تعیین توالی و آنالیزهای بیوانفورماتیکی بخشی از ناحیه کد کننده و غیر کد کننده ژن آلفا کازئین1 s در دو گونه شترهای تک کوهان و دو کوهان ایران

آلفا کازئین1s یکی از چهار پروتئین کازئین موجود در شیر شتر است. بخش عمده ای از پروتئین شیر شتر توسط کازئین های¬ sکه از ترکیب آلفا کازئین¬1s و آلفا کازئین¬2s می باشد تشکیل شده است. کازئین ها در رسوب و اسیدی شدن شیر نقش دارند، در نتیجه جزء پروتئین های نامحلول شیر به حساب می آیند. تحقیقات نشان می دهد که سطوح پایین آلفا کازئین¬1s در شیر، با کاهش حساسیت به شیر برای برخی افراد در ارتباط است. هدف از انجام این مطالعه تعیین توالی و آنالیزهای بیوانفورماتیکی بخشی از ناحیه کد کننده و غیر کد کننده ژن آلفا کازئین1¬s و همچنین بررسی تفاوت های تک نوکلئوتیدی (snps) ممکن این توالی ژن در دوگونه شتر تک کوهانه و دو کوهانه ایران بود. تعداد 10 عدد نمونه خون شتر نر و ماده تک کوهانه از کشتارگاهی در شهر مشهد واقع در جاده فریمان روستای تپه سلام مشهد و همچنین تعداد 5 عدد نمونه خون شتر های نر و ماده دو کوهانه از ایستگاه تحقیقات منابع طبیعی و امور دام استان اردبیل واقع در روستای جهاد آباد مشکین شهر تهیه گردید. پس از عمل استخراج dna واکنش¬ pcr برای هریک از نمونه ها توسط پرایمرهای اختصاصی انجام شد و عمل توالی یابی با استفاده از محصولات pcr انجام شد. توالی های مورد توافق با استفاده از نرم افزار clc main workbench 5برای هریک از شترهای تک کوهانه و دوکوهانه بدست آمد. با استفاده از همین توالی های مورد توافق، بررسی ترکیب نوکلئوتیدی، بررسی های فیلوژنتیکی و سایر آنالیز های بیو انفورماتیکی انجام شد. بر اساس مقایسه توالی های بدست آمده در این مطالعه با توالی ثبت شده در پایگاه اطلاعاتی ncbi که طول قطعه ی اولیه ی بررسی شده در این مطالعه شامل ناحیه ی ژنی ( اگزون3 - اگزون 7) ژن آلفا کازئین1 sمی باشد، مشخص شد که بیشترین شباهت، مربوط به شتر تک کوهانه بود. از توالی یابی نمونه های گرفته شده تعدادی تفاوت تک نوکلئوتیدی در این ژن شناسایی شد. بررسی ها در این مطالعه نشان داد که در مجموع 4 هاپلوتایپ حاصله از شتر های تک کوهان ناشی از وجود 4 جایگاه چند شکلی بوده است. و با بررسی توالی شترهای دوکوهانه یک چندشکلی را در این مطالعه نشان داد، که 2 هاپلوتیپ حاصله از شتر های دو کوهانه ناشی از جهش g / t در موقعیت 500 این قطعه می باشد. همچنین مقایسه توالی های مورد توافق شتر تک کوهانه و دو کوهانه 7 اختلاف تک نوکلئوتیدی را بین این دو گونه مشخص کرد.