ارزیابی عملکرد روش های ‎‎dali ‎,‎blast ‎,‎ ‎h-tuple و ‎ ‎‎smith-waterman‎‎‎ ‎در مقایسه توالی‎ های زیستی با استفاده از ‎منحنی ‎$roc$‎

مقایسه‎‎ توالی های پروتئین ابزار مهمی است که می تواند باعث تشخیص عملکرد توالی ها و در نهایت منجر به طبقه بندی آنها گردد. این مقایسه ها می توانند از طریق ساختار و یا از طریق توالی پروتئین ها انجام پذیرند.‎‎ هم ترازی ساختاری‏، ابزار با ارزشی برای مقایسه پروتئین هایی با عملکرد مشابه است که از لحاظ توالی شباهت کمتری دارند و عملکرد آنها به آسانی به وسیله تکنیک های استاندارد هم تراز‎‎ی توالی کشف نمی شو‎‎د.‎‎ ‎‎روش ‎dali‎‎‎ یا هم‎ ترازی ماتریس های فاصله‏، روشی برای مقایسه ساختاری پروتئین و جستجوی پایگاه داده می باشد.‎‎‎‎‎‎ مقایسه توالی های زیستی و پیدا کردن میزان شباهت بین آنها‏، یکی از موضوعات مهم در علم بیوانفورماتیک است. سه روش زیر ساختارهای اولیه توالی ها را مقایسه و میزان شباهت آنها را بیان می کنند. روش ‎h-tuple‎، روش ابتکاری است که میزان شباهت دو توالی زیستی را تقریب می‎ زند.‎‎‎‎‎ الگوریتم ‎smith-waterman‎ ‎ شباهت بین دو توالی را یافته و امتیاز بهینه دقیق را محاسبه می کند.‎‎ blast ‎ نرم افزاری است که بر اساس یک الگوریتم ابتکاری و برنامه ریزی پویا، توالی های زیستی را مقایسه و تقریبی از میزان شباهت را مشخص می کند. ‎ ‎‎‎‎‎در نهایت‏، نمودار مشخصه عملکرد سیستم ‎roc)‎) با توجه به عملکرد درست و اشتباه روش های مقایسه، عملکرد آنها را بررسی می کند. ‎ در این پایان نامه روش های فوق را بر روی تعدادی توالی اجرا کرده و عملکرد آنها را با استفاده از ‎roc‎ مقایسه می کنیم. نتایج نشان می دهند که برای توالی های کوتاه الگوریتم ‎‎smith-‎waterman‎‎ و برای توالی های بلند روش ‎‎‎‎dali‎‎ کاراتر است. ‎ ‎