تحقیق حاضر با هدف ارزیابی مقایسه ای کیفیت خدمات کتابخانه های الکترونیکی از دیدگاه دانشجویان تحصیلات تکمیلی دانشگاه های سیستان و بلوچستان و علوم پزشکی زاهدان، بر اساس ابعاد، سازه ها و مولفه های موجود در وب کوال صورت پذیرفته است. در این پژوهش از روش توصیفی- پیمایشی و ابزار پرسشنامه وب کوال استفاده شده است. یافته های تحقیق نشان می دهد: ارزیابی کیفیت خدمات کتابخانه الکترونیکی دانشگاه سیستان بلوچستان با میانگین 29/106درصد نسبت به کیفیت خدمات کتابخانه الکترونیکی دانشگاه علوم پزشکی زاهدان با میانگین 22/89 درصد از وضعیت مطلوب تری برخوردار می باشد. همچنین دانشگاه سیستان و بلوچستان از لحاظ کیفیت خدمات کتابخانه الکترونیکی با میانگین 1/8درصد در مقایسه با میانگین 64/6درصدی کیفیت خدمات کتابخانه الکترونیکی دانشگاه علوم پزشکی زاهدان، توانسته است رضایت مندی بیشتری را کسب نماید. بطور کلی در مقایسه صورت گرفته بین کیفیت خدمات کتابخانه های الکترونیکی دانشگاه های مذکور، کتابخانه الکترونیکی دانشگاه سیستان و بلوچستان نمره بالاتری را به خود اختصاص داده است.