بهبود مدیریت نظام بهداشت و درمان کشور زمانی تحقق می پذیرد که نظام های فرعی و کلیه واحدهای تابعه این نظام از مدیریتی پویا برخوردار گردند. با اعتقاد به چنین واقعیتی، این پژوهشگر بر آن شد تا مدیریت یکی از واحدهای مهم و تعیین کننده بیمارستان را که داروخانه می باشد، مورد مطالعه قرار دهد. روند مدیریت داروخانه های بیمارستان های آموزشی دانشگاه علوم پزشکی ایران، آنهم با شیوه تطبیقی به صورت تلاشی کاملا نو در این بررسی مورد توجه قرار گرفته است . پژوهشگر به مقایسه تطبیقی روند مدیریت داروخانه ها در تئوری و در عمل پرداخته است . این پژوهش با استفاده از روش توصیفی انجام گرفته است و جامعه پژوهش مشتمل بر مدیران داروخانه ها، روسا، مدیران و سرپرستاران بیمارستان های آموزشی دانشگاه علوم پزشکی ایران بوده است . ابزار گردآوری داده ها شامل 3 پرسشنامه بوده و اطلاعات گردآوری شده با استفاده از روش های آمار توصیفی به صورت جدول و نمودار نشان داده شده اند و در نهایت مشخص شد که با توجه به این که داروخانه ها اظهار کرده بودند که به طور کامل با شرح وظایف مدیر داروخانه آشنا هستند، ولی هیچ کدام از مدیران داروخانه های مورد مطالعه مطابق با شرح وظایف عمل نمی کنند. با توجه به رتبه بندی انجام شده بهترین روند مدیریت داروخانه مربوط به بیمارستان شهید رجایی بوده و بدترین روند مدیریت دارخانه مربوط به بیمارستان شهید مطهری بوده است . نزدیک ترین مدیریت داروخانه به شرح وظایف مربوط به بیمارستان شهید رجایی و دورترین روند مدیریت داروخانه از شرح وظایف مربوط به بیمارستان شهید مطهری می باشد.