نام پژوهشگر: حمید سعیدی ساعدی

بررسی غلظت e-cadherin محلول در سرم خون بیماران مبتلا به سرطان مری
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه گیلان - دانشکده علوم پایه 1391
  بهاره رستمی   فرهاد مشایخی

سرطان مری که هشتمین سرطان شایع گسترده در جهان است می تواند به دو گروه اصلی بافتی یعنی کارسینومای سلولهای سنگ فرشی مری و آدنوکارسینومای مری تقسیم شود و اغلب در مری بارت دیده میشود. مولکولهای چسبندگی سلولی نقش مهمی را در ایجاد سرطان مری دارند. e-کادهرین یک پروتئین اینتگرال غشایی وابسته به کلسیم است. e-کادهرین در هر مرحله آغاز و پیشرفت تومور نقش دارد. انواعی از پروتیئن های اینتگرال غشایی از جمله e-cadherin می تواند با پروتئولیز از دو لایه لیپیدی آزاد شده و پروتیئن های کوتاه و حلال ایجاد کند. گیرنده های فرم محلول کوچکتر هستند و با کاهش میل ترکیبی قادر به اتصال به لیگاند می باشند. مطالعات اخیر ارتباط بین e-cadherin و سرطان مری را نشان داده اند. هدف از این مطالعه تعیین غلظت e-کادهرین محلول soluble e-cadherin (s-e-cad) در بیماران مبتلا به سرطان مری در ایران است. نمونه های مورد استفاده در این بررسی که شامل 15 نمونه ی کنترل، 18بیمار تازه تشخیص داده شده، 18 بیمار شیمی درمانی شده بودند، از آبان ماه 1390 تا مرداد 1391 جمع آوری شدند. نمونه های سرم از افراد سالم و بیماران مبتلا به سرطان مری تهیه شد و میزان پروتئین تام به کمک روش بیوره و میزان غلظت s-ecad به کمک روش الایزا اندازه گیری شد. تفاوت قابل ملاحظه ای در میزان پروتئین تام افراد بیمار در مقایسه با افراد کنترل مشاهده نشد و نتایج نشان داد که در سرم بیماران مبتلا به سرطان مری غلظت s-ecad نسبت به گروه شاهد نرمال بیشتر شده بوده است. نتایج این مطالعه نشان میدهد که s-ecad ترکیب ثابت سرم انسان می باشد. همچنین نتیجه گیری شده است که تغییرات s-ecad در سرم ممکن است با پاتوفیزیولوژی سرطان مری مرتبط باشد.

تنوع ژن ubc9 در بیماران مبتلا به سرطان کولورکتال
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه گیلان - دانشکده علوم پایه 1393
  مارال عباس پور چوکامی   فرهاد مشایخی

سرطان کولورکتال در کشور های توسعه یافته بسیار رایج بوده و سومین سرطان شایع در بین مردان و دومین سرطان شایع در بین زنان در سراسر جهان می باشد. شواهد بالینی و مولکولی پیشنهاد می دهند که چندین مسیر برای ابتلا به سرطان کولورکتال وجود دارد. ژن های زیادی در شروع و پیشرفت سرطان کولورکتال درگیرند. ژن ubc9 نقش مهمی در سرطان کولورکتال دارد. ژن ubc9 کد کننده پروتئین کوچک تغییر دهنده وابسته به یوبی کوئیتین (sumo) می باشد. خانواده پروتئین های sumo با اتصال کووالانسی به سایر پروتئین ها به عنوان یک تغییر دهنده پس از ترجمه عمل می کنند. sumo تغییر دهنده پروتئین هایی است که در فرایندهای گوناگون سلولی از جمله تنظیم رونویسی، انتقال هسته ای، حفظ تمامیت ژنوم و گسترش سرطان شرکت دارند. تنوع ژنتیکی ممکن است بر بیان و فعالیتubc9 اثر گذاشته و در پیشرفت تومورهای کولورکتال تاثیر داشته باشد. هدف از این مطالعه بررسی ارتباط پلی مورفیسم ژن ubc9 و خطر بروز سرطان کولورکتال در جمعیت شمال ایران می باشد. در این مطالعه موردی شاهدی 115 نمونه مبتلا به سرطان کولورکتال و102 نمونه شاهد با استفاده از روش pcr-rflp مورد بررسی قرار گرفتند. فراوانی ژنوتیپ cc، ct و ttدر نمونه های شاهد 12/44%، 50% و 88/5% و در نمونه های بیماران 43/50%، 13/39% و 44/10% بود(p=0.19). فراوانی آلل t و c در نمونه های شاهد 31% و 69% و در نمونه های بیماران 30% و 70% (p=0.92)بود. تفاوت معنی داری در فراوانی اللی و ژنوتیپی بین دو گروه مشاهده نشد. نتایج ما پیشنهاد می کند که تنوع ژن ubc9 در ایجاد سرطان کولورکتال نقش ندارد.

بررسی تنوع ژنتیکی ژن vdr در بیماران مبتلا به سرطان معده
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه گیلان - دانشکده علوم پایه 1393
  فاطمه چراغی   زیور صالحی

سرطان معده یک بیماری چند عاملی است. سرطان معده بطور میانگین سالیانه 800000 نفر را به کام مرگ می‎کشاند. سرطان معده چهارمین سرطان شایع و دومین عامل شایع مرگ و میر ناشی از سرطان در جهان می‎باشد. داده‎های بیولوژیک و اپیدمیولوژیکی نشان می‎دهد که ممکن است سطح ویتامین d در پیشبرد سرطان موثر باشد. ژن گیرنده ویتامین d به خانواده بزرگ تنظیم کننده‏ فاکتورهای رونویسی تعلق دارد. vdrنقش مهمی در تنظیم تکثیر سلولی، تمایز و القاء آپوپتوزیس بازی می‎کند. این ژن بر روی کروموزوم 11q-13q12 قرار دارد و چندین پلی مورفیسم تک نوکلئوتیدی در این ژن شناخته شده که خطر ابتلا به سرطان معده را تحت تأثیر قرار می‎دهد. پلی‎مورفیسم taqi (731236rs ، اگزون 9) در کدون 352 در رونویسی ژن و ثبات mrna موثر است. این پلی‎مورفیسم منجر به تغییر به کدون خاموش می‎گردد. هدف از این مطالعه بررسی ارتباط پلی مورفیسم taqi با سرطان معده می‎باشد. در این تحقیق 50 بیمارمبتلا به سرطان معده و 50 فرد سالم مورد بررسی قرار گرفتند.. ارتباط معنی داری بین پلی مورفیسم taqi و سرطان معده نشان داده نشد(p>0.05). اگرچه جهت مشخص شدن نقش پلی مورفیسم taqi با سرطان معده به تحقیقات بیشتری نیاز است.

تنوع ژنتیکی ubc9 و سرطان سینه
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه گیلان - دانشکده علوم پایه 1393
  کبری عبداله زادگان   فرهاد مشایخی

سرطان سینه بدخیمی رو به رشد است که در بافت سینه شروع می شود. بعد از سرطان پوست، سرطان سینه شایعترین سرطان در زنان در ایالات متحده تشخیص داده شده است. سرطان سینه می تواند در مردان و زنان رخ دهد، اما در زنان شایعتر است. میزان بقای سرطان سینه افزایش یافته است، و مرگ و میر کاهش یافته است. تغییرات پس از ترجمه که sumoylation نامیده می شود، اتصال کوالانسی اصلاح کننده های کوچک وابسته به یوبی کوئیتین به پروتئین هدف است. در یک عمل آنزیمی آبشاری، ubc9 یک آنزیم اتصالی مهم در مسیر sumo می باشد و نقش مهمی در حفظ ثبات و یکپارچگی ژنوم ایفا می کند. تنوع ژنتیکی ممکن است بر بیان و فعالیت ubc9 و پیشرفت تومور سینه تاثیر بگذارد. هدف از این مطالعه بررسی ارتباط پلی مورفیسم ژن ubc9 و خطر وقوع سرطان سینه است. ما یک مطالعه مورد-شاهدی در 146 مورد سرطان سینه و 148 شاهد با استفاده از روش pcr-rflp انجام دادیم. ارزیابی ژنوتیپ های ubc9 در میان موردهای بیمار نشان داد که فرکانس های ژنوتیپ های cc، ct و tt به ترتیب 53.5%، 43.8% و 2.7% بودند. فرکانس cc، ct و tt در گروه شاهد به ترتیب 48.6%، 51.3% و 0 بود. تجزیه و تحلیل آماری نشان داد که اختلاف معنی داری در ژنوتیپ ها و فراوانی آللی بین گروه مورد و شاهد وجود ندارد (p=0.072). نتایج ما نشان می دهد که تنوع ژنتیکی ژن ubc9 ممکن است در بروز سرطان سینه نقش نداشته باشد.

بررسی پلی مورفیسم ژن های parp1 و ape1 در سرطان کولورکتال
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه گیلان - دانشکده علوم پایه 1393
  یاسمن اعزازی   زیور صالحی

سرطان کولورکتال (crc) دومین عامل مرگ و میر در بین سرطان ها است و یکی از مهمترین معضلات سلامتی در سراسر جهان به شمار می آید. مسیر سرطانزایی این بیماری پیچیده و چند عاملی بوده و فاکتور های ژنتیکی و فاکتورهای محیطی، در بروز این بیماری نقش دارند. آسیب وارده به dna توسط عوامل موتاژن داخلی و خارجی می تواند از جمله مکانیسم های ایجاد کننده این سرطان باشد، لذا سیستم های ترمیم کننده dnaکه به عنوان اولین خطوط دفاعی در برابر سرطان به شمار می روند از اهمیت بسیار برخوردارند. پلی مورفیسم هایی که در ژن های مسیرهای ترمیم dna روی می دهند می توانند روی استعداد ابتلا به سرطان و پیش بینی آن تاثیر بگذارند.parp1 یک پروتین شناسایی کننده شکست های دو رشته ای درdna است که به عنوان یکی از اولین پروتین های پاسخ دهنده به آسیب dna عمل می کند،ape1 آنزیمی حیاتی در پروسه ترمیم بازی است و قادر به ترمیم جایگاه های فاقد بازی است که در اثر عوامل گوناگون نظیر عوامل آلکیله کننده به وجود آمده. این آنزیم همچنین نقشی اساسی در پروسه های سلولی مانند پاسخ به استرس های اکسیداتیو، تنظیم فاکتورهای رونویسی و کنترل چرخه سلولی ایفا می کند. هدف از این پژوهش بررسی دو پلی مورفیسم شایع ape1 asp148glu و parp1 val762ala در ارتباط با بیماری سرطان کولورکتال می باشد. از تکنیک pcr-rflp برای تعیین ژنوتیپ 43 بیمار مبتلا به سرطان کولورکتال و 59 فرد سالم استفاده شد، بر پایه نتایج بدست آمده از این مطالعه تفاوت معنی داری در توزیع ژنوتیپی پلی مورفیسم های ape1 و parp1 در بیماران مبتلا به crc و گروه شاهد مشاهده شد که به ترتیب 0005/0 p= و 0001/0 p=را نشان دادند، مقدار odds ratio (or)ژنوتیپ ala/ala در parp1 و ژنوتیپ glu/glu در ape1 به ترتیب معادل 12/14 و 40/36 می باشد. به طور کلی نتیجه گیری می شود ارتباط معنی داری بین فراوانی های آللی و ژنوتیپی پلی مورفیسم ژنهای مذکور با سرطان کولورکتال در جمعیت مورد مطالعه وجود دارد.

تنوعات ژنتیکی ژن xpc در بیماران مبتلا به سرطان سینه
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه گیلان - دانشکده علوم پایه 1393
  معصومه قاسم زاده قزوینی   زیور صالحی

سرطان سینه نوعی از سرطان است که از سلول های بافت پستان به وجود می آید و همچنان بعنوان یک بیماری پیچیده که میلیون ها نفر را در سراسر جهان تحت تاثیر قرار می دهد، مطرح می باشد. جمع آوری آسیب های dna بعنوان یک عامل مهم در بروز سرطان سینه در زنان در نظر گرفته می شود. یکی از مهم ترین مکانیسم های دفاعی برعلیه آسیب های dna، مسیر ترمیم برداشت نوکلئوتیدی (ner) است. xerodermapigmentosum group c (xpc) یک ژن مهم در مسیر ner می باشد که به شناسایی آسیب های وارده در مولکول dna می پردازد. نقص در عملکرد xpc منجر به بروز فنوتیپ سرطان می گردد. پلی مورفیسم های تک نوکلئوتیدی (snps) متعددی از این ژن شناخته شده است. پلی مورفیسم های lys939gln و intronic poly (at) یا pat-/+ از رایج ترین snpهای مورد مطالعه در ژن xpc می باشند. پلی مورفیسم xpc lys939gln، که منجر به تغییر آمینواسید از لیزین به گلوتامین در موقعیت 939 در ناحیه کد شونده می گردد، در توانایی ترمیم dna و انحرافات کرماتیدی نقش دارد. pat-/+ یک واریانت جدید شناخته شده در اینترون شماره 9 می باشد و حاملین pat+/+ توانایی ترمیم dna پایین تری را نسبت به حاملین pat-/- نشان می دهند. این مطالعه ی مورد -شاهدی در 100 بیمار مبتلا به سرطان سینه و 100 فرد سالم انجام گردید. dna ژنومی از لوکوسیت های خون محیطی استخراج شد. تعیین ژنوتیپ dna توسط واکنش زنجیره ای پلی مراز (pcr) در پلی مورفیسم intronic poly (at) و واکنش زنجیره ای پلی مراز و پلی-مورفیسم قطعات طولی محدود شونده (pcr-rflp) در پلی مورفیسم lys939gln انجام گرفت. آنالیزهای آماری توسط برنامه med calc(نسخه 1/12) صورت پذیرفت. فراوانی بالایی از ژنوتیپ pat+/+(23%) از پلی مورفیسم intronic poly (at) در بیماران، در مقایسه با افراد کنترل (10%) بدست آمد و بیماران حامل ژنوتیپ pat+/+ دارای ریسک بالاتری از سرطان سینه در مقایسه با افراد با ژنوتیپ pat-/- بودند (p=0.02). فراوانی ژنوتیپ های aa، ac و cc از پلی مورفیسم lys939gln در بیماران به ترتیب 39%، 41% و 20% بود، درحالی که این فراوانی در موارد کنترل به ترتیب 40%، 44% و 16% بود، لذا تفاوت آماری معنی داری بین فراوانی های اللی و ژنوتیپی پلی مورفیسم xpc lys939gln در گروه کنترل و بیمار یافت نشد (p=0.75). نتایج بدست آمده از این مطالعه نشان داد که پلی مورفیسم intronic poly (at) ژن xpc ممکن است با افزایش خطر ابتلا به سرطان سینه در ارتباط باشد، درحالیکه xpc lys939gln با خطر ابتلا به سرطان سینه در جمعیت مورد بررسی مرتبط نبود. کلید واژگان: xpc، پلی مورفیسم ژنی، سرطان سینه،ترمیم برداشت نوکلئوتید

مطالعه پلی مورفیسم ژن های cat و gpx1 در بیماران مبتلا به سرطان کولورکتال
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه گیلان - دانشکده علوم پایه 1393
  فاطمه حسینی   زیور صالحی

سرطان کولورکتال ناشی از رشد سرطان در ناحیه کولون و رکتوم می باشد. این بیماری در زنان به عنوان دومین سرطان رایج و در مردان سومین سرطان شایع به شمار می رود. استرس اکسیداتیو حالتی است که در آن تعادل بین گونه های اکسیژن فعال (ros) و آنتی اکسیدان ها مختل می شود. کاتالاز (cat) و گلوتاتیون پراکسیداز (gpx-1) دو آنزیم آنتی اکسیدان اصلی هستند که ros را طی یک فرایند متوالی از میان می برند. pro198leu از ژن gpx-1 که در اگزون 2 و c-262t از ژن cat که در ناحیه راه انداز ژن قرار گرفته اند، رایج ترین پلی مورفیسم های مورد مطالعه می باشند. هدف ما از این مطالعه، ارزیابی ارتباط میان پلی مورفیسم ژن های cat و gpx-1 با سرطان کولورکتال می باشد. برای این منظور، 85 بیمار مبتلا به سرطان کولورکتال و 100 فرد سالم با یکدیگر مقایسه شدند. dna ژنومی از لوکوسیت های خون محیطی استخراج شد. تعیین ژنوتیپ dna در پلی مورفیسم های c-262t cat و gpx-1 pro198leu به ترتیب توسط تکنیک tetra primer arms-pcr و تکنیک rflp-pcr انجام گرفت. تمام بررسی های آماری توسط نرم افزار medcalc نسخه (1. 12) صورت پذیرفت. بر پایه نتایج به دست آمده از این مطالعه، تفاوت معنی داری در توزیع ژنوتیپی gpx-1 بین گروه کنترل و بیمار مشاهده نشد (p=0.2). فراوانی های ژنوتیپی cat در گروه کنترل شامل 32% ژنوتیپ های cc، 63% ژنوتیپ ct، و 5% ژنوتیپ tt بود، در صورتی که این فراوانی ها در میان افراد بیمار شامل 13% ژنوتیپ cc، 83% ژنوتیپ ct و 4% ژنوتیپ tt بود. ارتباط معنی داری در توزیع ژنوتیپی پلی مورفیسم cat c-262t بین گروه کنترل و بیمار در جمعیت مورد مطالعه مشاهده شد (p=0.002). افراد حامل ژنوتیپ c/t، 3 برابر بیشتر در معرض خطر توسعه سرطان کولورکتال می باشند (95% ci=1.52-7.04, p=0.002). بنابراین براساس این مطالعه، ارتباط معنی داری بین پلی مورفیسم c-262t با سرطان کولورکتال وجود دارد، اما gpx-1 pro198 leu به عنوان یک فاکتور خطر برای این بیماری شمرده نمی شود، گرچه جهت بررسی نقش پلی مورفیسم ژن های مرتبط با استرس اکسیداتیو در بیماری سرطان کولورکتال نیاز به مطالعه گسترده تری می باشد.

تنوع ژنتیکی mmp9 در بیماران مبتلا به سرطان سینه
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه گیلان - دانشکده علوم پایه 1393
  فاطمه طرقی   فرهاد مشایخی

سرطان پستان به عنوان شایعترین سرطان در جمعیت زنان جهان گزارش شده است.این بیماری تحت تاثیر عوامل محیطی و ژنتیکی قرار دارد. از مهمترین ژنهای دخیل در سرطان پستان می توان بهbrca1/ 2 ،pten ،tp53 وmmps اشاره کرد. ژنmmp9از اعضای خانواده mmps می باشد که بر روی کروموزوم 20درموقعیتq 11.2- q13.1 قرار گرفته و پروتئین 92 کیلو دالتونی به نام gelatinase b را بیان می کند که می تواند ماتریکس خارج سلولی را تجزیه کند. در برخی بدخیمی ها از جمله سرطان سینه، بیانmmp9افزایش یافته و به این ترتیب مهاجرت سلول های توموری و متاستاز آنها را تسهیل می کند. این افزایش بیان می تواند ناشی از برخی پلی مورفیسم ها باشد. به عنوان مثال در افراد دارای آلل t جایگاه c>t 1562- این ژن، ممانعت از اتصال مناسب پروتئین های سرکوب کننده رونویسی باعث افزایش بیان ژن می شود. هدف از این تحقیقشاهد- موردی بررسی پلی مورفیسم c>t 1562- در راه انداز ژن mmp9در افراد مبتلا به سرطان پستان می باشد. در این تحقیق پس از استخراج dnaژنومی از نمونه های خون و بررسی کیفیت آن، پلی موفیسم مورد نظر با روش pcr-rflpو با استفاده از آنزیم paei بررسی گردید. ژنوتیپ های cc، ct و tt به ترتیب در 96/50، 04/49 و 0 درصد بیماران و در5/62، 5/37و 0 درصد کنترل ها مشاهده شد. نتایج این تحقیق نشان می دهد تفاوت معنی داری در فراوانی آللیو ژنوتیپی این پلی مورفیسم در مبتلایان به سرطان پستان در مقایسه با گروه کنترل وجود ندارد (به ترتیب 1/0 p= و 08/0 p=). بنابراین براساس یافته های این تحقیق، احتمالا پلی مورفیسم c>t1562- راه انداز ژنmmp9، عامل خطری برای شروع سرطان پستان در جمعیت مورد مطالعه نمی باشد.

تنوعات ژنتیکی ژن fgfr4 در بیماران مبتلا به سرطان سینه
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه گیلان - دانشکده علوم پایه 1393
  مهناز پورقاز   زیور صالحی

سرطان سینه پنجمین علت مرگ ناشی از سرطان در کل سرطان هاست. اتصال gfs به گیرنده های اختصاصی خود باعث تکثیر سلول می شوند. fgfr4 یکی از اعضای خانواده tkr است که فعالیتهای بیولوژیکی مختلف از جمله تمایز سلولی، رشد و تکثیر را نشان می دهد و نقش مهمی را در پیشرفت سرطان دارد. ژن کد کننده ی این پروتئین، دارای نواحی کد کننده پلی مورفیک متعددی است. هدف از این مطالعه بررسی ارتباط پلی مورفیسم g388r واقع در اگزون 9 و پلی مورفیسم c/t در اینترون 11 (rs2011077) ژن fgfr4، با خطر ابتلا به سرطان سینه است. ژنوتیپ 60 بیمار مبتلا به سرطان سینه و 60 کنترل سالم در جمعیت زنان مقایسه شدند. dna ژنومی از نمونه های خون افراد سالم و بیمار استخراج شد. پلی مورفیسم rs2011077 توسط arms-pcr با استفاده از 4 پرایمر و پلی مورفیسم g388r از طریق pcr-rflp ارزیابی گردید. در پلی مورفیسم rs2011077، فراوانی ژنوتیپی در گروه بیمار، 17% cc، 73% ct و 10% tt بودند. فراوانی این ژنوتیپها نیز در کنترلهای سالم به ترتیب 10%، 75% و 15% بود . فراوانی آللهای c و t به ترتیب در گروه بیمار 0/53 و 0/47 که در کنترلهای سالم 0/47 و 0/53 بود. اختلاف معناداری در توزیع ژنوتیپها و فراوانی آللی بین افراد کنترل و بیمار در پلی مورفیسم rs2011077 وجود نداشت (p=0.4386). در پلی مورفیسم g388r در گروه بیمار، فراوانی ژنوتیپهای gg، ag و aa به ترتیب 22%، 63% و 15% بود، در حالیکه فراوانی این ژنوتیپها در گروه کنترل به ترتیب 68%، 28% و 4% بدست آمد. فراوانی آللهای g و a در گروه بیمار به ترتیب 0/54 و 0/46و در گروه کنترل به ترتیب 0/83و 0/17 مشاهده شدند. ارتباط بین پلی مورفیسم g388r ژن fgfr4 با خطر ابتلا به سرطان سینه مشخص گردید (p<0.0001). آنالیز داده ها مشخص نمود که آلل a پلی مورفیسم g388r سبب افزایش خطر ابتلا به سرطان سینه می گردد (or=7.80, 95%ci=2.71- 17.72, p<0.0001 برای ژنوتیپ aa). بطور کلی، نتایج این مطالعه نشان می دهد که پلی مورفیسم g388r ژن fgfr4 احتمالاً با سرطان سینه مرنبط می باشد و ژنوتیپ aa یک فاکتور خطر برای بیماری است.

بررسی پلی مورفیسم های ژن xrcc1 در سرطان کولورکتال
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه گیلان - دانشکده علوم پایه 1393
  گیلدا میرزایی ویشکایی   زیور صالحی

سرطان روده بزرگ فرآیندی چند ژنی است. ترمیم نادرست dna یکی از عواملی است که باعث آسیب های ژنتیکی می شود، که خود منجر به ایجاد تومور می گردد. مسیر ترمیمی ber در حفظ ثبات ژنوم نقش بسیار حیاتی دارد. پلی مورفیسم ها در ژن های دخیل در ber در واقع تنظیم کننده ظرفیت ترمیم dna هستند و در احتمال ابتلای افراد به سرطان و رشد این بیماری تاثیر می گذارند. نقص های موجود در ترمیم dna با گسترش و پیدایش سرطان مرتبط است. ژن xrcc1 ژن مهمی در ترمیم dna بوده، در واقع شکل دهنده اجزای متفاوت مسیر ترمیمی و آسیب های مختلف از جمله، سیستم ترمیمی ber و ترمیم نواحی تک رشته ای می شود. این فرآیند ها به طور معمول در ایجاد سرطان دخیل هستند.xrcc1 نوعی پروتئین داربستی بوده که قادر است با چندین پروتئین ترمیمی dna دیگر وارد فعالیت شود. در این مطالعه، ارتباط پلی مورفیسم های arg399gln و arg194trp در ژن xrcc1 با میزان خطر ابتلا به بیماری سرطان کولورکتال بررسی گردید. برای این منظور، 50 بیمار مبتلا به بیماری سرطان کولورکتال و 50 فرد سالم با یکدیگر مقایسه شدند. پس از استخراج dna از نمونه های خون، ژنوتیپ ها با استفاده از روش pcr-rflp شناسایی گردیدند. بر پایه نتایج بدست آمده از این مطالعه، تفاوت معنی داری در پلی مورفیسم arg399gln با بیماری مشاهده شد (p=0.019) به گونه ای که ژنوتیپ های arg/gln و gln/gln دارای افزایش خطر در بروز سرطان کولورکتال می باشند (or=2.71, or=4.02, 95%ci )، اما در پلی مورفیسم arg194trp هیچ تفاوت معنی داری در توزیع ژنوتیپی xrcc1 بین افراد بیمار و کنترل دیده نشد (p=0.59)، بنابراین براساس این مطالعه، ارتباط معنی داری بین پلی مورفیسم arg194trp ژن xrcc1 با بیماری سرطان کولورکتال در جمعیت مورد مطالعه وجود ندارد اما پلی مورفیسم arg399gln در ژن xrcc1 به عنوان فاکتور خطر برای این بیماری به حساب می آید.

پلی مورفیسم ژن rad51 در بیماران مبتلا به سرطان کولورکتال
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه گیلان - دانشکده علوم پایه 1393
  مریم قنبری راد   فرهاد مشایخی

سرطان کولون(crc)سومین سرطان شایع و چهارمین سرطان منجر به مرگ در جهان می باشد. ایجاد تومور در روده بزرگ، یک فرایند پیچیده و چند مرحله ای بوده که تحت تاثیر فاکتور های درونی و بیرونی، از قبیل سن، جنسیت، رژیم، سایر بیماری های مرتبط و شیوه ی زندگی قرار دارد. بیماری ابتدا بصورت یک پولیپ آدنوماتوز بروز میکند و در مرحله بعد منجر به آدنومای پیشرفته، همراه با دیسپلازی شدید و در نهایت منجر به سرطان تهاجمی میشود.از دست رفتن ثبات ژنومی میتواند منجر به گسترش crc از طریق تسهیل رخداد جهش های اکتسابی مرتبط با تومور شود. جهش در ژن های ترمیم کننده شکست در دو رشته dna (double strand break = dsb) در بیماری زایی تومور نقش دارند. dsb در dna میتواند توسط سیستم ترمیم نوترکیبی همولوگ (homologues recombination repair = hrr) و یا توسط اتصال پایانه های غیر همسان (non-homologous end joining = nhej) تصحیح گردد. در یوکاریوت ها پروتئین اصلی در hrr، ریکامبیناز rad51 است که انتقال رشته را بین توالی شکسته و همولوگ سالم آن، جهت سنتز مجدد ناحیه آسیب دیده کاتالیز میکند.پروتئین rad51 انسانی (hsrad51) همولوگ پروتئین reca در باکتری اشرشیا کولی است. 5 ژن مشابه rad51 در سلول های انسانی یافت شده است. ژن rad51 روی بازوی بلند کروموزوم 15 در ناحیه ی 14- 15 قرار دارد. دو مورد پلی مورفیسم های معمول این ژن 135g>c و 172g>t میباشند. در مطالعه ی حاضر، ارتباط پلی مورفیسم 135g>cو crc مورد بررسی قرار گرفت. نمونه های خون از 74 بیمار مبتلا به crc و 100 نمونه کنترل جمع آوری شد. پس از استخراج dna، از دو جفت پرایمر اختصاصی جهت تکثیر قطعه مورد نظر استفاده شد و سپس نتایج آن توسط ژل الکتروفورز مورد بررسی قرار گرفت. بر اساس نتایج، تفاوت معنی داری بین فراوانی آلل های g و c، در گروه بیمار و کنترل مشاهده نشد (به ترتیب، فراوانی آلل های g و c در گروه بیمار 0/78و 0/22 و در گروه کنترل 0/74و 0/26برآورد شد). نتایج این مطالعه نشان داد که پلی مورفیسم 135g>c، با خطر ابتلا به سرطان کولورکتال در جمعیت استان گیلان ارتباطی ندارد (p = 0.65). تحقیقات بیشتر جهت تعیین نقش ژن rad51 در سرطان کولورکتال لازم می باشد.

بررسی پلی مورفیسم ژنcyp1a1 و سرطان پستان
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه گیلان - دانشکده علوم 1393
  سحر بلخی   فرهاد مشایخی

سرطان پستان یکی از علل اصلی مرگ در میان زنان محسوب میشود.فاکتورهای مختلفی می توانند شانس ابتلا به سرطان پستان را افزایش دهند از جمله می توان به قاعدگی زودرس، یائسگی دیررس، استفاده از داروهای ضد بارداری، هورمون درمانی، چاقی ومصرف الکل و سیگار اشاره کرد. استروژن یکی از فاکتورهایی است که نقش مهمی را در بروز سرطان پستان ایفا می کند. در این میان می توان به سوپرخانواده ی سیتوکروم p450(cyp) اشاره کرد که در متابولیسم استروژن دخیل اند. یکی از اعضای این خانواده ژن cyp1a1 بوده که به نظر می رسد این ژن در متابولیسم استرادیول نقش داشته باشد. از طرف دیگر اثبات شده است که cyp1a1 نه تنها استروژن بلکه کارسینوژن های محیطی را نیز متابولیزه می کند. در چندین مطالعه ارتباط معناداری بین پلی مورفیسم ژن cyp1a1 و سرطان پستان گزارش شده است. زیرا به نظر می رسد هیدروکربن های آروماتیکی وارد بدن می شوند در بافت پستانی انسان متمرکزشده و متابولیسم این ترکیبات در سلول های اپی تلیال سینه منجر به فعال شدن ترکیبات حدواسطی می شود که می توانند منجر به آسیب به dna گردند. تاکنون چندین پلی مورفیسم از این ژن شناسایی شده است. به نظر می رسد بعضی از این پلی مورفیسم ها با شانس بالایی در پیشرفت سرطان پستان در ارتباط باشند. در این تحقیق ارتباط بین پلی مورفیسم ژن cyp1a1 و سرطان پستان مطالعه شد. پس از جمع آوری 80 نمونه شاهد و 120 نمونه بیمار، استخراج dna صورت گرفت. در مرحله بعد، قطعه مورد نظر توسط یک جفت پرایمر اختصاصی، طی فرایند rflp-pcr تکثیر شد و سپس نتایج آن توسط ژل الکتروفورز مورد بررسی قرار گرفت. این قطعه با روش pcr-rflpو با استفاده از آنزیم bsma1 مورد مطالعه قرار گرفت. توزیع ژنوتیپی ژن cyp1a1 تفاوت معنی داری را بین افراد بیمار و سالم نشان نمی دهد p= 0.2) و فراوانی الل a در افراد بیمار 0/16 و سالم 0/1 و فراوانی الل c در افراد بیمار 0/84و سالم 0/9 می باشد). در نهایت با بررسی نتایج بدست آمده به نظر می رسد ارتباط معنی داری بین ژنوتیپ پلی مورفیسم thr461asn ژن cyp1a1 و احتمال بروز سرطان پستان در جمعیت استان گیلان وجود نداشته باشد. مطالعات بیشتری به منظور تایید نقش cyp1a1 در سرطان پستان مورد نیاز است.

بررسی ارتباط میان پلی مورفیسم (cyclin d1 (a870g با سرطان سینه
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه گیلان - دانشکده علوم پایه 1393
  خسرو کشاورز صفیئی   فرهاد مشایخی

سایکلین ها تنظیم کننده های کلیدی چرخه سلولی هستند و اختلال در آن ها منجر به تقسیم کنترل نشده سلولی می شود. در سرطان سینه که جزو شایعترین سرطان ها می باشد نیز اغلب اختلال در سایکلین ها مشاهده شده است که علت این امر معمولا آمپلی فیکاسیون یا جابجائیهای کروموزومی است. cyclin d1 یک انکوپروتئین تنظیم کننده چرخه سلول، هنگام ورود از g1 به s است که محصول ژنccnd1، واقع در بازوی بلند کروموزوم 11 می باشد. پژوهش ها نشان می دهند که آمپلی فیکاسیون ژن ccnd1 در پیش آگهی بد و فرم بدخیم سرطان سینه موثر بوده ولی افزایش بیان پروتئین حاصل از آن یعنی cyclin d1 با پیش آگهی درمانی خوب و افزایش طول عمر بیمار و کاهش سایز تومور مرتبط است. cyclin d1 یک هدف مهم برای استروئیدها و هورمونهای رشد القاگر میتوژنز در سلولهای اپیتلیال سینه است. cyclin d1 به عنوان یک کوفاکتور برای رسپتور استروژن موجب تنظیم سطح استروژن می شود. افراد واجد الل a از ژن ccnd1 شانس ابتلای بالایی به سرطان سینه دارند. هدف از این تحقیق بررسی ارتباط پلی مورفیسم cyclin d1با سرطان سینه می باشد. نمونه های خون کامل حاوی ضدانعقاد edta بیماران بعد از جمع آوری مورد استخراج dnaقرار گرفت و به کمک الکتروفورز کیفیت dna بررسی گردید و در نهایت با روش pcr-rflp به بررسی فراوانی آللی و ژنی در دو گروه شاهد و بیمار پرداخته شد. پلی مورفیسم سایکلین d1 در 82 بیمار (32 تا 72 سال) و66 فرد سالم (28 تا 79 سال) بررسی شد. فراوانی ژنوتیپی در بیماران به صورت aa=%40، ag=%34، gg=%26و در شاهدین به شرح aa=%30، ag=%47، gg=%23 بود. داده های حاصل طی پژوهش ما نشاندهنده ارتباط معنی دار بین احتمال ابتلا و حضور الل a نبود. شناخت اثر سایکلین d1 در روند کارسیوژنز سینه می تواند در انتخاب شیوه های درمانی مناسب موثر واقع شود. بدیهی است برای حصول نتیجه ای قاطع نیاز به بررسی جامع تر و در نژادهای مختلف می باشد.

آنالیز ژن mmp-9 در سرطان کولورکتال
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه گیلان - دانشکده علوم پایه 1393
  یوهان عبادفردزاده   فرهاد مشایخی

سرطان کولورکتال سومین سرطان شایع در مردان، دومین سرطان شایع در زنان و چهارمین علت مرگ ناشی از سرطان می باشد. سرطان کولورکتال تا حد زیادی در ارتباط با سبک زندگی نا مناسب، افزایش سن و تغییرات ژنتیکی است. منشا این سرطان از سلول های اپیتلیالی دیواره روده بزرگ می باشد و اغلب نتیجه جهش در مسیر سیگنالی wntاست. تا کنون به خوبی مشخص شده است که سلول های سرطانی نسبت به سلول های طبیعی، میزان پروتئاز بیشتری تولید می کنند. نقش کلی پروتئازها بخصوص ماتریکس متالوپروتئینازها در تهاجم سلول های سرطانی است. این آنزیم ها با هضم ماتریکس خارج سلولی به این فرآیند کمک می کنند. از بین ماتریکس متالو پروتئیناز ها، mmp-9تنها عضو این خانواده است که به دلیل دارا بودن ساختار سه تایی فیبرونکتین قادر به هضم کلاژن تیپ ivبه عنوان مهمترین ترکیب ماتریکس خارج سلولی است. بنابراین تغییر در بیان ژن mmp-9 می تواند در سرطانی شدن سلول ها نقش مهمی داشته باشد. سطح بالایی از فعالیت و بیان mmp-9 در سرطان کولورکتال مشاهده شده است. هدف از این پژوهش بررسی پلی مورفیسم 1562 c/t ژن mmp-9 در بیماران مبتلا به سرطان کولورکتال می باشد. در این پژوهش42 نمونه بیمار مبتلا به سرطان کولورکتال و 54 نمونه شاهد با محدوده سنی 40 تا 70 سال به وسیله تکنیک pcr-rflpبررسی شد. نتایج به دست آمده در این تحقیق نشان داد که فراوانی ژنوتیپ های (tt)، (ct) و (cc) در افراد بیمار به ترتیب0، 85/42% و 14/57% و در نمونه های سالم به ترتیب 0، 8/38% و 11/61% (p=0.85)می باشد. همچنین فراوانی آلل cو tدر افراد بیمار به ترتیب 57/78% و 42/21% و در نمونه های شاهد 55/80% و 44/19% (p=0.87) می باشد.در نتیجه تفاوت معنی داری در فراوانی ژنوتیپی و آللی بین دو گروه مشاهده نشد. مطالعات بیشتر، تاثیر ژن mmp-9 در سرطان کولورکتال را بیان خواهد کرد.

پلی مورفیسمc677t ژن متیلن تتراهیدروفولات ردوکتاز در بیماران مبتلا به سرطان سینه
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه گیلان - دانشکده علوم پایه 1393
  فاطمه اسلامی   فرهاد مشایخی

سرطان سینه یک بیماری هتروژن است که در اثر رشد بی رویه سلول ها در سلول های بافت سینه آغاز می شود و از علل اصلی مرگ و میر در میان زنان جهان می باشد. در سال های اخیر سرطان سینه یکی از سرطان های رایج در کشور های در حال توسعه و یا کم درآمد بوده است و یک بیماری با فاکتورهای چند عاملی می باشد که با عوامل محیطی و عوامل ژنتیکی در ارتباط است. ژن mthfr در انتهای بازوی کوتاه کروموزوم 1 قرار گرفته است که نقش مهمی را در متابولیسم فولات ایفا می کند. آنزیم متیلن تترا هیدروفولات ردوکتاز احیا 5، 10 متیلن تترا هیدروفولات به 5 متیلن تترا هیدروفولات را که دهنده اصلی کربن در رمتیلاسیون هموسیستئین به متیونین می باشد را برعهده دارد. کمبود فولات منجر به عدم تعادل در پیش ساز های dna، عدم الحاق یوریدیلات برای تیمیدیلات در سنتز dna و شکست کروموزوم می شود و در نهایت با افزایش هموسیستئین موجود در پلاسما خون، احتمال ابتلا به انواع بیماری ها از جمله سرطان سینه را افزایش می دهد. پلی مورفیسم c677t ژن متیلن تتراهیدروفولات ردوکتاز باعث تبدیل سیتوزین به تیمین می شود که منجر به جایگزینی اسیدآمینه آلانین به والین در کدون 222 پروتئین می گردد. هدف از این مطالعه، بررسی پلی مورفیسم c677t ژن mthfrدر 35 فرد مبتلا به سرطان سینه و 50 فرد سالم در جمعیت مردم گیلان می باشد. dna ژنومی از نمونه های خون این افراد استخراج شد و سپس تکنیک pcr-rflp با استفاده از آنزیم taqi برای شناسایی پلی مورفیسم c677t ژن mthfrبه کار برده شد. فراوانی ژنوتیپ های cc، ct و tt در افراد بیمار به ترتیب 58/68%، 42/31 % و 0% و در افراد کنترل به ترتیب 72%، 28% و 0% بدست آمد. هیچ گونه تفاوت معنی داری در فراوانی ژنوتیپی بین دو گروه مشاهده نشد (p=0.92). براساس داده ها می توان نتیجه گرفت که پلی مورفیسم c677t ژن mthfrبا خطر بالای سرطان سینه در زنان گیلان در ارتباط نیست. اگرچه مطالعات بیشتر اثر ژن mthfr بر روی سرطان سینه را بیان خواهد کرد.

ارتباط پلی مرفیسم ژن ox40l و احتمال خطر سرطان پستان
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه گیلان - دانشکده علوم پایه 1394
  رودابه وکیل منفرد   فرهاد مشایخی

سرطان پستان شایع ترین نوع سرطان در میان زنان است و سالانه 1 میلیون مورد ابتلا به این بیماری تشخیص داده می شوند.سیستم ایمنی نقش مهمی در توسعه سرطان پستان ایفا می کند. ox40l (یا tnfsf4) که یک پروتئین تراغشایی و یکی از اعضای خانواده فاکتور های نکروز دهنده تومور می باشد به گیرنده اش ox40 متصل می شود و این هم تحریکی نقش مهمی در تکثیر ، بقا و ترشح سیتوکین از سلول های t را ایفا می کند. به دلیل اهمیت سلول های t در فعالیت ضد تومور به واسطه ox40l ، ارتباط پلی مورفیسم rs3850641(t?c) ژن ox40l با سرطان پستان مورد بررسی قرار گرفت. این مطالعه شامل 123 بیمار مبتلا به سرطان پستان و 126 فرد سالن بدون نشانه ای از سرطان بوده است. dna ژنومی از لوکوسیت های خون استخراج شد و فراوانی اللی و ژنوتیپی با روش pcr-rflp مورد بررسی قرار گرفت. طبق این بررسی ها تفاوت معنی داری در فراوانی ژنوتیپی 2 گروه دیده نشد (p=0.06) . طبق این نتایج پلی مورفیسم rs3850641 ارتباطی با احتمال سرطان پستان در جمعیتی در شمال ایران نداشت.

بررسی ژن e-selectin در سرطان پستان
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه گیلان - دانشکده علوم پایه 1394
  گلناز گلنارنیک   فرهاد مشایخی

سرطان پستان یکی از شایع ترین سرطان ها در میان زنان سراسر جهان است. این بیماری یک اختلال پلی ژنی پیچیده ای است که، عوامل ژنتیکی نقش مهمی درعلت بیماری بازی می کنند. e-selectin، همچنین به عنوان آنتی ژن cd62 مانند اعضای خانواده e (cd62e)، مولکول چسبنده اندوتلیال لوکوسیت1 (elam-1)، یا مولکول چسبنده لوکوسیت اندوتلیال2 (lecam2) شناخته شده است. مولکول چسبنده فقط در سلول های اندوتلیالی که توسط سایتوکاین ها فعال شده است بیان می شود. بیان e-selectin در اندوتلیوم یکی از مشخصه های التهاب است. e-selectin واسطه چسبندگی سلول های تومور به سلول های اندوتلیوم به وسیله اتصال به لیگاند e-selectin است که، توسط نوتروفیل، مونوسیت، ائوزونوفیل، خاطره-موثر، سلول های t مانند لنفوسیت ها، سلول های کشنده طبیعی یا سلول های سرطانی بیان شده است. این مطالعه به منظور بررسی ارتباط پلی مورفیسم s149rژن e-selectin و خطر ابتلا به سرطان پستان انجام شد. در مجموع 100 بیمار مبتلا به سرطان پستان و 120 نمونه سالم در مطالعه انتخاب شدند. dna ژنومی از نمونه خون تازه استخراج شد. ژنوتیپ ژن e-selectin با استفاده از pcr-rflp انجام شد. . بیان ژنوتیپ aa, ac, cc به ترتیب در بیماران 2%، 84% و 14% و در گروه کنترل 2%، 12%، 86% بود. در حالی که فراوانی الل a و c به ترتیب در بیماران 56%، 44% و در گروه کنترل 92%، 8% بود. تجزیه و تحلیل آماری نشان داد که تفاوت معنی داری بین دو گروه وجود دارد(p=0.0001). این نتیجه حاصل شد که پلی مورفیسم s149r ژن e-selectin با استعداد ابتلا به سرطان پستان در جمعیت شمال ایران در ارتباط است. هرچند، مطالعات بیشتر در جمعیت های بزرگتر که شامل، عوامل ژنتیکی و محیطی دیگر هستند برای رسیدن به نتیجه گیری مورد نیاز است.

ارتباط پلی مورفیسم ژن mtrr و سرطان پستان
پایان نامه وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه گیلان - دانشکده علوم پایه 1394
  شروین مستشاری   فرهاد مشایخی

سرطان پستان یکی از شایع ترین سرطان ها در جمعیت زنان است. این سرطان تحت تاثیرعوامل محیطی و ژنتیکی قرار دارد. کاهش جهانی در متیلاسیون dna از ویژگی های مشترک سرطان است و با ناپایداری ژنومی و کروموزومی در ارتباط است. فولات نقش کلیدی در سنتز dna، تعمیر، متیلاسیون و متابولیسم هموسیستئین ایفا می کند.