این آزمایش به منظور مطالعه تنوع ژنتیکی و همچنین بررسی ارتباط بین نشانگر و صفات مورفولوژیک در توده¬های گندم نان بومی ایران طراحی شد. برای بررسی ارتباط نشانگر و صفات از هشت نشانگر ریزماهواره در مکان دو qtl کنترل کننده صفات مورفولوژیک بر روی کروموزوم 4b و کروموزوم 7d استفاده شد. در این پژوهش 52 لاین خالص حاصل از تود¬ه¬های محلی به همراه رقم گندم بهاره چینی مورد مطالعه قرار گرفت. از رقم گندم بهاره چینی به عنوان مرجع برای شناسایی آلل¬های نشانگرهای ریزماهواره استفاده شد. این لاین¬ها به همراه سه رقم شاهد در قالب طرح اگمنت در مزرعه کشت و از نظر 14 صفت مورفولوژیک ارزیابی شدند. نتایج تجزیه مولفه¬های اصلی بر اساس ماتریس ضرائب همبستگی 14 صفت را به چهار مولفه اول کاهش داد که در مجموع 78 درصد از واریانس کل را توجیه نمودند. تجزیه کلاستر به روش وارد و با استفاده از مربع فاصله اقلیدسی به عنوان معیار فاصله لاین¬های مورد مطالعه را به چهار گروه طبقه¬بندی نمود. همچنین در این پژوهش به منظور تعیین چندشکلی در سطح ژنوم از 10 آغازگر آی¬اس¬اس¬آر استفاده شد. از 110 نوار نمره¬دهی شده، 85 نوار چندشکل بود و درصد چندشکلی کل 77 درصد محاسبه گردید. ژنوتیپ¬ها بر اساس داده¬های آی¬اس¬اس¬آر در سه گروه قرار گرفتند. با بررسی ارتباط نشانگرها و صفات برای هر چهارده صفت مورد بررسی و هشت نشانگر بکار گرفته شده در پژوهش حاضر، وجود رابطه آماری در نه صفت آشکار شد. جالب اینکه، برای چهار صفت آلل اختصاصی معرفی گردید. به این ترتیب که برای طول پدانکل بلندتر آلل اختصاصی (166 جفت باز) در نشانگر xgwm885-7d پیدا شد. همچنین آلل اختصاصی برای سه صفت روز تا گلدهی، ارتفاع گیاه و تعداد دانه در سنبله در نشانگر xgwm149-4b شناسایی شد. نکته جالب توجه این بود که، در این نشانگر یک آلل اختصاصی (153 جفت باز) به طور همزمان برای هر سه حالت مطلوب تعداد کمتر روز تا گلدهی، ارتفاع کوتاهتر گیاه و تعداد بیشتر دانه در سنبله پیدا شد. این نشانگر¬ها می¬تواند برای انتخاب بر اساس نشانگر در برنامه¬های اصلاح گندم نان استفاده شوند.