نشانگرهای تک‌نوکلئوتیدی تمامی جایگاه‌های صفات کمی را تحت پوشش قرار داده و به طور بالقوه تمام واریانس ژنتیکی را توجیه می‌کنند. در این پژوهش از SNPهای گوسفندان سافوک استرالیایی که با تراشه نشانگری 50k شرکت ایلومینا، تعیین ژنوتیپ شده بودند، به منظور برآورد اجزای واریانس ژنومی، استفاده شد. صفات مورد بررسی وزن تولد و وزن شیرگیری بودند. کنترل کیفیت برای فراوانی آللی کمیاب (MAF) در دو آستانه یک و پنج ...

یکی از مباحث مهم در انتخاب ژنومی، استفاده از روشی مناسب برای برآورد اثر نشانگرها و ارزیابی ژنومی است. اخیراً روش­های یادگیری ماشین1 که جزو روش­های ناپارامتری غیرخطی هستند وارد ارزیابی ژنومی شده­اند. یکی از این روش­ها الگوریتم جنگل تصادفی2 است که این تحقیق روی نحوه تنظیم این روش متمرکز شده است. پارامترهای مهم در الگوریتم جنگل تصادفی به ترتیب اهمیت، تعداد متغیر انتخاب شده در هر گره درخت3، تعداد در...

به منظور افزایش صحت ارزیابی‌‌های روش بهترین پیش‌‌بینی نااُریب خطی ژنومی (GBLUP)، تکنیک نمونه‌‌گیری تجمعی بوت‌‌استرپ (بگینگ) بکار گرفته شد. بدین منظور ژنومی حاوی 10000 نشانگر تک‌‌نوکلئوتیدی دو آللی (SNP) با فواصل یکسان روی 10 کروموزوم هریک به طول 100 سانتی‌‌مورگان شبیه‌‌سازی شد. برای ایجاد عدم تعادل پیوستگی (LD) بین SNPها و جایگاه‌‌های‌ ژنی کنترل‌‌کنندة صفات کمی (QTL)، به مدت 100 نسل بین 100 فرد ...

شناسایی مناطق ژنومی کنترل کننده صفات اقتصادی، یکی از چالش برانگیزترین موارد استفاده از نشانگرهای متراکم در ژنتیک حیوانی است. شناسایی جایگاه‌های ژنی مرتبط با ذخیره چربی از لحاظ اقتصادی از اهمیت زیادی در پرورش گوسفند برخوردار است. در این تحقیق، از تعداد 49034 نشانگر تک نوکلئوتیدی برای شناسایی نواحی ژنومی موثر بر ذخیره چربی برای 106 رأس گوسفند از نژادهای افشاری (37)، مغانی (34) و قزل (35) استفاده ...

ویروس زردی بافت مرده باقلا (Faba bean necrotic yellows virus, FBNYV) از جنس Nanovirus، عامل ایجاد خسارت شدید حبوبات در کشورهای شمال آفریقا، جنوب آسیا و اروپا به­شمار می­رود. پس از تعیین ترادف نوکلئوتیدی کامل قطعه ژنومی M تعداد 17 جدایه میزبانی و جغرافیایی این ویروس از ایران، تحلیل­های مختلف مولکولی این ویروس براساس این قطعه ژنومی مربوط به تمام جدایه‌های در دسترس ویروس مورد برر...

هدف از این تحقیق ارزیابی مدل­های تک-صفتی و چند-صفتی در سناریوهای مختلف ژنومی با در نظر گرفتن جانهی جهت برآورد صحت پیش­بینی ژنومی و تشخیص وجود اثر متقابل ژنوتیپ و محیط (G × E) بود. داده‌های ژنومی با تعداد متفاوت جایگاه­های صفات کمی (90 و 900) و سطوح مختلف عدم تعادل پیوستگی (کم و زیادLD = ) برای تراکم K50 شبیه‌سازی شدند. سپس به‌طور تصادفی 90 درصد نشانگرها حذف و در مرحله بعد این نشانگرها از طریق ن...

به منظور مقایسه صحت برآورد تجزیه های تک صفتی و چندصفتی ژنومی و رایج تعداد 100 حیوان غیرخویشاوند برای50 نسل، جهت ایجاد عدم تعادل پیوستگی بین جایگاه ها آمیزش تصادفی داشتند. برای هر حیوان ژنومی با طول 10مورگان و تعداد 10 کروموزوم با طول یکسان 1 مورگان، شبیه سازی شد. نشانگرهای SNP در فواصل مساوی بر روی هر کروموزوم قرار گرفتند و QTLها بصورت تصادفی روی ژنوم پخش شدند. تجزیه های تک صفتی و چند صفتی برای...

هدف ازاین پژوهش، ارزیابی عملکردانتخاب ژنومی برای صفات تولیدشیر، درصدچربی و درصدپروتئین درگاو نژادنجدی درگله‏های ایستگاهی و اقماری با استفاده از مدل‏های آماری مختلف بود. ازارزش‏های اصلاحی سنتی بدست آمده ازیک مدل رگرسیون تصادفی با استفاده ازاطلاعات شجره‏ای و فنوتیپی هر صفت بین سال‏های 1369 تا 1395 به عنوان متغیر پاسخ استفاده شد. با استفاده ازطرح 10 بار تکرار جمعیت آموزش-آزمون وچهارمدل بهترین پیش‏...

صفات تولیدمثل بدلیل تاثیر زیاد بر سودآوری، در صنعت پرورش گاوهای شیرده جزء صفات عملکردی محسوب می‌شوند. به دلیل وراثت‌پذیری پایین این صفات، پیشرفت ژنتیکی آن‌ها به کندی صورت می‌گیرد. بنابراین، انتخاب ژنومی یک روش موثر برای افزایش پیشرفت ژنتیکی این صفات می‌باشد.صحت انتخاب ژنومی وابسته به عوامل زیادی از جمله، وراثت‌پذیری صفات، روش آماری محاسبه اثرات نشانگر تک نوکلئوتیدی SNP در جمعیت مرجع و تعداد افر...