به منظور شناسایی و جداسازی قارچ های بی هوازی اختیاری شکمبه در اطراف رگ های خونی گوسفند از شش راس گوسفند نر نژاد نائینی استفاده شد.گوسفندان به دو گروه سه تایی تقسیم شدند. به یک گروه جیره کنسانتره ای و به گروه دیگر جیره علوفه ای غنی از سلولز خورانده شد. دو هفته پس از تغذیه گوسفندان با جیره های تعیین شده، گوسفندان ذبح شدند و شکمبه به طور کامل از بدن آن-ها جدا گشت. از چندین ناحیه از دیواره شکمبه که حاوی رگ ها یا مویرگ های خونی بود، تکه های شکمبه ای جدا گردید. به همین روش از چندین منطقه بدون مویرگ یا رگ خونی به عنوان شاهد تکه برداری شد. نمونه ها درون تشتک پتری های استریل قرار داده و به هود استریل منتقل گشتند. قطعات ابتدا با سرم فیزیولوژی شستشو و بر روی کاغذ صافی استریل قرار داده شدند. پرزها به همراه سطح کراتینی داخلی جدا شده و تحت شرایط استریل بر روی محیط کشت اختصاصی، تا زمان پدیدار شدن کلونی های قارچ در انکوباتور قرار گرفتند. پنج جدایه قارچ از نمونه های تهیه شده از گوسفندان مورد آزمایش به دست آمد. برای اولین بار، قارچ های aspergillus terreus، a. flavus a. penicilloides، trichoderma longibrachiatum از شکمبه گوسفندان تغذیه شده با جیره های غنی از سلولز و برای اولین بار در ایران، قارچabsidia corymbifera، از شکمبه گوسفندان تغذیه شده با جیره های کنسانتره ای به-دست آمد. جدایه های به دست آمده در این تحقیق فعالیت سلولازی، آمیلازی و ژلاتینازی داشتند و به استثناء گونه a. corymbifera بقیه گونه های جدا شده دارای فعالیت کازئینازی نیز بودند. تمامی جدایه قارچ های بدست آمده بیشترین رشد را در محیط های کشت حاوی عصاره شکمبه نشان دادند. نتایج این تحقیق نشان داد که همانند باکتری ها، قارچ ها نیز قادر به زیست در اطراف رگ های خونی شکمبه ای می باشند و با تشکیل بیوفیلم قارچی و استفاده از اکسیژن منتشر شده از جدار رگ های خونی به تبدیل بیوزیستی مواد می پردازند. نظر به این که این قارچ ها دارای فعالیت های آنزیمی ارزشمندی هستند، می توانند به عنوان پروبیوتیک در صنعت دام و طیور مورد استفاده قرار گیرند.

لکه برگی آلترناریایی یکی از مهم ترین بیماری های قارچی گیاهان خانواده چلیپائیان است که همه ساله تولید این گیاهان را از نظر کمی و کیفی تحت تاثیر قرار می دهد. این بیماری در اغلب مناطق دنیا توسط سه گونه بذر زاد از قارچ آلترناریا به نام های alternaria brassicae ، brassicicola . aوa. raphani ایجاد می شود. آلودگی به وسیله این بیمارگرها عامل مهمی در کاهش جوانه زنی بذر به حساب می آید. گونه a. brassicae به عنوان عامل بیماری لکه برگی آلترناریایی در کانادا، آمریکا، هند و اغلب کشور های اروپایی شناخته شده است. در ایران نیز این گونه از مناطق کلزا کاری استان های گلستان، خوزستان و آذربایجان غربی جداسازی شده است. این قارچ همزمان با عفونی کردن بافت میزبان، تعدادی فیتوتوکسین را در اندام های آلوده تولید می کند. دستروکسین b فیتوتوکسین اصلی تولید شده توسط این قارچ در گیاه و محیط آزمایشگاه است. سنتز و انتشار این توکسین احتمالا با خوشه ژنیnrps-abc transporter در ژنوم این قارچ مرتبط می باشد. تجزیه و تحلیل بیشتر ژن های مرتبط با این خوشه ژنی می تواند نقش این ژن ها و فیتوتوکسین های سنتز شده توسط آن ها را در بیماری زایی، اکولوژی و فیزیولوژی این بیمارگر آشکارتر سازد. لذا در این تحقیق سعی شده تا با استفاده از روش های مولکولی، شیمیایی و زیستی، مکانیسم ایجاد بیماری در شش جدایه از قارچ a. brassicae بررسی شود، تا بدین وسیله باعث افزایش دانش موجود در این خصوص گردد. در تحقیق حاضر جدایه های قارچa. brassicae با استفاده از جفت آغازگر اختصاصی این گونه مورد تأیید نهایی قرار گرفتند. به منظور ردیابی ژن های abrepsy1 و abreatr1 در جدایه های مورد مطالعه، حضور یا عدم حضور این دو ژن در واکنش pcr بررسی شد. میزان رونویسی دو ژن مذکور مرتبط با خوشه بیماری زایی nrps-abc-transporter نیز با استفاده از تکنیک real time pcr مورد بررسی قرار گرفت. برای تعیین توانایی تولید فیتوتوکسین در این جدایه ها، عصاره حاصل از این قارچ استخراج و به طور نسبی خالص سازی شد. سمیت فیتوتوکسین های تولید شده توسط هر جدایه، روی گیاهان کلزا رشد یافته در محیط کشت آزموده شد. از طرف دیگر شدت بیماری زایی نیز در مورد هر جدایه از قارچ در شرایط گلخانه سنجیده شد. به منظور ارزیابی بیان ژن های abreatr1 و abrepsy1 و تأیید نقش آن ها در بیماری زایی قارچ a. brassicae، همبستگی بین میزان رونویسی این ژن ها، میزان سمیت فیتوتوکسین ها و شدت بیماری زایی در جدایه ها بررسی شد. نتایج حاصل نشان داد که ظرفیت تولید فیتوتوکسین و شدت بیماری زایی در قارچ a. brassicae با میزان رونویسی ژن abreatr1 در این قارچ ارتباط بیشتری دارد و این در حالی است که در مطالعات پیشین بیشتر به نقش nrps در شدت بیماری زایی قارچ a. brassicae پرداخته شده بود. براساس اطلاعات بدست آمده در این تحقیق مشخص شد که میزان بیان ژن abreatr1 می تواند طور غیر مستقیم بیان ژن abrepsy1 را تحت تاثیر قرار دهد که به تبع آن تولید فیتوتوکسین ها و شدت بیماری زایی قارچ نیز به متاثر از عملکرد abc transporter خواهد بود.

چکیده بیماری پوسیدگی سفید ریشه یکی از مهمترین بیماریهای درختان میوه در دنیا و ایران می باشد که توسط قارچ rosellenia necatrix ایجاد می شود. علیرغم وقوع این بیماری در بیش از 170 گونه گیاهی، خسارت وارده از آن به صورت پژمردگی و مرگ درختان میوه هسته دار و دانه دار از اهمیت خاصی برخوردار است. به دلیل پایداری طولانی مدت قارچ عامل بیماری در خاک، مقاومت به خشکی، تحمل به دامنه های مختلف ph، دامنه میزبانی بالا ، نفوذ به اعماق خاک و مقاومت نسبت به قارچکش های مختلف، کنترل بیماری پوسیدگی سفید ریشه بسیار پیچیده و مشکل می باشد. بنابراین بهترین شیوه مدیریت بیماری، پیش گیری ازوقوع آن با استفاده از نهال های سالم و کشت گیاهان در زمین های عاری از عامل بیماری است. برای رسیدن به چنین هدفی، ضروری است امکان آلودگی خاک نهالستان ها و باغ ها به قارچ r. necatrix بررسی شود تا از گسترش بیماری جلوگیری گردد. دستیابی به یک روش ساده و حساس به منظور ردیابی بیمارگر در خاک و ریشه نهال ها ضروری است که هدف اصلی این پژوهش بود. در این پژوهش 18 جدایه r. necatrix از ریشه درختان میوه آلباو و سیب جداسازی و خالص سازی گردید و با استفاده از آغازگر های اختصاصی گونه در واکنش pcr، مورد تایید نهایی قرار گرفت. به منظور بررسی تنوع ژنتیکی بین جدایه ها از تکنیک pcr-rflp استفاده گردید. نتایج هضم آنزیمی قطعه 500 جفت بازی تکثیر شده از ناحیه its جدایه ها با سه آنزیم برشی mboi، mspi و hinfi مشخص نمود که جدایه ها یکنواختی ژنتیکی دارند. به منظور تعیین مناسب ترین روش جهت ردیابی قارچ عامل بیماری از ریشه و خاک از روش های کشت مستقیم خاک و ریشه آلوده در محیط کشت، nested pcr، و به دام انداختن ( trapping) بیمارگر با شاخه های گیاهان میزبان استفاده شد. از بین روشهای مورد استفاده، روش کشت مستقیم از خاک به دلیل عدم حساسیت لازم برای ردیابی بیمارگر،مناسب تشخیص داده نشد، ولی سایر روشها قادر به ردیابی بیمارگر بودند، که در بین آنها روش nested pcr بهتر ارزیابی گردید. بررسی رابطه بین میزان اولیه مایه تلقیح و مدت زمان لازم جهت ردیابی عامل بیماری و بروز علائم نشان داد که با افزایش جمعیت مایه تلقیح، مدت زمان لازم جهت ردیابی و بروز علائم بیماری کاهش می یابد. به منظور تایید صحت ردیابی قارچ مورد نظر از خاک، توالی ناحیه its جدایه مورد آزمایش همسانه سازی و تعیین توالی نوکلئوتیدی شد. نتایج همردیف سازی توالی مورد نظر با توالی r. necatrix ثبت شده موجود در genbank نشان داد که جدایه اصفهان حداکثر شباهت (99/98%) را با جدایه شناخته شده r. necatrix دارد. این موضوع دلیلی بر صحت ردیابی بیمارگر از خاک به روش pcr بود. در تعیین میزان حساسیت ردیابی با تکنیک nested pcr مشخص شد که با این روش می توان عامل بیماری رادر غلظت fg/µl1 ردیابی نمود که از حساسیت بیشتری نسبت به روش pcr مستقیم با توانایی ردیابی pg/µl10 از عامل بیماری برخوردار است. به این ترتیب، روش nested pcr به دلیل دقت ،حساسیت و سرعت عمل زیاد، روش مناسب تری نسبت به سایر روش ها برای ردیابی قارچ r. necatrix در خاک تشخیص داده شد. واژهای کلیدی: ردیابی، پوسیدگی سفید ریشه، rosellenia necatrixو nested pcr

یکی از مشکلات اساسی زراعت گلرنگ در منطقه اصفهان، بوته میری ناشی از پوسیدگی طوقه و ریشه بر اثر حمله قارچ fusarium solani می باشد. علائم این نوع بوته میری در ابتدا بصورت زردی برگ ها و پژمردگی بوته ظاهر می شود و سپس گیاه دچار مرگ کامل می گردد. در این تحقیق پس از نمونه برداری از مزارع گلرنگ منطقه اصفهان، طوقه و ریشه گیاهان مشکوک به بیماری، بر روی محیط کشت سیب زمینی- دکستروز- آگار کشت شدند و پس از خالص سازی قارچ ها بر اساس روش تک اسپور و کشت تک ریسه، شناسایی عامل بیماری بر اساس روش های کلاسیک انجام شد و جدایه های متعلق به گونه f. solani مشخص شدند. آزمایش بیماری زایی با 11 لاین زراعی گونه c. tinctorus و 11 توده وحشی گونه c. oxyacanthus در قالب یک طرح کاملاً تصادفی با سه تکرار انجام گرفت. آلوده سازی گیاهان در دو مرحله رشد گیاهچه ای (چهاربرگی)و قبل از گلدهی به طور جداگانه انجام گردید و ژنوتیپ های اهلی و وحشی از نظر مقاومت به این بیماری ارزیابی شدند. ژنوتیپ های وحشی گلرنگ گونه c. oxyacanthus مقاومت نسبتاً کاملی به بیماری نشان دادند. درحالی که ژنوتیپ های زراعی گونه c. tinctorus از نظر مقاومت به f. solani متنوع بودند و لاین های حساس و نسبتاً مقاوم مشخص شدند. رقم اصلاح شده کانادایی saffire است بیشترین حساسیت را به این بیماری نشان داد و لاین های اصفهان 14، il، c111، کوسه و s231 و e1431، اراک2811، c4110 و c121 با واکنش تقریبا یکسان دارای حساسیت نسبی به این بیماری بودند. در مقایسه دو مرحله تلقیح قارچ، واکنش ژنوتیپ های زراعی و وحشی در مرحله رشد چهار برگی و قبل از گلدهی متفاوت بود. در میان ژنوتیپ های زراعی بیشترین مرگ و میر در زمانی مشاهده گردید که گیاهان در مرحله چهار برگی تلقیح شده بودند. در میان ژنوتیپ های گونه وحشی c. oxyacanthus هیچ مرگ و میری مشاهده نشد، اما ژنوتیپ های گونه وحشی c. oxyacanthus از نظر شدت وقوع بیماری و درصد برگ های مرده در دو مرحله تلقیح، برخلاف گیاهان زراعی در زمان گیاهچه، مقاومت بیشتری را نشان دادند. بر اساس نتایج این پژوهش ژنوتیپ های گلرنگ وحشی گونه c. oxyacanthus منبع مفیدی از ژن های مقاومت به بوته میری فوزاریومی تشخیص داده شدند. شاید بتوان در برنامه های اصلاحی از ژنوتیپ های این گونه به عنوان والد مقاوم استفاده کرد و با انتقال ژن های مقاومت به لاین های زراعی، ارقام مقاوم به بوته میری فوزاریومی معرفی نمود.

قارچ rhizoctonia solani یک بیمارگر گیاهی خاکزاد و همه جازی با دامنه میزبانی وسیع بوده که سالانه خسارات زیادی به محصولات زراعی، درختان مثمر و غیرمثمر، گیاهان مرتعی و زینتی وارد می کند. اسکلروت های سیاه روی سطح غده و زخم های نکروتیک فرورفته روی ریشه، ساقه و اجزای زیرزمینی سیب زمینی ، معمولترین علائم بیماری شانکر ریشه ناشی از رایزکتونیا می باشد. این بیماری در تولید بذر گواهی شده سیب زمینی اهمیت فراوان داشته و علاوه بر خسارت کمی، از نظر کیفی نیز محصول را تحت تأثیر قرار داده و ارزش بازارپسندی آن را کاهش می دهد. یکی از مهمترین روش های کنترل این قارچ که امروزه مورد توجه قرار گرفته است، استفاده از جدایه های کم آزار حاوی ویروس می باشد. مایکوویروس ها یا ویروس های قارچی ویروس هایی هستند که قادر به تکثیر در سلول های قارچی بوده و تاکنون در بیش از 100 گونه از قارچ های متعلق به گروههای تاکسونومیکی مختلف گزارش شده اند. اکثر این ویروس ها دارای ژنوم dsrna بوده، معمولاً در میزبان های قارچی به صورت نهفته وجود دارند و باعث ایجاد تغییر در خصوصیات مورفولوژیکی، بیوشیمیایی و بیماری زایی آنها می گردند. هدف اصلی تحقیق حاضر ردیابی dsrna در جدایه های r. solani آلوده کننده سیب زمینی وبررسی تاثیرآن در مورفولوژی و بیماری زایی این قارچ می باشد. بدین منظور در سال های 1386 و 1387 در چندین نوبت از مزارع سیب زمینی آلوده به رایزوکتونیا در استان اصفهان، نمونه برداری انجام شد و در نهایت 55 جدایه این قارچ جداسازی، شناسایی و گروه های آناستوموزی آنها نیز مشخص گردید. از جدایه های مذکور با استفاده از ستون سلولزی، استخراج dsrna انجام شد و پس از تیمار با dnasei، rnasea و s1nuclease، قطعات dsrna با اندازه های حدود 8/0و سه کیلوباز به ترتیب در جدایه هایe1-10 و e1-12 متعلق به دشت آزادگان و چهار قطعه با اندازه های حدود 8/0 2/1، 3 و 22 کیلوباز در جدایه e4-3و دو قطعه با اندازه های حدود 7/0 و یک کیلوباز در جدایه e3-4، هر دو متعلق به سپید دشت، تشخیص داده شد. قطعه موجود در جدایه ٍe1-10 پس از خالص سازی از ژل، با استفاده از random pcr و به کمک آغازگرهای k1 و k2 تکثیر و باندهای حاصل همسانه سازی و توالی یابی گردید. مقایسه توالی این جدایه با توالی های موجود در genbank با استفاده از ابزار جستجوی blast پایگاه اطلاعاتی ncbi، شباهتی بین این توالی ها نشان نداد. نتایج حاصل از همردیف سازی دوتایی توالی این قطعه با توالی چندین dsrna موجود در genbank و مقایسه آن با همردیف سازی دوتایی این توالی ها با یکدیگر نشان داد که قطعه فوق می تواند منشا ویروسی داشته باشد. در نهایت به منظور بررسی اثر dsrna بر مشخصات ظاهری پرگنه، رشد میسلیومی و بیماری زاییr. solani، تعدادی از جدایه های فاقد dsrna با جدایه های دارای dsrna مقایسه شدند. این جدایه ها از نظر مشخصات ظاهری پرگنه تفاوت قابل ملاحظه ای با یکدیگر نداشتند اما تجزیه و تحلیل آماری با استفاده از نرم افزار sas نشان داد که جدایه e1-10 از لحاظ رشد میسلیومی و بیماری زایی تفاوت معنی داری با جدایه های فاقد dsrna داشته و کاهش قابل ملاحظه ای نیز در رشد میسلیومی و بیماری زایی نشان می دهد. این نتایج به همراه نتایج حاصل از توالی یابی، امکان وجود dsrna ویروسی را در جدایه e1-10 با گروه آناستوموزی سه از منطقه دشت آزادگان اصفهان، تایید می نماید.

سلولز فراوان ترین پلیمر زیستی روی زمین است و تقریباً 50% بیوسفر را تشکیل می دهد. این هوموپلیمر خطی از واحدهای d-گلوکز تشکیل شده است که توسط پیوند های بتاگلیکوزیدی به هم متصل می شوند. سلولز توسط آنزیم های تجزیه کننده سلولز یا سلولازها، به گلوکز تبدیل می گردد. سلولاز یک سیستم آنزیمیست که از سه گروه آنزیمی اندوگلوکاناز، اگزوگلوکاناز و بتاگلوکوزیداز تشکیل شده است. اندوگلوکاناز با تجزیه تصادفی پیوندهای داخلی زنجیره سلولزی، زنجیره های کوتاه تر الیگوساکاریدی ایجاد می کند. اگزوگلوکاناز مونومرها و دایمرهای گلوکزی را از انتهای زنجیره گلوکان جدا کرده و بتاگلوکوزیداز دایمرهای گلوکزی را هیدرولیز و تولید گلوکز می کند. این آنزیم ها کاربرد گسترده ای در صنایع غذایی، نساجی، کاغذ، تولید سوخت های زیستی وsingle cell protein دارند. دامنه گسترده ای از میکروارگانیسم ها توانایی تولید سلولاز و هضم سلولز را دارا می باشند. به دلیل کاربرد گسترده آنزیم های سلولاز، تحقیقات به سمت تولید اقتصادی آنهاست. از این رو تحقیقات بسیاری برای کاهش هزینه و تولید اقتصادی آنزیم های سلولایتیک انجام شده است که از آنجمله می توان به ایجاد تغییرات ژنتیکی در میکروارگانیسم های سلولایتیک و جستجو برای یافتن موجوداتی با توانایی بالای هضم سلولز اشاره کرد. ساده ترین و کم هزینه ترین روش، یافتن موجوداتی با توانایی بالای سلولایتیک است. نظر به اینکه سلولز مهم ترین جزء رژیم غذایی نشخوارکنندگان است، میکروارگانیسم های شکمبه این حیوانات توانایی تولید آنزیم های سلولایتیک وهضم سلولز را دارند. در این راستا در مطالعه ای که بر روی موجودات سلولایتیک شکمبه گوسفند تغذیه شده با رژیم غذای سلولزی انجام گرفت، یک گونه قارچ هایپرسلولایتیک از دیواره شکمبه جداسازی شد. در تحقیق حاضر قارچ سلولایتیک ایزوله شده، شناسایی مولکولی گردید و فعالیت سلولازی آن ارزیابی شد. نتیجه این تحقیق موید نتیجه بررسی های مورفولوژیک بود و این قارچ از گونه trichoderma longibrachiatum تشخیص داده شد. دمای بهینه برای رشد این قارچ بر اساس نتایج حاصله از آزمایشات اندازه گیری وزن خشک میسلیوم 0c37 تعیین گردید.آزمایشات آنزیمی به منظور تعیین غلظت بهینه آنزیم و سوبسترا، اسیدیته، دما و مدت زمان انکوباسیون آنزیم اندوگلوکاناز مترشحه توسط این قارچ با روش somogi-nelson انجام گرفت و نتایج به ترتیب gµ700، 25/1%(w/v)، 6، 0c50 و 60 دقیقه بود. نتایج cmc زایموگرافی حاکی از عدم وجود ایزوزایم بود و وزن مولکولی آنزیم 118kd برآورد شد. میزان km و vmax آنزیم به ترتیب 32/3 گرم در لیتر و 4/4 میکرومول گلوکز در میلی گرم پروتئین در ساعت بود. این قارچ به عنوان یک میکروارگانیسم ایزوله شده از منابع بومی، به دلیل سهولت رشد در محیط های هوازی و بی هوازی و به دلیل قدرت سلولایتیکی بالا می تواند کاربرد گسترده ای در صنایع مختلف داشته باشد.

بیماری لکه برگی آلترناریا یکی از بیماری های مهم کلزا می باشد که باعث کاهش فتوسنتز در کیاه شده و منجر به پایین آمدن عملکرد گیاه می شود به منظور مطالعه این بیماری در اسنان های خوزستان(دزفول،شوش، اندیمشک، شوشتر،اهواز،گتوندوایذه) و کرمانشاه(صحنه،کنگاور واسلام آباد غرب) این پژوهش در خلال سال های 86-88 به مرحله اجرا درآمد. در این مطاله از مزارع عمده کلزا بازدید بعمل آمده واز گیاهان دارای علائم بیماری نمونه برداری صورت گرفت سپس نمونه های آلوده در پاکت های کاغذی به آزمایشگاه منتقل گردید. این نمونه ها با آب معمولی ابتدا شسته شده ، سپس قطعاتی کوچکی از مرز بین نواحی سالم و آلوده جدا و بمدت 2-3 دقیقه با هیپو کلریت سدیم ضدعفونی سطحی شده وچند بار آب مقطر سترون شستشه شده ودر نهایت با کاغذ صافی خشک شدند و سپس به ظروف کشت حاوی pca,pda منتقل شدند. ظروف کشت در انکوباتور با دمای 25 درجه سانتیگراد نگهداری شده، پس از ظهور پرگنه و اسپورگذاری جدایه ها با روش تک اسپور خالص سازی گردیدند.جدایه های خالص شده(195 جدایه) به محیطط کشت pca منتقل ودرانکوباتور با دمای 23-24 درجه سانتیگراد وشرایط نوری-تاریکی(هشت ساعت-شانزده ساعت)قرار گرفتندپس از 7-5 روز اقدام به شناسایی جدایه ها با استفاده از کلید سیمونز(2007)شد واین گونه ها عبارتند از:a. alternata, a.infectoria,a. arborecence,a. tenuissima, a. japonica,a. brassicicola.گزارش گونهa. tenuissimaاز روی کلزا در ایران جدید می باشد ونیز گزارش a. brassicicolaاز روی کلزا در استان خوزستان نیز برای اولین بار از این استان گزارش می شود. ییماریزایی گونه های فوق روی کلزادر شرایط مزرعه مورد مطالعه قرار گرفت و آنها در چهار گروه قرار گرفتند. گروه یک: گروه غیر بیماریزاa. infectoria، گروه دو که دارای بیماریزایی کم بودند شامل گونه های a. arborecence,a. tenuissima,a. alternata گروه سه با بیماریزایی متوسط شامل گونه a. japonica وگروه چهار دارای بیماریزایی زیادa. brassicicola میباشند. به منظور بررسی تنوع ژنتیکی استخراج dnaژنومی به روش ریدر و برودا بر روی میسلیوم های رشد در محیط کشت مایع psb انجام شد.سپس آغازگرهای(gva#30,igs27) برای تکثیر منطقه igs جدایه های قارچی مورد بررسی بکار گرفته شد. هضم آنزیمی محصولات pcr با هریک از آنزیم های alui,drai,mspi براساس توصیه شرکت سازنده آنزیم هاانجام شد.الگوی حاصل ازهضم آنزیمی قطعات با برنامه نرم افزاری ntysis ver2/2 مورد تفسیر قرار گرفت.

بیماری پژمردگی ورتیسیلیومی زیتون مشکل ترین مسئله بیماری شناسی این گیاه در مناطق کشت آن به شمار می آید و در اکثر این مناطق یافت می شود. در بررسی های مربوط به کنترل بیولوژیک پژمردگی های ورتیسیلیومی، گونه های مختلفی از قارچ ها به عنوان آنتاگونیست verticillium dahliae و v. albo-atrum معرفی شده اند. بسیاری از این قارچ ها تنها به عنوان آنتاگونیست بیمارگر در محیط های کشت معرفی شده اند و اکثر بررسی های گلخانه ای و مزرعه ای به گونه های جنس gliocladium, talaromyces, trichoderma و قارچ های آربوسکولار-میکوریزا (amf) مربوط است. قارچ های وزیکولار آربوسکولار میکوریزا (vam) با ریشه گیاهان زراعی همزیستی ایجاد کرده و با بهبود جذب برخی از عناصر غذایی سبب افزایش رشد گیاه می شوند. تلقیح نهال های زیتون با قارچ میکوریزایی glomus mosseae و کاشت آن ها در خاک آلوده به v. dahliae ، کاهش شدت بیماری و افزایش رشد نهال ها را به همراه داشته است. در این تحقیق، تاثیر چهار گونه قارچ اندومیکوریزی paraglomus occultum، glomus etunicatum، g. fasciculatum و g. clarum جدا شده از خاک باغات زیتون استان گیلان (لوشان، منجیل و رودبار) بر روند تکوینی اثرات متقابل قارچ میکوریزا و پژمردگی ورتیسیلیومی روی گیاه زیتون مورد ارزیابی قرار گرفت. در این بررسی، در مرحله اول جدا سازی عامل پژمردگی ورتیسیلیوم از درختان زیتون اصفهان انجام شد، و بر اساس مطالعات مورفولوژیکی و ملکولی قارچ مورد مطالعهverticillium dahliae kleba. تشخیص داده شد. این اولین گزارش از جدا سازی v. dahliae از زیتون در استان اصفهان می باشد. در مرحله دوم اسپورهای قارچ های میکوریزا به روش الک تر و روش سانتریفیوژ جدا سازی و سپس شناسایی گردید. در مرحله سوم قارچ های میکوریزایی به روش کشت گلدانی و با گیاه تله سورگوم خوشه ای تکثیر شدند. در مرحله چهارم مایه تلقیح قارچ های میکوریزایی و ورتیسیلیوم با خاک مخلوط شد و نهال های زیتون در آن نشاء گردید. سپس تأثیر قارچ میکوریزا روی بیماری پژمردگی ورتیسیلیومی زیتون در صفات مورد بررسی (تعداد برگ ، تعداد شاخه ، ارتفاع نهال ، وزن تر وخشک شاخه و ریشه نهال های زیتون) در طرح آماری فاکتوریل در چهار تیمار در گلخانه شامل خاک سترون فقط( شاهد)، میکوریزا + خاک سترون، میکوریزا + خاک سترون + ورتیسیلیوم و خاک سترون + ورتیسیلیوم روی زیتون رقم روغنی و زرد مورد مطالعه قرار گرفت. نتایج نشان داد که قارچ میکوریزا در حضور ورتیسیلیوم باعث افزایش وزن تر و وزن خشک شاخه و ریشه نهال های زیتون شده است. همچنین باعث افزایش تعداد برگ و شاخه نهال های زیتون در مقایسه با شاهد و تیمار ورتیسیلیوم بدون حضور میکوریزا گردیده است. در محاسبات آماری روی اعداد و آنالیز واریانس بین تیمارها اختلاف معنی داری مشاهده شد (05/0>p) و گروه بندی بر اساس آزمون lsd انجام شد. قارچ میکوریزا به تنهایی و بدون حضور ورتیسیلیوم در خاک اثر مثبت روی صفات مورد بررسی در مقایسه با شاهد داشت. به نظر می رسد استفاده از قارچ های میکوریزا می تواند به عنوان یک راهکار مناسب در جهت کاهش بیماری پژمردگی ورتیسیلیومی زیتون مطرح گردد.

راسته ی ustilaginales شامل قارچ هایی است که معمولاً تحت نام سیاهک (smut / bunt) شناخته می شوند، زیرا اغلب در چرخه ی زندگی، اسپور های خود را به صورت توده ای سیاه و گرد مانند بوجود می آورند که شباهت به دوده دارد. سیاهک ها ساپروفیت های اختیاری گیاهان، به خصوص گیاهان متعلق به دو خانواده ی poaceae و cyperaceae هستند. اسپورهای سیاهک ها که تلیوسپور نامیده می شوند نقش انتشار و پایداری قارچ را به عهده دارند. تلیوسپور ها درون سورها (هاگینه) تشکیل می شوند و سورها از جنبه های مختلف در اندام های متفاوت توسعه پیدا می کنند. رنگ، اندازه، شکل و تزئینات اسپورها، سلول های نازا، ساختار هاگ گوی ها (spore ball)، سورها و نوع جوانه زنی تلیوسپور ها صفاتی مهم و بسیار قابل توجه در تاکسونومی راسته ی ustilaginales می باشند. تلیوسپورها به وسیله ی باد پراکنده می شوند. در محیط های مرطوب با تندش اسپورها بازیدیوم ها ایجاد می شوند، بازیدیوم ها بازیدیواسپورها را تولید نموده و بازیدیوسپورها از طریق جوانه زدن رویش پیدا می کنند و یا یک مرحله ی مخمری را تشکیل می دهند. سلول های مخمری به هم می چسبند و در نتیجه هیف های دی کاریون حاصل از تلفیق سلول های مخمری می توانند گیاه میزبان حساس را آلوده کنند. در این مطالعه نمونه برداری از استان اصفهان بر اساس وجود مزارع و مراتع در مناطق مختلف صورت گرفت. بعد از تهیه نمونه های میکروسکوپی با استفاده از محلول shear به منظور بررسی خصوصیات مورفولوژیک تلیوسپورها، 50 تلیوسپور طبیعی و بالغ به طور تصادفی از هر گونه با بزرگنمایی100 بررسی شد. حداقل، حداکثر و میانگین اندازه ها تعیین گردید. برای بررسی جوانه زنی تلیوسپور ها از محیط کشت آب و آگار 2 درصد (water agar2%) استفاده شد و الگوی جوانه زنی هر گونه مورد بررسی قرار گرفت. بر اساس مطالعات انجام شده از 16 جنس ذکر شده برای ایران در کتاب قارچ های ایران در سال 1388، گونه های متعلق به چهار جنس در سطح استان اصفهان رویت شد. جنس ها و گونه های شناسایی شده عبارت اند از: sporisorium cruentum، sporisorium destruens|، sporisorium penniseti، sporisorium saharianum، tilletia controversa، tilletia laevis، urocystis tritici، ustilago avenae، ustilago cynodontis، ustilago hordei|، maydis ustilago، ustilago tritici، ustilago williamsii. در میان نمونه های جمع آوری شده بیشترین گونه ای که یافت شد گونه tilletia laevis بود، بعد ustilago hordei به تعداد زیاد جمع آوری شد که تقریبا در اکثر مزارع این دو گونه دیده شدند. طبق آخرین گزارشات ارشاد از قارچ های ایران در سال 1388 در کتاب قارچ های ایران، گونه ustilago williamsii در ایران تا کنون روی stipa hohenacheriana trin. & rupr و stipa pulcherrima c. koch گزارش شده است در این پژوهش این سیاهک روی گونه دیگری از stipa به نام stipa barbata desf. گزارش شد. همچنین گونه sporisorium penniseti که قبلا روی pennisetum orientale reich.| گزارش شده بود، در این پژوهش روی گیاه pennisetum divisum (forssk ex j.f. gmel.) henrad.| گزارش گردید.

بیماری پوسیدگی آرمیلاریایی ریشه و طوقه، از بیماری های مهم گیاهان چوبی است که انتشار جهانی دارد و خسارت قابل توجهی را به دامنه وسیعی از درختان باغی، جنگلی و فضای سبز وارد می سازد. علایم هوایی بیماری شامل رنگ پریدگی، خشکیدگی و ریزش برگ ها و زوال تدریجی گیاه و نشانه های عامل بیماری شامل تشکیل میسلیوم سفید رنگ بادبزنی زیر پوست درخت، ریزومورف های سیاه رنگ و کلاهک های دسته جمعی در محل طوقه گیاه می باشد. قارچ عامل بیماری، متعلق به شاخه بازیدیومیکوتا و جنس armillaria می باشد که در میان گونه های مختلف آن، a. mellea از دیرباز به دلیل بیماری زایی روی درختان، شناخته شده است. با توجه به اهمیت بیماری، ردیابی بیمارگر از خاک باغ ها، نهالستان ها و فضای سبز شهری می تواند در پایه ریزی یک طرح مدیریتی جهت پیشگیری و کاهش خسارت بیماری نقش مهمی داشته باشد. تاکنون روش های متعددی برای ردیابی قارچ های خاک زاد استفاده شده است که شامل استفاده از محیط کشت نیمه انتخابی، تله گذاری، روش های سرولوژیکی و روش های مولکولی می باشند. این تحقیق، به منظور دستیابی به یک روش ردیابی اختصاصی، حساس و سریع بیمارگر از خاک و ریشه، انجام گرفت. سیزده جدایه متعلق به جنس armillaria از طریق کشت کلاهک های قارچ رشد یافته در اطراف طوقه درختان آلوده به دست آمد و با تکثیر توسط جفت آغازگر عمومی its1 / its4 در واکنش اولیه و جفت آغازگر اختصاصی ar1 / ar2 در واکنش ثانویه طی آزمون nested pcr تایید گردید. جهت تشخیص گونه a. mellea از آغازگرهای اختصاصی گونه با نام های its4 / amel3 استفاده و نه جدایه متعلق به a. mellea شناسایی شد. در مرحله بعد، مایه تلقیح بیمارگر برای جدایه های 295c و a2 که به عنوان a. mellea شناسایی شده بودند، تهیه و به میزان سه درصد به خاک، تلقیح گردید و سپس ردیابی بیمارگر با استفاده از سه روش محیط کشت، تله گذاری وnested pcr به طور همزمان، انجام گرفت. محیط کشت نیمه انتخابی، توانایی ردیابی بیمارگر را در درازمدت نداشت. در روش تله گذاری از قلمه های ریشه دار شده شمعدانی استفاده شد که جهت ردیابی بیمارگر از خاک به مدت طولانی نیاز داشت. در روش nested pcr ردیابی بیمارگر به صورت متناوب و به مدت شش ماه برای جدایه 295c و سه ماه برای جدایه a2 با موفقیت انجام گرفت. به منظور ارزیابی دقت روش ردیابی مورد استفاده، محصول nested pcr به طور مستقیم توالی یابی شد. نتایج توالی یابی، شباهت 99% جدایه اصفهان را با جدایه a. mellea ثبت شده در genbank نشان داد. سپس امکان ردیابی بیمارگر در نمونه های چوب و خاک جمع آوری شده از تعدادی باغ و نهالستان، با استفاده از روش محیط کشت و nested pcr بررسی شد که تنها روش nested pcr در ردیابی بیمارگر کارآمد تشخیص داده شد. همچنین حساسیت این روش در ردیابی رقت های مختلف dna از خاک، نشان داد که روش مزبور توانایی ردیابی dna بیمارگر را تا غلظت یک pg/?l دارد. بر اساس نتایج به دست آمده، روش nested pcr به دلیل حساسیت، اختصاصی بودن و سرعت بالا به عنوان مناسب ترین روش جهت ردیابی a. mellea از نمونه های خاک و ریشه، تشخیص داده شد.

سیب زمینی یکی از محصولات زراعی مهم در دنیا و یکی از پانزده محصولی است که 90% نیازمندی های غذایی مردم جهان را تامین می کند که همواره به عنوان یک منبع تغذیه ای پرانرژی و ارزان قیمت جایگاه مهمی در میان محصولات کشاورزی به خود اختصاص می دهد. از مهم ترین عوامل کاهش این محصول در دنیا بیماری های گوناگون قارچی می باشد که از آن میان بیماری لکه موجی سیب زمینی و گوجه فرنگی یکی از شناخته شده ترین و قدیمی ترین بیماری های این گیاه می باشد. این بیماری که توسط گونه های مختلف جنس alternaria nees. ایجاد می گردد، هر ساله گیاهان بسیاری را تحت تاثیر قرار داده و میزان بالایی از محصول سیب زمینی را از بین می برد. پس از حمله بیمارگر به این گیاه، سیستم دفاعی گیاه بیان گستره بسیار وسیعی از پروتئین ها را در داخل گیاه تحریک می کند که از این میان می توان به پروتئین های شبه تئوماتین به عنوان یکی از پروتئین های مرتبط با بیماری زائی اشاره نمود. این پروتئین ها که به گروه پنجم از 17 گروه پروتئین های مرتیط با بیماری زایی تعلق دارند، بیانشان با القاگرهای گوناگونی مثل حمله بیمارگرهای گوناگون و عوامل تنش زا افزایش می یابد. پروتئین های شبه تئوماتین دارای فعالیت های مختلفی می باشند که از مهم ترین آن ها فعالیت های ضدقارچی می باشد. در حال حاضر ژن های رمزکننده برخی از این پروتئین ها مثل ژن tlp-3 شناسایی شده است. در پژوهش حاضر انتقال این ژن با استفاده از سیستم انتقال ژن با واسطه گری اگروباکتریوم در نظر گرفته شد تا با بیان افزایش یافته این پروتئین در گیاه، بتوان علاوه بر کاهش نیاز به مصرف سموم شیمیایی از کاهش محصول سیب زمینی بر اثر بیماری لکه موجی نیز جلوگیری کرد. از آن جایی که بهینه سازی سیستم کشت بافت ارقامی که مورد تراریختی قرار می گیرند، یکی از مهم ترین عوامل موفقیت در تراریختی گیاهان می باشد، لذا در این تحقیق ابتدا شرایط مختلف کشت بافت بهینه گردیده و کاراترین ارقام و ترکیب هورمونی انتخاب گردیدند. سپس تراریختی این ارقام با واسطه گری باکتری agrobacterum tumefaciens حاوی دستواره ژن tlp-3 انجام گرفته و ریزنمونه های در محیط انتخابی حاوی ترکیب هورمونی منتخب باززا گردیدند. پس از رشد گیاهان باززا شده در محیط انتخابی، تراریختی آن ها با آزمون های pcr، rt-pcr و نیز آزمون جوانه زنی و رشد اسپورهای قارچ عامل بیماری لکه موجی بر روی محیط های حاوی عصاره گیاهان تراریخت و شاهد اثبات شد. بررسی تاثیر وجود سیگنال پپتید در توانایی ضد قارچی پروتئین های tlps به آزمون های گلخانه ای و استخراج جداگانه پروتئین های درون و میان سلولی احتیاج داشته و با داده های حاصل نمی توان در مورد آن قضاوتی داشت. نتایج پژوهش حاضر علاوه بر اثبات توان ضدقارچی پروتئین tlp، نشان می دهد که نوع ریزنمونه دارای کمترین تاثیر در باززایی ارقام گوناگون می باشد در حالی که اثرات ژنوتیپ و ترکیب هورمونی در محیط باززایی گیاهی بر روی کارایی باززایی بسیار معنی دار و حائز اهمیت می باشد. در بین ارقام مورد بررسی در این تحقیق اثر ترکیب هورمونی بسیار بالاتر از تاثیر ژنوتیپ دیده شد.

نقش قارچ ها در کنترل نماتدهای انگل گیاهی به طور وسیع مورد مطالعه قرار گرفته است. در این پژوهش، اثر آنتاگونیستی قارچ هایpaecilomyces lilacinus و isaria farinosa روی نماتد ریشه گرهی meloidogyne javanica در شرایط آزمایشگاهی و گلخانه ای مورد بررسی واقع شد. با استفاده از نقوش کوتیکولی انتهای بدن ماده، مشخصات جوان سن دوم (j2) و استفاده از آغازگرهای اختصاصی، نماتد مورد شناسایی قرار گرفت. جدایه های قارچی هم با استفاده از مشخصات مرفولوژیک و آغازگرهای اختصاصی شناسایی شدند. در مطالعات آزمایشگاهی توانایی ریسه های جدایه های مختلف قارچی در آلوده کردن توده های تخم نماتد ریشه گرهی و اثر عصاره کشت تیمارهای قارچی روی مرگ و میر جوان سن دوم (j2) و جلوگیری از تفریخ تخم ها مورد بررسی واقع شد. به این صورت که، توده های تخم در حاشیه پرگنه قارچ در حال رشد روی محیط کشت آب-آگار قرار داده شد و درصد انگلی شدن تخم ها تعیین گردید. جهت مقایسه خاصیت نماتدکشی و جلوگیری از تفریخ تخم ها از محیط کشت مایع عصاره سیب زمینی-دکستروز استفاده و در صد مرگ و میر جوان سن دوم (j2) و تعداد تخم تفریخ شده در غلظت های استاندارد، 1- 10 و 2- 10 عصاره کشت قارچ در زمان های مورد نظر تعیین شد. آزمایش به صورت فاکتوریل با طرح پایه کاملا تصادفی اجرا شد. در شرایط گلخانه ای اثر p. lilacinus و i. farinosa روی فاکتورهای رشدی گیاه گوجه فرنگی و جمعیت نماتد مورد آزمون قرار گرفت، جهت این ارزیابی از مایه تلقیح قارچ رشد یافته روی دانه گندم و مخلوط شده با خاک سترون گلدان استفاده گردید. آزمایش به صورت طرح کاملا تصادفی اجرا شد و مقایسه میانگین های شاخص های رشدی و آلودگی گیاه گوجه فرنگی براساس آزمون lsd صورت گرفت. نتایج مطالعات آزمایشگاهی نشان داد، اثر جدایه های مختلف قارچ روی مرگ و میر جوان سن دوم (j2) و جلوگیری از تفریخ تخم های نماتد متفاوت بوده و جدایه 3 قارچ p. lilacinus موثرتر تشخیص داده شد. براساس نتایج آزمایشات گلخانه ای هم مشخص شد، جدایه 3 قارچ p. lilacinus کمترین آلودگی و بیشترین افزایش شاخص های رشدی گیاه گوجه فرنگی آلوده به نماتد را نشان می دهد، جدایه های 1 و4 هم تا حدی آلودگی ناشی از نماتد را کاهش دادند. جدایه های 3 ، 1 و 4 از قارچ p. lilacinus به ترتیب 65، 43 و 41 درصد جمعیت نماتد را کاهش دادند، که نشان از توانایی آن ها در کنترل موفق نماتد ریشه گرهی دارد.

سیاهک ها از قارچ های شاخه بازیدیومیکوتا و دارای تلیوسپور آلوده کننده ی گیاهان هستند. هرچند خیلی از آنها در چرخه زندگی خود دارای فاز ساپروفیتی نیز هستند. مرحله رویشی سیاهک ها از یاخته های هاپلوئید و میسیلیوم دو هسته ای تشکیل یافته است. یاخته های مذکور در برخی گونه ها قادرند روی محیط های کشت غیر زنده با تکثیر پیاپی خود مرحله تکثیر مخمری شکل داشته باشند. در این بررسی به منظور جمع آوری قارچ های عامل سیاهک در بهار، تابستان و پائیز 1389 از مزارع, باغات و رویشگاه های طبیعی استان همدان نمونه برداری صورت گرفت. گیاهانی که در این تحقیق مورد بررسی قرار گرفتند شامل: شانه سر(eremopyrum distanse)، جگن (carex stenophylla)، ریواس (rheum ribes )، جو(hordeum vulgaris )، مادرگندم ((aegilops columnaris، مرغ(cynodon dactylon)، قیاق(sorghum halepense )، دم موشی(bromus danthoniae )، علف پشمکی( bromus sericeus)، ذرت(zea maydis)، گیسوی چمن(taeniatherum crinitum)، شنگ(tragopogon pratensis)، حلفه (imperata cylindrica)، کلاغک(muscari neglectum)، گلایول وحشی(gladiolus segetum)، گل حسرت(colchicum autumnale)، گندم(triticum aestivum)، چاودار(secale montanum)، لوئیچه چمنی(phleum pratense)، دم اسبی (stipa parviflora) بودند. از آنجایی که شناسایی گیاهان میزبان در تشخیص گونه های سیاهک مهم می باشد لذا گیاهان میزبان آلوده به سیاهک مورد شناسایی قرار گرفتند.نمونه ها با کمک خصوصیات ریخت شناختی شامل پیوستگی هاگ ها، اندازه، رنگ،شکل و تزیینات هاگ ها ،اندازه، شکل و رنگ یاخته های نازا، تندش هاگ ها مورد شناسایی قرار گرفتند.به منظور تندش هاگ ها از محیط های کشت آب- آگار، مالت- آگار و مالت- مخمر – پپتون- آگار استفاده شد. از مجموع 58 نمونه مشکوک به آلودگی قارچی، 20 گونه قارچ سیاهک جدا و شناسایی شد که عبارتند از: ustilago turcomanica، anthracoidea eleocharidis، thecaphora sp.، ustilago hordei، ustilago tritici، ustilago cynodontis،ustilago bullata ، sporisorium cruentum ، ustilago maydis، sporisorium reilianum، ustilago phrygica، tilletia bornmuelleri، microbotryum tragopogonis-pratensis ، sporisorium schweinfurthianum ، urocystis muscaridis ، urocystis gladiolicola، urocystis colchici، tilletia laevis ، ustilago hypotydes، ustilago striiformis برای بررسی صحت شناسایی های انجام شده بر اساس ویژگی های ریخت شناختی، توالی نواحی its (its1، its2 و ژن کد کننده ی 5.8s) و lsu از dna ریبوزومی دو گونه مختلف تعیین شد، که عبارتند از:جدایه روی چاودار و ریواس. از بین گونه-هائی که در این بررسی شناسایی شدند، گونه های ustilago phrygica و tilletia bornmuelleri روی گیسوی چمن (taeniatherum crinitum)، urocystis muscaridis روی کلاغک ( muscari neglectum)، urocystis colchici روی گل حسرت ( (colchicum autumnale، ustilago hordei روی چاودار (secale montanum)، ustilago striiformis روی لوئیچه چمنی ( phleum pretense) برای اولین بار روی این میزبان ها برای ایران گزارش می شوند. thecaphora sp.روی ریواس (rheum ribes)، می تواند گونه ای جدید برای فلور قارچی دنیا باشد.گونه های ustilago tritici روی مادرگندم ( aegilops columnaris) و thecaphora sp.روی ریواس (rheum ribes)، برای اولین بار روی این میزبان -ها برای دنیا گزارش می شوند.

گروه آناستوموزی چهار قارچ rhizoctonia solani بیمارگر مهم و عامل بیماری مرگ گیاهچه و پوسیدگی ریشه در بسیاری از گیاهان می باشد. تاکنون هیچ گونه اطلاعاتی در ارتباط با نقش ساختار ژنتیکی و مرحله جنسی در اپیدمیولوژی ag-4 وجود ندارد. لذا این تحقیق با اهداف تعیین تنوع ژنتیکی بین و درون جمعیت های r. solani ag-4 با استفاده از آغازگرهای طراحی شده توسط زالا و همکاران (2008) و فروکو و همکاران (2009) انجام شد. صد و نود وهفت جدایه از مزارع مختلف از شش استان ایران (آذربایجان غربی، اصفهان، البرز، خراسان، لرستان و همدان) جمع آوری و ساختار ژنتیکی این قارچ برای بررسی تمایز جغرافیایی با استفاده از هفت جایگاه ریزماهواره ای ارزیابی شد. اغلب ژنوتیپ های چندجایگاهی مختص هر جمعیت بوده و تعداد کمی از ژنوتیپ های چندجایگاهی مشترک بود. بین جمعیت های مختلف جریان ژنی بالا تا متوسط، بر اساس شاخص تثبیت (fst) متوسط تا بالا در مقایسه جفت جمعیت ها مشاهده شد. تنوع ژنوتیپی بالا، نسبت بخش کلونال متوسط و وجود ژنوتیپ های اختصاصی جمعیت مطابق با سیستم تولید مثلی مخلوط برای جمعیت های مورد بررسی بود. احتمال داده می شود که خروج از موازنه هاردی وینبرگ، عدم موازنه گامتی و افزایش معنی دار هموزیگوت ها در نیمی از جایگاهها یا بیش از نیمی از جایگاهها به دلیل حضور آلل های ثبت نشده و اثر والاند باشد. تاکنون نشانگر ریزماهواره ای برای بررسی تنوع ژنتیکی در این بیمارگر طراحی نشده است. در این پژوهش 11 جایگاه ریزماهواره ای چندشکل از r. solani ag-4 با استفاده از روش غنی سازی طراحی گردید. تمامی این جایگاهها برای ارزیابی تنوع ژنی در جمعیت آلوده کننده لوبیا سبز در استان اصفهان مورد استفاده قرار گرفت. تعداد کل آلل ها از سه تا هفت آلل متغیر بود. میانگین شاخص picبرای 11 جایگاه 65/0 بود که نشان داد تمام جایگاههای ریزماهواره ای چندشکلی بالایی دارند. به منظور توالی یابی ناحیه its-rdna با استفاده از آغازگرهای its4/its5 ، 13 جدایه نماینده از شش میزبان متفاوت با ژنوتیپ چندجایگاهی ریزماهواره ای مختلف انتخاب گردید. درخت حاصل از تجزیه و تحلیل این توالی ها ، جدایه های مورد بررسی را به سه زیرگروه فیلو‍‍ ‍ژنتیکی hgi ، hgii و hgiii تفکیک نمود. از میان 13 جدایه مذکور، شش جدایه به طور تصادفی از شش میزبان مختلف برای آزمون بیماریزایی تقاطعی انتخاب شد. تمام جدایه ها قادر به بیماریزایی در تمام میزبانهای مورد آزمون، با شدت بالاتر روی میزبان اصلی خود بودند که با اختصاصی شدن میزبان مطابقت داشت. به نظر می رسد که تمایز جدایه ها در سطح its-rdna با شدت بیماریزایی آنها ارتباط نداشته باشد. این پژوهش اولین تجزیه و تحلیل ژنتیک جمعیت ag-4 r. solani عامل بیماری پوسیدگی طوقه و ریشه می باشد. همچنین اولین گزارش از طراحی جایگاههای ریزماهواره ای برای ag-4 می باشد که می تواند ابزار مفیدی برای ارزیابی تنوع ژنتیکی و ساختار جمعیت r. solani ag-4 فراهم کند.

رابطه همزیستی بین برخی از گیاهان خانواده گرامینه و قارچ های اندوفایت از خانواده claviceptacea که پیش از این به عنوان انگل ساده گیاهان محسوب می شدند، شناخته شده است. این قارچ ها به صورت بین سلولی در غلاف برگ گیاهان رشد می کنند، سپس از طریق نفوذ در تخمدان، وارد بذر شده و در لایه آلورن باقی می مانند. حضور این قارچ ها در گیاه باعث ایجاد مقاومت در برابر خشکی، بهبود فتوسنتز و مقاومت به آفات و بیماری میزبان می شود که این مقاومت گیاه در برابر تنش های زنده و غیرزنده در اثر تولید آلکالوئید توسط قارچ اندوفایت در گیاه ایجاد می گردد. آلکالوئیدهای متعددی از قبیل لولین، پیرامین، لولیترم، ارگووالین در گیاهان همزیست با اندوفایت ها گزارش شده است. بنابراین آگاهی از حضور ژن های بیوسنتز کننده آلکالوئیدها، مطالعه جزئیات آنها و وظیفه این ژن ها در به زراعی و به نژادی گیاهان میزبان اندوفایت کمک فراوانی به شناخت این همزیستی خواهد نمود. نگهداری چنین جوامع سودمند در داخل میزبان های زراعی می تواند به پایداری تولید در طی سال ها ومکان ها منجر گردد و منابع ژرم پلاسم جدیدی را برای انتخاب گیاهان در مقابل انواع تنش-های زیستی و غیرزیستی در اختیار محققین قرار دهد. در این پژوهش که به منظور ردیابی ژن های مرتبط با آلکالوئیدهای حشره کش در قارچ های اندوفایت موجود در گراس های علفی melica persica،festuca arundinacea ، lolium prenne و bromus tomentellus صورت گرفت، ابتدا قارچ های اندوفایتneotyphodium از این میزبان جداسازی و شناسایی گردید. خصوصیات مورفولوژیک هرکدام از جدایه های قارچی روی محیط کشت pda مورد بررسی قرار گرفت و پس از استخراج dna ژنومی از جدایه های اندوفایت، تعلق آن ها به جنس neotyphodium با جفت آغازگرهای is1 /is3، its1/its4و 11-1/11-2 تائید گردید. تعدادی از قارچ های این جنس با آغازگر is1/is3 باندی با 444 جفت باز و تعدادی از جدایه ها نیز با آغازگر 11-/11-2 باندی با 1000 جفت باز تولید کردند، اما هیچ کدام از جدایه های قارچ با آغازگر its1/its4 باندی تشکیل ندادند. بر اساس خصوصیات مورفولوژیک و ترکیب آغازگر، اندوفایت هایی از جنس neotyphodium از میزبان های f. arundinaceae، l. prennea، m. persicaو b.tomentellus جداسازی شد. به منظور ردیابی ژن های موثر در سنتز آلکالوئیدهای لولین، پیرامین، ارگووالین و لولیترم از این جدایه ها از واکنش pcr و با به کارگیری جفت آغازگرهای اختصاصی ,lola ,lolc ,lolf ,ltmba ,ltmca ,per5 ,per3 neo-per و lpsa استفاده شد که منجر به تکثیر قطعات (bp) 461، 273، 239، 403، 697، 519، 651 و 591 در طیف وسیعی از جدایه های قارچ اندوفایت گردید. حضور باندهایی با اندازه مشخص در تعدادی از نمونه های مورد بررسی به عنوان دلیلی بر احتمال وجود ژن-های lpsa, lol, ltm, وpera ارزیابی شد. نتایج نشان داد که از بین کل جدایه ها ، تنها جدایه lpmd متعلق به میزبان lolium دارای همه ی باندها با اندازه قطعات ذکر شده بود که احتمال حضور همه ژن های موردنظر را در این نمونه تائید می کند. در حالی که در جدایه lpseمتعلق به میزبان lolium وجدایه mpde متعلق به میزبان melica هیچ کدام از باندها مشاهده نشد، که دلیلی بر عدم وجود این ژن ها در نمونه های مزبور ارزیابی شد. به کارگیری چنین روشی و استفاده از آغازگرهای این ژن ها در تحقیق حاضر، نشان داد که ردیابی حضور توالی این ژن ها در قارچ های اندوفایت جدا شده از نمونه های گیاهی ایران با استفاده ازpcr ممکن می باشد و شاید روشی آسان و ارزان برای ارزیابی جمعیت های مختلفی از اندوفایت های مناطق مختلف کشور باشد.

مطالعات مقایسه ای از توالی های rdna به منظور بررسی روابط فیلوژنی در محدوده وسیعی از سطوح تاکسونومی مورد استفاده قرار می گیرند. نواحی its و فواصل داخل ژنی dna ریبوزومی هسته ای، واحد های تکراری تکامل یافته ثابت می باشند و ممکن است در بین گونه های داخل یک جنس یا در بین افراد یک جمعیت متغیر باشند. مقایسه توالی نواحی its به طور وسیعی در تاکسونومی و فیلوژنی مولکولی به کار برده می شود به دلیل اینکه دارای کپی های زیادی از ژن های rrna و درجه بالایی از تغییر می باشد. به منظور ارزیابی چند شکلی نواحی حد فاصل ژن های s28 و s18 در ژنوم قارچ rhizoctonia solani ag4 ، 28جدایه جداسازی شده از میزبان های مختلف مورد ارزیابی قرار گرفتند. از جدایه ها ng/µl 100-10 dna استخراج و از آن ها به عنوان الگو در واکنش های pcr استفاده شد. در تکثیر نواحی فاصله ساز داخلی بین ژن های ریبوزومی با استفاده از آغازگر های its1 و its4 یک قطعه dna به اندازه 700 جفت باز ردیابی شد. قطعه مذکور با آنزیم های برشیtaq i xba i, hae iii, bam hi, hind iii, sac i, pst i, nde i, xho i, hinc ii, hinf i, eco ri, هضم گردید. آنزیم هایxba i, bam hi, hind iii, sac i, pst i, nde i, xho i فاقد محل برش بودند. جدایه های rhizoctonia solani ag4 هتروژن بوده و its-rflp با استفاده از آنزیم hinc ii تفاوت بین زیر گروه های ag4-hg i و ag4-hg ii را از نظر الگوی برش آنزیمی نشان داد. واژگان کلیدی: تنوع ژنتیکی، نواحی فاصله ساز داخلی(its) ، واکنش زنجیره ای پلی مراز، رایزوکتونیا سولانی گروه آناستوموزی چهار

قارچ ها جهت غلبه بر سیستم دفاعی گیاه از ابزار مختلفی بهره می گیرند. ترکیبات فیتوآنتی سیپین از جمله مواد دفاعی است که در گیاه جهت جلوگیری از حمله پاتوژن ها تولید می شود. آنزیم توماتیناز، که یک آنزیم گلیکوزیل هیدرولازی است، جهت تجزیه فیتوآنتی سیپین و غلبه بر سیستم دفاعی گیاه توسط طیفی از قارچ ها از جمله تعدادی از فرم های اختصاصی قارچ fusarium oxysporum تولید می شود. با توجه به جایگاه خربزه در کشاورزی استان خراسان و اهمیت بیماری زردی و پژمردگی آوندی خربزه در این مطالعه حضور ژن توماتیناز در جدایه های مربوط به نژاد 1و 1.2 قارچ f. oxysporum f. sp. melonis با هدف تکثیر، همسانه سازی توالی ژنومی و ساخت سازه بیانی آن انجام شد. بدین منظور آغازگرهای اختصاصی psh30-f/r بر اساس توالی ژن توماتیناز در فرم اختصاصی f. oxysporum f. sp. lycopersici طراحی شد. نتایج الگوی الکتروفورزی محصول واکنش زنجیره ای پلی مراز جدایه ها، اختصاصی بودن آغازگرهای طراحی شده و وجود ژن توماتیناز در قارچ fom را تأیید نمود. قطعه تکثیر یافته جهت مطالعات تکمیلی در ناقل ptg19-t همسانه سازی گردید. نتایج توالی یابی دو جهته سازه ساخته شده، وجود چندین جهش را در توالی توماتیناز fom نشان داد. به منظور ساخت سازه بیانی توماتیناز fom ، آغازگرهای اختصاصی توماتیناز با نام psh30.3-f/r براساس جایگاه برشی spe1 و sac1 طراحی شد. انجام واکنش زنجیره ای پلی مراز با استفاده از این آغازگرها قطعه ای با تعداد 1056 جفت باز را تکثیر کرد که این قطعه جایگاه های برشی مورد نظر را دارد. به منظور بیان پروتئین، قطعه توماتیناز تکثیر یافته به ناقل pet21 متصل شده و به سویه bl21 انتقال یافت . سازه ساخته شده با نام petfom به صورت دو جهته توالی یابی گردید. نتایج توالی یابی نشان داد که سازه ساخته شده در جهت صحیح قرار گرفته و فاقد کدون پایان است. بعد از تأیید سازه، بیان توماتیناز در سطح پروتئینی بررسی گردید. نتایج به دست آمده نشان داد که بیان پروتئینی توماتیناز نیازمند تغییر عوامل دیگری از قبیل تغییر سویه باکتری میزبان، اعمال تغییرات دمایی پایین تر و یا غلظت های دیگری از iptg است. به منظور بررسی بیان توماتیناز در سطح رونویسی واکنش rt-pcr با استفاده از آغازگرهای اختصاصی توماتیناز انجام شد و نتایج آن نشان داد که توماتیناز در سطح رونویسی بیان شده است.

بیماری فایتوپلاسمایی جاروک لیموترش به عنوان یکی از بیماری های مهمی که از کشورهای حاشیه خلیج فارس گزارش شده، در ایران نیزگسترش زیادی یافته است. ردیابی عامل بیماری جاروک لیمو ترش aurantifolia) (candidatus phytoplasma در درختان میوه، گیاهان زراعی، سبزی، زینتی و علف های هرز استان اصفهان در سالهای اخیر نشان دهنده دامنه میزبانی و انتشار قابل توجه این عامل بیماری در منطقه می باشد. با وجود انتشار قابل توجه این فایتوپاسما در ایران، هنوز معلوم نیست جدایه های مختلف ca. phytoplasma aurantifolia از میزبان های متنوع و شرایط جغرافیایی متفاوت چه تفاوت ها و شباهت هایی باهم دارند و این شباهت ها و اختلافات ژنتیکی تا چه حد در گسترش میزبانی و جغرافیایی این فایتوپلاسما تاثیر دارد. برای درک بهتر از تنوعca. phytoplasma aurantifolia، تعداد قابل توجهی از نمونه های گیاهی دارای علایم فایتوپلاسمایی از میزبان های مختلف این فایتوپلاسما شامل لیموترش، یونجه، سیب، بادام، هلو، شبدر، سیب زمینی و گوجه فرنگی در بازه زمانی اواخر شهریورماه تا اوایل آبان ماه1390، جمع آوری شد. پس از استخراجdna ، از واکنش nested-pcr با استفاده از جفت آغازگرp1/p7 و p1a/p7a در دور اول و جفت آغازگر r16f2n/r16r2 در دور دوم، برای ردیابی فایتوپلاسما در این نمونه ها استفاده گردید. به منظور تمایز گروه های فایتوپلاسمایی همراه با این نمونه ها، از تکنیک pcr-rflp استفاده شد. بدین منظور مقایسه الگوی برش آنزیمی قطعات تکثیر شده با واکنش nested-pcrو بکارگیری آنزیم های taqi، hinfi و hapii انجام گرفت. نتایج حاصل از pcr-rflp نشان داد که به غیر از فایتوپلاسماهای گروه aster yellows، فایتوپلاسماهای گروه peanut witches,–broom در ایجاد بیماری های فایتوپلاسمایی نمونه های مورد بررسی ، نقش مهمی دارند. نتایج حاصل از توالی یابی dna فایتوپلاسمایی و بررسی درخت فیلوژنتیکی جدایه های مربوط به گروه peanut witches,–broom نشان داد که جدایه های مورد نظر در دو گروه اصلی، از یکدیگر مجزا می شوند که جدایه های mm1، rs3، ah1، an1، app1 وapp8 (زیرگروه ia) بعنوان ca. phytoplasma aurantifolia طبقه بندی شدند. اعضای زیر گروه b با جدایه های یونجه (af2) و بادام ایرانی (pa14) هم گروه بودند که همه آنها شباهت زیادی به جدایه های cactus witches,–broom ، faba bean phyllodyو phytoplasma witches,–broom soybean داشتند که قبلا به عنوان زیر گروه c، گروه peanut witches,–broom طبقه بندی شده اند. در این تحقیق، جدایه های یونجه e2 (اردستان) و e3 (کرمان) به طور مشخصی از نمونه های دیگر جدا شدند و در گروه مجزای ii، قرار گرفتند، هرچند تعیین زیرگروه آنها ممکن نشد. از بررسی توالی های بدست آمده جدایه های لیموترش، بادام، سیب، هلو و یونجه در این تحقیق، تنوع قابل قبولی بین جدایه های گروه peanut witches,–broom مورد بررسی وجود داشت که این تنوع ارتباط معنی داری با نوع میزبان و منطقه جغرافیایی نداشت. این نتایج نشان داد که اگرچه روش pcr-rflp، برای گروه بندی فایتوپلاسماها توصیه شده است، ولی برای تشخیص دقیق عوامل فایتوپلاسمایی قابل اعتماد نیست. لذا برای تعیین گروه های فایتوپلاسمایی ضروری است که توالی ژن های حفاظت شده آنها با توالی فایتوپلاسماهای شناخته شده مقایسه گردد و استفاده انحصاری از آزمون pcr-rflp توصیه نمی شود. با نتایج پژوهش حاضر، حضور ca. phytoplasma aurantifolia و زیر گروه c گروه peanut witches,–broom در نمونه های ایران محرز گردید، اما تعیین زیرگروه برای تعدادی از جدایه ها با روش گروه بندی متداول، ممکن نشد و احتیاج به بررسی های بیشتر دارد. به کارگیری روش های دقیق گروه بندی مانند طراحی جفت آغازگرهای اختصاصی از توالی ژن های ریبوزبومی کمتر حفاظت شده جهت تعیین زیر گروه جدایه های مورد اختلاف گروه peanut witches,–broom، مورد توجه قرار خواهد گرفت.

ذرت در کنار گندم و برنج، یکی از سه محصول غله بسیار مهم جهان است و به عنوان یک محصول استراتژیک سطح زیر کشت و تولید آن در جهان و ایران رو به گسترش است. ویروس موزاییک ایرانی ذرت iranian maize mosaic virus (immv) از جنس nucleorhabdovirus و خانواده rhabdoviridae، اولین بار در سال 1347 در یک مزرعه ذرت در استان فارس مشاهده شد. دامنه میزبانی این ویروس محدود به خانواده گرامینه بوده و یکی از ویروس های مخرب ذرت در ایران محسوب می شود. علایم این ویروس به صورت خطوط کلروتیک موازی با رگبرگ اصلی در تمام یا قسمتی از سطح برگ می باشد. هر چند توالی کامل جدایه شیراز این ویروس در بانک ژن موجود می باشد ولی هیچگونه گزارشی از تنوع مولکولی جدایه های آن در دسترس نیست. در این تحقیق به منظور ردیابی و مقایسه مولکولی برخی جدایه های ویروس موزاییک ایرانی ذرت، در پاییز 1390 و بهار و تابستان 1391 از برگ های دارای علایم ویروسی از مزارع ذرت و گندم استان های اصفهان، چهارمحال و بختیاری، لرستان و فارس نمونه برداری شد. از برگ های دارای علایم، آر ان ای کل استخراج و به عنوان الگو در آزمون rt-pcr با استفاده از جفت آغازگر amlf/amlr که قسمتی از ژن ال ویروس را تکثیر می کند، استفاده شد. آلودگی تمامی نمونه های ذرت و تعدادی از نمونه های گندم جمع آوری شده از استان اصفهان (15 نمونه از 70 نمونه) به immv با تکثیر قطعه حدود 720bp تأیید شد. این اولین گزارش از آلودگی گندم به ویروس موزاییک ایرانی ذرت در استان اصفهان می باشد. به منظور انجام مقایسه های مولکولی، اندازه تمام طول ژن نوکلئو کپسید پروتئین ویروس ( 1480bp) با استفاده از جفت آغازگر amnupnhe/ amnloecorl در آزمون rt-pcr در نمونه های آلوده تکثیر شد. ژن نوکلئو کپسید پروتیین در هفت جدایه شامل پنج جدایه ذرت (جدایه های فرخشهر، کوهدشت، داران، دستگرد و شیراز) و دو جدایه گندم (جوهرستان و زیار) با توجه به منطقه جغرافیایی و میزبان، تعیین توالی شد. همردیف سازی توالی نوکلئوتیدی ژن نوکلئوکپسید پروتیین جدایه های این تحقیق و یک جدایه موجود در بانک ژن با شماره دسترسی dq186554، نشان دهنده میزان تشابه از 5/98% تا 8/99% بین آن ها بود. در بین هفت جدایه، جدایه فرخشهر کمترین تشابه را با سایر جدایه ها نشان داد، به طوریکه این جدایه بیشترین تشابه را با جدایه کوهدشت (zk2) و جدایه داران (za9) به میزان 9/98% وکمترین تشابه را با جدایه دستگرد (bk1) به میزان 5/98% داشت. جدایه کوهدشت (zk2) بیشترین تشابه را با جدایه شیراز (oz1) به میزان 8/99% و کمترین میزان تشابه را با جدایه فرخشهر (fz2) به میزان 9/98% نشان داد. در درخت تبارزایی که بر اساس توالی نوکلئوتیدی ژن نوکلئوکپسید پروتیین رسم شد، جدایه های این تحقیق در دو زیرگروه قرار گرفتند ولی جدایه ها بر اساس منطقه و میزبان تفکیک نشدند

هدف از این پژوهش دستیابی به یک روش دقیق و حساس با کوتاه ترین زمان ممکن برای ردیابی بیمارگر از خاک و اندام های آلوده گیاهی است. در این پژوهش از خاک و ریشه درختان زیتون و زردآلو آلوده به بیمارگر، 16 جدایه v. dahliae جداسازی و خالص سازی شد. با استفاده از آغازگرهای اختصاصی در چرخه nested-pcr شناسایی مورفولوژیکی جدایه ها تایید گردید. برای تعیین مناسب ترین روش ردیابی بیمارگر از خاک و ریشه از سه روش محیط کشت نیمه انتخابی، گیاه تله و روش مولکولی nested-pcr استفاده گردید. روش گیاه تله به دلیل زمان بر بودن و عدم حساسیت و دقت لازم جهت ردیابی بیمارگر مناسب تشخیص داده نشد. استفاده از محیط کشت به روش ظرف وارکوپ در مدت زمان طولانی قادر به ردیابی بیمارگر از خاک بود، اما تکنیک nested-pcr به دلیل حساسیت و دقت بالا جهت ردیابی بیمارگر درکوتاه ترین زمان ممکن به روش بهتر ارزیابی گردید. بررسی میزان مایه تلقیح اولیه و مدت زمان لازم برای ردیابی بیمارگر نشان داد که دمای خاک در ردیابی بیمارگر نقش دارد. در خاک های لومی دارای دو درصد ماده آلی فاقد میزبان با افزایش مایه تلقیح اولیه مدت زمان لازم برای ردیابی بیمارگر کاهش یافت و با نوسانات دمای خاک جهت رشد قارچ در مدت زمان طولانی ردیابی بیمارگر امکان پذیر شد. همچنین در تعیین حساسیت چرخه nested-pcrبرای ردیابیdna بیمارگر مشخص شد که با وجود عوامل بازدارنده در خاک، غلظتdna موجود در خاک آلوده در رقت بیشتر از gm/ gn2/1 قابل ردیابی است. به منظور تایید صحت ردیابی عامل پژمردگی با جدایه v. dahliae از خاک و ریشه، محصول nested-pcr تعیین توالی نوکلئوتیدی گردید. نتایج همردیف سازی دوتایی توالی شناخته شده با توالی v. dahliae موجود در بانک ژن 98 درصد شباهت نشان داد که نشانه صحت ردیابی بیمارگر از خاک به روش nested-pcr بود. با توجه به نتایج بدست آمده، چنین بنظر می رسد که استفاده از روش nested-pcr برای ردیابی v. dahliae از خاک، روش کارآمدی می باشد.

بیماری بلاست برنج یکی از مهمترین بیماری های برنج در ایران می باشد. به طور معمول برای کنترل بیماری بلاست برنج از ارقام مقاوم و سموم شیمیایی استفاده می شود. معمولا استفاده از ارقام مقاوم با پدیده شکسته شدن مقاومت در مقابله با تنوع بالای جمعیت بیمارگر مواجه است. استفاده از سموم پر هزینه بوده و علاوه بر آن اثرات سوء زیست محیطی دارد. از این رو به توسعه استراتژی هایی که مقاومت پایدار را گسترش می دهند، نیاز است. مقاومت القایی یکی از این استراتژی های پایدار است. برخی از میکروارگانیسم ها، مواد شیمیایی طبیعی یا مصنوعی و ایجاد زخم به افزایش میزان مقاومت در گیاهان علیه عوامل بیماریزا کمک می کنند. این پدیده بعنوان مقاومت القایی شناخته شده است. یکی از روش های القای مقاومت در مقابل عوامل بیماریزای گیاهان استفاده از میکروارگانیسم های مفید به عنوان همزیست در گیاهان می باشد. قارچ میکوریزای piriformospora indica روی ریشه تعداد زیادی از گیاهان گزارش شده که موجب تحریک مقاومت سیستمیک علیه عوامل بیماریزای ریشه، ساقه و برگ در گیاه شده که این حفاظت سیستمیک گیاه منجر به افزایش عملکرد می شود. این پژوهش با هدف استفاده از قارچ میکوریز p. indica در القاء مقاومت علیه بیماری بلاست (magnaporthe oryzae) در برنج انجام شده است.گیاهچه های برنج تیمار شده با قارچ میکوریز و همچنین گیاهان شاهد با سوسپانسیون اسپور قارچ بیمارگر m. oryzae تلقیح و نمونه برداری در ساعات مختلف پس از آلودگی (0، 24، 48، 72، 96) انجام شد. rnaکل از نمونه های برگی استخراج و پس از ساخت dna مکمل (cdna)، بیان ژن ها با استفاده از تکنیک quantitative real time pcr(qpcr) مورد ارزیابی قرار گرفتند. در این بررسی الگوی بیان ژن هایpr1b، pr4، pr5، pr10،lox ، npr1، wrky62وwrky85 که از جمله مهم ترین ژن های دخیل در مقاومت به بیمارگرها در گیاهان مختلف می باشند، مطالعه شدند. با بررسی میکروسکوپی و مولکولی ریشه گیاهان در کشت هیدروپونیک و خاکی، قارچ p. indica ردیابی شد که این نتایج می تواند نشان دهنده استقرار مناسب و پایدار قارچ در ریشه برنج باشد. همچنین بررسی صفات زراعی مورد مطالعه بیانگر افزایش 50 درصدی میزان پنجه زنی گیاه، 45 درصدی تعداد خوشه ،30 درصدی وزن تر و 23 درصدی وزن خشک اندام هوایی بود. این نتایج نشان دهنده اثر تحریک رشدی گیاهان برنج تیمار شده با قارچ p. indica می باشد. نتایج سنجش میزان حساسیت گیاهان تیمار شده با میکوریز و بدون میکوریز پس از تلقیح با قارچ m. oryzae نشان داد که گیاهان تیمار شده به میکوریز علایم خفیف تری از بیماری را بروز می دهند. نتایج بررسی های انجام شده روی صفات تیپ آلودگی، درصد سطح برگ آلوده و تعداد لکه های اسپورزا نشان داد که این اختلاف در کاهش علائم در گیاهان دارای میکوریز در مقایسه با گیاهان غیر همزیست معنادار می باشد. بدین ترتیب بررسی فنوتیپی از برهم کنش گیاه برنج با بیماری بلاست در حضور قارچ میکوریز p. indica نشان داد که گیاه حساسیت کمتری در برابر بیماری از خود بروز داده است. همچنین تجمع رونوشت ژن-های pr1b، pr5، pr10، npr1، lox و wrky85 در گیاهان تیمار شده با قارچ میکوریز p. indica در مقایسه با گیاهان بدون میکوریز در اثر آلودگی به بیماری بلاست برنج افزایش قابل ملاحظه ای را نشان داد. نتایج حاکی از نقش فعال قارچ میکوریز p. indica در حفاظـت گیاه برنج در مقابل بیماری بلاسـت در اثر افزایش بیان ژن های مذکور می باشد.

پروتیین های مرتبط با بیماری زایی در اثر تنش های محیطی مانند تنش شوری و خشکی و زخم شدن مکانیکی آلودگی میکروبی و کاربرد تعدادی از همورمون های گیاهی و الیسیتورها تولید می شوند. براساس توالی آمینواسیدی و فعالیت بیوشیمیایی این پروتیین ها تاکنونن به 17 گروه (rr-1 تا rr-17) طبقه بندی شده اند. هدف تحقیق حاضر نیز شناسایی بیان فراوان و بررسی فعالیت فیزیولوژیک پروتیین شبه تیوماتین (گروه 5 پروتیین های مرتبط با بیماری زایی) در گیاه یونجه یکساله می باشد. پروتیین های مرتبط با بیماری زایی گروه 5 با دارا بودن تشابه بالا در سطح آمینواسیدی با پروتیین شیرین مزه تیوماتین در بسیاری گیاهان در اثر حمله بیمارگرهای گیاهی تولید می شوند. با این وجود شناسایی کامل اعضای این گروه در گیاه یونجه یکساله تاکنون تنها برای دو ژن و تنها در سطح mrna صورت گرفته است. با این وجود به دلیل توالی یابی در حال تکمیل ژنوم یونجه یکساله و در دسترس بودن بخش قابل توجهی از ژنوم آن شناسایی اعضای جدید خانواده پروتیین های شبه تیوماتین در این گیاه امکان پذیر گردید. در این تحقیق سه چارچوب خواندن در کنار دو cdna مربوط به پروتیین های شبه تیوماتین در گیاه یونجه یکساله ردیابی گردیدند. بالاترین شباهت بین توالی مذکور و توالی پروتیین های pr-5 که پیش از این مطالعه شده اند عبارت است از: 87% شباهت بین tlp-1 و aad02499، 63% بین tlp-2 و aad02499، 78% بین tlp-3 و np-173261، 68% بین tlp-4 و l76632 و 56% بین tlp-5 و a1010501 (نخود) قطعات مورد نظر با استفاده از آغازگرهای اختصاصی از گیاه یونجه یکساله جداسازی و سپس در ناقل بیانی pet-21c(+) وارد شدند. بررسی منابع علمی نشان داد که تا پیش از این تحقیق مطالعه مشابهی بر روی پروتیین های شبه تیوماتین یونجه یکساله انجام نشده است.

به منظور بررسی تنوع ژنتیکی جمعیت های مختلف نماتد مولد ریشه درختان پسته استان کرمان، در سال 1383 از مناطق مختلف پسته کاری استان کرمان تعداد 93 نمونه خاک و ریشه روی گوجه فرنگی رقم cormello و rutgers انجام گرفت. سپس dna از تخم کلیه جمعیت ها استخراج شده و دو گونه m.javanica و m.incognita با استفاده از واکنش زنجیره ای پلی مراز و آغازگرهای اختصاصی گونه شناسایی شدند. گونه غالب منطقه مورد مطالعه، گونه m.javanica بود بطوریکه 88% جمعیت ها را به خود اختصاص داد. این گونه در پسته کاریهای انار، نوق، فیض آباد، همت آباد، کبوترخان، خنامان، عباس آباد و قائمیه رفسنجان، زرند، باغین، بردسیر، سیرجان و شهربابک مشاهده شد. گونه m.incognita پراکندگی محدودتری نسبت به گونه m.javanica داشت و تنها در عباس آباد، فیض آباد و همت آباد رفسنجان و سیرجان مشاهده گردید. جهت بررسی تنوع مرفولوژیکی جمعیت های مختلف هر گونه از شبکه کوتیکولی انتهای بدن نماتدهای ماده بالغ برش تهیه شد. برشهای شبکه کوتیکولی انتهای بدن ماده ها از نظر خصوصیات مرفولوژیکی و مرفومتریکی مورد بررسی قرار گرفتند. نتایج داده های کیفی و کمی مرفولوژیکی حاصل از بررسی شبکه کوتیکولی انتهایی بدن ماده های بالغ گونه m.javanica و m.incognita حاکی از تنوع در بین جمعیت های مختلف هر گونه بود. جهت بررسی تنوع بیولوژیکی بین جمعیتهای مختلف از آزمون میزبان های افتراقی استفاده شد. واکنش جعیت های مختلف گونه m.javanica در ایران است. جمعیت های مختلف گونه m.javanica عکس العمل متفاوت در برابر گیاهان میزبان افتراقی نشان دادند. نتایج حاصل از این آزمون حاکی از وجود نژادهای اول، دوم و چهارم گونه m.incognita در روی درختان پسته بود که وجود نژاد اول روی پسته برای اولین بار گزارش می شود. جفت آغازگرهای اختصاصی oparjav / opafjav و mjavf/mjavar جهت انجام pcr-rflp در بین جمعیت های m.javanica به ترتیب باند 670 و 1600 جفت بازی را تکثیر نمودند. جفت آغازگر اختصاصی opbfinc/opbrine در تمامی جمعیتهای گونه m.incognita باند 500 جفت بازی را تولید کرد. الگوی حاصل از برش آنزیمی این قطعات برش آنزیمی این قطعات با آنزیم های taql, psti,bamhi, tru91 alui تفاوتی را میان جمعیت های مختلف دوگونه نشان نداد. با توجه یه اینکه در این روش تنها قسمت حفاظت شده ای از ژنوم نماتد میان جمعیت های مختلف مقایسه میگردد. به نظر میرسد اگر سطح وسیع تری از ژنوم نماتد با استفاده از نشانگر rapd بررسی شود امکان بیشتری برای تفکیک جمعیت ها از لحاظ ژنتیکی فراهم میگردد. بدین منظور از 30 آغازگر نوکئوتیدی جهت انجام واکنش rapd استفاده شد. نتایج حاصل از تجزیه و تحلیل داده های بدست آمده توسط روش rapd نشان دهنده وجود تنوع ژنتیکی در جمعیت های مختلف هر گونه بود. جمعیت های m.javanica حدود 91% و جمعیت های گونه m.incognita حدود 86% به هم شباهت داشتند. نتایج حاصل از این نشانگر با نتایج حاصل از پژوهش های مشابه در دیگر کشورها هماهنگی داشت. به طور کلی نتایج حاصل از تجزیه و تحلیل داده مرفولوژیکی، بیولوژیکی و مولکولی اگر چه همگی بیانگر وجود تنوع در جمعیت های مختلف دو گونه بوده ولی برقراری ارتباط کامل بین نتایج حاصل شده از هر گروه بندی نیاز به بکارگیری صفات مرفولوژیکی و مرفومتریکی سنن مختلف نماتد نظیر ماده بالغ، لارو سن دوم و نر، بکارگیری تعداد بیشتر آغازگر در نشانگر مولکولی rapd استفاده از نتایج حاصل از نشانگرهای دیگر مانند aflp و در صورت امکان بکارگیری توالی ژنهای موثر در بروز صفات فنوتیپی در گروه بندی ژنتیکی دارد.

قارچ خوراکی به دلیل خواص مفید غذایی و طعم مطبوع آن از دیرباز مورد توجه انسان بوده استاز زمانی که تولید قارچ خوراکی دکمه ای به طور صنعتی آغاز شده است همواره تولید آن مورد تهدید اپیدمی گونه های trichoderma بوده است. این قارچ در کلنیزه کردن کمبوست با قارچ خوراکی رقابت کرده و موجب کاهش کیفیت و کمیت محصول قارچ خوراکی میشود و تاکنون 12 گونه trichoderm از ایران شناسایی شده است.

فوزاریوم سنبله گندم (fhb) یکی از بیماری های مهم قارچ گندم در مناطق مرطوب و نیمه مرطوب جهان می باشد. این بیماری باعث کاهش کمی محصول از طریق عقیمی گلچه و تشکیل دانه های چروکیده با کاهش وزن می گردد. در ایران فوزاریوز سنبله گندم از استان های مازندران، گلستان، فارس، هرمزگان و مغان گزارش شده است از اهمیت اقتصادی این بیماری به دلیل آلودگی دانه های چروکیده به میکوتوکسین هایی مانند داکس نیوالنل (don) و نیوالنل (nhv) افزایش یافته است. عامل این بیماری متعلق به بخش discolor و جنس فوزاریوم بوده و بیمارگر f. graminearum به عنوان گونه غالب گزارش شده است. جدایه ها f. graminearum مجموعه ای از تریکوتسین ها شامل niv,don، فوزارنون x و میکوتوکسین استروژنیک زرالنون را تولید می کنند. تریکوتسین ها در بیماریزایی f. graminearum در گیاهان موثرند همچنین با جلوگیری از سنتز پروتیین در سلول های یوکاریوتیکی برای سلامتی انسان و حیوان مضر می باشند. لذا پژوهش برای توسعه یک روش ساده و حساس برای ردیابی تریکوتسین ها به منظور کاهش خسارت اقتصادی fhb لازم و ضروری به نظر می رسد. در این تحقیق 39 جدایه f. graminearum از مزارع مختلف مازندران و 18 جدایه f. graminearum موجود در بخش بیماری شناسی دانشکده کشاورزی دانشگاه تربیت مدرس با استفاده از روش های کلاسیک به عنوان گونه f. graminearum شناسایی شدند. گونه تشخیص داده شده تمام جدایه ها با استفاده از روش pcr و آغاز گرهای اختصاصی گونه تایید گردید. برای بررسی توانایی ژنتیکی تولید تریکوتسین در این جدایه ژن های tri5 (به عنوان اولین ژن موثر در تولید تریکوتسین) و tri6 (به عنوان عامل رونویسی) با استفاده از روش pcr و آغز گرهای اختصاصی ردیابی شدند. نتایج واکنش های pcr نشان داد که توانایی ژنتیکی تولید تریکوتسین در 57 جدایه آزمایش شده وجود دارد. سپس بیان این ژن ها و تولید تریکوتسین در شش چدایه بوسیله روش های کروماتوگرافی tlc و hplc مورد ارزیابی قرار گرفت. در ادامه تحقیق، تعیین گروه شیمیایی جدایه ها از نظر نوع تریکوتسین بر اساس ارزیابی ژن tri13 انجام شد. از 57 جدایه آزمایش شده 46 جدایه به گروه شیمیایی niv و 10 جدایه به گروه شیمیایی don تعلق داشته و جدایه fgsh10 متعلق به هر دو گروه بود. بر اساس نتایج بدست آمده از این تحقیق اغلب جدایه های ایرانی f. graminearum در گروه شیمیایی niv بر اساس pcr قرار گرفتند و همچنین نشان داده شد که در چدایه های ایرانی نیز توانایی تولید don وجود دارد، لیکن در بررسی نوع تریکوتسین تولیدی جدایه fgsh10 با استفاده از tlc و hplc فقط تریکوتسین نوع niv تایید گردید. به نظر می رسد که تنوع ژنتیکی بین جدایه ها با منطقه جغرافیایی و ژنوتیپ رقم گندم ارتباط داشته است. ای پژوهش اولین گزارش از ردیابی گروه شیمیایی don و niv/don در چدایه های ایرانی f. graminearum بر اساس استفاده از تکنیک pcr می باشد.

چکیده زنبور عسل ایرانی (apis mellifera meda) یکی از 24 نژاد زنبور عسل موجود در دنیاست که علاوه بر ایران، در شمال عراق و جنوب شرقی ترکیه و حتی در شمال سوریه وجود دارد. این نژاد از نظر خصوصیات مرفولوژیک ظاهراً شبیه نژاد ایتالیایی است و از نظر خصوصیات بیولوژیک نیز نژادی است با تمایل به بچه دهی زیاد، قدرت جمع آوری بره موم زیاد، قدرت زمستان گذرانی خیلی خوب و رفتار تهاجمی بالا که مجموعاً این نژاد را از سایر زیر گونه ها متمایز می سازد. در راستای اهمیت حفظ تنوع در نژادها و شناسایی ذخایر ژنتیکی و با توجه به اینکه اولین گام برای نیل به اصلاح نژاد هدفمند، مشخص نمودن میزان تنوع ژنتیکی موجود در جمعیت هاست، تلاش شد تنوع ژنتیکی جمعیت زنبور عسل ایرانی در سرتاسر ایران مورد ارزیابی قرار گیرد. در بین نشانگرهای مولکولی، ریزماهواره ها در برآورد تنوع ژنتیکی زنبور عسل در سرتاسر دنیا به طور وسیعی مورد استفاده قرارگرفته اند. در این تحقیق از 18 جمعیت متعلق به هشت استان کشور (خراسان رضوی، سمنان، مازندران، البرز، زنجان، همدان، آذربایجان غربی و اصفهان) نمونه برداری انجام شد و تنوع ژنتیکی آنها با استفاده از ده جفت نشانگر ریزماهواره تعیین گردید. پس از استخراج dna به روش ctab و بهینه سازی شرایط و انجام pcr، تمامی جایگاه ها به خوبی تکثیر و فرآورده های pcr بر روی ژل آکریل آمید غیرواسرشته ساز 12 درصد الکتروفورز شدند. بر اساس نتایج تکثیر باندهای مورد نظر، ده جفت آغازگر استفاده شده در این تحقیق به دلیل ایجاد چند شکلی بالا، کارآمد تشخیص داده شدند. تعداد آلل های تکثیرشده توسط هر کدام از این جفت آغازگرها از 11 تا 26 آلل متغییر بود. متوسط تعداد آللها در هر مکان ژنی 9/21 و متوسط هتروزیگوسیتی مورد انتظار در هر مکان ژنی 991/0 بود. مطابق دندروگرام رسم شده با اطلاعات حاصل از نشانگرهای ssr با استفاده از sharedallele و روش upgma با نرم افزار power marker v.3.25، جمعیت های زنبور عسل مورد بررسی در چهار گروه تقسیم بندی شدند.گروه بندی جمعیت های زنبور عسل ایرانی به میزان زیادی با پراکنش جغرافیایی آنها تطابق داشت. تجزیه واریانس مولکولی داده ها نشان داد که اختلاف بین جمعیت ها معنی دار می باشد (p<0.001) و همچنین تنوع ژنتیکی درون جمعیتی 57/90 درصد و تنوع بین جمعیتی 43/9 درصد برآورد گردید. در کل نتایج حاصله نشان داد که جمعیت زنبور عسل ایرانی از تنوع ژنی مناسبی برخوردار است که میزان تنوع درون جمعیت ها به مراتب بیشتر از میزان تنوع بین جمعیت ها می باشد. کلمات کلیدی: 1- زنبور عسل ایرانی 2- تنوع ژنتیکی 3- ریزماهواره ها 4- تجزیه واریانس مولکولی

با توجه به اهمیت کنترل بیولوژیک تریپس پیاز،(thysanoptera: thripidae) thrips tabaci، پتانسیل نماتدهای بیماری زای حشرات در کنترل مراحل خاکزی این آفت و همچنین اثر ترکیب این نماتدها با گیاهان مختلف میزبان تریپس و حشره کش ها در شرایط آزمایشگاهی و گلخانه ای مورد ارزیابی قرار گرفت. در شرایط آزمایشگاهی، نماتدهای مورد استفاده شامل جدایه بومی نماتد steinernema feltiae (t1) و سه گونه/نژاد تجاری نماتدهای s. feltiae، s. carpocapsae (rhabditida: steinernematidae) و heterorhabditis bacteriophora (rhabditidae: heterorhabditidae) بودند. اثر بیماری زایی این نماتدها در غلظت های 400 و 1000 نماتد بیماری زا به ازای هر سانتی متر مربع سطح، علیه مراحل لارو سن دوم، پیش شفیره و شفیره تریپس پیاز مورد ارزیابی قرار گرفت. در آزمایش های تاثیر گیاه میزبان، اثر نماتد s. carpocapsae در غلظت های 400 و 1000 نماتد بیماری زا/سانتی متر مربع سطح، روی تریپس تغذیه کرده از سه میزبان گیاهی شامل برگ پیاز allium cepa (l.)، غلاف لوبیا سبز phaseolus vulgaris (l.) و میوه خیار(l.) cucumis sativus مورد ارزیابی قرار گرفت. همچنین تاثیر پیش تیمار حشره با سموم ایمیداکلوپراید، دلتامترین و آبامکتین در حساسیت تریپس به نماتدهای s. carpocapsae و h. bacteriophora در غلظت های 400 و 1000 نماتد بیماری زا/سانتی متر مربع سطح، علیه لارو تریپس پیاز در شرایط آزمایشگاهی مطالعه شد. در آزمایشات گلخانه ای نیز، اثر نماتدهای s. carpocapsae و h. bacteriophora در غلظت های 104 و 104×2 لارو بیماری زا در هر میلی لیتر، علیه لارو تریپس پیاز مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج این تحقیق نشان داد که مراحل زندگی تریپس پیاز، غلظت ها و گونه ها/نژادهای نماتدهای بیماری زای حشرات باعث ایجاد تفاوت معنی دار در کنترل این آفت توسط نماتدها می شوند. بیشترین نرخ مرگ و میر ایجاد شده روی مراحل شفیرگی (59/92%) وپیش-شفیرگی( 92%) و به ترتیب توسط نماتدهای (t1) s. feltiae و s. carpocapsae در غلظت 1000 نماتد بیماری زا/سانتی متر مربع سطح بود. کمترین نرخ تاثیر نیز توسط نژاد تجاری نماتد s. feltiae در غلظت 400 نماتد بیماری زا/سانتی متر مربع با 7/3% مرگ و میر بر لارو تریپس پیاز ایجاد گردید. در این آزمایشات، با افزایش غلظت، نرخ مرگ و میر تریپس افزایش یافته و مراحل پیش شفیره و شفیره حساسیت بیشتری به نماتدها داشتند. از میان گیاهان میزبان مختلف، تغذیه لاروهای تریپس از لوبیاسبز باعث ایجاد مرگ و میر بالاتری توسط نماتد s. carpocapsae شد که این مقدار در غلظت 1000 نماتد بیماری زا/سانتی متر مربع سطح، 63/41% بود. پیش تیمار لاروهای تریپس پیاز توسط سموم حشره کش به ترتیب باعث ایجاد اثرات سینرژیستی و آنتاگونیستی در کارایی نماتدهای s. carpocapsae و h. bacteriophora شد. در این آزمایشات پیش تیمار سم ایمیداکلوپراید بر لاروهای تریپس پیاز و استفاده از نماتد s. carpocapsae در غلظت 1000 نماتد بیماری زا/سانتی متر مربع سطح با 87/53% مرگ و میر بیشترین و پیش تیمار همین سم بر لاروها و استفاده از نماتد h. bacteriophora در غلظت 400 نماتد بیماری زا/سانتی متر مربع سطح با 56/9% مرگ و میر، کمترین اثر را ایجاد کرد. در آزمایشات شبه گلخانه ای تفاوت معنی داری بین تیمارهای مختلف مشاهده نشد. با توجه به نتایج آزمایش ها، استفاده از نماتدهای steinernema spp. علیه مراحل پیش شفیره و شفیره تریپس پیاز پیشنهاد می شود. کلمات کلیدی: تریپس پیاز، نماتدهای بیماری زای حشرات، کنترل بیولوژیک، مراحل زندگی تریپس، گیاه میزبان، حشره کش ها

قارچ های خاکزی هر ساله خسارت های جبران ناپذیری به گلخانه های محصولات جالیزی وارد می کننند که اامیست-های عامل بوته میری جالیز از جمله مهمترین آنها هستند. در این پژوهش برای شناسایی عوامل بیماریزا و تعیین میزان خسارت ناشی از آن گلخانه های متعددی در استان های اصفهان و یزد مورد بازدید قرار گرفت و تقریباً هیچ گلخانه ای بدون آلودگی دیده نشد. میزان خسارت در گلخانه های بازدید شده بین 75-5 در صد تخمین زده شد. خصوصیات مورفولوژیک قارچ های جدا شده روی محیط کشت های مختلف مورد بررسی قرار گرفت و 60 جدایه از شبه قارچ های جنس های phytophthora و pythium جداسازی گردید. براساس خصوصیات مورفولوژیک و برخی ویژگی های فیزیولوژیکی 40 جدایه phytophthora melonis، 10 جدایه p. capsici و 10 جدایه pythium aphanidermatum شناسایی شدند. بیماری زایی جداِیه های مختلف در گلخانه روی خیار رقم سلطان و فلفل دلمه ای رقم 7210 بررسی شد و نتایج آزمایش نشان داد که تمام جدایه ها روی این ارقام بیماری زا هستند. برای جداسازی دو گونه p. melonis وp. drechsleri از یکدیگر از روش های توانایی ایجاد پوسیدگی صورتی در سیب زمینی و ایجاد آلودگی در گیاهچه گلرنگ استفاده شد که از مجموع 40 جدایه تنها 7 جدیه در هر دو آزمون نتایج یکسانی را نشان داده و 4 جدایه فقط در سیب زمینی پوسیدگی صورتی ایجاد کردند. همچنین برای تولید اندام های جنسی و غیر جنسی از محِیط کشت های مختلف استفاده شد. پس از استخراج dna ژنومی این جدایه ها با روش سیلوا وهمکاران، برای تکثیر مناطق مختلف dnaژنومی گونه p. melonis از آغازگرهای its1 و its4، tef1 و tef2، bt1 و2 bt و به منظور تأیید دیگر گونه های شناسایی شده از دو جفت آغازگر capfw/caprv1 و capfw/caprv2اختصاصی گونه p. capsici و دو جفت آغازگر pa1/its2 و pa3/its2 اختصاصی گونه p. aphanidermatum استفاده گردید. داده-های حاصل از pcr، نتایج به دست آمده از بررسی های مورفولوژیک را تأیید کرد. از آنزیم های برشی rsai، hinfi، taqi، hpaii و haeiii به منظور بررسی تنوع ژنتیکی در مناطق its1 و its4 به روش pcr-rflp استفاده شد.. بر اساس خصوصیات مورفولوژیک و نشانگر مولکولی pcr-rflp همخوانی کاملی بین این خصوصیات مشاهده نشد. نتایج به دست آمده از pcr-rflp و مقایسه آن با داده های به دست آمده از آزمون های توانایی ایجاد پوسیدگی صورتی در سیب زمینی و مرگ گیاهچه گلرنگ دو گونه p. melonis وp. drechsleri را کاملاٌ از یکدیگر جدا نکرد، چون علاوه بر این دو گونه، احتمال آلودگی خیار توسط گونه های دیگری از phytophthora و امکان آلودگی در مراحل انجام آزمایش نیز وجود دارد. لازم است برای تشخیص دقیق تر از جفت آغازگرهای اختصاصی گونه استفاده شود.

جنس های بید و صنوبر از تیره salicaceae در اکثر مناطق جهان گسترش دارند. گونه های مختلفی از جنس های فوق در بازسازی طبیعی جنگل ها، حفاظت خاک و آب و نیز به عنوان گیاهان زینتی اهمیت دارند. با توجه به نیازهای روزافزون به چوب و به منظور پیشگیری از کمبود آن در تامین نیازمندی های صنایع جدید، کاشت این گونه درختان به منظور تولید چوب با ححم زیاد در مدتی کوتاه، یکی از اقدامات اساسی می باشد که در تمام کشورهای پیشرفته جهان مورد توجه قرار گرفته است. هم اکنون به دلیل توسعه سیستم تک کشتی و کشت رقم های با دوره رشد کوتاه مدت و حساس در مناطق مختلف دنیا بیماری برگی که در نتیجه حمله قارچ پارازیت اجباری melampsora sp. حاصل می شود باعث کاهش محصول 40-30% ماده خشک درختان می شود. در این پژوهش زنگ melampsora از شاخه، برگ و پاجوش های میزبان های گیاهی salix alba، s. caramanica و populus alba در مناطق مختلف استان اصفهان جمع آوری گردید. ویژگی های ظاهری میزبان تلیومی از جمله شاخه، برگ، دمبرگ و گل آذین بررسی و گونه های فوق شناسایی گردید. سپس خصوصیات مورفولوژیک جدایه های زنگ جمع آوری شده با استفاده از کلیدهای موجود مورد بررسی قرار گرفت. اکثر جدایه ها با توجه به خصوصیات مورفولوژیک گونه m. salicis-albae تشخیص داده شدند. دو جدایه kh1 و kh2 از روی گونه بید s. caramanica جدا و تحت عنوان گونه جدید melampsora euonymi-capraearum در ایران معرفی شدند. شش جدایه نیز از روی گونه populus alba جداسازی شدند وتحت عنوان گونه جدید m. magnusiana شناسایی شدند. از مهمترین شاخصه های مورفولوژیکی این گونه برای تشخیص از دیگر گونه های شناسایی شده روی صنوبر در کشور تزیینات کاملا یکنواخت سطح اوردینیوسپورها و وجود خار در رأس آنها می باشد. پس از استخراج dna ژنومی این جدایه ها از جفت آغازگر اختصاصی بازیدیومیست ها its1-f/its4-b برای تکثیر نواحی its1، its2، و توالی قسمتی از ژن18s ، توالی کامل ژن 5.8s و قسمتی از توالی ژن 28s استفاده گردید. به منظور بررسی تنوع ژنتیکی بین جدایه های جمع آوری شده در استان اصفهان از سه آنزیم برشی ecori، alui ، و haeiii استفاده گردید لیکن هیچگونه تنوعی بین جدایه ها و حتی بین سه گونه شناسایی شده در روش pcr-rflp مشاهده نشد. توالی یابی نوکلیوتیدی مناطق مورد نظر از طریق ایجاد همسانه با استفاده از پنج جدایه جمع آوری شده و یک جدایه اسیومی دریافت شده از موسسه تحقیقات گیاهپزشکی کشور، انجام گرفت. با بررسی های مولکولی صورت گرفته توالی جدایه های kh1 و kh2 کاملا با توالی جدایه های شناسایی شده به عنوان گونه m. salicis-albae یکسان بود. با توجه به تفاوت های قابل توجه مورفولوژیکی این دو جدایه و شباهت بالای مورفولوژیکی به گونه m. euonymi-capraearum مشخص می شود که تنها با تعیین توالی این نواحی نمی توان به دیدگاه جامع از تمام ژنوم دست یافت و برای داشتن یک دیدگاه درست درباره ژنوم بهتر است از تعیین توالی چند ژن استفاده کرد. از بین جدایه های معرفی شده به عنوان گونه m. salicis-albae نیز جدایه ab1 تفاوت قابل توجه و جدایه fl1 تفاوت اندکی نسبت به توالی گونه m. salicis-albae از (کشور انگلیس) داشت. در مورد جدایه bk1 بررسی های مولکولی و مورفولوژیکی گونه جدید m. magnusiana را تایید کردند. با توالی یابی جدایه اسیومی as1 نیز ارتباط این جدایه با گونه های melampsora روی salicaceae تایید گردید

نیاز به کاهش اثرات مضر زیست محیطی حاصل از علفکش های مختلف، باعث شده است که سیستم های مدیریتی جدیدی برای کنترل علف های هرز تعریف گردد که به جای مواد شیمیایی کشاورزی، مبنای اکولوژیکی دارند. در راستای این هدف چهار مطالعه برای کنترل بیولوژیکی و مدیریت دو علف هرز پیچک صحرایی (convolvulus arvensis l.) و تاج خروس (amaranthus retroflexus l.) توسط قارچ ها و آللوپاتی اجرا گردید. اولین مطالعه شامل جمع آوری و شناسایی قارچ های بیمارگر این دو علف هرز و پیدا کردن بهترین قارچ به عنوان عامل کنترل بیولوژیک بود. یک قارچ از جنس alternaria sp. با دو ایزوله از علف هرز تاج خروس جدا گردیدند که پتانسیل بیماریزایی بسیار پایینی داشتند. اما از علف هرز پیچک صحرایی 5 قارچ شامل alternaria sp. (هفت جدایه)، cladosporium sp. (دو جدایه)، fusarium compactum، chaetomium globosum و phaeoacremonium sp. جدا گردیدند که قدرت بیماریزایی بالایی روی این علف هرز داشتند. بالاترین درصد کشندگی علف هرز مربوط به قارچ alternaria sp. ایزوله ai3 بود. این قارچ ها روی گیاهان زراعی (سویاglycine max ، گوجه فرنگی lycopersicon lycopersicum، گلرنگ carthamus tinctorius، سیب زمینی solanum tuberosum، چغندرقندbeta vulgaris ، گندم triticum aestivum، جو hordeum vulgare و ذرت zea mays) علایم بیماری نشان ندادند. این آزمایش نشان داد که ایزوله ai3 پتانسیل استفاده به عنوان علفکش قارچی برای پیچک را دارد. دومین مطالعه شامل زیست سنجی شش گونه گیاه آللوپاتیک (زعفران crocus sativus، کرچک ricinus communis، توتون nicotiana tabacum، تاتوره datura inoxia، خرزهره nerium oleander، و سورگوم sorghum vulgar) بر جوانه زنی، رشد گیاهچه و فعالیت آنزیم های آنتی اکسیدانی (کاتالاز، پراکسیداز و آسکوربات پراکسیداز) گیاهچه پیچک صحرایی بود. عصاره آبی گیاهان مذکور در چهار غلظت 5/2، 5، 5/7 و 10 گرم بر لیتر استفاده شدند و برای شاهد از آب مقطر استفاده شد. عصاره همه گیاهان نسبت به شاهد، بر جوانه زنی و رشد گیاهچه پیچک اثر بازدارنده داشتند اما عصاره های کرچک، توتون، تاتوره و سورگوم بیشترین تأثیر و عصاره های زعفران و خرزهره کمترین تأثیر را داشتند. فعالیت آنزیم کاتالاز در دو تیمار عصاره زعفران و خرزهره نسبت به شاهد افزایش نشان داد اما سایر تیمارها فعالیت آنزیمی کمتری نسبت به شاهد داشتند. در مورد دو آنزیم پراکسیداز و آسکوربات پراکسیداز در همه تیمارها نسبت به شاهد افزایش فعالیت آنزیمی مشاهده شد که عکس العمل گیاهچه پیچک در برابر تنش آللوپاتیک بود. با توجه به نتایج این آزمایش می توان گفت عصاره های کرچک، توتون، تاتوره و سورگوم می توانند به عنوان علفکش های پیش رویشی استفاده کرد. سومین آزمایش به منظور بررسی پتانسیل آللوپاتیک عصاره و پودر گیاهان زعفران، کرچک، توتون، تاتوره، خرزهره و سورگوم بر رشد گیاه پیچک صحرایی در شرایط گلخانه صورت گرفت. تأثیر عصاره ها در غلظت 10 گرم بر لیتر و پودر گیاهان در مقادیر 1، 2 و 4 تن در هکتار بر ارتفاع، وزن خشک، درصد زنده ماندن، سطح برگ، کلروفیل (a، b و کل) و میزان کاروتنوئیدهای گیاه پیچک صحرایی بررسی شدند. اسپری عصاره ها بر علف هرز باعث کاهش در تمام صفات مورد بررسی نسبت به شاهد گردید که این تأثیر بستگی به گونه ها داشت و گیاهان آللوپاتیک از لحاظ تأثیر بر رشد علف هرز با هم متفاوت بودند. کاربرد پودر گیاهان نیز به عنوان مالچ بر تمام صفات تأثیر معنی داری داشتند که تفاوت بین گونه ها هم معنی دار بود و با افزایش غلظت پودر کاهش بیشتری در صفات مورد بررسی مشاهده شد. چهارمین مطالعه بررسی تأثیر عصاره گیاهان آللوپاتیک زعفران، کرچک، توتون، تاتوره، خرزهره و سورگوم بر جوانه زنی و رشد گیاهچه در چهار غلظت(5/2، 5، 5/7 و 10 گرم بر لیتر) و همچنین تأثیر عصاره ها در غلظت 10 گرم بر لیتر و پودر گیاهان در مقادیر 1، 2 و 4 تن در هکتار بر ارتفاع، وزن خشک، درصد زنده ماندن، سطح برگ، کلروفیل (a، b و کل) و میزان کاروتنوئیدهای گیاه تاج خروس بودند. همه عصاره گیاهان تأثیر بازدارنده بر جوانه زنی تاج خروس داشتند که این تأثیر وابسته به غلظت و افزایشی بود. عصاره کرچک، توتون و تاتوره بیشترین بازدارندگی را داشتند. در شرایط گلخانه نیز هم عصاره ها و هم پودر گیاهان بر رشد علف هرز تاج خروس تأثیر بازدارنده داشتند و صفات مورد بررسی را کاهش دادند. با افزایش غلظت پودرها تأثیر بازدارندگی بر رشد علف هرز بیشتر شد به طوری که بالاترین میزان پودر بیشترین تأثیر را بر رشد تاج خروس داشت. نتایج این آزمایش نشان داد که هم عصاره و هم پودر این گیاهان پتانسیل آللوپاتیک داشته و می توانند در کنترل تاج خروس به عنوان علف کش طبیعی و مالچ به کار برده شوند.

گیاهان یونجه و شبدر به دلیل ارزش غذایی زیاد در تعلیف اهمیت فراوانی دارند و دارای اثر مفیدی بر ساختار خاک هستند. نقش این گیاهان در تعلیف دام و در نتیجه تأمین نیاز انسان به فرآورده های دامی از اهمیت غیر قابل انکاری برخوردار است. با این وجود متأسفانه در کشور ما به تولید و مدیریت گیاهان علوفه ای در مقایسه با سایر محصولات زراعی کمتر توجه شده است. سفیدک پودری یونجه و شبدر یکی از بیماری های مهم در پاره ای از نقاط ایران است و هر ساله موجب خسارات جدی در عملکرد علوفه می شود. در این تحقیق به منظور شناسایی گونه ها و تعیین تنوع ژنتیکی سفیدک های پودری جنس erysiphe در گیاهان یونجه و شبدر در سال 1385 تعداد 20 نمونه آلوده از استان اصفهان جمع آوری گردید. یک نمونه شبدر و یک نمونه یونجه آلوده نیز از استان زنجان بررسی گردید. 16 نمونه فاقد آسکوکارپ یا در برخی موارد فاقد آسکوکارپ بالغ بودند که تحت جنس oidium sp. شناسایی شدند. 2 نمونه به گونه erysiphe pisi تعلق داشت و 3 نمونه متعلق به گونه e. trifolii var. trifolii بود. جدایه مربوط به شبدر باغ بهادران1 تحت e. trifolii var. desmanthi شناسایی شد که برای اولین بار در ایران معرفی می گردد. همچنین به منظور انجام مایه زنی تقاطعی سفیدک های پودری جنس erysiphe در گیاهان یونجه و شبدر علف های هرز آلوده به سفیدک پودری جنس erysiphe در داخل و اطراف مزارع یونجه و شبدر استان اصفهان در سال 1386 جمع آوری شدند. علف های هرز جمع آوری شده شامل شیرین بیان، علف هفت بند ایرانی، علف هفت بند شن روی، پیچک صحرایی و پوتنتیلا بودند. در گلخانه ارقام یونجه همدانی و شبدر ایرانی کاشته شد و گیاهچه ها در مرحله 4 تا 5 هفتگی مایه زنی شدند. در آزمایش های مایه زنی تقاطعی انجام شده، سفیدک های پودری یافت شده از میزبان های علف هرز قادر به آلوده کردن یونجه و شبدر های کاشته شده در گلخانه نبودند و فقط جدایه های یونجه حنای سمیرم و شبدر باغ بهادران که به عنوان کنترل مثبت به کار رفته بودند قادر به آلوده کردن یونجه و شبدرهای سالم در شرایط گلخانه بودند. با توجه به نتایج به دست آمده در مایه زنی های تقاطعی می توان نتیجه گرفت که سفیدک های پودری سایر میزبان ها نقشی در آلوده کردن یونجه و شبدر ندارند. چندین روش استخراج dna مورد آزمایش قرار گرفت و نهایتاً روش له کردن میسلیومی بین دو لام میکروسکوپی با توجه به جمیع جوانب مناسب تشخیص داده شد. این روش به طور معمول در بازیدیومیست ها مورد استفاده قرار می گیرد و در این تحقیق برای نخستین بار در سفیدک های پودری به کار رفت. در این بررسی ناحیه ای شامل its1-5.8s-its2 مربوط به dna ریبوزومی تکثیر شد. در اولین pcr از جفت آغازگر its5 و p3 و در nested-pcr از جفت آغازگر its1 و p3 استفاده شد و در نهایت باند تولید شده 522 جفت بازی در جدایه های مربوط به گونه e. pisi و باند 558 جفت بازی در کلیه جدایه های متعلق به گونه e. trifolii به وسیله آنزیم های برشی taqi ، alui ، mspi و hinfi مورد هضم قرار گرفتند. الگوهای حاصل از هضم آنزیمی این قطعه با آنزیم برشی alui تفاوتی را میان جدایه ها نشان نداد. دندروگرام نهایی حاصل ترکیب داده های سه آنزیم دیگر با استفاده از روش upgma و ضریب شباهت جاکارد در نرم افزار ntsys 2.0 رسم گردید که جدایه های مختلف را در سطح شباهت 75 درصد به 5 گروه تقسیم کرد. نتایج به دست آمده در برخی موارد از نظر جغرافیایی قابل توجیه هستند اگر چه به دلیل فقدان آسکوکارپ در بعضی از جدایه های مورد بررسی تعیین گونه سفیدک پودری میسر نشد اما با توجه به تعیین گونه در برخی از جدایه ها می توان گفت که در نهایت نشانگر pcr-rflp در این بررسی توانست گونه های erysiphe pisi و e. trifolii را تا حدی از یکدیگر تفکیک کند.

سیب زمینی solanum tuberosum از تیره solanaceae یکی از محصولات غذایی مهم دنیا است. بیماری لکه موجی آلترناریایی یکی از بیماریهای مهم سیب¬زمینی است که سالیانه مقادیر زیادی از محصول سیب زمینی را تحت تاثیر خود قرار می دهد و در سالهای اخیر به صورت یک بیماری مهم در مناطق سیب زمینی کاری ایران و بخصوص اصفهان در آمده است. در این تحقیق بیش از 320 جدایه قارچی از برگ های مبتلا به لکه موجی سیب زمینی از استان های اصفهان، اردبیل، خوزستان، همدان، سمنان، خراسان رضوی و گوجه فرنگی کاری استان اصفهان جداسازی شد. بر اساس مطالعات مرفولوژیک، 247 جدایه از قارچ¬های جداسازی شده، متعلق به alternaria spp. ، 35 جدایهulocladium spp.، 27 جدایهstemphylium spp. و 19 جدایهspp. drechslera بودند. بر اساس خصوصیات مورفولوژیک هفت گونه آلترناریاa. alternata, a. tenuissima, a. solani, a. arborescens, a. infectoria, a. dumosa, a. interrupta شناسایی گردید. در میان جدایه های مورد مطالعه دو گونه a. alternata وa. tenuissima بیشترین میزان فراوانی را در میان گونه ها داشتند. به منظور بررسی تنوع ژنتیکی در بین ودرون گونه های جدا سازی شده، از تکثیر منطقه igs جدایه ها با pcr استفاده شد که از نظر ژنتیکی از تنوع بالایی برخوردار می باشد. با استفاده از آغازگرهای igs26 و 26s3111f مناطق igs1 و igs2 بطور کامل و قسمتی از انتهای 28s همچنین قسمت ابتدایی 18s به طول 2732 جفت باز تکثیر وتوالی یابی گردید. تنوع ژنتیکی موجود در این مناطق بین گونه های مختلف جنس آلترناریا با استفاده از آنزیم های برشی alui, hinfi, mspi, rsai, با روش pcr-rflp مورد بررسی قرار گرفت. جدایه های ma4 و ie1 متعلق به دو گونه a. alternata و a. tenuissimaکه از نظر مورفولوژیکی کاملا متفاوت بودند با ضریب تشابه بسیار بالا از یکدیگر جداشدند. این موضوع نشان دهنده شباهت این دو گونه در این منطقه با وجود تفاوت های مورفولوژیکی و نحوه رشد می باشد. درآزمون بیماری زایی نیز تفاوتی در شدت بیماری زایی و زمان ظهور علائم بین دو گونه فوق وجود نداشت. جدایه های se9 و ie10 متعلق به دو گونه a. dumosa و a. interrupta بیشترین شباهت را به یکدیگر نسبت به سایر گونه ها داشتند. جدایه متعلق به گونه a. infectoria متعلق به گروه گونه ای a. infectoria در یک دسته جداگانه از سایر گونه ها متمایز شد. این جدایه در آزمون بیماری زایی با ایجاد هاله زرد رنگ تفاوت قابل توجهی نشان داد. جدایه مرتبط به گونه a. solani به طور مشخص از سایر گونه ها جدا شد. این گونه در دسته آلترناریاهای اسپور بزرگ قرار داشته و در آزمون بیماری زایی نیز زمان ظهور علائم بیماری نسبت به سایر گونه ها تفاوت زیادی داشت. به نظر می رسد در بررسی تنوع ژنتیکی گونه¬های آلترناریا، به جای استفاده از تعیین توالی رایج its، تعیین توالی منطقه igs که طول بزرگتری نیز دارد ، مفیدتر می باشد

چکیده واژه پروتئوم اولین بار در سال 1995 توسط ویلکینز جهت تعریف پروتئین¬های کد شده توسط ژنوم به کار برده شد و پروتئومیکس به علم مطالعه گسترده پروتئوم و خصوصیات پروتئین¬ها از قبیل بررسی مقادیر بیان، تغییرات پس از ترجمه و برهمکنش با سایر ملکول¬ها اطلاق می¬شود که در پی این مطالعات یک دید کلی نسبت به وقایع سلولی از دیدگاه پروتئینی حاصل می¬گردد. در حال حاضر بهترین روش برای بررسی پروتئوم و نیل به اهداف پروتئومیکس، جداسازی و تفکیک پروتئین بافت¬ها توسط الکتروفورز دو بعدی و شناسایی متعاقب پروتئین¬ها توسط طیف سنجی جرمی است. از تکنیک الکتروفورز دو بعدی- طیف سنجی جرمی بصورت گسترده¬ای جهت مطالعه¬ی پاسخ گیاهان به تنش¬های محیطی همچون خشکی، شوری، دماهای کم و زیاد، نور زیاد و حضور ترکیباتی چون علف¬کش¬ها و فلزات سنگین در گیاهان استفاده می¬شود. این قبیل مطالعات که درپی اعمال تیمارهای مختلف به بررسی تغییرات ایجاد شده در پروتئوم سلول¬ها می¬پردازد بنام پروتئومیکس افتراقی شناخته می¬شود و امروزه برای بررسی اثرات محیطی و فیزیولوژیک مختلف، از روند ایجاد سرطان در انسان تا فرایند¬های مختلف سلولی در گیاهان مورد استفاده¬می¬باشد. در مطالعه حاضر نیز تغییرات پروتئوم بذر و برگ انار به ترتیب در شرایط جوانه¬زنی و تنش غیر¬زنده (سولفات مس) با تکنیک پروتئومیکس افتراقی مورد مطالعه قرارگرفت. به منظور بررسی افتراقی زمینه پروتئینی برگ و بذر ابتدا با کاربرد پنج روش استخراج و پنج بافر محلول¬سازی، استخراج پروتئین از این بافت¬ها بهینه سازی شد. در مطالعه جوانه¬زنی بذر از دیدگاه پروتئومیکس افتراقی، تعداد زیادی نقطه پروتئینی، افزایش در بیان نشان دادند که از بین آنها هفت پروتئین با طیف سنجی جرمی (msms) شناسایی شدند. برای بررسی تاثیر تیمار سولفات مس بر پروتئوم برگ، گیاهچه¬های انار در محیط کشت ms با محلول سولفات مس اسپری شده و با بررسی الگوی پروتئینی الکتروفورز دوبعدی گیاهچه¬ها تعداد دو نقطه پروتئینی که در گیاهچه¬های اسپری شده، افزایش در بیان را نشان ¬دادند با طیف سنجی جرمی (ms/ms) شناسایی شدند. در ادامه پروتئین¬های ذخیره¬ای بذر انار هم مورد مطالعه قرار گرفتند. الگوی باندی احیاء شده الکتروفورز sds-page ده باند عمده را نشان داد. با بررسی الگوی پروتئینی بذر توسط الکتروفورز دو بعدی مشخص شد که یکی از باند¬ها دارای نه ایزوفرم و بقیه دارای دو ایزوفرم عمده بودند. از بین این ده باند سه باند با طیف سنجی جرمی مورد شناسایی قرار گرفتند. همچنین ثابت شد که همه پروتئین¬های ذخیره¬ای بذر انار دارای پیوندهای دی¬سولفیدی بین پپتیدی یا درون پپتیدی بودند و دارای ساختارهای گلیکوزیله می¬باشند که منجر به الگوی پیچیده¬ای از این پروتئین¬ها شده ¬بود. بررسی منابع نشان می¬دهد که این پژوهش اولین مطالعه مدون پروتئومیکس انار می¬باشد.

لوبیا به دلیل داشتن مقادیر بالای پروتیئن و انرژی، بعد از غلات و سیب زمینی از مهمترین محصولات کشاورزی به حساب می آید. بیماری های باکتریایی نظیر سوختگی معمولی لوبیاxanthomonas axonopodis pv. phaseoli))،سوختگی هاله دار لوبیا (pseudomonas savastonoi pv. phaseolicola) و پژمردگی باکتریایی لوبیا (curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccufmaciens) از عوامل محدود کننده تولید این محصول در بسیاری از مناطق کشت لوبیا در دنیا می باشند. در سالهای اخیر، بیماریهای لکه برگی و پژمردگی در مزارع لوبیای استان های لرستان و مرکزی، خسارات زیادی را به این محصول وارد کرده است که به ظن باکتریایی بودن، تشخیص عوامل ایجاد کننده این بیماری ها ضروری بود. جهت تعیین عوامل بیمارگر باکتریایی احتمالی در این مزارع، از گیاهان لوبیای واجد علایم لکه برگی و پژمردگی درمزارع مختلف استانهای مزبور نمونه برداری شد. از کشت نمونه های مزبور در محیط های کشت عمومی و اختصاصی57 جدایه باکتریایی به دست آمد. جدایه های مزبور با توجه به خصوصیات مورفولوژیکی، سرولوژیکی و مولکولی در سه گروه قرار متفاوت گرفتند. جدایه های باکتریایی گروه i گرم منفی بوده وکلنی های زرد شفاف مایل به لیمویی داشتند که بر اساس خصوصیات بیماری زایی، فیزیولوژیکی و بیوشیمیایی xanthomonas axonopodis pv. phaseoli(xap)تشخیص داده شدند. این جدایه ها با جفت آغازگر اختصاصی x4c-f/x4e-rدر واکنش pcrیک باندbp730 مربوط به xap را تکثیر نمودند. به دلیل ناتوانی در تولید رنگدانه ملانین در محیط کشت و نیز عدم تکثیر باند bp450 با جفت آغازگر اختصاصی xf1/xf2، هیچ کدام از این جدایه ها xanthomonas fuscans subsp. fuscans، تشخیص داده نشدند. جدایه های باکتریایی گروه ii گرم مثبت بوده و روی محیط آگار غذایی (na) کلنی های زرد مایل به کرم و یا صورتی داشتند. با انجام آزمون- های بیماری زایی و بیوشیمیایی جدایه های گروهii، تعلق این جدایه ها به باکتری(cff) curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccufmaciens عامل پژمردگی باکتریایی لوبیا معلوم گردید. همچنین، این جدایه ها در واکنش pcr با جفت آغازگر اختصاصیcff-for2/cff-rev4، یک باند bp306 تکثیر نمودند. توالی یابی نوکلئوتیدی این باند و همردیف سازی آن با توالی های موجود در بانک ژن، شباهت 97 درصدی توالی این جدایه ها با جدایه های cff موجود بانک ژن را مشخص کرد.جدایه های cff به دست آمده در این بررسی روی محیط nbyکلنی های زرد و صورتی کاروتنوئیدی داشتند. جدایه های باکتریایی موجود در گروه iii به واسطه گرم منفی بودن و تولید ماده فلئورسنت در محیط king’s b از بقیه مجزا شدند. پس از انجام آزمون های مختلف، بیشترین شباهت بیوشیمیایی برای یکی از جدایه ها با باکتری p.viridiflava به دست آمد و سایر جدایه ها نیز که توانایی بیماری زایی در غلاف و بوته لوبیا را نداشتند از دور آزمایشات حذف شدند. پس از تکثیر قسمتی از ناحیه 16s rdnaاین جدایه با جفت آغازگر ps-for/ps-rev و توالی یابی قطعه آن معلوم شد که این جدایه ها به لحاظ ترادف نوکلئوتیدی نیز با جدایه p.viridiflava مشابهت کامل دارد. پس از تایید وجود دو باکتری xapوcff به عنوان عوامل اصلی لکه برگی و پژمردگی در مزارع لوبیای استان های لرستان و مرکزی، به منظور به دست آوردن یک روش سریع، حساس و کم هزینه برای ردیابی همزمان دو باکتری در بذرهای آلوده، از روش multiplex pcr، با به کارگیری جفت آغازگرهای اختصاصی باکتری های xap(xf1/xf2) و cff-for2/cff-rev4) cff)، استفاده شد که به ترتیب منجر به تکثیر باندهای bp306 و bp730 گردید. به این ترتیب معلوم شد که multiplex pcr می تواند یک روش کارآمد، سریع و کم هزینه برای ردیابی همزمان باکتری های cffو xap در بذر لوبیای آلوده باشد.

سیب درختی (malus domestica borkh) عضوی از خانواده گلسرخیان (rosaceae) بوده و سازگار با آب و هوای خنک می باشد. ویروس ساقه شیاری سیبapple stem grooving virus (asgv) عضوتیپ جنس capillovirus، ویروس ساقه آبله ای سیب apple stem pitting virus (aspv) عضو تیپ جنس foveavirus و ویروس لکه سبزرد برگ سیب apple chlorotic leaf spot virus (aclsv) عضو تیپ جنس trichovirus متعلق به خانواده betaflexiviridae، از مهمترین ویروس های بیماری زای سیب محسوب می شوند. آلودگی این ویروس ها در سیب عمدتا فاقد علایم است و باعث کاهش 60 درصدی محصول به ویژه در آلودگی های مخلوط می شوند. توسعه روش های تشخیص سریع، دقیق و حساس برای اتخاذ روش های مدیریتی صحیح به منظور کنترل بیماری های ویروسی ضروری به نظر می رسد. هدف از این تحقیق بهینه سازی یک روش multiplex rt-pcrبرای تشخیص همزمان asgv، aspv و aclsv می باشد. به این منظور نمونه برداری از باغات سیب استان های اصفهان، لرستان، چهارمحال و بختیاری و مرکزی در فصول مختلف سال های 91 و 92 انجام شد. از برگ ها و شکوفه های درختان سیب جهت استخراج rna total استفاده شد و از آن به عنوان الگو در آزمون rt-pcr با استفاده از جفت آغازگر های اختصاصی asgv-f/asgv-r برای asgv، aspa/aspc برای aspv و a52/a53 برای aclsv استفاده شد. آلودگی نمونه ها به ویروس های asgv، aspv و aclsv در آزمون rt-pcr به ترتیب با تکثیر قطعات bp713، bp264 و bp 358 تایید شد. تمامی باند های تکثیر شده تعیین توالی شدند و نتایج حاصل از blast نشان دهنده ویروسی بودن آن ها بود. تشخیص همزمان asgv، aspv و aclsv ابتدا با استفاده از duplex rt-pcr به صورت ترکیب دوتایی جفت آغازگر های اختصاصی ویروس ها و سپس با استفاده از multiplex rt-pcr با جفت آغازگرهای اختصاصی هر سه ویروس انجام گردید. نتایج حاصل نشان دهنده کارایی multiplex rt-pcr در تشخیص همزمان asgv، aspv و aclsv بود. صدوده نمونه جمع آوری شده با استفاده از آزمون multiplex rt-pcr بررسی شدند. نتایج حاصل نشان داد 70 نمونه به ویروس asgv، 53 نمونه به ویروس aspv و 35 نمونه به ویروس aclsv آلوده بودند. میزان آلودگی مخلوط در بین نمونه های جمع آوری شده 37%، 24%، 19% و 16% به ترتیب برای aspv+asgv، asgv+aclsv، aspv+aclsv و asgv+aspv+aclsv برآورد گردید. بر اساس دانش ما، این اولین گزارش در مورد استفاده از روش multiplex rt-pcr در تشخیص همزمان ویروس های سیب در ایران می باشد. نتایج این تحقیق نشان داد که روش multiplex rt-pcr روشی حساس، دقیق، سریع، مقرون به صرفه و قابل اطمینان برای ردیابی همزمان ویروس های مهم درختان سیب می باشد.

تیره غلات (poaceae) گیاهان علفی یکساله ، اغلب دارای ریزوم یا استولون با برگ هایی متناوب، باریک و خطی در دو ردیف و دارای غلاف که ساقه را می پوشاند، هستند. غلات جز مهمترین گیاهان تامین کننده غذا در کره زمین که حدود 70% از غذای مردم را تامین می کند و شامل گیاهانی نظیر گندم، جو، برنج، چاودار، یولاف، ذرت، سورگوم و انواع ارزن ها می باشد. سالیانه عوامل بیماری زای گیاهی زیادی به غلات خسارت وارد می کنند که از نظر گسترش جغرافیایی، شدت خسارت، اندام های مورد حمله و گسترش آنها توسط عوامل محیطی متفاوت می باشند. سیاهک ها از مهمترین بیماری های قارچی غلات هستند که اغلب از نظر عوارض و خسارت اقتصادی که روی گیاهان میزبان تولید می کنند به این نام معروف شده اند، به طوری که در اثر رشد و تولید مثل قارچ در اندام های گیاهی یک توده اسپور تیره رنگ در محل آلودگی تولید می شود. اسپور ها درون جوش هایی به وجود می آیند که مجموعه ای از بافت میزبان، توده اسپور ها، یاخته ها و بافت های تغییر یافته ای از قارچ است. قارچ های مولد سیاهک متعلق به شاخه basidiomycota و رده ustilagilaginomycetes هستند که در سه زیر رده قرار داده شده اند. در این تحقیق نمونه برداری روی گرامینه های اهلی و وحشی مزارع و مراتع آلوده به سیاهک در استان مرکزی و لرستان انجام گردید و میزبان های آلوده به سیاهک در حد گونه شناسایی شدند. سپس ویژگی های ریخت شناسی و جوانه زنی تلیوسپور گونه ها با استفاده از کلید های موجود مورد بررسی قرار گرفت. همچنین بررسی خصوصیات ریخت شناسی تلیوسپور با دو میکروسکوپ معمولی نوری و فلورسنت انجام گردید. با توجه به نوع میزبان، خصوصیات ریخت شناسی و جوانه زنی تلیوسپور هشت گونه از جنس ustilago، دو گونه از جنس sporisorium و دو گونه از جنس tilletia تشخیص داده شد. نتایج به دست آمده از بررسی خصوصیات ریخت شناسی به وسیله دو میکروسکوپ معمولی نوری و فلورسنت برای هر گونه نتایج یکسان داشت و تفاوتی مشاهده نشد. همچنین اندازه گیری تلیوسپورها نشانگر این بود که جنس ها از نظر اندازه متفاوت هستند به طوری که تلیوسپور جنس tilletia بزرگتر از جنس sporisorium و ustilago تشخیص داده شد. پس از استخراج dna ژنومی برای تکثیر جدایه های ustilago hordei (ar7)، ustilago nuda (lo43) و (lo42) tritici ustilago از جفت آغازگرهای5,4 its، rpb1 و – tubulin ? استفاده گردید. توالی جفت آغازگر5,4 its شامل نواحی its1 و its2 ، توالی کامل ژن 5.8s و قسمتی از توالی ژن 18s و 28s می باشد. درخت فیلوژنی مربوط به هر ژن برای سه جدایه به روشneighobor- joining با 1000 بار تکرار رسم شد. نتایج حاصل از توالی سه ژن its، rpb1 و - tubulin ? سه گونه ustilago hordei (ar7)، ustilago nuda (lo43) و (lo42) tritici ustilago نشان داد که از لحاظ ارتباط فیلوژنتیکی با هم متفاوت هستند،گرچه جدایه ustilago nuda (lo43) نسبت به (lo42) tritici ustilago باustilago hordei (ar7) رابطه نزدیک تری نشان داد. تفکیک گونه ustilago hordei (ar7) و ustilago nuda (lo43) بر روی جو با توجه به خصوصیات ریخت شناسی و علائم روی میزبان امکان پذیر بود ولی تفکیک گونه ustilago nuda (lo43) و (lo42) tritici ustilago بر روی گندم و جو با توجه به خصوصیات ریخت شناسی بسیار نزدیک به هم، عملا امکان پذیر نمی باشد. سه ژن its، rpb1 و -tubulin ? قادر به تفکیک گونه های ustilago گندم و جو بودند.

در این مطالعه به منظور شناسایی و جمع آوری عوامل سیاهکی، از گرامینه های اهلی و وحشی مزارع و مراتع آلوده به سیاهک در استان های اصفهان و چهار محال و بختیاری نمونه برداری انجام گردید و پس از شناسایی میزبان های آلوده در حد گونه، ویژگی های ریخت شناسی و جوانه زنی تلیوسپور گونه های سیاهک هر میزبان با دو میکروسکوپ نوری و فلورسنت مورد بررسی قرار گرفت. از آنجا که دو گونه tilletia controversa و tilletia caries از نظر مورفولوژیکی و ساختار ژنتیکی به قدری مشابهند که برخی آنها را یک گونه در نظر گرفته و آنها را موتانت یکدیگر می دانند، بررسی امکان تمایز آنها با استفاده از ژن های its, ef1-?, rpb2 هدف دیگر این پژوهش بود. بعد از استخراج dna ژنومی برای تکثیر جدایه ها از آغازگرهای) its(4,5، ef1(636,1567) ،rpb2(740, 1365) استفاده گردید. بررسی های انجام شده، امکان تمایز دقیق این دو گونه را فراهم نکرد. تجزیه واریانس مولکولی به اعضای تشکیل دهنده در مورد ژن rpb2 نشان داد این ناحیه ژنی نسبت به سایر نواحی مورد بررسی ، تنوع بالاتری بین افراد گونه ها دارد و در مقام مقایسه با سایر ژن های مورد بررسی، بهتر عمل می کند ولی ترکیب این نواحی تمایز بهتری را بین دو گونه قائل شد، طوری که افزایش قطعات تکثیر یافته توانست به صورت دقیق گونه های مورد نظر را از یکدیگر متمایز کند. محاسبات نشان داد افراد درون گونه t.controversa در ناحیه ژنی ef1-? و its متنوع تر از افراد گونه t.caries می باشند، ولی ژن rpb2 تنوع بالاتری در بین افراد گونه t.caries نشان داد.

لکه سیاه سیب [venturia inaequalis (cke.) wint.]، یکی از مهم ترین بیماری های سیب است. جهت کنترل این بیماری، توسعه ارقام مقاوم سیب ضرورت دارد. علی رغم وجود ژنوتیپ های اهلی و وحشی متنوع سیب در ایران، احتمال حضور ژن های مقاومت بررسی نشده است. از طرف دیگر، به کارگیری ارقام مقاوم، مستلزم مطالعه ساختار ژنتیکی جمعیت های بیمارگر است. در این پژوهش، نمونه های برگ و میوه مبتلا به لکه سیاه سیب از مناطق عمده تحت کشت سیب کشور جمع آوری شدند. تشخیص مولکولی جدایه های قارچی، با استفاده از جفت آغازگرهای its5/ its4 انجام شد و سپس از 12 جفت آغازگر ریزماهواره برای ارزیابی ساختار ژنتیکی بین و درون جمعیت های قارچی استفاده شد. بر اساس نتایج حاصل، مقادیر بالای متوسط تعداد آلل ها در هر مکان ژنی، میانگین تنوع ژنی و شاخص pic نشان دهنده چندشکلی بالا و کارایی مناسب آغازگر ssr بود. جمعیت های قارچی بر اساس گسترش در مناطق جغرافیایی مختلف به چهار گروه طبقه بندی شدند و پراکنش نسبتا یکنواختی از جمعیت های قارچ مشاهده گردید. تنوع ژنتیکی داخل هر یک از جمعیت ها، به مراتب زیادتر و جدایه ها با درصد تنوع بالا در 19 گروه قرار گرفتند. مقدار شاخص f_st جمعیت ها نیز بیانگر تمایز زیاد در زیرجمعیت های قارچی بود. توجه به نتایج حاصل، می توان گفت که احتمالا موطن قارچ در ایران کمربند شمالی کشور است. جهت بررسی امکان حضور ژن های مقاومت به قارچ v. inaequalis در 28 رقم اهلی و ژنوتیپ وحشی سیب، از آغازگرهای اختصاصی و scar در واکنش pcr استفاده گردید. نتایج حاصل، حضور ژن های مقاومت به لکه سیاه شامل rvi2، rvi6، rvi8 و rvi11 را در تعدادی از ژنوتیپ های مورد بررسی تایید نمود. ژنوتیپ های وحشی، تعداد ژن مقاومت بیشتری را به همراه داشتند. تعدادی از ارقام به عنوان ارقام متحمل و تعدادی به عنوان ارقام حساس ارزیابی شدند.

استفاده بهینه از هر محصولی نیازمند درک منطقی از وضعیت تنوع ژنتیکی آن محصول در طبیعت است. چنین اطلاعاتی منجر به توجه بیشتر کشاورزان، اصلاح کنندگان و دیگر دست اندرکاران حفظ منابع گیاهی به مسئله تنوع زیستی شده و از فرسایش ژنتیکی گیاهان جلوگیری می نماید. ایران دارای غنی ترین ذخایر ژنیتکی پسته در جهان می باشد و به این سبب تنوع و تعداد ارقام پسته ایران در جهان بی نظیر است. اولین گام در زمینه اصلاح پسته دست یابی به منابع ژنتیکی آن و بررسی تنوع ژنتیکی موجود می باشد ولی تاکنون اطلاعات موجود در پسته از طریق بررسی های مورفولوژیکی که متاثر از محیط هستند، و ایزوزایمی که نمی تواند نماینده کامل ژنوم باشد بدست آمده است . لذا به نظر می رسد استفاده از نشانگرهای ‏‎dna‎‏ که چند شکلی را در سطح ‏‎dna‎‏ آشکار می کنند می تواند به عنوان روشهای مکمل داده های موفولوژیکی روابط ژنتیکی ارقام پسته ایران را به طور کاراتر تعیین کند. به همین دلیل تنوع ژنتیکی برخی از ارقام بادامی پسته که اهمیت تجاری دارند با استفاده از نشانگر ‏‎rapd‎‏ مورد مقایسه قرار گرفته اند. به طور کلی می توان نتیجه گرفت که استفاده از نشانگر مولکولی ‏‎rapd‎‏ برای تشریح و حفاظت ژرم پلاسم پسته ارزشمند است.

پایه و اساس تحقیقات به نژادی گیاهان بر وجود تنوع ژنتیکی استوار است و بدون چنین تنوع ژنی ، ایجاد و ارائه ارقام اصلاح شده جدید امکان پذیر نخواهد بود. ایران مرکز تنوع و احتمالا مرکز پیدایش انار می باشد ولی تاکنون تنها صفات مورفولوژیک این گیاه مورد بررسی قرار گرفته است، بنابراین مطالعه مولکولی آن حایز اهمیت می باشد. در سالهای اخیر نظامهای مارکر عمدتا از روشهای سریع و ارزان مبتنی بر ‏‎pcr‎‏ بهره برداری می نمایند که به نظر می رسد استفاده از این روشها برای طبقه بندی و شناسایی ارقام متنوع انار در ایران کمک شایانی نماید. بنابراین مطالعه حاضر برخی از ارقام تجاری و مهم انار ایران با استفاده از نشانگرهای ‏‎rapd‎‏ مورد بررسی قرار می دهد.