نام پژوهشگر: علی محمد احدی

بررسی تغییرات ژنتیکی در اگزون های26-16 ژن scn1aدرمواردی از بیماری صرع سراسری ایدیوپاتیک به روش pcr?sscp
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده علوم پایه 1388
  سولماز خادمی   علی محمد احدی

اهداف: حملات صرعی شناخته شده ترین نوع بیماریهای کانالی می باشند که از تخلیه الکتریکی غیرطبیعی نرونها در بخشهای مختلف مغز ناشی می شوند. مطالعاتی که روی خانواده های مبتلا به صرع صورت گرفته، هردو نوع وراثت تک ژنی و چندعاملی را برای این بیماری نشان داده است. ژنهای زیادی در ایجاد صرع نقش دارند. جهشهایی که در ژنهای مختلف کدکننده انواع زیرواحدهای کانالهای یونی رخ می دهند، می توانند عامل ایجاد صرع باشند. ژن scn1a زیرواحد 1? کانالهای سدیمی را در مغز کدگذاری می کند. جهشهایی که در این ژن رخ می دهد، به عنوان یکی از دلایل عمده در انواع صرع ایدیوپاتیک مطرح شده است. هدف اصلی این مطالعه غربالگری اگزونهای 16 تا 26 این ژن در بیماران مبتلا به صرع ایدیوپاتیک سراسری برای تغییرات ژنتیکی جدید یا مواردی که قبلا گزارش شده اند، بود. بیماران و روش کار: دراین بررسی 30 بیمار مبتلا به صرع سراسری ایدیوپاتیک در نظر گرفته شد. تشخیص افتراقی بیماری آنان از طریق گرفتن تاریخچه فامیلی بیمار ، نوار الکتروانسفالوگرام مغزی(eeg) و انجام ct اسکن صورت گرفت. بیماران و خانواده های آنان در مورد این پروژه تحقیقاتی اطلاع رسانی شدند و نمونه خون محیطی آنان با رضایت کامل آنها گرفته شد. dna کامل از نمونه های خونی با روش استاندارد فنل-کلروفرم استخراج شد. پس از طراحی پرایمر برای اگزونهای 16تا 26 ژن scn1a برای تکثیر قطعات اگزونی مورد نظر واکنش زنجیره ای پلی مراز استاندارد (pcr) در شرایط بهینه مورد استفاده قرار گرفت. در مرحله بعد محصولات pcr با روش چندشکلی کنفورماسیون dna تک زنجیره (sscp) غربالگری شد. نمونه های انتخاب شده در بررسی sscp که کنفورمرهای جدیدی نشان دادند، تعیین توالی شدند. نتایج و بحث: در بررسی های مولکولی که روی این نمونه ها انجام گرفت دوجهش را در اگزون 22 شناسایی نمودیم. یک جهش از نوع دخول g در جایگاه شماره 4273 (g4273 – 4274a ins g) بود. این دخول در اسیدآمینه متیونین 1425صورت می گیرد و با تغییر قالب خواندن توالی باعث ایجاد یک کدون ایست زودرس در توالی می گردد. در نهایت پروتئینی که در اثر این دخول تولید می شود کوتاهتر از حالت طبیعی خواهد بود. در این پروتئین ناقص قطعه s6 از دمین iii و تمامی قطعات دمین iv و انتهای کربوکسیل پروتئین حذف می شود. علاوه بر این ما یک جهش بدمعنی هتروزیگوت را که تبدیل نوکلئوتید سیتوزین به گوانین در جایگاه 4292 (c4292g) بود شناسایی نمودیم. این جهش باعث تبدیل اسیدآمینه آلانین 1431 به اسیدآمینه گلیسین می گردد. آلانین یک اسیدآمینه شدیدا حفاظت شده در ناحیه p3از زیرواحد ? می باشد که در تشکیل منفذ کانال نقش دارد. هردو جهش شناسایی شده در این بررسی در این ژن جدید هستند.

نگاهی نوین به حفاظت شیرسنگی در محوطه قبرستان های تاریخی استان چهارمحال و بختیاری
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه هنر اصفهان - دانشکده هنرهای تجسمی و کاربردی 1388
  نرجس زمانی   بهنام پدرام

شیرهای سنگی، یادمان های نمادینی هستند که روزگاری به وفور در گورستان های استان چهارمحال و بختیاری یافت می شدند، اما مدت زمانی است که در مقابله با مسائلی چون عوامل آسیب رسان بیرونی، انحراف و یا خارج شدن از بستر زمین و عوامل آسیب رسان انسانی چون سرقت، دچار تخریب شده اند. در بدو امر تنها راه حل حفاظتی می تواند انتقال این آثار از مکان اصلی خود، گورستان تاریخی، و درنتیجه دوری از همه ی عوامل آسیب رسان باشد. اما شیرهای سنگی نوعی از یادمان های تدفینی خاص گورستان های تاریخی منطقه هستند که برای قرارگیری در آن فضا آفریده شده و با فضای پیرامون خود همزیستی می کنند و خارج کردن آن ها از مکان اصلی و نصب در مکانی به غیر از جایی که در آن ساخته شده اند جایز نیست؛ مگر برای نجات یادمان و وقتی امکان نجات آن به هر صورت دیگری وجود نداشته باشد. بنابراین حفاظت اثر به نحو مطلوب مستلزم حفاظت فضای پیرامونی است که اثر در آن قرار گرفته است. اما چالش های موجود برای دستیابی به چنین اهدافی، می تواند شامل چگونگی حفاظت این آثار سنگی در فضای باز، استقرار شیرهای سنگی به گونه ای مطلوب در گورستان و چگونگی پی ریزی برنامه ی حفاظتی برای یک گورستان تاریخی باشد. این پژوهش به صورت میدانی با ارزیابی شرایط گورستان هایی که شیرهای سنگی را در خود جای داده اند و بررسی انواع سنگ های مورد استفاده، آسیب ها و منابع آنها انجام شده است که به دلیل زیاد بودن تعداد شیرها (بطورتقریبی صد عدد) و گورستان های موجود و نیز یکسان بودن انواع آسیب ها، تنها آسیب شناسی یک گورستان مطرح شده است. پس از مطالعات کتابخانه ای در خصوص راه های درمان سنگ، روش استحکام بخشی سنگ های کربناتی با استفاده از نانوذرات هیدروکسیدکلسیم به صورت عملی بررسی شده که نتیجه به دست آمده از این روش البته با درنظر گرفتن ملاحظات خاص خود نشان می دهد که می تواند رویکردی مناسب جهت استحکام بخشی سنگ های کربناتی باشد. استحکام بخشی با روش بیولوژیکی نیز به صورت تئوری بررسی شده و به صورت عملی تا مراحلی پیش رفته است اما این روش نیازمند بررسی بیشتری در مطالعات محلی کشورمان می باشد چراکه مقالات زیاد منتشرشده در این زمینه گویای کاربردی بودن روش مذکور می باشد. در ادامه با بررسی لزوم استقرار مناسب شیرهای سنگی، به ضرورت حفاظت شیرهای سنگی در گورستان تاریخی اشاره شده است. در پایان سایت پلان یکی از گورستان های تاریخی که در فصل اول به آن اشاره شده است همراه با جانمایی یک سری ملزومات حفاظتی که در پی بررسی شرایط و نیازهای گورستان در نظر گرفته شده است، نیز به عنوان تجربه ای جهت تهیه یک برنامه حفاظتی برای یک گورستان تاریخی (هرچند ساده و البته اجرایی) آمده است.

ارتباط بین پلی مورفیسم ژن هایtnf ? و il1ra با استعداد ابتلا به بیماریfebrile convulsion در این کودکان
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهید چمران اهواز - دانشکده علوم 1388
  آهورا نوذری   علی محمد فروغمند

چکیده : زمینه و هدف : امروزه تب و تشنج بخش قابل ملاحظه ای از موارد بستری کودکان را در بیمارستان ها به خود اختصاص داده است ، نظر به ماهیت ایمنی – التهابی این بیماری و این که بعضی کودکان به طور ژنتیکی نسبت به برخی دیگر مقاومت کمتری در برابر تب دارند ، نیز با توجه به تحقیقات اخیر که نوعی ارتباط مثبت بین وجود سابقه خانوادگی برای تشنج (از نظر نوع و سن بروز بیماری در کودک) و ابتلا به این بیماری را نشان می دهند ، این مطالعه با هدف بررسی ارتباط پلی مورفیسم ناحیه پروموتری ژن tnf ? ( g-308a و c-850t ) و نیز توالی های ریز اقماری ژن il1ra با استعداد ابتلا به بیماری انجام شده است . روش بررسی : در این مطالعه موردی- شاهدی 100 بیمار مبتلا به تشنج ناشی از تب مراجعه کننده به بخشهای اطفال و اورژانس بیمارستان هاجر (شهرکرد) و همچنین تعداد 130 کودک سالم انتخاب گردید. پس از نمونه گیری ( شامل 5/1 میلی لیتر خون لخته به منظور استخراج سرم جهت انجام مرحله elisa و 5/1 میلی لیتر خون حاوی ضد انعقاد edta ) مراحل استخراج dna از خون حاوی ضد انعقادبه انجام رسید. سپس با استفاده از پرایمرهای اختصاصی طراحی شده جهت ناحیه پروموتری ژن tnf ? و ژن il1ra ، واکنش pcr جهت تکثیر ژن مربوطه صورت پذیرفت و در نهایت با استفاده از poly acryle amid gele electrophoresis نتایج تحلیل شد . یافته ها : میانگین سن کودکان گروه بیمار 4/1 ± 4/3 سال و میانگین سنی کودکان گروه کنترل 3/1 ± 4/3 سال می باشد. 44 مورد از کودکان بیمار سابقه خانوادگی تشنج داشته اند. آنالیز rflp و elisa در مورد پلی مورفیسم ناحیه پروموتری ژن tnf ? به ترتیب در مورد جهش g-308a با p =0.146 و p = 0.223 و در مورد جهش c-850t با0.084 p = و0.61 p= نشان دهنده عدم وجود ارتباط میان حضور آلل های جهش یافته و استعداد ابتلا به بیماری می باشد . همچنین فراونی ژنوتیپی آلل 1 و آلل 2 ژن il1ra به ترتیب در گروه بیمار56 % و 10 % و در گروه کنترل4/55 % و 9/6 % می باشد با توجه به 0/93 p= برای آلل 1 و p=0/401 برای آلل2 ، از نظر پلی مورفیسم در این ژن نیز تفاوت آماری معنی داری بین دو گروه مشاهده نشد. نتیجه گیری : آزمون کای اسکوار موید این مطلب است که ارتباطی بین پلی مورفیسم این ژن ها و ابتلا به بیماری در این جمعیت وجود ندارد.

اثر برخی از عوامل محیطی بر مجموعه ی ترکیبات پروتئینی مایع سلومی در کرم خاکی قرمز ( lumbricus rubellus )
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده علوم پایه 1389
  عبدالرشید زبرجد   مهران عربی

چکیده : در این تحقیق کرم های خاکی قرمز (lumbricus rubellus; lumbricidae) به عنوان یک مدل جانوری در بررسی اثر استرس های فیزیکوشیمیایی مورد استفاده قرار گرفتند. کرم های خاکی از جهت فراوانی و دارا بودن سیستم ایمنی منحصر بفرد، به عنوان یکی از مناسب ترین مدل ها در تحقیقات ایمونوتاکسیکولوژی کاربرد فراوان دارند. در بدن کرم های خاکی خانواده لومبریسیده نوعی کمپلکس گلیــکولیپــوپروتـئینی با نام g-90 (در محدوده ی 70-20 کیلودالتون) وجود داشته که دارای خواص آنتی اکسیدانی، ضد باکتریایی و نیز میتوتیک است. در این مطالعه، سولفات مس (ld50 = 150 mg/kg soil) با غلظت های 25 ، 50 و 100 میلی گرم در هر کیلوگرم خاک مصنوعی و میدان های الکتریکی با ولتاژهای12 ، 24 و 48 ولت و خشکی ( کم آبی با آبدهی روزانه 4،8و12 میلی لیتر) به عنوان استرسورهای فیزیکوشیمیایی، به مدت دو هفته مورد استفاده قرار گرفتند. آنالیز الگوی پروتئینی مایع سیلومی توسط روش الکتروفورز از نوع sds-page و توان آنتی اکسیدانی مایع سلومی کرم های خاکی قرمز توسط روش frap (سنجش قدرت آنتی اکسیدانی به کمک احیاء آهن فریک) به انجام رسیدند. نتایج حاصله از روش الکتروفورز (به کمک نرم افزار image j) در مقایسه با مارکرهای پروتئینی استاندارد نشان داد که، تقریبا در تمامی تیمارهای سولفات مس و میدان های الکتریکی باندهای پروتئینی موجود در محدوده ی 20 تا 70 کیلودالتون ژل های الکتروفورزی از رنگ و پهنای بیش تری نسبت به گروه کنترل برخوردار بودند. در آنالیز الگوی پروتئین های مایع سلومی کرم خاکی در شرایط استرس کم آبی، مشخص شد که بسیاری از باند های پروتئینی در مقایسه با گروه شاهد کاهش شده است. نتایج به دست آمده از روش frap نیز نشان داد که تیمارهای سولفات مس و میدان های الکتریکی به ترتیب به صورت وابسته به غلظت و شدت موجب افزایش توان آنتی اکسیدانی (افزایش میزان عددیfrap) در مایع سلومی کرم های خاکی قرمز می شوند. مقادیر frapمربوط به استرس خشکی تغییر معنی داری را نسبت به گروه شاهد نشان نداد. در مجموع، سولفات مس و میدان های الکتریکی قادر به افزایش میزان و توان کمپلکس گلیـکولیپوپروتئینی g-90 در بدن کرم های خاکی قرمز بوده که به این ترتیب می توان به g-90 موثرتری در درمان بسیاری از بیماری ها دست یافت.

توالی یابی، کلون سازی و بیان ژن timp-4در سیستم پروکاریوتی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده علوم پایه 1389
  عاطفه شریفی راد   علی محمد احدی

ماتریکس خارج سلولی (ecm)، بخش پویا و پیچیده ی همه ی بافت ها، به ویژه بافت پیوندی است و از کلاژن، انواع پروتئوگلیکان ها و گلیکوپروتئین ها تشکیل شده است. مهاجرت سلول ها در طول دوره ی تکوین و مورفوژنز، بهبود زخم ها، بازآرایی بافتی و امثال آن ها، همگی، نیازمند تخریب کنترل شده ی این ماتریکس است. تجزیه ی کنترل نشده ی ecm، ارتباط تنگاتنگی با انواع بیماری ها، از جمله، سرطان و بیماری های قلبی-عروقی دارد. سرین/ترئونین پروتئازها و ماتریکس متالوپروتئینازها (mmps) دو گروه آنزیمی مسئول تخریب ecm هستند و از این بین، mmpها از اهمیت بیشتری برخوردارند. بیان و فعالیت mmpها ، که در دسته ی پروتئازهای وابسته به روی قرار می گیرند، به شدت توسط مهارگرهای عمومی و اختصاصی کنترل می شود. مهارگرهای ویژه-بافتی mmpها (timps)، با اتصال غیرکوالان و در عین حال محکم به جایگاه فعال mmpها، آن ها را مهار می کنند و به این ترتیب، در تومورهای بدخیم، مانع متاستاز می شوند. تا کنون 4 عضو از این خانواده، در انسان شناسایی شده است. ژن timp-4، با 5 اگزون، رمزکننده ی یک پروتئین 224 اسیدآمینه ای غیرگلیکوزیله است و به صورت اختصاصی در قلب، مغز و بافت چربی بیان می شود. در این پژوهش، دمین عملکردی ژن timp-4 انسانی (حاوی اگزون های 4-1)، به روش soe-pcr تکثیر شده و در سیستم پروکاریوتی e.coli کلون و بیان آن با روش sds-page تأیید شد. موفقیت آمیز بودن soe-pcr این ژن را می توان به عنوان نقطه آغازی برای ایجاد جهش های انتخابی (site-directed mutagenesis) در آن، به منظور افزایش تمایل اتصالی به سوبستراهایش، و یا افزایش اختصاصیت اتصال به یک سوبسترای خاص در نظر گرفت و به این ترتیب، با افزایش فعالیت ضد توموری این پروتئین، آن را به عنوان داروی نوترکیب، برای بهبود برخی از سرطان ها، به ویژه سرطان پستان و سرطان پروستات، به کار گرفت.

بررسی مقایسه ای بیان ژنهای igf-1 و oct4 در مراحل اولیه تکوین جنینی به روش sq-rt-pcr
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده علوم پایه 1389
  اسدی فارسانی الهام   هدی آیت

بررسی بیان ژن در جنین چند سلولی، مهم ترین گام در مطالعات مربوط به ژنتیک تکوین است. تعداد زیادی از ژنهای تنظیمی و فاکتورهای رونویسی شناسایی شده اند که در مراحل اولیه تکوین جنین دخالت دارند. تجربه نشان داده است که اختلال در عملکرد و بیان این ژنها باعث اختلالات عمده ای در جنین های حاصل از ivf می شود. در این پژوهش، بدلیل اهمیت دو ژن oct4 و igf1 در روند تکوین جنین پیش از لانه گزینی به انجام مطالعه پیرامون بیان دو ژن فوق در طی مراحل اولیه جنینی در گاو پرداخته شد. در پستانداران مطالعه بیان ژن در جنین پیش از لانه گزینی مشکل است، چون دستورالعمل های استانداردی که بتوان برای اندازه گیری mrna استفاده کرد، نیازمند مقدار زیادی مواد آغاز کننده است. پیشرفت پروتوکول ها با کمک استراتژی های کمی متفاوتی که عموما pcr را درگیر می کنند، ابزار جدیدی را برای بیان ژن در جنین های پیش از لانه گزینی فراهم می کند. بنابراین در قدم اول شرایط بررسی بیان ژن در جنین چند سلولی بهینه سازی شد. برای این منظور از نمونه های جنین گاوی که به صورت ivf تولید می شوند، استفاده شده و پس از آن استخراج rna انجام گرفت. پس از بهینه سازی شرایط استخراج، سنتز cdnaبا پرایمرهای برگشتیoct4 و actin انجام شد. در ادامه واکنش multiplex rt- pcr روی محصول بدست آمده از مرحله قبل انجام گرفت. نهایتا در این بررسی، مقایسه بیان دو ژن oct4 و igf1 در مراحل 8، 16 و 32 سلولی مورد ارزیابی قرار گرفت. در این پژوهش برای نخستین بار در کشور شرایط rt-pcr بر روی جنین بهینه سازی شد. نتایج در بررسی مقایسه ای این دو ژن در مراحل مختلف تکوین نشان داد که oct4 در مرحله 8 سلولی به میزانی بیشتر از بیان آن در مرحله 32 سلولی است. در مرحله 16 سلولی بیان بسیار ناچیزی شناسایی شد. همچنین داده ها حاکی از این است که بیان ژن igf1 در مرحله 32 سلولی کمی بیشتر از مرحله 8 سلولی می باشد. قابل ذکر است که در مرحله 16 سلولی هیچ گونه بیانی از ژن فوق شناسایی نشد.

بررسی اثرات کشت همزمان سلول های بنیادی مزانشیمی مغزاستخوان بر بلوغ اووسیت های گوسفند در محیط آزمایشگاه
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده دامپزشکی 1389
  سمیرا اصغرزاده   پژمان میرشکرایی

بلوغ آزمایشگاهی اووسیت ivm (in vitro maturation)، فناوری زیستی است که قابلیت ویژه ای بهart (assisted reproductive technology) بخشیده است. در ivm می بایست محیط میکرو اندوکرینی مناسب جهت بلوغ اووسیت فراهم گردد. سلول بنیادی، سلول های تمایز نیافته ای با توانایی تکثیر و تولید سلول های تمایز یافته، هستند. این سلول ها فاکتورهای رشد، اینترلوکین ها و سیتوکاین های مختلفی تولید می کنند، که می توان از این سلول ها در کشت همزمان با اووسیت های نابالغ جهت افزایش بلوغ اووسیت، همراه افزایش تسهیم، بلاستوسیست و هچ بهره برد. سلول های بنیادی مزانشیمی از کشت مغز استخوان گوسفند بالغ به دست آمد و سه هفته در محیط تمایزی استخوان و چربی قرار گرفت و سپس سلول های تمایز یافته به چربی با رنگ اختصاصی oil red o و سلول های تمایز یافته به استخوان با رنگ اختصاصی الیزارین رد رنگ شدند و ژن oscalsin در سلول های استخوانی و ژنlpl در سلول های چربی با روش rt-pcrارزیابی شد. نتایج حاصل از رنگ آمیزی و rt-pcr بنیادی بودن سلول های مزانشیمی را تایید کرد. نمونه های کشتارگاهی در ماه های آبان، آذر و اسفند از کشتارگاه نجف آباد جمع آوری شد، اووسیت های به دست آمده از آسپیراسیون فولیکول های تخمدانی در چهار گروه شامل محیط کشت همزمان سلول های اپیتلیال اوویداکتی، محیط کشت همزمان سلول های بنیادی مزانشیمی، محیط کشت دارای سرم و محیط کشت بدون سرم قرار گرفتند و بعد از 24 ساعت انکوباسیون، بلوغ هسته با رنگ آمیزی dapi مورد ارزیابی قرار گرفت. اووسیت ها بعد از مرحله ی ivm از نظر expansionکومولوس بررسی شدند و سپس به محیط ivf انتقال داده شدند و با افزودن اسپرم 24 ساعت انکوباسیون شدند. در مرحله بعد جنین ها بعد از برهنه شدن به محیط ivc منتقل شدند و در روزها ی 3، 6، 7 و 8 مورد ارزیابی قرار گرفتند. نتایج بلوغ هسته معنادار نبود، میزان expansion کومولوس به ترتیب از بیشتر به کمتر شامل محیط دارای سرم، محیط سلول بنیادی مزانشیمی، محیط سلول اویداکتی، محیط بدون سرم گزارش شد. بیشترین میزان تسهیم در محیط دارای سرم 27/86% و بعد محیط کشت سلول بنیادی مزانشیمی 18/77% و محیط سلول اویداکتی 28/72% که البته نسبت به هم معنادار نبودند ولی کمتر از محیط دارای سرم و بیشتر از محیط بدون سرم 55/57% گزارش شدند. میزان بلاستوسیست در گروه دارای سرم 6/35% و در محیط سلول بنیادی مزانشیمی 53/22% و در محیط سلول اویداکتی 20% که نسبت به هم معنادار نبودند ولی کمتر از محیط دارای سرم و بیشتر از محیط بدون سرم 04/16% گزارش شد. میزان هچ در محیط دارای سرم 80/46% و در محیط سلول بنیادی مزانشیمی 75/43% که نسبت به هم معنادار نبودند ولی بیشتر از محیط سلول اویداکتی 33/33% و محیط بدون سرم 7/7% گزارش شد.

توالی یابی، کلون سازی و بیان ژن پپتید مشابه کلروتوکسین عقرب mesobutus eupeus ایرانی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده علوم پایه 1389
  شیدا ایلخانی زاده   هدا آیت

از شناخت خواص دارویی و درمانی سم عقرب زمان زیادی می گذرد. هر گونه عقرب می تواند تا بیش از 100 پپتید مختلف داشته باشد. خصوصیات ضد صرعی، ضد سرطانی و حشره کشی سموم عقرب در مقالات مختلف مورد تأیید قرار گرفته است. نوروتوکسین جدیدی با زنجیره کوتاه دارای 36 اسید آمینه و به نام ( (ctxکلروتوکسین از زهر عقرب leiurus quinquestriatus متعلق به خانواده ی buthidae می تواند کانال های یون کلر را مهار کند. در این تحقیق تولید سم کلروتوکسین از پپتیدهای موجود درسم عقرب با تأکید بر خواص ضد متاستازی آن روی سلول های گلیومای بدخیم، به روش مهندسی ژنتیک مورد نظر قرار گرفت. در ابتدا با بررسی توالی های مختلف گزارش شده، پرایمرهای مورد استفاده برای کلروتوکسین طراحی شد و پس از استخراج rna از غدد سم ساز عقرب ایرانی mesobuthus eupeus و سنتز cdna، ژن هدف با pcr تکثیر گردید. قطعه ی مورد نظر با موفقیت در سیستم pet کلون شده و بررسی های بیوانفورماتیکی توالی مورد نظر و مقایسه با دیگر گونه های عقرب که تاکنون مورد بررسی قرار گرفته اند، نشان دهنده تفاوت در توالی آمینواسیدی این پپتید بود. بیان کلروتوکسین در میزبان bl21 با استخراج پروتئین کل و با استفاده از ژل sds-page با غلظت 15? کنترل شد. با توجه به اهمیت سم کلروتوکسین در درمان سرطان های مختلف به خصوص تومورهای دستگاه عصبی، پس از تولید و تخلیص این پپتید می توان آن را در تیمار سلول های سرطانی مورد بررسی قرار داد.

توالی یابی و مطالعه ناحیه پروموتری ژن etf3 در مهره داران و ارتباط آن با سقط زودرس و مطالعه بیان آن در سلول های رویانی حاصل از کشت همزمان با سلول های بنیادی مزانشیمی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده علوم پایه 1390
  سمیه خاتمی   علی محمد احدی

توانایی تولید رویان در آزمایشگاه ظرفیتی بسیار سودمند جهت تحقیقات علمی بنیادی و کمک به افراد نابارور می باشد. استفاده از سیستم هم کشتی رویان با سلول های مختلف از جمله سلول های لوله تخم بر موجب تشکیل بهتر بلاستوسیست و گذر از مرحله ی توقف 8-16 سلولی در محیط کشت می گردد. فاکتور های رشد و فاکتور های رویان-پرور متعددی از سلول های لوله ی تخم بر ترشح می شود. فراوان ترین فاکتور رویان پرور etf3 می باشد که مخلوطی از پروتئین کمپلمان 3 و مشتقات آن می باشد. در این تحقیق جهت حصول اطلاعات مفید در کارایی تولید جنین در آزمایشگاه به بررسی بیان فاکتور etf3 در هم کشتی سلول های رویانی و بنیادی مزانشیمی با استفاده از روش rt-pcr پرداخته شد، زیرا سلول های بنیادی مزانشیمی فاکتورهای رشد و نیز برخی اجزای کمپلمان را ترشح می کنند. هم چنین با توجه به نقش سیستم کمپلمان در سیستم ایمنی، باروری و ترشح در تمام مهره داران، ناحیه کنترلی ژن c3 در مهره داران بررسی شد. با انجام مطالعات بیوانفورماتیکی و طراحی پرایمر های دجنره، pcr در مورد ماهی قزل-آلا انجام شد. در پروموتر این ژن، عناصر پاسخ دهنده متعددی از جمله استروژن را می توان نام برد که تنظیم کننده بیان آن هستند. استروژن در مراحل اولیه تکوین جنین همراه با تولید c3 ترشح می شود و با اثر بر ناحیه پروموتور این ژن سبب افزایش بیان c3 می گردد. در این تحقیق با فرض این که وجود پلی مورفیسم در دو ناحیه eres می-تواند با سقط های خود به خودی مکرر در ماه های اول بارداری مرتبط باشد، به جمع آوری نمونه خون از 30 زن مراجعه کننده به مرکز ناباروری پرداختیم. پس از استخراج dna به کمک پرایمرهای اختصاصی و به کارگیری روش pcr-sscp به بررسی پلی مورفیسم های احتمالی این ناحیه پرداخته شد. نتایج قسمت اول نشان می دهد در سلول-های رویانی، بنیادی مزانشیمی و تلفیق هر دو بیان ژن c3 وجود داشت. هم چنین ناحیه پروموتری این ژن در ماهی قزل آلا برای اولین بار در توالی یابی شد. توالی به دست آمده در بانک ژنی ncbi به ثبت رسید و به زودی منتشر می شود. در قسمت سوم پژوهش، بررسی ها ارتباط معنی داری با علائم مورد بررسی نشان نمی دهد، هر چند این بررسی، ما را به نوعی خاص از ناباروری بدون علامت نزدیک می نماید.

بررسی اثر تجویز خوراکی نانوذرات سلنیوم بر بیان ژن hsp90 متعاقب ورزش سنگین
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده دامپزشکی 1390
  پیمان فرامرزی   علی پرچمی

در این تحقیق از 8 رأس الاغ با محدوده وزنی و سنی یکسان بهره گرفته شد و حیوانات به طور کاملا تصادفی در دو گروه تیمار (دریافت دارنده نانو ذرات سلنیوم) و شاهد تقسیم شدند. سپس حیوانات تحت مراقبت درمانگاهی و آزمایشگاهی قرار گرفته و سلامت آن ها تأیید شد. در این هنگام طی دو مرحله اقدام به نمونه برداری از ماهیچه سرینه با سوزن نمونه برداری g14 شد تا سطح پایه بیان ژن hsp90 مشخص گردد. سپس نانوذره سلنیوم تهیه شده به روش شیمیایی به میزان 5/0 میلی گرم به ازاء هر کیلوگرم وزن بدن طی 10 روز به گروه تیمار (4 رأس) و آب مقطر به گروه شاهد خورانده شد و در پایان این دوره حیوانات وادار به راه رفتن (10 دقیقه)، تمرین سنگین (چهار نعل به مدت 15 دقیقه) و ساده (راه رفتن به مدت 15 دقیقه) شدند. نمونه برداری از ماهیچه قبل از القاء ورزش و همچنین در زمان های 2 ، 24 و 72 ساعت پس از ورزش انجام و نمونه ها بلافاصله در تانک اذت مایع تا زمان انجام آزمایش نگهداری شدند. بیان ژن توسط روش rt-pcr نیمه کمی به انجام رسید و نتایج توسط نرم افزار uv-tech به صورت کمی ثبت شدند. جهت تجزیه و تحلیل آماری نتایج از روش سنجش تکراری آنالیز واریانس یک طرفه و آزمون های تکمیلی توکی (tukey test) و dunnets method در سطح 05/0>p بهره گرفته شد. نتایج نشان داد که با القاء ورزش در گروه شاهد از میزان بیان ژن hsp90 در زمان های 24 و 72 ساعت پس از ورزش به طور معناداری کاسته می شود و این در حالیست که القاء ورزش در گروه دریافت دارنده نانوذره سلنیوم (تیمار) در طول مدت پس از ورزش تغییرات چندانی ندارد. این یافته ها حکایت از تأثیر مثبت تجویز خوراکی نانوذره سلنیوم بر جلوگیری از تغییرات فاحش بیان ژن hsp90 دارد که به نوعی مسئول حمایت سلول در برابر تخریب های القاء شده از سوی استرس هاست. کلمات کلیدی: سلنیوم، نانوذرات، الاغ، پروتئین شوک حرارتی 90، بیان ژن

کاربرد عصاره های کرم خاکی قرمز (lumbricus rubellus) و گیاه آلوئه ورا در بهبود زخم موش.
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده علوم 1390
  نرگس نجفی دستنایی   مهران عربی

ترمیم زخم فرایند ست که به دنبال جراحت در پوست و یا سایر بافت ها رخ می دهد. به دنبال بروز آسیب به ناحیه ای از پوست، پاسخ های التهابی رخ داده و افزایش تولید کلاژن توسط سلول های ناحیه درم آغاز می شود. به دنبال آن بافت اپیتلیالی بازارایی می گردد. به طور کلی ترمیم زخم شامل سه مرحله : التهابی ، تکثیر و بازآرایی می باشد. کمپلکس گلیکولیپوپروتیینی استخراج شده از بافت های کرم خاکی g90 نامیده شده و دارای توانایی تاثیر در فعالیت های متفاوت ناشناخته از قبیل خاصیت میتوژنیک، افزایش سلول های فیبروبلاستی وخواصی هم چون ضد انعقادی ، ضد باکتریایی ، آنتی اکسیدانی می باشد. هم چنین کمپلکس g90 سنتز tgf و egf را تحریک نموده و می تواند باعث تسریع فرایند ترمیم زخم شود. فعالیت میتوژنیک کمپلکس g90 مسئول تکثیر سلول های فیبروبلاستی و اندوتلیالی در ناحیه زخم می باشد. هدف از تحقیق حاضر مطالعه تاثیرات کمپلکس g90 (در دوز های متفاوت ) بر روی بیان ژن های igf و رسپتور egf در زخم های پوست موش (برداشت پوست به طور کامل) برای 8 و 16 روز بوده است . به علاوه مطالعات بافت شناسی سطح زخم و میزان mda تولید شده در سروم خون نیز انجام گردید. افزایش بیان ژن ها به کمک تکنیک rt-pcr بررسی شد و نتایج این بررسی نشان داد که تیمار g90 بیان ژن های igf و رسپتور egf را در محل زخم افزایش می دهد. هم چنین تیمار g90 میزان سطح زخم و mda موجود در سروم را به طور معنی داری نسبت به گروه های شم و کنترول 8 و 16 روز کاهش می دهد. مطالعات هیستوپاتولوژیک نشان داد که تیمار g90 باعث افزایش بازسازی مجدد اپیتلیوم ، تولید کلاژن ، تکثیر فیبروبلاست ها و آنژیوژنز در ناحیه زخم می شود. به طور خلاصه g90 استخراج شده از بافت های جانوری بسیار مفید بوده و می تواند به عنوان یک کاندیدای بسیار پرقدرت برای ترمیم زخم در انسان و جانوران به کار رود.

ترمیم زخم در موش: کاربرد عصاره گلیکولیپوپروتیینی کرم خاکی کالیفرنیایی (eisenia feotida).
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده علوم 1390
  حمیرا جعفرزاده سامانی   مهران عربی

پوست ارگانی بوده که مسولیت حمایت بدن در برابر عوامل استرس زا را بر عهده دارد. ساختار پوست شامل سه لایه اپیدرم ، درم و هایپودرم می باشد. آسیب وارد شده به پوست با آبشاری از رخدادهای سلولی آغاز شده و شامل التهاب ، شکل گیری بافت جدید و بازسازی می باشد که در نهایت منجر به بازسازی ناحیه آسیب دیده می گردد.کمپلکس گلیکو لیپوپروتیینی استخراج شده از بافت های کرم خاکی g-90 نامیده شده و دارای توانایی تاثیر در فعالیت های متفاوت ناشناخته از قبیل خاصیت میتوژنیک، افزایش سلول های فیبروبلاستی وخواصی هم چون ضد انعقادی ، ضد باکتریایی ، آنتی اکسیدانی می باشد. هم چنین کمپلکس g-90 سنتز tgf و egf را تحریک کرده و می تواند باعث تسریع فرایند ترمیم زخم شود. فعالیت میتوژنیک کمپلکس g-90 مسئول تکثیر سلول های فیبروبلاستی و اندوتلیالی در ناحیه زخم می باشد. هدف از تحقیق حاضر مطالعه تاثیرات کمپلکس g-90 (در دوز های متفاوت ) روی بیان ژن های tgf? و رسپتور fgf در زخم های پوست موش (برداشت پوست به طور کامل) برای 8 و 16 روز می باشد. به علاوه مطالعات بافت شناسی سطح زخم و سطح mda تولید شده در سروم خون نیز انجام گردید. افزایش بیان ژن ها به کمک تکنیک rt-pcr بررسی شد و نتایج این بررسی نشان داد که تیمار g-90 بیان ژن های tgf? و رسپتور fgf را در محل زخم افزایش می دهد. هم چنین تیمار g-90 میزان سطح زخم و mda موجود در سروم را به طور معنا داری نسبت به گروه های شم و کنترول 8 و 16 روز کاهش می دهد. مطالعات هیستوپاتولوژیک نشان داد که تیمار g-90 باعث افزایش بازسازی مجدد اپیتلیوم ، تولید کلاژن ، تکثیر فیبروبلاست ها و آنژیوژنز در ناحیه زخم می شود. به طور خلاصه g-90 استخراج شده از بافت های جانوری بسیار مفید بوده و می تواند به عنوان یک کاندیدای مفید برای ترمیم زخم انسان و جانوران به کار رود.

توالی یابی ژنی و بررسی بیان پپتید شبه کلروتوکسین عقرب زرد ایرانی (meict) کلونسازی شده در سیستم پروکاریوتی به روش وسترن بلات
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده علوم 1391
  فرزانه محمدی فارسانی   علی محمد احدی

در این پژوهش، ترادف ژنی یک پپتید شبه کلروتوکسین با نام meict، جدا شده از سم عقرب زرد ایرانی، که توسط تیم تحقیقاتی ما در مطالعات قبلی کلونسازی شده بود، مورد مطالعه قرار گرفت و بیان آن در یک میزبان پروکاریوتی بررسی شد. به علاوه جهت پیشگویی عملکرد این پپتید، مطالعات بیوانفورماتیکی نیز صورت گرفت. به منظور تعیین ترادف ژنی meict، ابتدا dna بافت های سرسینه و شکم عقرب استخراج گردید و سپس تکثیر ژن به روش pcr انجام شد. طراحی پرایمر به منظور تکثیر این ژن، به کمک بلاست نوکلئوتیدی و براساس ترادف ژنی پپتیدهای شبه کلروتوکسین صورت پذیرفت. جهت بیان این پپتید، از سیستم بیانی pet استفاده شد. برای انجام این امر، cdnaی کد کننده ی این پپتید، توسط وکتور pet22b(+) به باکتری اشرشیاکلای bl21 به عنوان میزبان انتقال یافت و شرایط مناسب برای القا و بیان آن مهیا گردید. در نهایت به منظور تایید بیان پپتید، از تکنیک وسترن بلات استفاده شد. بررسی های بیوانفورماتیکی و پیشگویی عملکرد این پپتید نیز به کمک نرم افزارهای clc، modeller، cn3d، hex، yasara و mega انجام شد. با وجود تلاش زیاد در تکثیر و تعیین توالی ژنی پپتید meict، در این پژوهش ترادف مورد انتظار برای این ژن به دست نیامد. بررسی ها نشان داده است که کلروتوکسین و بسیاری از پپتیدهای کوتاه زنجیر و بلند زنجیر سم عقرب دارای ساختارهای ژنومی مشابه هستند و از جمله مهم ترین این تشابهات ساختاری، وجود یک اینترون در ناحیه ی کد کننده ی این توکسین ها می باشد. به علاوه آن که توالی ژنی کلروتوکسین و پپتیدهای مشابه، دارای حفاظت شدگی نسبتاً بالایی است. لذا انتظار بر آن است که توالی ژنی meict به عنوان یک پپتید شبه کلروتوکسین، حفاظت شدگی نسبتاً بالایی با کلروتوکسین و سایر پپتیدها داشته باشد. اما در این تحقیق چنین ترادفی حاصل نشد. با این وجود، انجام وسترن بلات، امکان بیان پپتید meict را در باکتری اشرشیاکلای تایید نمود. لذا می توان این پپتید را به صورت نوترکیب در این باکتری بیان نمود و با اهداف تخلیص و بررسی عملکرد و اثرات درمانی مورد استفاده قرار داد. نتایج حاصل از بررسی های بیوانفورماتیکی نیز نشان داد که این پپتید شباهت آمینواسیدی، ساختاری و عملکردی قابل توجهی با کلروتوکسین و پپتیدهای مشابه دارد و لذا می تواند به عنوان یک داروی موثر زیستی جدید در درمان سرطان مورد مطالعه قرار گیرد.

بررسی بیان ایزوفرم های ژن های xkry و kdm5d و همولوگ های x آن-ها در بیضه ی آزواسپرم انسان
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده علوم 1391
  دیبا احمدی رستگار   قاسم حسینی سالکده

ناباروری مردان مسوول حدود 50% از عوامل ناباروری است. در میان اختلالات ژنتیکی که عامل 15-30% از موارد ناباروری مردان است، کروموزوم y به عنوان یک پارامتر کلیدی و مهم در نظر گرفته می شود زیرا حاوی بسیاری از ژن های ضروری برای اسپرماتوژنز و تکوین گنادهای مردانه است. در این مطالعه، بیان ایزوفرم های xkry و kdm5d (دو ژن کروموموزوم y) و همولوگ x آن ها در بیضه های آزواسپرم بررسی شد. هدف از این پژوهش، ارزیابی بیان هر ایزوفرم در بافت بیضه آزواسپرم در مقایسه با بیضه نرمال بوده است. در این حالت، نه تنها درک بهتری از عملکرد ژن های مورد مطالعه به دست می آید، بلکه امکان مقایسه بیان ایزوفرم های هر ژن و نیز مقایسه بیان نسخه های x و y نیز وجود دارد. نمونه ها قبل از استفاده، به لحاظ سیتوژنتیکی تایید شدند. سپس، بیان هر ایزوفرم در این بافت ها با روش real-time pcr مورد ارزیابی قرار گرفت. همچنین، بیان پروتئین xkry با روش western blotting مشخص شد. نتایج، کاهش بیان xkrx1 و افزایش بیان kdm5c1 و kdm5c2 را در بافت سلول سرتولی تنها (scos) و افزایش بیان kdm5c2 را در بافت بیضه با توقف بلوغ اسپرم (ma) نشان داد. همچنین تفاوت معنادار بین xkrx1 و xkrx2 ، kdm5d1 و kdm5d3 در گروه scos و kdm5c1 و kdm5c2 در گروه ma و نیز بین ژن های kdm5d و kdm5c در هر دو گروه بافتی تعیین شد. بیان پروتئین xkry در بیضه های نرمال و ma مشاهده شد؛ اما در بیضه scos دیده نشد. این مطالعه اهمیت بررسی ژن ها و پروتئین های azfb و همولوگ x آن ها را در فرآیند باروری مردان نشان می دهد. پروژه انجام شده اولین گزارش می باشد.

مطالعه ی برخی جنبه های مورفولوژیک، فیزیولوژیک و مولکولی مقاومت به تنش خشکی در چمن های آگروپایرون دزرتوروم (agropyron desertorum fischer.)، پوآ پراتنسیس (poa pratensis l.) و بروموس اینرمیس (bromus inermis leyss.)
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه گیلان - دانشکده کشاورزی 1392
  مریم تاتاری ورنوسفادرانی   رضا فتوحی قزوینی

تنش خشکی از مهم ترین عواملی است که رشد و کیفیت ظاهری چمن را کاهش می دهد. در بسیاری از شهرهای ایران محدودیت منابع آب مطرح است. با توجه به نیاز آبی بالای چمن ضروری است راهکارهایی برای داشتن چمن اندیشیده شود. از جمله این راهکارها، استفاده از چمن های مناسب برای شرایط اقلیمی خشک و نیمه خشک است. استفاده از گونه ها و ارقام مقاوم به خشکی می تواند یک برنامه مدیریتی مفید برای کاهش نیاز آبی در چمن باشد. این پژوهش به منظور بررسی پاسخ های مورفولوژیک، فیزیولوژیک و مولکولی چمن های آگروپایرون دزرتوروم، پوآ پراتنسیس رقم ‘باریمپالا’ و بروموس اینرمیس به قطع آبیاری انجام شد. بذور چمن در گلدان های استوانه ای در فضای آزاد کشت شدند و آبیاری به نحوی انجام شد که آب به آرامی از انتهای زهکش گلدان خارج شود. پس از استقرار کامل گیاهان، آبیاری قطع گردید تا بیشتر گیاهان به حدود 80 درصد خشکیدگی برسند و پس از آن آبیاری مجدد انجام شد. با قطع کامل آبیاری به ترتیب چمن های بروموس اینرمیس، پوآ پراتنسیس و آگروپایرون دزرتوروم به حدود 80 درصد خشکیدگی رسیدند. درصد خشکیدگی آگروپایرون دزرتوروم و پوآ پراتنسیس پس از آبیاری مجدد کاهش یافته و پس از مدتی مشابه گیاهان شاهد شدند، اما بروموس اینرمیس به خشکیدگی کامل رسید. تنش خشکی ارتفاع رشد، ماده ی خشک حاصل از سربرداری، کیفیت چمن، محتوای نسبی آب برگ و محتوای کلروفیل برگ را کاهش داد که این کاهش در آگروپایرون دزرتوروم کم تر از دو گونه ی دیگر بود. آگروپایرون دزرتوروم در مقایسه با دو گونه ی دیگر چمن از طول و وزن خشک ریشه ی بسیار بیشتری برخوردار بود. اختلاف معنی داری بین بروموس اینرمیس و پوآ پراتنسیس در طول و وزن خشک ریشه دیده نشد، ولی با طولانی شدن تنش، نشت یونی و پراکسیداسیون اسیدهای چرب در بروموس اینرمیس به شدت افزایش پیدا کرد. کم ترین نشت یونی و پراکسیداسیون اسیدهای چرب در آگروپایرون دزرتوروم دیده شد. در شرایط تنش آگروپایرون دزرتوروم بیشترین افزایش را در محتوای پرولین نشان داد. در آگروپایرون دزرتوروم و پوآ پراتنسیس فعالیت آنزیم های سوپراکسید دیسموتاز و کاتالاز در گیاهان تحت تنش افزایش یافته و با طولانی شدن تنش کاهش پیدا کرد که بیشترین و کم ترین فعالیت این دو آنزیم به ترتیب در آگروپایرون دزرتوروم و بروموس اینرمیس مشاهده شد. فعالیت آنزیم های آسکوربات پراکسیداز و پراکسیداز در بروموس اینرمیس تفاوت معنی داری با گیاهان شاهد نداشت. فعالیت این دو آنزیم در پوآ پراتنسیس ابتدا افزایش و با پیشرفت خشکی کاهش پیدا کرد، اما آگروپایرون دزرتوروم افزایش روز افزونی را در فعالیت این آنزیم ها نشان داد. پوآ پراتنسیس و بروموس اینرمیس در ابتدا افزایش فعالیت آنزیم گلوتاتیون پراکسیداز را نشان دادند، اما با طولانی شدن خشکی فعالیت این آنزیم در این دو گونه ی چمن کاهش پیدا کرد، ولی فعالیت این آنزیم در آگروپایرون دزرتوروم روند افزایشی را نشان داد. نتایج تجزیه همبستگی ساده صفات، وجود همبستگی مثبت و منفی معنی داری را بین برخی از صفات ارزیابی شده نشان داد. در کلیه ی نمونه گیری های انجام شده در گیاهان تحت تنش و نیز گیاهان شاهد ژن های cat و pod بیان گردید، اما میزان رونوشت ها بسته به گونه و زمان نمونه برداری متفاوت بود. بیان ژن cat و pod در آگروپایرون دزرتوروم مطابق با فعالیت این آنزیم ها بود. در پوآ پراتنسیس بیان ژن cat منطبق با فعالیت آن بود، ولی بیان ژن و فعالیت آنزیم pod در زمان های مختلف نمونه برداری با یکدیگر منطبق نبود. بیان ژن آنزیم های cat و pod در بروموس اینرمیس نیز هماهنگ با فعالیت این آنزیم ها نبود. به طور کلی بیان و فعالیت سیستم آنتی اکسیدانی در گونه ی آگروپایرون دزرتوروم بیشتر از دو گونه ی دیگر بود.

طراحی، ساخت و کلون سازی ژن کد کننده پروتئین ترکیبی مهارکننده بافتی ماتریکس متالوپروتئیناز4-پپتید شبه کلروتوکسین عقرب مزوبوتوس اوپئوس ایرانی (timp4-meict)
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده علوم پایه 1391
  بتول سادات تقوی   علی محمد احدی

امروزه علم مهندسی پروتئین, دریچه ای نوین برای تولید محصولات زیستی جدید به روی محققان گشوده است. طراحی و ساخت پروتئین های جدید با عملکرد های مورد نظر و همچنین, دستکاری در سایز و ساختار سه بعدی ملکول های پروتئینی با تکنولوژی مهندسی پروتئین امکان پذیر است [1]. از جمله تکنیک های ارزشمند در مهندسی پروتئین, اتصال ژن های مختلف به منظور تولید و بیان ملکول های مرکب حاوی پروتئین های متفاوت است [2]. ساخت بسیاری از پروتئین های هدف یا پلی پپتید های خاص از طریق تکنیک های اتصال ژن که منجر به بیان پروتئین های ترکیبی می شود روندی رو به رشد است. معمولا" پروتئین های ترکیبی خصوصیات عملکردی هر یک از پروتئین های اصلی را دارا هستند [3]. ما در این مطالعه با استفاده از تکنیک های مهندسی ژنتیک بخش های عملکردی دو ژن مهارکننده بافتی ماتریکس متالوپروتئیناز-4 (timp-4) و ژن کد کننده پپتید شبه کلروتوکسین عقرب مزوبوتوس اوپئوس ایرانی (meict) را جهت ساخت یک پروتئین ترکیبی با اهداف درمانی و خواص ضد متاستازی در ساختاری واحد قرار داد ایم. مهار کنندگان بافتی متالوپروتئیناز ها (timps) مهارکنندگان اختصاصی ماتریکس متالوپروتئیناز ها (mmps) بوده, و فعالیت آن ها را در بافت ها کنترل می کنند . ماتریکس خارج سلولی (ecm) بخش پیچیده, پویا و بسیار ضروری همه بافت ها بوده که مهاجرت سلول ها در طی دوره تکوین و مورفوژنز, بهبود زخم ها و بازآرایی بافتی نیازمند تخریب کنترل شده این ماتریکس است [4]. ماتریکس متالوپروتئیناز ها دارای 23 عضو وابسته به روی بوده و اندوپپتیداز ها یی هستند که قادرند تقریبا" تمام اجزای ماتریکس خارج سلولی را تخریب کنند [5]. تحت شرایط فیزیولوژیکی نرمال فعال شدن mmp ها در سطوح مختلف به صورت دقیقی تنظیم می شود [6] و از دست رفتن این کنترل باعث ایجاد بیماری هایی مثل سرطان, بیماری ها ی قلبی-عروقی و ورم مفاصل می شود[7]. خانواده timp در پستانداران 4 عضو (timp1-4) دارد که timp-4 جدید ترین عضو این خانواده است. timp ها دارای یک پایانه انتهایی آمینو 125 اسید آمینه ای و یک پایانه انتهایی کربوکسیلی 65 اسید آمینه ای بوده و هر یک از این قلمرو ها حاوی 3 باند دی سولفیدی حفاظت شده است. پایانه انتهایی آمینو timp-4 تا خورده و به عنوان یک واحد مجزا برای مهار mmpها عمل می کند [8]. در واقع timp از طریق گروه آمینوی اسید آمینه سیستئین در پایانه آمینوی خود, اتم روی (zn)در جایگاه فعال mmp ها را شلاته کرده و از این طریق سبب مهار mmp ها می شود [9]. فعالیت mmp ها برای تهاجم سلول های توموری, شکل گیری متاستاز و رگ زایی نیاز است و بنابراین, مهار آن ها توسط مهارکنندگان طبیعی مثل timp-4 و یا ساخت مهار کنندگان مصنوعی راهی برای مقابله با تهاجم ومتاستاز تومور ها خواهد بود [10]. ژن دیگر مورد نظر در این مطالعه, ژن کد کننده پپتید شبه کلروتوکسین از عقرب مزوبوتوس اوپئوس ایرانی (meict) است. کلروتوکسین اولین بار از سم عقرب لیوروس کوینکواستریاتوس استخراج شد و یک پپتید کوتاه زنجیره 36 اسید آمینه ای است [11]. این پپتید سبب مهار گروهی از کانال های کلر شده و تغییرات گوناکونی را در فیزیولوژی سلول سبب می شود, و شامل 4 پل دی سولفیدی بوده که توسط 8 بنیان سیستئین تشکیل می شود, و از 3 صفحه بتا ویک مارپیچ آلفا تشکیل شده است. کلروتوکسین اولین لیگاند گزارش شده با تمایل بالا به کانال های کلر است که قادر است دریچه های کوچک کلر را ببندد [12]. تحقیقات روی سلول های سرطانی نشان داده که کانال های یونی خاصی در رشد کنترل نشده و تهاجم توموری نقش داشته و مهار کنندگان این کانال ها قادرند رشد تومور را مهار کنند. نقش کانال های کلر و پتاسیم در مورد تومور های مغزی اولیه که سبب تهاجم و متاستاز می شوند ثابت شده است. برای عملکرد تهاجمی سلول های توموری کاهش حجم سلول نیاز است و این امر با خارج شدن آب توسط نیروی شیب الکتروشیمیایی حاصل از کانال های کلر و پتاسیم میسر می شود. کاهش حجم سلول سبب تسهیل تهاجم و متاستاز سلول های سرطانی می شود. بنابراین, مهار کانال های کلر سبب تاخیر در تغییر اندازه سلول شده و تهاجم سلول های توموری را تعدیل می کند. مطالعات اخیر نیز نشان دادند که ماتریکس متالوپروتئیناز-2 (mmp-2) یک رسپتور اختصاصی دیگر برای کلروتوکسین محسوب می شود. mmp-2 پروتئینازی است که در تهاجم توموری درگیر بوده و خصوصا" در گلیوما و سرطان های مربوطه افزایش بیان داشته اما در سلول های نرمال مغز بیان نمی گردد. اتصال کلروتوکسین به mmp-2 مانع از کاهش حجم ابعاد سلول گلیوما شده و قابلیت مهاجرت آن را کاهش می دهد [13]. در این مطالعه ژن کد کننده این پپتید از یک گونه عقرب ایرانی به نام مزوبوتوس اوپئوس انتخاب شده است. بررسی های اولیه توسط دکتر آیت و همکاران در سال 2011 نشان داد که طول cdna کد کننده ی این توکسین، 102 نوکلئوتید بوده و دارای 81% تشابه نوکلئوتیدی با توالی کد کننده ی پپتید ctx می باشد [14]. امید است این پژوهش، گام نخستین برای بررسی های بالینی بعدی و بررسی عملکرد این پروتئین ترکیبی در مهار متاستاز انواع سلول های سرطانی باشد.

جستجوی عفونت به بروسلا در گوسفندان منطقه شهرکرد
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده دامپزشکی 1392
  امین درخشان   محمدرضا محزونیه

بروسلوزیس از مهمترین بیماری های مشترک انسان و دام در سطح جهانی محسوب می شد. بیماری در گوسفندان موجب سقط و کاهش تولید شیر در گله می شود. درمان به طور معمول انجام نمی پذیرد و مهمترین راه کنترل بیماری، واکسیناسیون گوسفندان با واکسن elberg’s rev 1 که تخفیف حدت یافته از بروسلا ملی تنسیس (brucella melitensis) است می باشد. هدف از این پژوهش به کار بردن روش pcr در تشخیص بروسلا ملی تنسیس در جنین های گوسفند سقط شده در منطقه شهرکرد می باشد. در این مطالعه نمونه گیری از محتویات شیردان 51 مورد از موارد سقط گوسفند در منطقه شهرکرد انجام شد. dna به روش فنول کلروفرم استخراج، آزمون pcr انجام و محصولات بر روی ژل الکتروفورز بررسی شد. بروسلا ملی تنسیس در 17 مورد از 51 مورد یافت شد (3/33%).

ساخت کتابخانه آنتی بادی شتری دایمر با قابلیت ویژگی و ظرفیت دوگانه برعلیه مارکرهای توموری
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده علوم پایه 1391
  ارغوان سلیمانی زاده   علی محمد احدی

در این پژوهش دو کتابخانه آنتی بادی دو ظرفیتی و دو ویژگی vhh-vhh و vhh-vh بر ضد آنتی ژن های توموری رده سلولی skbr3 ساخته شد. این لاین سلولی مارکرهای توموری مربوط به سرطان سینه را بیان می کند، که از جمله آن ها her2 است که بیان بالایی در این لاین سلولی دارد. مارکرهای توموری مولکول هایی هستند که قادرند حضور سرطان را محرز کنند و اطلاعاتی در مورد رفتار بعدی سرطان مثل قابلیت متاستاز و یا پاسخ به درمان فراهم آورند. بعد از کشف آنتی بادی شتری به عنوان آنتی بادیی که عاری از زنجیره سبک است، توجه دانشمندان به سمت این آنتی بادی به عنوان یک وسیله مفید برای تشخیص و درمان بسیاری از بیماری ها جلب شد. مهمترین مزیت دمین متغیر این آنتی-بادی (vhh)، کوچکی و به دنبال آن ایمنی زایی پایین در انسان و قابلیت ردیابی آنتی ژن هایی است که خارج از دسترس دیگر آنتی بادی هاست. مطالعات مختلف نشان داده اند که اشکال دو ظرفیتی و دو ویژگی آنتی بادی تمایل و اختصاصیت بسیار بالاتری برای اتصال به آنتی ژن نسبت به آنتی بادی های تک ظرفیتی دارند. نواحی متغیر زنجیره های سنگین vh و vhh به کمک واکنش pcr، از cdna سنتز شدند. لولای آنتی بادیigg2 و igg3 شتر، به عنوان لینکر برای اتصال vhh به vhh و همچنین اتصال vh به vhh، مورد استفاده قرار گرفتند. دو قطعه آنتی بادی به کمک روش انتقال به وکتور به هم متصل شدند. در ابتدا قطعه vhh-hing به کمک آنزیم برش دهنده sac1 و xho1 به درون وکتور فاژمیدی pcomb3x، انتقال داده شد. در مرحله بعد، قطعات vhh و vh که با کمک آنزیم-های spe1 و xho1 برش داده شدند، به وکتور منتقل شدند. سرانجام وکتور حاوی آنتی بادی دو ظرفیتی و دو ویژگی vhh-hing-vhh و vhh-hing-vh با کمک الکتروپوریشن به درون باکتری الکتروکامپتنت dh5? انتقال داده شد و کتابخانه هایی با بزرگی 105 کلون ساخته شد. همچنین بیان این کتابخانه بررسی شد. به منظور بررسی تنوع کتابخانه های حاضر، بر روی چند نمونه rflp انجام شد. تفاوت در الگوی برش قطعات، نشان دهنده تنوع کتابخانه حاضر است.

کلون سازی و بیان ژن متالوتیونین3 موشی در سیستم پروکاریوتی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده علوم پایه 1392
  سیده سحر مرتضوی فارسانی   بهناز صفار

متالوتیونین ها خانواده ای از پروتئین های با وزن مولکولی پایین، غنی از سیستئین و جذب کننده ی فلز هستند. این پروتئین ها دارای چندین عملکرد مانند خنثی سازی اثر سمی فلزات، تنظیم همئوستازی فلزات ضروری و جمع آوری رادیکال های آزاد سلولی می باشند. مطالعات نشان داده است که متالوتیونین در فرایندهای تکثیر سلولی و آپوپتوز نیز نقش دارد. متالوتیونین ها پلی پپتیدهای تک رشته ای دارای 61 تا 68 آمینواسید شامل 20 ریشه ی سیستئین حفاظت-شده می باشند. ژنوم یوکاریوت ها دارای چند ژن کدکننده ی متالوتیونین است. خانواده ی متالوتیونین طی وقوع مضاعف شدگی چهار ژن اصلی (mt1 تا mt4) را ایجاد کرده است. mt1 و mt2 در همه ی بافت ها بیان می شوند درحالیکه mt3 و mt4 به ترتیب در بافت مغز و سلول های اپیتلیال بیان دارند. mt3 که فاکتور مهارکننده ی رشد سلول های نورونی (gif) نیز نامیده می شود عملکردهای ویژه ای مانند جلوگیری از جوانه زدن نورون ها دارد و در مغز افراد دچار بیماری آلزایمر کاهش می یابد. در این مطالعه cdnaی متالوتیونین3 موشی جداسازی، توالی یابی و در سیستم پروکاریوتی کلون و بیان گردید. rnaی کل سلول از مغز موش استخراج و خالص سازی شد و سپس جهت ساخت cdna تحت واکنش رونویسی معکوس با استفاده از پرایمر الیگوdt قرار گرفت. orf مربوط به ژن mt3 در وکتور pet22b(+) کلون و به باکتری های اشرشیاکلای سوش top10f و bl21 انتقال داده شد. انجام کلونی-pcr، تعیین توالی و بررسی هم ترازی توالی نشان داد که mt3 به درستی کلون شده است. بیان پروتئین توسط پلاسمید نوترکیب ساخته شده توسط sds-page مورد بررسی قرار گرفت و باند مورد نظر با اندازه ی 9.02 کیلو دالتون مشاهده شد.

بررسی اثر داروهای ضد صرعی کلونازپام و گاباپنتین در القاء بیان ژن mdr1a در شرایط in vivo
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده علوم 1391
  امین ایزدی تبار   علی محمد احدی

صرع یکی از شایع ترین بیماریهای نورولوژیک جهان می باشد که هم اکنون 50 میلیون نفر در سراسر جهان به آن مبتلا می باشند. یکی از مشکلات اصلی درمان صرع، مقاومت دارویی بیماران به داروهای ضد صرعی می باشد. این مقاومت به علت وجود خانواده ای از ژنها به نام کاست باند شونده به atp می باشد. مهمترین عضو این خانواده پمپی به نام گلیکوپروتئین p می باشد که با استفاده از انرژی atp، داروها و مواد سمی را به خارج از سلول پمپ می کند. هدف از انجام این تحقیق بررسی چگونگی بیان این ژن در اثر مصرف داروهای ضد صرع می باشد و اینکه مدت زمان مصرف دارو بر بیان این ژن چه تاثیری خواهد داشت. این مطالعه به صورت in vivo با استفاده از موشهای آزمایشگاهی نژاد balb/c انجام شد. به این صورت که دو داروی ضد صرعی کلونازپام و گاباپنتین در دوز ثابت محاسبه شده در دوره های زمانی مختلف به این موشها تزریق شده و پس از آخرین تزریق میزان بیان ژن مقاومت چند دارویی با استفاده از تکنیک rt-pcr نیمه کمی مورد بررسی قرار گرفت. نتایج بدست آمده با استفاده از نرم افزار spss نسخه 18 و آزمونهای آنالیز واریانس یک طرفه و توکی مورد بررسی قرار گرفتند. نتایج نشان می دهد که بیان ژن mdr1a موش در زمان 24 ساعت پس از تزریق کلونازپام بیشترین بیان را در میان گروههای مختلف داشته و دارای اختلاف معنی داری با سایر گروه ها می باشد. در نتیجه می توان استنباط کرد که داروی کلونازپام باعث تغییر در بیان ژن mdr1a در سطح mrna می گردد که ممکن است مقاومت دارویی چند برابری نسبت به این دارو و سایر داروها ایجاد نماید. همچنین می توان دریافت که خانواده دارویی بنزودیازپینها به احتمال باعث افزایش بیان این خانواده ژنی می شوند و این یافته می تواند به بهبود روند استراتژیهای درمانی موثر و طراحی داروهای مفیدتر کمک نماید.

اثر سدیم نیتروپروساید و هماتین روی جوانه زنی، فتوسنتز،پاسخ آنتی اکسیدانتی، محتوای عناصر و برخی از متابولیت های ثانویه گاوزبان ایرانی تحت تنش شوری
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - پژوهشکده علوم 1392
  محبوبه عبداللهی نجف آبادی   ریحانه ع

نیتریک اکساید مولکول سیگنالی وسیعی در بسیاری فرایندهای فیزیولوژیکی و پاسخ های مختلف گیاهان به استرس-های زیستی و غیرزیستی از قبیل شوری می باشد. هم چنین هم اکسیژناز یک آنزیم دفاعی سلولی است که واکنش های مقاومت گیاه را وساطت می کند. هدف از این مطالعه بررسی اثر سدیم نیتروپروساید (به عنوان دهنده no) و هماتین (به عنوان یک القا کننده هم اکسیژناز) در کاهش استرس های شوری در گاوزبان ایرانی است. در آزمایش اول اثر غلظت های مختلف snp (100 و 200 میکرومولار) و هماتین (1و2میکرومولار) در سه سطح شوری (0، 50 و 100 میلی-مولار) بر جوانه زنی دانه و رشد گیاهچه های گاوزبان بررسی شد. نتایج نشان داد که شوری 50 میلی مولار اثرات چندانی را نشان نداد. بنابراین گاوزبان به استرس شوری بسیار حساس نبود. کاربرد snp 200 میکرومولار اثرات منفی در جوانه زنی دانه و رشد گیاهچه را به دنبال داشت. اگرچه snp 100 میکرومولار و هماتین 1 و 2 میکرومولار به طور قابل توجه جوانه زنی نهایی، t50 و طول گیاهچه را اصلاح کرد. بنابراین آزمایش دوم و سوم اثر snp100میکرومولار و هماتین 2 میکرومولار همراه با cptio (بازدارنده no) و znppix (مهار کننده ho) روی جوانه زنی، رشد، فتوسنتز، ترکیبات ثانویه و محتوای یون و پاسخ های آنتی اکسیدانتی در گاوزبان بررسی شد. نتایج آزمایش دوم نشان داد که تحت شوری 100 میلی مولار، هماتین و snp هردو جوانه زنی نهایی، انرژی جوانه زنی، ایندکس جوانه زنی و فعالیت آلفا آمیلاز و بتا آمیلاز را افزایش دادند. هم چنین این دو ترکیب تشکیل قند احیا و کربوهیدرات محلول کل را سرعت بخشیدند. نتایج آزمایش سوم نشان داد که نحت استرس شوری snp 100 میکرومولار و هماتین، رنگدانه های فتوسنتزی، fv/fm، پرولین و وزن تر و خشک ریشه و ساقه را افزایش دادند. هماتین و snp هم چنین فعالیت آنزیم های آنتی اکسیدانت را افزایش دادند. بنابراین نتایج نشان داد کاهش آسیب اکسیداتیو با کاهش مالون د آلدهید و محتوای پراکسیدهیدروژن در برگ ها همراه بوده است. هم چنین snp و هماتین تولیدات فلاونوئیدی، آنتوسیانین، موسیلاژ و مواد فنلی در برگ ها را افزایش دادند. و نیز فعالیت خنثی کردن رادیکا ل-ها در برگ ها افزایش یافت. snp و هماتین، سدیم و کلر را در این گیاه کاهش دادند و میزان پتاسیم ، منیزیم ، کلسیم، نیترات و سولفات در برگ ها تحت استرس شوری افزایش یافتند.کاربرد znppix اثرات هماتین بر تحمل شوری را مهار کرد اما اثرات مثبت snp را نتوانست مهار کند در حالی که cptio اثرات مثبت snp و هماتین را در همه ویژگی های بالا در گیاه گاوزبان تحت استرس شوری مهار کرد. بنابراین این نتایج نشان داد که ممکن است نقش حفاظتی هماتین با القای نیتریک اکساید در ارتباط باشد در حالی که تولیدات نیتریک اکساید مشتق شده از هماتین نیز تایید شده بود.

جداسازی، توالی یابی و کلون سازی ژن کدکننده ی پروتئین مشابه پپتید ضددرد و ضدتومور agap از گونه های عقرب ایرانی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده علوم پایه 1392
  زینب دهقان موروزه   هدی آیت

در سال¬های اخیر مطالعات متعددی بر روی سموم حیوانات و حشرات برای یافتن مولکول¬هایی با خواص دارویی انجام شده است. سموم عقرب دارای مولکول¬های کوچکی با خواص زیستی و دارویی مختلف می¬باشد. بسیاری از این سموم برای درمان سرطان، صرع، بیماری¬های مربوط به سیستم ایمنی، بیماری¬های قلبی و درمان بیماری¬های میکروبی استفاده می¬شوند. پپتید آنتی تومور- ضد درد (bmk agap) یک پپتید بلند زنجیر استخراج شده از عقرب بوتوس مارتنسی است که بسیاری از مسیرهای درگیر در پیشرفت سرطان را مهار می¬کند و همچنین بر روی کانال¬های سدیمی درگیر در درد اثر گذاشته و خاصیت ضد درد دارد. هدف از این تحقیق تعیین ترادف ژنی پپتید شبه آنتی-تومور- ضددرد (agap) از عقرب مزوبوتوس اوپئوس ایرانیiranin) eupeus (mei agap) (mesobuthus و کلون-ساری آن بوده است. بدین منظور نخست با طراحی یک pcr- نستد اقدام به تکثیر ژنی آن از عقرب ایرانی شد و پس از تعیین توالی و بررسی مقایسه¬ی ترادف ژنی، اقدام به کلون¬سازی آن در وکتور petشد، همچنین بیان اولیه¬ی آن نیز در میزبان پروکاریوتی e.coli سوش bl21 صورت گرفت. بررسی¬های بیوانفورماتیکی، پیشگویی عملکرد آن و ویژگی¬های بیوشیمیایی این پروتئین به کمک نرم¬افزارهای clc، yasara، pymol، vmd و سرورهای hex،cluspro و expasy انجام شد. بررسی ¬های بیوانفورماتیکی نشان داد که این توکسین در مقایسه با توکسین bmk agap دارای اینترون کوتاه¬تری است ولی ناحیه کد کننده¬ی پپتید بالغ و ساختار سه بعدی و عملکرد آن بر روی کانال¬های سدیمی، شباهت بالایی با توکسین bmk agap دارد. بنابراین این توکسین می¬تواند به عنوان دارویی برای درمان سرطان و درد مورد استفاده قرار گیرد.

بررسی نقش نیتریک اکسید و بیان ژن هم اکسیژناز-1 بر تحمل سمیت نانونقره در خردل سیاه
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده علوم پایه 1392
  فاطمه السادات طباطبائی فر   علی محمد احدی

نانونقره یکی از انواع نانو ذرات است که به¬طور گسترده مورد استفاده قرار می¬گیرد, اما مکانیسم سمیت آن در گیاهان هنوز ناشناخته است. در این تحقیق اثرات نانو نقره در مقایسه با نیترات نقره روی جوانه¬زنی بذر خردل سیاه در سطوح فیزیولوژیکی و مولکولی بررسی شد. نیتریک اکسید به عنوان یک مولکول سیگنالی در یکسری از فرایندهای فیزیولوژیکی و پاسخ¬های گیاه به تنش¬های زیستی و غیر زیستی دخیل است. همچنین هم اکسیژناز به عنوان یک انزیم سلولی مهم در فرایندهای رشد و نموی گیاهان نقش دارد. در این تحقیق در ابتدا اثرات نانو نقره در غلظت¬های 0, 50, 100, 200, 400, 800 و 1600 میلی گرم بر لیتر در مقایسه با همان غلظت¬ها از نیترات نقره بر جوانه¬زنی بذر، رشد دانه¬رست و همچنین میزان بیان ژن هم¬اکسیژناز ارزیابی شد. انرژی جوانه¬زنی, سرعت جوانه¬زنی و شاخص مقاومت جوانه¬زنی در غلظت 50 میلی¬گرم بر لیتر نانو نقره به¬طور مثبتی تحت تاثیر قرار گرفتند در حالی¬که در نیترات نقره نسبت به کنترل متاثر نشدند. بنابراین خردل سیاه حساسیت زیادی نسبت به نانو نقره و نیترات نقره ندارد. غلظت 200 و 400 میلی گرم بر لیتر نانو نقره و نیترات نقره میزان بیان ژن هم¬اکسیژناز را افزایش داد ولی1600 میلی گرم آنها میزان بیان ژن هم¬اکسیژناز را سرکوت کرد. به¬هر حال با افزایش غلظت¬های نانو نقره و نیترات نقره شاخص¬های جوانه¬زنی, فعالیت لیپاز, قند محلول و قند کل در دانه¬های در حال جوانه¬زنی و رشد دانه¬رست کاهش و محتوای روغن دانه افزایش پیدا کرد. همچنین در این تحقیق برای اولین بار نقش سدیم نیتروپروساید ( به عنوان دهنده no) و هماتین (به عنوان القاگر هم اکسیژناز) در ایجاد مقاومت در برابر تنش با نانونقره و نیترات نقره در گیاه خردل سیاه بررسی شد. به این منظور اثر غلظت¬های مختلف snp(0, 100, 200, 400, 800 میکرو مولار) و هماتین (1, 2, 4, 8 میکرو مولار) تحت تنش با غلظت 400 میلی¬گرم بر لیتر نانو نقره و نیترات نقره بر شاخص¬های جوانه¬زنی و رشد بعدی دانه¬رست خردل سیاه مورد بررسی قرار گرفت. طبق انتظار نتایج نشان داد که هماتین و snp هر دو ممانعت جوانه¬زنی ناشی از سمیت را در یک الگوی وابسته به دوز برطرف کردند که همسو با پاسخ¬های t50 ، طول دانه¬رست و بنیه بود. ممانعت جوانه¬زنی، t50، طول دانه¬رست و بنیه ناشی از سمیت نانو نقره و نیترات نقره بوسیله هماتین و snp بهبود پیدا کرد و ماکزیمم پاسخ¬ها در غلظت¬های 4 میکرو مولار هماتین و 400 میکرو مولار snp بدست آمد. بنابراین در آزمایش¬های بعدی اثر 4 میکرو مولار هماتین و 400 میکرو مولار snp همراه با cptio (به عنوان پاکروبی کننده no) و znppix(به عنوان یک ممانعت کننده ho)، روی جوانه¬زنی، رشد، رنگیزه¬های فتوسنتزی و پاسخ¬های آنتی اکسیدانت خردل سیاه بررسی شد. نتایج نشان دادند که هماتین و snp هر دو باعث افزایش جوانه¬زنی، تقویت فعالیت لیپاز، کاهش محتوای روغن و تشدید تشکیل قند احیا و قند محلول کل در دانه¬های در حال جوانه¬زنی در معرض قرار گرفته با غلظت 400 میلی گرم بر لیتر نانو نقره و نیترات نقره شدند. همچنین snp و هماتین باعث افزایش وزن خشک و تر ریشه و ساقه، پیگمان های فتوسنتزی، میزان پرولین و رونوشت¬های ho-1 در غلظت 400 میلی¬گرم بر لیتر نانو نقره و نیترات نقره شدند. همچنین هماتین و snp توانستند باعث افزایش میزان فعالیت آنزیم های آنتی اکسیدانی (cat, apx, pox, sod) شوند که منجر به غلبه بر آسیب¬های آنتی اکسیداتیو شد که بصورت کاهش mda و h2o2 نمایانگر شد. کاربرد znppix توانست اثر هماتین را در تحمل نانو نقره و نیترات نقره مهار کند, اما نتوانست اثر مثبت snp را معکوس کند. در حالی¬که cptio اثرات مثبت سدیم نیتروپرواکساید و هماتین روی همه صفات بالا را در گیاهان تحت تنش نانونقره و نیترات نقره ممانعت کرد. بنابراین نقش¬های حفاظتی هماتین ممکن است مربوط به القای سیگنال no داخلی باشد. علاوه بر این تولید no مشتق از هماتین در این آزمایش تایید شد. همه داده¬های فیزیولوژیکی و مولکولی پیشنهاد می¬کنند که نانونقره به¬مراتب سمی¬تر از نیترات نقره بوده است. بر اساس این نتایج برای اولین بار ما پیشنهاد می¬کنیم که هم¬اکسیژناز داخلی برای چیرگی بر ممانعت جوانه¬زنی القا شده با نانونقره مورد نیاز است و احتمالا برای عمل خود با نیتریک اکسید بر هم¬کنش دارد.

طراحی و ساخت ناقل نوترکیب حاوی ژن کدکننده پروتئین ترکیبی روتاویروسی جهت کاربرد به عنوان واکسن نوترکیب
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده علوم 1392
  سیما جعفرپور بروجنی   هدی آیت

روتاویروس مهم¬ترین عامل اسهال حاد در نوزادان و کودکان، هم در انسان و هم حیوانات می¬باشد. این ویروس سالانه در جهان، باعث مرگ 52700 کودک زیر 5 سال می¬شود. از آنجا که ارتقاء سطح بهداشت و سلامت، در کاهش ابتلا به این عفونت روتاویرسی تأثیر چندانی نداشته است، لذا واکسیناسیون به عنوان بهترین و موثرترین راه برای کنترل این عفونت پیشنهاد می¬شود. روتاشیلد اولین واکسن روتاویروسی بود که در آمریکا مجوز گرفت. اما در نهایت به علت ارتباطی که با انسداد روده پیدا کرد از بازار جمع¬آوری شد. اخیرا دو واکسن روتاویروسی (روتاریکس و روتاتگ) به وسیله¬ی سازمان بهداشت جهانی برای واکسیناسیون کودکان توصیه شده¬است. اگرچه این واکسن¬ها ایمنی¬زایی موثری در کشورهای توسعه¬یافته از خود نشان دادند، ولی چالش¬های قابل توجهی در خصوص استفاده از آن¬ها در کشورهای در حال¬توسعه وجود دارد. به عنوان مثال قیمت این واکسن¬ها یک فاکتور بسیار مهم برای کشورهای کم¬ درآمد است. هدف از این مطالعه، طراحی ساختار ژنی کدکننده¬ی پروتئینی می¬باشد، که همزمان بتواند خصوصیات آنتی¬ژنی طیف وسیعی از روتاویروس¬ها را در برگیرد. در این مطالعه با بررسی توالی¬های حفاظت¬شده و آنتی¬ژنتیک پروتئین¬های vp4 وvp6 ، ساختاری طراحی گردید و با روش soeing-pcr ساخته شد. ساختار حاصله در وکتور بیانی pet22b(+) کلون¬سازی گردید و همچنین کلیه خصوصیات آنتی¬ژنیک این قطعه از نظر پاسخ ایمنی هومورال و سلولی بررسی شد. با توجه به روشی که در طراحی این پروتئین به عنوان واکسن صورت گرفته است، این واکسن می¬تواند به عنوان کاندید اولیه واکسن نوترکیب علیه روتاویروس در کشورهای در حال¬توسعه و کم درآمد مورد بررسی قرار گیرد. انجام کلنی-pcr، تعیین توالی و بررسی هم ترازی توالی تأیید می¬کند که قطعه¬ی نوترکیب به درستی متصل و در وکتور قرار گرفته است.

بررسی اثرات نانوذره سلینیوم بر میزان نسخه برداری گیرنده های آندروژنی بره نر
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده دامپزشکی 1392
  حمید اسماعیلی نجف آبادی   غلامعلی کجوری

در کشور ما روش سنتی پرورش گوسفند از رواج بیشتری برخوردار است و از این رو دامپروران با صرف هزینه های زیاد، بازده اندکی را دریافت می نمایند. لذا درتحقیق حاضر سعی شد تا در شرایط مختلف میزان بیان ژن رسپتور آندروژن ماهیچه مورد بررسی و دقت قرار گیرد. چراکه ممکن است با افزایش بیان این گیرنده شاهد افزایش رشد و حجم توده عضلانی و همچنین بازارپسندی مطلوب به دلیل کاهش میزان چربی لاشه باشیم. بر این اساس 21 رأس بره نر 2 تا 4 ماهه در 3 گروه شاهد، تیمار 1 و تیمار 2 دسته بندی شدند. پس از انجام معاینات بالینی و آزمایشگاهی از سلامت گوسفندان اطمینان حاصل شد و برای دستیابی به مقادیر پایه از ورید وداج و ماهیچه نیم وتری نمونه برداری صورت پذیرفت. سپس اقدام به خوراندن نانوذره سلنیم به میزان 05/0 و 1/0 میلی گرم به ازاء هر کیلوگرم وزن بدن به مدت 20 روز بترتیب به بره های گروه تیمار 1 و 2 شد. در همین مدت به گروه شاهد آب مقطر خورانده شد. نمونه برداری از خون و ماهیچه طی روزهای 20 (اتمام خوراندن نانوذره) و30 به انجام رسید و نمونه ها در ازت مایع به آزمایشگاه منتقل و تا انجام آزمایشات در برودت 70- درجه سانتیگراد نگهداری شدند. بیان ژن گیرنده آندروژن ماهیچه به روش rt-pcr انجام و پس از کمی نمودن باندهای حاصله، اقدام به بررسی آماری داده ها به روش آنالیز واریانس یک طرفه در سطح p کمتر از 05/0 شد. نتایج حکایت از آن داشت که 20 روز پس از شروع آزمایش از میزان بیان ژن گیرنده آندروژن ماهیچه نیم وتری گوسفندان گروه شاهد به طور معنی داری کاسته و در روز 30 نمونه برداری بر آن افزوده می شود (05/0p<). اما در گروه تیمار 1 روند بیان گیرنده کاملاٌ نزولی است به طوری که در روزهای 20 و 30 بطور معنی داری کمتر از روز صفر (شروع آزمایش) و در روز 30 کمتر از روز 20 نمونه برداری است (05/0p<). الگوی تغییرات گروه تیمار 2 با سایر گروه ها متفاوت است به طوری که میزان بیان ژن گیرنده صعودی بوده و در روز 20 بیش از روز 30 ثبت شد (05/0p<). در همین ارتباط میزان بیان ژن گروه های تیمار 1 و 2 در روز 20، بیش از گروه شاهد برآورد شد اما در روز 30 میزان بیان ژن در گروه تیمار 1 کمتر از شاهد بود (05/0p<). الگوی اضافه وزن گوسفندان مورد مطالعه طی روزهای مختلف از روندی صعودی و غیر معنادار برخوردار بود اما با انجام آزمون pearson correlation مشخص شد که مابین میزان بیان ژن و افزایش وزن گوسفندان مورد مطالعه در هر دو گروه تیمار 1 و 2 ارتباطی منفی و معنی دار وجود دارد. به عبارت دیگر مکمل نانوذره سلنیوم در دوزهای مختلف و طی دوره ی پرورشی یک ماهه منجر به هیپرتروفی فیبرهای ماهیچه ای و در نتیجه کاسته شدن از غلظت rna موجود در بافت می شود.

ساخت کتابخانه آنتی بادی تک دمینی از vhh شتر بر ضد آنتی ژن های توموری سرطان سینه
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده علوم پایه 1391
  آزاده موسویان   هدا آیت

vhh(نانوبادی) آنتی بادی یافت شده در سرم شترسانان وکوچک ترین واحد باند شونده به آنتی ژن است. سایزکوچک نانوبادی ها بزرگ ترین مزیت آن ه امی باشدکه به همین سبب دستکاری ژنتیکی آن هاراحت تراست. هدف از انجا م این تحقیق ساخت کتابخانه ی آنتی بادی تک دمین از شتر ایمن شده با یک لاین سلولی آدنوکارسینومای سینه ی انسان (sk-br-3) است. در ابتدا قطعه ی vhh تکثیر شد. vhhدرون پلاسمید pcomb3x کلون شد و پلاسمید نوترکیب به روش الکتروپوریشن وارد باکتری های اشریشیاکولی سوش dh5? شد. تنوع کتابخانه ی تهیه شده توسط تکنیک انگشت نگاری آنزیمی یاrflp مورد بررسی قرار گرفت. هم چنین بیان vhhبا روش sds- pageسنجیده شد. نتایج حاصل از انگشت نگاری آنزیمی نشان دادکه کتابخانه ی آنتی بادی حاصل دارای تنوع می باشد. هم چنین با تکنیک sds-pageمشخص شد که پروتئین vhhبا وزن مولکولی 15 کیلو دالت وندر باکتری های ترنسفورم شده بیان می شود. از آنجایی که sk-br-3لاین سلولی سرطان سینه می باشد ،تهیه ی کتابخانه ی آنتی بادی ایمن بر ضد این سلول ها فرصتی فراهم می کند ت اآنتی بادی های اختصاصی vhhبر ضد آنتی ژن های مختلف سرطان سینه جداسازی شوند. این vhhهابه دلیل سایز کوچک و قدرت نفوذ بالا می توانند کاربرد تشخیصی و درمانی داشته باشند.

کاربرد عصاره های کرم خاکی قرمز (lumbricus rubellus) و پمادسولفادیازین نقره در بهبود زخم موش دیابتی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده علوم پایه 1392
  مهسا کمانگر   مهران عربی

زخم در واقع فقدان یا از هم گسیختگی سلول ها از نظر آناتومیکی و عملکردی بوده و بهبودی آن یک فرآیند زیستی است که با ضربه شروع شده و با شکل گیری اسکار (scar) یا اثر زخم پس از بهبودی به پایان می رسد. دیابت یک علت شایع تاخیر و یا نارسائی درترمیم زخم است. بیماری دیابت قندی دارای پیامدهای پیچیده ای از جمله نوروپاتی و زخم پای دیابتی است که در حالت پیشرفته و مزمن, این زخم پا به قطع عضو و کاهش کیفیت زندگی بیمار ختم می شود. به طور کلی ترمیم زخم شامل سه مرحله ی: آماسی، تکثیر و بازآرایی می-باشد. در این پژوهش به دلیل اهمیت ترمیم زخم، تاثیر کمپلکس استخراج شده از بدن گونه کرم خاکی قرمز بر روی زخم موش های دیابتی مورد بررسی قرار گرفت. از آنجا که روند ترمیم زخم را فاکتورهای مختلفی تنظیم می کنند در این بررسی به مطالعه و تغییر بیان دو ژن igf و گیرندهfgf که در روند ترمیم نقش های مهمی را ایفا می کنند پرداخته شد. برای این منظور در قدم اول بعد از ایجاد دیابت و ایجاد زخم بر روی بدن موش ها اقدام به تیمار زخم ها با غلظت ng 25 از عصاره کرم خاکی گردید . در روز 10 و 20 پس از انجام تیمار، نمونه گیری از بافت های مورد نظر انجام شد و سپس به کمک روش rt-pcr میزان تغییرات بیان این دو ژن در ناحیه زخم بررسی شد . نتایج به دست آمده از rt-pcr نشان داد که تیمار به وسیله ی عصاره کرم خاکی بیان ژن های igf و گیرنده fgf را در محل زخم افزایش می دهد. علاوه بر این، مطالعات تکمیلی دیگر شامل بررسی بافت شناسی سطح زخم و میزان mda تولید شده در سرم خون نیز انجام گردید. بررسی های به عمل آمده نشان داد که تیمار به وسیله ی عصاره ی کرم خاکی میزان سطح زخم و mda موجود در سرم موش های دیابتی را به طور معنی داری نسبت به گروه شم (تیمار با سروم فیزیولوژیک)و کنترل مثبت(تیمار با پماد سولفادیازین نقره) کاهش داده است. به طور خلاصه، کمپلکس گلیکوپروتیینی موجود در عصاره کرم خاکی برای درمان زخم های دیابتی مفید بوده و می تواند به عنوان یک کاندیدای قوی برای ترمیم زخم در انسان و جانوران به کار رود.

طراحی، ساخت و کلون سازی ژن ترکیبی مشتق از azurin/cdx2 در سیستم پروکاریوتی
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه شهرکرد - دانشکده علوم پایه 1393
  عاطفه امیری   هدی آیت

پردازش در آزمایشگاه و تولید پروتئین های ترکیبی، از جمله قابلیت های علم مهندسی ژنتیک است که به ما امکان تولید پروتئین هایی با قطعات عملکردی را می¬دهد که در حالت طبیعی وجود خارجی ندارند. از این قابلیت می توان در تولید پروتئین های دارویی با عملکرد چندگانه استفاده کرد. در چند سال اخیر استفاده از پپتیدهای نفوذ کننده به سلول به منظور درمان انواع سرطان ها بسیار مورد توجه قرار گرفته است. یکی از این پپتیدها، پپتید p28، مشتق از ژن آزورین است که از باکتری پسودوموناس آئروژینوزا استخراج می¬شود. این پپتید توانایی ورود انتخابی به سلول های سرطانی و راه¬اندازی آپوپتوز در آن ها را دارد. در این مطالعه تلاش شد تا با استفاده از مهندسی پروتئین، عملکرد p28 را ارتقا دهیم. بدین منظور در این پژوهش به طراحی، ساخت و کلون یک ژن ترکیبی شامل p28 و بخشی از ژن cdx2 انسانی پرداختیم. این ژن ترکیبی به دلیل وجود p28 توانایی عبور از غشای سلولی و به دلیل وجود cdx2 که یک فاکتور نسخه برداری است، توانایی عبور از غشای هسته را دارد. برای ساخت ژن ترکیبی پس از استخراج dna از خون، دو اگزون انتهایی که جداگانه تکثیر شده بودند، توسط soeing-pcr به هم متصل شدند. پس از استخراج dnaی ژنومی از باکتری پسودوموناس آئروژینوزا قطعه ی p28 هم تکثیر شد. اتصال قطعه ی 28 به اگزون 3+2 با استفاده از فرآیند کلونینگ انجام شد. نهایتاً قطعه ی نهایی در وکتور پروکاریوتی (+)pet22b کلون شد و پس از تکثیر باکتری های نوترکیب، پلاسمید حاوی ژن ترکیبی استخراج شد تا در مراحل بعدی مورد استفاده قرار گیرد. مطالعات ساختاری روی پروتئین نوترکیب نشان می دهد که این پروتئین در ساختار خود 4 مارپیچ آلفا-هلیکس دارد در ضمن آنالیزهای بیوانفوماتیکی نشان می دهد که وکتورهای انسانی برای بیان پروتئین نوترکیب مناسب تر از میزبان های باکتریایی و مخمری است.