کمپلکسهای پیوند هیدروژنی بین مولکولی حاصل از برهمکنش بین اوراسیل ) (u و ?–hydroxy-n-nitrosamine ( 1-nitrosopyrrolidin-2-ol ( ) (np با استفاده از روشهای b3lyp ، m052x ، m062x و mp2 با مجموعه پایه 6-311++g(2d,2p) مورد بررسی قرار گرفته است. np به شکل ایزومرهای سیس و ترانس یافت میشود. بنابراین با چهار مکان اتصال در اوراسیل، هشت کمپلکس حلقوی با دو پیوند هیدروژنی بین مولکولی n(c)hu???onp و ohnp???o...

تمام پیکر بندیهای انولی وکتونی، ساختار مولکول،پیوند هیدروژنی درون مولکولی(ihb) و فرکانس ارتعاشی ترکیب 5و5- دی متیل هگزان 2و4-دیون که این ترکیب تحت عناوین 2و2-دی متیل هگزان دیون و همچنین پای والیل استن (pivalylacetone) نیز شناخته می شود به وسیله محاسبات تئوری تابع چگال (dft) و طیف مادون قرمز و رامان مورد بررسی قرار گرفته است. همچنین در سطح mp2/6-31** نیز بهینه شده است. این، نتایج با مولکول aa به...

تمام صورت بندی های ممکن برای ترکیب 3- آمینو- 5-تیوکسو – پنت- 2- انال در سطوح b3lyp و mp2 با تابع پایه g**++311-6 به منظور تعیین ترتیب پایداری صورت بندی ها و امکان تشکیل پیوندهای هیدروژنی درون مولکولی مختلف بهینه شده اند. نتایج محاسبات نشان می دهد که صورت بندی های کتو- آمین- تیو(kat) از صورت بندی های انول- ایمین- تیو(eit) و کتو- ایمین- تیو(kit) نظیر آن پایدارترند. انرژی پیوند هیدروژنی برای همه س...

چکیده آنالیز برهمکنش های بین مولکولی درسیستم های سه تایی 4-z-py(n)•••xcn•••lioh(holi) (z=h, f, oh, ch3, och3, nh2, no2, cl, br, cn x=cl, br py= pyridine) که به وسیله ی پیوند لیتیومی و پیوند هیدروژنی با پیوند هالوژنی به هم متصل شده اند در سطح محاسباتی تئوری تابعی چگالی m06-2x و مجموعه پایه 6-311++g(2d,2p) انجام شده است. برای درک بهتر خواص، سیستم های دوتایی مربوطه نیز مورد مطالعه قرار گرفته...

مقدمه: جهت لقاح، پروتئین سطحی اسپرم به نام "IZUMO” به عنوان لیگاند برای میانکنش با JUNO (یا رسپتور ایزومو(IZUMO1R)) ضروری است. میانکنش:IZUMO1R/JUNOIZOMO1 یک مرحله حیاتی چسبندگی بین اسپرم و اووسیت در اتصال و فیوژن غشای پلاسمائی است البته جهت فیوژن سلولی کافی نمی‌باشد و پذیرنده‌های دیگری نیز در این اتصال نقش دارند. در این تحقیق G protein-coupled receptor 15 (GPR15) به عنوان شریک دیگر میانکنش اسپر...

در این مطالعه تشکیل کمپلکس میان مولکول¬های hox (x= f, cl, br) با متیل فنیل کالکوژن¬ها 3ch y5h6c (y= o, s, se) از طریق برهمکنش¬های رقابتی پیوند هیدروژنی و پیوند هالوژنی با استفاده از روش نظری p)2d,2) g++311-6 /2 mp مورد مطالعه قرار گرفت. در این راستا پارامترهای ساختاری طول پیوند، انرژی پایداری برهمکنش و توابع ترمودینامیکی (آنتالپی و انرژی آزاد گیبس) برای کمپلکس¬های مورد نطر ارزیابی شد. با مقایسه...

روش دینامیک مولکولی یک روش شبیه سازی کامپیوتری است که با حل معادلات حرکت کلاسیک به مطالعه حرکت فیزیکی اتم ها و مولکول ها در یک سیستم n ذره ای می پردازد. در این تحقیق از روش مذکور جهت بررسی تغییر ساختاری یکی از پیوندهای حیاتی در بدن استفاده شده است. این پیوند مابین گیرنده های موجود بر سطح سلولهای دیواره عروقی (اندوتلیال) به نام پی سلکتین و لیگاند های متناظر آنها (psgl-1) که بر سطح لکوسیت (سلول س...

در این مطالعه با استفاده از نظریه تئوری تابعی چگالی، اثر استخلاف در ساده ترین انول آمین (apo) در موقعیت های ? و ? بررسی شد. در مولکول apo، 4 زیر استخلاف به ازای هر استخلاف اضافه شده در نظر گرفته شد. با استفاده از محاسبات کوانتومی اثر یک استخلاف معین بر 4 موقعیت مولکول apo بررسی شد. خواص مورد بررسی و تحلیل شده عبارتند از: قدرت پیوند هیدروژنی، ساختار حلقه کیلیتی با توجه به نوع استخلاف و موقعیت آن...

برهمکنش دو نوع داروی ضدالتهاب غیراستروئیدی آسپرین و ایبوبروفن همراه با یک غشاء مدل دولایه لیپیدی به کمک ‌‌شبیه‌سازی دینامیک مولکولی (Molecular Dynamic Simulation) بررسی شد. به منظور مطالعه‌ی تاثیر نوع دارو، حالت باری دارو، دوز دارو و وجود پروتئین غشائی انتگرالی بر نفوذ دارو در غشاء، 11 سیستم مختلف با شرایط یکسان ‌‌شبیه‌سازی گردید. در هر سیستم 4 پارامتر نشان‌دهنده‌ی نفوذ و 9 پارامتر موثر بر نفوذ...

تجزیه وتحلیل تمامی پیکربندی های مولکول دی متیل 2_متیل مالونات (dmma) با محاسبات نظریه تابع چگال و در سطح محاسباتی b3lyp و با تابع پایه 6-311++g** به طور کامل مورد بررسی قرار گرفته است. همچنین تمامی پیکربندی های کتو نیز درهمین سطح مورد بررسی قرار گرفته است. نتایج محاسبات با مولکول دی متیل اگزالواستات (dmoa) و دی متیل مالونات (dmm) مقایسه گردید. مقایسه پارامترهای ساختاری (dmma) با (dmoa)و (dmm) ن...