حاصل از این مطالعه نشان داد که میانگین اندازه ی بورس و طحال در گروه بیمار به طور معنی داری کوچک تر از گروه کنترل بود، ضایعات کالبدگشایی در نای، کیسه های هوایی و لوزه های سکومی در گروه بیمار به طور معنی دار شدیدتر از گروه کنترل بود، در حالی که ضایعات کالبدگشایی ریه در گروه بیمار و کنترل تفاوت معنی داری نداشتند. در بررسی پاتولوژیک ضایعات و مقایسه با گروه کنترل منفی، مشخص شد که ضایعات موجود در نای، بورس فابریسیوس، طحال، تیموس و لوزه های سکومی در گروه بیمار به طور معنی داری بیشتر و شدیدتر از گروه کنترل بود. نقش مدیریت و بیوسکیوریتی در هیچ یک از پارامترهای مورد بررسی در گروه های بیمار، تفاوت معنی داری با گروه های کنترل منفی نشان نداد. بر اساس مطالعه انجام شده، سرکوب ایمنی به عنوان یک جزء پنهانی و پایدار در اتیوپاتوژنز سندرم های تنفسی در گله های مورد بررسی شناخته شد و نقش مهمی در بروز سندرم های تنفسی ایفا می کند.

تعیین توالی و آنالیز فیلوژنتیک کپسید سروتیپ 1 ویروس نفریت عفونی پرندگان ایران
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده دامپزشکی 1392
  اعظم حیدرزاده   جمشید رزم یار

ویروس نفریت عفونی سبب ایجاد بیماری تحت بالینی با واگیری بالا در جوجه های جوان می شود که به کلیه ها آسیب می رساند. مطالعه حاضر، در جهت تعیین توالی و آنالیز فیلوژنتیکی ژنوم کپسید سروتیپ یک ویروس نفریت عفونی می باشد. نمونه گیری مربوط به دو گله جوجه گوشتی بود. جوجه های مورد مطالعه دارای علائم اسهال، کاهش رشد، عدم یکنواختی در سطح گله، بی حالی و افسردگی بودند. برخی از نمونه ها از جوجه هایی اخذ گردید که هیچ گونه علائم بالینی خاصی را نشان نمی دادند. نمونه گیری از مدفوع صورت گرفت و پس از هموژن با استفاده از rnx، rna استخراج گردید. سپس با استفاده ازپرایمر های اختصاصی ازrna استخراجی،cdna تهیه گردید و pcr انجام شد و الکتروفورز به عمل آمد. جهت انجام تعیین توالی، محصول pcr ارسال گردید. کروماتوگرام خام توالی ها جهت ویرایش و تعیین توالی پروتئینی با استفاده از نرم افزارclc main workbench 5 دریافت گردید. علی رغم تلاش زیاد نتوانستیم کل ژنوم کپسید anv1 را توالی یابی کنیم. این شکست نشان دهنده تنوع بالا در ژنوم کپسید این ویروس همانند سایر آستروویروس ها می باشد. صحت این مطلب در پژوهش ما با شناسایی سه گروه مختلف anv2 در گله شماره یک و یک گروه مطعلق به anv2 در گله شماره دو به اثبات رسید.مطالعه حاضر اولین گزارش anv2 در خاورمیانه است. برای اثبات این استنتاج نسبتا منطقی توالی یابی محصولات pcr انجام شد. قدم بعدی جداسازی ویروس و تکثیر و تعیین توالی آن با استفاده از پرایمر های رندوم و تطبیق توالی های در کنار یکدیگر است.

شناسایی ویروسنیوکاسلبااستفادهاز روش haemadsorption- rt-pcr در مدفوع نمونه های کلینیکی مشکوک به نیوکاسل ولوژنیک ویسروتروپیک
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده دامپزشکی 1392
  نصراله رهبر   اشرف میامیی

بیماری نیوکاسل یکی از مهمترین بیماری های طیور می باشد که همه ی گونه های پرندگان را درگیر می کند. برای تشخیص این بیماری روش های زیادی در دسترس می باشد, علاوه بر جداسازی ویروس به عنوان استاندارد طلایی در تشخیص این بیماری, روش های تشخیص مولکولی نیز تست هایی قابل اطمینان اند. ممکن است بعد از بهبودی از بیماری گاهی تامدتها دفع ویروس رخ دهد. برای ردیابی ویروس در محیط اطراف مرغ های مادر, هچری, مزارع گوشتی و تخم گذار و تعیین حضور ویروس در مدفوع پرندگان زینتی و غیر زینتی موجود در قفس , بناچار نیازمند روشی برای تغلیظ ویروس باهدف جداسازی و تشخیص می باشیم. این مطالعه بگونه ای طراحی شد که با استفاده از رهیافتی جدید بر اساس یک حقیقت بیولوژیکی پذیرفته شده یعنی پدیده ی همادزورپشن ویروس نیوکاسل تغلیظ گردد. برای افزایش حساسیت تست rt-pcr از نمونه های مدفوع و محیطی به عنوان یک تکنیک غیر تهاجمی تصمیم گرفته شد برای تغلیظ ویروس از تست همادزورپشن استفاده گردد. طی سال 2013 میلادی (1391-1392 شمسی) از 50 گله ی گوشتی ارجاعی به بیمارستان تخصصی طیور ماد با علائم بالینی بیماری نیوکاسل , نمونه های بافتی و مدفوع اخذ گردید.نمونه های مغز, طحال و سکال تانسیل 4 جوجه از هر گله بصورت استریل اخذ گردید و مخلوط گشت. همزمان با نمونه های بافتی, نمونه های مدفوع همان جوجه ها جمع آوری و برای هر گله جداگانه مخلوط گردید. استخراج rna و تست rt-pcrمستقیما بر روی نمونه ای مدفوع و بافتی انجام گرفت. همچنین مقداری از نمو.نه های مدفوع نیز در فرایند همادزورپشن وارد گردیدند و مورد استخراج rna و تست rt-pcr قرار گرفتند. در تمام مراحل کار سعی شد از تخریب و آلودگی rna استخراج شده اجتناب شود. بخاطر شیوع گسترده ی نیوکاسل ولوژنیک در منطقه یک جفت پرایمر یونیورسال برپایه ی توالی های بدست آمده از مطالعات قبلی طراحی گردید و در این تست استفاده گردید.محصول rt-pcr با اندازه ی 384 جفت باز در 38 مورد از 50 نمونه ی بافتی تشخیص داده شد. در نمونه های مدفوعی که مستقیما مورد استخراج rna قرار گرفتند 18 مورددر تست rt-pcr مثبت گردیدند. در نهایت در نمونه های مدفوعی که مورد همادزورپشن قرار گرفته بودند 24 مورد از 50 نمونه ی مورد تست مثبت شدند. مجموعا در نمونه های بافتی , مدفوع و نمونه های مدفوع جذب شده باخون به ترتیب 76%, 36% و 68% بیماری نیوکاسل تشخیص داده شد. نتایج نشان داد که در تشخیص مولکولی و شاید جداسازی ویروس از نمونه های محیطی و مدفوع تغلیظ ویروس بوسیله ی فرایند همادزورپشن امکانپذیر است.

مطالعه تزریق داخل تخم مرغی اسید آمینه ال – گلوتامین و افزودن آن به جیره غذایی بر عملکرد رشد، مورفولوژی ژژونوم و پاسخ ایمنی جوجه های گوشتی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده کشاورزی 1393
  مجید قشلاق علیایی   ابوالقاسم گلیان

اسید آمینه ال – گلوتامین فراوان ترین اسید آمینه موجود در پلاسما و عضلات اسکلتی است که به عنوان منبع انرژی برای سلول های با سرعت تکثیر زیاد از قبیل سلول های دستگاه گوارش و سیستم ایمنی عمل می کند. فن آوری تزریق داخل تخم مرغ روش عملی در تزریق برخی از مواد مغذی مورد نیاز جنین های در حال رشد است. سطوح مختلف اسید آمینه ال – گلوتامین (صفر، 5، 10، 15 و 20 میلی گرم) به کیسه زرده در روز هفتم رشد جنین در آزمایش اول تزریق شد. نتایج آشکار ساخت که تزریق 20 میلی گرم گلوتامین به کیسه زرده می تواند عملکرد رشد قبل و پس از تفریخ، خصوصیات مورفولوژی ژژونوم و عملکرد سیستم ایمنی را ارتقاء دهد. اثر تزریق سطوح مختلف گلوتامین (صفر، 10، 20، 30 و 40 میلی گرم) به مایع آمنیوتیک در روز 5/17 انکوباسیون بر عملکرد رشد قبل و پس از تفریخ جوجه های گوشتی در آزمایش دوم بررسی شد. نتایج نشان داد که با تزریق 40 میلی گرم گلوتامین وزن تفریخ و افزایش وزن روزانه در مقایسه با گروه شاهد به ترتیب 6/3 و 8/3 درصد بیشتر بود. تزریق 40 میلی گرم گلوتامین ارتفاع ویلی و عمق کریپت ژژونوم جوجه های گوشتی را در سن 3 و 24 روزگی افزایش و پاسخ های ایمنی هومورال و سلولی را ارتقاء داد. اثر سطوح مختلف تراکم مواد مغذی (توصیه راس و 5 درصد رقیق شده) و گلوتامین افزودنی به جیره غذایی (صفر، 5/0، 1، 5/1 درصد) بر عملکرد رشد، مورفولوژی ژژونوم و پاسخ ایمنی جوجه های گوشتی در آزمایش سوم بررسی شد. نتایج نشان داد که در دوره رشد و پایانی، تراکم مواد مغذی توصیه شده و گلوتامین افزودنی در جیره غذایی موجب بهبود ضریب تبدیل خوراک و افزایش ارتفاع ویلی و عمق کریپت ژژونوم شد. بطور کلی با تنظیم جیره های غذایی با تراکم مواد مغذی توصیه راس و افزودن 5/0 درصد گلوتامین، عملکرد رشد بهبود یافت و افزدون یک درصد گلوتامین به جیره و تراکم مواد مغذی توصیه راس پاسخ های ایمنی را ارتقاء داد. در آزمایش چهارم، هدف تعیین مدت زمان افزودن 5/0 درصد گلوتامین به جیره جهت بهبود عملکرد رشد، افزایش توسعه دستگاه گوارش و ارتقاء پاسخ های ایمنی بود. نتایج نشان داد که با استفاده از 5/0 درصد گلوتامین در کل دوره عملکرد رشد پرندگان بهبود یافت. جوجه های تغذیه شده با 5/0 درصد گلوتامین افزودنی در کل دوره (41-0 روزگی) و یا در دو دوره آغازین و رشد (24-0 روزگی)، عملکرد رشد بهتر، طول ویلی ژژونوم بلندتر و عملکرد سیستم ایمنی بهتری نسبت به آنهایی داشتند که گلوتامین را فقط در دوره آغازین؛ رشد و یا پایانی و یا در دو دوره رشد و پایانی دریافت نمودند. در آزمایش پنجم 40 میلی گرم گلوتامین در روز 5/17 انکوباسیون به مایع آمنیوتیک تزریق و پس از تفریخ، جوجه ها با جیره های حاوی سطوح مختلف گلوتامین (صفر، 5/0، 1 و 5/1 درصد) تغذیه شدند. نتایج نشان داد که تغذیه جنینی 40 میلی گرم گلوتامین در اواخر دوران جوجه کشی و افزودن یک درصد گلوتامین به جیره عملکرد رشد قبل و پس از تفریخ، بازده لاشه و پاسخ ایمنی سلولی بهبود می یابد.

تولید آنتی بادی های نوترکیب انسانی علیه اپی توپ های مشترک گیرنده های erbb1 و erbb2 با استفاده از تکنیک کتابخانه آنتی بادی فاژ
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده دامپزشکی 1393
  رضا ولدان   علیرضا رفیعی

سرطان پستان شایع¬ترین و مهم ترین بدخیمی در بین زنان در سراسر دنیا است. سلول¬های سرطانی از مسیرهای سیگنالینگ مختلف و متعدد گیرنده¬های خانواده فاکتور رشد اپیدرمال، جهت مقاومت به آنتی¬بادی-های ضد سرطانی مثل trastuzumab بهره می برند. مسیرهای سیگنالینگ همپوشان گیرنده های erbb1 و erbb2 از مهم ترین علل شکست استراتژی های درمانی در سرطان پستان می باشد. هدف از این مطالعه تولید آنتی بادی های نوترکیب انسانی علیه اپی¬توپ مشترک گیرنده های erbb1 و erbb2 به جهت مهار همزمان مسیر سیگنالینگ این دو گیرنده است. گیرنده های erbb1 و erbb2 به صورت پایدار در سلول vero بیان شدند. انتخاب آنتی بادی علیه اپی¬توپ مشترک گیرنده های erbb1و erbb2 از طریق روش subtractive phage display انجام شد. آنتی بادی های انتخاب شده الگو یکنواخت fingerprinting در چرخه سوم انتخاب نشان دادند. آنتی¬بادی¬های به دست آمده در آزمون phage-elisa قابلیت اتصال جداگانه به هر کدام از گیرنده ها و قابلیت اتصال همزمان به هر دو گیرنده را نشان دادند. بعلاوه این آنتی بادی ها توانایی شناسایی همزمان گیرنده¬های خالص شده erbb1 و erbb2 را در آزمون وسترن بلات داشتند. از طرف دیگر آنتی بادی های نوترکیب تولید شده ضد دامین شماره 2 گیرنده erbb1 در آزمون phage-elisa قابلیت اتصال به گیرنده erbb1 تحریک شده با egf را داشتند. بعلاوه این آنتی¬بادی¬ها از لحاظ عملکردی قادر به مهار دایمریزاسیون گیرنده¬های erbb1 و erbb2 در تست مهار دایمریزاسیون نیز بودند. با در نظر گرفتن اهمیت هدف قرار دادن همزمان گیرنده های خانواده فاکتور رشد اپیدرمال، آنتی بادی های تولید شده علیه اپی-توپ مشترک گیرنده های erbb1 و erbb2 به عنوان آنتی بادی های نوین در مهار همزمان این دو گیرنده و درمان سرطان پستان مطرح هستند

بررسی اثرات رزماری و فرآورده های آن، بره موم سبز، پودر کرم خاکی و ویتامین e بر عملکرد بلدرچین ژاپنی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه تربیت مدرس - دانشکده کشاورزی 1394
  سید ناصر خالقی میران   شعبان رحیمی

دو آزمایش به منظور بررسی اثرات رزماری و فرآورده های آن، بره موم سبز، پودر کرم خاکی و ویتامین e بر عملکرد بلدرچین ژاپنی در دوره رشد و تخمگذاری انجام شد. اهداف تحقیق عبارت بود از: بررسی فعالیت آنتی اکسیدانی فرآورده های رزماری، عصاره اتانولی بره موم، پودر کرم خاکی، ویتامین e و آنتی اکسیدان تجاری td30با استفاده از روش های آزمایشگاهی بررسی امکان استفاده از فرآورده های رزماری، عصاره اتانولی بره موم، پودر کرم خاکی به عنوان افزودنی در تغذیه طیور بررسی تأثیر سطوح متفاوت فرآورده های رزماری بر عملکرد طیور بررسی تأثیر فرآورده های رزماری، عصاره اتانولی بره موم، پودر کرم خاکی، ویتامین e و آنتی اکسیدان تجاری td30بر عملکرد، سیستم ایمنی، فراسنجه های خونی و ماندگاری گوشت طیور