Mohammad Housaindokht
Department of Chemistry, Faculty of Science, Ferdowsi University of Mashhad, Mashhad, Iran
[ 1 ] - Studies of Interaction between Propranolol and Human Serum Albumin in the Presence of DMMP by Molecular Spectroscopy and Molecular Dynamics Simulation
The interaction between propranolol (PROP) and human serum albumin (HSA) was studied in the presence of dimethyl methylphosphonate (DMMP). DMMP is usually considered as a simulant for chemical warfare agents (CWAs). For this purpose fluorescence quenching, resonance light scattering (RLS), synchronous, three-dimensional fluorescence spectroscopy and molecular dynamics (MD) simulation were emplo...
[ 2 ] - Surfactant Effects on Tautomeric and Microscopic Equilibria of Tryptophan: Experimental and Theoretical Studies
Surfactant molecules are used as interesting tools to study the structure, function and stability of proteins. Protonation states of amino acids may be changed in the presence of surfactants. In this work, using experimental observations and molecular dynamic simulation, the effects of sodium dodecyl sulfate on the acid dissociation constants of tryptophan was examined. The acid–base equilibriu...
[ 3 ] - QM/MM Study on the Mechanism of Aminophenol Oxidation by Functionalized β-Cyclodextrin as Oxidase Nanomimic
In this study, functionalized β-cyclodextrin (β-CD) by aldehyde group was investigated as an oxidase enzyme mimic for the amino phenol oxidation. All calculations were performed by GAUSSIAN 09 package using two layers ONIOM method at the ONIOM (MPW1PW91/6-311++G(d,p)/UFF) level. In the first step, H2O2 is encapsulated in the hydrophobic cavity. In the second step, H2<...
[ 4 ] - Secondary Structure Effects on the Acidity of Histidine and Lysine-Based Peptides Model; A Theoretical Study
In this study, the effect of the secondary structure of the protein on the acid strength of three structures of random (R), alpha helix (α) and beta sheet (b) were investigated theoretically. These structures are related to the cationic amino acids of histidine and lysine in the polypeptide chain of eight-glycine residue. Computational methods at the HF, B3LYP, X3LYP and M05-2X levels in t...
[ 5 ] - بررسی‌های زیست‌محاسباتی ویژگی‌های ساختاری و عملکردی پروتئین‌های Cry با هدف کنترل زیستی مالاریا
مقدمه: امروزه تغییرات اقلیمی و کاربرد گستردۀ حشره‌کش‌های شیمیایی ظهور گونه‌های مقاوم پشۀ آنوفل و مخاطرات زیست‌محیطی فراوانی را در پی داشته است؛ ازاین‌رو، ارائۀ راهکارهای جایگزین ازجمله روش‌های کنترل زیستی چشم‌انداز روشنی برای مبارزه با این مخاطرات فراهم کرده است و در این میان، به باکتری‌های دارای قابلیت پشه‌کشی به‌ویژه Bacillus thuringiensisو پروتئین‌های اشتقاق‌یافته از آن نظیر پروتئین‌های سمی ...
[ 6 ] - اثر امواج فراصدا بر پایداری شیمیایی و گرمایی پروتئین آلفا-لاکتالبومین
فراصدا، صدایی است که بسامد آن بالاتر از محدوده شنوایی انسان است. بازه بسامدی (محدوده بسامد) شنوایی انسان حدود 20 هرتز تا 20 کیلوهرتز است. در حالی که، امواج فراصدا بسامد بالای 20 کیلوهرتز دارند. هدف از این پژوهش، بررسی اثر ﺁوادهی امواج فراصدا (پروب 20 کیلوهرتز) بر پایداری شیمیایی و گرمایی پروتئین آلفا- لاکتالبومین گاوی است. اندرکش سورفاکتانت های آنیونی (اِس‌دی‌اِس) و کاتیونی (دی‌تی‌اِی‌بی) با آلفا...
[ 7 ] - بررسی تأثیر امواج فراصدا بر واکنش آوکافت نشاسته توسط آنزیم آلفا-آمیلاز
در این پروژه، اثر امواج فراصدا بر فعالیت و پارامترهای جنبشی (سنیتیکی) ﺁوکافت (هیدرولیز) آنزیمی نشاسته توسط آلفا آمیلاز مورد بررسی قرار گرفت. برای این منظور، آنزیم آلفا آمیلاز برای بازه‌های زمانی متفاوت و بسامد ثابت 20 کیلوهرتز در معرض امواج فراصدا قرار گرفت، سپس فعالیت آن سنجیده شد. نتایج نشان دادند که حداکثر فعالیت نسبی آنزیم در عدم حضور امواج بوده و افزایش زمان امواج‌دهی باعث کاهش فعالیت آنزی...
[ 8 ] - Ultrasound effects on the activity of free and immobilized urease on the magnetic nanoparticles and silica gel
In this study, the effect of low-frequency ultrasound on the structure and activity of urease enzyme has been investigated. For this purpose, the enzyme was exposed to ultrasound with 20 kHz frequency at different time intervals. The urease enzyme was immobilized on the surface of magnetic nanoparticles (Fe2O3), and activated silica gel with 89% and 66% efficiency respectively. The enzyme activ...
[ 9 ] - ارزیابی ویژگی‌های ساختاری وعملکردی مجموعه پروتئینی Xpt به منظور توسعه روش‌های مولکولی در طراحی نسل جدید آفت کش ها
در خصوص ویژگی‌های ساختاری و عملکردی مجموعه سموم آفت کش Xpt اطلاعات کمی موجود است. آگاهی از دمین‌های عملکردی و اتصالی در جهت ایجاد سازه‌های ژنی جدید با حذف نواحی غیر‌ضروری یا قرار دادن دمین‌های عملکردی در مجاورت پروتئین‌های دیگر و تولید سموم چند‌‌توان حائز اهمیت است. در پژوهش حاضر محاسبات زیستی این مجموعه جهت آگاهی از ویژگی‌های نواحی مختلف آن انجام گردید. توالی ژنی و پروتئینی این مجموعه شامل زیر...
[ 10 ] - Assessment of phytochemical components and antioxidant activity of Rheum turkestanicum Janisch
Background & Aims: Plants contain high antioxidant activities due to their redox and the chemical properties are affluent in secondary metabolites such as phenols, flavonoids, and other components. Rheum turkestanicum Janisch is a plant from polygonaceae that is widely used for diabetes. At this project that is a part of national thesis, relative levels of antioxidant activity, total phenols, t...
نویسندگان همکار