هیدرات های گازی ترکیبات بلور شکلی می باشند که در داخل شبکه ای از مولکول های آب به دام افتاده و تشکیل پیوند هیدروژنی مهمان – میزبان را می دهند. در این پروژه هیدرات گازی si مورد مطالعه قرار گرفته که سلول واحد آن از 46 مولکول آب تشکیل شده است، که دارای دو نوع قفس کوچک و بزرگ می باشد. قفس های کوچک به صورت دوازده وجه پنج ضلعی هستند و قفس های بزرگ چهارده وجهی بوده که شامل دو وجه شش ضلعی و دوازده وجه ...

به منظور مطالعه دینامیک بهم پیوستگی نانو ذرات مغناطیسی معلق درون سیال حامل (فروفلوید) از روش شبیه سازی دینامیک مولکولی استفاده کردیم . مشاهده کردیم که هنگام اعمال میدان مغناطیسی خارجی ذرات بهم پیوسته و زنجیره هایی از ذرات در راستای میدان مغناطیسی خارجی شکل می گیرد . همچنین با شبیه سازی سیالات مگنتورئولوژیکال مشاهده کردیم که هنگام اعمال میدان مغناطیسی خارجی ذرات بهم پیوسته و زنجیره هایی از ذرات ...

فشار و ضریب خودنفوذی سیال تترا فلورید کربن با استفاده از پتانسیل hfd-like دو ذره ای که از وارونگی انتگرال برخورد چگالی کاهش یافته در فشار صفر بدست آمده و همچنین فشار مخلوط های سیال cf_4-arcf_4-ch_4 و در دمای ثابت و در چگالی های مختلف با استفاده از توابع پتانسیل دقیق و جدید hfd-like دو ذره ای با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی محاسبه شده است. برای داشتن نیروهای چند ذره ای دقیق، پتانسیل های...

در تحقیق حاضر، ساختار و دینامیک مایع یونی [emim][fep] در حالت های خالص و مخلوط با کربن دی-اکسید با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی مشخص شده است. کمیت های میانگین مربع جابجایی و تابع توزیع شعاعی برای مایع یونی خالص در مقایسه با مخلوط دوتایی آن با کربن دی اکسید محاسبه و مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفته است. ضرایب خودنفوذی کاتیون، آنیون و کربن دی اکسید از روی شیب نمودارهای میانگین مربع جابجایی د...

بیان غیرمعمول و عملکرد نامتعارف فاکتورهای رشد اپیدرمی (egfrs) می تواند عامل ایجاد کننده بدخیمی در بافت های مختلف باشد. از میان تمامی اعضای خانواده egfrs، her2 گیرنده ای می باشد که در عدم حضور لیگاند می تواند دیمر شده و فعال گردد. her2 دارای نقش مهمی در ایجاد سرطان پستان است. داروی هرسپتین یک آنتی بادی مونوکلونال می باشد که دمین خارجی her2 را هدف قرار داده و مانع از ایجاد دیمرهای فعال و القای آب...

چکیده زمینه و هدف: فعالیت استیل کولین و آنزیم استیل کولین ترانسفراز در بیماری آلزایمر بررسی و مشخص شده است. از این جهت، نقص آنها می تواند باعث کاهش حافظه و یادگیری شود. میدان های نیرو، بر ساختار کولین استیل ترانسفراز تأثیر دارند. برای درک اثرات فضایی، برخی مطالعات کامپیوتری انجام شده است. مواد و روش ها: روش های شبیه سازی مونت کارلو ،دینامیک مولکولی و دینامیک لانگوین به وسیله ی میدان های نیروی...

در این پایان نامه، تلاش شده تا از روش های مدل سازی کامپیوتری جهت طراحی فاز ساکن، بهینه سازی پارامترهای جداسازی و بررسی مکانیسم بازداری استفاده شود. در مطالعه اول مدل سازی کامپیوتری از طریق روشهای کومفا، کومفا – تمرکز میدانی، و کومسیا بر روی یک سری از ترکیبات ضد سرطان انجام گرفت. قابلیت پیشگویی خارجی مدلهای ساخته شده، از طریق مجموعه آزمون مورد ارزیابی قرار گرفت. همچنین پارامترهای آماری م...

در سالهای اخیر پیشرفتی شگرف در حوزه های ریزتکنولوژی حاصل گردیده است. ماهیت میکرو- نانویی این فن آوری و دوری تدریجی از شرایط محیط پیوسته باعث توجه و گسترش روش های متفاوت در تحلیل ها و شبیه سازی های عددی رفتار سیال در ابعاد ریز گردیده است. استفاده از روش های مولکولی علی رغم برطرف نمودن ضعف روش های مبتنی بر محیط پیوسته در این حوزه, به لحاظ وقت و توانایی کامپیوتری پر هزینه بوده و تلاش می شود تا حتی...

فتوپروتئینها گروهی از پروتئین های بیولومینسانس می باشند که دارای اهمیت و کاربردهای فراوانی در علوم مختلف هستند. از این رو تحقیقات گسترده ای برای درک مکانیسم این پروتئینها جهت بهینه کردن فعالیت آنها در حال انجام است. در این تحقیق، جهت شناخت بیشتر عملکرد فتوپروتئین نمیوپسین دو جهش leu36his و phe186his انتخاب شدند. از این گروه می توان به کلنترات، کتنفور و شعاعیان اشاره کرد که دارای تشابهات ساختاری...

در تحقیقات انجام شده در این رساله به منظور محاسبه و بررسی عامل نفوذ حرارتی، هدایت گرمایی و شارهای گرما، الگوریتم جدیدی از دینامیک مولکولی غیر تعادلی را توسعه دادیم . این الگوریتم برپایه روشی است که اخیرا"هافسجولد تحت عنوان الگوریتم hex بکار برده شده است ، که در آن شار گرمایی ثابتی به دیواره های جعبه شبیه سازی اعمال می شود و سپس در هر گام زمانی گرادیانهای غلظت و دما محاسبه می گردند. مطالعات انجا...