با توجه به دقت و اعتبار روش های مبتنی بر رفتار اتمی مانند شبیه سازی دینامیک مولکولی (md)، امروزه این روش ها نقش بسیار مهمی در زمینه مدل سازی ورقه های تک لایه گرافن ایفا می کنند. با این حال، استفاده از این روش ها به دلیل هزینه های محاسباتی بالا تنها محدود به سیستم های با اندازه کوچک می باشد. علاوه بر این، با توجه به طبیعت گسسته گرافن، از روش های مبتنی بر مکانیک محیط پیوسته نمی توان برای مطالعه و...

زمینه و هدف: دینامیک مولکولی، روشی برای شبیه سازی رفتار ترمودینامیکی مواد در سه فاز جامد، مایع و گاز با استفاده از نیرو، سرعت و مکان ذرات می باشد. دربین این عوامل، مهمترین عامل، نیرو است. در شبیه سازی دینامیک مولکولی کلاسیک، نیرو از پتانسیل کلاسیک به دست می آید. پتانسیل کلاسیکی، تابعی از مکان اتم ها یا هسته هاست و به موقعیت الکترون ها در اتم ها وابسته نیست. هدف از این کار، مطالعه و مقایسه ی انر...

پپتیدهای ضدباکتریائی کوتاه و کاتیونی در موجودات زنده در یک استراتژی دفاعی علیه تهاجم پاتوژن ها تولید می شوند. این پپتیدها با تشکیل منفذ و یا از طریق سازوکار فرشی باعث اختلال در غشاهای سلولی می گردند. پپتیدهای ضدباکتریائی برخلاف آنتی بیوتیک های مرسوم به ندرت در باکتری ها مقاومت دارویی ایجاد می کنند و موجب مرگ میکروارگانیسم ها می شوند. از آن جائی که آیورین $2 . 1$ یک پپتید کوتاه (?? باقی مانده) ب...

شبیه سازی دینامیک مولکولی روشی مناسب برای مدل سازی میکروسکوپی مواد است و در شاخه های مختلف علوم و تکنولوژی کاربرد فراوان دارد. اندازه گیری تجربی خواص ترمودینامیکی تعداد زیادی از مواد را به دلیل هزینه بالا و صرف زمان زیاد اقتصادی نیست. با استفاده از روش های محاسباتی مانند شبیه سازی دینامیک مولکولی، می توان خواص ترمودینامیکی آن ها را محاسبه و نتایج حاصل را با داده های تجربی مقایسه نمود. یکی از مب...

نانوسیال ترکیبی است که با افزودن ذرات در مقیاس نانو (100 نانومتر) به یک سیال پایه باهدف بهبود انتقال حرارت حاصل می شود. یکی از کاربردهای نانوسیالات، استفاده در سیستم های انتقال حرارتی مانند ترانسفورماتورها و رادیاتور اتومبیل می باشد. این نانوسیالات باید دارای توانایی بالای انتقال حرارت و در برخی موارد عایق الکتریکی باشند. در این پروژه تحقیقاتی در ترکیب درصدهای مختلف اجزا تشکیل دهنده ( اکسید تیت...

اکتین فراوان ترین پروتئین درون یاخته ای و یکی از سه جز اصلی چارچوب یاخته است که در مقابل بارهای کششی از یاخته محافظت می کند. بدین منظور، با توجه به دقت و اعتبار روش های مبتنی بر رفتار اتمی مانند دینامیک مولکولی، در این مقاله با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی به بررسی رفتار مکانیکی پروتئین اکتین پرداخته شده است. اکتین در داخل یاخته به دو صورت تکپار atp و adp وجود دارد. در همین راستا در این...

شیشه زیست فعال به دلیل توانایی پیوند بافت نرم و سخت در ترمیم، درمان و شکسته بندی استخوان و نیز به عنوان جایگزینی مناسب برای استخوانچه های گوش مورد توجه قرار گرفته است. در این مقاله از شبیه سازی دینامیک مولکولی با استفاده از نرم افزار گرومکس برای مطالعه ساختار شیشه زیست فعال شبیه سازی شده به روش سل-ژل استفاده شد. برای ایجاد گروه های هیدروکسیل، سیستم شیشه زیست فعال مورد نظر مدل سازی شد. سپس یک سی...

نحوه استقرار و نفوذ مولکول های بنزن در حفرات زئولیت nay توسط شبیه سازی دینامیک مولکولی مورد بررسی قرار گرفت. شبیه سازی ها در هنگرد nvt با گام زمانی 1 فمتوثانیه طی دو مرحله انجام گرفتند. در مرحله اول پیکربندی هایی شامل 16، 32، 64 و 96 مولکول بنزن به همراه یک سلول واحد زئولیت جهت بررسی استقرار مولکول های بنزن در حفرات زئولیت، شبیه سازی شدند. در مرحله دوم چندین شبیه سازی برای یک پیکربندی ثابت محتو...

کربید سیلیکون به خاطر خواص فوق‌العاده مکانیکی، فیزیکی، ترمودینامیکی و شیمیایی، یک سرامیک بسیار جذاب برای اکثر صنایع است. در این پژوهش خواص مکانیکی و ترمودینامیکی ساختار C3 کربید سیلیکون با استفاده از شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی و نظریه تابعی چگالی مبتنی بر تقریب شیب تعمیم یافته در دما و فشارهای بالا محاسبه و جهت صحت با نتایج تجربی موجود مقایسه شده است. محاسبات دینامیک مولکولی با استفاده از پت...