هدف از این پژوهش بررسی چند شکلی ژن های mc3r و ucp و ارتباط آنها با صفات تولیدی و تولید مثلی در جمعیت مرغان بومی استان مازندران با استفاده از تکنیک pcr-rflp بود. بدین منظور از تعداد 190 قطعه از مرغان بومی مرکز اصلاح نژاد مازندران خونگیری به عمل آمد. استخراج dna با استفاده از روش نمکی بهبود یافته صورت گرفته و کمیت و کیفیت آن نیز با دستگاه نانودراپ بررسی شد. با استفاده از آغازگرهای اختصاصی و تکنیک pcr قطعات 231 و 222 جفت بازی به ترتیب از ژن های mc3r و ucp تکثیر یافتند. سپس با استفاده از آنزیم های برشی اختصاصی mspi برای ژن mc3r و hhai برای ژن ucp ، محصولات pcr مورد هضم قرار گرفته و به کمک الگوی باندها بر روی ژل آگارز 5/3 % تمامی نمونه ها تعیین ژنوتیپ شدند. دو آلل a و g برای ژن mc3r و 6 الگوی متفاوت برای ژن ucp مشاهده شد. فراوانی ژنوتیپ های gg ، ag و aa به ترتیب برابر 92/0 و 05/0 و 03/0 و فراوانی آللی برای g وa به ترتیب 95/0 و 05/0 بود. فراوانی ژنوتیپ های الگوهای شماره یک تا شش به ترتیب برابر 05/0 ، 1/0، 54/0، 21/0، 02/0 و 08/0 بود. ارتباط ژنوتیپ های این ژن ها با صفات تولیدمثلی، با استفاده از اطلاعات فنوتیپی و ارزش های اصلاحی صورت گرفت. در حالت استفاده از اطلاعات فنوتیپی جایگاه ژنی mc3r ، ارتباط معنی داری با صفات مربوط به میانگین وزن تخم مرغ در هفته 30 و میانگین وزن تخم مرغ هفته های 32،30،28 داشت و جایگاه ژنی ucp ارتباط معنی داری با صفت سن بلوغ جنسی نشان داد. در حالت استفاده از ارزش های اصلاحی، جایگاه ژنی mc3r ، ارتباط معنی داری با صفات مربوط به میانگین وزن تخم مرغ در هفته 32 و میانگین وزن تخم مرغ هفته های 32،30،28 داشت و جایگاه ژنی ucp ارتباط معنی داری با صفت سن بلوغ جنسی نشان داد. مطالعه حاضر نشان داد که چندشکلی های مشاهده شده در این جایگاهها ارتباط معنی داری با صفات تولیدی و تولیدمثلی داشتند و در آینده می توان از این جایگاه ها به عنوان جایگاههای موثر در تولید در برنامه های اصلاح نژادی استفاده نمود.