ردیابی و معرفی نشانگرهای ریزماهواره در گیاه شاهدانه با کاوش در ترنسکریپتوم
نویسندگان
چکیده مقاله:
گیاه شاهدانه یکی از مهم‌ترین گیاهان ازنظر اقتصادی برای تولید دارو، غذا، فیبر و روغن است. بااین‌حال نبود نشانگرهای کافی و مؤثر ریزماهواره، گسترش بررسی‌های ژنتیکی این گیاه را محدود کرده است. در این پژوهش داده‌های ترنسکریپتوم برای شناسایی و معرفی ریزماهوارهها به‌منظور بررسی تنوع ژنتیکی و تفکیک رقم‌ها و جمعیتهای فیبری و دارویی استفاده شد. بر پایۀ این داده‌ها 3388 مکان ریزماهواره از 1402 توالی در رقم فیبری و 10381 مکان از 4743 توالی در رقم دارویی شناسایی شد. در میان این نشانگرها موتیف‌های سه نوکلئوتیدی و پس از آن تک و دو نوکلئوتیدی بالاترین فراوانی را نشان دادند. آغازگرهای مناسب برای افزونش 234 ریزماهواره از 152 توالی منحصر در رقم فیبری و 1543 ریزماهواره از 1372 توالی مختص در رقم دارویی طراحی شدند. این بررسی نخستین ارزیابی در مقیاس گسترده برای شناسایی نشانگرهای ریزماهواره از توالیهای ترنسکریپتوم در گیاه شاهدانه است. تأثیر این نشانگرهای مولکولی میتواند با استفاده از جمعیتهای موجود در ایران آزمون و ارزیابی شده و کارایی آنها در اصلاح این جمعیتها بررسی شود.
منابع مشابه
اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
متن کاملاثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین
Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...
متن کاملDegenerate Four Wave Mixing in Photonic Crystal Fibers
In this study, Four Wave Mixing (FWM) characteristics in photonic crystal fibers are investigated. The effect of channel spacing, phase mismatching, and fiber length on FWM efficiency have been studied. The variation of idler frequency which obtained by this technique with pumping and signal wavelengths has been discussed. The effect of fiber dispersion has been taken into account; we obtain th...
متن کاملمعرفی و بررسی انتقال پذیری نشانگرهای ریزماهواره est با منشاء گرامینه در گیاه aeluropus littoralis
پیشرفت های اخیر در زمینه مطالعات ژنومی، منجر به تولید انبوهی از ترادف بیان شونده ی نشاندار(est) در بسیاری از موجودات، بویژه گونه های گیاهی شده است. یکی از گونه های شورزی بومی کشور، گیاه aeluropus littoralis می باشد که در مواجه با شوری خصوصیات بیولوژیکی و فیزیولوژیکی ارزشمندی از خود نشان می دهد. در این پژوهش انتقال پذیری 108 نشانگر ریزماهواره est با منشاء گرامینه (گندم، برنج و جو ) و همچنین طراح...
15 صفحه اولشناسایی نشانگرهای چندشکل ریزماهواره در چغندرقند
به منظور شناسایی نشانگرهای SSR و EST-SSR در چغندر قند، مجموعا 2884 توالی EST و همچنین توالی ژن FLC-Like، یکی از ژنهای کلیدی کنترل کننده گلدهی در چغندر، از پایگاه NCBI استخراج شد. بعد از انجام سرهمبندی توالیها و ساخت توالیهای غیر تکراری، همه کانتیگها به منظور شناسایی SSRsهای دو تا شش نوکلئوتیدی مورد جستجو قرار گرفتند. سپس طراحی آغازگرهای اختصاصی از نواحی حفاظت شده اطراف این SSRها انجام شد. ت...
متن کاملکاوش ژنومی برای ردیابی نشانه‌های انتخاب در اسب نژاد ترکمن
Abstract Selection not only increases the frequency of new-useful mutations but also remains some signals throughout the genome. Since these areas are often control economically important traits, identifying and tracking these areas is the most important issue in the animal genetics. The aim of this study was to detecting signals of selection in the genome of Turkmen horse using 70K SNP chip...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
عنوان ژورنال
دوره 49 شماره 2
صفحات 313- 321
تاریخ انتشار 2018-08-23
با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023