معرفی ژن های مرجع برای تجزیه و تحلیل rt-qpcrدر بافت های مختلف گیاه انار (punica granatum)

مطالعه بیان ژن، یکی از مراحل مهم زیست شناسی مولکولی مدرن است. تجزیه و تحلیل بیان ژن، شناخت بهتر فرآیندهای پیچیده بیولوژیکی را افزایش می دهد. واکنش زنجیره ای پلیمراز در زمان حقیقی به عنوان حساس ترین روش برای سنجش الگوی بیان ژن به کار می رود. استفاده از ژن های مرجع برای نرمال سازی داده های حاصل از mrna بهترین روش است. مسیر سنتز بتا کاروتن از پیش ماده گرانیل گرانیل دی فسفات که شامل چهار آنزیم مختلف است، در انار شناسایی نشده است از طرف دیگرتاکنون ژن مرجع مناسب بعنوان نرمال کننده در واکنش qpcr برای این گیاه معرفی نگردیده است. بدین منظور در این پژوهش از بافت های مختلف گیاه انار (برگ، گل، ساقه، دانه و پوست میوه) استخراج rna مطابق با روش مبتنی بر ctab انجام شد و سپس ساختcdna صورت گرفت. پایداری هشت ژن مرجعrps9 ، 18s، actin، ubq، pal، cyp، cpr و ef1 در واکنش qpcr سنجیده شد و در نهایت ژن های مسیر سنتز بتاکاروتن شناسایی و بیانشان به کمک ژن مرجع معرفی شده، بررسی گردید. نتایج الکتروفورز و اسپکتروفتومتری نشان داد rna های استخراج شده از بافت های گوناگون از کیفیت خوبی برخوردار است. نتایج حاصل از qpcr مربوط به هشت ژن مرجع به وسیله نرم افزار norm finder نشان داد که در کل کمترین انحراف استاندارد 0246/0 مربوط به ژن cyp و بیشترین انحراف استاندارد 2472/0 مربوط به ژن 18s می باشد. در بافت برگ و دانه ژن ubq، گل cpr، ساقه cyp و پوست rps9 پایداری بیان بیشتری نشان دادند. بررسی بیان ژن های zdc، psy و lyc از طریق مقایسه میانگین نشان داد که در ژنوتیپ ترش پوست سفید ریجاب، بیان سه ژن دارای تفاوت معناداری نبود در حالی که در دو ژنوتیپ دیگر تفاوت معنادار مشاهده شد (lyc ? psy ? zdc). بیشترین بیان ژنzdc و psy در ژنوتیپ ترش پوست سفید ریجاب و بیشترین بیان ژن lyc در ژنوتیپ شیرین پوست سیاه یزد مشاهده شد. بیان سه ژن zdc، psy و lyc دربافت پوست معناداربود (بیان ژن lyc ? psy ? zdc) به طوری که بیان ژن lyc به طور معناداری بیشتر از دو ژن دیگر بود. بیان سه ژن در بافت دانه تنها برای ژن psy و zdc معناداربود. در کل ژن lyc در بافت پوست و ژن psy در بافت دانه بیشترین بیان را دارا بود. ژنcyp به عنوان باثبات ترین ژن مرجع داخلی درژنوتیپ و بافت های مختلف انار معرفی شد. ازآنجایی که رنگریزه لیکوپن در تولید رنگ نقش دارد می توان گفت رنگ پوست با میزان بیان ژنlyc در ارتباط است. از آنجایی که ژنlyc در انتهای مسیر منتهی به سنتزبتاکارتن قرار دارد و بیان آن در بافت پوست بیش از دانه است می توان گفت که میزان سنتز بتاکارتن در بافت پوست بیش از دانه است.