بیماری سوختگی معمولی لوبیا common bacterial blight (cbb) ناشی از باکتری xanthomonas axonopodis pv. phaseoli (smith) vauterin et al., 1995 (xap) یکی از مهم ترین بیماریهای لوبیا (phaseolus vulgaris l.) در مناطق گرم و نیمه گرم می باشد. بهترین روش مدیریت این بیماری استفاده از ارقام مقاوم، استفاده از بذور عاری از باکتری و رعایت بهداشت زراعی می باشد. از طرف دیگر لوبیا توانایی ایجاد رابطه ی همزیستی با باکتریrhizobium leguminosarum bv. phaseoli و تثبیت ازت آزاد موجود در خاک را دارد. اخیرا ثابت شده است که باکتریهای ریزوبیوم در کنار تثبیت ازت برای گیاه، توانایی افزایش میزان مقاومت بقولات به عوامل بیماریزا را نیز دارند. در گیاه لوبیا نیز شواهدی مبنی بر بالا رفتن سطح مقاومت عمومی گیاه در هنگام همزیستی با باکتریهای ریزوبیوم به دست آمده است. در این مطالعه، ابتدا توانایی باکتری r. leguminosarum bv. phaseoli در بهبود پارامترهای رشدی و عملکردی لوبیا در مقایسه با تیمارهای کود ازته و کود حیوانی ارزیابی شد. سپس واکنش تعداد 30 لاین در شرایط گلخانه و مزرعه نسبت به بیماری سوختگی معمولی لوبیا ارزیابی شد. بعلاوه در این تحقیق تاثیر حضور باکتریr. leguminosarum bv. phaseoli در ریشه ی لوبیا بر روند بیماری سوختگی معمولی لوبیا در رقم/لاین های حساس و متحمل در شرایط گلخانه و مزرعه ارزیابی شد. از بین ارقام و لاین های مطالعه شده در این تحقیق، سه لاین ks51103, bf13607 و bf13608 به عنوان متحمل ترین و همچنین رقم محلی خمین و لاین ks21479 به عنوان حساسترین ها نسبت به cbb شناسایی شدند. در مرحله ی بعدی دو لاین متحملbf13607 و ks51103 و دو رقم/لاین حساس محلی خمین و ks21479 انتخاب و تاثیر حضور باکتری r. leguminosarum bv. phaseoli در ریشه ی این لاین ها بر میزان توسعه ی cbb و همچنین اثر آن با تیمار کود مقایسه شد. در هر دو آزمایش گلخانه ای و مزرعه ای، تیمارهای باکتری ریزوبیوم، کود ازته و آّب (به عنوان شاهد) در ریشه به کار رفت. سوسپانسیون باکتری xap ایزوله ی araxa1 که بیماری زایی آن بر روی رقم محلی خمین ثابت شده بود، بر روی اندام های هوایی اسپری شد. در آزمایش گلخانه ای، وزن اندام-های هوایی، وزن ریشه و تعداد غلاف در گیاه و میزان بیماری در 10، 15، 20، 25 و 30 روز پس از تلقیح باکتری xap و در آزمایش مزرعه ای، تعداد غلاف در گیاه، تعداد دانه در غلاف، وزن صد دانه و میزان بیماری در 20، 35 و 50 روز پس از مایه کوبی باکتری xap اندازه گیری شد. نتایج حاصل از این تحقیق نشان داد که باکتری r. leguminosarum bv. phaseoli قادر است در حد کود ازته میزان رشد گیاه و تولید گل و غلاف در آن را افزایش دهد. همچنین باکتری r. leguminosarum bv. phaseoli توانست علاوه بر تثبیت ازت در گیاه لوبیا و افزایش پارامترهای رشدی آن، میزان توسعه ی cbb را نیز در لاین های حساس و متحمل کاهش دهد. متغیر تعداد غلاف در آزمایشها و تیمارهای مختلف تغییر معنی داری از خود نشان نداد. به جز تاریخ 10 روز پس از مایه زنی در گلخانه، در تمام روزهای ثبت بیماری در گلخانه و مزرعه، میزان توسعه ی علائم بیماری در تیمار ریزوبیوم کمتر و یا مساوی با شاهد و کمتر از تیمار کود ازته بود. در روزهای انتهایی ثبت بیماری در هر دو آزمایش، میزان علائم بیماری برای تیمار کود ازته شدیدتر از تیمار ریزوبیوم بود. متغیر وزن صد دانه در آزمایش مزرعه ای، در بین تیمارهای ریزوبیوم و کود ازته اختلاف معنی داری در سطح 0/01 از خود نشان داد و این دلیل روشنی بر کمک به کاهش میزان cbb توسط r. leguminosarum bv. phaseoli است زیرا که در اثر شدت بیماری در گیاهان تیمار شده با ازت، کیفیت بذرها در این گیاهان پائین آمده و باعث کاهش وزن صد دانه شد در حالی که در گیاهان تیمار شده با ریزوبیوم، به علت پائین بودن شدت بیماری، خسارت وارد شده به بذرها کمتر بود و وزن صد دانه کمتر تحت تاثیر قرار گرفت. استفاده از باکتری r. leguminosarum bv. phaseoli در مناطق لوبیا کاری کشور با توجه به نقش آن در کاهش میزان cbb توصیه می شود.

تیره botryosphaeriaceae متعلق به راسته botryosphaeriales، رده dothideomycetes و شاخه ascomycota می باشد. اعضای آن همه جازی بوده و بسیاری از آنها باعث ایجاد شانکر، بلایت شاخه، پوسیدگی میوه، سرشاخه میری و گموز روی طیف وسیعی از گیاهان نهاندانه و بازدانه می شوند، در حالیکه بعضی از آنها نیز ساپروفیت و اندوفیت هستند. مطالعات وسیعی در زمینه تاکسونومی و فیلوژنی این قارچها در دنیا انجام شده است. در ایران تاکنون هیچ مطالعه دقیق و منسجمی روی این قارچها انجام نشده است، در حالیکه بسیاری از گیاهان چوبی مهم اقتصادی موجود در ایران، در سایر نقاط دنیا به عنوان میزبان های این قارچها شناخته شده اند. طی سال های 1384 تا 1386 حدود 250 جدایه متعلق به تیره botryosphaeriaceae از گیاهان با علایم بیماری های مختلف از نقاط مختلف کشور جمع آوری شد. به منظور انتخاب تعدادی جدایه برای مطالعات فیلوژنتیکی و مورفولوژیکی تمامی جدایه ها با استفاده از نشانگر مولکولی issr بررسی و گروه بندی شدند. به منظور شناسایی گونه ها بر اساس توالی نواحی مختلف ژنومی شامل d1-d2 و its1-5.8s-its2 از dna ریبوزومی، ef-1α و β-tubulin و ویژگی های مورفولوژیک آنامورفها، جدایه های انتخاب شده بر اساس نتایج اثرانگشت issr مورد بررسی های بیشتر قرار گرفتند. بر اساس نتایج مطالعات مولکولی و مورفولوژیکی 22 گونه از این تیره متعلق به 8 جنس شامل barriopsis، diplodia، dothiorella، fusicoccum، lasiodiplodia، neofusicoccum، phaeobotryon و spencermartinsia شناسایی شد. یازده گونه از این تعداد برای جهان جدید می باشند که دو گونه از آنها (barriopsis iraniana و phaeobotryon cupressi) تاکنون نامگذاری و توصیف شده و چهار گونه متعلق به lasiodiplodia، سه گونه متعلق به dothiorella و دو گونه متعلق به spencermartinsia پس از مطالعات تکمیلی، نامگذاری و به طور رسمی توصیف خواهند شد. گونه های lasiodiplodia theobromae، diplodia seriata، d. pinea، dothiorella sarmentorum, fusicoccum aesculi و neofusicoccum parvum که قبلاً از ایران گزارش شده اند در این تحقیق بررسی و به طور کاملتری توصیف شده اند. پنج گونه شامل diplodia mutila، d. bulgarica، d. intermedia, lasiodiplodia pseudotheobromae و spencermartinsia viticola برای اولین بار از ایران گزارش می شوند.

ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی (tylcv)، یکی از مهم ترین ویروس های گوجه فرنگی در مناطق گرمسیری و نیمه-گرمسیری است که از مناطق مختلف کشت گوجه فرنگی ایران نیز گزارش شده است. روش رایج مبارزه با این بیماری، کنترل شیمیایی حشره ناقل (bemisia tabaci) می باشد که با توجه به خطر آلودگی محیط زیست، هزینه بالا و کارایی پایین آن، در حال حاضر بهترین روش کنترل بیماری، به کار بردن گیاهان مقاوم است. از طرف دیگر همه ی ارقام گوجه فرنگی تجاری به tylcv حساس وتعدادی از گونه های وحشی به این ویروس متحمل هستند. به منظور یافتن منابع مقاومت، بررسی واکنش میزبان های دیگر این ویروس و یافتن ژن یا ژن های مقاومت آن ها ضروری است. در تحقیق حاضر، واکنش 34 لاین لوبیای معمولی از بانک ژن گیاهی ملی ایران- استان مرکزی نسبت به آلودگی به tylcv-ir2 در شرایط گلخانه بررسی شد. پس از مایه زنی بوته ها در مرحله اولین سه برگچه ای توسط سفید بالک های بالغ آلوده، بروز علائم به مدت چهار هفته ارزیابی شد. همچنین در پایان هفته چهارم dnaی تام از دومین برگ انتهایی بوته ها استخراج و tylcv-ir2 توسط واکنش زنجیره ای پلیمراز (pcr) با استفاده از آغازگرهای اختصاصی ردیابی شد. نتایج حاصل از بررسی شدت علائم بیماری، اختلاف معنیداری میان لاین های بررسی شده نشان داد و این لاین ها از نظر واکنش به tylcv-ir2 در چهار گروه حساس، نیمه حساس، نیمه مقاوم و مقاوم قرار گرفتند. نتایج ردیابی اختصاصی tylcv-ir2 نشان داد ویروس در دو لاین از هفت لاینی که بر اساس بروز علائم بیماری در گروه مقاوم قرار گرفتند، ردیابی شد و در گروه متحمل ارزیابی شدند. برای تعیین نوع مقاومت (مقاومت به حشره یا به ویروس)، لاین های مقاوم از طریق پیوند مجاورتی با لاین لوبیای حساس آلوده، مایه زنی شدند. طی چهار هفته، بوته ها علائمی نشان ندادند یا علائم خفیفی داشتند و در واکنش زنجیره ای پلیمراز نیمه کمی (semi-qpcr)، ژنوم ویروس تنها در دو رقم ردیابی شد. از این رو بعد از مایه زنی بوسیله پیوند، از 34 لاین بررسی شده، سه لاین مقاوم و چهار لاین متحمل به ویروس معرفی شدند. هیچ رابطه ی مشخصی میان تعداد حشرات بالغ در حال تغذیه از لاین ها و شدت علائم بیماری مشاهده نشد. تجزیه فیلوژنتیکی tylcv-ir2 را با جدایه tylcv-kahnooj در یک گروه قرار داد و مشاهده شد که tylcv-gezira نزدیک ترین جدایه به این دو می باشد. این احتمال وجود دارد که جدایه های tylcv-ir2 و tylcv-kahnooj از یک منطقه و یک جد مشترک منشاء گرفته و با ایجاد جهش به مرور زمان از هم جدا شدند.

کلزا (brassica napus l.) یکی از مهم ترین گیاهان دانه روغنی در استان گلستان و کشور به شمار می رود. شیوع بیماری های ویروسی و پراکندگی آن در مناطق کشت این محصول می تواند خطری جدی برای تولید این دانه روغنی محسوب شود. در میان عوامل ویروسی مختلف آلوده کننده کلزا سه ویروس زردی غربی چغندرقند (beet western yellows virus, bwyv) ،) ویروس موزائیک شلغم virus, tumv) (turnip mosaic و ویروس موزائیک کلم گل (cauliflower mosaic virus, camv) از مهم ترین ویروس های بیمارگر کلزا بشمار می روند. این بررسی با هدف مطالعه وقوع پراکنش و فراوانی این سه ویروس مهم کلزا در استان گلستان انجام گرفت. طی سال زراعی 1387-1386 و 1388-1387 در مجموع 600 نمونه از مزارع کلزا جمع آوری و با استفاده از آزمون das-elisa برای آلودگی به bwyv، tumv و camv بررسی شدند. نتایج نشان داد که دو ویروس tumv و bwyv در سال زراعی 88-1387 در مقایسه با سال زراعی 87-1386 شیوع بالاتری داشتند و همچنین مناطق غربی و جنوبی استان گلستان نسبت به ناحیه شرقی بیشتر در معرض خطر آلودگی به این ویروس ها قرار داشتند. همچنین تنوع ژنتیکی ویروس زردی غربی چغندرقند در مقایسه با نمونه های مشابه دنیا بررسی شد. برخی نمونه های دارای علائم آلودگی از مزارع استان گلستان و دانشکده کشاورزی تربیت مدرس برای ردیابی آلودگی به bwyv با استفاده از rt-pcr و آغازگرهای طراحی شده bwyv شناسایی شدند. این آغازگرها قطعه ای از ژنوم ویروس به طول 563 نوکلئوتید شامل بخشی از ژن کد کننده پروتئین پوششی ویروس را تکثیر نمودند. محصول pcr به حامل همسانه سازی ptz57r/t متصل گردید. توالی نوکلئوتیدی تعداد سه کلون از جدایه های این ویروس تعیین شدند. میزان تشابه cp ژنتیکی موجود در بین این سه جدایه و جدایه هایی که توالی آنها در ncbi موجود می باشد توسط نرم افزار genedoc بررسی و ماتریس تشابهات بدست آمد. جدایه های تعیین توالی شده در سطح اسیدهای آمینه و نوکلئیک اسید 92-100 درصد با جدایه های موجود در ncbi مشابهت نشان دادند. مقایسه توالی جدایه های مورد بررسی با جدایه های سایر کشورها نشان داد که جدایه های ایران قرابت زیادی با جدایه های آسیایی دارند. این تحقیق برای اولین بار به بررسی تنوع ژنتیکی ویروس bwyv در ایران پرداخته است.

ویروس پیچیدگی زرد برگ گوجه فرنگی (tomato yellow leaf curl virus, tylcv)از جمله بیمارگرهای مخرب گوجه فرنگی است و باعث خسارت اقتصادی در سراسر جهان می شود. به دلیل تنوع و گستردگی این بیمارگر در ایران ردیابی ویروس برای کنترل آن ضروری است. از آنجائیکه روش الایزا (elisa) enzyme-linked immunosorbent assay روشی مناسب برای تشخیص ویروسها در سطوح وسیع است آماده سازی آنتی ژن مورد نیاز برای فرآیند تولید آنتی بادی دارای اهمیت است. از این رو در تحقیق حاضر، ژن پروتئین حرکتی tylcv-ir2 توسط آغازگرهای اختصاصی و واکنش زنجیره ای پلیمراز تکثیر و در ناقل بیانی pet26(b) همسانه سازی و تعیین ترادف شد و همسانه حاصلpet26b.tylcv.mp نامیده شد. پلاسمید نوترکیب به سویه bl21 باکتری escherichia coli وارد و بیان پروتئین حرکتی با استفاده از iptg القا? گردید. سپس نمونه برداری در ساعات مختلف پس از القا? انجام و پروتئین محلول تام استخراج و در آزمون الکتروفورز پروتئین با استفاده از ژل پلی اکریل آمید و سدیم دودسیل سولفات تفکیک شد. درنتیجه این تحقیق پروتئین حرکتی tylcv در سلول باکتری بیان شد که می تواند برای تولید انبوه آنتی ژن و نهایتا آنتی بادی علیه آن استفاده شود.

خارمریم (silybum marianum l.) یکی از گیاهان دارویی مهم است که از زمان های باستان برای درمان بیماری کبد و بیماری های مرتبط با صفرا و همچنین مسمومیت حاد ناشی از مصرف قارچ های سمی مورد استفاده قرار می گرفته است. شناخت تنوع ژنتیکی در گیاه خارمریم کمک بزرگی برای تحقیقات به نژادی در مورد این گیاه می نماید. هدف از این مطاالعه بررسی تنوع ژنتیکی گیاه خار مریم با استفاده از نشانگر ssr بود. به این منظور بررسی با استفاده از ارزیابی 10 آغازگر شروع و بر اساس میزان تشکیل باند، چند شکلی و نیز تکرار پذیری باندها تعداد 8 آغازگر برای مطالعه 20 جمعیت انتخاب گردید. از 8 آغازگر منتخب، تعداد 27 باند قابل تشخیص و تکرار پذیر بدست آمد که بیشترین آن مربوط به جایگاه cslib12 با 7 آلل بود و بیشترین میزان محتوای اطلاعات چند شکلی (pic) مربوط به جایگاه cmal-11 بدست آمد. تجزیه کلاستر با استفاده از الگوریتم upgma، جمعیت های مختلف خارمریم را در 2 گروه اصلی تقسیم نمود که جمعیت های موجود در هر گروه از لحاظ نواحی اقلیمی شبیه نبودند. نتایج این پژوهش مبین وجود تنوع مولکولی در بین جمعیت های خارمریم و همین طور بیانگر کارآمدی نشانگر ssr در تعیین تنوع ژنتیکی جمعیت های خارمریم مورد مطالعه می باشد.

بیماری برگ بادبزنی مو توسط grapevine fanleaf virus (gflv) ایجاد شده و قدیمی ترین و مخرب ترین بیماری ویروسی شناخته شده در مو است. به رغم گذشت بیش از هفت دهه از شناسایی این ویروس همچنان بسیاری از جنبه های آن ناشناخته باقی مانده است. از اینرو برای بررسی فیلوژنی، تغییرات ژنتیکی و اثرات آن در خصوصیات بیولوژیکی ویروس، تعداد 257 نمونه با علایم مشکوک به آلودگی با gflv از تاکستان های قدیمی جمع آوری شدند. در ادامه براساس الگوی برش آنزیمی محصولات rt-pcr انجام شده برروی نمونه های الیزا مثبت، چهار جدایه برای همسانه سازی و تعیین توالی طول کامل rna2 ویروس انتخاب شد. نتایج تعیین توالی نشان داد که طول rna2 در جدایه های ارومیه و شیرامین 3730 نوکلئوتید و در جدایه های تاکستان و بناب 3749 نوکلئوتید بدون در نظر گرفتن طول دنباله آدنوزینی بود. دلیل کوتاهی rna2 در این جدایه ها حذف هایی بود که در هر دو ناحیه های ترجمه نشونده 3 و 5 رخ داده است. در درخت فیلوژنی ترسیم شده براساس طول کامل rna2، تمامی جدایه های gflv در سه گروه قرار گرفتند که در آن میان جدایه های ایرانی در یک کلاستر مجزا قرار داشتند. آنالیزهای نوترکیبی نشان داد که جدایه های gflv-nw، gflv-f13، شیرامین و arabis mosaic virus –lv جدایه های نوترکیب بوده و دارای جد مشترک هستند. مقایسه توالی نوکلئوتیدی rna2 در چهار جدایه ی ایرانی gflv که دوتای آنها مرتبط با علایم موزاییک زردی و دوتای دیگر مرتبط با علایم رگ نواری بودند نشان داد که rna2ی این جدایه ها بیشترین تفاوت را در ناحیه ی ژن 2ahp بویژه انتهای آمینی آن داشت و احتمالاً در ایجاد علایم نقش دارد ولی شواهد مستقیمی یافت نشد. علاوه براین، انتهای آمینی 2ahp بر خلاف انتهای کربوکسیلی و نیز orf2 تحت فشار انتخابی مثبت بود. از اینرو برای بررسی اثرات جهش های رخ داده در انتهای آمینی 2ahp در تکثیر و بیماریزایی ویروس، همسانه های نوترکیبی برای انتهای آمینی و نیز کل ژن 2ahp ساخته و تکثیر آنها بررسی شد. نتایج نشان داد که تغییرات اعمال شده باعث افزایش در تکثیر rna2 ویروس شده اند. به موازات این بررسی ها برای معرفی یک روش حساس در ارزیابی پایه های مادری، ردیابی 14 نمونه ی الیزا مثبت با استفاده از rt-pcr و با بکارگیری آغازگرهای موجود در منابع و طراحی شده در این پژوهش بررسی شد. نتایج نشان داد که اکثر آغازگرهای موجود در منابع قادر به ردیابی تمامی نمونه های بررسی شده نبودند. در حالیکه آغازگرهای طراحی شده در این پژوهش ویروس را در همه ی نمونه ها ردیابی کردند. کارایی آغازگرهای طراحی شده روی 35 نمونه ی الیزا مثبت جمع آوری شده از سایر استان ها در سال بعد (1388) بررسی و تأیید شد. همچنین روش پیوند سبز روی رقم قره داش (بعنوان میزبان نموده سازی) آلودگی به gflv را تایید کرد. نتایج این پژوهش نشان داد که ترکیب پیوند سبز و rt-pcr با آغازگرهای معرفی شده در این بررسی روشی حساس برای ردیابی gflv است.

بیماری بلاست مرکبات یکی از مهمترین بیماری های مرکبات در استان های شمالی کشور می باشد که به وسیله باکتری سودوموناس (pseudomonas spp.) ایجاد می شود و در شرائط اقلیمی مساعد، خسارت های قابل توجهی را به باغات مرکبات، وارد می سازد. به منظور بررسی پراکنش گونه های عامل یا همراه بیماری در مناطق مختلف استان مازندران و مناطقی از استان های گیلان و گلستان و نیز بررسی تنوع فنوتیپی و ژنوتیپی، جدایه های بیمارگر در سال های89-1387 از درختان آلوده جمع آوری شدند. پس از جدا و خالص سازی و اثبات بیماری زائی روی برگ های نارنج (citrus aurantium)، 115 جدایه بیماری زا به دست آمد. بر اساس خصوصیات بیوشیمیائی و فیزیولوژیکی، جدایه ها در 16 گروه مجزا قرار گرفتند. جدایه ها در تولید لوان، لهانیدن برش های سیب زمینی و آرژی نین دی هیدرولاز متغیر، در ایجاد فوق حساسیت در توتون مثبت و در آزمون تولید اکسیداز منفی بودند. اعضای تعدادی از گروه ها علی رغم داشتن توانائی لهانیدن برش سیب زمینی، شباهت چندانی با p. viridiflava نداشتند. بر پایه ویژگی های بیوشیمیائی، جدایه های گروه های vi الی xi (حدود 39% کل جدایه ها)، به عنوان جدایه های p. syringae، و جدایه های گروه xii (حدود 3% کل جدایه ها)، به عنوان جدایه های p.viridiflava، شناسائی شدند. برای بررسی تکمیلی با روش های مولکولی، قسمتی از دو ژن خانه دار rpod و gyrb همراه با 16s rdna برای جدایه های مورد بررسی تعیین ترادف گردید. در درخت فیلوژنی ترسیمی، جدایه ها در 17 گروه مجزا قرار گرفتند. گروه های i-v و xiv، vi-xiii و xv-xvii به ترتیب در شاخه های p. fluorescens، p. syringae و p.putida قرار داشتند. تنوع جدایه های مورد بررسی بر پایه انگشت نگاری ژنتیکی حاصل از box-pcr و eric-pcr و نیز تلفیق داده های آن دو نشان داد که جدایه ها به ترتیب در سطح شباهت 31، 33 و 41 درصد، در 16، 15 و 19 گروه مجزا قرار می گیرند. نتایج انگشت نگاری ژنتیکی نشان می دهد که این آزمون قادر است جدایه ها را در سطح گونه و پایین تر از یکدیگر تفکیک نماید. برای بررسی امکان کنترل بیمارگر با کمک مخمرها، از باغات مرکبات شمال کشور، مخمرهائی جداسازی شدند و ارزیابی توان بیوکنترلی آن ها در شرایط گلخانه با مایه زنی یک جدایه p. syringae بر روی رقم نارنج صورت گرفت. پاشش مخمر سه بار و به فواصل دو روزه انجام شد و پس از آن، مایه زنی بیمارگر صورت گرفت. تجزیه واریانس آزمایش براساس طرح بلوک های کامل تصادفی و مقایسه میانگین ها به روش دانکن اجرا شد. برای شناسائی جدایه های برتر، ناحیه its آن ها با به کارگیری پرایمرهای its1 و its4 تکثیر و تعیین ترادف شد. با مقایسه نتایج در پایگاه اینترنتی ncbi، مخمرهای برتر به عنوان sporobolomyces ruberrimus ، cryptococcus albidus ، c. magnus و rhodotorula sp.. شناسائی شدند. s. ruberrimus بیماری را بهتر از سایر گونه ها کنترل کرد.

ویروس زردی غربی چغندرقند (bwyv) beet western yellows virus یکی از ویروس های مهم بیماری زا در گیاهان می باشد. تشخیص سریع و به موقع این ویروس نقش به سزایی در اتخاذ روش های کنترل و خسارت آن دارد. از روش های متداول، معتبر و ارزان برای تشخیص ویروس در سطح وسیع، روش سرولوژیکی می باشد که در این روش تامین منبع آنتی ژن ویروسی برای استفاده در فرآیند تولید آنتی بادی پلی کلونال ضروری است. در تحقیق حاضر ژن رمزکننده پروتئین پوششی bwyv، جدا شده از ایران (bwyv-cl10)، طی واکنش زنجیره ای پلیمراز (pcr) تکثیر شد و در ناقل بیانی pet26b همسانه سازی گردید و سازه حاصل pet-bwyv-cp نامیده شد. سپس این سازه به سویه بیانی (bl21) باکتری escherichia coli منتقل شد و بیان پروتئین پوششی نوترکیب با iptg القاء گردید. سپس نمونه برداری در ساعات مختلف (2، 4، 6 و 8 ساعت) پس از القاء انجام شد. پروتئین محلول کل استخراج و به کمک الکتروفورز در ژل sds-page تفکیک گردید و باند پروتئین مورد نظر مشاهده شد. صحت پروتئین بیان شده توسط روش لکه گذاری وسترن و با استفاده از آنتی بادی مونوکلونال اختصاصی تولید شده علیه ذرات ویروسی تأیید شد. با الکتروفورز قطعه ژل حاوی پروتئین نوترکیب در کیسه دیالیز این پروتئین خالص سازی گردید و برای حذف بافر الکتروفورز، پروتئین نوترکیب به مدت 24 ساعت علیه آب مقطر دیالیز شد. سپس پروتئین خالص سازی شده با استفاده از دستگاه لیوفیلیزه کننده تغلیظ و به خرگوش جهت تولید آنتی سرم تزریق شد. آنتی سرم تولید شده، پروتئین پوششی نوترکیب را در عصاره باکتری نوترکیب القاء شده و مخلوط با عصاره پروتئینی گیاه کلزا سالم با استفاده از تکنیک وسترن بلات با رقت 1:45000 شناسایی نمود اما واکنش مثبتی با عصاره گیاهان کلزای آلوده مشاهده نشد. نتایج این مطالعه پیشنهاد می کند که تولید آنتی بادی تشخیصی علیه ویروس زردی غربی چغندر بوسیله پروتئین پوششی نوترکیب آسان نیست و نیاز به استراتژی های خاص دارد.

به منظور مطالعه ی کاربرد حامل های ویروس گیاهی برای بیان پروتئین بیگانه در گیاه، یک حامل ویروس گیاهی که از همسانه ی آلوده کننده ویروس موزائیک زرد کدو (zymv) به دست آمده بود، برای بیان پروتئین های مختلف با کاربردهای متفاوت استفاده شد. اینترفرون گامای انسانی (inf-?) و پروتئین حرکتی ویروس موزائیک پیسک سبز خیار (cgmmv mp) به منظور بیان و خالص سازی به ترتیب به عنوان ماده موثره دارو و آنتی ‍‍ژن انتخاب شد. قاب های خواندنی ویروس موزائیک خیار (cmv) به جز رپلیکاز برای تعیین ساز و کار پایداری پروتئین پوششی (cp) آن بیان شد. همچنین، برای بررسی بیان و هدف گیری پروتئین بیگانه به شبکه اندوپلاسمی، ژن گزارشگر gfp استفاده شد. ژن های مورد نظر میان قاب های p1 و hc-pro در حامل zymv قرار داده شد. توانایی آلوده کنندگی حامل نوترکیب با مالیدن پلاسمید روی گیاه سلمه تره و بروز لکه های موضعی تایید شد. سپس یک لکه منفرد برای انتقال مکانیکی ویروس نوترکیب به کدو در مرحله دو برگی استفاده شد. برگ گیاهان مایه زنی شده به وسیله rt-pcr و آزمون لکه گذاری وسترن بررسی شد. روش های کروماتوگرافی ستونی و سانتریفوژ افتراقی به ترتیب برای خالص سازی inf-? و cgmmv mp استفاده شد. نتایج نشان داد که حامل های نوترکیب پس از چند بار انتقال پی در پی و نیز یک دوره 35 روزه پایدار بودند. بر اساس نتایج، inf-? و cgmmv mp دو هفته پس از مایه زنی به ترتیب نزدیک به یک تا 2/1 میلی گرم و 8/1 تا 2/2میلی گرم از هر صد گرم بافت برگ، خالص سازی شد. بیان قاب های خواندنی cmv به تنهایی و در ترکیب با cmv طبیعی نشان داد که cmv cp نوترکیب که توسط zymv بیان شده، علائم را تغییر داد ولی در هیچ کدام از تیمارها به جز در تیمار مایه زنی شده با cmv طبیعی قابل ردیابی نبود. ریزنگاره ی الکترونی همراه نشاندار کردن پیکره ی cmv با طلا نشان داد که cp نوترکیب با اتصال به آر اِن اِی پایدار شد. هدف گیری gfp با استفاده از پپتید نشانه sekdel نشان داد که هدف گیری gfp به شبکه ی اندوپلاسمی میزان بیان پروتئین نوترکیب را به طور قابل توجهی افزایش داد. این سامانه ظرفیت تولید پروتئین های دیگر مورد نظر در کدوئیان را دارد که برای اهداف تولید آتی ژن، کاربردهای دارویی، مطالعه ی عملکرد ژن و سایر موارد کاربرد دارد.

aflp یک ابزار قدرتمند برای تشخیص رونوشت هایی با فراوانی کم است و می تواند بعنوان یک روش کارآمد برای جداسازی ژنهایی که بطور متمایز بیان می شوند، بکار رود. بنابراین القا متمایز ژنها در گندم ( رقم چمران و مرودشت) در پاسخ به قارچ m.graminicola بوسیله آنالیز cdna-aflp مورد مطالعه قرار گرفت . در ابتدا گیاهان بوسیله بیمارگر مایه زنی شدند. نمونه برداری در 6 نقطه زمانی(0، 12، 24، 48، 72 و 96 ساعت) بعد از مایه زنی انجام شد و نمونه ها بلافاصله در دمای منفی 80 درجه سانتی گراد قرار داده شدند. با مقایسه الگوی بیانی گیاهان مایه زنی شده و گیاهان شاهد رقم های چمران و مرودشت به ترتیب 276 و 270 قطعه متمایز جداسازی و تعیین توالی شد. توالی های بدست آمده با استفاده از الگوریتم blast x مورد بررسی قرار گرفتند و در گروه های عملکردی مختلف شامل دفاع، متابولیسم، انرژی، نسخه برداری، انتقال سیگنال، پاسخ به تنش، انتقال دهنده ها، متابولیسم ثانویه و توالی های ناشناخته قرار گرفتند. 8 ژن مرتبط با بیماریزایی شامل lipoxygenase, peroxidase, chitinase, pr-1, thaumatin-like protein, phenylalanine ammonia lyase(pal), ?-1-3 glucanase, disulfide isomerase, methionine sulfuxide reductase 12 تا 24 ساعت بعد از مایه زنی در این ارقام القا شدند. ژنهای non specific lipid transferase, executer1 protein, synthase, chalcone ,peptidyl prolyl isomerase ,putative xylanase inhibitor, adp – glucose pyrophospholylase, nbs- lrr protein, putative agmatin coumaryl transferase, putative protease inhibitor, allen oxide synthase, serine carboxy peptidase, nadhoxidase glucosyltransferase , و catalase در زمانهای دیرتری القا گردیدند ( 48، 72 و 96 ساعت بعد از مایه زنی) . نتایج نشان داد که بیان ژنهای مرتبط با بیماریزایی در 24 ساعت پس از مایه زنی افزایش می یابد . بنابراین می توان نتیجه گرفت که این ژنها نقش مهمی در دفاع گیاه بر علیه m.graminicola ایفا می کند. بیان ژنهای lipoxygenase, glycosyltransferase, thaumatin like protein, putative xylanase inhibitor, executer1 protein, non specific lipid transfer protein, nadh oxidase, putative protease inhibitor, allen oxide synthase, adp – glucose pyrophospholylase برای اولین بار است که در این پاتوسیستم گزارش می شود.

گیاهان زینتی به علت کشت وسیع و شرایط مساعد رشد انواع بیمارگرها در گلخانه ها، همواره در معرض خطر هجوم عوامل بیماری زا می باشند. یکی از مهم ترین عوامل بیماری زایی که بازدهی تولید این محصولات را پایین آورده و کیفیت آن ها را کاهش می دهد، باکتری های عامل پوسیدگی نرم می باشند. این باکتری ها ریشه، غده، برگ و ساقه گیاهان زینتی را تحت تأثیر قرار داده و با تولید آنزیم های تجزیه کننده پکتین باعث متلاشی شدن و از بین رفتن این محصولات می شوند. به منظور شناسایی دقیق باکتری های پکتولیتیک بیماری زا در گیاهان زینتی استان های تهران، البرز و مرکزی، تعداد 57 جدایه از 12 میزبان مختلف تک لپه و دولپه جداسازی شدند و با استفاده از آزمون‍ های فنوتیپی، ژنوتیپی و بیماری زایی مورد بررسی قرار گرفتند. بر اساس مطالعات فنوتیپی، کلیه جدایه ها به عنوان pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum (pcc) شناسایی شدند. با این وجود در این جدایه ها هتروژنی مشاهده شد و برخی از جدایه ها در بعضی از ویژگی ها با جدایه مرجع pcc-atcc 15713 اختلاف نشان دادند. به منظور اثبات تعلق این جدایه ها به زیرگونه pcc از آغازگرهای اختصاصی expccf/expccr وy1/y2 استفاده گردید. چهل و شش جدایه با استفاده از جفت آغازگر اختصاصی expccf/expccr قطعه قابل انتظار 550 جفت بازی و 11 جدایه دیگر، با آغازگرهایy2 /y1 قطعه 434 جفت بازی را تکثیر نمودند. در آزمون بیماری زایی، لکه های آبسوخته با هاله زرد رنگ، پنج تا هفت روز پس از مایه زنی روی برگ های آگلونما و دیفن باخیا ظاهر شدند. به علاوه، بیمارگر مجدداً از بافت های مایه زنی شده جدا گردید. بر اساس یافته های این تحقیق، میزبان های بنفشه افریقایی، قاشقی، پپرومیا، پیله آ، پلکترانتوس و کالانکوئه برای اولین بار از ایران گزارش می شوند و چهار میزبان پپرومیا (peperomia obtusifolia و p. caperata)، پیله آ (pilea cadierei) و پلکترانتوس (plectranthus australis) احتمالاً برای دنیا جدید می باشند. جهت بررسی تنوع ژنتیکی در جمعیت این بیمارگر، 26 جدایه pcc با توجه به نوع میزبان و پراکنش جغرافیایی به همراه دو جدایه از استان گیلان انتخاب شدند. تنوع ژنتیکی جدایه ها با استفاده از نشانگرهای rep-pcr و is50 صورت گرفت. هر دو روش rep-pcr و is50-pcr در دسته بندی کردن جدایه های pcc با محدودیت همراه بودند و قادر به تفکیک کامل جدایه ها بر اساس نوع میزبان یا منشأ جغرافیایی نبودند. این مطالعه اولین بررسی pcc با نشانگر is50 می باشد. نتایج این تحقیق سطح بسیار بالایی از تنوع ژنتیکی را میان جدایه های pcc بدست آمده از گیاهان زینتی نشان داد.

باکتری dickeya chrysanthemi pv. chrysanthemi (dcc) از خانواده انتروباکتریاسه و عامل بیماری پوسیدگی نرم در سیب زمینی و سایر گیاهان زراعی پراهمیت است. آنزیم های مخرب دیواره سلولی مهم ترین فاکتور پرآزاری این باکتری بوده و بیمارگر به واسطه وجود آنها موجب پوسیدگی نرم در بافت?های میزبان می?شود. برای رخنه و عفونت زایی موفق، آنزیم های مخرب دیواره سلولی تحت کنترل یک سیستم پیچیده تنظیمگری متشکل از سرکوبگرها و فعال کننده های بیان عمومی و اختصاصی است. از رایج ترین و مهم ترین سیستم های تنظیمگری در باکتری dcc نوعی سیستم ارتباطی سلول به سلول موسوم به سیستم سنجش حدنصاب است که در بیشتر پروتئوباکترها عمومیت دارد. در این رده?ی باکتری ها مولکول های ان اسیل هموسرین لاکتون به عنوان مولکول های سیگنال قابل نشت جهت ارتباط بین سلولی مورد استفاده قرار می گیرد که اصطلاحا مولکول?های خودالقاگر نامیده می شود. مولکول های سیگنال از نظر ساختاری مشابه بوده ولی نوع و طول زنجیره آسیل عامل تخصصی شدن سیستم های سنجش حد نصاب در گونه هاست. خاموشی حدنصاب از روش های جدید برای کنترل بیماری های باکتریایی است که سعی در توقف، تاخیر و یا کاهش بیان ژن های پرآزاری دارد که فرآورده این ژن?ها مسئول تهاجم و عفونت زایی در گیاه میزبان است. اساس این روش به شناسایی فاکتورهای وابسته به این سیستم و میزان وابستگی آن ها استوار است. برای کنترل این بیمارگر با استفاده از خاموشی حدنصاب تشخیص فاکتورهای پرآزاری وابسته به سیستم سنجش حدنصاب و مکانیزم تنظیم آنها توسط این سیستم ضروری است. در این مطالعه دو ژن اسیل همولاکتاناز aiiaa24 و aiiadms133 به باکتری dcc منتقل و ترانسفورمانت های حاصله به ترتیب dcc/pme6863 و dcc/pme7873 نامیده شدند. توان این ترانسفورمانت ها در حرکت شناگری، تجمعی و انقباضی؛ تشکیل بیوفیلم و پلاگ؛ بیماریزایی و القای پاسخ فوق?حساسیت به صورت فنوتیپی و میزان بیان ژن های پرآزاری به صورتی ژنتیکی در مقایسه با نمونه شاهد مورد بررسی قرار گرفت. نتایج حاصله نشان داد توان حرکت شناگری و تجمعی باکتری dcc در نتیجه خاموشی حدنصاب حاصله از هردو ژن کاهش یافت در حالی که ترانسفورمانت ها به همان اندازه نمونه شاهد توان حرکت انقباضی داشتند که از این موضوع می توان دریافت حرکت انقباضی این باکتری احتمالا تحت کنترل این مسیر تنظیمگری نیست. علاوه بر این خاموشی حدنصاب در هردو ترانسفورمانت نسبت به شاهد کاهش یافت. از سوی دیگر با خاموشی حدنصاب تغییری در توان القای پاسخ فوق?حساسیت در ترانسفورمانت ها مشاهده نشد که می تواند بدین دلیل باشد که ژن های درگیر در این رفتار تحت کنترل سیستم سنجش نصاب نیستند. همچنین ترانسفومانت ها قدرت لهانیدگی بسیار کمتری روی ورقه های سیب زمینی و برگ های بنفشه آفریقایی نشان دادند. علاوه بر این بیان ژنهای pele، pema و pehx در نتیجه خاموشی حدنصاب در این باکتری کاهش یافت. توان این دو ترانسفورمانت در بروز رفتارهای فوق و میزان بیان ژن های ذکر شده متفاوت بود ، بطوریکه ترانسفورمانت dcc/pme6863 کاهش بیشتری در حرکت شناگری و تجمعی؛ تشکیل پلاگ و بیوفیلم؛ لهانیدگی روی ورقه?های سیب زمینی و برگ های بنفشه آفریقایی در مقایسه با dcc/pme7873 نشان داد. همچنین بیان ژن های pele و pema در dcc/pme6863 کاهش بیشتری داشت در حالیکه بیان ژن pehx در dcc/pme7873 کاهش بیشتری داشت. در حالت کلی می توان دریافت ژن aiiaa24 جهت استفاده در برنامه های اصلاح نبات مناسب تر است.

خانواده ی کدوییان با 125 جنس و 960 گونه دارای اهمیت اقتصادی فراوانی هستند. اعضای این خانواده مورد تهاجم عوامل بیماری زای مختلف؛ شامل باکتری ها، قارچ ها، ویروس ها، نماتدها و فیتوپلاسماها قرار می گیرند. بیمارگرها در مراحل مختلف رشد از مرحله گیاهچه تا مرحله برداشت میوه می توانند گیاهان را بیمار کنند، در نتیجه میزان تولید و کیفیت محصول به کنتر ل دقیق بیمارگرها بستگی دارد. از باکتری های بیماری زایی که به کدوییان حمله کرده و باعث خسارت و کاهش عملکرد در محصول می شوند، می توان بهpseudomonas syringae pv. lachrymans ،erwinia tracheiphila ،acidovorax avenae subsp. citrulli ،pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum ،pseudomonas marginalis pv. marginalis ، pseudomonas viridiflava ، p. s. pv syringae، p. s pv. aptata، xanthomonas cucurbitae ، xanthomonas melonis ، serratia marcescense،pantoea ananatis وsphingomonas melonis اشاره کرد. ایران بر طبق آمار fao در سال 2010 رتبه ی دوم را در جهان از نظر تولید هندوانه و خیار و رتبه پنجم را به سبب تولید کدو دارا بوده است. با در نظر گرفتن اهمیت و گستردگی کشت گیاهان خانواده کدوییان در ایران و گزارش هایی مبنی بر کاهش عملکرد و خسارت توسط این باکتری ها در این خانواده و هم چنین به دلیل این که هنوز اطلاعات جامعی در مورد باکتر ی های بیماری زا در این خانواده در ایران در دست نیست، در تابستان و پاییز سال 90-1389 از مزارع کدوییان در استان های آذربایجان شرقی، اصفهان، البرز، زنجان و خوزستان نمونه های دارای علایم مشکوک جمع آوری شدند. پس از جداسازی، خالص سازی و انجام آزمون های بیوشیمیایی، بیماری زایی و هم چنین تعیین توالی نواحی 16s rdna، its1، its2 و ژن rpod، جدایه های بررسی شده به p. syringae pv. aptata غیر فلورسنت، ralstonia pickettii، serratia marcescens با رنگدانه قرمز،sp. pantoea، sphingomonas sp. و خانواده enterobacteriaceae متعلق بودند. با توجه با این که تاکنون فقط بیمارگرهای p. s pv. lachrymans و p. marginalis در ایران از کدوییان گزارش شده اند به نظر می رسد غیر فلورسنت بودن جدایه های p. s pv. aptata و هم چنین جنس pantoea و sphingomonas برای اولین بار در ایران و r. pickettii و s. marcescens با رنگدانه قرمز برای اولین بار در دنیا از کدوییان گزارش می شود.

بیماری جاروک لیموترش توسط candidatus phytoplasma aurantifolia ایجاد شده و یکی از مخرب ترین بیماری های لیموترش در مناطق گرم جنوبی کشور به شمار می رود و سالیانه هزاران درخت را نابود می کند. روش های قدیمی از قبیل حذف درختان آلوده و کنترل حشره ناقل قابلیت محدودی در مدیریت بیماری دارند. امروزه بیوتکنولوژی مولکولی روش های جدید و موثری برای کنترل بیمارگرها در گیاهان فراهم کرده که امکان تولید گیاهان تراریخت مقاوم به فیتوپلاسما یکی از این موارد می باشد. تولید گیاه مقاوم به بیمارگر با کمک آنتی بادی، بر اساس بیان آنتی بادی های نوترکیب متصل شونده به پروتئین های ضروری و حیاتی بیمارگر و جلوگیری از گسترش آن در گیاه است. در مطالعه حاضر تولید و تعیین خصوصیات آنتی بادی های نوترکیب scfv اختصاصی علیه پروتئین غشایی فیتوپلاسمای عامل جاروک لیموترش انجام گرفت. پروتئین immunodominant membrane protein (imp) در سطح غشاء فیتوپلاسما قرار دارد و نقش ضروری در ایجاد بیماری بیمارگر در گیاه میزبان و حشره ناقل (hishimonus phycitis) دارد. در این تحقیق ژن رمزکننده imp عامل بیماری جاروک لیموترش با استفاده از آغازگرهای اختصاصی تکثیر گردید. سپس ژن مورد نظر در ناقل بیانی pet28a همسانه سازی شد و پروتئین نوترکیب در باکتری e. coli سویه bl21 بیان گردید. خالص سازی پروتئین در شرایط طبیعی با روش کروماتوگرافی تمایلی انجام شد. بیان موفق و مراحل خالص سازی به وسیله sds-page و سپس آنالیز وسترن بلات تأیید گردید. پروتئین نوترکیب برای ایمنی زایی خرگوش و تولید آنتی بادی چند همسانه ای اختصاصی و همچنین غربالگری کتابخانه-های نمایش فاژی جهت تهیه آنتی بادی های نوترکیب single-chain variable fragment (scfv) استفاده شد. پس از خالص سازی آنتی سرم حاصل از خرگوش، آنتی بادی با آنزیم آلکالین فسفاتاز نشاندار شد. نتایج آزمایش های سرولوژیکی بلاتینگ و das-elisa موید کارکرد موثر و دقیق آنتی بادی پلی کلونال تولید شده برای شناسایی فیتوپلاسمای عامل بیماری جاروک لیمو ترش بود. تکنیک نمایش فاژی امکان انتخاب آنتی-بادی های نوترکیب ویژه علیه یک آنتی ژن خاص را فراهم کرده است. پروتئین imp نوترکیب جهت پنینگ کتابخانه های نمایش فاژیtomlinson i&j استفاده شد و در نهایت 96 کلنی انتخاب و توانایی تولید آنتی بادی نوترکیب ( scfv) توسط آنها با آزمون های الایزا و ایمنوبلات بررسی شد. آنتی بادی های نوترکیب تولید شده در آزمون الایزا جهت شناسایی نمونه های گیاهی آلوده به جاروک لیموترش و پروتئین imp نوترکیب استفاده گردید و اختصاصی بودن آنتی باد های نوترکیب منتخب تأیید شد. در نهایت ژن آنتی بادی نوترکیب scfvimp6 که اختصاصیت و قابلیت اتصال بالا به پروتئین imp داشت، برای بیان موقت در گیاه nicotiana benthamiana انتخاب شد. ژن رمزکننده این آنتی بادی در ناقل بیانی گیاهی (ptra) تحت کنترل پروموتر دائمیcauliflower mosaic virus (camv) 35s یا پروموترcoconut foliar decay virus (cfdv) اختصاصی آوند آبکش در سازه های ژنی با یا بدون سیگنال پپتید قرار گرفت و بیان پروتئین در سیتوسول یا آپوپلاست سلول گیاهی بررسی شد. سازه های ژنی با agroinfiltration در گیاه n. benthamiana به صورت موقت بیان شدند. در آنالیزهای ایمونوبلات آنتی بادی هایی با اندازه پیش-بینی شده ردیابی شد. آنتی بادی های بیان شده در گیاه با کروماتوگرافی تمایلی خالص سازی شدند و توانایی اتصال آن ها به imp با آزمون الایزا تأیید گردید. نتایح این مطالعه نشان داد که با کارایی و پایداری مشاهده شده در بیان موقت، به نظر می رسد که آنتی بادی scfv حاصل می تواند پس از انتقال پایدار به گیاه لیموترش به خوبی بیان شود و کاندیدای مناسبی برای ممانعت از بیماری جاروک در گیاه باشد.

بیمارگرهای گیاهی خاکزاد همه ساله خسارت های زیادی را ایجاد می کنند و مدیریت آن ها به دلیل ماهیت خاکزی بودن آن ها مشکل می باشد. قارچ عامل پوسیدگی ذغالی خربزه یکی از مهمترین قارچ های خاکزی می باشد که شدت بیماری ناشی از آن در شرایط تنش خشکی و دماهای بالا افزایش می یابد. استفاده از ارقام مقاوم و کنترل بیولوژیکی از راه کارهای موثر کنترل می باشد. گونه های قارچ تریکودرما از قارچ های رشته ای مفید که به عنوان مهمترین عوامل بیوکنترل بیمارگر های خاکزی و تقویت کننده رشد شناخته شده اند. القای جهش تصادفی با اشعه گاما که باعث شکستن برخی ژن ها و در نتیجه ایجاد تنوع ژنتیکی می گردد، از راه کارهای دست ورزی ژنتیکی برای افزایش خاصیت آنتاگونیستی به شمار می رود. در این پژوهش القای جهش با اشعه گاما در دستگاه گاماسل با نرخ 23/0 گری در ثانیه و دز بهینه 250 گری در ثانیه روی قارچ trichoderma harzianum 65 انجام پذیرفت و 24 جدایه از این جدایه مادری(تیپ وحشی) انتخاب شدند. مطالعه روی این جدایه ها در طی سه مرحله بررسی تنوع ژنتیکی، ارزیابی خواص آنتاگونیستی با استفاده از سه آزمون کشت متقابل، متابولیت های فرار و عصاره های خارج سلولی علیه چهار قارچ بیمارگر مهم خاک برد و بررسی تیمار خاک با جدایه های جهش یافته برتر و جدایه مادری جهت بیوکنترل بیماری پوسیدگی ذغالی خربزه در سطح گلخانه انجام پذیرفت. نتایج حاصل از بررسی تنوع ژنتیکی با استفاده از نشانگرهای مولکولی در سطح تشابه ?84 جدایه ها را به سه گروه جدایه مادری، جدایه های جهش یافته 9th و 17th و بقیه جدایه های جهش یافته تقسیم کرد که در آن جدایه مادری بر اساس پتانسیل آنتاگونیستی از دو گروه جهش یافته ها تفکیک گردید. در بررسی خاصیت آنتاگونیستی به صورت درون شیشه ای جدایه های تریکودرما علیه چهار قارچ بیمارگر خاک برد جدایه های 9 th ،4th،15th،1th ،11th و 22th به عنوان جدایه برتر شناخته شده و جدایه های 9th، 4th،1th و11th برای بررسی های گلخانه ای بیوکنترل در قالب طرح بلوک کامل تصادفی در چهار تکرار انتخاب شدند. در آزمون های گلخانه ای شاخص های وزن تر و خشک ریشه و قسمت های هوایی و درصد مرگ و میر مورد بررسی قرار گرفت. نتایج حاصل از دو آزمایش گلخانه نشان داد دو جدایه 1 th و 9 th هم از نظر افزایش رشد و هم از نظر آنتاگونیستی تفاوت معنی داری با شاهد سالم و شاهد آلوده به ویژه از نظر شاخص های وزن تر و خشک ریشه و درصد مرگ و میر نشان می دهند واین جدایه ها به عنوان جدایه های برتر معرفی می گردند.

بیماری های زردی ناشی از ویروس های قابل انتقال با سفیدبالک در مزارع کشت کدوییان و گلخانه اهمیت زیادی داشته و به کدوییان مناطق وسیعی از جهان خسارت زیادی وارد می کنند. دو کراینی ویروس قابل انتقال با سفید بالک cysdv و ccyv از عوامل ایجاد کننده زردی در کدوییان هستند. اگرچه cysdv از استان بوشهر گزارش شده، اطلاعات جامعی از وجود آن در سایر مناطق کشت کدوییان ایران وجود ندارد. از این رو در این تحقیق پراکنش جغرافیایی و تنوع ژنتیکی این ویروس تعیین شد. علاوه بر این وقوع سایر ویروس های عامل زردی بررسی شد. با استفاده از آزمون انتقال ، rt-pcr و تعیین توالی، ccyv در برخی مناطق کشت کدوییان در ایران تشخیص داده شد و رابطه مولکولی این ویروس با cysdv و سایر کراینی ویروس ها بررسی شد. همچنین در این تحقیق واکنش برخی توده های بومی خربزه به cysdvمورد بررسی قرار گرفت. با توجه به منابع نادر مقاومت به cysdv در خربزه و خیار در این مطالعه بیان موضعی سازه های ایجاد کننده ساختارهای سنجاق سری جهت القاء مقاومت در خربزه و خیار مورد ارزیابی قرار گرفت. در این تحقیق 366 نمونه شامل خربزه ، خیار ، خیار چنبر و کدو دارای علائم ویروس کوتولگی زرد کدوییان از 10 استان، با استفاده ازآزمون غیرمستقیم elisa با آنتی بادی cysdv مورد ارزیابی قرار گرفتند و آلودگی نمونه ها توسط آزمون rt-pcr تایید شد. نتایج نشان دهنده آلودگی 309 نمونه از 366 نمونه به cysdv بود. این ویروس در بسیاری مناطق جنوبی و مرکزی ایران شناسایی شد. توالی ژن رمز کننده پروتئین پوششی جدایه های ایرانی cysdv تعیین و آنالیز فیلوژنتیکی انجام شد. درخت فیلوژنتیکی ترسیم شده به روش نزدیک ترین همسایه (neighbor joining) نشان داد که جدایه های ایرانی تشکیل یک خوشه داده و در زیر گروه شرقی قرا می گیرند. زیر گروه شرقی cysdv به دو زیر شاخه مجزا شامل جدایه های ایران وجدایه های عربستان تفسیم شدند. تشابه میان جدایه های ایرانی بیش از 99 درصد بود. میانگین فاصله ژنتیکی جدایه های ایران 008/0 و 004/0 به ترتیب در سطح نوکلئوتیدی و آمینواسیدی بود و مقایسه توالی cp cysdv نشان دهنده مقدار متغیری از dn-ds بین 75/2- تا 04/1 بود. مقدار dn-ds در اکثر موقعیت ها منفی بود که نشان دهنده نقش انتخاب منفی در تکامل پروتئین پوششی cysdv بود. آنالیز فیلوژنتیکی نشان دهنده تنوع ژنتیکی پایین جدایه های بود. استفاده از آغازگر اختصاصی ccyv در آزمون rt-pcr منجر به تکثیر قطعه مورد انتظار در نمونه های ایوانکی و برخی نمونه های ورامین و بوشهر شد. این اولین گزارش از وقوع آلودگی ccyv در ایران است. توالی ژن رمز کننده پروتئین پوششی جدایه های ایرانی ccyv تعیین و آنالیز فیلوژنتیکی انجام شد. میانگین فاصله ژنتیکی جدایه های ccyv تمام مناطق جهان بر اساس توالی آمینواسیدی cp 055/0 بود. درخت فیلوژنتیکی ترسیم شده به روش نزدیک ترین همسایه (neighbor joining) نشان داد که جدایه های ccyv در دو گروه قرار می گیرند، گروه i شامل جدایه های چین، لبنان، ژاپن، سودان و تایوان و گروه ii شامل جدایه های ایران. در بین جدایه های ایران، جدایه ایوانکی از سایر جدایه ها متفاوت بود و در گروهی مجزا از جدایه های بوشهر و ورامین قرار گرفت. درخت فیلوژنتیکی ترسیم شده بر اساس توالی آمینو اسیدی پروتئین پوششی به روش نزدیک ترین همسایه (neighbor joining) نشان داد که جدایه های ccyv رابطه نزدیک با lcv دارند و ccyv، cysdv، lcv و bnydv در یک گروه قرار گرفتند در حالی که bpyv که عامل بیماری زردی در کدوییان بوده و علایم مشابه ccyv و cysdv در گیاهان تیره کدو ایجاد می کند در گروه دیگری قرار گرفت. بکارگیری واریته های مقاوم بهترین راه مدیریت خسارت ناشی از ویروس ها است. در تحقیق حاضر واکنش 25 توده بومی خربزه و طالبی (cucumis melo) جمع آوری شده از مناطق مختلف ایران تحت شرایط مایه زنی کنترل شده به جدایه بوشهر cysdv ارزیابی شدند. مایه زنی بوته ها در مرحله سه برگی توسط سفید بالک bemisia tabaci حامل ویروس انجام و واکنش نمونه های فوق بر اساس میانگین شدت شاخص بیماری 8 هفته پس از مایه زنی، زمان ظهور علایم (درصد آلودگی 20 روز پس از مایه زنی) و میانگین جذب در آزمون الیزا 8 هفته پس از مایه زنی مورد ارزیابی قرار گرفت. تنها دو نمونه چروک زرد و تیل زرد تاخیر در ظهور علایم، شاخص شدت بیماری پایین و میزان جذب پایین در آزمون الیزا نشان دادند و بر این اساس مقاوم به ویروس و متحمل به بیماری قلمداد شدند. در این تحقیق برای بررسی امکان ایجاد مقاومت از طریق مقاومت پاتوژن زاد (مقاومت ناشی از خاموشی آر ان ای) ازorf1b که ژن رمز کننده rdrp و orf3 که کد کننده مهار کننده خاموشی آر ان ای (vsr) می باشد سه سازه مورد استفاده قرار گرفت. در سازه c1 که به عنوان شاهد مورد استفاده قرار گرفت هیچ ترادفی از cysdv وجود نداشت. سازه c2 بخشی از ترادف های rdrp و vsr ویروس کوتولگی زرد کدوییان در جهت سنس، سازه c3 بخشی از ترادف های rdrp و vsr به صورت سنس- اینترون- آنتی سنس داشت. سازه ها به نحوی طراحی شدند که محصول ترانویسی سازه c2 به صورت mrna تک رشته ای و محصول ترانویسی سازه c3 ام آر ان ایی خواهد بود که ساختار سنجاق سری تشکیل می دهد. این سازه ها ابتدا در حامل hannnibal ساخته شد و سپس به حامل pfgc5941 که یک حامل برای بیان ژن در گیاه است منتقل شد. در مورد c3 علاوه بر این به حامل part27 نیز منتقل شد. این سازه ها در گیاه با استفاده از روش تراریختی موضعی ( تزریق اگروباکتری با سر نگ به بافت برگ) مورد ارزیابی قرار گرفتند. ارزیابی بر اساس ظهور علایم و میانگین جذب در آزمون الیزا 4 هفته پس از مایه زنی انجام شد. آلودگی 100 در صدی پس از مایه زنی ویروس با استفاده از سفید بالک (b. tabaci) در گیاهان تزریق شده با هر سه سازه مشاهده شد. اگرچه در برخی گیاهان تزریق شده با سازه c3 مقدار جذب در آزمون الیزا مقداری کمتر از سایر گیاهان بود با اینحال در آزمون آماری اختلاف معنی داری بین سازه های مختلف مشاهده نشد. بر اساس نتایج به دست آمده در این پژوهش به نظر می رسد بیان موضعی بخشی از متوقف کننده خاموشی آر ان ای (vsr) در کنار بخشی از ژن rdrp تاثیری در ایجاد مقاومت به ویروس نداشت.

زوال درختان جنگلی بیماری پیچیده ای است که نمی توان آن را تنها به یک عامل نسبت داد. نمونه برداری های اخیر شواهدی مبنی بر بروز اپیدمی جدید در درختان بلوط جنگل های شمال ایران دارد. به همین منظور از درختانِ بلوطِ آلوده به شانکر مناطق مختلف، پرگنه های باکتریایی جدا و برای شناسایی و اثبات بیماریزایی مورد آزمون های بیوشیمیایی، فیزیولوژیکی، مولکولی و الکتروفورز پروتئین قرار گرفتند. جدایه های به دست آمده از شانکر درختانِ بلوط گرم منفی، بی هوازی اختیاری، اکسیداز منفی، کاتالاز مثبت، قادر به احیاء نیترات نبوده، ایندول منفی، آرژنین د هیدرولاز ، لسیتیناز و پروتئاز منفی بودند. هیچ کدام از جدایه ها قادر به استفاده از مزو اریتریتول ، ال- تارتارات و مالتوز نبودند. همه ی جدایه ها قادر به استفاده از ال- آرابینوز، فروکتوز، گالاکتوز، ال- رامنوز، مانوز، سدیم- دی گلوکانات، سوکروز، دی- سوربیتول، تریگونلین، مانیتول، گلیسرول و تری سدیم سیتریک اسید بوده و همچنین جدایه ها در استفاده از ملیبیوز، ترهالوز، دی- زایلوز، آلفا-دی- متیل گلایکوزید، آمیگدالین، رافینوز، دی- آرابینوز متغیر عمل نمودند. با توجه به توصیفات فوق به نظر می رسد که جدایه های مورد بررسی در این تحقیق از نظر صفات فنوتیپی بیشترین شباهت را به اعضاء خانواده enterobacteriaceae و بویژه جنس brenneria داشته باشند، هرچند که تفاوت هایی نیز وجود دارد. الکتروفورز پروتئین جدایه های منتخب نمایانگر وجود تفاوت هایی هرچند اندک در میان آنها بود، به طوریکه می توان از آن برای دسته بندی جدایه ها بهره برد. نتایج حاصل از تکثیر زیر واحد کوچک ار. ان. ا ریبوزومی و ژن خانه داری gyrb و توالی یابی آنها نشان داد که جدایه های مورد بررسی متعلق به گونه های b. goodwinii و dickeya dianthicola هستند. براساس تجزیه و تحلیل خوشه ای 60 باند حاصل از آغازگرهای rep-pcr، جدایه های مورد مطالعه در سطح تشابه 80 درصد در سه گروه قرار گرفتند. گروه اول: شامل باکتری های b.goodwinii از ساری استان مازندران و علی آباد استان گلستان، گروه دوم شامل باکتری های b.goodwinii با اثر انگشت ژنتیکی متفاوت از هر دو استان و گروه سوم شامل جدایه هایی از کردکوی و علی آباد استان گلستان که مخلوطی از دو گونه b. goodwinii وd. dianthicola است. این نشانگر توانست جدایه های مورد مطالعه را برحسب ویژگی های فنوتیپی و ژنوتیپی ای (تعیین توالی ناحیه 16sr rdna و ژن gyrb) که از قبل محرز گشته بود و تا حدودی از نقطه نظر ناحیه ی جغرافیایی تفکیک کند. با توجه به نتایج آزمون بیماریزایی و مدارک موجود به نظر می رسد b. goodwinii با کلنی های مایل به رنگِ کرم، گرد، محدب و با حاشیه صاف روی محیط آگار غذایی- سوکروز، احتمالا یکی از عوامل شانکر درختان بلوط جنگل های شمال ایران باشد. با عنایت به موارد ذکر شده این مورد اولین گزارش از وجود چنین گونه باکتریایی از ایران است.

جنس alternaria یکی از فراوان ترین جنس های قارچی است که در مکان های متنوعی در سراسر دنیا یافت می شود و شامل گونه های بیماری زای گیاهی و پوده زی است که باعث وارد شدن خسارت به بسیاری از گیاهان و یا موجب فساد محصولات کشاورزی پس از برداشت می گردند. میزان خسارت در گونه های بیماریزای گیاهی متغیر است. تعدادی از گونه های این جنس بیماریزای گیاهان بوده و بیماریهای مهم و اقتصادی را در تعدادی ازگیاهان ایجاد می کنند. برخی از گونه ها به صورت پوده زی زندگی کرده و به دلیل تولید توکسین در مواد غذایی یا علوفه ها اهمیت زیادی دارند و تعدادی از آنها بیمار یزای انسان و دیگر جانوران بوده و از عوامل مهم ایجاد حساسیت محسوب می شوند. این جنس بر اساس تعداد کل میزبان های ثبت شده در ردیف دهم در بین 2000 جنس قارچی بیماری زا قرار می گیرد. چندین گونه از جنس alternaria به عنوان عوامل مفید کنترل بیولوژیکی در کنترل بعضی از علفهای هرز و قارچ های بیماری زای گیاهی گزارش شده اند. در این مطالعه با استفاده از توالی ریبوزومی its تعداد 21 جدایه از چهار گونه alternaria arborescens، a.raphani، a. brassicicola و a. alternata با روش های اتصال همسایه، بیزین، درست نمایی بیشینه و صرفه جویی بیشینه مورد آنالیز فیلوژنتیکی قرار گرفت که در این میان، روش اتصال همسایه به عنوان بهترین روش برای تجزیه و تحلیل فیلوژنتیکی مورد استفاده قرار گرفت. جدایه های مورد مطالعه 5 گروه جداگانه را تشکیل دادند. جدایه های کوچک هاگ گونه های a. arborescens و a. alternata که مربوط به گروه گونه ای alternata می باشند از همدیگر تفکیک نشدند. جدایه های a. raphani و a. brassicicola هر کدام تشکیل یک گروه جداگانه دادند. جدایه a.raph10 از گونه a. raphani که تشکیل یک گروه مجزا داد، دارای تشابه فراوانی با گونه a. infectoria و دو جدایه a.raph7 و a.raph8 دارای تشابه زیادی با جنس ulocladium بودند. نتایج این پژوهش نشان داد که توالی ریبوزمی its قادر است برخی از گونه های alternaria را از هم تفکیک کند و همچنین تنوع ژنتیکی برخی گونه ها مانند a. raphani را به وضوح ارایه نماید.

پوسیدگی ذغالی ریشه با عامل macrophomina phaseolina یکی از مهم¬ترین بیماری¬های خربزه است. نشان¬ داده شده است باکتری¬های ارتقاء¬دهنده رشد گیاه plant growth promoting rhizobacteria (pgpr) که در ارتباط نزدیکی با ریشه گیاه زندگی می¬کنند، برای رشد و کنترل بیماری گیاه مفید هستند. به منظور بررسی این موضوع، ?? جدایه باکتری از خاک ریزوسفر گیاهان خربزه روی محیط کشت غذایی دارای آگار جدا و خالص¬سازی شد. از میان آن¬ها ? جدایه توانایی آنتاگونیستی بالایی (??/?? الی ??/?? درصد) در آزمون کشت متقابل اولیه علیه قارچ عامل بیماری نشان دادند. نتایج بررسی¬های تکمیلی نشان داد در آزمون تولید آنتی بیوتیک جدایه¬های b2، b11 و b12 با ??? درصد، در بررسی تأثیر تولید متابولیت¬های فرار ضدقارچی جدایه ¬b2 با ??/?? درصد و در آزمون بررسی ترشحات مایع برون یاخته¬ای در غلظت ?? درصد جدایه b2 با ??/?? درصد قادر به بیشترین بازداری رشد رویشی قارچ بیمارگر بود و برای مطالعه در شرایط گلخانه¬ای انتخاب شد. ارزیابی غلظت¬¬های مختلف کربوکسی تیرام بر جدایه های باکتری نشان داد حتی غلظت 5/1 در هزار¬ قارچ¬کش فاقد اثر ضدباکتریایی بود، در نتیجه می¬توان از آن به مقدار کمتری در ترکیب با جدایه-های باکتری آنتاگونیست استفاده نمود که از نظر محیط زیستی نیز ایمن است. مطابق با نتایج آزمون¬های فیزیولوژیکی و بیوشیمیایی افتراقی همه جدایه¬ها در جنس bacillus sp. قرار گرفتند. شناسایی چهار جدایه برتر (b2, b11, b12, bkn) به کمک تجزیه و تحلیل ناحیه gyr a صورت گرفت. نتایج نشان داد این جدایه¬ها متعلق به گونه b. amyloliquefaciens هستند. این چهار جدایه آنتاگونیست به صورت تیمار بذری در آزمون گلخانه استفاده شد. گونه b. amyloliquefaciens b2 هم در حضور عامل بیماریزا و هم در غیاب آن در مقایسه با شاهد موجب افزایش شاخص¬های رشد گیاه شد. ارزیابی جمعیت این باکتری¬های آنتاگونیست در آزمون گلخانه نشان داد جمعیت آنتاگونیست بعد از تلقیح به خاک افزایش یافت. در بررسی اثر دو نوع فرمولاسیون این آنتاگونیست در ارتقاء رشد گیاه نیز مشخص شد آنتاگونیست فرموله شده با میکروکپسول در شاخص وزن تر اندام هوایی و ریشه به ترتیب با ??/?? و ??/?? درصد و آنتاگونیست فرموله شده با cmc و نیز فرموله¬شده با میکروکپسول در شاخص وزن خشک ریشه با ??/?? درصد افزایش در مقایسه با شاهد که فاقد آنتاگونیست بود، بیشترین تأثیر را در ارتقاء رشد گیاه داشت. در بررسی اثر بیوکنترلی فرمولاسیون ها نیز مشخص شد در شاخص های وزن تر اندام هوایی و ریشه، وزن خشک اندام هوایی و ریشه آنتاگونیست فرموله شده با میکروکپسول به ترتیب با ??/??، ??/??، ??/?? و ??/?? درصد افزایش در مقایسه با شاهد که دارای قارچ بیمارگر به تنهایی بوده، بیشترین تأثیر را روی شاخص های گیاه داشت. نتایج بررسی پایداری فرمولاسیون¬ها نشان داد فرمولاسیون میکروکپسول نگهداری¬شده در دمای اتاق بهتر از سایر موارد بود و بعد از گذشت 24 هفته تراکم جمعیت باکتری در دمای اتاق ??3 بود. با توجه به نتایج حاصل از این پژوهش، می-توان از جدایه های باسیلوس به عنوان روش تکمیلی و در تلفیق با سایر روش ها از جمله کنترل شیمیایی برای کنترل این بیماری استفاده کرد.

گوجه¬فرنگی از لحاظ اقتصادی مهمترین، و از لحاظ میزان تولید دومین محصول کشاورزی ایران است. ویروس پیچیدگی¬زرد برگ گوجه¬فرنگی (tylcv) مهمترین بیمارگر ویروسی این محصول در مناطق گرمسیر، نیمه¬گرمسیر و گلخانه¬ها به شمار می-رود به طوری¬که در برخی مواردتمام محصول را ازبین می¬برد. به منظور تولید آنتی¬بادی و تهیه کیت تشخیص و ردیابی این ویروس مهم، پروتئین پوششی ویروس جهت بررسی بیان در سیستم بیانی pet-e.coli مورد استفاده قرار گرفت. ژن رمز کننده پروتئین پوششی در ناقل بیانی pet26b(+) همسانه¬سازی گردید و پس از توالی¬یابی و اطمینان از صحت همسانه¬سازی جهت بیان به سویه¬های bl21(de3) و(de3) rosetta باکتری e.coli منتقل شد. با وجود تلاش فراوان و القا در غلظت¬های مختلف iptg در دماها و زمان¬های متفاوت، به دلایل نامشخص، میزانی از بیان که قابل استخراج جهت استفاده به عنوان آنتی¬ژن باشد مشاهده نشد. در ادامه تلاش برای تولید آنتی¬بادی علیه ویروس جهت تهیه کیت تشخیصی، پروتئین حرکتی همسانه¬سازی شده ویروس از باکتری استخراج و به خرگوش تزریق شد. آنتی¬سرم تهیه شده، به منظور بررسی کارایی در تشخیص ویروس در آزمون¬های وسترن¬بلات و الایزا مورد استفاده قرار گرفت. در آزمون وسترن¬بلات باند 13 کیلو دالتونی مربوط به پروتئین حرکتی ویروس ردیابی شد. در آزمون الایزا با وجود میزان جذب بیشتر در نمونه¬های گیاهان آلوده، اختلافات مقدار جذب در گیاه سالم و آلوده از لحاظ آماری معنی دار نبود. این نتایج نشان می¬دهند که سیستم معمول pet-e.coli برای بیان پروتئین پوششی این ویروس کارایی ندارد. همچنین آنتی¬سرم تولید شده علیه پروتئین حرکتی، برای آنالیزهای وسترن بلات در گیاهان آلوده مناسب¬تر است و برای استفاده در آزمون الایزا نیاز به استخراج آنتی بادی دارد.

ویروس های وای و پیچیدگی برگ سیب زمینی از جمله ویروس های مخربی هستند که باعث کاهش 90-10 درصد عملکرد و کیفیت غده های سیب زمینی می شوند. در پژوهش حاضر کارآیی روش های برق درمانی، گرما درمانی، کشت مریستم، گرما درمانی توأم با کشت مریستم و برق درمانی توأم با کشت مریستم در گیاهچه های دو رقم اگریا و مارفونا آلوده به ویروس وای یا ویروس پیچیدگی برگ سیب زمینی در دو محیط رشد مختلف (شامل اتاق رشد و مزرعه) برای دو نسل بررسی شدند. این بررسی به صورت آزمایش فاکتوریل در قالب طرح بلوک های کامل تصادفی اجرا و برای روش های حذف ویروس، محیط های رشد و نسل های مورد مطالعه نیز از تجزیه مرکب استفاده شد. میزان حذف ویروس ابتدا با آزمون الایزا و سپس با آر تی. پی سی آر ارزیابی شد. همچنین درصد باززایی گیاه و صفات مهم زراعی شامل طول ساقه، قطر ساقه، وزن تر ساقه، تعداد گره، فاصله میانگره، تعداد غده، متوسط وزن غده و وزن کل غده ها در گیاهچه های عاری از ویروس بررسی شدند. از لحاظ کارآیی حذف ویروس، روش گرما درمانی توأم با کشت مریستم در هر دو محیط رشد و دو نسل مورد بررسی به عنوان کار آمدترین روش حذف ویروس ارزیابی شد. همچنین بمنظور نتیجه گیری بهتر، صفتی تحت عنوان کارآیی کل هر روش حذف ویروس (درصد حذف ویروس × درصد باززایی × تعداد ریز غده) تعریف و بررسی شد. در مجموع در نسل v0، روش گرما درمانی توأم با کشت مریستم بیشترین کارآیی کل را داشت و در نسل v1، روش کشت مریستم بیشترین کارآیی کل را به خود اختصاص داد. نهایتاً با ارزیابی مجموع کارآیی کل در دو نسل v0 و v1، روش کشت مریستم به عنوان روشی که بیشترین گیاه عاری از ویروس را تولید خواهد کرد، شناخته شد. با توجه به آنالیز های علت و معلولی که در این تحقیق انجام گرفت، با لحاظ داشتن اهمیت تعداد ریز غده تولیدی در هر گیاه عاری از ویروس، چنین نتیجه گیری شد که صفت تعداد گره در ساقه، موثر ترین صفت بر تعداد ریز غده می باشد.

گندم با نام علمی triticum aestivum یکی از گیاهان مهم تیره گندمیان (poaceae) می¬باشد. زنگ سیاه یا زنگ ساقه گندم که توسط عامل قارچی puccinia graminis f. sp. tritici ایجاد می¬شود، یکی از بیماری-های مخرب گندم است که خسارت زیادی به محصول گندم در سراسر دنیا می¬تواند وارد می¬کند. در سال 1998، نژاد جدیدی از بیمارگر به نام ttksk در کشور اوگاندا دیده شد که در برابر ژن sr31 میزبان قابلیت پرآزاری داشت. این نژاد در سال 2007 در ایران در استان لرستان و همدان دیده¬شد. در این تحقیق، از جدایه جمع¬آوری¬شده این نژاد از دشت آزادگان استفاده شد. نژاد بیمارگر با استفاده از ارقام و لاین¬های افتراقی دریافتی از سیمیت و ایکاردا به عنوان ttssk تعیین شد. تفاوت این نژاد با نژاد ug99 در پرآزاری در برابر ژن¬های مقاومت sr36 و sr17 بود. از آنجایی¬که این نژاد در برابر ژن sr31 قابلیت پرآزاری داشت، می¬توان آن را یکی از واریانت¬های ttksk در نظر گرفت. واکنش گیاهچه¬ای 62 نمونه¬ژنتیکی گندم بومی دریافتی از بانک ژن ملی گیاهی ایران در برابر نژاد ttssk مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج نشان داد که نمونه¬های بومی به سه گروه حساس (37 درصد)، نیمه¬مقاوم (26 درصد) و مقاوم (37 درصد) تفکیک شدند. محاسبه مقادیر audpc و raudpc نشان داد که بهترین زمان برای شروع اندازه¬گیری مقدار بیماری به منظور محاسبه audpc، 14 روز پس از مایه¬زنی و پس از آن بود. همچنین بین مقدار audpc و واکنش حساسیت و مقاومت رابطه مستقیم وجود داشت. ردیابی ژن¬های مقاومت موثر در برابر ug99 از جمله؛ sr2، sr13، sr22، sr24، sr25، sr26، sr35، sr36، sr39، sr52، srweb و srcad با استفاده از نشانگرهای ssr انجام شد. نتایج نشان داد از 28 نمونه مقاوم بررسی شده، هیچ¬یک حامل ژن ¬های مقاومت sr2، sr24 و sr26 نبودند. حضور ژن¬های مقاومت sr22، sr25، sr35 وsr36 در بعضی از نمونه¬های ژنتیکی بومی ایران تایید شد. حضور ژن مقاومت sr2 در تعداد 21 نمونه ژنتیکی حساس در مرحله گیاهچه¬ای اما مقاوم در مرحله گیاه بالغ، مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد که نمونه¬های ژنتیکی kc-137، kc-138 و kc-139 حامل ژن sr2 بودند. تغییرات بیان ژن دفاعی بتا- 1و 3- گلوکاناز گندم در برهمکنش گندم- زنگ ساقه با استفاده از real-time pcr مورد ارزیابی قرار گرفت. در این بررسی از ژن¬های بتا توبولین و ef1? به عنوان کنترل داخلی استفاده شد. نتایج نشان داد که حداکثر میزان بیان ژن دفاعی بتا- 1و 3- گلوکاناز در برهمکنش سازگار 12 ساعت و در برهمکنش ناسازگار 24 ساعت پس از مایه¬زنی با بیمارگر بود و پس از آن میزان بیان به شدت کاهش یافت. با توجه به حضور ug99 در ایران و تغییرات نژادی بیمارگر، آگاهی از ژنتیک مقاومت ارقام و نمونه¬های ژنتیکی بومی و به کارگیری ژن¬های مقاومت موثر در برنامه¬های اصلاح گندم در جهت تولید ارقام مقاوم می¬تواند راهکار مناسبی برای کنترل موثر بیماری باشد. در تحقیق حاضر منابع جدیدی از مقاومت در مرحله گیاهچه¬ای و بلوغ شناسایی و معرفی شد که می¬تواند در تحقیقات آینده مورد استفاده قرار گیرد.

گل محمدی و سیب بومی از محصولات مهم و اقتصادی تیره گل¬سرخیان در ایران می¬باشند. چندین ویروس می¬ توانند این دو محصول مهم را آلوده کنند؛ به رغم انجام پژوهش¬های پراکنده تا کنون مطالعه جامعی به منظور بررسی و شناسایی ویروس¬های این محصولات در ایران انجام نگرفته است. از اینرو هدف پژوهش حاضر بررسی پراکنش سه ویروس مهم آلوده کنند گل محمدی، شامل ویروس موزائیک سیب (apmv)، ویروس موزائیک آرابیس (armv) و لکه حلقوی بافت مرده هسته داران (pnrsv) و همچنین تعیین ترادف قسمت¬ هایی از توالی ژنوم جدایه های pnrsv می باشد. بعلاوه آلودگی به ویروس ساقه گودکی سیب(aspv) ، ویروس لکه سبزرد برگ سیب(aclsv) ، ویروس ساقه شیاری سیب(asgv) و ویروس موزائیک سیب در مناطق عمده تولید سیب بومی ایران بررسی شد. در مجموع 749 نمونه برگی طی دو سال زراعی 1391 و 1392 از گلستان ¬های واقع در استان های اصفهان، کرمان و مرکزی بصورت تصادفی جمع آوری شد. آلودگی این نمونه¬ ها به pnrsv، armv و apmv با استفاده از آزمون الیزا بررسی و نتایج نشان داد که در سال زراعی 1391، 41/4% از نمونه ها به armv، 20/2% از نمونه ها به apmvو 3/6% از نمونه ها به pnrsv و در سال زراعی 1392، 31/2% از نمونه ها به armv ، 32/5% از نمونه ها به apmv و 16/4% از نمونه ها به pnrsv آلوده بودند. آلودگی نمونه¬ها به pnrsv توسط آزمون pcr-rt تایید شد و توالی ژن رمزکننده پروتئین پوششی جدایه¬های ایرانیpnrsv تعیین و تجزیه و تحلیل فیلوژنتیکی شد. چهار جدایه ی تعیین توالی شده در این پژوهش در سطح اسیدهای نوکلئیک و اسیدهای آمینه به ترتیب 4/99-100 و 6/98-100 درصد تشابه داشتند. تشابه در سطح نوکلئوتید در منطقه ژنی رمزکننده پروتئین پوششی در جدایه های ایران با سه تیپ گروه معرفی شده pv32 ، pv96 و pe5 به ترتیب 2/95، 8/98 و 1/88 درصد و در سطح اسیدآمینه به ترتیب 6/94، 6/98 و 7/89 درصد بود. درخت فیلوژنتیکی ترسیم شده با روش minimum evaluation در جدایه¬ های حاصل از تعیین توالی و جدایه¬ های ثبت شده در genbank نشان داد که جدایه¬ های ایران در گروه pv96-ii قرار می¬ گیرند. در مجموع نتایج این پژوهش نشان داد که pnrsv در بوته ¬های گل محمدی موجود در برخی گلستان ¬های واقع در شهرستان های قمصر، نیاسر، مشهد اردهال و نراق در مرکز کشور پراکنده شده و تنوع ژنتیکی نسبتاً کم در جدایه های pnrsv می تواند ناشی از نحوه انتقال ویروس باشد. بعلاوه 1053 نمونه برگی از درختان سیب طی دو سال زراعی 1391 و 1392 از نه استان بصورت تصادفی جمع آوری شد. آلودگی این نمونه¬ ها به aspv، aclsv، asgv و apmv با استفاده از الیزای مستقیم مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان دهنده آلودگی 54 (12/5%) نمونه سیب شفیع آبادی و گلاب بهaspv و 48 (8/4%) نمونه بهaclsv بود، که دلالت بر آلودگی مخلوط 48 نمونه سیب بومی تابستانه داشت. بیشترین شیوع aspv در استان البرز (8/13%) مشاهده شد و بعد از آن استان های تهران (4/11%)، مرکزی (2/7%)، همدان (1/7%)، لرستان (7%)، قزوین (5/6%) و مازندران (8/4%) قرار داشتند در اصفهان و آذربایجان غربی نمونه مثبت مشاهده نشد. درصد آلودگی بهaclsv در استان تهران (10%)، قزوین (6/4%)، مازندران (7/2%) و در سایر استان ها درصد آلودگی به ویروس مشابه aspv بود. این اولین گزارش از وقوع آلودگی aspv در ایران است. آلودگی نمونه¬ها به aspv و aclsv توسط آزمون pcr-rt تایید شد. توالی انتهای کربوکسیل پروتئین پوششی جدایه¬های ایرانیaspv تعیین و تجزیه و تحلیل فیلوژنتیکی شد. مقایسه توالی¬ها نشان داد که 22 جدایه ایرانی aspv در هر دو سطح نوکلئوتید و آمینواسید (95-100?) با یکدیگر برابری قابل توجهی دارند و به دیگر جدایه¬های آسیایی aspv نزدیک هستند. درخت فیلوژنتیکی با روش نزدیکترین همسایه، neighbour-joining (nj) ترسیم شده بر اساس انتهای آمینی ژن پروتئین پوششی نشان داد که جدایه¬های ایرانی aspv به دو گروه بزرگ تقسیم شدند. این دسته¬بندی را با تفاوت در منشاء جغرافیایی جدایه¬ها نمی¬توان تفسیر کرد. برآورد نسبت dn/ds در انتهای کربوکسیل پروتئین پوششی aspv کمتر از یک بود (11/0) که موید فشار انتخاب منفی یا پالایشی بر روی این ناحیه است. همچنین در این تحقیق، توالی ناحیه هم¬پوشان ژن¬های رمزکننده پروتئین پوششی و پروتئین حرکتی جدایه¬های ایرانیaclsv تعیین وآنالیز فیلوژنتیکی انجام شد. مقایسه توالی¬ها نشان داد که 19 جدایه ایرانی aclsv در هر دو سطح نوکلئوتید و آمینواسید (80-99?) با یکدیگر تشابه قابل توجهی دارند. درخت فیلوژنتیکی رسم شده به روش نزدیکترین همسایه، (nj) نشان داد که جدایه های aclsv در چهارگروه عمده قرار می گیرند، گروه i نیز به دو زیر گروه تقسیم می شود. اکثریت جدایه های ایرانی در زیر گروه i به همراه جدایه صربستان، لتونی، هند، ترکیه و لیتوانی قرار گرفته اند. برآورد آماره های s d?tajimas و نسبت dn/ds نشان داد که نسبت dn/ds در پروتئین پوششی aspv بزرگتر از یک بود (79/1) و نتایج آزمون tajimas d منفی برآورد گردید (199/0-) این نتایج نشان می¬دهد که ژن پروتئین پوششی aclsv در اکثر کدون¬ها تحت فشار منفی است. نتایج این تحقیق نشان داد که aspv و aclsv در برخی باغ ¬های واقع در استان¬ های تهران، البرز، همدان، مرکزی، مازندران و لرستان در مرکز و شمال کشور پراکنده شده ¬است و از طرفی تنوع ژنتیکی نسبتاً کم در جدایه های این دو می تواند ناشی از گسترش سریع و وسیع آنها از طریق مواد تکثیری آلوده در ارقام حساس یک منطقه باشد.

گل و گیاهان زینتی در کلیه استان های کشور کشت شده و در قالب چهار گروه گل شاخه بریده، گل گلدانی، درخت و درختچه و گیاهان فصلی و نشائی طبقه بندی می شوند . کل سطح زیر کشت گیاهان زینتی در سال 1389 شامل مساحت گلخانه ها و فضای بسته معادل 47 میلیون متر مربع است که از این میزان 26 میلیون متر مربع به فضای آزاد 21 میلیون متر مربع به کشت گلخانه ای اختصاص دارد. این گیاهان مورد تهاجم عوامل بیماری زای مختلف، شامل: باکتری ها، قارچ ها، ویروس ها، نماتد ها و فیتوپلاسما ها قرار می گیرند. از باکتری های بیماری زایی که به گیاهان زینتی حمله کرده و باعث خسارت در این گیاهان می شوند، می توان به pectobacterium caortovorum pv. carotovorum ، dicheya chrysanthemi، pseudomonas cichorii، xanthomonas campestris pv. dieffenbachiae، xanthomonas compestris pv.hederae،ralstonia solanacearum ، burkholderia gladioli، acidovorax anthurii وxanthomonas campestris pv. pelargoni اشاره کرد. با در گرفتن اهمیت و گسترش روز افزون کشت گیاهان زینتی و افزایش سهم گل در صادرات غیر نفتی در ایران و کاهش عملکرد و خساراتی که توسط باکتری ها متحمل می شوند و هم چنین به دلیل این که هنوز تحقیقات جامعی برای شناسایی باکتری های بیماری زا در این گیاهان در ایران در دست نیست، در پاییز و زمستان 1390 از گلخانه های گل زینتی در استان های اصفهان، مرکزی و خوزستان نمونه های دارای علایم مشکوک جمع آوری شدند. پس از جداسازی، خالص سازی و انجام آزمون های بیوشیمیایی، بیماری زایی و هم چنین تعیین توالی نواحی 16s rdna ، rpod و gyrb جدایه های بررسی شده به pseudomonas aeruginosa،pseudomonas sp.، pantoea agglomeranse، pantoea ananatis، pectobacterium carotovora pv. carotovora و pectobacterium wasabiae متعلق بودند. با توجه به این که تا کنون فقط بیمارگر pectobacterium cartovora pv. carotovora در ایران از گیاهان زینتی گزارش شده است به نظر می رسد گونه pantoea ananatis، pantoea agglomerans، pectobacterium wasabiae برای اولین بار در دنیا از گیاهان زینتی گزارش می شود و گونه pseudomonas aeruginosa برای اولین بار در دنیا به عنوان عامل بیماری زای گیاهی گزارش می شود.

چکیده ندارد.

در این تحقیق، روش های تلفیق کشت مریستم با گرمادرمانی و تلفیق کشت مریستم و جوانه با الکترودرمانی در قالب دو آزمایش مستقل، به منظور تولید گیاه عاری از ویروس ابلقی میخک از رقم voltaire میخک، مورد مقایسه قرار گرفت. در آزمایش اول، روش تلفیقی کشت مریستم با گرمادرمانی با سه ارتفاع مختلف مریستم، 3/0 ، 5/0 و 1 میلی متر بر روی حذف ویروس ابلقی میخک مورد مطالعه قرار گرفته است. این آزمایش در قالب طرح کاملاً تصادفی با 6 تیمار و در سه تکرار انجام شد که هر تکرار حاوی 5 ریز نمونه بود و هر مریستم یک ریز نمونه را تشکیل می داد. در آزمایش دوم، اثر تلفیقی کشت مریستم و جوانه با الکترودرمانی بر روی حذف ویروس ابلقی میخک مورد مطالعه قرار گرفت. این آزمایش به صورت فاکتوریل با سه فاکتور و در قالب طرح کاملاٌ تصادفی با سه تکرار انجام شد که هر تکرار حاوی 5 ریز نمونه بود و هر مریستم یا جوانه، یک ریز نمونه را تشکیل می داد. شدت جریان با چهار سطح (0، 10، 15، 20 ma)، فاکتور اول و مدت زمان با دو سطح ( 10و 15 دقیقه )، فاکتور دوم و نوع ریز نمونه با چهار سطح ( مریستم هایی به ارتفاع 3/0، 5/0و mm1 و جوانه جانبی) فاکتور سوم را تشکیل می دادند. مقایسه بین روش های تولید گیاه عاری از ویروس نشان داد که تلفیق کشت مریستم و گرمادرمانی نتایج بهتری در عملکرد گیاه عاری از ویروس نسبت به کشت مریستم به تنهایی و الکترودرمانی داشت. بطوریکه در تیمار تلفیقی کشت مریستم با گرمادرمانی، مریستم گرمادرمانی شده با ارتفاع mm 3/0 با میزان تولید 5/62 % گیاهچه های عاری از ویروس، بالاترین میزان درصد گیاهچه های عاری از ویروس را به خود اختصاص داد و برای این صفت مناسب ترین تیمار بود در حالی که در تیمار تلفیقی کشت مریستم و جوانه با الکترودرمانی، بالاترین درصد گیاهچه های عاری از ویروس،3/37%، در تیمار مریستم با اندازه mm 3/0 در شدت جریانma 20 و مدت زمان 15 دقیقه بدست آمد.

ویروس های y (pvy)، x (pvx)، s(pvs) و پیچیدگی برگ سیب زمینی (plrv) از مهم ترین ویروس های بیمارگر سیب زمینی به شمار می روند و به طور جدی باعث کاهش میزان و کیفیت محصول سیب زمینی می شوند. این ویروس ها از تمام مناطق مهم کشت سیب زمینی ایران گزارش شده اند. آلودگی به ویروس های یاد شده در سیب زمینی به جز ویروس y و پیچیدگی برگ سیب زمینی معمولاً بدون علایم باقی می ماند. از این رو گیاهان سیب زمینی مزارع تولید غده بذری از لحاظ عاری بودن از ویروس های یاد شده و صدور گواهی سلامت بذر باید به طور منظم بررسی شوند. تا به حال آزمون اِلایزا به طور وسیعی برای ردیابی ویروس های یاد شده مورد استفاده قرار گرفته است، اما اغلب به دلیل غلظت پایین ویروس و وجود ترکیبات بازدارنده در عصاره گیاهان ردیابی ویروس ها به خوبی انجام نمی گیرد. بنابراین معرفی یک روش دقیق، حساس، کارآمد، قابل اعتماد، ارزان و سریع برای ردیابی همزمان ویروس های سیب زمینی ضروری است. در این تحقیق، روش multiplex rt-pcr برای ردیابی همزمان ویروس های y، x، s، پیچیدگی برگ سیب زمینی و کنترل داخلی استفاده شد. این روش با آزمون سرولوژیکی اِلایزا که روشی رایج برای ردیابی ویروس های سیب زمینی است، مقایسه شد. به همین منظور، rna کل از برگ گیاهان سیب زمینی آلوده به ویروس با استفاده از بافر rnx-plus استخراج شد. سپس dna مکمل برای ویروس های فوق و ژن 18s rrna با استفاده از آغازگر اختصاصی معکوس به صورت جداگانه ساخته شد و واکنش uniplex rt-pcr برای هر کدام از ویروس ها انجام گرفت. برای بهینه سازی واکنش multiplex rt-pcr، rna کل از مخلوط وزن های مساوی از بافت دو گیاه که هر کدام به دو ویروس آلوده بودند (pvy, pvx, pvs, plrv) استخراج گردید. سپس، واکنش multiplex rt-pcr با استفاده از پنج جفت آغازگر در یک واکنش انجام گرفت. در نهایت، پنج قطعه متفاوت (145-342 جفت باز) که اختصاصی ویروس ها و کنترل داخلی بودند به طور همزمان تکثیر شد و بر اساس وزن مولکولی آنها تشخیص داده شدند. نتایج نشان داد multiplex rt-pcr روشی مناسب در تشخیص گیاهان آلوده سیب زمینی به ویروس های y، x، s و پیچیدگی برگ سیب زمینی است. حساسیت روش بهینه سازی شده multiplex rt-pcr با روش تجاری das-elisa در ردیابی ویروس های y، x، s و پیچیدگی برگ سیب زمینی مقایسه شد. عصاره گیاه و rna کل از بافت گیاهی آلوده استخراج شد و رقت های یک دهم آن به صورت پشت سر هم آماده شد و در هر دو روش multiplex rt-pcr و اِلایزا برای ردیابی ویروس ها به کار رفت. نتایج نشان داد که حساسیت multiplex rt-pcr صد برابر بیشتر از آزمون اِلایزا در ردیابی ویروس های y، x، s و پیچیدگی برگ سیب زمینی می باشد و حساسیت duplex rt-pcr ده هزار برابر بیشتر از آزمون اِلایزا در ردیابی ویروس y سیب زمینی است. به علاوه اِلایزا اغلب به دلیل غلظت پایین ویروس و اثر بازدارندگی ترکیبات فنولی و پلی ساکاریدی موجود در عصاره گیاهان در ردیابی ویروس ها به خوبی عمل نمی کند. همچنین در اِلایزا امکان اعمال کنترل داخلی برای پرهیز از نتایج منفی کاذب وجود ندارد. در نتیجه روش مولکولی multiplex rt-pcr، روشی حساس تر، مناسب تر، اختصاصی تر، ارزان تر و سریع تر از اِلایزا در ردیابی همزمان ویروس های یاد شده می باشد. برای ردیابی همزمان چند ویروس در مزارع سیب زمینی که با هدف تولید غده های بذری کشت شده اند، بسیار موثر است.

ویروس ای مو (grapevine virus a, gva) یکی از ویروس های مهم بیماری زای انگور است که از سراسر جهان و مناطق مختلف کشت این محصول در ایران گزارش شده است. در گیاهانی مانند مو که به طریقه رویشی ازدیاد می یابند، آلودگی به راحتی از طریق پایه مادری به نسل های بعدی منتقل می شود. بنابراین ایجاد ژرم پلاسم عاری از ویروس به منظور تولید گیاهان مادری سالم از اهمیت زیادی برخوردار است. در این تحقیق روش های کرایوتراپی (cryotherapy) و الکتروتراپی برای حذف gva به کار گرفته شد و کارآیی آنها مقایسه گردید. روش کرایوتراپی طی دو آزمایش با 20 و 12 جوانه انجام شد. جوانه های انتهایی به اندازه یک میلی متر از گیاهانی که آلودگی آنها با استفاده از روش rt-pcr ثابت شده بود، جدا و در محیط کشت ¾ ms دارای 3% آلژینات سدیم، 2 مولار گلیسرول و 4/0 مولار سوکروز کشت گردید. این مخلوط همراه با جوانه های انتهایی، با استفاده از یک پیپت استریل به محلول cacl2 1/0 مولار شامل 2 مولار گلیسرول و 4/0 مولار سوکروز در دمای اتاق انتقال داده شدند. جوانه ها به مدت 30 دقیقه در محلول یاد شده نگهداری شدند تا به شکل بذرهایی به قطر حدود 4 میلی متر در آمدند. سپس بذرها به ترتیب به محیط کشت¾ ms غنی شده با سوکروز 25/0 ، 5/0 ، 75/0 ، 1 مولار منتقل و به مدت یک روز در هر مرحله نگهداری شدند. بذرها در تشتک های پتری روی کاغذ استریل درون شیکر انکوباتور، در دمای ?c 24 به مدت 12 ساعت آبگیری شدند. بعد از آبگیری بذرها به کرایوتیوب منتقل شدند و سپس به صورت مستقیم در نیتروژن مایع به مدت یک ساعت قرار داده شدند و سپس به سرعت به حمام آب گرم با دمای ?c40 منتقل شدند. پس از سه دقیقه بذرها مجدداً روی تشتک های پتری شامل محیط کشت ¾ ms جامد شامل 2 میکرومولار بنزیل آمینوپورین (ba) کشت شدند. تشتک های پتری در ?c 24 در تاریکی برای دو روز نگهداری شدند و سپس به دمای 2± 24 و 16 ساعت نور (با استفاده از لامپ فلوروسنت) منتقل شدند. بعد از 6 هفته که زنده ماندند و طول جوانه ها به حدود 3 میلی متر رسید، به محیط کشت ¾ ms جامد عاری از هورمون منتقل شدند. در این دو آزمایش میزان باززایی 4/1± 59% بود. ردیابی gva با استفاده از روش rt-pcr نشان داد که تمامی گیاهان باززایی شده از مراحل شاهد و آبگیری آلوده به gva بودند. در حالیکه 8/0±2/42% از گیاهان حاصل از مرحله انجماد عاری از ویروس بودند. به منظور مقایسه تاثیر روش کرایوتراپی و الکتروتراپی در حذفgva ، قلمه های آلوده به ویروس gva به اندازه سه سانتی متر در معرض شدت جریان 0، 10، 20 و 30 میلی آمپر به مدت 10 و 15 دقیقه قرار گرفتند، سپس ضدعفونی شده و در محیط کشت ms تغییر یافته قرار گرفتند و پس از دو ماه وجود ویروس در گیاهان رشد یافته با استفاده از روش rt-pcr بررسی شد. در تیمار الکتروتراپی به مدت 10 دقیقه جوانه ها به ترتیب100، 83%، 75% و 75% باززایی داشتند. در این تیمار ویروس از هیچ یک از گیاهان حذف نشد. در تیمار الکتروتراپی به مدت 15 دقیقه جوانه ها به ترتیب100، 75%، 5/62% و 5/62% باززایی شدند. یک و دو گیاهچه که به ترتیب تحت تاثیر شدت جریان 20 و 30 میلی آمپر به مدت 15 دقیقه قرار گرفتند، عاری از ویروس شدند. نتایج این تحقیق نشان داد که روش کرایوتراپی نسبت به روش الکتروتراپی، روشی موثرتر و مناسبتر برای حذف gva از گیاهان آلوده می باشد.

شانکر پوستی گردوی ایرانی (juglans regia l.) توسط brenneria nigrifluens (wilson et al., 1957) hauben et al., 1998 ایجاد شده و یکی از شایع ترین بیماری های گردو محسوب می شود. این بیماری در باغ های تولید الوار و میوه با ضعیف نمودن درختان سبب ایجاد خسارت می شود. بیماری پوست تنه و شاخه های اصلی را تحت تأثیر قرار می دهد. در مجموع تعداد 71 جدایه باکتری از 114 نمونه ی دارای علائم شانکر جمع آوری شده از مناطق مختلف کشور شامل استان های مازندران، گلستان، کرمان، کرمانشاه و کردستان جداسازی شده و براساس ویژگی های بیوشیمایی، فیزیولوژیکی و الگوی پروتئینی سلولی متعلق به جنسbrenneria تشخیص داده شد. به علاوه 10 جدایه از استان فارس و یک جدایه از استان کهگیلویه و بویراحمد (اهدایی دکتر تقوی، دانشگاه شیراز) و یک جدایه از استان کردستان (اهدایی دکتر حریقی، دانشگاه کردستان) برای مقایسه با استرین های جمع آوری شده از مناطق مختلف کشور دریافت شد. به منظور تعیین دقیق گونه ی جدایه ها از آغازگرهای اختصاصی b. nigrifluens استفاده شد که در نتیجه در 24 جدایه از استرین های مورد بررسی قطعه ی dna مورد انتظار به طول حدود 255 جفت باز تکثیر شد. در آزمون بیماری زایی، پس از گذشت شش تا هشت هفته از زمان مایه زنی نهال های گردو، لکه های آبسوخته و شانکر پیش رونده ای روی سرشاخه های مایه زنی شده ظاهر شد. به علاوه بیمارگر مجدداً از بافت های مایه زنی شده جدا گردید. برای بررسی تنوع ژنتیکی باکتری عامل بیماری چهار آغازگر rep-pcr، هشت آغازگر rapd و یک آغازگر is50 بر اساس تولید چندشکلی و تکرارپذیری انتخاب شد. همچنین یک جدایه ی pectobacterium carotovora pv. carotovora به عنوان کنترل مورد استفاده قرار گرفت. از مجموع چهار آغازگر استفاده شده در نشانگر rep-pcr، 75 جایگاه ژنی با چندشکلی 16/71 درصد، از مجموع هشت آغازگر استفاده شده در نشانگر rapd، 146 جایگاه ژنی با چند شکلی 29/73 درصد و آغازگر is50 نیز 32 جایگاه ژنی را تکثیر نموده و چندشکلی 75/93 درصدی را نشان دادند. تجزیه و تحلیل داده ها با استفاده از نرم افزار mvsp، براساس الگوریتم upgma (unweighted pair group with arithmatic average) و ضریب تشابه جارکارد (jaccard’s coefficients) انجام گرفت. تجزیه و تحلیل خوشه ای داده های حاصل از کاربرد نشانگرهای rep-pcr، rapd و is50 در سطح تشابه 80 درصد جدایه ها را در شش گروه دسته بندی کرد. این نشانگرها توانستند استرین های مورد مطالعه را برحسب ناحیه ی جغرافیایی تفکیک کنند. بر این اساس استرین های استان های فارس و کهگیلویه و بویراحمد در یک گروه، استرین های استان مازندران در یک گروه، استرین های استان های کرمان و گلستان هر کدام در دو گروه مجزا قرار گرفتند. همچنین بیشترین فاصله ی ژنتیکی بین استرین های کهگیلویه و بویراحمد و کرمان مشاهده شد. در نشانگر rep-pcr آغازگر eric-2i، در نشانگر rapd آغازگر opa-12 و همچنین آغازگر is50 بهتر از آغازگرهای دیگر توانستند فاصله ی ژنتیکی جدایه ها را مشخص کنند. این پژوهش اولین بررسی تنوع ژنتیکی استرین های b. nigrifluens در سطح dna می باشد.

بیماری پوسیدگی اسکلروتینیایی ساقه کلزا ناشی از sclerotinia sclerotiorum یکی از مهمترین بیماری های قارچی کلزا در ایران می باشد. با توجه به اهمیت این بیماری و عدم وجود اطلاعات جامع و کامل از ساختار ژنتیکی جمعیت های این قارچ گروه های سازگاری میسلیومی (mycelia compatibility grouping, mcg) و تنوع ژنتیکی بین و درون mcg های شناسایی شده از سه استان گلستان، مازندران و آذربایجان غربی مورد بررسی قرار گرفت. پس از تایید تعلق جدایه ها به این گونه با استفاده از تکنیک nested-pcr و تکثیر یک قطعه 278 جفت بازی در همه آنها، تعداد 71 جدایه با توجه به پراکنش جغرافیایی انتخاب و mcg آنها تعیین گردید. در بین این تعداد جدایه، 42 گروه سازگاری شناسایی شد که 42/86 درصد آنها یک عضو داشتند که بیشتر متعلق به منطقه علی آباد در استان گلستان بودند. فراوانی mcg ها در هشت منطقه علی آباد، کلاله، هاشم آباد، گرگان، بندر ترکمن، قائم شهر، ارومیه و خوی متفاوت بود. شاخص تنوع شانون (ho) mcg ها برای سه منطقه علی آباد، هاشم آباد و کلاله 80/86 (htot) بود. تقسیم شاخص تنوع کل (htot) به دو جزء تنوع بین و درون جمعیت ها نشان داد که 95/5 درصد مربوط به تنوع درون جمعیت های s. sclerotiorum می باشد. آزمون های بررسی قدرت بیماریزایی جدایه ها در گلخانه انجام شد که تجزیه و تحلیل داده های حاصل از ترکیب سه شاخص یادداشت برداری فنوتیپ زخم، طول زخم و درصد توسعه زخم دور ساقه جدایه ها را به سه گروه با قدرت بیماریزایی مختلف تقسیم نمود. نتایج این مطالعه نشان داد که قدرت بیماریزایی جدایه های درون یک mcg و نیز بین mcg ها متفاوت بود. همچنین، نتایج این آزمون نشان داد که جدایه های جمع آوری شده از باقلا و آفتابگردان نیز بر روی کلزا بیماریزا هستند. تنوع ژنتیکی بین و درون mcg ها با استفاده از نشانگرهای rep-pcr، issr و rapd بررسی شد. باندهای حاصل از چهار آغازگر مورد استفاده در rep-pcr، شش آغازگر issr از میان 19 آغازگر مورد مطالعه و نه آغازگر rapd از میان 29 آغازگر آزمون شده مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. در بررسی تنوع ژنتیکی بین mcg ها (38 جدایه نماینده سی و هشت mcg)، بر اساس تجزیه و تحلیل الگوهای باندی حاصل از مجموع چهار آغازگر rep-pcr در سطح تشابه 64 درصد جدایه ها در هفت گروه قرار گرفتند. بر این مبنا، 25/81 درصد جدایه های علی آباد به همراه یک جدایه گرگان، یک جدایه مازندران و یک جدایه ارومیه در گروه اول قرار گرفتند و همه جدایه های هاشم آباد به همراه 56/55 درصد جدایه های کلاله و یک جدایه علی آباد در گروه دوم قرار گرفتند. تجزیه خوشه ای داده های حاصل از تلفیق سه نشانگر در سطح تشابه 80 درصد جدایه ها را به 34 گروه تقسیم نمود که نشان دهنده تنوع ژنتیکی بالا بین mcg ها می باشد. نتایج حاصل از این تجزیه و تحلیل نشان داد که جدایه های متعلق به یک ناحیه جغرافیایی، لزوما دارای قرابت ژنتیکی نبوده و ارتباط معنی داری با قدرت بیماریزایی جدایه ها ندارد. برای بررسی تنوع ژنتیکی درون mcg ها به کمک نشانگرهای مولکولی مذکور از 27 جدایه متعلق به دوازده mcg استفاده شد. تجزیه خوشه ای 425 لوکوس حاصل از تلفیق داده های سه نشانگر در سطح تشابه 80 درصد جدایه ها را به 23 گروه تقسیم کرد و در بیشتر موارد جدایه های متعلق به یک mcg در یک گروه قرار نگرفتند که بیانگر تنوع ژنتیکی بالا درون mcg های مورد بررسی می باشد. در این پژوهش یازده mcg با بیش از یک هاپلوتیپ مرتبط بودند و فقط اعضای یک mcg یک اثر انگشت داشتند. این نکته بیانگر این است که ژنوتیپ های جدیدی در مناطق شمالی ایران در حال تکامل هستند. آزمون مانتل نشان داد که همبستگی مثبت و معنی داری میان ماتریس های تشابه حاصل از داده های rep-pcr، issr و rapd (0/002 ; p = 0/992r = ) وجود دارد. به منظور تعین کارایی نشانگرهای مورد استفاده، محتوای اطلاعات چند شکلی آنها (pic)، نسبت چند گانه موثر (emr) و شاخص نشانگری (mi) محاسبه شد. شاخص های مورد بررسی در نشانگرهای rep-pcr و rapd نسبت به issr در سطح بالاتری قرار گرفتند که بیانگر توانایی بیشتر این دو نشانگر نسبت به issr در تعیین تنوع ژنتیکی این گونه قارچی است. با این وجود، به دلیل بلند بودن توالی آغازگرها و دمای اتصال بالاتر در rep-pcr نسبت به rapd، نشانگر rep-pcr قدرت بیشتری در آشکارسازی تنوع ژنتیکی جدایه های s. sclerotiorum دارد.